pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3689a |
Genomic Coordinates | chr9: 134849487 - 134849564 |
Description | Homo sapiens miR-3689a stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3689a-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 10| UGUGAUAUCAUGGUUCCUGGGA |31 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | THRB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C-ERBA-2, C-ERBA-BETA, ERBA2, GRTH, NR1A2, PRTH, THR1, THRB1, THRB2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | thyroid hormone receptor beta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_000461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001128176 , NM_001128177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on THRB | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of THRB (miRNA target sites are highlighted) |
>THRB|NM_000461|3'UTR 1 ACTGACTGGATTCATTCTCATAATTCCTACAGCACTACTGGGTGTCATTTCATTCCATTGCCTAGCTCTTTTTTGTTTGT 81 TTCTTTGTGTTGGGAGGGATTATTTGGGAGGGAAAAGGGAAGTAGTCCTTGGCATAGACATGGATGAAATTGCCCCTTGA 161 ATGCGGGTACTTGAAACTATTGCATTTCGTTCTCCGGTCCTGTGATGTGAATGCTCTGAAGGTTTTATGGTTGTGGAGGT 241 GGGGTGGGGGACAATCATTAACTCACCAGCACCAAGCATCACCAGCTCCCACCCGTCCCTGGTCCAAGACTTGAGTCAGC 321 AAAATGGCGCCACAGGACACTAAAGAAGCCTTAAAACCAAGATAATACGACCACCTCCACCCAATCCTGATGTTCGCAGG 401 GCTGAAGTTAACAGAGCACAGACCACCTTTAGTTAGATGTGGCTTTCAGCCTTTTAGGGAAAGACTCGAACAAATTTTCA 481 TCTATTCAAGAGCATGCTGTTTGCAGCACTCTTTATGGTCTCCTAGGAGCATAACTTGGAATGTACAGGAATATTTGTGT 561 CCTAAAAAAATCAGCTGCCCTTCCAATATCATTTTTATAACGTTATGGTTTAATTCAAGTTATACAAAGGTGTGACTCAA 641 GGATGTGCAGGTATTGACTGATGGAGGCCAACAAGGAAAATATTTTTTTTCAGTGAGCCCAGAGAAATTAGAAATCTTCA 721 CCAATGTCAGTGACTGCATGGTTTCCAAAAATTCACATAGTATTACCTCACAGTAGGAAGGCTTCTTTCCCATTTAGGCT 801 CAGAGAACACTTTTACAGAAATCAAACCTATTTACAGGGTGGCACCCCTTTTCTGTGGCATCTGATCTGTCATCTCCCAA 881 GCTCCTGAAGTTCTTTATCCAGGTTGTATCTTTGCTGAGCTGACAACAGATTTCTCTATGGATCAAATATTCTAATCAAG 961 GAAAGATACGGTGAAACTTCAGTCTTCTTCTGGAGAAATGCTGAGGCGAGATTAGTGCAGCTACATTCTGAGTTGAAGGA 1041 AATGCAGTGTTCTGAGGGCCCCTTTGTGTCCTGATGGCTGGAGGACGCTTCCTCCTGGTTAGATCCTCAAGCTCCTTGCC 1121 TCATTGACAAATGTCTCCTAGTCCCCTTTTTCCCTCTGACTCTGAGGAACTAAATAGCTTGACTATCTCTAAACAGAGAC 1201 TGGCCCTGCCACTGACCCTCCTGTCCCTCTCATAGCATACCCTGACAGATACTCAATAGAAAACACCTGCAGACCATGTG 1281 CACACTTAACTTTCCTGCCCAACCTGCCTCCCCAACGGCCCATGCTAGAATAGCTTGTGCCCAGAAAACAAACAGTGACA 1361 CTTCATCTCTTCAGCGTCAGAAAATGGGCATAGAATGTACCCATGCAATTGAATGTATCTCATTCTCCACTGGCATAGTA 1441 GATATAAACTATTCCTTTGCCTACCTTTTACTGCCTTATCCTGGAAATATTGGGGAAAATAAGCCATATCAGTGAGATTT 1521 ACCTAAAAACAAAGGAAGGAAAGTCACTATGGAAACCAAGTAGATGCTTTTTGTAAGTTTGGTGGAGCATAACTGGCCCA 1601 GAAGTCTGGGTGCCTGAGTTCTAGTTCGTGCTCTGTCAACTGGTAGATTTGTAATTCTAGGTCTTGGTTTTCTTACCTGG 1681 TGAATAAGTCATGATCTCTAAAACCCTTCCTGCCCTTAATATTGTCTGAATTTCAAGGGGAAAAAAAAAATCTGGTTCCT 1761 TTAATTATTTTTTTTTAACACTTAAATTCCTAACTTTATTAGACAAGAAGTATGGCCCACTTAACAGTTAAGGAACGTAA 1841 ATTTGTTATTGGCTCGAAATAATAATTTGACACAATACTAGTCAACCATTTAGAGGCCTTGGAAAAAGAAGAGGAACAGC 1921 ACTGAAAATTCCAAGTATGATTGGAAATTATCTGGGAGCGGGGAATTAAATATTCAATGCATGAAAGCAATTGTACTGGC 2001 TTCTGGGAAAAAGGAAACAAGAACATTGCTATGGAACTTGTTACCCAGAGAAAGGAAGTGAAAAGATTTACAATTATAAG 2081 CACGAAATTCATTGGCAGATTACCTGCTTTATCTACAGACAGATTGTTTTGGGGTTTGGTTTTGTCTAGGCAGCCTCTGG 2161 CCAGGCTCCTTAATTGCTTGCTCTGCTAATATTTCAGCTTCCTCTCTTGACTCCTTGAGGAACCAACCGCTCTTTGGAAG 2241 ACAAACACTTAGCCACCTCTGTGCTCCAGGGTAACCCTGAGAAGCTCTGCTGTCTGGGGCAAGCTTTCTTTCCAAAGGGA 2321 ATGAGAGGAAGGCAAGCAGGCAGGGTCCTGCAGCGTCAGGCCTTCTGGGGAAAGTTTCCTCATTTTGTTTGACAGGGTCC 2401 TCAGTACATCAGACACCCAGATTTGAATATAAGTTCAGAGCCTGATCTCAAGCTAAATCAGAATGCTTTGGGGACTAACC 2481 ATGATCGAGAATTGGCCAAATAGTATGGCATATAAACAGCCATCCAGCCAGCCGCAAGTAAAGGAACGTTTGATCCTTGG 2561 CACCTTAAATGATTGATTGCCTTCAATAGGCAAACTGCTGGTCTGGAAATCTCGTTGAAGGCTGAATACTTCATGCGGAG 2641 TAGGACAAGCCTTAGCCCACCTTCAGGTTGAAAGGAAAGGCCATAGGACTCAAAAGATAATGACTCTGAAACTAAACTCC 2721 TTCCTTCTGAAGCTGACAGAGGTACTTAGTGCATCTCAAGACTCCATCTCATAAAACTCATTTGTGAGGGATTTGCTCTA 2801 GATTTTTCTAAACATTTTTTCATCTATTGTCCAGACTTGCAAATCCAGTGTGGACCTGATGGAGATACCCTTCACACCTG 2881 CGCTCCCACCCCCTCGGCAGGGAGACGTCTCAGTAGAGGAGAACACACCCATTATGCTGGGATTTGTATTTATAAATCAC 2961 TTCCCTTTTAGGGATGAGCGGTGTGGGGCGTGTGTGCGTGTGAGTGTATGCGCGTGCGTGTGTGACCCTCAAGTGTACTT 3041 TGCTCAATTTAGACGTGCAGTATTTCCAGAAACAATGAAAAAAGTAAGATGTTTTCTTCTTTATGATTCTGCTCAAAACA 3121 CCACGTGCCGCCTCAGAGCTTTTTCTAGAGCCTCGGTCCTCAATGACGCGCTTGACCTGTTGATGCCTCAGCCCAGCGAA 3201 GCCCCTCACCTGTGCCCCGGGCGACAGCTCTTCAGTGTGCAGTGCAGGCCTGGGGTGGACTGCCAGGCCTTCGCTCTGTG 3281 CCAGCAACGCCGTTCTTGTTGCTCCTCCATGAACAGGGGTACAAGCCCTGGCCCCTCCTCGACACTAAGCCCCCCACAGA 3361 CTCAGCCTCCAAGGAACCGCTGAGCACCCTTGAAGCATGTCATTGTCAGTGATACCTTTTTATTCTATGGAACTCTAACC 3441 TATTCGTGTCATATTGACCTTTTGCTGCATGAGTCATAAATTATGAAATCAGTCTTACAGTTTTTGAAATGTAGCCAGCA 3521 TTTGTAAGGCTAAACCTTTTTCATGAACTGAATTTAAGTGAATAACCAAGCCACAGTTCCTCCTCAAATGGAGAGTGATG 3601 ATCGACATTTGAATCTCTTTGCCCTTTCCAACGGCTATGGCATCAGGTTCTAAAATAAGCTCGTAATTTTTCCTGTTATT 3681 TTAATAATATGGAAATATTAGCATAGTGTTTCTTTTGATAGTGATAGACTATAATCCATATTTAAATTTTATAGAGAAGA 3761 AATTTTATTGTACTGTGATGTAGATATTTATTATCCAGGTAAGGATTTGCCCGGTGTGTATTTTTTACAATTGAGACATT 3841 TTACTTTAATCTTTAAAAAAAATGCATTAAAAACACACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAGACTGGG 3921 GGAAAAAAGGTTTGGCCTTATCACAGAATTTTTACTGTGCTGTATAAATGTTTGCAAATGCGAAAAGTGTGCATTTATAG 4001 TGTGTTTCCACATTAATTAATGCCGCCTTCAAGAGCAATATTGTGCAGGTAAAACGCTGTTTGTGGCTTTCTGTTGCACA 4081 GTTAAAGCTGACCCACCCTATGCACAAGACAATCAAATATAAATCTGTCCTCCTCAGGATGCAGATAATACTCATGTAAA 4161 TTATGGAGCACAATGTAAGACAAAAGGAGACACTTTACATATGTATTGTTGATACAGAAATTATCAGGGCATGAATGAGC 4241 TGATGTGACATTATGCCACTTCTTTCTTTTGGTTCTCCCTTATTAACTTGGCATTTTTAATTTGACCATAGAGCCAAATT 4321 AGTTCTCCATGCTTTCTTCGTAGAAAATCCTTTTTTTTCCCATAATGTTTTCATGCCCTGAGAATCAGAAAAATACTACA 4401 GAATAGAAAAAGATTTACAGTCATTGGAAGATTTGTGTTTTGCAAACAGTGTTAAGTGATATTGCTAGATGGTGATATTT 4481 TTTTCAGCCTAAAACTCTGTTGAAATCTGTGATCAAAATGTTTTAAACTATCCAAAAAAAATTTGTATATTTGGGAAAAA 4561 TGGATTTTTACATAGCTTTTGTATGCAGATATAAAACTGTAATTATGAATATAGTGGGCGTAGATAAACTCATAAGCTTA 4641 AATTCTAAAAAAGAAAAAGCTTATAACAGATATATTTTCCTGTCTCTTTCTTTAAATATTATTATTTTCTACATAGGCAA 4721 AGAGTTGCCTGCTCTTCTCACTTCAGCTGCTGCCAAAAGACGGAACCACGGATGTAAGGACATTTATTTCATAAATAAAC 4801 ATCTACTAGAATAAGCAAATTTACTTGAGAAGAAACTATGGAGGGAGAGAAGAAACTAAGTAAAATGCTGATGGGGGGTT 4881 ACCTCTTTGGAAGGGGCCACAAAGATGAAGGGAGGAGAGAGGTGAAGTTTTGCAGCTCAAGGACAACATTCATCTTCTCA 4961 TCTCAAATTATTCAGGAATATTACTAATGGAATTATGTTAACATCAGCTGCCAACATATATCTCAATCTCTGTTGCCCTG 5041 AACACATGTTAATTGAGATTCTTTCTATGACAAGTAACAAAAAGCTAACTCAAACTGGCTTAAGCAGAAAGCTAATTATT 5121 GACTTTAATATCTGGGATCTAGGGTATTGCATACCAAAGCTTCAGGCATGGCTGGATCTGGGTGCACTTACTCAGTATTC 5201 TCAGGAAGCTCCTTTTTTTGTCATTCATGTAGACTTAACATTCACATGGCCTTTCACCTTACGGTGGCCTCCAATAGCTC 5281 CAGGATGAGCTTTACAGCTCCAAATATAGTGAAAGGAGAATTTCTTTTCTCCAACAATTCTAATGAAAATTCTGGCCTAA 5361 TTCTCACTGGCCCAAGTTCAGTCATGTGCCCATTCCTGAGCCAATCACTGTGGTGAGGAAAACAGATGCATAACCAACCT 5441 TATCCTCAGGAATCCTGGAACTGGGTGAGGGGAAAGAGGGACAGTCAGCTTCATCTAAACTATGGACTGAGAGTTGAGGC 5521 AAGATGATTCCTGAAAGAAAATTCTAAGTCTTGCTGCTATAAGTGGAAGAGAATGGTGGGCAAGCAAAAGCAACCAGTGC 5601 CCACACCAAAGGTAAATCTAAAACAACATCCCATTTCAGTACAGCAAGCGGTTCTCCTTCACACAGAGGAAGCTCATCTC 5681 CAAGTTTTTATTTGGCCAGGACATGAACCAAATAAACACCTTCCAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | BC-3 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM796039. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796039 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-3 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000396671.2 | 3UTR | UUGGCCUUAUCACAGA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||
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45 hsa-miR-3689a-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT112230 | MDM4 | MDM4, p53 regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT188656 | FAM76A | family with sequence similarity 76 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT200911 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT210595 | KBTBD8 | kelch repeat and BTB domain containing 8 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT299207 | CSRNP3 | cysteine and serine rich nuclear protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT317524 | SLC39A7 | solute carrier family 39 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT355849 | SGMS2 | sphingomyelin synthase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT443052 | THRB | thyroid hormone receptor beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446631 | SDC3 | syndecan 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449409 | TRIM5 | tripartite motif containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463561 | ZBTB39 | zinc finger and BTB domain containing 39 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT465704 | TNFAIP1 | TNF alpha induced protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT472688 | MYCBP | MYC binding protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT493287 | LNPEP | leucyl and cystinyl aminopeptidase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499338 | RAB25 | RAB25, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501723 | OVOL1 | ovo like transcriptional repressor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT507977 | BCL2L13 | BCL2 like 13 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT511811 | HDGF | heparin binding growth factor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT516711 | PIK3CG | phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma | 2 | 4 | ||||||||
MIRT527853 | SMOC1 | SPARC related modular calcium binding 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531286 | SLC7A7 | solute carrier family 7 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531894 | INVS | inversin | 2 | 8 | ||||||||
MIRT536807 | HNRNPA1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537807 | EFNB2 | ephrin B2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT544335 | LPGAT1 | lysophosphatidylglycerol acyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547142 | PGM3 | phosphoglucomutase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547429 | MED4 | mediator complex subunit 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563354 | ZNF181 | zinc finger protein 181 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564849 | ZBED3 | zinc finger BED-type containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566426 | PIGA | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572512 | KIAA0232 | KIAA0232 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574682 | HNRNPA3 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608820 | ONECUT3 | one cut homeobox 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT608886 | CLIC6 | chloride intracellular channel 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608959 | GIMAP1 | GTPase, IMAP family member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT609012 | HPS3 | HPS3, biogenesis of lysosomal organelles complex 2 subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641431 | SCUBE3 | signal peptide, CUB domain and EGF like domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661841 | ZNF587B | zinc finger protein 587B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690651 | RPF2 | ribosome production factor 2 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704619 | CLIP1 | CAP-Gly domain containing linker protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT708714 | PTPLAD2 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT710663 | CSTF2T | cleavage stimulation factor subunit 2 tau variant | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711260 | TPCN2 | two pore segment channel 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714649 | FSTL1 | follistatin like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718518 | COL19A1 | collagen type XIX alpha 1 chain | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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