pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-let-7e |
Genomic Coordinates | chr19: 51692786 - 51692864 |
Synonyms | MIRNLET7E, hsa-let-7e, let-7e, MIRLET7E |
Description | Homo sapiens let-7e stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-let-7e-5p | ||||||
Sequence | 8| UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGUU |29 | ||||||
Evidence | Experimental | ||||||
Experiments | Cloned | ||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | OPA3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | MGA3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | OPA3, outer mitochondrial membrane lipid metabolism regulator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_025136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001017989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on OPA3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of OPA3 (miRNA target sites are highlighted) |
>OPA3|NM_025136|3'UTR 1 GAGCTTGCTGGATGGAACCTGAATTTGGACATGGCCTATGTACCTAACGTGGCCTTCTTCCCGCACCACCCTTGCCTGCG 81 CTGGCCCAGTGGAAACCACCAGGATCTTGATGCAACTTGGCATTTGGTTACCCCTGCTGATAAGAGCAGCCGTTACCTGC 161 CACTGGGACCAGCAGGTGAAGCGTTGCAACATAGCCCCCTCCATCATCCTTCACCTCCTATCCCCCACTCCAAACCAGGA 241 CGACCTGCAAGGTCCCAGCCAGCAGGACACCGTGGGCACTCTGGCAAATGAAAAAATGGAACCTGGTCTTGAGCTGAATC 321 AATGTGTTATTGTTACCCCCACCCCCGGTTTACCTGATCAGTGTTAACCTTTACTGGGACACTCATCTGTTACACTGGAA 401 CACCTTCTTCTTTTTGTCAATCGGCACAGACCACTGTAAGGAAATGCAGTGTGTTGCAGTGGCCTTTTCTCCCCCTCACC 481 TTCTAAGGTCAGCTCTAGCTGAGCATCAGTGCTCTCTTAAGGAGGAAAAAAACGGTGCGGCTGGGAGCGGTGGCTCACGC 561 CTGTAATCCTAGCACCTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCCAGACCAGCCTGGCCAACATGG 641 TGAAACTCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGGGTGCGCTTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGC 721 TGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCATGAGGTGGAGGTTGCGGTGAGCCAAGATGGCACCATTGCACCCTAGCCTGGGCA 801 ACAGAGCAAGACACCGTCTTAAAACCAAAAGTTAACCGGGCGTGGTGGTGGGTGCCTGTAATCCTAGCTACTTGGGAGGC 881 TGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACTTGGGAGGTGGAGGCCAAGATTGTACCACTGTATTCCAGCCCGGGTGACAGAGCAAG 961 ACTGTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAATCCTGGCTGGGCACGGTGGCTCACACCTGCAATCCCAGCACTTTGGAAGGTCGA 1041 GGTGGGCGGGTCATTTGAAGTCGGGAGGTCGGGAGATCGGGAGCTCGAGACCAGCCTGACCAATATGATGAAACCCCGTC 1121 TCTACTAAAAATACATAAATTAGCTGGGCATGGTGGCATGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGACAGGAGA 1201 ATTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCAATTGCATGCCAGCCTGGGTAACGAGCAAAACT 1281 CCATCTTAAAAAAACCCACAAAAGGTCCTGGCCTGCAGTCAATCCCTGGAATCATTGTACCTTCCCTTGAGACCCGAAGT 1361 GGACTATTCCAACAGAACCCCCTCATCCTTGAGTCTATGGCACAACCCACTGGAATGGCACTACAGGATCTTTTCTGTGA 1441 ATGTCCTCCAACCCCCCTTTCCGTGGTGGGAAATTTGATCCTAACTAGGGCTAATCCAGCCTGTCCTTCAGCCTCAGCCC 1521 CCTATTTTCCTGTCCTCAGAGTCCCTGGAGCTTGTACTGTGTGGCATGTCCTTTCTTGCCTTCCCCACCTTGCTCAGTAG 1601 CATTTCTCAGGGACCCAGTCGAATCCAAGCCCATGGATTCAATTGTCACATCCTTCATCTTCCATCCGTGTCTCCTAATC 1681 TGTGTGCTCTTGCTTTCTTTCCTCGGAGCTCTGGACTGACCCGACAGCCTGTCTTCATGTAGCAGTACCCTCCTGCCTCC 1761 ATAGCCCCCGGTCCCACCCCCATCCTACCAATTAGGCCAGCAGTTGGCCTTAACTGCTTGATTAATTTCCTTGGACTGCC 1841 ATAACAGATCACCATTGGGTGGTGAACTTGATGGCTTAAGTCCAACAGGAATTTAATTCACACAGTTCTGGAGTCCAGAA 1921 GTCTGAAACCAAGGTGCTGACAGGGACACGCTCCCTCTTCCAGCTCCTGGTGATTCCAGGCCTTCCTTGGCTCTGCCTGC 2001 AGCTTCACATGGCCTTTTCCCTCTTCTATTTTGTCTCTTACAAGAACACCTGTCATTGCATTTAGGGCCCATCTTAAGTT 2081 CAGGATGATCCCACCTCAAGACCCTTAATTACATCTGAAAAAACACTTTTTCCAAATAAACTGTCATAAGCACAGGTCCT 2161 GGGGGTTAGTATGTGGACTTGTCTGTTGGGGGCACACCATTCAAGCCATTCAGCCCACTATTCCTCCTCACCCCAAGAGT 2241 ACGCTGGCGTCCAGGTGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGACCAGGGCAGGAGGGATCTCTTTGAGC 2321 CCAGGAGCTGAAGACCAGCCTGGGCAACATAGTGAGACCCCATCTCTACAAAAGTAAAATAAAAAATTAGCCAGGTGCGG 2401 TGATGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACCTGAGCCCTGGAGGTCGAGGCTGCAGCG 2481 AGCCGTGATCGCGCCACTACACTCCAGCCTGGATGACAGAGTGAGACCCTTTCTCAGAAAAAAAGTACCCTGGGACTCCT 2561 GCCAACCCCGCGGGCCATTTGGCCTTCCTGCTAGCTGAGAGGAACAGTCTAGGAACCACCCTTTTCTACTGGGTTTCTCT 2641 TCCAGGATCTGCCACTGAAGCGGGAGGGGGTGGGTCCCAGTAGCCTGCAGTCTGTCCTTCCGACTGTAGCTCTCTCATTA 2721 GAGGAGCTGCAAGGTGATGAAGGCATCCTGAGGCTGTACCTGAACCACCATGTGGATCTCCACAATGGGTACAGAGCTTA 2801 TTAAAATCAGGAGGGAAACTGGGAGGGTTCTGATGGGGAGAGGCCCAAGAGTCACCCTATGAGCTGGGGAAACTAAGGCC 2881 AGGGGTAAGCAAAGGGACTTGCCAGAGATGCCACAGCCAGTGAGGGGCTGACTGCCCAGGGTGGTGAAGTAGTAGGGGCA 2961 GAGTGAGAGGCTTGGATTACCCCAGCTGCAGAGTGAGGAGGGAGAGGCGATGGCTGAGCAGAGGCTGGGAGGGTGACGAT 3041 CTCTACACAGAGGCCCAGACCATCCCAGAGGTGGCGTTGATAGTGGGAGACCCTCTCTATCCCCTCTCAGAGCAGCCCCA 3121 GATCACACCAGAGATCATAGCATTGTGTAAACTGGGTGACCATTCCACCTGGGCCCGCTTTTGGGAAGCTGCAGGTGAAA 3201 GTGGGAGGGCCGGGCTTTCCCCGACTTCCATCCTCACCTCCCTTCTCTAAAGAGGTAAAACTGGCCTGGACCAAGATCTG 3281 CCCAGATAGAAAGCCAAGAAACAGGTTCTGAAACTTTTCTTTTCTTCTTTTCTCTTCTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTCGG 3361 AGACAGTCTAGCTCCGTCACCCTGACGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAACTTCTACCTCCCAGGCTCAAC 3441 CAATGATCCTGCCTCAGCTTCCGAAGTAGCTGGGATTACATGTGCCCACCACCCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTAG 3521 TGGAGACGGGGTTTCTCCAAGTTGCCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGACCTCAGGTAATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAA 3601 AGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCTGAAACAGCATTTCAGTTCCTTCTGGAAGAGGGGGAGAAGCT 3681 GGAGCAGAGGGAACTGACCGAGTGGGTCCTGAGTGGGCTGTGTTTAAAACTGGGAGTGACCCAGGCCAGCTCACGCCTGT 3761 CATCCCAGCACTTTGAGAGGCCAAGGTGGACTGATCACATGATGTTAGGAGATCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAA 3841 ACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGTTGGCACATTCCTGAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGG 3921 CACGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGA 4001 GTGAGACTCAACTCAAAAAAAAAAAACAGAGGTGGGAGTGTGAACACAGGCAGGAGCTCCAATTCCTGACCCCAGCGCTG 4081 TCCTGACCCAGATGGAGTGCTGCTCTCACATCTCAGAGACTTCGCACTCAGCCCTGCCCTGCCCTGCCCTGACAGGCAGC 4161 CAGTCATCGTGGGCAGCAGGGCCATCTACTTCCCCCACTGCGGCGTCAGGGGTGGCCAGAGTGTGTGGAAGTGGAAAGAA 4241 CGTCCTCTCAAAATGCAAGAGGCCAGAGGATGGTTCACTGCTCGTGTGTTCTGCTAGCTAGAATTCTGTGTACCTTGTAA 4321 TTTGGGGAGAGGGGTTAGAATAAATTTGTAAATGAAGCTGATTATCTTCAAGTTGATGCATTCTTTTTTCATATTTAAAA 4401 AGTCCTTGGGACTGGGCGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAGGGTGGGTGGATCACCTGAGGT 4481 CAGGAGTTCAAGACCAACCTGATCAACATGGTGAAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGT 4561 TGTGCACCTGTAATCCCACCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCTCTTGGACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGC 4641 CGAGATCATGCCATTATACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTTCATCTCTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAA 4721 TAAGGTCCATGTCAACCTTAGGAAAAATATCCTTTATTTATTCTTTCACTCAAAAAACTCACTGAGGTGGTCCCGCACCG 4801 GGACATGGACCCAGTGTCCTTGGTAGGGCGTCTCCCGCAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAATAAAACACAAAACTCACTG 4881 AGTTACCCACTCTCTGCCCCACCCTATGCTGGGGTCACAGTGGTGACAGAGACAGCCCCAGCCCTGCCGTCACCGGGTCT 4961 TACAGATGCTCACACGTACATTTCTTTTCCAGTGTTCCCTGCCCCACCCCATAGTTGTTTAGGAAGCAGGGGCTGGGCTG 5041 AATCCGGAATCCTCCCTCTGGAGTGACTCAGGACTATAAACCCATTCATCCCAGCTCACAAAACCCTGGGAGGTGCCCTG 5121 AGGGCTGTGCCCCTCCCATCTCCTGGCAGGCCCTGCTGTCCCTCTTGTTGGTTTCTCTGTAGGGCAGGCCATTGCCTGGA 5201 GGGAGGCAAAATGGCTGAGAGCCACCCCAGGAGAAAATGGGCTTTACATAAGCCCCAACCTGATCTATTGGCTCACGGAG 5281 CTACTCCTGGGCTGGTCGCTGTGTTGCTGAGTGGCAGGCTTGGGTCCCCCAGTGGCAATGGCTTGTAGCTGGAGTCGGTG 5361 TGGACAGAGAGAGGAGAAGCATGGCAACTCTGAGTGTACTGAGGATCAACTGCACCAGGCTCCATTCTAGTAGCTGGGAG 5441 CCAGTTGGGAGCAAGCAGAGGCCCTCACTGGAGCTGACATTCTAGTGCCAGAGACCGGCAATAAAGAAGGAAAGAGTGGC 5521 CAGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCCAATCCCCTGAGGTCGGGAGTTCGAG 5601 ACCAGCCTGACCGACATGGAGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCAGGGCATGGTGGTGCATGCCTGTAAT 5681 CCCAGCCACTCAGGAGGCTGTGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCCAATATTGCACCAT 5761 TGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAACGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAGGAAAAAGCTAATCCAGCATAGGGTGATGAG 5841 GACTGAGAGGAATGGAGGCAGGGTAGGAGTTCCGGACTTACGGGCACCGCTGATCTAGACAGGTGGGCAGGGAGGAGGCA 5921 GCGCTTCAGATGGAGGGAGATAGGAAGAGGGCTGTGAGTATCTGTGAAAGTCCTAGGACAGATGTGGCCTTGGCCTGTTC 6001 CTGGAACAGCAAGAGTTTCTGGCTGTCAGAATAGAGCAGAGGCTCGCTGACCAAGGCCTTTGGGCCAAATCAAGGGGACC 6081 CTTGCTTCCTGTCTTTGTAAATAAAGACTTATTGGAACCCAGGCGCTCATTCGTTTGCATATTTTCCACAGTTGCTTTTG 6161 CAGTACAGTGACAGAGCTGAGTATTTGCACAGAGATCCTAGGGCTCTCGTACTCTCTGGCCCTTTACAGAAAAAGTTTAC 6241 CATCCCCTGGAATAGAGTAAGCGAGGGGAGAAGTTAGGTGAGGGGGCCAGGCAAGCAAAGGCTGCCCCTTGCCTTGATTG 6321 GCACAACTGTGGAGGTCATCCCAGCTCTGGAGCCCCAACAGGATCACTCAGGCCTCTGCTTCCACCACATCTGGCTTCAG 6401 CTTCCCCCTCTGTGGAGTCCTCCCTCCCTCCCTCCTTCCCCATAGGAAATGACCCCAGTGCTCAGCAGTAACCCCCACTG 6481 CGCGCAGATCTCAGAACCTCCACCTCAATCTACAGCCACGTGCCACAATAAGAAGCAGAGTTTTAGGCCAGGCGCGGTGG 6561 CTCACGCCTGTAATCTCAGTACTTTGGAAGACCAAGGTGGGAGGATCACTTGAAGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGCCC 6641 AACATGGTGAAGCCCCGTCTCTAATAAAAAGAATACAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGTGCACATCTGTAATCCCAGCTA 6721 CATGAGAGGCTGACATAGGAGAATTGCTTGAGCCCAGGAGGTGGACGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCACTACTGCATTCC 6801 AGCCTAGGTGCCAGAGTGAGACTTGGTCTCAAAACAAAACAAAACAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACACACCTGTA 6881 GTCCCAGCTACTTGGGGGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAACCCGGGTGTTTAAGGCTGCAGTGAACTGAGATCAGGCC 6961 ACAGCACCTCAACCTGGGAGACAAAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGCAGAGTTTATGTAATCCATCGTGTG 7041 CATATTTATACAATAATTTACAATTCTATGTATTTTAAAAGTGTATAATTCATATATTATGTGACACAATATATAATGGA 7121 ATATAAAATATATATTTTATGTCATGTGTAACATAACATCATCTATTATATGTAGTGTATGTGCTTATGTACATATCATT 7201 GGAATGAAAGTTTCATTAAATAATTACCCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | |||||||||
Validation Method |
|
|||||||||
Conditions | TZM-bl | |||||||||
Location of target site | 3'UTR | |||||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | |||||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
|||||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
|||||||||
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
|
Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | HCT116 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in ERX177609. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_D_AGO_CLIP_2_11
PAR-CLIP data was present in ERX177633. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_D_AGO_CLIP_4_11
PAR-CLIP data was present in ERX177608. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_V_AGO_CLIP_2_10
PAR-CLIP data was present in ERX177620. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_V_AGO_CLIP_3_10
... - Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al., 2016, Genome research. |
Article |
- Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al. - Genome research, 2016
DNA damage activates TP53-regulated surveillance mechanisms that are crucial in suppressing tumorigenesis. TP53 orchestrates these responses directly by transcriptionally modulating genes, including microRNAs (miRNAs), and by regulating miRNA biogenesis through interacting with the DROSHA complex. However, whether the association between miRNAs and AGO2 is regulated following DNA damage is not yet known. Here, we show that, following DNA damage, TP53 interacts with AGO2 to induce or reduce AGO2's association of a subset of miRNAs, including multiple let-7 family members. Furthermore, we show that specific mutations in TP53 decrease rather than increase the association of let-7 family miRNAs, reducing their activity without preventing TP53 from interacting with AGO2. This is consistent with the oncogenic properties of these mutants. Using AGO2 RIP-seq and PAR-CLIP-seq, we show that the DNA damage-induced increase in binding of let-7 family members to the RISC complex is functional. We unambiguously determine the global miRNA-mRNA interaction networks involved in the DNA damage response, validating them through the identification of miRNA-target chimeras formed by endogenous ligation reactions. We find that the target complementary region of the let-7 seed tends to have highly fixed positions and more variable ones. Additionally, we observe that miRNAs, whose cellular abundance or differential association with AGO2 is regulated by TP53, are involved in an intricate network of regulatory feedback and feedforward circuits. TP53-mediated regulation of AGO2-miRNA interaction represents a new mechanism of miRNA regulation in carcinogenesis.
LinkOut: [PMID: 26701625]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000263275.4 | 3UTR | CAAUCUCGGCUCACUGCAACUUCUACCUCCCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer |