pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4255 |
Genomic Coordinates | chr1: 37161563 - 37161634 |
Description | Homo sapiens miR-4255 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4255 | |||||||||||||||||||||
Sequence | 11| CAGUGUUCAGAGAUGGA |27 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | L2HGDH | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C14orf160, L2HGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_024884 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on L2HGDH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of L2HGDH (miRNA target sites are highlighted) |
>L2HGDH|NM_024884|3'UTR 1 ATAATGAAAGGAGCTAGGTATGCACTGTAATCTTCATGTCAGCAACAAGAATGTACTAATTGCATTCTTTAATTTAAAAA 81 ATGGTTTTTAAACTTTAGTTTTTAGGTCAAAGATAACCACTGCATTGTTAAAATGATGTAACATAGAAATAATAATTTTC 161 TACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCATGCCTGTAATCTCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCAATTGAAC 241 CGAGCAGACGGAGGTGAGCTGAGAGCTGAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGAAAATAATAATA 321 ATAATAATTTTCAAAATGTTAGGCTGGGGGCCGTGGCCAGCACTTTGGGAAGCCAAGGCAGGTAGATTGTAGCCCAGGAG 401 TTTGAGAACAGCCTGGGCAACATGGCAAAACCCTGTTTCTACACAAAGTTAGCTGGGTCTGGTGCCTCTGTAGTTCCAGC 481 TCCTCAGTAGGCTGAGGTGAGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGGTCTAGGCTGCAGTGAGCTTATGTTCATGACACTGCAT 561 TCCAGGCTGGATGATAGAGCAAGATCTTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCAGCCTGGGCAACATAGTG 641 AATGAAACCCCATCTCTACAAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGATGGTGTGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGGG 721 CTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCGGGAGATCAAGGCTACAGTGAGCTGTGTTCATGCCACTATACCCCAGCCTGGGC 801 AACAAAGTGAGTCCCTGACTCAAAAAATAAAAACAACAACAAAAAATAAATTCCATGCTTATTTACTTTGCGAATAAAGA 881 GGCAAGGTACAGTTTTATCTGTCCGAATCCCTGACTTTTATTTATTTTTTTTTTCAGACGGAGTTTCACTCTTGTTGCCC 961 AGGCTTGAGTGCAATGGTACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCCAGCGATTCTCTTGCCTCAACCTC 1041 CTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCCACCACCATGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTGCCAT 1121 GTTGGCCAGGCTGGTCTCGAATTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGTGC 1201 GAGCCATCATGCTCAGCCCTGAATCCCTGACTTTGTTAATGACCTGTCCTTACCAACCATGACCTAGAGAAGATTTGGCT 1281 TTTTAAGAGTTTTGGAGAAAGATGGCATAAAAATAGATTATTTCCTTAAATCAATTTTTTAGCATTACGCTACCTAAGCT 1361 CGTTTGGTCTCTCATAGACAAGAAAATACATTATATTGTAGGTTACATTCTTTTAATTTTGAAGAGTCACAAAACTCACA 1441 TTATTTAGAGCAACAATATTTGTATTTGGAAATTAAAAATTCATGATTTCAAGAAAATACATAAAATTTACATTTTTGAG 1521 TAGTTTGAATAAGTTTCTATCTTAATTATAATATTTGTAGGAAATAACAAAACAAACTCAAAGCCTTTATTATTTCCAGT 1601 CTCTTTGTAACTGATGTGGTATGGTATCATCATGAAATCTAAACAGTGGTACACTGAGTGGTTGTCCTGTTCTTCAATCT 1681 CTGTGGCTGAGAACTGAAATAACTTAGAAGAGACAGATTTTTATGAGAGCAGTTTTAGAATCCTGACACTGATGTATAGA 1761 ACTCCAATTTAAAAAAGTTATTTATCTATTATATCTCTGATCTTTAGTCACACTAAGGCTCTCAAAATGTTGGCCAAGAT 1841 TGGTAATGATTCATACGTACTTGATTTTTCAGGGCTCCTATAAACTTGTATAGGGATATTTTTCCATTTTTGATAAATAT 1921 CTAACTTTGAGGCATTCACTTTTGTAAACCGCGAAAGTGCCTTACATTCACCTCATGAGTATTTTAAGTTGATGCCCAGT 2001 GCTGTGGTATATCCTGTATATATGTGTTTTGTGGTATCTATCGAAATTATTCTTATAATTTAGAAAGTTAGAAAATAGAA 2081 ATTGTAAATGAAAATGTGGCGACCTGACTGCAGAACTTTGAGTACTGAACCACATTTAGGTGAGGCATTTTCATCCATTC 2161 TCTCTGATTTGCTCTCTCAGGATTCATCTTCTACTGTGTATGTCTTCTTTCCTCTTAGCTCTCCAAAGCTGTATGATGGA 2241 TGGGTGAGAAGGATGTGCATTTTGGTTGATAGGAAAAATGTTTCTGTTTTCTTCCTTTTCCCCTCACTTCAAGCATTGAT 2321 GATTACATTGATTGAGCTACCTCATCCATTAATTTGAAAGGCTACACTTCATCAGCTCATGTTTAAGAAGTAGCACATCC 2401 CAGGTAAACAGAGTAGGCCATTATTCAACTCTTAGGATGAGTATATTAAAAGCATTCAGATATCAATGACAGAAGAAACA 2481 AGCCCTAATGTTTCTTTATAACAGCTGATTCCTGCAAGAAATGCAAACACAGGATATTTTTCTGTTCCATTACAAGATTA 2561 CTAAGAGATGGAAAATATTATCATTCTGTATTTTGTCAGTAGTACGATTGCATACATACTAAGTTGTAAACATTGAATTA 2641 CAAAAAATGATTGTCCTAATTGAAGCAGTCCTCAATCCATTTGAGTCTGTACAATACCCTGAAAAGGAAACAACAGGTGC 2721 TGGAGAGGATGTGGAGAAATAGGAACACTTTTACACTGTTGGTGGGACTGTAAACTAGTTCAACCATTGTGGAAGTCAGT 2801 GTGGCGATTCCTCAGGGATCTGGAACTAGAAATACCATTTGACCCAGCCATCCCATTACTGGGTATATACCCAAGGGACT 2881 ATAAATCATGCTGCTATAAAGACACATGCACACGTATGTTTATTGTGGCACTATTCACAATAGTAAAGACTTGGAACCAA 2961 CCCAAATGTCCAACAACGATAGACTGGATTAAGAAAATGTGGCACATATACACCATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAA 3041 TGATGAGTTCATGTCCTTTGTAGGGACATGGATGAAATTGGAAATCATCATTCTCAGTAAACTATCGCAAGAACAAAAAA 3121 CCAAACACCGCATGTTCTCACTCATAGATGGGAATTGAACAATGAGAACACATGGACACAGGAAGGGGAACATCACACTC 3201 TGGGGACTGTTGTGGGGTGGGGGGAGGGGGGAGGGATAGCATTAGGAGATATACCTAATGCTAAATGACGAGTTAATGGG 3281 TGCAGCACACCAGCACGGCACATGTATACATATGTAACTAACCTGCACATTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTAT 3361 AATAATAAACAATATATATATATATATATATATAAAATACCCTGAAAAATAAAAATGAAAAATTTGTTGAAAGTGTTTTG 3441 AATATGTAGGTTATTCTGCTTGTAAAACGTTTTATATGTATGTCAATAGGGTTTTTTTGTTTAATACTGATATAATAAAG 3521 TTTTATGTATTTCTGACAGAAGAAATGTATATTAATATTTAAAATATTTTAATGAGCCTTGGTGTTGTAGAGAACATATT 3601 TTTTAGTTCCATAAAAACTTTTATGCAAATAAATTTTTTTATGTGTAAAACATAAACTGTTTGCTTTAGATAGATAGCAG 3681 CCAACCTTTTTAAAAAACTCATTTCTGTGTTAGTATATAATACAAAATGAGGTTGAGTCATTTATATTTTGGGTAAAAAG 3761 TGGAGCATTTTAGATTTTAACTTCAGAGTGTTTGTGAGGAACTCTTGATGTACCAGCAAGTATATTTTTGGTGTTTCATG 3841 TTACGTAGCTTAACTCTTTTATCCATACATATATGTGTATATCAAAGTCCTTCCCTTGATCCTCTCAGCATTAGCACTGT 3921 TTGGGGAGTTGCCTTTACTGTTGGCAGAATTCCACTTTCCCTGAGGCCATTTGGAAATCTACCTAGTAGCCTGTGGGATA 4001 ACCTTAACTCTTAGAACTTTCTTCAAAGGATGGTGGTGAGAATGGGGTATACTGCCAGGCCCTGGCCTACGGGAGTTTGT 4081 AGGGCCTACTTTTGGAGGCAATCCAACCCTGATGGCTGTACCTATGAGCTATCCCTGTAAACACAGGAGACATGGTGTCT 4161 ATATTGTTTAAGGACTGGCTCTGCCCTCCTGGGCCCTTAATCTGTGTCTAGACTTCTTGGTCAGAGGTTTCCTCATCTTT 4241 CTGCGCATACACTATTATCTAAAGATCTTGTAAACATTTTTGAGTTGTAATCGTAAAGTCAGTTTCTAAGCTTTTCTAAC 4321 ACACTCAAAGGGAGTTTTTGAAATCTCTTCATCAGGGCTTAAGGTAGAAGGACAGGGTGAAATGGTTGGGAAAGCAAAAG 4401 CTGCCTCGAGATGTTTTCAAATAGTTTGTACTCATTAAATAGCTTAAGAATGGAAATAAACCCTGAAGCCCTGAAGGGAA 4481 GAACAGTGTTGATACCAACCAACTCTACTTTTCTGGCCTCAAATCCTAGAAAGTATTGTGGGTTTGTTGTTGTTGTTGAT 4561 GTTGTTAATTGCTTGTATTTTCTGCTTATGGGAAGGATCTCACATTAAAGTTATCTTATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903829 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / CTLTD_shCTL_a |
Location of target site | NM_024884 | 3UTR | AAGGAAACAACAGGUGCUGGAGAGGAUGUGGAGAAAUAGGAACACUUUUACACUGUUGGUGGGACUGUAAACUAGUUCAACCAUUGUGGAAGUCAGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903830 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / CTLTD_shCTL_b |
Location of target site | NM_024884 | 3UTR | AAGGAAACAACAGGUGCUGGAGAGGAUGUGGAGAAAUAGGAACACUUUUACACUGUUGGUGGGACUGUAAACUAGUUCAACCAUUGUGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903831 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / 124TD_shELAVL3_a |
Location of target site | NM_024884 | 3UTR | AAGGAAACAACAGGUGCUGGAGAGGAUGUGGAGAAAUAGGAACACUUUUACACUGUUGGUGGGACUGUAAACUAGUUCAACCAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903832 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / 124TD_shELAVL3_b |
Location of target site | NM_024884 | 3UTR | AAGGAAACAACAGGUGCUGGAGAGGAUGUGGAGAAAUAGGAACACUUUUACACUGUUGGUGGGACUGUAAACUAGUUCAACCAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903833 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_024884 | 3UTR | GGAAACAACAGGUGCUGGAGAGGAUGUGGAGAAAUAGGAACACUUUUACACUGUUGGUGGGACUGUAAACUAGUUCAACCAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM4903834 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_024884 | 3UTR | GGAAACAACAGGUGCUGGAGAGGAUGUGGAGAAAUAGGAACACUUUUACACUGUUGGUGGGACUGUAAACUAGUUCAACCAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM4903835 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_024884 | 3UTR | AAGGAAACAACAGGUGCUGGAGAGGAUGUGGAGAAAUAGGAACACUUUUACACUGUUGGUGGGACUGUAAACUAGUUCAACCAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 8 for dataset GSM4903836 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_024884 | 3UTR | AGGAAACAACAGGUGCUGGAGAGGAUGUGGAGAAAUAGGAACACUUUUACACUGUUGGUGGGACUGUAAACUAGUUCAACCAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 9 for dataset GSM4903837 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_b |
Location of target site | NM_024884 | 3UTR | AGGAAACAACAGGUGCUGGAGAGGAUGUGGAGAAAUAGGAACACUUUUACACUGUUGGUGGGACUGUAAACUAGUUCAACCAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 10 for dataset GSM4903838 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_024884 | 3UTR | AGGAAACAACAGGUGCUGGAGAGGAUGUGGAGAAAUAGGAACACUUUUACACUGUUGGUGGGACUGUAAACUAGUUCAACCAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 11 for dataset GSM1462574 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000267436.4 | 3UTR | GAACACUUUUACACUGUUGGUGGGACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
79 hsa-miR-4255 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT086447 | NABP1 | nucleic acid binding protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT100423 | HSPA1B | heat shock protein family A (Hsp70) member 1B | 2 | 8 | ||||||||
MIRT105339 | SLC7A2 | solute carrier family 7 member 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT107702 | CLTA | clathrin light chain A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT173027 | YTHDF3 | YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT178507 | LCOR | ligand dependent nuclear receptor corepressor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT178621 | HIAT1 | major facilitator superfamily domain containing 14A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT199032 | POLI | DNA polymerase iota | 2 | 2 | ||||||||
MIRT205179 | CPS1 | carbamoyl-phosphate synthase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT209910 | CTNNB1 | catenin beta 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT211675 | OTUD4 | OTU deubiquitinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT235433 | TSEN34 | tRNA splicing endonuclease subunit 34 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT235776 | CEBPB | CCAAT/enhancer binding protein beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT259577 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT357964 | GRPEL2 | GrpE like 2, mitochondrial | 2 | 2 | ||||||||
MIRT404130 | ASB1 | ankyrin repeat and SOCS box containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT405288 | ARF1 | ADP ribosylation factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441596 | PSTK | phosphoseryl-tRNA kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442463 | SLC25A13 | solute carrier family 25 member 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444065 | SERPINA4 | serpin family A member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444637 | HSBP1 | heat shock factor binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445467 | TRIM13 | tripartite motif containing 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446874 | NBPF3 | NBPF member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446907 | RGS5 | regulator of G protein signaling 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447575 | CDC14B | cell division cycle 14B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449966 | ZNF555 | zinc finger protein 555 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT460773 | L2HGDH | L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463972 | WHSC1 | nuclear receptor binding SET domain protein 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT463986 | WEE1 | WEE1 G2 checkpoint kinase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT464218 | VGLL4 | vestigial like family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465098 | TSC22D3 | TSC22 domain family member 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT472797 | MTMR4 | myotubularin related protein 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT473488 | MCFD2 | multiple coagulation factor deficiency 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478690 | CSRP2 | cysteine and glycine rich protein 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT485064 | SUCO | SUN domain containing ossification factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485459 | IVNS1ABP | influenza virus NS1A binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT486630 | TBRG1 | transforming growth factor beta regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT488730 | ADPRHL1 | ADP-ribosylhydrolase like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT491959 | VPS52 | VPS52, GARP complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492428 | RGL2 | ral guanine nucleotide dissociation stimulator like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493062 | MTFR1 | mitochondrial fission regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493071 | MTCH1 | mitochondrial carrier 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493360 | KIF5B | kinesin family member 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493831 | FRS2 | fibroblast growth factor receptor substrate 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT494003 | ECT2 | epithelial cell transforming 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494314 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497477 | TOR1AIP2 | torsin 1A interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504636 | MFSD8 | major facilitator superfamily domain containing 8 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT509229 | KIF14 | kinesin family member 14 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT532450 | PLGRKT | plasminogen receptor with a C-terminal lysine | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534825 | RAB30 | RAB30, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538333 | CSGALNACT1 | chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543178 | FICD | FIC domain containing | 2 | 2 | ||||||||
MIRT545477 | TRIM37 | tripartite motif containing 37 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546476 | SLC17A5 | solute carrier family 17 member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548762 | CNN3 | calponin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT552285 | CBY1 | chibby family member 1, beta catenin antagonist | 2 | 4 | ||||||||
MIRT554059 | SOCS5 | suppressor of cytokine signaling 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556636 | LAMC1 | laminin subunit gamma 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557399 | H3F3C | H3 histone family member 3C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563541 | RBM41 | RNA binding motif protein 41 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564078 | KIAA1191 | KIAA1191 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564709 | ZNF322P1 | zinc finger protein 322 pseudogene 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565176 | LINC00598 | long intergenic non-protein coding RNA 598 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565495 | AZF1 | azoospermia factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565817 | SDCCAG3 | serologically defined colon cancer antigen 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566859 | LRRC58 | leucine rich repeat containing 58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567074 | KBTBD2 | kelch repeat and BTB domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568433 | GDNF | glial cell derived neurotrophic factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635098 | AKIRIN1 | akirin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638501 | NNT | nicotinamide nucleotide transhydrogenase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651609 | WDFY2 | WD repeat and FYVE domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653175 | SPPL3 | signal peptide peptidase like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653995 | SECISBP2 | SECIS binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656957 | KIAA1244 | ARFGEF family member 3 | 3 | 3 | ||||||||
MIRT683841 | ZNF682 | zinc finger protein 682 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT685223 | POTED | POTE ankyrin domain family member D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716829 | PSME4 | proteasome activator subunit 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721513 | CARHSP1 | calcium regulated heat stable protein 1 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|