pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4786 |
Genomic Coordinates | chr2: 239943015 - 239943094 |
Description | Homo sapiens miR-4786 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4786-3p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 51| UGAAGCCAGCUCUGGUCUGGGC |72 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SFMBT2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | Scm like with four mbt domains 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001029880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SFMBT2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SFMBT2 (miRNA target sites are highlighted) |
>SFMBT2|NM_001029880|3'UTR 1 GTCTGCCCTCGGGAGGTGGCCCATTATTGCTGGGATGCGGTGTTGGTAAAGGTTTCCAGGACTGAAACTTTGATTTTCCG 81 GGATATGTTAAATGGTACAGCCACTAAGTATCACCAGAAAACCAGAAGCCCAGGATCTTCTGCCTCCGCCAGCCTGTGAG 161 CTGTTTCCATGTTTTCAAAGCACAGCAGCAGTCGCTTCTGGGGAGTGCCAGTTAAAGTCATGCATCAGACCCTGCCAGAC 241 GTGGGCCTGCTTCTTGGCTCACCCACGTTTTGCCTTTCTCCTGCCCCAAATCAGGCAGCTCCCTTGGAGCAGGGTTTCCT 321 CAGATGAGGACTGCATTCTTTGAAAACAAAGAATGTCGCCAAGGAAGAAACCTCACGCCATGCTGTAGTGTTTCCTGTAA 401 TCACACGAGCACATTTATATATGCAGTTTCCCATGGATAGGCGTGTGACCCTGGTTGAGTGGCACTTGCGGTTTCATCTT 481 GGTGGCAACTCCTTTGCAATGCAGCTGGCAGCGACATCCTTATAAAAACATGTGCTAAAGCTCTGTCCTCTGTTAGAGGT 561 GCCTTTTAGGAATACGGGGAGTGAAGGAAGGCCGGCAGGCATCTCCATGCAACTAGATGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG 641 TTTGTTGTTCATTTTGTTGTGTTTTTTGAGACAGGGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGTTGTAATGCAGTGGCGCAATCTCAG 721 CTCACTGCAACCTCTCTCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCAC 801 CACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTAGTCTTGAACTCCCAAC 881 CTCAAGTGATCTGCCCGCCTCGGCCTCCCAACGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTACGCCCCGGCCCAACTGGATG 961 GTTTTTGATTGAAGCCTAGAACATCTGTAGAGACAAACTCTACCCAGTCTTTTCTAGACCCTCAACTATCTCCAGTGTTG 1041 TTGTTTAATCGTAGCCGGATCAGGGAGTGAGTCTTTTAGGCAAATGTTGGATTATATATCAAAGGAAAAGCTTAGTTTCA 1121 GAGAGGAGGAAGGGAAAGAGATGTGAGGGAAGCATTTCATCAACCAGCTACGTCCCCCTTAGAAGGATCACTGCAGCAGG 1201 TCACCGAGCAGGAGTCCCTCTGAGCGTCCCTTCTGTCTCGTTCTGCCCTAGCTGGCAGCATATGAACCAGGCATGATGCA 1281 GCAGGAGCAGTGAATCTGGAGTCAGCCACTTGGCACCCTGGTTTCGCTGAGAACAAACTCTGAGATCTTGGGTGACTTCT 1361 CATCACTCTGGACCTCCATTCCTGTGAAGTGACAGGTGTGGACCCTGAGGGTGCGGTGGTGAGCACACTGTCTCCTGCTG 1441 GCATTCACCCCACTCATGCTGGAAAGGAAGATCCAGATCGTACAAAAATTAGAAAAAGAAAGAATAAGAAGGGTCTGGTC 1521 CCAGTTCTGACTCGGCCATTCTTACAGCTCTTTCTGGCTTTGAGTTTGCTTGTGGAATTTCCTGGGCAGTTGTGTTAAAT 1601 CCGCCAGGTCACGTGCAGACAAAGCTGTGGCTGCGAGAGTTGGCTGGCCTCTTGGACCAGAAGCCATCTCCATATCCTCA 1681 TGAGCGATTCCATATCTCCACTCAGACCCTGTGGACTACAGTGTTCCGCTGTGGTGGCTGCCAAGATGCCTTCTTAAACT 1761 TATGCAAGGAAACCAAACCCTCCCACAGTTCCCAAGCAGACACTGGAAGCAGAGGCTTCTCACCCTTCCTGCTTTTTCAC 1841 CACAATCACCTTGAGCTCGTCCCTTGGACTAGAGTCTCCACAGTTCCAGTAAAATTCTGCGGTGGGCTGATGAGCTGCTT 1921 GCATTTCTGTGACATTTCCAGATATGATTCTCAGTGGGATTTTGGAAACTTTGATTGCTCAAGCTCACCCTTCTTAACAT 2001 TCTGTAATGGTTACAGATGAGAATGGAAAACACATATTTTATGGATGAGGCGTTTTGGTCTCCCCTGCAGTCGATTTCTA 2081 GAATCAAGTTTTAGAGTTCGGCTGATGCATCTGCCTGGGGACCTCAGATGGGAGGAGTGTGTCAGTTGTACCCCGACAGA 2161 AATGTCTCTGGGATCTGTGGCTGGCTTGCCCCGGGCATCTCTCCTTTAAGCTCAAGTTTTGAACTCTCTGCGGTTTTCCA 2241 CCCCTGCCTTCTCAGCCACATGCTTTTGGCCTTAAACGCTCAGTCTTGTGGAGTTCAACTCTGTCAAACGATTGGAAAGG 2321 GCATCCATTTCCAGATCTTTGGCATTTTCCCCGCGCTGACTCTTTGATGATCCTTCACTGTGGCCTTTTCAAGCTCAGCT 2401 GTTCCTGTTGTATTTGAGACGAGGGTGAGGGAATGTGGTGGCCACAAAAGAACAGGGACTTGCAGCACAAATGTCACTTC 2481 TGTCTCCCTTTTCAGTGGTAGCACGGAGGAGGAGGTGCTGCGTTGGAGGGAGGGGATCCTCCAGGAGCTCTCTGGAGCCC 2561 ATCTAGGAAGCTAGAGTGTGTGGCCCGCCAGGAGCTCAGGAAGGATACAGCCACTGTCGCAGGGGAAAGTGTTTGCTTCC 2641 CGTGGAGCCAAGCGCCCAAGACTCTCCGTATCCTTCACCCTGACAGTTTAACTTCAGCGTTTCTCTGTGCAGTTGCGGTC 2721 ACCATGGGTGAGCACTGTCTGTGCACGTGCCAGGGAGGAGATGGCTGGGACCACTGCACAGGAGGGCGCAGCCTGGCGTC 2801 GCCATGAAAGTTGTCTCTGTGCCATCTCTCCGGTCCTTGAGGAGAGCCCAGAAAGATTTTAGGACCCAGGAGGTGCTTTT 2881 CCTCCAGCTGTTGCCAGTGTCCTTCTGAGCCTGGATTCTCCGGGGATTTCCGTCGTGGTGGATGGACTTCACATCAGCAG 2961 CAGTTCTGGTACAGAATTGTAATGTGTTTTCATTTCTCTGTAGGATTCACCTCTCACCAGCGTCTGTCTTAAAGGTAGGG 3041 CCAATTTCATGGAGCATTTTTCTGTGTGTGTCCTTGTTGCTTTTGCCAGAAAAAGTGGATTTGACATGCGTGCCCCGATG 3121 CCACCATAGCCCCTAGGCCAACAATGTCATGGTCTAAACACCAAAAAGTGATGCCCCGCATTCCTTCCCTGGATGGTACC 3201 GTTTCTTCTCCGTCTCTCTTTGATGATTCTTTGGGACCAAAGTCCTCTCCTTAGTGCGCCTACTTCCTGTGGGCATCATG 3281 CCACTTGGAACTTATTGGAACTGGCCCGGGAGACTCTGCAGTCTGCGCCGTTTGAAAACCCTGAGAAAGAGATGCCACCT 3361 CAACTTGAATCATGACAGCCCATCGCTCAGTCTCACCCTAAACTCATGGAGCTTGTTTCAGCTCCTCACTTCTTGACTGT 3441 ATTTGTACTATGTTGAAAAAATATCCTGTCCACAAAGACATAAGCCTAACAACCTAGAAAAACAACAGGGTACTACTGGC 3521 ATTACAGAACTTCTTTGCCTTTCAAAACAAAAGCAAAACACAGTGAACTTCACCACGGAGCTGCACAGCGTGGGGAACTC 3601 ATCCATCACTTTCAAAATTAGAGTCATTTGATCCAAGTTGGAGTCAGACACAGTATTTGAGCTGCACGGCTTCTGGGTTC 3681 TCCCACCTTATTTGATCATATTCGAAAGATTATTTCCTGTGTTTGCTTTGATTTGTTCCTCAGTACATTAAAATGATCCA 3761 CACCTTGAACACTGCCCTCTCTAGAAGGTTGATTTTGATCAGCCTTTTGAAGATGGGTGTCGTTTCCCTAACTTATCTCA 3841 CAGAATTTTGAGTGTTGTATTTGGCAAGTTCTGAGATTTGCCTTCTGTCTTATGCCAAACACCCCTTTCTAAGAGCTGTC 3921 CCCGCTTAGTTTTAGAAGTACTAGGGGTTTTCATACTTATTTTATAGAACACCCATTTATATTTATTTCTGTATATAGAA 4001 CTAAAAAAAACAGTAGTGTTAAAAATCTTTGTTGTGGTTTGAGCATCTTTGCTGCTTTTGGATTGAGATGGCGAATCAAG 4081 GCTTCACTTCCTCTCTCTTCTGTCTTTAGAAAGCTGTGATCGTGCGTGCAATTATTTGAAAGGCAACATAGTCAATTAAG 4161 AAACCTGTAGTTGTTAAGGAAGAAATTGTTGGCAAGATATCCATACTGCCCATATCTCGTTGGTGCAATAATTAAATAGC 4241 AAAGGAAATCTGTATTGGCAACTATTATAATTCAATAATTCTTTTGTTTACTGCCCTTTTCTGTTCAAGAATTTTCTGGA 4321 AATTACTCCCTTTCACATGGTTGAACTCTTAAGTTGACCAGTTCTCATAGCTCTATCACTAGAATGGTTTGCAGATACCC 4401 CAAACATACTATGATAAAATCAAATTGTGCTACTTTTGACCCATGTAATTTACCTAAAAGTTGTAATTGCTGACAGAGTA 4481 CTGCCTTGAATTTTGGTTTAAAACCTCTCTAGTTTCAATGACAAGTAACAACTCAAATAATTCCATATTGTTTGAGGAAG 4561 AGGCCATAATCCTTCTGAATTGTTGGCACTAAGTAATGGGATTTGGCCCAGTAAGTATGACGGTCGTGTCGCCTAACCAA 4641 CGCAGAGCAGTGCTTTTTGTGTGGCTGAAGCGATGTGCTGACGAAAAAAGGAAAATTCTAGGACAATCGTTGGCTAAAAA 4721 TCACCTTAGGATGAAAAATTTGAGGCAAATTTTTTTAAATGACAGAAAAAGATAATCATCTCACTTGCTTGAAACAGGAG 4801 CCAGCATGATCTCTGGAAGCATCAACTATCCCTCGTCGTGATTGTTGAAAGCTCTTTCACTGTTTTGCATTCTAGTTTGA 4881 ATAGTTTGTATTGAAATTGGATTCCTATCTTGTGTATGTTTTTGGTGCGTAAAAGGGAAAAATTGGTGTCATTACTTTTG 4961 AAATTTGCAGGACGAAGGGCATGCTTTTGGTTTGCTGTAAGATTGTATTCTGTATATATGTTTTCATGTAAATAAATGAA 5041 AATCTATATCAGAGTTATATTTTAATTTTTATTCTAAATGAAAAAAACCCTTTTTACTTCAAAAAAATTGTAAGCCACAT 5121 TGTTAATAAAGTAAAAATAAATTCTA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000361972.4 | 3UTR | CUUCACUUCCUCUCUCUUCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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91 hsa-miR-4786-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT055412 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | 2 | 6 | ||||||||
MIRT219055 | TAF8 | TATA-box binding protein associated factor 8 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT247423 | ATP2A2 | ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum Ca2+ transporting 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT301990 | NUP50 | nucleoporin 50 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT344711 | ZNF207 | zinc finger protein 207 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT409792 | FOXO3 | forkhead box O3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441666 | SEPT3 | septin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441708 | RP1L1 | RP1 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441843 | SYT11 | synaptotagmin 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441862 | TEX35 | testis expressed 35 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441872 | PPP1R15B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 15B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442363 | ZC3H12C | zinc finger CCCH-type containing 12C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442588 | HOXD9 | homeobox D9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442891 | RHCG | Rh family C glycoprotein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443100 | RNF20 | ring finger protein 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443238 | ANKRD26 | ankyrin repeat domain 26 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443611 | OR2D2 | olfactory receptor family 2 subfamily D member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443637 | ELP6 | elongator acetyltransferase complex subunit 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449298 | SMIM19 | small integral membrane protein 19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449581 | ZNF510 | zinc finger protein 510 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450699 | RORA | RAR related orphan receptor A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455269 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | 2 | 10 | ||||||||
MIRT456608 | SFMBT2 | Scm like with four mbt domains 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461509 | NEDD4L | neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like, E3 ubiquitin protein ligase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461710 | ZNF426 | zinc finger protein 426 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463760 | YPEL2 | yippee like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465221 | TRIP10 | thyroid hormone receptor interactor 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466648 | TAGLN2 | transgelin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473046 | MPRIP | myosin phosphatase Rho interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473184 | MKNK2 | MAP kinase interacting serine/threonine kinase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT478996 | COLGALT1 | collagen beta(1-O)galactosyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479650 | CD4 | CD4 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480329 | C5orf51 | chromosome 5 open reading frame 51 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484162 | FAM71B | family with sequence similarity 71 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT487586 | FAM83H | family with sequence similarity 83 member H | 2 | 2 | ||||||||
MIRT487598 | NKD2 | naked cuticle homolog 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT494852 | ANKRD24 | ankyrin repeat domain 24 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494931 | TMEM167A | transmembrane protein 167A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495227 | SIK2 | salt inducible kinase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT496088 | C17orf85 | nuclear cap binding subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496172 | RPL35A | ribosomal protein L35a | 2 | 4 | ||||||||
MIRT496729 | GPR180 | G protein-coupled receptor 180 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496786 | COL9A2 | collagen type IX alpha 2 chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496844 | KCNIP2 | potassium voltage-gated channel interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497924 | BTG1 | BTG anti-proliferation factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT512249 | ARPP19 | cAMP regulated phosphoprotein 19 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT513269 | SCUBE1 | signal peptide, CUB domain and EGF like domain containing 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT525310 | FANCA | Fanconi anemia complementation group A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT525805 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526178 | HEPH | hephaestin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530555 | NKIRAS2 | NFKB inhibitor interacting Ras like 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT531431 | MPZL3 | myelin protein zero like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531715 | TARS | threonyl-tRNA synthetase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531812 | POLD3 | DNA polymerase delta 3, accessory subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536185 | MAOB | monoamine oxidase B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT541015 | WIPI2 | WD repeat domain, phosphoinositide interacting 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544685 | ZNF224 | zinc finger protein 224 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT560194 | CACNG7 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560214 | SLC7A1 | solute carrier family 7 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560703 | PRPF4B | pre-mRNA processing factor 4B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561023 | LIN7C | lin-7 homolog C, crumbs cell polarity complex component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562249 | GRWD1 | glutamate rich WD repeat containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566256 | PTBP1 | polypyrimidine tract binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610519 | HIAT1 | major facilitator superfamily domain containing 14A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611255 | EHD3 | EH domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625352 | MGLL | monoglyceride lipase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT633625 | R3HDM2 | R3H domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT633638 | CASC5 | kinetochore scaffold 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643514 | CCDC115 | coiled-coil domain containing 115 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647629 | PELI3 | pellino E3 ubiquitin protein ligase family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651218 | ZNF225 | zinc finger protein 225 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656738 | LMBR1L | limb development membrane protein 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658055 | FSD1L | fibronectin type III and SPRY domain containing 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662937 | PSMB2 | proteasome subunit beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666735 | RALY | RALY heterogeneous nuclear ribonucleoprotein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667491 | MACROD2 | MACRO domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668131 | GJD2 | gap junction protein delta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671644 | FBXO36 | F-box protein 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674924 | TRPM6 | transient receptor potential cation channel subfamily M member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704425 | CTNNBIP1 | catenin beta interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709712 | DNAJC11 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710068 | UBL4A | ubiquitin like 4A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716227 | DGKI | diacylglycerol kinase iota | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716265 | TOM1 | target of myb1 membrane trafficking protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719906 | SERP1 | stress associated endoplasmic reticulum protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720888 | CSGALNACT1 | chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721388 | ATP13A4 | ATPase 13A4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721938 | LGR4 | leucine rich repeat containing G protein-coupled receptor 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722947 | SRGAP1 | SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724745 | ZNF391 | zinc finger protein 391 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724761 | PSG4 | pregnancy specific beta-1-glycoprotein 4 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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