pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4480 |
Genomic Coordinates | chr10: 12578753 - 12578823 |
Description | Homo sapiens miR-4480 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4480 | |||||||||||||||||||||
Sequence | 44| AGCCAAGUGGAAGUUACUUUA |64 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | A1CF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ACF, ACF64, ACF65, APOBEC1CF, ASP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | APOBEC1 complementation factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_014576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_138932 , NM_138933 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on A1CF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of A1CF (miRNA target sites are highlighted) |
>A1CF|NM_014576|3'UTR 1 AGATGCTTTTTTAAATTTAAGAATAAGACACACAAAACTCTATTAAAAAAAAAAAAGAAATAAACCTCTAACTCGGTCCC 81 CAATGATCATAAATAATATGTTTCCTAAAGAAATGCCTTTCCAGAGACTGTATAGCTTATACCAATTATAGAATCATGAA 161 GTAAGAACGTTATTCTGAAATGAAATCAAATGTTAAAGAGCCTTTTGTTTAACAGAAAGCTGGAGAGCCACTGCCCCAAA 241 AGTTGTTCTTCCAGTCTTCCTGAGTGTTTGGGGAGTATGTTTACAAATCCTGCCAGGGTGAAGAGAGATCTTGTAGCTGG 321 CAAGATTTGGGAGGGATGGAGCAGACCTGGGCAGTCAGTAATAATCAAGGGAAGCCAAGTAAACTCCAGAGTCTTACCTC 401 TGGCTCACAGCTGCTTTTGTGATACACAAAGTCACAAAGAGGAAAAGGGAAGGGAGGAGGTTGCTTTTCAAAATGCATTC 481 ACCATGGCTCACTGTGTGGGGCATGATTGCAGGCCTGAGCTCATGAAAGACTGTCCAAGATTTTGTGGTTTCAACCTCTC 561 TTCAGCCTGAAAATTCCATCCAGTCGATTTGTCACAGATCAGGATCTTCCTGTCCCCTGCAGCCCATGGGGACTTCCTAG 641 AAATAGATATGATATGTTGTAGATGTGGTTAAAACAAATCCAGGCCCCATTGTTTATTCAGCTCATTAGTCCACACCTAT 721 TTTTCCCTAGAACTCCTACCTTTTCCAATAATCATGCCAGCATGAAATGACCTTTTCTACTTTAAAATTTTTTGACTTGT 801 TCATATTGCTTGATTTTCATCATCTCAGACTCATTTTTCTCCTACCTAATATCATAAAAAAGTAAATCAGATATACAGAA 881 TATCATTTATGATACTTCTTCCTTTCAGCAAATTGACTGAAAAGTCATTTTAAAGAGAGAAGTGCAGATTTGCTCTCATT 961 TCTTTGATATTGTTGCAGTATCCACCCCACCATCTAGCAATCAGAGATGCTTATATTAACTTGGGATTAGCTTTGCATTA 1041 TCTAACCCATTTATTTTAAATCTGCCAGGAAATCCTCTAACTTTCCTTCCTTTTTGTTTCAGTAAGTATCAGGCAGCTTC 1121 ACCATACCTGAGTCCTTTTGTCTTGAAGCTGCCACAGAAAAATCTTACAGCAATCATTGCTGATTAGAAACTGTTTCAGA 1201 CAATCAGCATGGGTGTTATTTACCAAATTCCCCCCAGAGTCCTAGGCCTCTTCTCCAGAAATATCTGATGATGAAGTGAG 1281 GGGAGGGCAACGGTGCTACAAAACACGGAACAGAGGTAAAGAGAAGGCACTACTTTCTTGCCATACTTGTAAATGATTGC 1361 TTTGTTCAAACATAAATAATCTTAAGTCCAACACCAAATACCTGTTACTCCTACATCAATCTCATTAGTGGTTTAAGACA 1441 CAGTACTAGAATTTTCATTTTTTAAAATCCCTTGGCCCTTAAAAAAATTTACAGAACACAAAGGAAAACATAAACACAAA 1521 GACATGGAAAATTTTGTCAACTCCTTAATGGAATTCTGTGATCAAAAAGCAGGCCAGATTCTAATCAAAATCAGGTAAAT 1601 TTTAATCACAATCAGAAGTACTTGTAACATTTCAGTTGTCCTAACTCCAATGAGATAACAAAGCCTCCAAGGCTACAGCT 1681 GAAACTCTGAAAGGCCCTGTGCTTTCTACTTTACATTTAGCGTCTAATATTTCCTAGGACAGTAGTTCCCAAAGTAGGCT 1761 GTACATTAGAATCTCCTGGAGAGCTTTTTAAATGCTAATGCCAATAACATATCTCATAAAATTTACACTAGAATTTCCTT 1841 GGATGGGTGCCTGGCATCAGTATTTTTTAATGATCCCTAGGTGATTTCAATGTGCACCTAGGTTTGGGAATTGCTATATT 1921 CTTGTATTTATACTCTATCTCTTTATTTCTTTTCCTTTTTATTTCACTTTTAGTAAATAGAAAAATGCAATTAAAAAATC 2001 ATCTAAGTTAAGACAAATAGCCAAATCATATTTATCCCATAAATAGTATGAATTTAAATGTAACTTACGTAGGCTTCAAA 2081 CTAACTCTAAAAATGAGAAAGTAAAACAATCTTGTCCTAAAACAATTCTTAGATCCAAATTTACACTCCCCTACAGATCT 2161 GCTTTTATTCTCAAAGACAGTGATTACATTGACATAACAAATGTCCATTGGGGCAGGCAAATTTCTACTGAGTCTAAAAA 2241 GCATTCCAAATTCTAGGAGCAAAAGTTCTGATTTTCCTTAAAATCTTTGCAAATAAACAGCAAAGGGTATTCTGGATGTC 2321 TTGTCAATGCAAATTAGGTTTGATTTAGAGAAGTTTTAAATTTAATCGCAATGAAAAGATTAGTTAATACATGAATCTTT 2401 TTATGAGAAAAAATCATTATTCTGGATAAAGTCATAATTGTTTGTTTACAATATTAAGAGCAGACACCTAAACATACAAT 2481 AATACCAAAGTATTGAGAAAATTACCACTGGAACACCATCTCAAGTTATCACACCATTTACCTCTTTAGAGCCAGTTTTG 2561 TATAAGTAGGTAGAAGTGGTTTTGGTTTTTTTGCTAAAATTTTACTTTGTTTTAGTAATATCTAGGGAATACTTTGAATT 2641 CCATTAAAATACCTTCATAGAAAGTGTTAATGTGTCTACCATGCCATATGTTTATTTTTACTTTCCCCAAGTTAGGTAGA 2721 TAGAGCAAGTCCTGCTACCATAAGTTTAAAATTATTAAGACAACGGGCTTTTTTAAATTGCTGGTAGAACCAAAGGCTAA 2801 TTTTGCATAGGTTTATATTTTTAGACTTAAGAAATTAGCACCTATATAATACCTTCATACCTTCTGCATCACTATCAATT 2881 TTTCTGTAATTTCTTATTTGAATGCTTCCTAATTCTTTACAGAAAAAATTAAAATTTGTCACCCAACCAGGTGATAATAA 2961 CAAAACAATAATTTAGGAACATCCAGTAAATTTGAATTAGTTCTCTAAATTTTGGTAATTAATAGCTTATTGATAATTAA 3041 AATCAGCCTAATGTTGCTTAAGTAGGAGGAAATTGATCAGCAATGGGATTGGGTATCTATTTTCTTTCCTATAAAAGTGC 3121 TGCCTCTTCTCAAATTGCTTTATTTCTCTCCCACTGCATTAGTATATCTAGAACAGCACCTTCAACTGCAACAAAATATA 3201 ATTCTCCTAGATGACTAGGATATCCTCCAATCTGGTATCATGCCAAACAACACTATGTTTGGGGAACAGCACCCGAAATG 3281 CTGCTAAAAAGCTACCTCATGTCAAGAAAATATGGATTTCAAAAAATATCTGGCACAGTGGCCCATGCCTATAACCCCAG 3361 TACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGAGGATTGCTGGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATGGAGAGACTCCGCC 3441 TCTACAAAAAAAAAAAAAACAAATTTAATTTAATTGGCCAGTTGTGGTGGCGTGGGCCTGTGGTCCCAGCTACTTGGGAA 3521 GCTAAGGCAGGAGGATTGCTGGAGGCCTGGAGGGCAAGGCTGCAGTGAGCCATGTTCACATCGCTGCACTCCAGCCTGGG 3601 TGACAGAGCAAGACCCTGTCTCCAAAAAAGCAAAAATAAATATCTAACAAAAAGGAACCTGTTTCCAAACCACAGTTTCT 3681 TAACTTTTTCATGATGGAATAGAAATTAAACTATAAGTATATACTGATAATAGCTGTGCAGGAAATTGGTTTTTATTTTA 3761 CTTAAAAGTATTTTTTAGAAAAAATGTTATTCTGATTGCATAGATTAGCAAAATATTGCATCAATATAATGTTCCATTTT 3841 TATTAATTTTTGTTATATTCTAAATGACCGTTTTATAATTCTGTCTTGGACAACTGGGCCACAGTTAGAATCCACATAGA 3921 CAGGGAGGTTCTTAGGTGTGCCATTTGTAGAATAAAGGGCAATCAAGTTAATATTCGGGGTAAATTTTCATTGCATTCTA 4001 ACCTATGAAGTTTGATAAAGTATATTATTATTGAACAACTCTAACACTAAGATTTCCTAAAAGTAACTTACAACAAAAAA 4081 TGAACTATGTGCTCAATATTCACATAAAGTCATGATTATTCTCTTCTTGCATTCATATAAAAGTTCCCAGGGGGAAGAAA 4161 ATATATCTAAAAATTAGACTAGAAACTTGGCACTTTTTATGTATTGTAGATACACTTTCATATATTGTAAATACATCTGT 4241 TAAAGATAAAACTAAGTTTCTAACATAGCACTACAAGGAAACTTTGGATAAATATTTTTAAAAAGAAAATGTTAATAGGA 4321 TAACTTAAGATTTTGTATATACTTATTGGAAGACAGGAAGAAACTAGGCAGTAAATATTCCTACCTGACGTGCAACCATT 4401 GTCAATCAGGTTTTGTTAAACTGTCAAATTTGATTTTGAAATTTTAGTTTGCCCAAATAATATCTTGAAAATGCTCTGAA 4481 TTTTACTAGAACATATTCATAGAAAGTGTAATGTATCTACCAGGCTCTATGTTTGTGTTTGCCAACATTAGAAAAACAAA 4561 GTAAGTTGCGCTATAATGAGTGAAACTAAGGAAAATGAGATTTTTCTGACTCCCATTCCCTCTCTTAAAAAGTAAAATAT 4641 TTAAGCTTTTTTTATTAAAGGAAAAATGGGTACAGAATACTCTATTGCCCTCCAAATGTCCAACATTTTTAAAGCCATGT 4721 TGTCCAACAATGTTTATACAGAAAATAGAATGCATAGGTTTAATATAGATAGCAATGTATATGTAGGCTCATTTGTGGGA 4801 GATTGCAAACTTTATGTGCCCCCAGTTCTCCTTGGTTTTGTAGGAAAGCTAAAAGAAAACCTTGTACTCTCACTAATAAT 4881 GAAATTCATAGCCAATTTAGAAAGGGAAAATAACCTGAAAACCAAAATACCTCATTCATCTGAAGATGCCTGGAATAAAA 4961 TATGGAATTCTTCTGTACCTACCTCCCCCTTACAGACTTTTCTCCTATTTTGAGAGAGAAATTCAAGAAGAAGAATACAG 5041 CTTGTTCTCTTTCCACAAATGATACTTTGTCTAAGGGAATAGGAGATACCAAGAAACAGTATCTTTAAAAAAGTAAGCTG 5121 CCCACAGGCCTTCTTGGAGAATGAAGAATATCAGCCCCATTCAGGGTTTACCAATGTCTCTCTGAGGTGACAATACATTC 5201 TGGTTTTCCAGGACAGTCCTGGCTTAGGTCTGCTGTCCTTCTATAAATATTAACAATGATCCCTCTTATTTCCAAACGTG 5281 TCCCAGTTTAGACAACAAATTATACAGTGTCTGCCCCCAACACACACACACACACCCCACCATCTTTATGGGTTGTTGTT 5361 GTTTTCTTGTTGTTTTTAATTTTGTAGAATTGGCTTTGTCTTCTCCAAAGCAGATAACAGCTTAAACTAAAGAGCCTAGC 5441 TACTTCTTTCTGACTGAGCAGGGTCATAGTAAACAGAGAAGAATGGATCACTTCCTCCTCTGAAATCTCCATCAATCCAC 5521 TTTCTGTCCAACTATCTCTCTACCCAGCCTATTTTTGGTCCTAGTTTTCCTCTCATAACCCCTGGGCTGTGAGTCCTGAG 5601 TTCTGCCTTCATATGGCAGAGCAAGCTAGTCATTATTATGCCAGGTTAGGTGGTGGGGCAAGACAAAAGATAGCTCTTGG 5681 GGACACTTGCTTGGTCTGTAGAGATCCACAGGGCACTAGTAGGGTATTAGAGCATTTATTGGTTTCTTTCTTCCTTGAGT 5761 TGAGTTACTTCTATCCCAAAACAGACAGGTCTTACGTTAACCTTCACCTTAAAAAGGATATTGCCTTTTTTCCTTCTGCT 5841 TCACAAATTTGCTCCAACACTAATTCCCTTGCATTTGATTTCATCATTATGATTGTTCATCAACCATTCTTCACGAAAAA 5921 TCCTCACATCACGTCATATAAAGGTTTTATTATTTTTAATGGAAAATAACATTGAGAGATTATTTTCCTTTTTCATAAAA 6001 TTTCCCTTTTTCCCTCCCTCTATTCTCTTCACTAACATTGGAAATTAAACAAGTTTTACAGGCTCTATTGTTATTAACCC 6081 TCAAATCTATTCTTCAGAGAATATATGATCAGCCTGTGTTTACTATGCACCTACTCTTATACCAGAAACTGTGAATACAA 6161 ATACATATATTTCCTACTTCTCTCTTTAATTGGGGCACACAGTCCCATGGTCCATTCTGCATTTTTCAAAATTGAATATA 6241 ATTGCAACACCTGATAGGTTTTGCCACTTAGAATTCTGAAAATAAATCAACTCTGTTCTAAACCTTAAGTTTCCACTATT 6321 ATTGCCAAACTCTGGACTGATACAATAAGCCTTTTAAAAGGTGAATTTAACACTTCACCTATTATGGTTATTTAAGTAAA 6401 ATGAGTTTTCAAATATTTCCCCCAGGAGAAATATAAAGGACTATGCAAAAATAGAAGGAGAAAAAGGTTAGTTAGAGGTC 6481 CAGAAGGAGAATTAAAACATGGAATTGATAAATTCACCTACTGATTTATGATGTTAATGAGCAGGTACCTATACATTTTA 6561 TTTACTTGAAAACATTTTGGCCATTAACTATTTCTGTTTTCTAAATACATTTGTGTTTATAAAATTTTAAAATCTATATC 6641 ACAAGACTTAGACATGCCTTTCTTTGCAATAAAGTATATATACCTTTTTACAAATGTAAATTTTATTTTGAAACTTGGCA 6721 TTTTCTTTATAATTCCTAAGATATCTTTGGGCACACAGACTACAGATAAATCTATTTAAATCAATTCATCATTATCACTG 6801 GTTTAAATATTTAATGTAACCATTGGAATTTTTATTCTTATTCCTTCAGAGAATTCTCCTTTTCTTCTATGTTTCTGACT 6881 GCAATACAGCCCGATATTGTTATTCCCTATATCTTAATGAAAAGCAAGCTGTCAGCAAAATGCATTTATAGTTTCCAGAT 6961 GTTTAACAATCTCTTTCTTCTTTTCTTTTTTGTTATTATTTTTATTTATGTGAAGTTAGTTAGCTGAGGTACCAAAAAAG 7041 AGACAAAGACAGTATTAAAAAGTGTGCATAAAGCACTTATTTTTGTACTTTAGTACAATGTTTTATAGAACTTTGTGATC 7121 TATCTAAATATATTAAGTAAAATTACACCATTCACTTGTTGGGAAAATAATCTTTGGTTTGGAAGATATTAACATAATGG 7201 GCATCTTAGAATCATAAATCACATGAAATGAGAGACAATGCAATATTGTATAATTCCTGGATGATGCAATTGTTTTAATT 7281 GAATTTTCAAGTGCCATTATAAAGTTTTAAAAATTATCAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | BC-3 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM796039. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796039 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-3 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000374001.2 | 3UTR | UUGGCACUUUUUAUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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117 hsa-miR-4480 Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT056040 | MLLT10 | MLLT10, histone lysine methyltransferase DOT1L cofactor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT091259 | FXR1 | FMR1 autosomal homolog 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT117347 | MAPRE2 | microtubule associated protein RP/EB family member 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT234960 | ZNF439 | zinc finger protein 439 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT441356 | ZNF75A | zinc finger protein 75a | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT441426 | STXBP2 | syntaxin binding protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT441455 | ZNF488 | zinc finger protein 488 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT441524 | ZBTB10 | zinc finger and BTB domain containing 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT441576 | EXOC5 | exocyst complex component 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441597 | ABCB5 | ATP binding cassette subfamily B member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT441610 | ATP13A4 | ATPase 13A4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441698 | CIT | citron rho-interacting serine/threonine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441714 | FGF9 | fibroblast growth factor 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441784 | MAPK8 | mitogen-activated protein kinase 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT441795 | EXOSC2 | exosome component 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441868 | RNASEL | ribonuclease L | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441900 | SLC9A8 | solute carrier family 9 member A8 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT441919 | FAM217B | family with sequence similarity 217 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441928 | C1orf109 | chromosome 1 open reading frame 109 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441938 | RIMKLB | ribosomal modification protein rimK like family member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442157 | DPY19L1 | dpy-19 like C-mannosyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442172 | AZF1 | azoospermia factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442208 | IRS1 | insulin receptor substrate 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442237 | DDX19A | DEAD-box helicase 19A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442366 | ZC3HAV1L | zinc finger CCCH-type containing, antiviral 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442572 | SDC1 | syndecan 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442604 | ZNF391 | zinc finger protein 391 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442609 | MRC1 | mannose receptor C-type 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442647 | POP4 | POP4 homolog, ribonuclease P/MRP subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442658 | OIP5 | Opa interacting protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT442686 | COX15 | COX15, cytochrome c oxidase assembly homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442773 | JAG1 | jagged 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442785 | CHD8 | chromodomain helicase DNA binding protein 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442895 | PLCB3 | phospholipase C beta 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442941 | C17orf105 | chromosome 17 open reading frame 105 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442959 | SGCD | sarcoglycan delta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442998 | EDAR | ectodysplasin A receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443017 | C21orf91 | chromosome 21 open reading frame 91 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443064 | CASP5 | caspase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443069 | ABLIM1 | actin binding LIM protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443208 | VPS36 | vacuolar protein sorting 36 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443237 | ANKRD26 | ankyrin repeat domain 26 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443253 | A1CF | APOBEC1 complementation factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443329 | JUN | Jun proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443333 | NRAS | NRAS proto-oncogene, GTPase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443349 | STX7 | syntaxin 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443452 | CLIC5 | chloride intracellular channel 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443547 | GPR35 | G protein-coupled receptor 35 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443616 | AVPR1A | arginine vasopressin receptor 1A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443626 | CPSF2 | cleavage and polyadenylation specific factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443730 | ALPK3 | alpha kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443786 | ST13 | ST13, Hsp70 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443852 | RGS6 | regulator of G protein signaling 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445483 | KLF5 | Kruppel like factor 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471105 | PHLDA2 | pleckstrin homology like domain family A member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472329 | NETO2 | neuropilin and tolloid like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT472391 | NDRG3 | NDRG family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473522 | MAX | MYC associated factor X | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473874 | MAFK | MAF bZIP transcription factor K | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT476021 | GTF2A1 | general transcription factor IIA subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478320 | DDN | dendrin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492049 | TNFSF9 | TNF superfamily member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT494851 | ANKRD24 | ankyrin repeat domain 24 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT494991 | TSSC1 | EARP complex and GARP complex interacting protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495034 | RASSF2 | Ras association domain family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495111 | NOL10 | nucleolar protein 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495113 | TRADD | TNFRSF1A associated via death domain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495131 | METTL24 | methyltransferase like 24 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495147 | STAC2 | SH3 and cysteine rich domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495297 | NUP54 | nucleoporin 54 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495341 | RTN2 | reticulon 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495347 | ATP5S | ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial Fo complex subunit s (factor B) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496682 | DUSP18 | dual specificity phosphatase 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496743 | TGFBR1 | transforming growth factor beta receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496841 | KCNIP2 | potassium voltage-gated channel interacting protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496852 | GPAM | glycerol-3-phosphate acyltransferase, mitochondrial | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496889 | FOXP1 | forkhead box P1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496922 | CLMN | calmin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496990 | TMEM231 | transmembrane protein 231 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497002 | SNAP25 | synaptosome associated protein 25 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497058 | C6orf223 | chromosome 6 open reading frame 223 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500529 | YWHAZ | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT506048 | PPP6C | protein phosphatase 6 catalytic subunit | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT512163 | CD164 | CD164 molecule | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT527051 | RDH13 | retinol dehydrogenase 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532282 | TNFSF14 | TNF superfamily member 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534083 | SPRY4 | sprouty RTK signaling antagonist 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534605 | RNASEH1 | ribonuclease H1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT539509 | ACSS3 | acyl-CoA synthetase short chain family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT543069 | ARID4B | AT-rich interaction domain 4B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT544233 | CCBL2 | kynurenine aminotransferase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT544686 | ZNF224 | zinc finger protein 224 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT546269 | TMEM30A | transmembrane protein 30A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT559069 | C19orf47 | chromosome 19 open reading frame 47 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT562768 | RMI2 | RecQ mediated genome instability 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563974 | HCFC1 | host cell factor C1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564086 | NSA2 | NSA2, ribosome biogenesis homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564525 | PDXP | pyridoxal phosphatase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564613 | ZNF703 | zinc finger protein 703 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566252 | PTBP1 | polypyrimidine tract binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614420 | ZNF440 | zinc finger protein 440 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618789 | MTHFR | methylenetetrahydrofolate reductase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT619160 | PPDPF | pancreatic progenitor cell differentiation and proliferation factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT641778 | ZDHHC7 | zinc finger DHHC-type containing 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT653680 | SLC25A36 | solute carrier family 25 member 36 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657861 | GJD2 | gap junction protein delta 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT660879 | ADCYAP1R1 | ADCYAP receptor type I | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT668781 | DAAM1 | dishevelled associated activator of morphogenesis 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT688559 | DCAF16 | DDB1 and CUL4 associated factor 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT695393 | WDR41 | WD repeat domain 41 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT698680 | TCEA1 | transcription elongation factor A1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700974 | PDIA6 | protein disulfide isomerase family A member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT705055 | C5orf15 | chromosome 5 open reading frame 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT705864 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT710586 | CDCA4 | cell division cycle associated 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT713904 | IGF2R | insulin like growth factor 2 receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT717133 | SKI | SKI proto-oncogene | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||
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