pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-552 |
Genomic Coordinates | chr1: 34669599 - 34669694 |
Synonyms | MIRN552, hsa-mir-552, MIR552 |
Description | Homo sapiens miR-552 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-552-5p | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 25| GUUUAACCUUUUGCCUGUUGG |45 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | KCNB1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | DRK1, Kv2.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | potassium voltage-gated channel subfamily B member 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_004975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on KCNB1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of KCNB1 (miRNA target sites are highlighted) |
>KCNB1|NM_004975|3'UTR 1 ACTGCCCTGCCTTGGAGGAGAGACTTTTGGGTGAGGTCCAAAGAGGAGAGCTGTTCAGCTTACCTGCCACAGAGCTTTTC 81 TGCATGAACTCTGGAACAGAAAGGCCCTGTAAAGCCCTCAGAGAGAAGAGAGACTCCAGAGAAGGCTCCCTAAGACCTTG 161 AGAGCCATGACAGGTCCATCAGCATGAAGTTGGCCAAGCCATAGGGCACAGCACCTCCTTGTAACAACTCTATAGCCCTC 241 TTTGGGAGATGACATGAGTGGAACTCACAGCCACCACTACCACCACTTTAGACAGGACCGAGGCCACATACTCCCCATTC 321 TCTCGTGGCTTTCCATCTCAGCCTCGGAGGGCAACATTGACAGTCCTCCTGGCTTCAGCTAGAGAAGGATGCTGGAACAA 401 GCGGCTGGTGTTGAAAGAGTGGGTTGACCAATTTGGTATTGAATGTTGCCCAGCCACCCCTAGGAACACCTGTCCATCAC 481 CTCCTGGATGGATTCCACTGTTAGACAGCTACAGGGAATGATTGGTCATGGGGAAGTCTCTGCGCCATAAGCCACGATCC 561 CAGCGCAAAACCCTTACTCAAATGTCTTCATTGACTTCGGTATTTCATAGTACCTGAGATTTTATTTTGAGATACCATCA 641 GGGTGAGTTGCACCACTTGTACTCAATTCTAATTGCCCCCTGGCAATCTGGGAAGGGTTCAGAAGGTGGGCACCCAGCCA 721 ACAGCATGAACTCAGAGCATTGTTTTAGGGTTGGAGGAGGAACACGCTTTCTTTACATCACTAGTGTAGACTCAAAAGAT 801 ATGCAAGTGTCAAATATGCAAAAGAAATAGTTTATTCAAAGAGACTGTGTGTTACTGAAGAACAGCATAAAAATATGATT 881 TTTTTACTTGCAAAAATGAAAGGAAAAAAATACCACGCATTGAAATGCCCAGTTCAGACTGAATAATTCCTGCTGCAGCA 961 AGGAAAGTACCTACTATAATAGAAATTCTGTTTTGTTTTCTGTGGTTTTCAAGTTAAAAAAAAAAAAGTTAAAATAAAAA 1041 GCACTTTATGTTTTTCAAAAATAGGTTCTGCCAGGGACAGTGTCAACATCTTGCACTTTAAAATAAGCACTATTTCCCAT 1121 AGCCCAATTGTTGGGACTGTAGTTGGATTGTTGCTACCTGCCCATTTCTGGCCAGCATGGGTAATATTGTGCTGGTATTA 1201 CTGTCTGCCATATCAAAGTCTGTGGGCTCCTTCCCTGCCCCTCTGAAACCTTCCCTTAACCCTCATGGGTCAGGAGGGGT 1281 TCTTGCCCCTTGGGTGGGGCCTCTCATGAAGTCAAGTATACAGGAGACATGCACATCTCAAAAGGACACAGTGACAGTTG 1361 GACATTGGGTGTTTTACTCTGTTCTCTTTCTTGTCAACCAGCTATTGGTTTTTCAGTGTCACTGTCTGTACTAAAAGCTC 1441 AACTCTCCTTCCTGCAGCCATCGATGCAGCCAGTACAGACAAAAGCAATAAGTATTTGTGTGCATCCTGAGTGGTTCTGG 1521 TGTATTTCTTGGTGTTGGTTTTCCTGTCCTCGTTTGATGACCTGGCATTGTCCTGCCTGCTTTTAGTCCAACAGCATGGT 1601 GTTGTTGGCCATTCCTCAGTACAGTGGCATTAGGTTGAACCACTGATGAATACAATGCTATAGTGTTGGCTCACCTGTCA 1681 GTAAAGATGACATGTTATTGGTCTGCCTGTCTGTAGTACAATGGAACAATGTTGTTCTCTTAATGTAATGTTGATGGATG 1761 ATGTCCCAAGTACAATAGTGTAGTTCTGTCTATCCTCAATACAGTAACAGGCATATGTCTTCCCAGTGGAAGAAAGATAT 1841 GGTATTGGTTCACCTAGTCTTAAGTCTCAATATCATCTGTTGCTGGTCTGCCTGTTAGTACAATGGCATGATCCACCTCT 1921 CAGTACACAAATATCATGGAGCTGTTCTGCCTGCTCTTCATACATAAGGCATAAGGTTGAGCCACCTGCCACACATATGA 2001 TGAGATGGGATCATTCCACCACCCTTAAAAATATGTCTTCTCTGCTGTATACAAACCCAATTCATAACACTTCTCAGCAT 2081 CTCCAGAGACTGTAGATCCCCCCAAGAGGGTGCAGTCCTGTTCTTTGCCGCATTAACAGAGAAAACGAGAACGTCACTCT 2161 TCCTAGGTATCTTCAGAGTATTCGCGCAGCAACTGCAAAGGGACTTAGGGGCAGGGAGAGTGTGAGGTCATCCCGTGCCA 2241 GGCAGAGGAAGCAGCACTCCCAAAACACTTTGCTGAACACGCAGTCTGAGCTGGGGGCCTCTTGAGGAATGACTGTGGGA 2321 CAGTTCTCCGCCGACCATCTCACATGTCTCTTCTTTGTTTTCATCACCATTAATGTCCACCATCAGCACAAATGTGAAAA 2401 TTCAGGGAAAAAAACAAATGCTTTTTGATAAAAGTAAATAGTTGTGATTTCCAATTCAGATATTTTTAGAGCTGATGCTA 2481 TCTGTAAAAAATAATAATAATAATAATATAGTCTATTTTACATATCAGGAAAGTGAACATGTTTCAATATAGCCATATAT 2561 ATTGAGAAGGAACTTACCACCCCTTCTTCCAATCGAGGCATTTCATTTGTTGGTTGAAGCAGATGAGAACTGTACAGATT 2641 GAAAATGATTTGTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAACGAAAACCAATTGGTGCAACTCTCCTTGTAACCAAAGGCCCTTTC 2721 TGCCTTCTGTGGTCATGTAGGACCTGGCCCTTCCTTCCTTGTGTATTTTGTCCAACCGTAAAGTAGCATTTTATTGAGTC 2801 ACTTTTGAAGGACGAATTCAGAAGTATCATTAAGAACCTACCTTTTCAGGCTTCATAGCCAGAGTCCTATAGAGTTCTTA 2881 TAGAAACAGAATAATTGAAATTCAGCATATACTATGCTTAGAAAGTATTTTGTTTGGGTTTGATTGGGTTTTTTTTTCTT 2961 TTACTTGTGTGTGTATGTACTGGGGGAGTATAGCTTTTATTCTGTGCTCAATTCGAAAGAGAGTATTATAAGTTTTCCCA 3041 GCCCATCCACCCGCTAAAAAAGAACATATCCAAATTTTAATATGTATACACCCAACCTGTACCTATGTACGTGAATATAC 3121 ATGCACTGGGAAATCTACTTAAGAGTCTTCACTGAGAAGTTCACTCGATAGAAAGGTCTTGATAGAGAAGAGAAGAGGAA 3201 AGCAATGGTCTGAAGGCAAATCCTGCTTTAACTTGGTGGTCCATTTCCCATTCATTCCTGAACCAATGAGAGCAGAAAGA 3281 AACAAGTCAACCCAAACAAGCAAACTAGGGGCTGGACGCGGCGAATGGATGCTGGTCAGTTTGGCAAATTCACTGAAACT 3361 CATCAAGAACCCAGCTGAACTTGCATTCCAACTTCCACAATTATCTGAAAGGGCTAGGGACCAGGTAGCCATGTGTCCCA 3441 ATCACACGGGGGAGAGTCTGCCACCGGCGGTGAGAGAGGTGGGGAAGCTTTGGAGGAGACAGTATATTCACCTTTTTATC 3521 TTTGGGTAAAAGAAACCAACAGGACTTTGGTGCAGTAGATTTCTCAGTGCCTTCTTTAGGAATTCTATCTTAAGCACACT 3601 TCAAGGGGAAAGAAAAAAGGAGGAGAGAACATTTGTTCCCGTGAAGTCCCTTTCTCCAAAGGACTGGGGATCAAGAAGGA 3681 AGAAGAGTAAGAAGGAAAAACAACAAAATCCTGAGGAGGCCATTTCTTTTAACCCACCCAGCTTGCCCCTGAAAACTGCT 3761 GGTGATACAAACTTTTTCAAACTGACTTCCAGCTTCTCCATGTGTCTTGGTAACTGTAGCCTCGTCTCTGCCCTTTCTCC 3841 TAATAAGATCCATGTTTCTAAGGAGAAAAACAAAACAGTATTCTCTTCTGTAAAACTGTAATGTATTGTTGATATTTGTA 3921 ACTATTGTATATTTCTGTCTTGCTCCAGTCCCAGCTGGAGTGTCTAGTTCCATGGACAAGGGGATATTTAAAATTCACCA 4001 CGGACAAGAGCCACTAAAGCCAGGTCTCTATCGCTAATCTCTCTCCTATTCTTATTTCTCTACCAACTAATCTCAAGTAA 4081 CAATACCCCAGGCTTTTTTTCAGCCTCAATTCAAGTAACTTTGAATCAAAAGAGAGCAAGGCAAAAAGCCTCCGGACATG 4161 CTTCTTTGGGAAAGGACTTTTTCTGTAGCTGCAGAGTGGGCAGGAGGGAGAAGGGGCTCCCCTGAGACCCCGGCAGGACA 4241 ATGGAAAGCTTCCAGCCCCGAGCTGATGTTTCCTCACCTATCACTGCTTATAGGACAGCATCCAAATGCTTTCATGTCAC 4321 TCAGCCCAGGCAACCCAAACCAGTCCTGGCTACACCCAGAAATAAGAGTTACCTCTGCATTTTCTGTTGCCATTTTTCTG 4401 GCTCTAGAAGTATCTGATGCGCGACTATGTCATAGAATGTCCACGCATCTCAGAGTAGTCTATTTTTCTGTTCAGATAAA 4481 ATATATATATATATGTATTTTTAGCAAATTTATAATAGGGCAATTGAGTCTAATTTCTTCTTTTGTAATACAGAACAATA 4561 TCTTAGGAGTTTCATTGTTGGTCATTATCGTAGCTGATGTTTTCTGGTCTTTTGCAGTTCCTACCATTGTCCCTTGGGCT 4641 GTTTGGGTTTTCTTCCTTTTGATTCTGATTTCTTGAGGGTGGGGAAAGACTTTGGGGTTTGACTTCCTTGTGTAGGCATT 4721 TCTTGACACTAGGCCTGGACTCTGTCAATGCTGTGACTTTCCTCATTCATTTCTGTGTGTTTCTCCCATTCGTTGTTCTT 4801 AAGAATCCAGGGCATGAATGCAGGAATGAGACCCAGGGAAGCAGAGCTACAGATGGCCCTCAAAATCAGGATGGGATGTG 4881 GGCTGGTTTCACTTATATCCCACACCCCTTTAGGGATCTGAAGGGACTGAGTTTTCTCATCCCCAGAGATCTTGGAACCA 4961 AAAATCTCATGCAAGCAAACTCATCACTGGCATTTCTGAGATCCAGAACACATGTGAGTCCCTCCTGGCTGGGCTGCTCC 5041 CACATGTCCAGCACCCTGTCGGCCTGTAACATCAATCAGAGCTGAAGGTCAGAGGTTTTTCAGGTTCTCGTGAACCTCAC 5121 AAGAACATGCTGGGCCTCCGATCTCACCAACTTGTTTATCAGTTCCTTGTTTCGATCTGTTTATTTATTTATTTTTTTGT 5201 TATTATTATTTTGAGACAAAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGCAGTGCAATGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCC 5281 TCCACCCAGGTTCAAGTGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAACTGGGATTACAAGAGCGCACCATCACGCCCAGCTA 5361 ATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGCAGAGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCC 5441 TGCCTCGGCCTCCCAGTGCTAGGATTACAGGTGTGAGCCACCACTGCACCCAGTCCATTTCAATCCATTTCTAACAGCTT 5521 CACCAAAAAACAGTGGCCAGACACCCTTGCAGCCAAACCCTGAGAAGAGATGTCCCCGAATCTGCTAGCTCATCTCCCCT 5601 TCCCTTGCCAGCTGCCTGGCTCCATAGAGCAGGAGGTGTGTGGCAAGGACAGGGGCAGTTTTCCAGCTTCCACCTATCCA 5681 CGCCTGGGGGAGTTTTTGGACTGTCCTGATAATTAATTCCAGAGGCAGTTTTCAGTCCTGGGTGGGCGGAGGACATCTCA 5761 CTAGGCAGGATCTTCAGCAGAAAGTGATTCTCCATCCGTCAACTCATGCAGGAAGATGAAGAAAGCCCAGATAATCTCCA 5841 ACTTGCATTCGTTTAGGTTTTGGTATACCACCCACCTCACTGTCAGCTGCAGGGCTTGGGGCTCTGCCTAGAATCAGAAA 5921 TTTGAGCCAAACTGGGACCCTCAGATGGCAGTGAGCCATCCCATCAGATAACTCCCAAGAGGAAGCCAACTCAAATATGA 6001 ATTTTATTATTCTGGACTATGACCCTGATCAGAGTTCTCCCACCCCGAAAACCTCTGATAGTCTGGTTTGAACCAGAGTC 6081 AAATAAAACAGACAAGATTTTTTTTTCCTCTGCACAAAAGCAAAAAAACAAAACAAAAAAAAGTCTGCCAGTAGTTTCCT 6161 GGGTTTGATGCCCAGATAAGCAAACACTGTTGCCTATGGCTGTTGCTGTTTTCATCAAGAAAGAGGTTATATAGTTTGCA 6241 TTTCCATCCACTCTCCCTGATTTTATCTTAACCTAGAATTTCTCCTGAACTACCCCAAATGCCAACTTGAATTTGGGTAG 6321 GGCTCTGTTAATCGAGGGAACCCTCATCTTCACTTATAAACCTAATTCTCTGTTCCTCCCTCCAAAGATCCTGAAAAGAT 6401 CTCCTAAAGGCTGGCCAGGATGGGGTGGAGTGGGGCAGTGCACCTGAAGAAAAAAACTTAGCTGCCAGCTGGCTGTATGC 6481 AAGTTCTCCGAAAATTTCTATTGTATGAAAGGGATGGGGTCAATTGCAGCTCAAATTAAGGAAGCCCTCCTAACAGGCTG 6561 GGTTGTCTGACCATGGAGCTCAATGCCATGGTGGACAGTGAGCTCCCTTATATCACAGGTGTTTAAAGAGAGGCTGGCTA 6641 GATGGTGTAAAAAATGGGCATTGCAGAGGGGCCCTAGCATTGCATGGAAACTGGGCTGAACAACCACAGAAATTCCTCTT 6721 TGTTTCTTGGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGTGGTTTCAACACTCTGGATATA 6801 AGCTCAAGCCACTGAGGCAAAGGCATGCAGCACAATTAGCAGGAATGCAACTTCTGGGCTTTGGAGCTCTCAGAGGGGGT 6881 GTCCAAGAGACAAGTCTGCTTCCTTCCGGCTCCGTCTTGGAACATTTTAATGACTGTCAGTCACCAATCCAACCCATCCC 6961 CAGTGGCCTACCAGGCACCACATTGGGATGAGACTCATGCTACCCTTCCCCAGGCCAGCCAAGGAGCAATCCACGCTGTC 7041 CCCCATCCCTGGCTGGCTGTCTTATGGTGCTTCAGCCCCTCCGCCCAGCTCCTGTGCCCTCATGAGCCTGGGGCTTTCTG 7121 TATAAAAGATGCAATGATATCTGTTCCCCACTAGCCATCCCCACAATGAACAACTTCCCAGGCAATAGCAAATGGCTCCA 7201 TTCCAAAAGGGCTTGTTTTTTTGGTAAATCAAATAAGAGACCCCACTCAAGACCTTTGAAAGTCCCCGTCAATGAAAAAA 7281 ATCCAGAAGGGTCAAAAGAGAAAGGCAGCTTTTAATCCAGTTTCACAGCAAAACCAGGCTCTTGGCTGCCTCCAAGCAGA 7361 ATGCCACTCTCCTGCAGCTGTGGCCTCCATCCCAAATCATCCTGCATACTGCATTCTCTAAGGAAAGCATTTGACAAGAG 7441 AGGGTTTATGTATGGTGGATTGGGAGAAAGTGAGACTTCAACCTCAGGGTGAACCGAAGACTGGTTTGTCTTTGGTTGTT 7521 TTAGTATGAGGTTGGGCAGGATGATATGTTTGGATGGGTAGAATGAGCAGCCGCCTTCCTCTGAAACCAAAATAAAATAA 7601 AAACCAGTTTTCAAGATTCCTCCCAACTCCTCACTGGAGGCTCTGCCCTGCAGAATCACTCAAGTTGCAACAACACAAGG 7681 AGACAAAAATAGGATATTTCATGAAAATATAAGAAACTCCCAATTCCGTCCCATTAGGATGCCCTCAAGGGGCCATGCAG 7761 GGATCTTCCCATACTTCCTGCTTCCCTGATCTGAACCAAGATTGGAAAGAGGCAGGCAGCAGAGAAGATGCCCAAGAAAC 7841 TCTGACATATCCACAGCTTGGCTCTGCCCCTTGGGCTTCACTGGGGTTTGGGCCTCCCTCTTGGTTGAGCTGAGTGTGCC 7921 TGAGTGGGTGGGGACAGGGAGGATTCTCCAGGTCTATCTTGATTTCATAGGTCCTTCTCAATCCAAGGTCAAAAACTGAG 8001 AATCTTATTTTCTGCACCAGGAACTCAGGGTTATCCCCAACCTATGCCGCTGGCACATGATGGTCATCCAACCTGTGTTT 8081 TTGTGAGTGAGTGAATGTGTGACTGGTTGGCCTCTGAGTGGATGACTGGATGCGTGAATGTGTGAGTGAATGGGGGAGTT 8161 AATGAATCCCTACCTAACTGTGAAGAGAAGAAAAATGAGGAGCCCCTCTCCCACTGAAACCCATAACTGCCCCATCAAGG 8241 TCATCTTTCTTTGACTCAAGATGACATCTCAATTTGATGCTTGTAGGCCCCAAGCTGATAAGGGCCACAGCCCTCTCAGA 8321 GCCACACTTCCTGGGGGCCCACAGAGCAGCTCTGCCCTCCTTCCTCTTCCCCTACCCTGCATTTCTCAGCCTCATGTTCT 8401 ATTTTAGCTCACACACGACCCATGGGGGGGACCACCAAGTGGTTTTCCAATGGACTAAGCCAAGGGTTCGAAGTTGGGAC 8481 TTCCTTTGGTCTGGGACTTCCTGGGGCAGAAACATAGGAGCCAACATCTGGAAACTGGATTGCATTCCCTGAGCCATGGG 8561 AGTCCAGCTGGATATTAAGGCCAGCCTGCCCTCCAGCTTTTAGAGCCGAAGATCTTTTTTTCTGAGCCCCAAAGCCGTCA 8641 TGATAGTATGCCCCCAGATCCCATCAGCTAAGACCCTGTCTCTCCCAGGAACCCGTCGTGTGAGGTTGGGGCTTTTCTGC 8721 CAGTAAAGCCATTCTGATCACCTCACCCTTGACAGGGGCCAAGCCAATCACATTAGCCATAAATGACCAATGTCCTCAGC 8801 CACTCTTTTCTCGGGGGTGCATTCGTGGGTCCTATTCATCTCTCGTCAGTTAATGTCTCTAGTCCTTCCTGTAAAGGTGA 8881 AAATAAGCATTGCGCATGTGCGCAACACACACGCACACACACACACACACACACACACACAAATCCCAGTGTCTTTTTAT 8961 GCATGTGGTGAGATGAAATTGTGATCTTTGTGTGACCTCCAGCTGCTGTCTTGTCTTGTAAAATATGTCCAAATGTTTAA 9041 GAATTTCTAAGCAAATGGTCCCTTAATGAAGTCTGCAGAGTTCAATAAAAGGTATGGAAAAAACAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | BC-1 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM796037. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796037 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-1 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000371741.4 | 3UTR | UCAAGUUAAAAAAAAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
118 hsa-miR-552-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT060509 | PPP6R3 | protein phosphatase 6 regulatory subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT061011 | C1ORF21 | chromosome 1 open reading frame 21 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT090823 | MBNL1 | muscleblind like splicing regulator 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT126569 | MASTL | microtubule associated serine/threonine kinase like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT147688 | CBX4 | chromobox 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT191746 | ELMSAN1 | ELM2 and Myb/SANT domain containing 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT202397 | GPCPD1 | glycerophosphocholine phosphodiesterase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT231334 | XRRA1 | X-ray radiation resistance associated 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT241355 | SLC16A1 | solute carrier family 16 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT280627 | BCL11B | B-cell CLL/lymphoma 11B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT287408 | GPATCH8 | G-patch domain containing 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT314310 | FCHO2 | FCH domain only 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT321751 | ANKRD46 | ankyrin repeat domain 46 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT329335 | ETF1 | eukaryotic translation termination factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT346611 | PMAIP1 | phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT349189 | ZNF557 | zinc finger protein 557 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT357416 | HNRNPA0 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A0 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT359670 | NUS1 | NUS1 dehydrodolichyl diphosphate synthase subunit |