pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4251 |
Genomic Coordinates | chr1: 3127975 - 3128035 |
Description | Homo sapiens miR-4251 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4251 | |||||||||||||||
Sequence | 35| CCUGAGAAAAGGGCCAA |51 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | SOLiD | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZDHHC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | DHHC2, ZNF372 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger DHHC-type containing 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_016353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZDHHC2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZDHHC2 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZDHHC2|NM_016353|3'UTR 1 CTCTTCAAGCAAGATAAATTCATACTTTATAAAAGTATCAATGCTGTAGATGGATGGAAGAGGCTTCCCACAGGAAGGTG 81 CCACCAGTCAGTTGTGCCTATGTCCCTTTGGCTGGAAATGCAGAATATGAATTGATTAGTTCTCTCCAAGCCATTGCTTA 161 AAATATAACATGTTTTGGATCCAATACACACATTGTTACAACTAACACAAATTCCTATTAAATATTAAAAGTAGTTCTGG 241 TTTATTAATCAACGGGGAAAACATCTTCTCCAAAAAACTTGGAATAAATCCAAGGACCAGTTTTTACCCAAATATATGGG 321 TAGCACAGTTTATCACATAGAAACTCCATTAATCATCTGATTTTCCGAATCTGAAAATTGAGACTATTAAGATATTAGGA 401 TTTCAGAGATTTCAAGTCACATTATAATGATAAGCATTATTCATAAAACTTGTTACCTTTAAGAAGGTGGAAGTGGCAAA 481 CCATACTTCTTTTTTTTCCTCTGATGTGAATCCAGCCTCAGACTGAGTGAACTGTAATAATTATGAATTCATTACAGAGT 561 CCAGGTGGCCTGCAGTTGAAGATCATCAACCATTTTTGCCTCACTTAATTCCAGCCTTTTGTTTTCTGCTGGAAAATAAG 641 TGTGGACATTGAAGCTTGAGCTCTCAAAGCAGTTGGCTGGAATACTTTTGTCAGAATACGGTACATTTCTATTACATCAG 721 AAATATATTTTCATCTCTTCTTGTTAAATTGGGAGGAAATTTATGATAGCAATTATGAAGATTGTTTTATGACATTCTTT 801 TGTCAGTTTGGCTTTCTAAAAATCTCTTTTTAGATTATTTCTCCTGTTGAACATAGTAAAACTATTGAATTTCTCTTAAG 881 AATTCCTAATAGGTCAATAGATTTACCCTCCAGTGATATCTATATTATTTCTTTCTCGTCTCATCAAAATGATGACAGGT 961 AAACTATATTTTTCCTTAAACACCTATTACAGTTAAATTATGCAAATCATTAAATAAAAATCATACAACTTTTGGAAAGT 1041 TAGTTCAACATGAACTAAAATGGCATGCTATTTGGAAATTTAGTTTGAGATAAACTAAAGTGTGTTGATGCCAGAATGTT 1121 CAGCTTCAGTAAATATAATAAGCTCTTGTGCCTTGTATGCACTATTTAAAAAAAGTTTTTTTTATTTGAGTCCAGTATAA 1201 TTCATGTAAATGTTAACAATTAGAATAATACTCTGTATGCTTTTTTGATACTGATTTTGAGAATTTAAAGCAGATTACCT 1281 TTTAAAACTGGACCAACTAAGTAATTGGTATTTAATCAAAGAGAAAATGGTAATAAACTTTTCAAAATCTTTGTTAAACC 1361 AAACATTCAACACAAAATAAACTAGAAGGCCAGAGGATAATGGAATAAAAGATCATTGCAATTACTTATCCTTCCTAAAA 1441 ATATAGTTTTATATTAATTGTGCTTATGGAAGAAACAATGTCAGCCAAGTCCATTTTATAGTTTGAGTGCAATTCTTTGA 1521 ACAATAGAAATATCTGCAGTCTTTCACAGATTTGTATTATGCTGAAGAGTTTCATCTGACAATCTGCTTCAAGAAATCTC 1601 AGAAAATATGATAACATTTTAACTTTCATTTTAGAGCACGTTTTGGTCATTTTTAAAAATACCTAAAGTGCCAGACCGGA 1681 ACCTATAGCTACTGCTAGAAGTCTTAAAAAAACCAACAGCAGCACAGGATGTATTAAGAATTATATGAAGTCAGGTTTGT 1761 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAAGCACAGTACTGTTAGCTGTTTTTGTGGACAGGATTCGATTAAGTATTCCCTCTTGT 1841 CAAACTGGAAGCTAGGGGAAAAAGAGGGATTTTTATCCTTTACTCTTCTAGAGTACTGTTAATGCCCCTTTCCCACAGTC 1921 TTTTATATAATTAAATATATGTCAATACACATTAGAATCAGATTTGAAAAAGTTAAAACAATTTCATTGTTGTAATTGTT 2001 CCCTTTCTGTTTTCATATAGTGAATAACCTTTAAAGGGTTGTTTTGTTTTGTTTTGAATTATAGGAGTTATAATCTTTGG 2081 AGATGATTGCATATCTCATTAGATATGCAATATAAATTTATCTGAGTGAACAAAGTGCTAAATAAATAGATCTACATTTT 2161 GTACATATTTATATAAAATTTACCTTTAAGTATTTACTTTAAAAAATTTAATGGCTTAACTCGAACTTGAAGACACATAC 2241 TTCAACTGTCCTTATTGTCCATTAAACTGATAATTTTGATTTTTCTTGCTTTTATAGATTTTACTATATAGGAATCAAGA 2321 TTTAAGAAATTTTGCATTAAAAATAGTGTACCAATGCTTCATATACGTTAGTTATTTGCTATTATGTAGGGAAGAGGATT 2401 GTTATTTCAAAGATATATTAAAGAACAGTTGCATCTGAATATAATCATGATGCATTCAATGAAGTTCATATCCATGAATT 2481 CACTCCTAATATACCCTAATAAAGTGGTTGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | BC-1 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM796037. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796037 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-1 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000262096.8 | 3UTR | UCAAGAAAUCUCAGAAAAUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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98 hsa-miR-4251 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT056156 | OTUD1 | OTU deubiquitinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT080004 | MYL12B | myosin light chain 12B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT080407 | ONECUT2 | one cut homeobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT081901 | KCTD15 | potassium channel tetramerization domain containing 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT090342 | SEC61A1 | Sec61 translocon alpha 1 subunit | 2 | 8 | ||||||||
MIRT096824 | ZSWIM6 | zinc finger SWIM-type containing 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT140185 | CHAC1 | ChaC glutathione specific gamma-glutamylcyclotransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT149716 | LDLR | low density lipoprotein receptor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT205293 | STK11IP | serine/threonine kinase 11 interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT213265 | REST | RE1 silencing transcription factor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT254069 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT256251 | ANKRD33B | ankyrin repeat domain 33B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT264966 | TMEM136 | transmembrane protein 136 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT267496 | FEN1 | flap structure-specific endonuclease 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT285077 | MIER1 | MIER1 transcriptional regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT296167 | NCOA3 | nuclear receptor coactivator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT316073 | ABRACL | ABRA C-terminal like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT360286 | HIST1H3E | histone cluster 1 H3 family member e | 2 | 2 | ||||||||
MIRT364793 | PRRC2B | proline rich coiled-coil 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443277 | TSPAN15 | tetraspanin 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443453 | CLIC5 | chloride intracellular channel 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445938 | KLHL32 | kelch like family member 32 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448012 | HLA-DOA | major histocompatibility complex, class II, DO alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448382 | TP53INP1 | tumor protein p53 inducible nuclear protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT448499 | RYBP | RING1 and YY1 binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449896 | C11orf34 | placenta expressed transcript 1 | 1 | 2 | ||||||||
MIRT450457 | ZDHHC2 | zinc finger DHHC-type containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450849 | HTR2A | 5-hydroxytryptamine receptor 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453774 | NUCB1 | nucleobindin 1 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT464399 | URM1 | ubiquitin related modifier 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465008 | TUBB2A | tubulin beta 2A class IIa | 2 | 8 | ||||||||
MIRT465145 | TSC22D2 | TSC22 domain family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467799 | SLC2A14 | solute carrier family 2 member 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT472597 | NACC1 | nucleus accumbens associated 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT477969 | DPM2 | dolichyl-phosphate mannosyltransferase subunit 2, regulatory | 2 | 2 | ||||||||
MIRT486586 | ZNF619 | zinc finger protein 619 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT487739 | MICAL2 | microtubule associated monooxygenase, calponin and LIM domain containing 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT492529 | PTMA | prothymosin, alpha | 2 | 6 | ||||||||
MIRT496845 | KCNIP2 | potassium voltage-gated channel interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499064 | CTBP1 | C-terminal binding protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT502046 | LAMTOR1 | late endosomal/lysosomal adaptor, MAPK and MTOR activator 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT503907 | ZSCAN25 | zinc finger and SCAN domain containing 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT506776 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT510003 | UCP1 | uncoupling protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513040 | BRIX1 | BRX1, biogenesis of ribosomes | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513174 | MOAP1 | modulator of apoptosis 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT517592 | ZNF579 | zinc finger protein 579 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT521825 | POLR1D | RNA polymerase I subunit D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530663 | TRIM56 | tripartite motif containing 56 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531718 | TARS | threonyl-tRNA synthetase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535154 | PLEKHG5 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536385 | LEFTY1 | left-right determination factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543847 | APIP | APAF1 interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546973 | PRKAB2 | protein kinase AMP-activated non-catalytic subunit beta 2 | 2 | 2 | ||||||||