Gene Symbol |
RORA
|
Synonyms |
NR1F1, ROR1, ROR2, ROR3, RZR-ALPHA, RZRA |
Description |
RAR related orphan receptor A |
Transcript |
NM_002943
|
Other Transcripts |
NM_134260
,
NM_134261
,
NM_134262
|
Expression |
|
Putative miRNA Targets on RORA |
|
3'UTR of RORA (miRNA target sites are highlighted) |
>RORA|NM_002943|3'UTR
1 ATGTTATCACCTAAGCACTTCTAGAATGTCTGAAGTACAAACATGAAAAACAAACAAAAAAATTAACCGAGACACTTTAT
81 ATGGCCCTGCACAGACCTGGAGCGCCACACACTGCACATCTTTTGGTGATCGGGGTCAGGCAAAGGAGGGGAAACAATGA
161 AAACAAATAAAAGTTGAACTTGTTTTTCTCATGCATATGATTTCCATTATGCCTACAGATATGGACCCTTTTTCTGTCTT
241 GACTTCTTGATCATTGACCTCTGTTTACAACAGGAGGAGGGTACTAAAGTCGGAGGATTTCCTTTTCTTGTAGCTCACTG
321 CCCACAGACTTTCTACAGAGTCACCAATCTGTCAGTAACAACAGAGAGTCCAGCAATAATCGGTGACTGGTGTGCATAGC
401 GGAGGTTGCGGCATTACTTTGCACAACTAGCTCTTTGTTTCATGAAGGAAGTTTTTATTTTTTCACCGATTATTGCCAGT
481 CCGCAGGATGGCATGAAAAGGGTCCATAGCAGTAGCAACAATAGCATTATAATATATTACAGGGTAAATGGGCATGAAGA
561 CTATATATAGCTAAAAGAGATATTGTTTATATATTGTTTTAAGTAATATAAAATGTAGTTACTGGTGTAGCTTTTCCTGT
641 TGAATTGATAAGGCACTTTCATTTTGCACCTTTTTCTTTAAATTAAATGCTAGCGTGTTCACTGTCGTGTCGCATGTGCA
721 CCAGAAACACAAGTTTAACTGAGAAGGCTTGGAAGGTACGTTGGGAGGTATTTATGCTGCTGTTTACAAAATTATTTTTA
801 AGAGACTGGCTGGTCATATCTAGAAATCACCACGTTGGATTTTTTTTTTAACATGTGAATTTGGAATTAGAAACGGAACT
881 CTCCCTAAATTATACTTTGCTTTTTGGTAAGTTTAATGATAGATGTGTTTATGCTTCATACAAAGTTGAATGATTGATTG
961 GCGTGGTGGACATATACCATCATGCTCATTTTTTTTTTTTAAAGCTTTTTAAAATGCCACCTCATGGAGGCGAGGGGGAG
1041 GAGAAGCTCATTTTACACAATTCAGTAGTTAAATATGGACTCGGTCTCAACTTGGAATTCTTATGCTTTGAGAACAAATC
1121 AACAACCAGAATATTTATTGGAATCTAGCTTTTATTATAAGAAGGACCCAAAGATTATATCCTGAGCAAATGCACACTCC
1201 CCATGTGAGGACATGAAGTATTTACTTTGTGAATGTTTATGTTCTTGGTATAATCTAGGAACCCTATGAGTTTATCTCAG
1281 AGTGAACTAATTCTAGATTTGTTGTCAATAGATGCTATAATTCAAGAATGTTGCTCTCCATATTTGAAAAACGATGGATA
1361 GGAGGGTGAGGGAAGCATACAATGTTGAACCAGTTTCTCTTATTTAAATATTAAATACTTTAAGCCTTTAAAGTGAAGTT
1441 GATGCTAGCTGCAAACATTTACTCTTGTATTTATCTTCACTAGGAAACTGTGGACTGTAATTTATTTTATTAAATATTTA
1521 GAAGATTATTTGGCTTGTGTGTTCAGGTGAGAAATACTGAGTTGTTTTTGTTTAATTTCATGGTTTTTTTTTTTTTAATG
1601 ATCCCTAGTGGGGGAAGGGGAAAGGAATAGTCTGATAAACAGATGTGCATATTTTAAAAACAAGTGACCTTTTGGGAATG
1681 TAGGCATTTAGACGATGATTTTAGTCGCACTAGGGGTGGGATTCAAACTACTGGTCAAAGACCATTTTGTACAGAAAAGG
1761 GAACATCTCCGATGGGTGTTAAGGTAGGAGTTTCCATGCAGCCCTTTATGTCTGAGAAATAGTCTCCTCTGCCATTGGGG
1841 TCCCTGCGGAATCTTCTACAGGAATTGCAGCTCTTCACGTCATGCTAGGTTACCAGCATGGGCTTCCCAGAGCACTTCAC
1921 TCTGTTTCTAACTCCACTGACTTTTCTGACTTGTTTCTTGAGGGACTTGGAAAAGGGGAAGGTATTATTCACACAGATGT
2001 GTGTATGAAGCCTAAATAACATCCAACTTTTTTTCCAAAAACATAGTAAGAGTTTAACCATAAATAGAAGAGTAATATTC
2081 CTTTAAATTTCTTACAGGCATGTAAAATTTTATGTGTTTATAGAGAGATGCTAACTGTCAGCATATAGTATTTATATTGG
2161 GGCAAGAAGGGTTAAATCAAATCTTTAATTTAAGTAAGCATAGTTCCTTTAAAGATCAGTAGTATTTATACTCTGAAAAG
2241 AGTACCAAGCTTAGTTCAGTTATTTATTCATCCATTTTTTTTCTATTGTTTCTCCTCTGGGGGGAAATGGTGTTTTGTTT
2321 TTGTTTGAGTTTTGTGTTTTAGTTTTTTGGTTTTGGTTTTGTTTTGTTTTTTTGTCATTCAGATTCACTAAATTTGGGGA
2401 TGGTTTTATTAAAGTATATTAACTTCTTTTTAACCAAAGCTTTCTGAATATGACCAGCCTCAGGTGCTAGCGCATTAAAG
2481 AGCAACTAAACCTAATTCCAGTGTCGATTTGTGAAATAATAAAAGCTAATTGAATTTCTCTAAGGGTGAGAGAGAACATA
2561 ATGATGAACTTAAAAAGAAATTCCTTTTCCCAGAAGGGATTCTGCATGTACCTACAAACAATCATGCTCTAACCACAGTA
2641 ATAGTCATGCCATGGTGACATTGCTTTTACGGTAAACCAAGATAGGTAATATGATGCTTCTTCCCAGGTGTTTCTGAAAG
2721 AAAAGCAGCGGTGGAGCTTAAGAGCCAAGTCCACTGATTGACATAATAGGATGGAATTGTAGACAGAGACATGCTCCATG
2801 AAACAAGGAAACAACTGACTACTATTTGGATCTAAGTTGGGATCTGATGTTAAACAATAAATTCAGTTTAAAAAAAATAT
2881 GGAGCTCAGAAAAGGATGTGAAAAACTTTGCATTTTCCTTTCTTCATTATTACAAAAACACCTATGTGATGACATAAAAT
2961 ACTTGGGTGATATCAGAACAATTATCCTTAATAGTTTTTATAATTAAAGTTTCCTAAACTTCAGTCTCCAATAGTCTTTT
3041 AAGGATTGGAACCACATCACTGTCAGCCCCGCTGCTACAATGCCTTTGTACAATTTTTTTACATAAGGCAAATAAGGCTT
3121 TTGTACAAAGCCTGAATACCTTCTGTTCCAATGGTGTCCAAATGGTTATTATATTGTGAAAAACCTGGCCTTGGTCACAA
3201 TGCAAACAAAAGTACAGATGAAAGTGCTTTTTGGACAGTTTGCAAATTGTGTTAAAGCTACGGATTTTTTTTAAAGTGTT
3281 CAGCATCTTAACGTGTATTAAAGCTATGGATTTTTTTTTAAAGTCTTCAGCATCCTAATTCACCCTTTCTAACTTAAGAA
3361 AAACATGACTTAAGACACTGCTTCTAAGTTTGGTTGTTCTTTATAGTGTGGATACCCAGTTATCTGTGAGCGTATGGGGG
3441 TGGGCTGAGGGTCAGGTGAGGAAGGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATTTGCATGTGTATG
3521 ATGTGTGTGCGTCGGACCGCTTCTAGGCTACTAAGTGTCAATGGAAAAGAAAATGTATTCAAAATACTTAAATCAAAACT
3601 AGAAGATGGGGAAAAAAAGATTTATTCTATACAAAGCCTTGTCTGGACCACTTTAGAGAGACTTCTATTTTTTTAACCCT
3681 TCTATAAATATTTGATGGCACTTGAAATATTCCTGCAATAAAATGTGATTTGTGTAAAGAAAAAAAGATTTTGTAATGTG
3761 AAACAAAGAAAGAAAGTAATGTAATTTTCTAAAAAAAAAAATACAAACAAACAAACTTTGTATTATTTTCTTGATGGAAT
3841 TTGTCTATCTGTCTTTGGAAAACTTTTTATTTCATTGAATGTGCCATAGTAGAAATGTGTGTTTTTAGTTTTAGACTAAG
3921 GAATAGCTAGTTGTTGTGTTCCGACATTCCAAAATGCAAAACAACCTAGTAGTATCTTTCATGAAAAGGTTTAAGTAGTA
4001 TGTAAGCTTCTCTCATTGTTGCTTTTTTGCACATGTTCTTCATTCCTCTCTAGTGCAATATGTACATAGAGCACTTGCGG
4081 GTGTACCTTGATCCCTCAGGGAAAAATACATATTTGTACAGTTTTTTGGGGTTTTTTTGTTTTTTGGTTTTTTTTGTTTT
4161 GCCTTTTGTTTTTGGCTAAGGAATGTCGATCGAATCACTTGTTATTGTTGAGGGGCAGCCAGATAATAATCCTAAAGCCA
4241 CTGTTTCCAACATTGATTGTTTAAATCATATGTCCTTCCAATGCTATTATTTTAAGATAATAATAAAAAGTTATTTTCTG
4321 ACAGTTCTTTGTGCTGACTGGTGAAAAACAAGGGTAAATAAGCACCTTATAATTGACTTACTGTGAATGACAATCCATCT
4401 TGGTATCAACGATAGAAGCCCTATCATTTTGGAGTTGGGGTTAAGAGTCAGAAACAATGTGCTCAGGGATCTCCTAAAAC
4481 TCTTAAAACAGGGTGGCCAGTACTACTGGGACAAATTGTGTTTTTTATTATTAATAATAATGATAATAATACTATCCCTC
4561 CAAGGCACAAGTGAACTATATAGAACTGCGTGTGTGTAAACTCTTTACTCTCGTCTCATTTTGTTGAGTTTAGAACTTGA
4641 TGTGCTCGTCAGTCTTGTGTTTCAAAACACTGAATAACTTCCAAAGCAAAGTTATGCCAGTGTGTTCAAAAGATAAATTA
4721 ATAATGTACCAGCAAAGAGCATCATTCAAAGTATAGTCCTTGCATATTCCAGTTACCATTTCTCTAATAATTAAAATATT
4801 CATGATAAATATATATATAGCATCATATGTTAAAAACTATTTCAAATTCTACATATTAAGGATGAAAATTTTAAAATCCA
4881 GTAATAAGAGGAGAGACCTGCCTATCAGTACAGTGATATAGGTAAAAGATGAAATATGTTTTTAAAATACCAGCAATTAA
4961 CTATTGTTTTCATGGGTTCTCCTCTAGAAGCAAACCAAAAATTCCTTCATGGAAAACAATTCTTACTTCTACATGTGTAG
5041 TTTATATCTGATGCATTACAAGAGCTAATGTTTAAAGACAAAACAAAACCTGCCTGTATGACAGCAGCAACTCGAGCCAA
5121 CATTTAGTGTTACATGTTATATTTTTGAAATACCGTTTTGTTATCATATTCCACATATTACTTTCCATAAAGTCAGAGAA
5201 GTTCAATGTAATTGTTGGCTCTGATTCTTCCACCTTGGGATACACATTCACAAGAAGATTTATATATTTTCTTACTATGA
5281 TAGAGGAACATAATCTGGGAAAACTTCCCATGTCTGTAAGATGAAAAGGATACCTTTACCATGTTGTTTTTGATAATAAA
5361 GAATATGGAAAATGGTAGAAATCTCTCCTCTCTATGTGTATTTGTATATGTGTGTATACACACACACGTTGACATTTTTA
5441 CATAACATGTGATTGCCACTTCTTATAAAGTTATGATATAGAACCCCATGAAAACAACTTTATATTATAGATCAAATAAT
5521 GTGCCCAGAAACGCAATTGCAACAGTAAATCTTGATCTATTGGTAAGAGTCTATGATACAGGTCTTCATTCTATCCCTAA
5601 ACATAATGTTAGTAAAGAGGTTCCATCAGATTGTATTATAGAGACCTTCCTATTGCTATTTATTTTTAAGAGATGAGAAG
5681 ACTGACTAGCAATGTCTCCACAGTGCAATTGGTTTCACTTCTGGGTCTGTCTGTCTGTTTGTGTAGGTGAGATCAGTGTT
5761 GTCAGGCTCTCAGAATAATTTTTAAAAGAATCCAGAAGCCTGACTTCACACCAAGTAGCCATCCTAGATGGGCGGGGGGG
5841 ATCTCCATGTTCAACCAAACCCTCAGAACTTAGAGCAATAAATACATTCAGTCATTTATTTATAAATGAATGACAGAATA
5921 TTCAATCCAAATAGAAACAACCTTTTGTCAGTGATGCAACATAACATGGAGTCTTATATTGAGAAAGTGAATATGAATAT
6001 TTTAAATAGATGCCTAGGAAATCTGTGTTTGCTGTTTACATTTAATGTACTTTGCCACATTAGCAGTACCACACTTCTTT
6081 TACTTTCATCCTTCTAAGAACTAATGAAAGATAGCTTGCTATTAGCTTTGACATGTTGCACATGCCATTATGTTGTTCTC
6161 TAAGAACAACTAAATTCTCTCCAGTGTTCATGTGTGATTCCTTTTTCATCATTATTACTTTAATGTGGATGAATACTATT
6241 TCTAGGAACTTGATTATCACTGAACAGATTGCATATGTAAATGCAGATAATTCTTGAGCAATATAGTGAAAATGATTTCA
6321 CAAAAAAAATCCATATGTACTGTATACATCTTCCTGAATCCAAAATTCTCCTGTTATCCACACAGTTTGAAATCTCATAT
6401 TAAACAGTGGTAAATTTTTAAACATTAGGACATTAGCTGGCTGCTTCTATAAATGTACCTGTATTGTCTGCCTGCTCCTT
6481 TTGTGGAGATGTGTTTTTGTATTGGATGTTTGGGCCAATGGGAGGCTTCAAGCTACAACATATTTTCCCACTTTAAATAA
6561 TATTTAACATATGACAAACCCCAGACAAGGCTTTTAATATGTATAAAGAACTGCAGTGTTAGGTGGTTTATTTGCAAACT
6641 GTTTTCAGTGTTGTCCATTTTTATGGCACCTTTAACAATATTCTTGTTTCCAAAGTACAAAAAAAATAGGTTAAATAATC
6721 TAGCCATAACTGAATGTCAAGCAATAAAACAAATGACTTTTGTGCATAGACTTAAAAAATACAAATTTTAGACATCTGCA
6801 TGTAAATGCAATCTCTTGTTTACTGCTTTCTTCAACTTGAGCAATCGATTCCTTATTTACTATTAACTTAAGAACTTGTA
6881 ACGGCCTGTAAACATTTTCTCTCTTACTCTTCTTTCAAATTTACCTGTCCCTGCTTTTGAGTCATAATATTTAATGTTGT
6961 TCTGCACATCTCTATACAGTTAACTTTTTGGCTTTCATTCTGTATAGATAAGAAAATGTTATATTATAAACAGCCTACTC
7041 AGTGCAAATATTTATCTGTTTATCAAATCCACAATATGCTGTATAATACCGGTTTTACTATATAATCTATTTTAGACATA
7121 GCTGTTTAGAACTAGAGTGTGCTATTTTTGTGTTTTTCTGATGTGTGGTGCTAGACAAGTTACTTTTGTGAACAACAAAA
7201 ATTATCCCTTTTATTCCTAGACAATACCACCTTTGGGTCTTGTTAATTTCACTGAGTATAACTATATATTTGTATATATA
7281 TACATATATATATATATCTACCTATGCCCAACTGGCAGCTGTATCAGAGTGCTGGATTTGGGACATGCTTTTCTCTTTAA
7361 ATACATAATATCATTATATAAATTATTCTAGAGTGTATTTAATTAGGATAAAATTACTTCCTTAGTATGGATATTTGACA
7441 TCTATAGGGTGAATTTGTTTATAAATATGGCTATATGGAAACTTATTAGCATTTACTTTATGTTTGCTACTTGGCTTTAC
7521 AGCATATCTCCTAAGCTGAAAAATAATTTGCCAGGCCTTCAAGATCCTAAAGAAACTTGTTTAATGGAGTAATATACTTT
7601 TTTTTCTTATTAAGGAATTGTATTACTGGCACCTAACACAGTTGTATTCTTAGCTCCTATTATAGATAATGGGCATTTAC
7681 ATAAAATATCCTAGATGGCTTGATGGCAGAATAAACCTTTCCCCTCCTACCTGAGTCATGAGAAGGATGGAGACGTCCTC
7761 TGCCATAACATGGGCCATAAAGCAAATTCGACATGGGATGTTCTGTTTCAGTATGACCTCAACCAGTTCCATGAACTGAG
7841 TGAAGGACCTTCATTTTCAAAGTTATTTAATAAGTAGCTTAATTAAGCCTTTCTACCCATTCTCCCAAGATCTACTGGCA
7921 TTATTGAAAAGCAAAGTTTATCAAATATCTAACTAAGGATGTAGTTAACCTTATTAAATATTGATTAGAATTGTTCTGTA
8001 ATATTACTGAATTTGTAAGATCTTTAGCAAAGATTTTTGAGCAATTTATAAATGTAGAGCAAATGTTTCTGTTTACTGCA
8081 CTTTTTGTAACTGAAGGTGATAAATTCTCAAGCCATGATTATTGGCTTCCATGCACTGCAATATTTATCCACAATTCTAG
8161 ACATTTTCCATTTTTGTGGAAGAGTTGCTGTTACCTTAATTATAAATGCAATTGTGTGGTTAATGAGAGCTAATGCTAGT
8241 AGTTAACCTTTTAAAGTGGATTGGCTACAGTTGAGGGAGAAATCTCTTTTAATATAAATCACATCATTCCTTAACTGCCT
8321 CTCTTGGAAAGAGATTGAAACCTTTTTTTTAAAGCACGATTTAGCATCCTAAGCTTCCTGAGGGTAGAGATTGTATCTTT
8401 TTGCGTCTGCACAATGGCTAGCACATGTCAGCATTTGACAATTGTTAAATGATAACAAGTGTGCCCCAATTAAAACGTTT
8481 TTCCTGGGTTGTTTTGTTAAATTTACAAAGTAAGCCAAGCCTTACGGTTAACATTCTCCTCTACAACCAAGTATTAAAGC
8561 CACATTTAAAAAGACCACATGAAATGCTGATTCTAATTGTGTGTAGGTCTTGAGGATTAAGCACACAAATTTCACAAACT
8641 TCTGTTTGAGTAAACAAACTCAGCCTTCTGTAAATATACATGCAAGTTTGGAAACAGTAATACTGTACCTATAAATATAT
8721 GCTGTCTGTTTTGTGTACAGTATGTAAAAACTCCTTTTCTGCCACACTAAAAATGCAAGCCATTTATGGGAATCCTAAAA
8801 CTAGTATTGAACTAAAACTTTGCTAATGATCTTTATTAGAGGATCGTCCAACTTTTCACTTACCTTGGGTTTTCTTTTCA
8881 ATTCACTCTTACACTAGTCTGCTTATTTCCAGCTGTTTATTTTATTGAGTCCTGAATTTAAAAAAAAAATATTTTGATTC
8961 ATTTTGTAAATACAAGCTGTACAAAAAAGAGAGATTTAATGTTGTCTTTTAAATACTCCAATTTTCATTCTAATATGAAT
9041 GTTGTTATATTGTACTTAGAAACTGTACCTTTAATATTACATTACCTTTATTAAAAGTGCATTGAACACATCAATTTTAG
9121 ATGTGCTTTATGTACTGTTATCCTATAATAAAACTTCAGCTTCTAATGGAA
Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
ID |
Duplex structure |
Position |
Score |
MFE |
1
|
miRNA 3' cgGGUCUGGU-CU--CGACCGAAGu 5'
:|| :||| || :|||||||
Target 5' tcTCAAGCCATGATTATTGGCTTCc 3'
|
8106 - 8130
|
154.00 |
-18.30 |
2
|
miRNA 3' cgGGUCUGGUCUCGACCGAAGu 5'
||| | :: | :|||:|||
Target 5' ctCCACAGTGCAATTGGTTTCa 3'
|
5696 - 5717
|
140.00 |
-15.60 |
3
|
miRNA 3' cgggUCUGGUCUCGACCGAAgu 5'
| |:| || ||||||
Target 5' taaaATATCCTAGATGGCTTga 3'
|
7682 - 7703
|
134.00 |
-13.01 |
|
DRVs in gene 3'UTRs |
|
SNPs in gene 3'UTRs |
|