pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-514a-1 |
Genomic Coordinates | chrX: 147279247 - 147279344 |
Description | Homo sapiens miR-514a-1 stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases | |
pre-miRNA | hsa-mir-514a-2 |
Genomic Coordinates | chrX: 147281943 - 147282030 |
Description | Homo sapiens miR-514a-2 stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases | |
pre-miRNA | hsa-mir-514a-3 |
Genomic Coordinates | chrX: 147284641 - 147284728 |
Description | Homo sapiens miR-514a-3 stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-514a-5p | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 22| UACUCUGGAGAGUGACAAUCAUG |44 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZNF148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BERF-1, BFCOL1, GDACCF, HT-BETA, ZBP-89, ZFP148, pHZ-52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger protein 148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_021964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZNF148 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZNF148 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZNF148|NM_021964|3'UTR 1 AAAAAAAAAAAAAGTGTAAATAATACTGGCACTTTAGAACAGATTAATCAAGAGTGGGGTTACTCTGTGTAAATGGAGTG 81 CTGTACAGATTTAAGAGCAATGCGTAATAACAAGTTAAGCTGATATGAATAGCAAGATAATCCAATAACTGCATTTCGTT 161 TGGTTAGTCAGCATTCTTTGAACTGCCTTACATGTTGTCACCTTTATAGAAGCAATGCATTACTTGTTTTAGATCAGAAA 241 CTTGCTATTCCACCCACACCAAGTTAAAAAGGAAAAAAAAAAGACTTTCGCACAATTGTTTCCTAACTGATAACATTGTA 321 CATTCTTAGGAGATTAGTAATTGTGTGAAATTTACTCATACTGTTTCTAAGTTTTTCAGCATAGTCATTGCACTTCAGCA 401 GGGAATCTGAGTATACTTTACAGACAGAGTGAACTTAAAAGTTTAATGTCAAGAGATTATGGCTTAAATAAATTAGTGTG 481 TCCTATAGGGGGAAAAAAACCAAGAAACCACCTTTTAAAAAGAATGATATGCCATATACCCTTGATTTTCATTTTGCATT 561 ATATTGACGTGTTTTTTTGAAGGAAAAAAAGTAATAAAAATCTGATAGTCTAAGACTCCACTATTTAAAAGCCTAATTAC 641 TTTAAAAATATGCATACTTTCAGAACTTTTACCAAAACACACAACTGTTGAAGCAGTCACTTCTCTATGGAAGTATGCAT 721 ATTGGTGTCAGTTTCTTTGTACAGTTGTACTTAGATATTTTTTATGATTTTTCATGTGCAGGTATCAAGGTTTTGAAGTT 801 TTAGTAAAAGAAATTCTGTAGATTACATTCCCAAGAACATAATGCTTACACAAAATGTATATTCCACGTTTTAAAGCTTA 881 ATTGTATTTTACTTTACATATACACTTCAGTTAACATAGAGCACTTAGAATCTATTTGGTATTTTTGATTTCTCAAAGTA 961 AAAAAAAAATTAGATTTTTAGGTTTGATATGGTTGTGTCATAATCATCTCGTAATTGACAATTTTAACTTTTGGCAATAA 1041 AAGGAAATTGGGATATCTTTGGAACTGTAAAACCTGGTTTAATCTTTTTCTTTCTAGACTCTTGATAGATTGGATAATTA 1121 AACAGTATCCAGAGAAACTAAAGAAATGGGCATTTTAATTGCATATTTTATCTTGAGTTACTTTTTAATGAACACTGCTC 1201 ATTACAACTTTACAAACCAAAAGTGTTTACTAATTCCAGTAACTACCATTTCTTTTTCAGCTAGATGAGTGATCGGAAAA 1281 TTTTTGTTGCATTTCAAAATCTAAATAAACTACAGACTTTATCCTTATACCATGAATGTTTTTTTTTAATACTCTGTCTT 1361 AAAATAATACAGCATGGTACAATAAATAGTGCTTTTATGTATATATACACACACACACTTTTCTGAAGAATGATGGTTTG 1441 AGTTATGCGTTGGGCAGTTTTGATTTTTGGAAGTTATATTAGTTATTGACTCTTTGTTACAACTTTTTCATTTTTACATT 1521 TTAAATTTTCTGCCATCGTTGTCACAATGCACATCCTGATATAGCACCAGTGAAAATCTAAAATTAATACCCTTGGAAAA 1601 TGAAAATATTCTTAATTTCCATTTTGACTCTTATACTGGCCCTATAGCTCTGCAGTCTTTGTTTCAATATAGAATATGTT 1681 ATCCATTTAAATTATTTTTTCTTTTATTTAATGTTATCCCAAGACTGTTCTCATAAAGAAAGGGAAGAAATAACTATCCA 1761 CCCTTAACATCCTTCATTTATTTTGAATATATTGGTGTTTTTATGATAAGGAATATAAATTATATTTAATGTGGTTTCCT 1841 GTATACTTTGGTTATTAAGTTTTGCTTGAAATAGTAGTTTTCCCGTTTGACAGCTTTCTTTGCTGCCAAAGTTTTCAAGA 1921 ATTTAAGACTTCTTTGAAGTAAATATTTAAGTTCTGCCATTATTGACTCTTAAGATTGTGTGTGTTGTGTTGTGCATTAC 2001 ATAATTACAAAAAGGCTTCATTCAGGTGATACGTTAAAAATGGAACTGTGCTCACCCTAAATAGGCATTGGTATTTTTCT 2081 CTTTTGGTGAGAGTAGGCATTTATTTCTTGAGTTGTTTTGGAGCCTGATCAAAAATTTTGTTCATGGAGAACTTGATGCA 2161 ATTTTGATACAGTGGAGAGGTTTTTTTCGGTTGTTTTAACATCACCAGCATAGTTTTTAGAATGTGACTCTTGCTGAGCA 2241 TTTAGGGTGAGCTTGGGAAGGAAGGCCTTTGAAAATGGTAGTTATGCAAGCAGACTTTCAGGTGTTGCATTCCTGTTTTC 2321 AACACATTTCTTTAAATCTACATAATGGCAGACTTTTCTACCAGGTTATAAGCAGTTTTTAGATAAGTGATACTCAGCCA 2401 GCATAACTTATTGACTTACCATTTACGTATAGTCATCACTCTCTTACTGTGAAATTCCAAATGCCTACCAGAGTTACCTT 2481 GTTCTATCATAATATGACAAACATCTCAACAGTTTTGGATTTCCCCACTTTGGTTCAGAAGGTTATTTAATTTCTATCTG 2561 GGCATTAATGGAGAAAATAAGTAGCCTTGTGTGCTGCTTCAGATTGAAACATGGAGGATATGAGATATTCTTCTGCAATT 2641 CATGTTTCTCATTTCTCAAAGTGAGCACATTGTTCTATAAAAACATGCTGGTACACCCTTAAACTTTTGATCAATCTGAG 2721 TGAGGTGTGCTTTTCCTCTTGGGACCTACTCACGTTTGAAGATTGGAAACATCACGTTAGGCGAGGCAGTATCTCTTGAA 2801 CATCTTCTAAAGGGTTTTTTAAAACCTTATTCTCACATATTTCATTTGTCTTGAATATTTAAGTGGCTCTTAAACGTTTT 2881 GGGTCTACATGCAAATGTGGTACTTAACAAGGTAGGAATCCATCTTCTTAGCTCTGGCTGAGGGTGCCAGCCATCGGTCA 2961 GGTCATTTTTATCTCAAGAGGCAGAAGGCAGTTATGTCAAGAATTGTGCTCAGGGCAGGATTTCGTTTCCACAGAGGAGA 3041 GACACTTGCAGAGTGCCAGCTAGGTTAGATCTTTTGCCGCTTCTTTCATTTGATTAATTTGGGTTTTTAAAGGGCTGTTT 3121 AAAAAAAAAAAAAAAAGGCCGGGAAACTTTAAAAGTAGGCATTACTGTAGTACTGCATTTCTTAGAACATTTTAAACTAG 3201 AACTCATTTTTTTTTCACAGTATATTTACTTGAAGAAGCACTATAATAATCATTGAGAAGTATTTTGAGTCTGAAATTTA 3281 ATTTAATTTTCCGTTTCAAATTGCTTTATTTCAGGGAAATAATTTTCCAGTTGTTTTGCTATATTCTGCAAATAAAAACC 3361 GTGTTTCCTTTTTTCACTTAAACTTTGGTAGGAAACAAACTAAAGCAGACAAACATTTCTTGTTATGTTTGTTGCTTTCT 3441 TTAATCCAATGGATAAAAAAGTAAAACCCTGTAAACATTATTTTATTTTTTTATGCAATACCATGCTGTAAATATGGTTC 3521 ATCAAATAAGGATGTACCTATGATTGAATCTTTAATTCTGCACAGTTAGAGTTTATATATAAACGTGTCTTGACAATCAA 3601 GGACTTTTATGTGAGTCTTCCTTTATGATGTTTATTAATGTTATGCATTCCATTTGTTTTGAAGTGAGTACCAATGTGCT 3681 AATTTGTATTGTCTGAAAGTATGTAATGTTTTTACAGCTTGTTTTTAAGAATCTGTAAATATGTACAAACAAATCACAGT 3761 ACTGCTTTATGTTAGAAGGCATATGATGTTGTACTGTATGTAAGCAATAATACATAGCAGTGCTAACTTTACAAGTAGCA 3841 TCAGGAAAGTTCTAAAAACATTTCAGAGTTATTAATTATCCTTATTTCATTTAATAATGATTATCTTTAATCAGTTTTTA 3921 TAAGCAAATTCCATTGTTCCTCCTATTGGAACGTAACACTGTTTACACAGCATAATTGAAGTTGCAGGGGAGACAGGCTA 4001 AATCTGACTTCATCTGTACTCACTTTCACTAAGCATTGAATGGCCTTACCACTCTTCTGCAAGATGGAGGAAGACCGCAA 4081 AACTTAGTGCCCATCACACTGAAGGAAGGGATGTGGTTTTTTTTCCTGCTTCTGTACTGCTACCTAACTTTGTGATTTGC 4161 TTTGGATTTTAATATTTGTTTCTGTTTTAGATTCAAGCCCGTAAGTTTTGAGGTGACTTCAGCTCCATTGTGAAATAGAT 4241 AGTTCTCTTCATATTTCATAACTACATTTCAATAATTCTAAACTTTCTACATTGATTTTTAGATACTTATTTTTCAAGCT 4321 TGGTTTCTCAGCTGATCAGATGAATTTATTCAACTTCAATACAAAGAAAGACAAACCTATTATAGTTTCAAGTGAGTAGA 4401 TATTATACTGTACAGGACAGCTATTTGAACACACACATCACTGCTTTAGAAATAAAACCGCCAATTTATAAATGTATATG 4481 ACCTACATTTTATAGGAAAAAATGTTTTTAAATGCTAGTCATTTATATAATGTGCTTTGAAGGATTTGCTAGTCCACTTC 4561 TGTCACTTTTTAGTACACTGGTATCTTTTATATGTAATGTATGCTTTTTATTATTGTAGCAAAGCATTTCAGTAGAAAGA 4641 ATTTTGCAACAATATGGGGGAAATTTTTCATTGTTGGATTTGAATTATACTGGATTTTATCTGTGTAGTCTTACTTGTCT 4721 TTATTTTAATGCTGTCTGAAGGGAACTTGGTATCCAAATAAAGCAGGTAACCTCATTTTACTTCAAGGGCATACTGTGTA 4801 GTGCTGAATTTAATCTGAAAATCTGATGATTTTGAAAAGAAAAACAAGTTTATAAACATTGTACAGAAGAAATTAAATGT 4881 GTGTGATGGAAATCCTGATGGTGGAGCACGTTGAATTTTCTGATATATAGTGTTATTTTCCTGGGATCCCCTATGCCTTC 4961 TTTGTATTTCAACTAATAAAGGAAAAACCCTGTCATTAAAACTGGTAAGATAATAGGATATTCTGATTATACAGTATTAC 5041 TATTCCTATCCCATTTTCTGACCTTTTCTCAATCACTGTAAATTTTTATTTTCTATTTCCTATTGATAATTAAATATGTA 5121 CATAATATAGACACTGTTGTATAGAACTAAATGAATTGGGTTGCTATGCTTGAGTGGGTAGTGAAATGGAAATATTTGAT 5201 GAATACTGAGAGTTCCTAAAATGCTAGAGCAAATTTCCGAGGGAAAGGGGGGCATCGTGTGTCTTGGGAAGGTTGCAGCA 5281 GGTTGTTTCTTCAACTCCCTAAGAAATCATTGGGAAGGACTCAACTGCAAACTCGGGATCAGATACAAAATGGGTCTTTC 5361 CTTCCCCTCTCCCCCAAAAAATAGGAGCACTAAATTTTAAAATCTACTCAGGTGACAGTTGCTTTGCAATGAAACTTATC 5441 ACATTGAAATTTTCAGTGTTAAATAAAAAGAGATTTGTGATATTTTTAAATATAAACTTTTACATCAGTAGTCAGCAGCC 5521 TGACAATTGAAATTTGGTAAGTCGATATATTTTAAAATATTTTGCTCTCCAAATAGAATTGTTTTTAAACAATTGGGAGG 5601 TTTTTTGTTTCTTTAAATATGTTTTAATTGTCATTGTAAAAACAAAATCTTGCTTGACCCTATATTATGCCATGAATGAA 5681 TTGCTGAGCCTTTATAATACAGTGACAGCTTGTTTCATGCATAGTCATGGAACATAGAGATGTTCTTTAAACTGACCTAT 5761 TGATAAGAGGTTTAATGAGTTTCACGGCTTTCAACACTATTGTCATATAGTTATCTTTGCCATTTGGAGTTTATAAAACC 5841 ATTTTATGTATTGTGATACTAAAGGAAGTTGTTTTGCTTTACTTTAAATTGAATTATTAGACTAATATTTGCAAATTCTG 5921 CATTTTAAATGTGGACACTGGCTGTTTGAAAAATAAAATATAGAATACAGTTTTATGGATAATTTTCGAGCTGAATTTTT 6001 CACAATATTCTGAACCAAATAACGAATGGTAAATATGCAAAAATCATGGTGCATAGATATAACCGTAAAGAGAAAAGAAT 6081 TTCTGTGTGGAATTAACAGTTACACAAATTGGGTAACAATTATCAGGGCCTTTATTATAGCTTTATGTGGAATGTTATTC 6161 TAAAATGCAAGAGTCAAATGTTACTGTCATTGAATATTTTAGACTTGAAACGTGTTTATCATAGAGCGAAGAAAATATGT 6241 GTTCTTTTCTTTACAGATAAGACTCTGTTAACCCACTGTCAGCATACGTGGGATTTCTTTTCTTTTTTCTTTCATTAGTG 6321 GAGATTTGTTTTCATCCATCTACCACCTTGCCAGTACCCTAGCTTGTGACCAGCGGGATGCATTGTAAGAAAGTTGTCTG 6401 TGGTTAGGAGTGCAGTCTGGGTCCATGGAACAAATTTAAACTAATTGGCCCTCGCAATGATCAGTCCTAGGACCCTGGCC 6481 TTATTATTAGCATGGTGCTTTAACCAATTGTACATAATAATACCACTGATAGTCTACTAATGCATTTCCTAGATCCCAGT 6561 TTTTCTTGAATGATTAGGAATGGTGGGGAGAGGGGAGGGGAGATATTCTACATGATACTTCTCCAATCTTCTAAAGATTA 6641 TAAGAAAAAATAAAAAATTGAAGTCACTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000360647.4 | 3UTR | UCAUCACUCUCUUACUGUGAAAUUCCAAAUGCCUACCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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54 hsa-miR-514a-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT109577 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441831 | ALG14 | ALG14, UDP-N-acetylglucosaminyltransferase subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442362 | UHRF1BP1L | UHRF1 binding protein 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446171 | C8A | complement C8 alpha chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463212 | ZNF148 | zinc finger protein 148 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464637 | UBE4A | ubiquitination factor E4A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490619 | SLC47A1 | solute carrier family 47 member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT491282 | DHX40 | DEAH-box helicase 40 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502074 | KRAS | KRAS proto-oncogene, GTPase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504057 | TOMM5 | translocase of outer mitochondrial membrane 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529231 | CYP20A1 | cytochrome P450 family 20 subfamily A member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530918 | SAP30L | SAP30 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539010 | AVL9 | AVL9 cell migration associated | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544654 | PHF8 | PHD finger protein 8 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT548487 | EEF2 | eukaryotic translation elongation factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566598 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566738 | MSANTD4 | Myb/SANT DNA binding domain containing 4 with coiled-coils | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575151 | Reep5 | receptor accessory protein 5 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT607506 | REEP5 | receptor accessory protein 5 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT609630 | TRPC4AP | transient receptor potential cation channel subfamily C member 4 associated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625605 | KLHL23 | kelch like family member 23 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626188 | SRFBP1 | serum response factor binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626731 | TRIM65 | tripartite motif containing 65 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630313 | PDP2 | pyruvate dehyrogenase phosphatase catalytic subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631673 | VMAC | vimentin type intermediate filament associated coiled-coil protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632217 | ZFP62 | ZFP62 zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT633969 | GRWD1 | glutamate rich WD repeat containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636971 | YY2 | YY2 transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637341 | DARS2 | aspartyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial | 2 | 4 | ||||||||
MIRT637393 | R3HDM2 | R3H domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650380 | MOCS3 | molybdenum cofactor synthesis 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662553 | MTAP | methylthioadenosine phosphorylase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664112 | FUT1 | fucosyltransferase 1 (H blood group) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664478 | ZYG11B | zyg-11 family member B, cell cycle regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669679 | ACAP2 | ArfGAP with coiled-coil, ankyrin repeat and PH domains 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669913 | KIAA0754 | KIAA0754 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT670374 | ULBP3 | UL16 binding protein 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT670648 | BVES | blood vessel epicardial substance | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670676 | KIAA1551 | KIAA1551 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670758 | HOOK3 | hook microtubule tethering protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671325 | ACTR1A | ARP1 actin related protein 1 homolog A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672023 | PXMP4 | peroxisomal membrane protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675326 | TBL2 | transducin beta like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675912 | C17orf85 | nuclear cap binding subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684884 | P4HB | prolyl 4-hydroxylase subunit beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT685291 | KIAA1143 | KIAA1143 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT691639 | CDK1 | cyclin dependent kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703936 | EPG5 | ectopic P-granules autophagy protein 5 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713837 | NUP98 | nucleoporin 98 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714334 | DIP2A | disco interacting protein 2 homolog A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717948 | TUBD1 | tubulin delta 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718374 | RBM8A | RNA binding motif protein 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719945 | SNX8 | sorting nexin 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725629 | CAMKV | CaM kinase like vesicle associated | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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