pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1185-1 |
Genomic Coordinates | chr14: 101042977 - 101043062 |
Synonyms | MIRN1185-1, hsa-mir-1185-1, MIR1185-1 |
Description | Homo sapiens miR-1185-1 stem-loop |
Comment | This sequence was proposed as a miRNA candidate by Berezikov et al by RAKE analysis . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1185-1-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 53| AUAUACAGGGGGAGACUCUUAU |74 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | |||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SESN3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | SEST3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | sestrin 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_144665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SESN3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SESN3 (miRNA target sites are highlighted) |
>SESN3|NM_144665|3'UTR 1 AGTATCACCCAAGGAAAATGTCATACATGTGTAAAGACCTTTCACATAAGATAAACATTGAAGCTATTTGTGATATAGCA 81 TCAAAAATTATTCAGTTCTCTAGTGTCAAAGTTTAGCCGTTTGTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTGCGGCTGTAATGTGCAA 161 TGATGTGTTTTATTTTCCTTGATGCTTAACATTACTAACAATTGCAAAAATAATACTGAGGAGCACTACTTTGCATTGTT 241 TGTAGTTGGAGTTTTGGATACTGATCATAAATCATGAATCTGGCGTATTAATGCTTAACTTCAGCGCCTTTGGGTTGTGT 321 GTATGTGTATTTTTTCTCCCCCCACCCCGCCCTTTTTTTTTTAAGAATAAGGACAAGTGCTTACAATCTGCTCAAGCAAT 401 TGTTTTTCAGATATTGGAATTCAGCAAAGAGTGACCTCTCTGGCCATTCTAAAACTTTAATGTTGTGTCCTAAATCTGGT 481 GGAGGAAAAGCATGCGCTGTTGAACCAAGCTGCTCACTGGACACATATTTGTGTCCCCAGGAGATTATTTGTCAGGCACT 561 GTTTTTTATTTGTTTGTTTGTTCATTTATTGTTGTTTTACTGCTATTGGCGATAACATGAAATGTGATACAGCTATTGCC 641 CATAATTTAATGTGAAATTAATCATGATGAATTCTATAGCATGCTACTGAAATGCCAAATTCAGCTATTTTCTTTCTCTT 721 CTAAAATGGAAGTTTCAGTTTTCCATATCAGATGTATATAAGTGGAATTATAACACAATCCTATCACTGACAGTAATCCT 801 CAGTCACCTTAAATAATCAGTGCTCACAGTGCTGCTTACAGTTCATTTAGTTGGCACATATAAACCTGTACCCACACAAG 881 ACTGACCAAAAATTTTCTTTGCACATTTTTCCTTTCTCATAGTTTTTTTCTATATTTCGTTAAGCAAAGGAAGGTTAATA 961 TGCCTATTTTTCCTGTTAGGCTTTTAGAAATTATTTTCCATGACTTTTGTTCTTATAATAGGTTAGACAGTTTATTTTTC 1041 AAAGGTAAAAATTGTGTTTCTATGCATTAATGTGATTGAACTACAAAAACAGAGTGCAATATGTTCAAAAAATACTCAAC 1121 TAAACTTTCCCCCTGTCATATCACTGCAAAAGTGTCCTTTTAAACAGAGCCATAAAGAAATTTTTTTCAAATTTCTTTAT 1201 TGCACAGGCTTTTTTCAGTTTTACCTTTCTGGGATTGAACAATGTTCCTTTCATAATGCCAAAGCATTCCCTTCCCCAGA 1281 AAAATCTCCTTGGACAACTGGTTTAAAAACGTTATTAAGTCATAGGGGAGGAATAAGCGGCCAAAAAGTCACATTTTTGC 1361 ATTGGTTTACGTTGCTTGATTAGACTATCTTCAGAGAGCACATTATGTGTTTATAGCTTTAATTTGTATTATGTCAATGA 1441 ACCAGTGAAGTGCCTAAAGAGATGCTTACAACTATCCAGTAGGACACAACTGCACTGCTTTTTAAACACTTTTTGGTTAG 1521 TTAAGGGTGACTTGAATTGTACACATACATGCTAATTTTTGAAAACTTATCCATTTTTCATAGTAAATAATATAGATAAA 1601 ATTTTCTGTTAGAGTTCCCGCAAATATTTCATTTTAGACTTACTTGTGATATAAGATTTAACTTTTCTTTTGTGAAAGAA 1681 TCGTGAACTAGTGTTTCATGAAATCATTTTCCTCTTCCATTTATCATCCTCCTCTGGTACAATATATTGGGTTGCTTTCT 1761 TTTAGATTTTGTTCCAGATAGGAAAACAAATATGACTGTATACTTATTAACATAAGGTAGTTCTGCATTTTTGGATTCCA 1841 GGATCCTGTTTGAAATCTTCCATGTGAGGAAAAAATTACTAATATTTTTAAAGACAGGGTGGTTTATTTAAAGAGATTAT 1921 TCAGAGAACTTGTGCCATATCTCGTCTGTTTTATTGCATATGCCATATGTTAACTTTTATTCAATATTACATTATGTAGA 2001 TATGTAATACAAAGAAAATATTTAGGAGAATGGCAAAACACAAATGGCAACATAAATGTCCATTTGACTTACCTAACTTC 2081 ACAACTTTCAAGTTGAGGATGTCATTTATTCTTGAATTTGTTTTTTTACTAGATGCTTTCAATTAATAGCCCTATATTTT 2161 TGTGCAGGCGAACTGTATAACAGGATAAAAAATGATTTGTATGTATTGAAAAGGAGGAGAAATTCTCACAGAACACCATA 2241 TGAGCTTTAGACCAAAAGGGGAAACAAGGTTTAAGTAACTAAAATGGCCACTTAGTTTGTGTTTATTTTTTTCCCTGGAA 2321 ATGTAAGTAGTTGGAGTTTAGGCTATGGAAATATTAGTGCCTTTAATAGATCTCTTTCCTTGCAAAGTTTCTTTTTAGCT 2401 CAGCATTGATCTATCTTATCAATAGGAAAATAAGTTGACTTGGAACTATAAACAAAAACAACACCATATATTTATGAACC 2481 TCAGTGAACCAGCCTAGAAAAATTGACTTCTGCAGGTGCTAAAGCACCTACTAATACGCAGCATGCACAGCATTTCAGGT 2561 TGTGAATACCATTTTACAACGAGTTTGCTGTTAACTCTCTTTATCCAATGCAAACTTGAAATTCTGATGCGGTTTTCCAG 2641 GGTGGTATTTTTTCAGAGTATTGAATTTACTATTTAGTAATTTATAGTATAGCTTTTTATATTAAAATGTGATATTTTTA 2721 AAAGAGATATCTGGTTCAATTGGTATAATGACGTGATTATGCAATATGCTGATCTACACCTTGCGCTCACATTGTGCCAA 2801 ACTTAAATGTGCAAGTGTACGTGAGAAAAGCACATGTGAATGTGAATTCTTTAATTCTTTGCTTATTATGTTAAAATTAG 2881 TCTTCATAGTCCACTGATGTGTATGCTTGAATAATGTCTATTTACTTTGGAATTTCAAGATTTCCAGCTTCAATGGTAAT 2961 TTATAATTTCTCAGATCACCTTAAGAAATATTGAGATACTCTCCCACCTGAAAATAATCTGTTCTTTAACCCACCTGACT 3041 ATGGGAGTAGCCAGGCAGGTGCCTCACTGGCTTCTTCAGACGAGGCTTCCTCAGGTGGATATATGACTATTAGGGGAAAA 3121 GAGGCTTTTGAGACAGCTTATTACCTCCTTCCCCTTTTTGAACTAAGTACATTGTCTCAGTCCCAGTATGAATTTGTCCC 3201 ATTTGGGGTATTTTTAAAATAAAAGATGGCTAACATGGAATCTGGGGCATAGCCTTGGCCTTTAATTATGGTTGTAAGCC 3281 CAAATAATGGCAGAGAAACACAGGGCTGTTTTTACAACAGAAAACTCAATATAAGTTTTATATAAGAATCCTATAAAATT 3361 TGAACCAGAGCTCCTATTTAGTTGTTATAATGTCTCCTAAAGATCTTAAATGCTTCTAAAAGCTAATTATTATTCCAGAG 3441 CAACTTTTTCCTTTTCCCCCTTATAAAGTTTTTTTTTAAATCCAAAATCTTAGATTTCTGTGCCACAGCAAAATAAAATG 3521 ATCAACAATTAAAGATCTGTACTTAAAATAGTACACCATTTTTAGTGGAGGGAGGGTGCATGCCTATATGATGGTAAGAT 3601 TCTTTTGAACTCTAAGGACAATTCCTCATGGAAAAAATAAATTTCAGTGCATATTATAAAAATGATTTGCACTGTGTTAG 3681 CAAAATAAGGTGTTTTAGGTTGTATTTTAAAGACAATTCTAAATCATTTCTCTGGAAAGCAAGACCTTAAATTCTTCTCT 3761 TTAATAGAACTGCTTTTATGCAAAGAGATGGTCTTAACATGGACTAAACAGTACATAACAATAATGTTTGTTATGTAAAT 3841 AGTATATCACATTTGCTTAGTAGCACAATTCAACAGCAGGCTGAAAGTCGTGGCTCCTCTGCTCAGATTGAGTTTTAAGT 3921 TACCTAATTTATGTAATCAGAATCTATTCTAGGTGGCCGTCAACGTAAACTGTGTTTCCCTATTATATCCCTCTGGAGAC 4001 TGAGAATCAAATTAAATAGTCTTTCTTCAAAGCAGTACTGTAACATGAATGTATTTATCTCAGTCAACAGAACTTATATG 4081 CCCACTGTATGTGGAGCTTATTTCAATGCTAATTTGGCTTAGTTAGCAGACCTAGAATCTGCCCAGGTGAGACCTAGAAC 4161 AAAAATAGCTGGGGTGAAATGGATAAGAGAGGTAGAGGTATATGTCAAGGCAGAGCCCTATGAGGAAGGAAGAGTTTTCA 4241 AAGAATATGAGGAACATAGTGCTGAGAGTGTGGCTGCCTTCAGCACCGTACACCTAATCTAGAGAAAATATTTCCCATGT 4321 GGGAGGTCCTGTCTGCATTCAGTCCACCCTTTTCTGCCTGCTTCTTCCTCCAAGTGCCTCAACCTCTACATGCTCACTCT 4401 CCTCCCCTTCCCTCAGCCCATCTTGGTCTAAGCAGCTTTCACAATCCAAACCAAACATCACCAGCCACCCGCTGATAAGT 4481 CACCAGCATTTACTTTCCTGAGTTACTTTTTCTCCATTCATTGAGACTATGGATTCATCCCAACTCCTTCTAAATCCCTC 4561 AACCATCCAGCTATATTTTGGCTAACCTTTGCCCTAGACACTCTACCAGATGTTAATGCAGTATCAAGTGTAAATTGTGT 4641 CACCCTATTCTGTTCTACCCTTTTCCCTGCTGCCGAAATATCTTGCTCTCCTCTACCTCATCCCCAAAGAGCCTATAAAT 4721 TCAGAGTATCCAACCTTTTCATGGATTCACTCACTGTTGTTCAGTAATACAACTTCCATATTTTAAATAAATCATAAAAG 4801 ATTTTTGCCTTCTATCAAAGTAGGAAACTTTATATTTATACATGATACAGAAATTGAACTATTTCTATCGTTCAGAATTT 4881 AGCATATAACAGGATTTTAAAGTGATTGAATTGCCATCCTAACTTGGATTTGTATTAGGTTATGAATGAATACTGTTGTT 4961 AGTCCAAGCTATTTGAATGTAAAGTTAAAATTCTCCAGCAATCCAGAATGACTTGTAACCCTTCAGTGGAATGGGAAATT 5041 TCTGGTATGCAAATAGGGTGGTGTTCCAGACATTTGTTTTATTGGTGGTGTTTGGGCCTTGAAACACATTTCTAATAGAA 5121 TGACATATGGCAAAGGGTATTTAGATGGTCCTATGGGATCACAGAAGCCCATATGATTTAAAATATAGATAAAATAACAC 5201 AAAATTGGGTACATAAGGGTTTAACCAGGCTTTCCTGGGTTAGACTAAGCCTCTAACCTCTGTTCCTATCCTGTTCTTAT 5281 GGGAGGAAAAAAAATGTTCCATGGGATGAAAAGAAAATGCATTGACTTTGTAGTCTTTATTCTCCTAGCCGCACTTCGGG 5361 TATATCCAGAAGGAAGAGGAAATGCAAAGAGGAAGAAGATGTAATAGTTCTTCTCTCCAGCTAGGTGCACTTGAGGTTGT 5441 TCATAAATGTAAAATTATGTCAGGTTTCTAACATGGGACACTGCACACAGTTGTCTGACCTGATGAACCATCCCATTTGA 5521 AAGTATAGATTATTATTATTTCTTGTAGTATTTGGTTGTTTTCCATCTCATTCATGAACAACTCAACCTGATAGTAGTAT 5601 CCAATAAATGCCTTTCAGGGCTCAGGAATGAATTGACATCCTAGTTAAGAAATGAGACTTAATAATGGAGACTGAATGAG 5681 GCGGTTTGTATTAAATTATATGCCATGAAGTGTTCATTTTAGCTTTAACCTAATTATGACTGTACCACCATGAAGTACAG 5761 AATGAAAAATTATATATATGGGGGGGAAACAGAATGAATATCTGATTCTTTTGAATGCTTGTGGAAATCTTTGAGATCGT 5841 GCAGGGCATACCACAAAATAGCCTTTAGAACAGATACCCAATTTTACAGTTCATAGGACAACATCAAACATTAGTAAGTC 5921 TAAATAAGATGAATAGAATTTTTGTTATGTAAATTTTGCTAGAACAGTCTATTTTCTTGCACCCCTCAAGTTAACCTCTT 6001 AAAAAAATGAATGTATAATTTCTACCGAAAGAATATCAGAGAGAATCTCTCTGGCCTATAGTGTTAAAATATTGTTCACA 6081 AATCCTGATTAGTTAAGTGCATACATTATGAAACTTACAGAATAAAACTTATTATACATCTCTTTCTTAAATTAATATCT 6161 TTACACATTTTCAACTGGCTCCCCAAGTCTGATAAGGAAGGATTAAAAGAAAAAAGAAATGTATTAGTTGGGTGGCCAAG 6241 GAGTTTCCTTTGTAATGTTGAGAGACTTCCGCTTTCTGAATTTCGCTGGTTCTCTAAGGTAAAAGAGTTAAATAGTACCC 6321 TTGTTCACCAAGGAAAGTGATCCAAACTATATATCTAGTGCAGATATTTCCTTTGCATTATTTAGTCTTCTCTGGAGAGA 6401 AAATACAGTTTCCCCTTCCTCTTTCTCTTCACATTTACTCTTTTCAACCCAAAATAAGAGACATAGAAAGCAAACCACAG 6481 CCAGTTTGGCATCTTCTCAGTGCTACTAGTATAGGCACATACACATACACAGTCTCAGCAAGGTTATAAAGAACCCTGTC 6561 AGGTCCACTTGCAACATGGCCTTGCTACTTGGATTAGCTCCTTTAAGCCTGAAAATAACTTTCCTGGTCATGGAAGAACT 6641 GGACGCATCTTTTAACTTATGAAATAGAAGTTGAACTTGAAAACTCTTTTTAAAAAATCCTGGTTTTGCAGGACAGCTAC 6721 ATAATGAATGTATATATTAAGACTGTAGCTGAATTGCACATGAAATCAGATTGCCAACTTCTTGACTTTCAATGTTAGAC 6801 ATTTATCCTTAAGTTGTGAGCGATATATGTAGCATGCTGTGAAATGTCTGTTATAGCTCTTTAATTCATCAGTATTAATA 6881 CAGAATTATCATTTGCGTTTCTTGGTACTTTTTATTCAATGTAATCAGAAGCTGTGATGTTTTGCCTTTGTAGTCCTGTG 6961 CTTTGTTACTGTAATTTTTTTTTTTTTTTTACGAAGCACGTGACTGGACTAATGTAAGGCAGATGACGTGATCTTTAAGA 7041 CTGCTATATATATCAGTCTCTTACTCTATAAGGTTTTAAATTAGAATAAGCTTTTATCAAATAGATAATTGATGCAATTT 7121 AGGATTCACGCAAGTTTCAGTGTCAAATGGCGGTCTTATAGTTTCAATTCTGAAAATAGCAAACTTAATAAACAGCCACT 7201 TTAAACTTGTTCTGGCAAACCAGACCCTGCTGTAGATATAGTCTAAGGTAGTTAACCATATAAGCCTTTTCAACTCTTAA 7281 TGCCCTCCACATGAATCAGCAGTTAAGAAGGTTCTAGAACCCATGAAAGCTTTTGTATGTATTACTAGGTTTTGTTTTTC 7361 TTATGTTTGCTGATTTTACAGTTCTGACTAAAGCTGACCTAAATGGATCAGTTTATGTGTAATATTCTAGTGCTTTAATG 7441 ACTCTTTTTTTCTTTGGAGGGAGGGTAACATTATTTGGACAGATGCAGAAGGAACTGTTAGTGAGTCAAGACAAACACAT 7521 CTGAAATAAAGGAACTGTGTATTAACATGTTAACAATTCATAACTGCACTTTTTATGACATTTTGAAAATCTATTTATAG 7601 GTACAGAACAATGGGTTTTGTTAAACTGTATCACATTTATACTTGCAGAAATTTATTTCATTGTTATTAGTAGGAATTTT 7681 ATTGGTTCAATAAAATTGGCAAAACTGAACACCAATCATTTGCCTACTTTGTTTATACTGGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000536441.1 | 3UTR | AAAACAAAUAUGACUGUAUACUUAUUAACAUAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000536441.1 | 3UTR | AAAACAAAUAUGACUGUAUACUUAUUAACAUAAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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114 hsa-miR-1185-1-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT066415 | TBK1 | TANK binding kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT073567 | NR2F2 | nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT074516 | USP1 | ubiquitin specific peptidase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT080576 | PMAIP1 | phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT086539 | HSPE1-MOB4 | HSPE1-MOB4 readthrough | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT086547 | MOB4 | MOB family member 4, phocein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT088684 | EML4 | echinoderm microtubule associated protein like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT090811 | MBNL1 | muscleblind like splicing regulator 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT095500 | PURA | purine rich element binding protein A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT109530 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT109807 | ZFX | zinc finger protein, X-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT117888 | ZBTB7A | zinc finger and BTB domain containing 7A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT120273 | GSK3B | glycogen synthase kinase 3 beta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT149892 | LDLR | low density lipoprotein receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT178475 | LCOR | ligand dependent nuclear receptor corepressor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT193445 | RORA | RAR related orphan receptor A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT198527 | DSG2 | desmoglein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT226427 | TP53INP1 | tumor protein p53 inducible nuclear protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT227669 | SET | SET nuclear proto-oncogene | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT320405 | HOXA9 | homeobox A9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT407774 | MRPL35 | mitochondrial ribosomal protein L35 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT439228 | ZMIZ1 | zinc finger MIZ-type containing 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439312 | VAT1L | vesicle amine transport 1 like | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439421 | TMOD1 | tropomodulin 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439446 | TMEM104 | transmembrane protein 104 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439524 | STIM2 | stromal interaction molecule 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439612 | SLC29A1 | solute carrier family 29 member 1 (Augustine blood group) | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439997 | PFKFB2 | 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440017 | PCSK1 | proprotein convertase subtilisin/kexin type 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440131 | NCOA4 | nuclear receptor coactivator 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440311 | LRRC1 | leucine rich repeat containing 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440475 | IAPP | islet amyloid polypeptide | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440511 | HERC2 | HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440617 | FOXA2 | forkhead box A2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440666 | FBXL16 | F-box and leucine rich repeat protein 16 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440705 | ERO1LB | endoplasmic reticulum oxidoreductase 1 beta | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT441007 | CAPZA2 | capping actin protein of muscle Z-line alpha subunit 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT441018 | CAND1 | cullin associated and neddylation dissociated 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT441062 | C1orf43 | chromosome 1 open reading frame 43 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT441209 | ARCN1 | archain 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT449461 | HAT1 | histone acetyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT467104 | SRI | sorcin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468060 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT468476 | SESN3 | sestrin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT473533 | MAX | MYC associated factor X | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473852 | MAP2K4 | mitogen-activated protein kinase kinase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474711 | KIF13A | kinesin family member 13A | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT481665 | ARAP2 | ArfGAP with RhoGAP domain, ankyrin repeat and PH domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485120 | SF3B3 | splicing factor 3b subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493055 | MTFR1 | mitochondrial fission regulator 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT504258 | C1orf147 | chromosome 1 open reading frame 147 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT504361 | ARID1B | AT-rich interaction domain 1B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT505748 | SENP1 | SUMO1/sentrin specific peptidase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT506298 | PCMTD1 | protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT508442 | ZNF608 | zinc finger protein 608 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT512782 | COL4A3BP | collagen type IV alpha 3 binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT520447 | TSPAN2 | tetraspanin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT522133 | NRBF2 | nuclear receptor binding factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT522395 | MYADM | myeloid associated differentiation marker | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT523397 | GRIK3 | glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT523938 | E2F8 | E2F transcription factor 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524349 | CREB1 | cAMP responsive element binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524711 | BRMS1L | breast cancer metastasis-suppressor 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT525134 | ZNF256 | zinc finger protein 256 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT525710 | DCAF12L2 | DDB1 and CUL4 associated factor 12 like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531264 | PPIL3 | peptidylprolyl isomerase like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538844 | BTG1 | BTG anti-proliferation factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT541366 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT542093 | KCNK10 | potassium two pore domain channel subfamily K member 10 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT543770 | RBM12B | RNA binding motif protein 12B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT543940 | NCOA7 | nuclear receptor coactivator 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545150 | GABRG1 | gamma-aminobutyric acid type A receptor gamma1 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545842 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT548057 | GOLGA7 | golgin A7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT549242 | ATXN1L | ataxin 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT551829 | AASDHPPT | aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase-phosphopantetheinyl transferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT552484 | ZNF136 | zinc finger protein 136 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553663 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT554988 | RAB39B | RAB39B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555760 | PCTP | phosphatidylcholine transfer protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556923 | IRF2BP2 | interferon regulatory factor 2 binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT564991 | WNK1 | WNK lysine deficient protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566458 | PGGT1B | protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566538 | PANK3 | pantothenate kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567732 | DLX2 | distal-less homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570081 | KANSL1L | KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571735 | RNF11 | ring finger protein 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573529 | MDM2 | MDM2 proto-oncogene | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574459 | RPS16 | ribosomal protein S16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574992 | Phka1 | phosphorylase kinase alpha 1 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT576349 | Pxdn | peroxidasin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610196 | CD99 | CD99 molecule (Xg blood group) | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT612920 | GPRIN3 | GPRIN family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615021 | DUSP6 | dual specificity phosphatase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT623573 | IRS1 | insulin receptor substrate 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624437 | CASD1 | CAS1 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628714 | ZNF585A | zinc finger protein 585A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639565 | PCK1 | phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT641485 | POLA2 | DNA polymerase alpha 2, accessory subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT641657 | PAPOLG | poly(A) polymerase gamma | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642210 | RUVBL2 | RuvB like AAA ATPase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT653010 | STX7 | syntaxin 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656130 | MSH6 | mutS homolog 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656893 | KIAA2018 | upstream transcription factor family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT660130 | BRPF3 | bromodomain and PHD finger containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT660855 | AFAP1 | actin filament associated protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676843 | PHKA1 | phosphorylase kinase regulatory subunit alpha 1 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT681473 | DIP2A | disco interacting protein 2 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT682253 | RS1 | retinoschisin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694296 | COPB2 | coatomer protein complex subunit beta 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694401 | ALDH1A3 | aldehyde dehydrogenase 1 family member A3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT705277 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT720833 | C1orf52 | chromosome 1 open reading frame 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT735713 | SIRT1 | sirtuin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 0 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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