pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6733 |
Genomic Coordinates | chr1: 43171652 - 43171712 |
Description | Homo sapiens miR-6733 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6733-5p | |||||||||||||||
Sequence | 6| UGGGAAAGACAAACUCAGAGUU |27 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | CMTM4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CKLFSF4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_181521 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_178818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CMTM4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CMTM4 (miRNA target sites are highlighted) |
>CMTM4|NM_181521|3'UTR 1 GGACCTGCCTGGATCCTCCTCCCTCCCGTCCTCGTGCCTGTCTCTCAGTCAAGTTTTCTTTCCCTTGTCCTGTCAGATTT 81 CCATGTGATTCAGTTGAATTTTGTCCTCTTTGGTAAAAGTTCATTTTGGGAAAGGGTTTCCCGAGTGGCCCAGTGGGCGG 161 GTCCGCGGTGGAGTTGGGAGGCCCACGTTCCTCAGCGTTTGGGGCTGTGGAGCAGCCGGCGTCACTGCCCAGGTCCACTT 241 GAGGTCTTACCTGCCCTGAAGCACAGGCTTCCTTTGACTCTGAGCCACCTTGTCGTGTGTATTTGTAACAAGACTTTGGA 321 TTAAATGGGGCTGCTAAGAGGGGGGAAATATGAAGGAATGAAGGGACAGCATTGGAACGGTCAGTCGGCAGTGGTTCTCA 401 GGCAGCCTTAGGCACCACCTGCTCCAAGTCAGTGTTGAGTCTGCGTGCTGGGATCCAGCCCACTCCTCATCTTCCATGCC 481 AGGGCCCCCAGGCAGCCAGCACCAGCCCAAAGGCCACAGGGCTGGGGAAAGCTGATGTCCTGTTAGGATGGCTCCCAGGG 561 ACCTCTGACTCAAGGAAGGGTGACCTTTTGTTTCCTACTCTGCTGAGAAATCACTTGATTCTTCCTCAAATGAATCACCT 641 TCCTGAACCCCAGATTCTTCTCCAGGAATATGGGGGCCATCTTGTTATGGGGACTATCTTGTTTTCCAGTTTCCTGCCTA 721 CCCTAAATACTTTGAGGCTGAATTGCAGATTTTCAGTCATTTTACCTTCTCAGGTAAAAGCCATGAAAGAAACAAGCCTA 801 CTCCACCAGCCAAAGCACTTGCCCATTTGCTGGCTTCATGAACCGCAGGTGGGAGGTGTTTGTGTTAAAAAACAGCATGC 881 ACACGCGTGCGCGCACACATGCACACACACACCCCTCTATTTTAGGGATGTGTGCTAATTTTCTAAATGCCTGCAAAGAG 961 TTCTAAAATGATTCTGAGCAGATTCGTCTAGGATTTGAAAATACTTGAATTTGCACCAGAACACACCCTTCCACCCATGT 1041 TTCAGAAGGCACTAATTGTCGCTTTGGGCGCCTCAGTGTCATAACTGTAGACATCATTCTTGGGAGTTGTTGGGGGGAAA 1121 AATCCTAGCTACTTAAGGTTTCTGATTGATTCTTGATAAAGTGAAGATTATTGTGTGTGGTGAATGAGTTCAGTGAGTCC 1201 CCATGATGCAGTAGTTTTTTTAAAAAATTAGAGAGTAATTATATCTTTTATGGAAAAAAGTTGTTTTAGTTTGTCAGGTT 1281 TTCCCTCTTTGAACTGTTTTTAATGTTTACAAACCTCACTTTAGCTCTAACATTTTGTGTTTAGCCCTCACCAAAAAGCA 1361 CTTACTGTGGCAGGAAGATTTTGCAGTAACATGGAGAAATCCCCAAGATCAAGTGCTGACAAATGTTGACAGCTTTAGCA 1441 GCGTACTGTGTAATAAATAACTCCGAGGGGGCGGCGGGGGGTCTGTGCAAGAAAGCGTCACCTTATGGACATGTGGCGTC 1521 TCATTCCCCAGAAAAGGACAGCATCTGAGCTCACAGTGTTGATCAGGCAACACTGCTGGGCTGGGGGTCGGAGTTGGGGT 1601 TAGCTTCCTGCACCAACACCTTCAGTACGATCTGAGTTGGGAGCAGTGTCCCAGGCTATGTGGCTGAGCACCACGTCTGC 1681 CTCAGGGGCTGACCCTGCTAGCCTGTTAACAACTCGTCTCCCCTCTGCTCCCACAGAGAGGGCAGCCAGGCCAGCTCACA 1761 GCTGGGTGTGCTGCCTGTCAGGTCTGTTGAGTGTGTTTGCAAAGTCAAAATTGGGCTTATCTCTCTTTGAGAGTTCCTTT 1841 TAAAATAGGGCCACAAAGGCTCAGCCTTGCATTAAATGGGGCCCACTTGGAAGGACCATCCTGAGCTTTATCAGAAATCT 1921 CCTGCTGGGAATCATGTTACTTGGCCCCCAAAAAAGGCCATCTTTGAAGTGAGATTGAAAACAAGAACACCATTCAGGTG 2001 GGCTTGTTGCCCAAGTTTTCCCAGCTCACTTCAGTAAAACCACTTGATCATCTGGTGAAAGAGGGGGGCAGGTGGTTGGC 2081 CTCCTGAGGATATGTTGTCAGCTGCAAGAAATAGTTCTGAAGTCACTGAAACTAAATGCAGATGAATGACCAAAAAGGAT 2161 GACACGCCAGAGAGTGACTTAGGAGTTAATTTGCATCTTCGTGATAGACTCTTCAGAATTATTTATGTCCCTGTAACTAT 2241 TTAATATCCTTTGTGCCGTGAGGCTCCTCGGTGGTTTTGTAAATGTTCTCCTTGTATTTAATTAACTCCCACTAGAACCG 2321 GAAGTGGTGCTATGGACGCTTTCTAGTTGATGTAATGTGTGGTTGCACATGTCATCATGTATAGACCACGTGGTGACGAA 2401 AGTTCTGGAGGGAATAGGGTTATCCAAGGTGAATATGAAGACGCCTATATTTTTCTTATATTGCCTCTATATGCAAACAG 2481 AAGACAATCGATATCTGGGGGCCTTAAAATGACCTCTTGGCAAATTGAAGGAAGCGTTTTTGCGTTTAATAGTTTCAATA 2561 GGGACCAATATCAGTTTGGTTTGGGGCATTTGAAGGCTGAGCGACCTTAGTTTTTCTCAGTGTTCTGGTGGGACGATATT 2641 GGTTTTCACATTTAAAGCAAAACTTGAAGAAACTGCAGTTGCTGTGTGCATTTGGGTTTTTTCCTGGACACTGTACAGCT 2721 GAAACCCTCAAGCATTTGGTGGAACCTCTGGTGGTTTTAGATGGATGCAAACACTGATGTCCTCAGAGAAAGTTTATTTT 2801 GGCACTGATTGGGTGGATTTGGTATTTTTTCCCTCTGATTCTCTTTGATATCCTTCTTTCACACTGCTGAAGGCATGGGA 2881 GGGAAATATGTTTTCCCTGCCTTAAAGAGGGATTACAGTCATGAAAGGCTGGAGATACTTGTTGGCCCCACATAAAGCTG 2961 GGAAGAACAGATGCAGTTTCAGATTAAAATCTCGTCAGAGAAGTTTGATTTGAAGTAAACAGCCATCCGAGGGAGGTGAC 3041 TTTTGTCTACAGAAAAAGCAAGAATGTGGCAGCCTGCACAGCCCCAATACACATCTTCCTTGGCAATGTGAGCTGAAGCC 3121 AGCATGGGCAAGTCCGGCCCAGCTCTGAGCGCTTGGCCCTGGGAAGCCAGCGGCACCCCCAGCCCTTCGGGCCCTGTTAC 3201 TGTCCCCTGGCAGGAAGGCTCACGCCTGTGGGCAGCCAGGGAATGTGTCTGACCTCCACCCTATGTCGGGTGCTTCTGGG 3281 ACAGCTTCGTGACTCAGTTGAAAACATTCTGACTCTCTTCAAGTTTGCAGTTACATCTGTGGTTCTTGGAAGCTGTCCTA 3361 GTGAGTCAGCCTTGGGTTAAGCCTGAGGAGACCAAGCTCCAACACCTTTGTGCACTCATGTACGTGAATTCTTGCTTGCA 3441 GTGAATGAGACCTGAACAACCCTAGTGGGTGCCATGTCCTGCGTGTGGCCCAGGCGTACCTTTTCTTGTAGATTCACATG 3521 AGAAACCCGTCACCTATCCATGTGCTCTGAGAGGTGGACTGAGGTCTAATCCCTTTCTGTGCCAGATTTTCTGTGGGTTG 3601 GTCTTAGCACCTAGGAGATGAATAGAGCATGGAGACACCTGAACAATTTAGTGATTCTGCAAGGCAGTGATGATTTAAGG 3681 GTTCCTATTGTCTCATCTGTGTTCAAAACAAAACAGTCATGAAGTCTTTGTGCCACTGCCTGACTGTCATCTTCTCCAGA 3761 TCTTGTTTACAGAGTAATAATGACGTTAAACAGGTATCAGAAAGGGGAAAAAGTTTCTAGGCCAAGAGCTGCTGGTGGAT 3841 TCTCTTGAGCAGAATAACAAGTTGCTTCCTGCTCCAGGGACTGCCATTAGCTTGTGAAGTCTCTAGGTGCCTTGTTATTT 3921 CCTAGTGAAGTTGCAGAATCCAGGGTTTTTTCCAGGTTTGTCTTATTTTATCAGCACCCACGTCCAGGCCCAACAGCTTG 4001 GTAGGCTGGTGAGGTCCACACACGGCCAGGTCTGGGAGATAAGGGAGGAAGCAGTGGCCTGGAACACCCCACCTGTCTGC 4081 TATCAGCACTAGACAGCTCAGGCTGTCTTGGAAACGTGTACTTTGTTAACTGCCTTCCTGTCCTCTTGTCTTTGAAAGCT 4161 GTCTCGCGTTCCACAGTCAGCTTGAGGGCAAGAGTGGGATGCTGGGGACAGGTCTTTCCCGTCCTGTGGGTGAGCTCCTG 4241 GCATCTGGCTCAGGAACATGTGGGTCCAGCAGGTGACTCTGAAGCTGGCTTGGCTGCCATCTCAGACAGGACGCAGGCCT 4321 GACACCCTCAGCTTTTAGCTTTGTAAACTTCCCTGGCGCTTTGTAGAATCTTGTGTTTCTTCTCTTCTCAGCAGATATCA 4401 TTCAAGTCACAAGAACTGTCTGGTTGAGAAAGTAATTTAAAATATTTGACCTTTTATGTTTCTTTTATTTAGAAACTGTG 4481 AGAGAAAATACCGTCAATATCTGTTAGGTCTAGAAAAATTTTCTTCCGAAAGTGAATGTTCTGTTTAATTCTTCTTCATG 4561 CAAGTGAGTGGCATTTTGTACACTCTTTAGCTTGAAGCGGAGTGGGTCCTATTGTATTTTCCCTTCTTTTGTCTGGAATA 4641 TATTCTTTTTCCATTTGGATACAGTTTTTCAACCTTTGGGATTTTTTTTTCCTTTCTAGTTTTTCCTACTCCACAAACGT 4721 AACAGTAAGGAAAAAATCACCCACAAACCTGCTGAGTTTGAATCACTGGCAACTTGCCTAGAAAAGTTCAGATGATGGGT 4801 CCTTGAACTGTGTATCTATTTCATAGGGTAAGTTTGTTGTCTATGTTTGTTTTTTTATGCTGAGGCTTTAATTCAGGTGA 4881 CTTGCTATCTAGACACCTGGGGTGGCGTGTTTTCTTTGGGATGCATAATACACAAAGGCCAGGGAGCCTTTGGCTTGGAC 4961 CCCCAGGGAGCTATTGAAACTTTTAAAGTTTGAGTTTAGGAGTAAGAACATATCTCAGACCACCTTAGTCAGCTTTGCTG 5041 ATGGGATTTAGGGCCAGGTCAGAGTTTCTTTTCATAACTGCCTGAAAAGAGAGATGGTGTGAAACAAGATTCTGATAATG 5121 GTTTGTGTGAGATTTGATCATAGTCTAAAACTATCACGTCTGAGTTGCCTTAGGATGACAGTGCTGACACCCAGTAGGAA 5201 GTATCCCATTTTTATCAGGAAAGTCAGTCACGCGTAGGGATGGTGAGGAGACGCGTAGGGATGGTGAGGAGGGGAGAGGA 5281 GGGAGACCTGCTGGTGCCCTTGCACCAGGGTGAGGCCTGACTCACGCTGCTTCCCCCCACAGGCCCTGCTTTGCTTGCCT 5361 GCTTTTTCCAGAATCGATTTTGCAAGCTTCAAGATTCTGTTCCCCTCTTCGCAGAAGTGAGGAAGGCAAATACTCAGGGT 5441 TTGAAGGGAGACCTGGCCGGCCTGAGGGCTGGCAGATGTGAGGGCAGGACACCTGGGATGGACTCGTAGGCTGACCCAGG 5521 CCCAAAGGGGGCTGCCTGTTCCCAACTCTTTCACTCTGTAACCCATTTTAAAATGAGTTTTTGAATCTTGCCTCAAATTG 5601 ACCTACTTGGATAAAATCAGTGCTTTTCCTAACTTGATTTTGTTTGACGTGGTTCCCTCTAAGAGAATGGTAGGAATTGA 5681 AACTATTTGTATATGTTGAAATTTGTAGGGGTTCAGGAACCCATGGCAGAAACACTAAACTATTTATTTACAAGTATGAC 5761 TATTTTTTTTTCAAAGTAGGCAATTCTTTGTATATTTTAAGGCAAATAATCACTTCACCTCTGGTGCCTTCCATGCGTCG 5841 CATAAGCACTCTTGTCAATCATGGAATTGGAAAAAAAGATGTACATTTAGTTAAACAAGATAACACTATTTTTGTAGCAT 5921 GATTTTAGATTGTGTCCTTTTAATATTGTTTTCAACAATGGTAGTTTTGAGGTTTTGGCCATTTTCTCTTTACACTTCGT 6001 ATGTATTTTAAAGAAGAAAAAAAACAAAAAAAATTCCCTGGCTATTCCTCTTTCCTCTCTGCTGCTGCTTCTCCTGCATC 6081 TTGTTCCTGCTTATTTAAATAGTCTGAGAGTAAGAGTATATTTCTGTGAAATAATTATAAGTCAGTATAATTGCATTTGG 6161 CATTTTTTAACCACTTGCTCAGTTTGGAGCCACTGCTCACCTCAAACAGTACAAAGAAAGTGGTTCCATATTTTACAAAC 6241 AGAAGAGTAGCATCAGAGCCCTGACCTCCTGTCTTTGGGTGTAAAATGGTGAGAGGCCGGTGTCCGGCTCCTTCCCCTGT 6321 GGTTTGGGCTGGTGAACTGAGCCCAAGTGTATTCTCTGGCCTGGGCCCCTTCCAGAATCAGTGCGAGCGTCCTGCAGAGG 6401 CATGGCCTTCCTGCCACTGCAGAGTGGGAAGCTTCCTGGGGGACCTCAGCCAGCTCCGGGGCTCTCATCTTCCACTCGGA 6481 TCTCAGATTGGTTCGTTGTGGATGCTCTGGCTAGGCTCGGCGGCCTTTTCCAGGCTTCAGGCCTGAACAAAACAGGCTGT 6561 TTGCTGTGAGGAGCTAGATGACACCAAGACACAGACACGTACTCTTCACCGGCTCCTTTTGCTTCTCCTTCCTGCAGGAC 6641 GTGAGTTATGTCTGGTCCCAAAACCCTTGAGTAAACTAGCTGAGCCATTGCAAATGAAGGTACAGATGGATTGAAACATA 6721 AAATTGTAGCTTTTGGTGTCCTTCTGAAGGGTCAGAATATGTAATTATTTGATAACCAAGGAAGTCAAGTCAGATGGCTA 6801 AGTAGTAACTTTCCAATATGATTTCTCCGTGGTACTTCACCTGGTGGCACTTTTGGGGGGCAATGTTAACAACTATCACA 6881 TTTTACTCATCAAGTCTCTTTCATTTCGGCAGTTTAAAGACACAACTGTGGGCTTTCTGAGGCGATGCCCGTTGGGCAAA 6961 CTTAGGTTTATGTGTTTGGTTTTTCAGCTGACGTGGAAGCCCTGGGTGGGCGTCCCCTGGCTGGCCTGGCTTTTGGGTTC 7041 AAGTCTGTATGTATGGAGTGGGTTGGGGCCCCAAAGCTTTGCTGCTATTGATTTGTCCCCGACAGCAGGCAAAGCCTCAC 7121 ATTGCCCTCAATTTTCCCCCTTTCATTTGAAGGACCAGTTTTTCATGGTACTTGTCTTGATCTTTTTCATAGTGTTCAAA 7201 TCTGTATTTTTGTATGTAGAGGGAAATAATTTTCTCAACACTAATCGTTAATAACTATTGTATTAAATTGTCATGAAGGA 7281 ACTTGTTTAATAAATGGACGTGTAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | BC-1 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM796037. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
PAR-CLIP data was present in GSM796038. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796037 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-1 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000394106.2 | 3UTR | UCAAGUUUUCUUUCCCUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM796038 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-1 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000394106.2 | 3UTR | UCAAGUUUUCUUUCCCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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161 hsa-miR-6733-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT075325 | SF3B3 | splicing factor 3b subunit 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT082764 | EPN1 | epsin 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT119868 | NRBP1 | nuclear receptor binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT124577 | PRRC2B | proline rich coiled-coil 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT126718 | WAC | WW domain containing adaptor with coiled-coil | 2 | 2 | ||||||||
MIRT128925 | KMT2A | lysine methyltransferase 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT135191 | TMBIM6 | transmembrane BAX inhibitor motif containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT145630 | LASP1 | LIM and SH3 protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT175518 | ZBTB33 | zinc finger and BTB domain containing 33 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT188406 | ATXN7L3B | ataxin 7 like 3B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT192486 | KNSTRN | kinetochore localized astrin/SPAG5 binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT208383 | SLC25A36 | solute carrier family 25 member 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT216690 | F2R | coagulation factor II thrombin receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT235839 | FAM217B | family with sequence similarity 217 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT257000 | RGMB | repulsive guidance molecule family member b | 2 | 2 | ||||||||
MIRT266594 | POGZ | pogo transposable element derived with ZNF domain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT273614 | SP1 | Sp1 transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT276567 | AKAP11 | A-kinase anchoring protein 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT285544 | CDT1 | chromatin licensing and DNA replication factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT291540 | LRRC8B | leucine rich repeat containing 8 VRAC subunit B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT317159 | E2F3 | E2F transcription factor 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT340688 | THRAP3 | thyroid hormone receptor associated protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT366934 | OGT | O-linked N-acetylglucosamine (GlcNAc) transferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT376193 | AP1M1 | adaptor related protein complex 1 mu 1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441983 | TSTD2 | thiosulfate sulfurtransferase like domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442059 | POU3F2 | POU class 3 homeobox 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT443190 | PDHA1 | pyruvate dehydrogenase E1 alpha 1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445133 | CMTM4 | CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445881 | WBP1L | WW domain binding protein 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449359 | DPP6 | dipeptidyl peptidase like 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451399 | FARSA | phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451802 | CDCA3 | cell division cycle associated 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT452295 | EIF5AL1 | eukaryotic translation initiation factor 5A-like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452494 | HMGXB3 | HMG-box containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453354 | ZNF3 | zinc finger protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453375 | CACNA2D2 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453719 | RAP1GDS1 | Rap1 GTPase-GDP dissociation stimulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453839 | SDK1 | sidekick cell adhesion molecule 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454009 | ALKBH5 | alkB homolog 5, RNA demethylase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454371 | PIGS | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class S | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454729 | ARSK | arylsulfatase family member K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455227 | KIAA2013 | KIAA2013 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455866 | SLC35C2 | solute carrier family 35 member C2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT456386 | KLHL12 | kelch like family member 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457017 | ACADSB | acyl-CoA dehydrogenase, short/branched chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457048 | NEGR1 | neuronal growth regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457402 | BACE2 | beta-site APP-cleaving enzyme 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457808 | KLHL25 | kelch like family member 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458361 | C3orf80 | chromosome 3 open reading frame 80 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458678 | MRI1 | methylthioribose-1-phosphate isomerase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT459629 | GABARAP | GABA type A receptor-associated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT460955 | MUL1 | mitochondrial E3 ubiquitin protein ligase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462241 | PRSS16 | protease, serine 16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462472 | FIZ1 | FLT3 interacting zinc finger 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462572 | STS | steroid sulfatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462931 | ZNF827 | zinc finger protein 827 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463442 | ZC3HAV1L | zinc finger CCCH-type containing, antiviral 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464129 | VPS35 | VPS35, retromer complex component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464688 | UBE2V1 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465653 | TNPO2 | transportin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465951 | TMEM189-UBE2V1 | TMEM189-UBE2V1 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466032 | TMEM189 | transmembrane protein 189 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466577 | TBC1D2B | TBC1 domain family member 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467506 | SMG1 | SMG1, nonsense mediated mRNA decay associated PI3K related kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467786 | SLC2A14 | solute carrier family 2 member 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468104 | SH3TC2 | SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468292 | SFT2D2 | SFT2 domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469004 | RNF41 | ring finger protein 41 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469753 | RAB2B | RAB2B, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473205 | MINK1 | misshapen like kinase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT473314 | MEX3A | mex-3 RNA binding family member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473549 | MAVS | mitochondrial antiviral signaling protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474269 | LATS2 | large tumor suppressor kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT475111 | IPPK | inositol-pentakisphosphate 2-kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT475436 | HYOU1 | hypoxia up-regulated 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT475751 | HDLBP | high density lipoprotein binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT475972 | GTPBP2 | GTP binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476480 | GATAD2A | GATA zinc finger domain containing 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476595 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476684 | FURIN | furin, paired basic amino acid cleaving enzyme | 2 | 2 | ||||||||
MIRT477261 | ERGIC2 | ERGIC and golgi 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT477647 | EFNA1 | ephrin A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT477790 | E2F2 | E2F transcription factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT477871 | DYRK2 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478012 | DNAJC8 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479558 | CDC5L | cell division cycle 5 like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT480420 | C17orf85 | nuclear cap binding subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480642 | BSCL2 | BSCL2, seipin lipid droplet biogenesis associated | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480778 | BMP2 | bone morphogenetic protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT481554 | ARL10 | ADP ribosylation factor like GTPase 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT481689 | AR | androgen receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT481836 | AP1S1 | adaptor related protein complex 1 sigma 1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483138 | FOXC1 | forkhead box C1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483919 | SPSB1 | splA/ryanodine receptor domain and SOCS box containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484202 | SUMO1 | small ubiquitin-like modifier 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484433 | RAB7A | RAB7A, member RAS oncogene family | 2 | 4 | ||||||||
MIRT485544 | GP5 | glycoprotein V platelet | 2 | 2 | ||||||||
MIRT486558 | SLC38A4 | solute carrier family 38 member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT486727 | MGAT5B | mannosyl (alpha-1,6-)-glycoprotein beta-1,6-N-acetyl-glucosaminyltransferase, isozyme B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT490490 | GLRA3 | glycine receptor alpha 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490682 | SSTR1 | somatostatin receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490792 | PSMD3 | proteasome 26S subunit, non-ATPase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT491060 | ACVR1B | activin A receptor type 1B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT492614 | PNRC1 | proline rich nuclear receptor coactivator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492768 | PDGFB | platelet derived growth factor subunit B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493988 | EHD1 | EH domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494510 | BDNF-AS | BDNF antisense RNA | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494755 | AP3M2 | adaptor related protein complex 3 mu 2 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499802 | LONRF3 | LON peptidase N-terminal domain and ring finger 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501336 | RNF44 | ring finger protein 44 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT509490 | CENPA | centromere protein A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT509643 | ZNF354B | zinc finger protein 354B | 2 | 10 | ||||||||
MIRT510147 | PDGFRA | platelet derived growth factor receptor alpha | 2 | 4 | ||||||||
MIRT510567 | UNG | uracil DNA glycosylase | 2 | 6 | ||||||||
MIRT525087 | FRK | fyn related Src family tyrosine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528452 | NXT2 | nuclear transport factor 2 like export factor 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT531970 | C12orf49 | chromosome 12 open reading frame 49 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532084 | RTTN | rotatin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532756 | LDHD | lactate dehydrogenase D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535072 | PPP1R15B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 15B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535637 | NPEPPS | aminopeptidase puromycin sensitive | 2 | 2 | ||||||||
MIRT545410 | EIF4A3 | eukaryotic translation initiation factor 4A3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT545911 | ZFP91 | ZFP91 zinc finger protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT548007 | GRB2 | growth factor receptor bound protein 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT548545 | DR1 | down-regulator of transcription 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT550075 | TRAPPC2 | trafficking protein particle complex 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553730 | TBRG1 | transforming growth factor beta regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557569 | GNPTAB | N-acetylglucosamine-1-phosphate transferase alpha and beta subunits | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558025 | EXT1 | exostosin glycosyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558139 | ENC1 | ectodermal-neural cortex 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560173 | COA1 | cytochrome c oxidase assembly factor 1 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561700 | PTP4A1 | protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565101 | UBE3C | ubiquitin protein ligase E3C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565739 | SESN3 | sestrin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566669 | NACC2 | NACC family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567040 | KCNB1 | potassium voltage-gated channel subfamily B member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569627 | ZNF746 | zinc finger protein 746 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570530 | RPH3A | rabphilin 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570939 | CPE | carboxypeptidase E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574774 | FGF2 | fibroblast growth factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620120 | LACC1 | laccase domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624338 | CISD1 | CDGSH iron sulfur domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625434 | RMDN1 | regulator of microtubule dynamics 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640528 | TET3 | tet methylcytosine dioxygenase 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT646916 | TRIM14 | tripartite motif containing 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656298 | METTL1 | methyltransferase like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660192 | BMPR1A | bone morphogenetic protein receptor type 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661360 | DYRK4 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667769 | KCTD11 | potassium channel tetramerization domain containing 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683187 | TAF1D | TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I subunit D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT685843 | ANGEL1 | angel homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688553 | DCAF16 | DDB1 and CUL4 associated factor 16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689424 | CYB561 | cytochrome b561 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698505 | TGFBR1 | transforming growth factor beta receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701232 | OCRL | OCRL, inositol polyphosphate-5-phosphatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702506 | KDELR1 | KDEL endoplasmic reticulum protein retention receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706488 | SEPT6 | septin 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713774 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716991 | ARL6IP4 | ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722644 | MPEG1 | macrophage expressed 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725254 | PARVB | parvin beta | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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