pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-6799 |
Genomic Coordinates | chr19: 49791866 - 49791934 |
Description | Homo sapiens miR-6799 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-6799-5p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 6| GGGGAGGUGUGCAGGGCUGG |25 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | |||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | RFT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CDG1N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | RFT1 homolog | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_052859 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RFT1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RFT1 (miRNA target sites are highlighted) |
>RFT1|NM_052859|3'UTR 1 CTTCAGGGAAGCCTGGACACCCGAGGCACCTGGACCAGCTATGGGTAGTTCTGTGGGTGGAACACATTCTGTGTAAGAGC 81 CCCACTGAGGGCTCTGCAGCGGAGTGACAGCAACCCCAGAGATGAGGCACCAGAGAGTGCCACTGCATGAGACACCTGTG 161 ACCATTCGAAGTCTGAAATGCGGGGGGGGAGTTTCATTTTTAAGTGAAGACCAAAAGCCCTTTAAAAATAATAGTTTTTT 241 ATCATTTTATAGTAATCAGCATTTTCTCTTTTACTAATATACTCATTCCTTTTGCGTATGATTGGCCTTTGGAGCTACAT 321 GCTCCAACAAACTATATCTTAATTGTTAACTGTTAATAATTATCTGGCCCAGAAAAAGAGATGCAGTGATTTTACCCTTC 401 ACAGGAATATTGAACTTCTTCTGTAAAAGAGAGAGAGAAACCTCTCTCTCTCATGCACCACATGGAAACAGAGTGTGGCC 481 CTGAAGTTGTGGCTTTCTTTGTGTCAAAACTGTGGTCTGAGTTTTTAGAGAAGGAAAAATGCTACTCAGTGAGAAATCCA 561 AGAAATGAAACCAGGAAGGTTTTCAGATCACATTTCCCAGAGTGAGTTCGGGAGAATCTTGCCTGTCGTGATCACACTGT 641 TCCCCGCCGCCCCAGGTCAGCACATACTTGACCCAGAGTGGGCTCTCAGGATTTGTTGATTGAAGGGTGGGTGAAAGCTG 721 GCTGGAGACTCCTGGCCTGGCCACCTGCAAGAGGCGGACTTTGAAGAAAACTGTGATCCAGTTGAGCCACTTTGTCCCTG 801 AGGGGAATGCTGCTTTGCAGCTTTCTGTAACTTCTCACATGGGAATTGCACTGGTGACAGATAAGGTTTAACAGATGTAC 881 TTTTTTATCCTCAGAATAAGACAAGGCAAACTCTATATGGCTAGTATTACTGAGTCAGGTCCCTCCCGTTGACCCATTAA 961 TTCCAGCATTGATCAATACAACCAAATTCCAGCCCCAGGACAAGAGTGGCAGGCATGGGGGCCTGGTACTCCAGGCTACA 1041 GTGTGAGCCCAGGTGTTCTGCACCTTGCAGCCTGCACACTGCAGGTGAAATCATGAGCAGTGTTCTGGAGTGTGAAGTGT 1121 TTTTATTTTTTTGTTAATGTATTAATTCCTTTTAGATATTAACCCCCCTCAGAACTATATGCACAAACTATAACTTGGAT 1201 GTTAATAATCCTGTCACTCAGTGCCCCAAACCTTCTGTGTCTACACCTAGAGAGAGGGCCAGTAAGGGCAACTCCTATCA 1281 TGCATTAAAATGCATGTATTTAAATCTGCTTGCCCAGAGCCAGTACCCAGGGGCTAAGGATTAAGACCTGTCAGTACACC 1361 AAGACTGGGGCCCAGTCACCTGGCAGGTTTTTATCTACTCAGAGGGAGAATGCTTTGCACTAAGTGGGAGAAAAGCAGCT 1441 AAATGCAAGGTGTCCTGAGCAATTAGAGGACCTCCAAAGCATGGCCTCAGTCATGCCTTCATCGGGCAAGGTCAGGCCAG 1521 CTCAGAAAAATGGATGGTCCCATAGGGTCAAGTGGAGCACACACGGAAGGCAGTCCTCCTTCCCTCCCATGTCCTTTCTC 1601 TGTCCCTGGCATCCACAGAAAGGGACCTTCAGTCCTCATGAGCTGCTTCTCTGCAGCTGCTGATCACCCTCCCGGAACCC 1681 TGCACCTATCCCGTGCCCACCTGACCCCAGACTCAAGCATGATCCTCATTCTACCTGCCTCGGAATCACCTGGATTGCAA 1761 GTCAGAACATGGCTTCCCAGGACCCACTCCAGGCCTTCAGGGTCTGTGTCTCCCAGGAGGAGGGCTCTGAGATTGGCTTT 1841 TCTGGCAAGCCCACGTGGCTTTGATGCCACCAAGGTTGGCATGCCCCATTGTCTTCCTTCGTGACAGGCCCAGGACCATC 1921 ATGCTCATGCTCACAGTGCCTGTTCTCTGCTCCAGGAACAGAGCTGCTGCTCTACAAGCAGCCTTGTGACTCCGGGGTCT 2001 CTGGGAGCAGGACTCCCCAGGCTTGTGCTCTCTCAGCTTGAGAGAGGCTCTATGTCTGAAGGCAGTGCTCACTCTCTCAT 2081 CCCTCCCCTGCTGTTCGCCCAGTGCTGCTGTCAGGGCCAGCTCCTCTTGAAAGACAGCCAGCCGCAAAGGCAGCCCAGGG 2161 CTTCTTCCGGTGTCCTGCTTCCCTGTATCTAGGGAGAGTTGTACATGTGGCTGCGTGTTTTCCCAGGACTAGCCCTGCCG 2241 CCTGGGCTGTCAGCACTTTGGCAGCAGGTCCTCTGTGGTTCTCTGCCTCTGGTGCCTCCCTAAAGCTCAGCTGGACCTGA 2321 CCAGGCCTCTGGCATTTCCCCTGCTGGACCCCCTAGAGCCACAGCTGTGCCTCAGGGAGCTTGCATACATGTGGGCCAGC 2401 CTGCCTCACTTTACCCAAGTGGATTTGGGGAGCAGAAATCATACTTTTGGCTTTCAATACCACTTATAGTGAGGCTACTT 2481 CTCCATGGAAACAAGTCTCTGAGGCACAACCTTTATGAAAGGAAGGAGCATTCGTTGGTGAGAAGAACAGTATCGCTGAC 2561 TTCCTGTGCTCCTCTGGCCACAGGTAACTGTTGGTCACTTCAGATTTGGCTTGGGGTCTCTCAGTGAGGAGCTGCTGCTG 2641 TGCTGTTTAATGCTTACCTGATGGCAACTTCTGGCTCTGGAACCGCTACTCTGCCCTGTTCCCAGCCACTTCCCAACCTG 2721 ATTCAAGCAGGGCCCCTCCTTCCTCCTGTCTTTATTTATTTATTTATTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGG 2801 AGTGCAGTAGCGCGATCTCGGCTCACTGCGAGCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTA 2881 GCTGGGGCTACAGGCGCCTGCCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATATTGGCCA 2961 GGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTTGTGATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGC 3041 TCCTGGCCTATTCTTTTCTTTTCAGAGACAAGGTCTCACTCTCTCCTCTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTCATCAT 3121 AGCTCATTGCAGCCTCAAACTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATCACAGGTGTGT 3201 GCTACCTCACCCAGCTAATTTCTAATTTTTTTTTGTAGAGACTGGATCTCACTGTTGCCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTG 3281 ATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTCCAGACCAGCCATTTTTTTTCCTTAATCATGCATTCCTGTTGCTA 3361 GTTTCACATCAGTCCCCTGGTTTAATAAGAAATAAAATATTTTCTTCACACTTTTGAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000296292.3 | 3UTR | CCUCAAACUCCUGGGCUCAAGCAAUCCUCCCACCUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
495 hsa-miR-6799-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT057844 | SLC30A7 | solute carrier family 30 member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT180622 | CRY2 | cryptochrome circadian clock 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT254627 | HIC2 | HIC ZBTB transcriptional repressor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT294657 | ZNF548 | zinc finger protein 548 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT386443 | CCL22 | C-C motif chemokine ligand 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441466 | BEST3 | bestrophin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446753 | ZNF491 | zinc finger protein 491 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449226 | RAD51B | RAD51 paralog B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451096 | ZNF584 | zinc finger protein 584 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451563 | CIAPIN1 | cytokine induced apoptosis inhibitor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451685 | C1RL | complement C1r subcomponent like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451739 | CES3 | carboxylesterase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451761 | ZNF611 | zinc finger protein 611 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT452415 | QDPR | quinoid dihydropteridine reductase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452566 | ZFP69B | ZFP69 zinc finger protein B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452860 | LAX1 | lymphocyte transmembrane adaptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452925 | DISC1 | disrupted in schizophrenia 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453051 | TANGO2 | transport and golgi organization 2 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT453102 | HOXC4 | homeobox C4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453256 | PARP11 | poly(ADP-ribose) polymerase family member 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453299 | ZNF394 | zinc finger protein 394 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453474 | PITPNM3 | PITPNM family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453542 | PRR12 | proline rich 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453597 | ZNF557 | zinc finger protein 557 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453798 | KBTBD12 | kelch repeat and BTB domain containing 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453939 | XRCC6 | X-ray repair cross complementing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT453990 | CECR1 | adenosine deaminase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454087 | TMEM209 | transmembrane protein 209 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454658 | FBXL18 | F-box and leucine rich repeat protein 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454756 | PFKFB3 | 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454846 | AC |