Gene Symbol |
RAB3IP
|
Synonyms |
RABIN3, RABIN8 |
Description |
RAB3A interacting protein |
Transcript |
NM_175624
|
Other Transcripts |
NM_022456
,
NM_175623
,
NM_001024647
,
NM_175625
|
Expression |
|
Putative miRNA Targets on RAB3IP |
|
3'UTR of RAB3IP (miRNA target sites are highlighted) |
>RAB3IP|NM_175624|3'UTR
1 AACAGCAGGATGTTGATCAGATGTTTTGGGAGGTTATGCAGTTGAGAAAAGAGATGTCATTGGCAAAGCTGGGTTATTTC
81 AAAGAGGAACTCTGATGCTCTGCGTGGGACCATGCCTGAACTCCCCGAATAACTGAAAAATGGCTGAATATTTTTATGGT
161 TACTTGATATTTATTTCCAAGGAGTGAGCCTAAGACTTTTTTCCCCTTTTGCAAATTGCTCTAAGAAGTACCATGATTTC
241 TTTTAAACTGATCTATGCTGTGTTTGCTTATTCTTTAGTTGAACACACTATGAAGAATTCCAGGTGTACTAGTGAATGTA
321 ATTTATAGTTGCCAAAAAAAAAAAAAACCTGAAATAAATAAATGTTAGATTGAATGTGTGTACATTTTCTCTTCTAGCTC
401 TGACATGGCATTTAGGGTTAGCAGAATGTATTAAATAGTAATTTTCAAACTACACAGTAGCTTCCTTCCTTGTGAGAGGC
481 AAGAAAGAAGTCTGAGTGGATAGTACTCACTTTCCAAGGCCCCCACCTCTAGAATGGCTTTATTTTTATCTGTTTTCTAT
561 ATTGGGTTTCAAAAAAGATTTTATTTGAAGAAATACTTCTGCTGCTACAAAGTTTGAAAGTTACTATTTTAATTATTCTG
641 CTCTCTGTAACTGAAAGAATCCCTTTATTTTGGTTATTCATTAAAATATAATAGAAGGCAGTCAGATTTTATCCCAGAGA
721 TGTATTCCTGAGTGTCTTGATATAGTGTATTCATGTTTTATATGTGTTGACCACTATATTGTCATTGGAGGGACATAGAT
801 GTAAATGAGTTTGACGTGTGTCAAAGGGGTTTAAAGGGGTGTGGATTGAATGAATGGTACGTGCGAAGTATATGCTGATT
881 ATAGAACCACTTGATCTCTGCATTCCAAATTGTAAAACTGACTCAACTGGAGAAATTATAACAAAGAGGTTTGTGGTAGA
961 CATGTAATAAGTATAGAAAAGCAAAAAGAAAAGAGAAACTGCTTTAGTTTCTGTTTAGAGAAAGCTGCTGTTAATATTTT
1041 TGGATAGTAGCCTTTCAGCTTTCAGATATTTTCTACTTACATATGCATATTTTTGAAACAAAAAGTAGGCTTTTTTTTTG
1121 CTTTTTAAACCTAAACATTAAATATATTTTCCCTTGGGTAAACCTACACATCCTAATCCCTGTTTATAGAATTTTAACAT
1201 AATTTAATTGTGTTTGGAGATGAGGTGGTTTTCAGTTTATTTTTCATATTATAATGCTGTGACGAGTATCCTTATCTGTA
1281 CACTTCTGAACATTGTGGAGTTCTTTCATGTGGATGCCTGGAGATAAAATTGTGTCGAGATATATATGTATTTTTAAATG
1361 TTTGATCTGCATTGCTAGATTGCCATCCAGAAAAGTTAATCAATTTGTATTCACAGCAGCAGTGTACAAGAGGGCTGGTT
1441 TTCTGAAGATAACATTTTTTTCAGTCCTGTTCAGAGGTTTGGTCAATCTTACCTGTAGATGACTTCAGCCACCAGGCTGG
1521 ATGGGAGCCCACAGACAAAAGGACATTGGTGTATGTTATGGTGAAAACCATCAGTACCATGCCTAGCTCAAGAATGTGAA
1601 ATTGAACCTGAAAAAAACTTTGAACCTACAATTTTATGTTCTGAAAATAGTTATTCTAATGTGAGGGCATTAATAAGAAT
1681 ATGTACCATCAAAGCTTCAGAAGATTTTCCGTACAAACTAAAATCACTTTTGGAGAAAGTACCTAAATAAAAAGAGAAAC
1761 AAATCCAGGAGATACTGTACGGTTTGAAAGAAAGGTAATCAAATACTCAGAAAAAGTTTGTTGATGACTTAAAAAGGATA
1841 AATAAAAAGTAAGACTAAAGAAAATCAGTATACCCATTAATAATAAATCTTTAGTAATCTATAAGGGGAAGAATGCTTTT
1921 CAACCTTATACACTAGAAGCATGCTCTTTAAAATTAATGCAACAGGATGACGACTTGATGTAGAAACTATATGTGGAATT
2001 ATAGATTAAAATGTGATTGAAACATATTTAGAAAATGTGATTATCTTCCTGATCCTACTCCCTTTAGGAAGAACTTCTTA
2081 AACTGGAAGCAGGAAAAAAAAAAACCATAAAAGATAACCATAAAAGAATATAAGTTATGGTATATTATAAATTCTTAATT
2161 TAGAAATCGTGCATCAGTAGTTAGGCATTGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCAGAGGCAGAAGGATT
2241 ACTTGAGCTGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACGGGCCTGGGAAAAATAGGGAAACTCCATTTACACACACACACACACAC
2321 ACACACACACACACACTGTGTCCATGAACTTGGGAGGATGAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGGGTTCAAGTCCAAC
2401 TTGGGCAACATAGGGAGACCTTGTCTCTAAAAAAAAAACTAAAGCTAAACTACAAACTGTGAGGCAATATCTGCAACATT
2481 TATAACTAGTAATAGCTTAGTATCAAGAATGTATGCAGAAATTCTACAAACCAACAAAAAAGGACAGTGTCACAGAAAAA
2561 CAGGCAAAAGACTGAACCAGGCCTTCCACACAATTAGAAGTGCATGTGGGCCAATAAACATTAAGAGGTTTTCATCTCTC
2641 AATCAGGAAAACGTAAATCAAGATGACAATGACATGTTCAAATTCATTCGATTGGTGAAAATGAAGAAACACAAAGTCAA
2721 GTTTTGGAGAGGGTTTTAGTCATTAGGATCACTCACATATTGCTGATGGGGGTATCAATTGGTATATCCACTGTGAAAAA
2801 CCATTCACTAGAAAAGTTGGGCCAGGCCCAGTGGCTCATGCCTCTTGGCTTTGGGAGGCCAAGGTAGGAGGATCACTTGA
2881 GCCCAAGAGTTCAAGACCAGCTTGAGCAACATAGGGAGACCACATCTGCACAAAAAGATTTTTTTGAATTAGCTGGGCAT
2961 GGTGGTGCATGCCTGTGGTCCCAGCTACTTGGGAAGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTAAGCCCAGGAGGTTGAGGCTGCAG
3041 TGAATCATGATTGTGCCACTGCACTCTTACCTTGGGTGACAGAGTAAGATCATACCTTAAAAAAAAAAAAAAAGTATACC
3121 CATGGGTCAGCAATTTCACTTTTCAGTATATACTTGAGAAATGCTTGCACAGGTCCCCCAGATCACACATATAAGAATGT
3201 TCTGGAATAAATTAAAATGTCTATTTTTAGGAAGGTGTAATGTGTTCACAGAATGGGTGATTATTACATGGCAGCAAAAT
3281 GAATGAATACCAGCTACTTGCAGCACAATAACTCAGAATGAAAAAGCAATTCTGAGAAAACTATATGTGACATGATACTT
3361 TTCTTATAAAAGTCAAGAACAACTAAAACTGAACAGCTGTTTAGGCATTGACATATGTGACAAAACTTTTAAAAAGTAAT
3441 AAAGTTCAAGATAGTGGTTACCTCTGGAGAGGTAGAGGAGGAGCAAATCTATGAGTAAGTCACTGGTAATGTTTTAGTCC
3521 CTGGGTTAGGTGGTGGGTTTTGGGGTGGTTCATTTGTCATTAAAAGTAAGTACATGAGCTGGGTGTAGTGGTGCGTGCTT
3601 ATAGTCCCAGCTACTTGGGAGTCTGAGATAGGAAGATCCTTGAGGCCAGTTCAAGGCTATAGTGTGCTATGATTTCACCT
3681 GTGAATAGCTACTATATTCCAACCTGGGCAACGTAGACCTTGCCCCCCTTTAAAAAAATTCAAAAACAAAATAAATGCAT
3761 GGACAAATGAATAAGAGAGTTATGCATGGAACATCGGTGGTGTATTATGAATCAAGCATTATTACTAGCTCAGTTATATG
3841 TGCCTTCATTCCAAAACAAAAAATAAAAGGTAAGAAAATTGTTGAATTGCATTTGAGAGAGAGGAAAGGAAAGAATTCAG
3921 GTCTGAATCTTAGGCTTTTGGCTTGAGCTATTGCAGTTTATTGAGATGGGGAAATACATGGTGGGGAAAGTTTGGGTATG
4001 TGCATAACAGAGACAGAAATTCAGTGTTTGACAGATCAAGTGTGAGGTGCCCACTGAGCATCAAAGTGGATATGTTAAGC
4081 AGGTATTGGATGTACAAATCTAAATTCAGTAAGGTCAGTCCAGGAGAAAATTTGGGGAGTAGTTAGCCATGGGATCAGAT
4161 GGGCGCTTTAGGGACACTTTGGAGATGAAGTACAGCACTGAGCCCTGAGTTCCTGTGACAGAGAAGCAGCCTGCAAAGAC
4241 GAAAGGAGGAGCTGTTAGGAAGAGCAAGGCAACAGAAAAGGAAGAACCAGCATGCTGATTATGTTCAGGAGAGTGTTTCT
4321 ACGCTGAATTTAATTGCCAAGATTACCAATTCTAAAGAAGAGGAGGACTCTTGGACAAGTTTTTAGAAGTTGGTTTGGAG
4401 CTGGGGTGAGAGCCTGGCCTAATGGAGACAGCTCTGGATTGGGAGTCACTTAGACCTACATTCTGGTCTAGGTTTGGCTC
4481 CCAAAAACTGGGAAGGTTAGTTAGGTGGCCACTCCTCTCTCTTCATGGTCTCTCTCAGCTTGAAGACAATTTACAGTCTT
4561 TGACTAAGCATCCACACTGGAAGAACAAGATTTGGTTTCTGAACATTGGGTCTTAGTCCTTAAAATAACTTGCAACCTGT
4641 TACGTCTTCACTTACTCCCATCGCCACCACAAGAATCCTGTGTGTTTTTGTTTTGTGCATCCAGTCTAAAACGGGTCTGC
4721 TTTTATTCATAGGCTTTTGTTTTCAGTGGTTTTTGTTGTTGCATTTTTCCCTAGATAAAATGTTTTTTCTATAAGACACT
4801 GCTTAAAAGAGTCCAATGCAGTATGAATTTGTATTTGTGTTTAACTTTTGTGCTTAACAGATCTGCCATGGCTGAACTCT
4881 CAGTTGCTTAAGCAAAATTCTGGGGCTTATTCTAGGTTCCTTTATTTGTCATTGTCACTCCCATTCCAGTTATCAGCAAA
4961 TTCCATCAGCTGTCTCCGAGACATCTTAAATCTGTCTACCTCCCTCCATGTCCACTGCTACCACTCTGCCCAAGCTATTA
5041 TCATCTTTCACCTGAACTCCTGCACTAATGTCTGCTGTCCTTGCATCCACTCCTGCCCTCCTACAATCACTGACGGCAGC
5121 CGCAGGGATCTTTATAAAACGAAAATCAGATAATGTCACTTCCCTGCTTAAAGCCCTTTGAGTGGCTTCCCATTGCACTT
5201 AGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGGCCAGGTGCGATGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGG
5281 GCGGATCCCCTGAGGTTGGTAGTTCGAGACCTGCTTGGCCAACATGGAGAAACCCTGTCTCTACTAAAAACACAAAATTA
5361 GTCAGGTGTGATGGCGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGTCAGGAGAAACGCTCGAACCCAGGAGGCAG
5441 AGGTTGTGGTGAGTTGACATCACGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCCGTCTGAAAAAAAAAAAAA
5521 AAAACCCAAACTCAATAGAAAATCAAGTTTTCATAGTGGTAGTTGTTAACAGAGAAATAACAATGAAAGCTTTAAAAAAC
5601 TCCATGAAAATTTGCAAAACTTAAAAAAAAAATGTAGAAGAGGACTAAACTTGATAAAATATTAAAAGAATTGAAACCCT
5681 TCCTAAAGGCAGCTTCTCAAGGGAGCACAAGTTCACACACAGTTTACTTTTGGAGGAACGTCTGAGGTCATGAGGACTAG
5761 ATTCTAGAGCTACAGGTCTCAGGGACAGTCTCGAGGGATACAGGGCCCCCATCACCACATCCCCAGATTTAACCGCAGCA
5841 GCTCAGCTTTTATCTGTATCTGTTGGAGCTCTCTAGGAAATGTCAATACCAAAGCAAACCCAAATCACAACTAGATTAGA
5921 TTACTATTCAAGAGAATGATTCTCTACCGAAACTCTGCAAAATGGGGATATCAAGAGAGTTGGAAAATGTAAGACGTAAA
6001 GACCATAATCAGGAAAATACGCATCATATTTGTTATTCACTGAGAGGGAGGAATTTCCACTTAAATCCTATTTCCAGCAG
6081 CTGGATTGTGCTCTCAGTGGAGTGCTCTGGATTCTGATTAATAGAGATTTTCTAGTCCTCCCAGCAACTTCCTTCTCAAT
6161 TCTCTTCACTTTCCGCAGATCTCGGCACCAGGGTTGCATCTTGTGGGCTCCATTGTGTTTTCACACAATGTGCTATTTGT
6241 CCTTCACAGTGTTTTGGTTTATTTTTCTGTTTGTCCATCTTGTTTTTGAACAATTGCCAGCATTTAAAAATGAGGAAATC
6321 TAAAATCTGCATTTCAAGCTGCTCTTTTTTAAAATGTGCCGTTTCGACAACACTGAGCCCACAGTCTTGAATGACAACAC
6401 TTGGGTGGAGCTGAGTGACTCCACCTGTCGGGTGGCTACACCCTTGCTCAGGGTATGCACTCCATGGTTTGCTCTATGGC
6481 CCACCATCCTGGATTGTCTCCCTGACACCAAGGCTAAGGGACCCACTTTACTCACTTATCTGCTGGGCCTTGGAAGTATT
6561 TCAGTTCGGAACCCCAATTCTAACCTTAGCTTCTCAGGCCATTAAATGAAATCTCATTTCTATGATGCTTCCTGTCACAT
6641 CACTGTGCTGCTGAGAACATGAAGTCTGTGGGTGAATTGGTGGACGGGATCCAGAATCATTACTTGGCAGTGGATTATAG
6721 TGTGATGACTCATTTCCGGTGGTCTCCAGGAGACTTGGCTGGGAGCTTCTCTTGGAGTCTAGGGTTAGCCAGAGGCTACA
6801 TGTTTTAGGCATCTTAATTCATATTTTATCTAAAGGCATATAAATCCTTAAAAAAAATCATTTGACTTCATCCTTGCTCC
6881 CTACATCCAGCCAGTAACCATTGCTTTGTTTTACATCGCGTGCTTCAGGCTTTACTACAGCCTACCTGGATTTTGCAGTA
6961 GCTTCTTAAACTGCTTAAACTTTGGATATTGCCCCAGCCAACACATTCTGCCACAGAGATCTCTCTGAGTTAAATGGGAT
7041 TGTATCATGCCCCACACCCAAGCAGATAGAAACTGTCAATAGATACACTTAGAATGAATATGCATGGAATCAAATTACAT
7121 TCAGAATCTACCACTATAGGTAGTGAATACAACAGGATAGCAGAGGCTGGGAAGGGTAATGGGGGTTGGGGGGTGGGAGG
7201 ATAAAGGGGTTGGGTAATGGGTGTAAAAATCTATAGAAGGAATATGATCTGTTGTTTGGTAGCACAATAGGGTAAATACA
7281 GTTAATAATTTATTGTATATTTCACAATAAAGGAGTGGATTTGGAATGTTCTCAACACAAATGATAAATGTTTGAGGTGA
7361 TGGATACCCCAATTACCCTGATTTGATCATTATACGTTGTATGTTTGTATCAAAATATCATATGTACCCCATAAATATGT
7441 ACAACTATTATGTATCCATAAAAATTGGAAATAAACTACCACCATCTTTCTTCAGCCTATTTTCCTATCTCCTCTCGCAC
7521 CATACTAGGCACACAATCTCTGTACCTGTGCTGTCTTCCAAGCCATTGCTCATGTTTTAAGAAATATACTTATTGTTTAA
7601 TATATCCTGTACCACTGTAGGATGACTGTAGTTAACAATAATGTGTAGTTTCAAATAGCTAATAGCTGGAAGGAAGTTGT
7681 TGAATGTTTCCAACATAAAGAAATGATAAGTGTTTGAGATGATGGATATGCTAATTACCCTGATCTGATCACTACACATT
7761 ATATGTATGGAAATATCATTGTGTACCCCATGAATATGGGCAATTATTATTTGTTAATTAAAAAAATAAAAAAAAGACCC
7841 ACCCACTGTTTAAAAAAA
Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
ID |
Duplex structure |
Position |
Score |
MFE |
1
|
miRNA 3' agcugacgGUGAGAAUGAUCu 5'
||:| |||||||
Target 5' gaatcaagCATTATTACTAGc 3'
|
3809 - 3829
|
153.00 |
-9.50 |
2
|
miRNA 3' agCU-GACGGUGAGAAUGAUCu 5'
|| ||| || ||:||||
Target 5' ttGATCTG-CA---TTGCTAGa 3'
|
1362 - 1379
|
131.00 |
-14.00 |
3
|
miRNA 3' agcugACG--GU--GAGAAUGAUcu 5'
||| || || ||||||
Target 5' tcgcgTGCTTCAGGCT-TTACTAca 3'
|
6916 - 6939
|
127.00 |
-7.80 |
|
DRVs in gene 3'UTRs |
|
SNPs in gene 3'UTRs |
|