pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4436b-1 |
Genomic Coordinates | chr2: 110086433 - 110086523 |
Description | Homo sapiens miR-4436b-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-4436b-2 |
Genomic Coordinates | chr2: 110284853 - 110284943 |
Description | Homo sapiens miR-4436b-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4436b-3p | ||||||
Sequence | 60| CAGGGCAGGAAGAAGUGGACAA |81 | ||||||
Evidence | Experimental | ||||||
Experiments | Illumina | ||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | SYT7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | IPCA-7, IPCA7, PCANAP7, SYT-VII, SYTVII | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | synaptotagmin 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_004200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SYT7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SYT7 (miRNA target sites are highlighted) |
>SYT7|NM_004200|3'UTR 1 GTGGGGCCAAGGGAGGCCCAGGGGGCCGAGGGCCCAGGTCCCCATCATGCCCTCACCACTTTATGCACAACGCCCGGCCT 81 GAGCCCCCTGCCATAGGGAGGGGAGGACCCTGAGGGCTCAGCCAGGGAGGGGTCCCAGGACTCAACTGGGCCCCGTTTCT 161 AGGAAGTACCAGCCCCATCCCCCACAGTCCAGCTCCGGGGAAGGGGCTCTGGGAGGCATTTTCCTGCTTTGCCCCTTTTC 241 TTCCTGACTTACTAATACTAAAGAAGTTGGGGGAGCTCGAGAGCCAGACGGCCAGACAGGCAGACCCCTCCAGAGGCCCG 321 CCAGGTGGGCATGGTCCCCCATTTTCTTTAAGGCAGCACCTGGAGTGGAGAGAGGCCACTCCCTCTCCAGCCCCCGATGT 401 GGACCCGGGGAGGGGAGGCTGAGGCGTTTGGCCCCGGCCTGGCCAGGAGAGGCCCATCCCCAGGGCAGTTTCAGGTGCCG 481 GCTGGGCCCTGAATGTCGAGGATAGTATATAGCCCGCTCCTGGGTCCTGGAGCTGTGGCCCTTTGTACTCGTGTTGTGTC 561 CATTGTGTGTGTGCGTGGGGACAGAGGCCTGGAAATGCGGAGGACTATACAGAGAAGGCAGGTTTTGTGAAGGCCAGGCA 641 GGGTTGGAGGCCGGGGGTGTGAGAGGAGAGGCCCATAGGGCTGAGTGGGGTCGGGTGAGGCAGAGGTCAGAAACAGAAGA 721 GCTGCAGTTGCTGGAGCTGGGCTGAGAACTGGGCTGCCTCCTGCCATCCCCCCGTCTCCTCCCCTTCTCCCCTTGGTGCC 801 CCCCTCTGCTCAGAATCTGAAGTAGTTCCCTCCTCAGCAATTTCATCTCTTGAACACTGACTCACACCTTTTAGGCACCT 881 ACTGTGTGCATAGCATTCCACCAGGACTCATCTCCCTTCCTTCTCAGGGGGTCCCGAGCCCCGACTAGCTTTGCCCTAAC 961 TCCTTCATCAAAAGACCCCCCGCCAGCTTCCCACACCTCATACGCAGCCACATCTGCCCTATTCTCCATGCTTTCCAGCT 1041 TGCCTGCCCTTCCTCATCTCTCCCTGCCTGTGCAGACCTCCACCCTTCTTTCCTCCACCCCTCCATCCCCCAATGCTTGT 1121 AGACCTTCCATTCATTCCGTCTCATCGTGCGTGGTCTCTGATCGTCCATCACCTGACCTTCTCCAGGACTGTCTTCTCAC 1201 CCTTCCCCACTCCCTGGTCCCCGGGAGCAGCTCCTTCTGCCCGACTCACTCACAGTGCAGGGAAAGGAGGCAGGGAAAAG 1281 ACCAGGATTCTGTGAGTTCTGAGGTTGCCACACACAAAGAAGCTGTGGTTTCTCTGCCTCGGCCACTGATGAGACTAAAA 1361 CTGGCTTCCCCTTGGAGACGGCAGATTTCAGGCTGATCCCTGCTTAAGCCCTCTCATCCCCACGCTGGTCCTGGTATTGA 1441 TACAAGACCCAGCTGGTGACAAAGCCTCCAATCCTGGGGGTCCACGAGCCTGGGCCTGACATTCCCAGAACTACCGCCAG 1521 GTGGCGCCAGGCCCCCACAGTCTGTGGCCGTGGTCTTAGCCCCCAGTTCCACTCTGGATGGGCCTGTGACACCCCAAAGA 1601 GAAGAAGGGGACTCTGGATAGGGTCCCCACATCCAGGGCGTGGGGAGACCATTGGCATTTGGGAACCATTTTCCTTCGAA 1681 CGGCTTCCCCTTGAGCTGAGCATTCTGCTTGCTGCAGTAGACGGGTCGCCTTTTGCCCATACCGAAATTTTCTGAAATTA 1761 AATCGCACACCCCCACCATTTCCTCTCCCTGGGATCTGGAGGAACATCATACATAGTAGGTGAATCGTTTTGTAGAGTGA 1841 AGAATGCTAATGTAAAGCAAATAGTCACCCACGTTCCTTGTAAATCCAAATGTTTCTATATTGTAGCTTTGCTTAAAATG 1921 GGGTCGGCCCCAACTGCATCCTCCTCTTTGGCGGGCTGGGGAGCGGCCCCCAGCCGGGACGGGAGGGCAGCGACCCCGAG 2001 GCCTCGTGGACGTGGGAGAGAGTGTGGTGGGAAGTCTTGAGCGGAGGAGGGGATCTGCCCTTCTCCACTCCTCTCTTGGA 2081 TCCGCCTCGGTTTCCTGTCCCCCCACCACCCGCCTGCCCCGCGGAAGACCGCCCAGTGAGCCAGCCCCCACCTTCCAGGC 2161 GCCTTCGCCCTGGGGATCCAACCAACTTGTATCGAGTGGGCGGGGCAACGGCTCCCCATTTTTCCCGAGCCCCGCCCACA 2241 GAGCTCTTAGCCAATCCTATGCAGAGAGCATCTCCTGGCAGGGGTCTCTTCCCAACCAGACCCCACCCAGGCACATTAGC 2321 GACCAGGCTTGGGCTTCCCCAGCGCCCCACCACCACCACGTGCAGGTGGAGCTCTGGGATGCTATGTTGGGGCGGCAAGC 2401 GGTGGGCCGAGGGCCGGGTAGGCTAGCACGGGAGGTAAGGGTGGTATGGGATGGGGCGGGGGCGGTCTAGGGCAATAGGA 2481 GAGCAGAGAATGGGGGAACTTGAGGGTGGGGGGAGGGCACCGGAGCCTTGCCACCATCCCAGGACTTTGGGCAAGTCACC 2561 CGCACTCCCTGGGCCTCGGTTTCCCCATCTGTAAAATGATGGTAATAATACTTCACCTACCTCATAGGGGAGGTTGTGAG 2641 GCCACCATCACCTGACCTGGGGGTCAAGGCAGGAGGACTCCGAAGGTGCTACCCGTGAGCAAAGTGTAATTACCGAATCC 2721 TGACTGCAAGGCCCACCTGCCCCTCCCCCACAGAGCCTCCAGAGCTAGCTGAGGCCAACGCAGGCCCATCCGTCTCTTCA 2801 CTCTGTCGCAGGCCCTTTCATGGGCTTCGTCTGCCATCTTTGTGGGTGCCCTAGACTTAGTCCTTATCTTGTCCTGGTTT 2881 CCTTTCTTGTGACCATCTCCCCATGAAAGTGCTGTACAAATTCCACCCGCCCCAGGACCCCCGCACCTGCCCTCTGGCAC 2961 CAGATGCCAGGGAAGGGACAGAGGAAAACAGCCACAAACAAGCCAGGGGGGCTCCCCGGAGCCCCAGGGGTGGGGATTGG 3041 TGGCCACTGTTTGTATGTTCTTGAGTGCAAGTGTTTTATAAAAAATAAAACAAAAACCCACCATCACAAAAAAAAAAATT 3121 TTGCAGCGAAGAGAAATGAAGAAAAACTGAAGAAAAAAAAAAAACAGGAAAAAAAGAACCATACAAAATTTTTCCACCAC 3201 ACATACCCTCTAAGCCAGCAAGATTTCCTCTTTGCAAAATCATATTTTTGTGGGAATGGGCCCTGCTTTTTGTGGCAAGG 3281 CCTGTTCTGATTAATAAAGGATCGTGAAAAAGTAGGGCCTTGGCTGTTTCCTCCGTGGGTCCCAGCCCTCCCTCACCTCC 3361 CTGGGGGCAGAGGCAGTGGGGTGAAGGGGATGGGGGCCCCGGGGCTGAGCCTCCCCTCAGTGTGTCACCTTTGGGATTTG 3441 ACTTCACTGGTGACCAGGCCCTTCCCGAGTGTCCAGCCATCCTCAGATCTCTATAGAATATGATCCCACTGGCTTCCCAG 3521 AAAGCAGAGAGGCAGCTACATCTCCCAGATCAGGCCTGACACAAGGCTTTTTGGGAGTAGAGTCCTCTCTAGGCCTCAGG 3601 GGTGCCCTCCAGGGTCACCCAGCCTGACGTCCCCTCCCTCAGTTCCCAGAGGACACTTGCCACCCTCCAAGGCAGCTCAG 3681 ACAAACCAAAGGGGGACGCTCCAGCTTTCCCACCACCATCCATGGGGCCACTGTAGTTTCAGGCCAGCGCCTCCTTCCTG 3761 GTCCCTGAGGTGGGAAAAGGAAAGACAATGAGCTCTGTGTCTGTTGGCTGGACCTGCGGCTTCTCTCAGCCCTCTTCTAG 3841 TTTCATTCTTTAGGATTAGAAAAGTCTCTTCCACTCAATAGAACAGGTTCCAGCCTGAGGTGTGGGAAGCTGGGTTGTAA 3921 TCCCTTCTGCAGCCTCTGTGGCCCTGGGCAAGCTCTTTCCTTCCACCTGTTTCTTCTGGCCACAACAAAGCAATAACCAT 4001 CCCCATCCCCTGCCCTTTCTTCCCCACCCAGCCCAGGGGAAGCTGAGCCCCCGCAGCTCTCAGGGTACTTCAGAAGGAAG 4081 GTGCTACATCTGGTTCAGACACAGGCACAAAAGGAACGAGCACATCCCCATTGTCATGTGTCCACCTGCTGGCCCCTGCC 4161 CCCACCAGGAGTGAAGCGGGCCATCCCATCCGCCCTCTGCTCCCAGCACTTGGGGCCAGCAGCTGCCTCCCGGAGCTGCA 4241 CTAAGTACCCCATCCAAAGCTGTCTGTCCCTCATTTCCCACAACCTGGTTTAGATATCACTTCTGATCTCTGTTCCAGAG 4321 ATCAGAGGAAGCCCCGGGGTCAGGTAAGTAGCCTCAGGGGCTCCCTTGGCCAGAGCTTCTGTTCAGGCGCTCTCCATGAA 4401 AGCAGCCCTGGAAAACTGAGCCTGAAGTCAGAGACAGCTCAGGCCCAGCACAGGGGGCAGTCCCTTGCCACTGGCTCGGG 4481 CCCTTCCCTGGACTTTTTGCCTTCCTCCATTTTTGCTTCTCTGGGTCTGTCTTCGTCCATGCCTGCTCTGAGATGCTCCC 4561 CCACCCCTCCCTGTACCTGGGACCACCGCCCTCTGGTGTTTTCTTTCTCCTGTGAGTCCCCCCCTGGATACTGCTGCTTT 4641 CTGGAAGGCTGTCCTGGGTTACGTCCTGCGCTCCTCTCCCTCCCACGCAAAGACAACCAGAAGGACAAGCCTTGAGCACG 4721 CCGATGCCCCAGCTCGTGGCTCCCCAGACCATCTGTTTCCCGTGAAGACGCCCCGCTCCCCGTGTCTGTGTCCTGCGTGT 4801 ATGTGTCGTGTCTTGTGTAGATTGTGAGCCCCCTGGGCAGGGATCCCTGTCTGCATACATGTTCCATGTGGCACGCCCAG 4881 GTGTGCTAATAAACGTTCATCTTCAGAACAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
|
Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | HCT116 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in ERX177621. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_D_AGO_CLIP_3_11
PAR-CLIP data was present in ERX177609. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_D_AGO_CLIP_2_11
... - Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al., 2016, Genome research. |
Article |
- Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al. - Genome research, 2016
DNA damage activates TP53-regulated surveillance mechanisms that are crucial in suppressing tumorigenesis. TP53 orchestrates these responses directly by transcriptionally modulating genes, including microRNAs (miRNAs), and by regulating miRNA biogenesis through interacting with the DROSHA complex. However, whether the association between miRNAs and AGO2 is regulated following DNA damage is not yet known. Here, we show that, following DNA damage, TP53 interacts with AGO2 to induce or reduce AGO2's association of a subset of miRNAs, including multiple let-7 family members. Furthermore, we show that specific mutations in TP53 decrease rather than increase the association of let-7 family miRNAs, reducing their activity without preventing TP53 from interacting with AGO2. This is consistent with the oncogenic properties of these mutants. Using AGO2 RIP-seq and PAR-CLIP-seq, we show that the DNA damage-induced increase in binding of let-7 family members to the RISC complex is functional. We unambiguously determine the global miRNA-mRNA interaction networks involved in the DNA damage response, validating them through the identification of miRNA-target chimeras formed by endogenous ligation reactions. We find that the target complementary region of the let-7 seed tends to have highly fixed positions and more variable ones. Additionally, we observe that miRNAs, whose cellular abundance or differential association with AGO2 is regulated by TP53, are involved in an intricate network of regulatory feedback and feedforward circuits. TP53-mediated regulation of AGO2-miRNA interaction represents a new mechanism of miRNA regulation in carcinogenesis.
LinkOut: [PMID: 26701625]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000263846.4 | 3UTR | CUGCCCUUCCUCAUCUCUCCCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
87 hsa-miR-4436b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT066957 | ATXN7L3B | ataxin 7 like 3B | 2 | 8 | ||||||||
MIRT119284 | NABP1 | nucleic acid binding protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT128915 | KMT2A | lysine methyltransferase 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT150116 | MIDN | midnolin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT173040 | YTHDF3 | YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT253117 | BCL2L12 | BCL2 like 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT256997 | RGMB | repulsive guidance molecule family member b | 2 | 2 | ||||||||
MIRT259746 | SNX12 | sorting nexin 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT267278 | TMEM109 | transmembrane protein 109 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441934 | C1orf109 | chromosome 1 open reading frame 109 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443625 | CPSF2 | cleavage and polyadenylation specific factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445757 | AGO1 | argonaute 1, RISC catalytic component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447835 | CTIF | cap binding complex dependent translation initiation factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451230 | ZNF444 | zinc finger protein 444 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451966 | TMPRSS5 | transmembrane protease, serine 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453127 | HOXC4 | homeobox C4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454604 | RPL13A | ribosomal protein L13a | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455176 | SUV39H1 | suppressor of variegation 3-9 homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455547 | GJB1 | gap junction protein beta 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458197 | ATP6V0A2 | ATPase H+ transporting V0 subunit a2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458356 | NOC2L | NOC2 like nucleolar associated transcriptional repressor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458923 | DNM2 | dynamin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461013 | SYT7 | synaptotagmin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461643 | ZSWIM4 | zinc finger SWIM-type containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461997 | PACSIN1 | protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462367 | BCL7B | BCL tumor suppressor 7B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464915 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466311 | TIMM22 | translocase of inner mitochondrial membrane 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466591 | TBC1D2B | TBC1 domain family member 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467045 | SRSF1 | serine and arginine rich splicing factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468750 | SDC2 | syndecan 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468943 | RPS24 | ribosomal protein S24 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469474 | REEP5 | receptor accessory protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469913 | PTRF | caveolae associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473325 | MEX3A | mex-3 RNA binding family member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473643 | MARK2 | microtubule affinity regulating kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474064 | LMNB2 | lamin B2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474357 | KMT2D | lysine methyltransferase 2D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT475394 | ICMT | isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT476335 | GLTSCR1L | BRD4 interacting chromatin remodeling complex associated protein like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478651 | CTDNEP1 | CTD nuclear envelope phosphatase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479585 | CDC42SE1 | CDC42 small effector 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479943 | CBX5 | chromobox 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT482001 | AMOTL2 | angiomotin like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT482043 | AMER1 | APC membrane recruitment protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483070 | EXT2 | exostosin glycosyltransferase 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT484323 | KCNH1 | potassium voltage-gated channel subfamily H member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT487528 | GXYLT2 | glucoside xylosyltransferase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT489636 | ALS2CL | ALS2 C-terminal like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490693 | SSTR1 | somatostatin receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490871 | UPK2 | uroplakin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492582 | PPM1L | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1L | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492945 | NEUROD2 | neuronal differentiation 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498675 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT499349 | RAB25 | RAB25, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502338 | GIGYF1 | GRB10 interacting GYF protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT502976 | CCNL1 | cyclin L1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT503706 | NUP62 | nucleoporin 62 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT505567 | SMUG1 | single-strand-selective monofunctional uracil-DNA glycosylase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT507808 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513242 | FBXO41 | F-box protein 41 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513586 | EVX1 | even-skipped homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525036 | FRK | fyn related Src family tyrosine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531035 | TDGF1P3 | teratocarcinoma-derived growth factor 1 pseudogene 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531939 | RBMS2 | RNA binding motif single stranded interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534912 | PUM2 | pumilio RNA binding family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535717 | N4BP1 | NEDD4 binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540498 | ZMAT4 | zinc finger matrin-type 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT541465 | AURKA | aurora kinase A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554328 | SH3GLB1 | SH3 domain containing GRB2 like, endophilin B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561572 | SLC6A9 | solute carrier family 6 member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564715 | ZNF322P1 | zinc finger protein 322 pseudogene 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576176 | Hmox1 | heme oxygenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629712 | XKR4 | XK related 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636182 | THBD | thrombomodulin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646315 | MPHOSPH8 | M-phase phosphoprotein 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649174 | IQSEC1 | IQ motif and Sec7 domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666945 | PMEPA1 | prostate transmembrane protein, androgen induced 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684057 | FOLR1 | folate receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687585 | MAU2 | MAU2 sister chromatid cohesion factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689953 | ZNF185 | zinc finger protein 185 with LIM domain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704071 | SRCAP | Snf2 related CREBBP activator protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704327 | DCUN1D5 | defective in cullin neddylation 1 domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705406 | ATP1B3 | ATPase Na+/K+ transporting subunit beta 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710488 | CDH5 | cadherin 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718241 | LCE1A | late cornified envelope 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723182 | CDCA4 | cell division cycle associated 4 | 2 | 2 |