pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4255 |
Genomic Coordinates | chr1: 37161563 - 37161634 |
Description | Homo sapiens miR-4255 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4255 | |||||||||||||||||||||
Sequence | 11| CAGUGUUCAGAGAUGGA |27 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TRIM13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CAR, DLEU5, LEU5, RFP2, RNF77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | tripartite motif containing 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001007278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_005798 , NM_052811 , NM_213590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TRIM13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TRIM13 (miRNA target sites are highlighted) |
>TRIM13|NM_001007278|3'UTR 1 AATCTGTTTCAAGTATGCAGTTTTCTTTTGTTAGAAATTGTTAGAGAATAGAGAGTGGTAATTCAGATTTGGTCAACGAT 81 TCTAGTCACATATTTTCCTCCAAAAGTATTCCTTCCAAAAATAATCTATACATGTTCAAATTAGGTAGCATAAAGATAAA 161 AGTGAAATTTAGTAGTATAGGCCTGAACCTTTTTTTGTTTAAAAGAGTGCTTTTGAAATAAGCATCCACCCCAAATGTTG 241 GTTGTATTTATGCTGTGATAAAAATAGGTGAGAGATCATATGATCTAATATTGTATTGATGGAAGTATAGGTAGTATAGT 321 AGTGATTGTTCTTCAAGCATGCAGTAAAGATCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCGCC 401 CAGGCTGGAGTGCAGTGATGCAATCTTGGCTCACTGCAGCCTCTACCTCCCAGGTTCAAGTGATTATCCTGCCTTAGCCT 481 CCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTTGAGACAGGGTTTCACTG 561 TCCCTTAAGACCATCCTGTTAGCCAAGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGC 641 TGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCAAAGACTGCTCTTAAAGCACCTTTTTGACAGTGAACATGGTCTAAAA 721 AAGGGAAGATATTGTAGAAGATTTCACACACACACGCGTGTGTGGGAGACAACTAAAGGTATTGAAGGTACTAATTAATT 801 AGATTTCCAAAATTTTCTACAGAGAGTTAATTATCACCAAAATGTGAATGGTACATACAAAACCTGGCATTTTCTTGTGA 881 TAAGTTTACATTTTTAGGAGAGTGGAGCTTTCAATCTGCCCTTTTCTCCTTTGTTTTTGTAGTTTTCACCAAAGATGATC 961 AACTAGAAATGTTAAGTGGCTATGCAAGCAAAAGCATAGATAGGTTAAAAAAAAGGATCAGCTGGCTGGGCAGGGTGGCT 1041 CATGTCTATAATCTCAGCATTCTAGGACAGTGATGTGGGAGGATTATTTGAGGCTAGGAGTTCCAGTTCGAAACCAGCTT 1121 CGTAAACATAGCAAGACCCAGTCTCTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATACAC 1201 ACACACACACACATATGTACACATACATATATATACATATATATGTATATATAGAACACATGGCAAGAGCAGGAAATGGG 1281 AAGACTACCTTTTTTCTGGCAGCTATGTGTTGTTTTGTTCGAAAGATGGCAAGTGTACAACCAAACCAATCCACTTGCTT 1361 ACAGAAAGAATGTTTAGTGTAGTTAAGACTAATTTGACAACAGATAAAACAGTCTGTCAGCTATTACAAAGTAATCAGCT 1441 GAACACTAATGCTGTTCTGTCTGCTCACAAGAGATAAAGATACCCTCTCATGGAATAAACACCTTGCTTAGAATTCATAT 1521 AACAAAGAAGTAACCTTATAACTGCTCTCTAGTCTGCCTTATTTGTGTCATAGAGTAAGATATTCCTTGAAAGCCCATTA 1601 AGTGGAATAGACTTTCTGAAAATAAGAGTTCTTTACCTCAGTCCTCCTCTAATTTGGTTGAGAGGAGGTAATGAAAATGG 1681 GGACAGGATAAAAGGTGGCAACTAAATTTAAAGCACAGAAGAAATGATTTCCTTCTAGCTATGAGAATAGTCAAATTGAG 1761 CTTGCCAGGCTGTCTCATTCCTAACATGTAATTCATGATTTAGCCACTAAATTTCTAAGGAGATCATAAGAAATTAAGAA 1841 AAACGTTTAAGTCTAGCCTCTGCGTGGTAGACAGGTATGGGGAGGGAGAATGCTTTTCCCCTCCCAGTAATAAAAAAAAA 1921 AAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTTTTACTAGGTT 2001 TTCATGGATAAGTTTTTAAATGTAAGACAGGAAAGGGATCTATTTGATGTCTATCTTCAGATATATTGGCAGTTTTCCTT 2081 AAGCTATTTAGTTCCTCATCTGTTGCTTTTTCATTTTGTATACTGCAAGTTCCCAGGCAACTCGAATTTGCAAACACAGC 2161 CATGGATACACTATTTACCTTACAGTAGTTTCCTGGGAATCTAAGTCTGGTTTTTGTTATTCTTCCCTCCCCTCCACTGC 2241 ATAATCATGTATAACTAGCAACATTTATGGTTATAGGTTGATTTCCTAAGTGTGGCTGATGGTAGCCTCTAGTTTGAAGT 2321 GAGGGAAGAATGAGTAGTCAGGAACTGGTCACTTTGAATGTGGGAGGGAAGATATTCACGACAAGGTTTTCTACGATAAA 2401 GCAGTTTCCTGCTTCTCGTTTGGCACGCATGTTAGATGGCAGAGACCAAGAATTCAAGATGGTTGGTGGCCAGATTTTTG 2481 TAGACAGAGATGGTGATTTGTTTAGTTTCATCTTAGATTTTTTGAGAACTCACCAGCTTTTATTACCCACTGAATTTTCA 2561 GACTATCTTAGGCTTCAGAGAGAGGCTCTTTTCTATGAACTTCGTTCTCTAGTTGATCTCTTAAACCCATACCTGCTACA 2641 GCCAAGACCTGCTCTTGTGGAGGTACATTTCCTAAGCCGGAACACTCAAGCTTTTTTCAGGGTGTTTGGCTCTTGCAGCA 2721 AAACAATTGAGATGCTAACAGGGAGGATTACAGTGTTTACAGAACAACCTTCAGCGCCGACCTGGAATGGTAACTTTTTC 2801 CCTCCTCAGATGACCTTACTTCCACTGCCTCCACAAAGACCTTCTTACCATGACCTGGTTTTCCAGTGTGGTTCTGACAG 2881 CACTACTGATAACCAAACTGGAGTCAGGTATTTTGTACTTTGCAGTATTTCTCTTGTATACCAGTTTGTGATGTTTTCTC 2961 TAAAAACTTGAAGTTCCTCAGGCCTGTAACTTCTGGAAAAGATGATTATTCAAAATAATGTTTTGGGGTAACCAGTGGAG 3041 TTGGGTAGAATGACCAAATAATTATTTTCCAAACTGGGATACTTTTTAGAGTGAAAGGGGCTATTATTAGGTGGGACAAA 3121 AGGAATAAATGAAGACTGCCCAGAAAAAACTGAGACTATGGACATTCAAATCATGGGAGAAAATAATTTTGTAGATTATG 3201 TTCCATTGCTAATGAATTTGACTTAGAAAAGAATTGCCTTATTTTTAAGAGATTGTTTCAGTGGTTCACATAAAGGCTCG 3281 CTCACTGGTTTCTCTTGAGTTCCTTACACACTATATAAGTTGTTCTTTCAGTTTTATGATTCAACTACTGTTTTTCCTTC 3361 AGCTGACTTTATTTTTAAACACCCTTAAAGACAGATATATCTCATGGCAAATTTGGTATCCTGTTACAGCCTTGGCTCTT 3441 AAACAACTCAAAATATTGGGATAGGCTGTCAGTATGTTAAGGATAGTTGCTCCTGAGTCAATTCTTCACTTACTCCCTCT 3521 GTTGTTCTTGGCTGGATCCTAACGCTGATTTCCACTCTGCTGTCACAAACATTTTTCCCCCCGTAAAATGTCTTAATGCT 3601 GTCCTACCATTATTTTACCAACTGTGAAAGCTGGCTTTAATTTTTAGGAGGAAAAGAAAAGCCTGCATGTGTTCTTTATT 3681 GGTATCATTTAAAATATACTTTTTTTTTTTTTTTTGGTAAAGGTAGGCGTATTTTAAGATATTTTCTTAACTTGAGCAGT 3761 AGCCAACAGGAAGGATACCAGTGTCTCTCTCTCTTAGCGACACACTCCTTGGTCTTGCTTACCAACTGGAGGACACTAGG 3841 TAGAATAACCGAGTATGACAATTCTTAATTGTTTACATTTTATAACTTCCTGTCCTTCAAAAGAGTTTGAAATGTCATTT 3921 TGGGAAAAGAGAGCCAGTCAAGCTAGTAGGCTGATTGTGAAGAAAATCTAATACCTTATCTTTATCTCAAACCTCTGTAC 4001 AACTTTATTTTCATTGATGGGATACTTTAACAAAAATGAAATTTTTTTTGGTTTTTAAAATATGAGTGATTATGACCTCT 4081 TTGGGGATCATGCTTCAAAAAGTCAGAAACCTAGAGACAAAACTGTCATTGATTTTTAAGAAGAAACACACTAGGTCAAA 4161 AGAAGATGTCCTGGAAATACGAAGTACTCTTTAAAAACCATGCATTTGGAGAAAGTAATTGTTTCCTTGAAAAACATGAT 4241 TAAAAACTAAAACTGGGATGTTCCTGTGTGTACACAGTGCCAAATGGTTTTCCCTTTTTATGTTGTGTTTTAGAAACAGC 4321 ACGAAAGTTTTTTCCATTTTAAAGTGAGAAAACATTATATTTAGACTTCCATAATTCCAAAATCAGAAGCTATTTTTAAA 4401 ATTAGCATTTTCTTGCATCACCAAATGGTATTCAATTGTTTGAAGCTCAAAATTTTTACCATTCCATAAATGTTTGTGAA 4481 TTTTTAGACAGTGCCAATTTAAAAGTAGAGATAGCCAATCTGAATACGGTGAAATTATGGGGATCTCTGGTGATTGGGAT 4561 GAAAACTCTGGCCTTAAAAGGTCCACTTTTAGTATATAATTGCCTAATTAGCAATCATTTTTATTTTTTGCTCACTCCCT 4641 GGTCTGAATCTATCTGTCTATTCAGATATTTTTTGGTAGGTTTGGAAAATGGAGAAGTGAGCCTAATTGGTGCCTAATTG 4721 TCTGGTGTATCATTCACTTTATTCAGTTTGTTCTATCAATATGATTTACCCCTCAAGGTTAACCTAGCAGGTTGCTCAGT 4801 TATTATCTCTCAAGGTCACAGTACTAGAAATACTTGGCTTGCATCTTTCAGATGCCATTCATGTTATCAAGCTCAAATTA 4881 TAGTTGGTCACAGGATTCTAAAGTCTTTATTTGACTTCTCCTTTTTGAACTGGCTCAAATGGAAAAGTGTAGTTGCTTTT 4961 AAATGTTAAAAATAAGTTTAAACTTTATATTTCCCATTGGTTTCCCCTATTTTGTCCTTTCTTTGTGTGCTTGAAATATT 5041 TTATTTTTCAGTTTGTCCTCATAGGGAATCAAGTATTTTAGCTAGGTGATGTCTTGCAAGTACGTTCCACTTTGTTACAA 5121 TCTACTATCTGTATATACTATTTGTATCTTAATTCTTTTATGAGATGTTCTGTAACATTTTTCTCACTTTGACAAATGTT 5201 TTTAGACTGTACAGTCAAGATCTGGCGCTTGGGGGTAAGTGGAATGATTTGCTAATATTGAGAATCTGTTGTATCAAACA 5281 TAATAAACTTTTTTTGAGATGTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | BC-1 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM796038. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796038 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-1 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000378182.3 | 3UTR | ucaagcuuuuuucagg |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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79 hsa-miR-4255 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT086447 | NABP1 | nucleic acid binding protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT100423 | HSPA1B | heat shock protein family A (Hsp70) member 1B | 2 | 8 | ||||||||
MIRT105339 | SLC7A2 | solute carrier family 7 member 2 |