pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4662b |
Genomic Coordinates | chr8: 124821978 - 124822058 |
Description | Homo sapiens miR-4662b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4662b | |||||||||||||||||||||
Sequence | 50| AAAGAUGGACAAUUGGCUAAAU |71 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | IL17RA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CANDF5, CD217, CDw217, IL-17RA, IL17R, IMD51, hIL-17R | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | interleukin 17 receptor A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_014339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on IL17RA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of IL17RA (miRNA target sites are highlighted) |
>IL17RA|NM_014339|3'UTR 1 GGGCGGCTCCCCAGGGACCGCCCAGATCCCAGCTTTGAGAGAGGAGTGTGTGTGCACGTATTCATCTGTGTGTACATGTC 81 TGCATGTGTATATGTTCGTGTGTGAAATGTAGGCTTTAAAATGTAAATGTCTGGATTTTAATCCCAGGCATCCCTCCTAA 161 CTTTTCTTTGTGCAGCGGTCTGGTTATCGTCTATCCCCAGGGGAATCCACACAGCCCGCTCCCAGGAGCTAATGGTAGAG 241 CGTCCTTGAGGCTCCATTATTCGTTCATTCAGCATTTATTGTGCACCTACTATGTGGCGGGCATTTGGGATACCAAGATA 321 AATTGCATGCGGCATGGCCCCAGCCATGAAGGAACTTAACCGCTAGTGCCGAGGACACGTTAAACGAACAGGATGGGCCG 401 GGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACACTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACTCTGAGGTCAGGAGTTTGAGC 481 CAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCCACTAAAAATAGAAAAATTAGCCGGGCATGGTGACACATGCCTGTAGTC 561 CTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGTGCCATT 641 GCACTGCAGCCTGGATGACAGAGCGAGACTCTATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATGGTCACGCGGGATGTAAACGC 721 TGAATGGGCCAGGTGCAGTGGCTCATGCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGGCGAGGCAGGTGGATTGCTTGAGCTCAG 801 GAGTTCAAGACCAGCCTGGGCGACATAGTGAGACCTCATCTCTACCTAAATTTTTTTTTAGTCAGTCATGGTGGCACATG 881 CCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGATGCCAGATGATCACTTGAGCCCAGGAGGTAGAGGCTGCAGTGAGCTATAAT 961 GGTACCATTGCAATCCAGCCTGGGCAGCAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAAATAAAAAAGTAGAAAGATGGAGTGGAA 1041 GCCTGCCCAGGGTTGTGAGCATGCACGGGAAAGGCACCCAGGTCAGGGGGGATCCCCGAGGAGATGCCTGAGCTGAAGGA 1121 TTGTGGTTGGGGAAAGCGTAGTCCCAGCAAGGAAGCAGTTTGTGGGTAAGTGCTGGGAGGTGAGTGGAGTGAGCTTGTCA 1201 GGGAGCTGCTGGTGGAGCCTGGAGGGGAAGGAGGGAGGCAGTGAGAGAGATCGGGGTGGGGGGTGGGGGGATGTCGCCAG 1281 AGCTCAGGGGTGGGGACAGCCTTGTGCGCATCAGTCCTGAGGCCTGGGGCACCTTTCGTCTGATGAGCCTCTGCATGGAG 1361 AGAGGCTGAGGGCTAAACACAGCTGGATGTCACCTGAGTTCATTTATAGGAAGAGAGAAATGTCGAGGTGAAACGTAAAA 1441 GCATCTGGCAGGAAGGTGAGTCTGAAGCCCTGCACCCGCGTTCCGACTATCAGTGGGGAGCTGTTAGCACGTAGGATTCT 1521 TCAGAGCAGCTGGGCTGGAGCTCCCCTGAGCTCAGGAAGCCCCAGGGTGCAAGGGCAAGGAAATGAGGGGTGGTGGGTCA 1601 GTGAAGATCTGGGCAGACCTTGTGTGGGGAAGGGGTGCTGCTGTGACTTCAGGGTCTGAGGTCCAAAGACAGCATTTGAA 1681 AAGAGGCTCTGAAGCCAGTGTTTGAAGAATTTGTTCCTGAAGTACCTCCTGGGGGTAGGCTAGAGGCTTCTGGCTTCAGG 1761 GTCCTGAAGAACACATTGAGGTGCCGTCTGACACTGGAATAGGGTGCCCTTCATTCCTATGCCTGAGTCCTTAACTATAT 1841 TTCCAACCTCCAGTGAGGAGGAGAAGATTCGGAAATGTGACAGGAGAGCAAACAGGACAGTTTGCATGTGTGTGTGCGCA 1921 CACATACATGTGCGTGAAAGATTATCAATAAAAGTGCATAAATTTGTTGATCTGGTAAGAGTTTCTAGCAGGAAGGTCGA 2001 GCCACTTACTGTAGGTCAAGAAGTTGCTAGTTGCGGAGTTTTTTCTTGCAGTTAGACTTTACCTAGTGGTAGCAGGGCCA 2081 CCAAAGCTCTGTGTCCCAGATGGTGTATGGCCCATAATCCACCCAACAGCAGCAAAGGACCAGGCAAAGGAGAACAGGAG 2161 CAGAAGCCTCCCAGCCACTAGCCTTTTGGGCTCAGTCTCTCCAATAATCCTGGAGAGGGGCTTCGTTGGGTCTGGACACC 2241 TACCATGCATTCTGTGACCTTTCCCTAGCTTCCAATAAATAACTGTTTGACGCCCAGAGTACAGGATACCACAATGCACT 2321 CTTCCTGCGTAGAGCACATGTTCCCATCTGCTCCCATTCCTCAGGAACCTTGAATTCTAGCTCTGCTGGCCTTTGAGCCC 2401 ATGCCAGTAAATGTCCTGATGGGCATTGCCTACTATCTCCAGGGCAGCTGCCTTTGTCCTCCTAACAGCTTTATTGGAGT 2481 ACAGTTCACTTACCATACAATCCACAATTGACCCTGCACAATTTGATGCCGGTTTAGTATAGTCACAGTTCAGCAGCCAT 2561 CAGCACAGTCAGTCTTAGAGTTTACTACCCCCAAAAGAAATCCAGCCCCCCTTAGTCACCACCCCAACCTCCCCATCCCT 2641 AGGCACCCCTAGGCTACTTTGATCTCTGTAGACTTGCCTCTTCTGGACATGACATAGAGAAAGGAGTCATAAATTCTCCA 2721 AGGTGTCTGTTTCTTCTTTAATGTCATTCCCTGTTTCTCCTCACATTCCCTCCCCATTTCCTGGGCCCAGTCTCACACTG 2801 GTCCTTGCTTACCCTAAATGCTATTAATTCCATCACTCTGAGTATGGTGTTTGCTGTCCGCTGAATGCCAAGAGCTTCAA 2881 GAGTGTGTGTAAATAAAGCCACACCTTTATTTTTGTATTATTCTGAACCATGGCTAATAAATTGTTTCACCAAGAAATGT 2961 CTCTCTAAGAACAGGTGCCCTCCACGCTGTGCCCCTCCCACCTCTTCAGCTCGTCTCCTGAGTGTGCAGAGGTGGTTCCG 3041 GTTGGGAAAGAAGCAGCGGAGCATCTAACCATGCCTGTGTCCAGGCCGATTATGCACGCAGCCACCAACAAGCTCCCAAC 3121 TCCCGCGTAGAGTTTCATGACTTTTTCCTGCCTACTATCTTGATCCTAGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTAAGGAA 3201 TAATTACTTTGATTCAAAACCAGTTTCTCTTTTCTGCATAGGAAGGTCCTTGAAGGTGTTTAGGGTCTAAAAAGGGTGGT 3281 GTTCGGTCTCTGAAACATCCATTCAGCAGTTTGAGCTGGGATCTCTGAATGCAAGGGTATGATGGATATACTTCTTTCTT 3361 GCTTTTGTTGTGTTTTGGTTTTTTGTTTGTTTTTAAGTCAGGGTCTCTCTGTCACCAGGCTGTATTACAGTGGTGCAATC 3441 ATGGCTCACTGCAGCCTCGACCTCCCAGGCTCAAGCCATCTTTCCACCTCAGCCTGCCAGTGGCTAGAACTACAGGCGTG 3521 CACCACTGTGCCCGGCTAATTTGTGTGTATATATTTTGTAGAAATGGGGTTTCACCATGTTGTCCAGGCTGGTCACGAAC 3601 TCCTGGGCTCAAGCCATCTGCCCGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCCTGAGCCCACCGTGCCTGGCCTTT 3681 CCTGTTTATCTTTGAAAATTAAATAGGGCATAAGAGAGAAGAAGATGTACTTACAATGCAGTGGGTGGTTTTAACTCTAT 3761 AGCCTTTGGGCTCTGTGGTTGGTGCTCCCCTTCCTAAATAAATGAGGTGTATGCAGGGCCCTCTTCTGCCTTAGCGCCCT 3841 GCCAGCTGGGACTCCAGCAAGGCCCGGGGCACCTGAGGACAGAGTGAGATGGAGGGCCGCTGCTCCAGCAGCCGGGCCTG 3921 CATCCCACAAGTCAACTGTGTCGGACAGAGGATCCTTACAAAGAAGAGGCAGCAGGGTTGGGGGCTGGCCAGCTGCTCGT 4001 CCGCCCTAGGTAGCTTGCTCATCTGTAAAGTGGGTGGGGCAGGAGTTCCCACCTCATGGGGTCCTGGCAAGCCTGCAGTA 4081 TCCCCGAGTGGCACCAGCCTGCTTCTGGGGCAGAGCAGTTTGTGCCCCCTGAGGTACCACTGATCCTCTTTCCCTGCTAT 4161 TAGGTATTGCTCTCTTCCTCCGGTGTTTGCCTTTTCAGATTATAGAAGTAATATGTGTTCCCATATTTGGCGTCTCTCAG 4241 GAGCTCAGGAAGTACTTGGCTGAGTGAACATGTCCATTGTGGAAAAATGGCAACAATATGGATTCCATGGGTATATTTTA 4321 TAGAAGAATATGAAGAAAAGCAGCTACCCCTAAACCCATTGCACAAGCTGTTCATGTTAATTCTGTACCCGACGCTTTCC 4401 CCACGGGGCCTCCCCTCACTCTGAAATGGCATCCAGGTCCATCTTGCCCTCCACCTCTGCATGGCTCTCCATGCCCCATC 4481 GCCTCTCCCAGATCCTAGCACTGGGTCCACACTCTCGCCCTGTCCATTTAGGTTGATGAAAGCAGGCAGTCACCCGGGTG 4561 GGCCAGTCTTGCCTGTGGGAGGAACATGCAGTCTCCTGTCTCATGGTTTGAAGTGTGCCAGGAAGCCTGGCCCAGCCCAC 4641 CTCCCCCTGGAGTCCTTCCCAGGAGGAATAACCCCTTAGGTCATTGACTATAAGATGAGTTCGCTCACTGGATCCTTCCT 4721 CTCTGATGAGACAGGAAGAAGGTACACAGTGACCAGGTAGGAGGAGGAGAGGGAGTAGAAAGGAGGGATGCGGGTGGCTG 4801 GTCCCTGCATTTGCCTGCTTCCCTGCACGGGTGTCCCACTGGCCGCCTCTGCTCACCAGTGTCATGGGATTCTCTCAGAA 4881 GATGAAAACAGCCCCTGCTTTTTTGCTAGAATGGCTGAGCTTTCATGGAAAGGAAGCTGGACCCAAGCAACAGCCGACTA 4961 CCGAAGGTTGCCTGGAGCAGTGCAGATGTGGGAGGAAGAAGGGCCTTGGTGCACACTGGCTTTTCTTCCTGACTGCAATG 5041 TGGCATTGTGCCAGCTACCTCCTCTTTCTCGGCCTCAGGAAAATGGAGAGAAAGCAGCCCTGAAGGTGGCTGTGACGAGG 5121 GAAGGGGCAGAGGGCCTGACAGTCAACCACGCGCTATATTTTCCTGTTCTTCCTTAGGGCAAGAACTGCATGGCCAGACT 5201 CAGGCAAGGCCTAGGTGTGGGCTGGGCATTGCCTACACGTGAAGAGATCACTCCGCGTCCCTACTGCACCTGTCACAAAG 5281 TGCCTTCTGATATGCCTGGCAAACCAAAATCGGTGAGCGCCAGCTTGCTTCCCTAGAAGACATTTCTAAATATTCATAAC 5361 ATGCTTGCTCAAATCAATCACCTTATTTTACATCCGCTCCAGGGAGAAATGAAGACATGGTCCTACGTTGTTCTGTAATT 5441 ATTTTCTATGTAAATTTTGTTCCTTGTTACAATTATATATGTCTTAGGGGAAAGGACCATTTCACATGTGTCACCTCATG 5521 TGATTCTCACCACAGCCCTGTGATTGCTCCTGTTTTATAAATAATGACATAGTTCCAGTTGATGGCCAAAGCCACAGCTA 5601 ACGAGAGGCAGAGAGAGCTCAGGCTCCCAGGAGCTTCCACTCTCAGACCTTGCCTCCCGGGCTGCCCTGAGTGAAACGCC 5681 TGCTTAGCATTTGGCACAGCCAGAAGCAGCAAGCTAGGGTCACAACACAGAGAGGGGCTGTGTAATACTGGCTGCCTCTG 5761 TGCTAAGAAAAAAAAAAAATCACTGTGTGTTTGTTTATTTTGGTGCAGGCCCAGTGTTCTTGCTTAGACTTAATACTACC 5841 CTTCATGTTAAAATAAAACCAAACAAAAACCCAT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | BC-1 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM796037. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796037 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-1 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000319363.6 | 3UTR | UCAAGCCAUCUUUCCAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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74 hsa-miR-4662b Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT055639 | TRUB1 | TruB pseudouridine synthase family member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT056782 | ARID5B | AT-rich interaction domain 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT060844 | CEP350 | centrosomal protein 350 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT069982 | GEMIN2 | gem nuclear organelle associated protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT071727 | CCNK | cyclin K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT105115 | MYC | MYC proto-oncogene, bHLH transcription factor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT122207 | TNPO1 | transportin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT125595 | SCD | stearoyl-CoA desaturase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT164186 | SCOC | short coiled-coil protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT175513 | ZBTB33 | zinc finger and BTB domain containing 33 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT305086 | SRPRB | SRP receptor beta subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT305178 | SLC25A36 | solute carrier family 25 member 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441913 | KRT78 | keratin 78 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442485 | TBC1D19 | TBC1 domain family member 19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445024 | PPARA | peroxisome proliferator activated receptor alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447763 | TTLL7 | tubulin tyrosine ligase like 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447927 | SCRN1 | secernin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450058 | IL17RA | interleukin 17 receptor A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452799 | FAM136A | family with sequence similarity 136 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453410 | RHD | Rh blood group D antigen | 2 | 4 | ||||||||
MIRT453687 | CEBPD | CCAAT/enhancer binding protein delta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455278 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | 2 | 10 | ||||||||
MIRT457140 | ASPH | aspartate beta-hydroxylase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462837 | BCL3 | B-cell CLL/lymphoma 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469805 | RAB14 | RAB14, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471481 | PDE7B | phosphodiesterase 7B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473885 | M6PR | mannose-6-phosphate receptor, cation dependent | 2 | 6 | ||||||||
MIRT474190 | LETMD1 | LETM1 domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT475892 | H3F3C | H3 histone family member 3C | 2 | 8 | ||||||||
MIRT477569 | EIF1AX | eukaryotic translation initiation factor 1A, X-linked | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478765 | CS | citrate synthase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480210 | CAD | carbamoyl-phosphate synthetase 2, aspartate transcarbamylase, and dihydroorotase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490709 | FSTL4 | follistatin like 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT491431 | PDZD11 | PDZ domain containing 11 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT493383 | KIAA1614 | KIAA1614 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT493699 | H3F3B | H3 histone family member 3B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT500563 | XBP1P1 | X-box binding protein 1 pseudogene 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT502297 | GNG12 | G protein subunit gamma 12 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT503321 | FICD | FIC domain containing | 2 | 4 | ||||||||
MIRT504119 | C9orf170 | chromosome 9 open reading frame 170 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT506389 | NUCKS1 | nuclear casein kinase and cyclin dependent kinase substrate 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT515598 | FBXL13 | F-box and leucine rich repeat protein 13 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT517664 | TRIM72 | tripartite motif containing 72 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT526185 | FBXO32 | F-box protein 32 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527110 | ARHGAP15 | Rho GTPase activating protein 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527952 | GDI2 | GDP dissociation inhibitor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532979 | ZNF12 | zinc finger protein 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533169 | WEE1 | WEE1 G2 checkpoint kinase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT533999 | SUZ12 | SUZ12 polycomb repressive complex 2 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536186 | MAOB | monoamine oxidase B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536652 | INIP | INTS3 and NABP interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539222 | ANP32E | acidic nuclear phosphoprotein 32 family member E | 2 | 6 | ||||||||
MIRT540562 | PPIC | peptidylprolyl isomerase C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543311 | ZNF585B | zinc finger protein 585B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546632 | RTN4 | reticulon 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554550 | RRN3 | RRN3 homolog, RNA polymerase I transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558356 | DNAJA2 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561115 | CLEC2D | C-type lectin domain family 2 member D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565475 | SPRY1 | sprouty RTK signaling antagonist 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565551 | SMG1 | SMG1, nonsense mediated mRNA decay associated PI3K related kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566499 | PBX2P1 | PBX homeobox 2 pseudogene 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570932 | ZNF284 | zinc finger protein 284 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573947 | ZNF708 | zinc finger protein 708 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611173 | ZNF347 | zinc finger protein 347 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643364 | TRIM10 | tripartite motif containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647543 | NLRP12 | NLR family pyrin domain containing 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656664 | LPP | LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661960 | FAHD1 | fumarylacetoacetate hydrolase domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669283 | C19orf44 | chromosome 19 open reading frame 44 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670210 | SLC24A4 | solute carrier family 24 member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675813 | MED28 | mediator complex subunit 28 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT676226 | TMEM91 | transmembrane protein 91 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694354 | CHST6 | carbohydrate sulfotransferase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696276 | TACO1 | translational activator of cytochrome c oxidase I | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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