pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3152 |
Genomic Coordinates | chr9: 18573306 - 18573379 |
Description | Homo sapiens miR-3152 stem-loop |
Comment | Berezikov et al. proposed this sequence as a miRNA candidate based on the RAKE method . |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3152-3p | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 45| UGUGUUAGAAUAGGGGCAAUAA |66 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SESN3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | SEST3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | sestrin 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_144665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SESN3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SESN3 (miRNA target sites are highlighted) |
>SESN3|NM_144665|3'UTR 1 AGTATCACCCAAGGAAAATGTCATACATGTGTAAAGACCTTTCACATAAGATAAACATTGAAGCTATTTGTGATATAGCA 81 TCAAAAATTATTCAGTTCTCTAGTGTCAAAGTTTAGCCGTTTGTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTGCGGCTGTAATGTGCAA 161 TGATGTGTTTTATTTTCCTTGATGCTTAACATTACTAACAATTGCAAAAATAATACTGAGGAGCACTACTTTGCATTGTT 241 TGTAGTTGGAGTTTTGGATACTGATCATAAATCATGAATCTGGCGTATTAATGCTTAACTTCAGCGCCTTTGGGTTGTGT 321 GTATGTGTATTTTTTCTCCCCCCACCCCGCCCTTTTTTTTTTAAGAATAAGGACAAGTGCTTACAATCTGCTCAAGCAAT 401 TGTTTTTCAGATATTGGAATTCAGCAAAGAGTGACCTCTCTGGCCATTCTAAAACTTTAATGTTGTGTCCTAAATCTGGT 481 GGAGGAAAAGCATGCGCTGTTGAACCAAGCTGCTCACTGGACACATATTTGTGTCCCCAGGAGATTATTTGTCAGGCACT 561 GTTTTTTATTTGTTTGTTTGTTCATTTATTGTTGTTTTACTGCTATTGGCGATAACATGAAATGTGATACAGCTATTGCC 641 CATAATTTAATGTGAAATTAATCATGATGAATTCTATAGCATGCTACTGAAATGCCAAATTCAGCTATTTTCTTTCTCTT 721 CTAAAATGGAAGTTTCAGTTTTCCATATCAGATGTATATAAGTGGAATTATAACACAATCCTATCACTGACAGTAATCCT 801 CAGTCACCTTAAATAATCAGTGCTCACAGTGCTGCTTACAGTTCATTTAGTTGGCACATATAAACCTGTACCCACACAAG 881 ACTGACCAAAAATTTTCTTTGCACATTTTTCCTTTCTCATAGTTTTTTTCTATATTTCGTTAAGCAAAGGAAGGTTAATA 961 TGCCTATTTTTCCTGTTAGGCTTTTAGAAATTATTTTCCATGACTTTTGTTCTTATAATAGGTTAGACAGTTTATTTTTC 1041 AAAGGTAAAAATTGTGTTTCTATGCATTAATGTGATTGAACTACAAAAACAGAGTGCAATATGTTCAAAAAATACTCAAC 1121 TAAACTTTCCCCCTGTCATATCACTGCAAAAGTGTCCTTTTAAACAGAGCCATAAAGAAATTTTTTTCAAATTTCTTTAT 1201 TGCACAGGCTTTTTTCAGTTTTACCTTTCTGGGATTGAACAATGTTCCTTTCATAATGCCAAAGCATTCCCTTCCCCAGA 1281 AAAATCTCCTTGGACAACTGGTTTAAAAACGTTATTAAGTCATAGGGGAGGAATAAGCGGCCAAAAAGTCACATTTTTGC 1361 ATTGGTTTACGTTGCTTGATTAGACTATCTTCAGAGAGCACATTATGTGTTTATAGCTTTAATTTGTATTATGTCAATGA 1441 ACCAGTGAAGTGCCTAAAGAGATGCTTACAACTATCCAGTAGGACACAACTGCACTGCTTTTTAAACACTTTTTGGTTAG 1521 TTAAGGGTGACTTGAATTGTACACATACATGCTAATTTTTGAAAACTTATCCATTTTTCATAGTAAATAATATAGATAAA 1601 ATTTTCTGTTAGAGTTCCCGCAAATATTTCATTTTAGACTTACTTGTGATATAAGATTTAACTTTTCTTTTGTGAAAGAA 1681 TCGTGAACTAGTGTTTCATGAAATCATTTTCCTCTTCCATTTATCATCCTCCTCTGGTACAATATATTGGGTTGCTTTCT 1761 TTTAGATTTTGTTCCAGATAGGAAAACAAATATGACTGTATACTTATTAACATAAGGTAGTTCTGCATTTTTGGATTCCA 1841 GGATCCTGTTTGAAATCTTCCATGTGAGGAAAAAATTACTAATATTTTTAAAGACAGGGTGGTTTATTTAAAGAGATTAT 1921 TCAGAGAACTTGTGCCATATCTCGTCTGTTTTATTGCATATGCCATATGTTAACTTTTATTCAATATTACATTATGTAGA 2001 TATGTAATACAAAGAAAATATTTAGGAGAATGGCAAAACACAAATGGCAACATAAATGTCCATTTGACTTACCTAACTTC 2081 ACAACTTTCAAGTTGAGGATGTCATTTATTCTTGAATTTGTTTTTTTACTAGATGCTTTCAATTAATAGCCCTATATTTT 2161 TGTGCAGGCGAACTGTATAACAGGATAAAAAATGATTTGTATGTATTGAAAAGGAGGAGAAATTCTCACAGAACACCATA 2241 TGAGCTTTAGACCAAAAGGGGAAACAAGGTTTAAGTAACTAAAATGGCCACTTAGTTTGTGTTTATTTTTTTCCCTGGAA 2321 ATGTAAGTAGTTGGAGTTTAGGCTATGGAAATATTAGTGCCTTTAATAGATCTCTTTCCTTGCAAAGTTTCTTTTTAGCT 2401 CAGCATTGATCTATCTTATCAATAGGAAAATAAGTTGACTTGGAACTATAAACAAAAACAACACCATATATTTATGAACC 2481 TCAGTGAACCAGCCTAGAAAAATTGACTTCTGCAGGTGCTAAAGCACCTACTAATACGCAGCATGCACAGCATTTCAGGT 2561 TGTGAATACCATTTTACAACGAGTTTGCTGTTAACTCTCTTTATCCAATGCAAACTTGAAATTCTGATGCGGTTTTCCAG 2641 GGTGGTATTTTTTCAGAGTATTGAATTTACTATTTAGTAATTTATAGTATAGCTTTTTATATTAAAATGTGATATTTTTA 2721 AAAGAGATATCTGGTTCAATTGGTATAATGACGTGATTATGCAATATGCTGATCTACACCTTGCGCTCACATTGTGCCAA 2801 ACTTAAATGTGCAAGTGTACGTGAGAAAAGCACATGTGAATGTGAATTCTTTAATTCTTTGCTTATTATGTTAAAATTAG 2881 TCTTCATAGTCCACTGATGTGTATGCTTGAATAATGTCTATTTACTTTGGAATTTCAAGATTTCCAGCTTCAATGGTAAT 2961 TTATAATTTCTCAGATCACCTTAAGAAATATTGAGATACTCTCCCACCTGAAAATAATCTGTTCTTTAACCCACCTGACT 3041 ATGGGAGTAGCCAGGCAGGTGCCTCACTGGCTTCTTCAGACGAGGCTTCCTCAGGTGGATATATGACTATTAGGGGAAAA 3121 GAGGCTTTTGAGACAGCTTATTACCTCCTTCCCCTTTTTGAACTAAGTACATTGTCTCAGTCCCAGTATGAATTTGTCCC 3201 ATTTGGGGTATTTTTAAAATAAAAGATGGCTAACATGGAATCTGGGGCATAGCCTTGGCCTTTAATTATGGTTGTAAGCC 3281 CAAATAATGGCAGAGAAACACAGGGCTGTTTTTACAACAGAAAACTCAATATAAGTTTTATATAAGAATCCTATAAAATT 3361 TGAACCAGAGCTCCTATTTAGTTGTTATAATGTCTCCTAAAGATCTTAAATGCTTCTAAAAGCTAATTATTATTCCAGAG 3441 CAACTTTTTCCTTTTCCCCCTTATAAAGTTTTTTTTTAAATCCAAAATCTTAGATTTCTGTGCCACAGCAAAATAAAATG 3521 ATCAACAATTAAAGATCTGTACTTAAAATAGTACACCATTTTTAGTGGAGGGAGGGTGCATGCCTATATGATGGTAAGAT 3601 TCTTTTGAACTCTAAGGACAATTCCTCATGGAAAAAATAAATTTCAGTGCATATTATAAAAATGATTTGCACTGTGTTAG 3681 CAAAATAAGGTGTTTTAGGTTGTATTTTAAAGACAATTCTAAATCATTTCTCTGGAAAGCAAGACCTTAAATTCTTCTCT 3761 TTAATAGAACTGCTTTTATGCAAAGAGATGGTCTTAACATGGACTAAACAGTACATAACAATAATGTTTGTTATGTAAAT 3841 AGTATATCACATTTGCTTAGTAGCACAATTCAACAGCAGGCTGAAAGTCGTGGCTCCTCTGCTCAGATTGAGTTTTAAGT 3921 TACCTAATTTATGTAATCAGAATCTATTCTAGGTGGCCGTCAACGTAAACTGTGTTTCCCTATTATATCCCTCTGGAGAC 4001 TGAGAATCAAATTAAATAGTCTTTCTTCAAAGCAGTACTGTAACATGAATGTATTTATCTCAGTCAACAGAACTTATATG 4081 CCCACTGTATGTGGAGCTTATTTCAATGCTAATTTGGCTTAGTTAGCAGACCTAGAATCTGCCCAGGTGAGACCTAGAAC 4161 AAAAATAGCTGGGGTGAAATGGATAAGAGAGGTAGAGGTATATGTCAAGGCAGAGCCCTATGAGGAAGGAAGAGTTTTCA 4241 AAGAATATGAGGAACATAGTGCTGAGAGTGTGGCTGCCTTCAGCACCGTACACCTAATCTAGAGAAAATATTTCCCATGT 4321 GGGAGGTCCTGTCTGCATTCAGTCCACCCTTTTCTGCCTGCTTCTTCCTCCAAGTGCCTCAACCTCTACATGCTCACTCT 4401 CCTCCCCTTCCCTCAGCCCATCTTGGTCTAAGCAGCTTTCACAATCCAAACCAAACATCACCAGCCACCCGCTGATAAGT 4481 CACCAGCATTTACTTTCCTGAGTTACTTTTTCTCCATTCATTGAGACTATGGATTCATCCCAACTCCTTCTAAATCCCTC 4561 AACCATCCAGCTATATTTTGGCTAACCTTTGCCCTAGACACTCTACCAGATGTTAATGCAGTATCAAGTGTAAATTGTGT 4641 CACCCTATTCTGTTCTACCCTTTTCCCTGCTGCCGAAATATCTTGCTCTCCTCTACCTCATCCCCAAAGAGCCTATAAAT 4721 TCAGAGTATCCAACCTTTTCATGGATTCACTCACTGTTGTTCAGTAATACAACTTCCATATTTTAAATAAATCATAAAAG 4801 ATTTTTGCCTTCTATCAAAGTAGGAAACTTTATATTTATACATGATACAGAAATTGAACTATTTCTATCGTTCAGAATTT 4881 AGCATATAACAGGATTTTAAAGTGATTGAATTGCCATCCTAACTTGGATTTGTATTAGGTTATGAATGAATACTGTTGTT 4961 AGTCCAAGCTATTTGAATGTAAAGTTAAAATTCTCCAGCAATCCAGAATGACTTGTAACCCTTCAGTGGAATGGGAAATT 5041 TCTGGTATGCAAATAGGGTGGTGTTCCAGACATTTGTTTTATTGGTGGTGTTTGGGCCTTGAAACACATTTCTAATAGAA 5121 TGACATATGGCAAAGGGTATTTAGATGGTCCTATGGGATCACAGAAGCCCATATGATTTAAAATATAGATAAAATAACAC 5201 AAAATTGGGTACATAAGGGTTTAACCAGGCTTTCCTGGGTTAGACTAAGCCTCTAACCTCTGTTCCTATCCTGTTCTTAT 5281 GGGAGGAAAAAAAATGTTCCATGGGATGAAAAGAAAATGCATTGACTTTGTAGTCTTTATTCTCCTAGCCGCACTTCGGG 5361 TATATCCAGAAGGAAGAGGAAATGCAAAGAGGAAGAAGATGTAATAGTTCTTCTCTCCAGCTAGGTGCACTTGAGGTTGT 5441 TCATAAATGTAAAATTATGTCAGGTTTCTAACATGGGACACTGCACACAGTTGTCTGACCTGATGAACCATCCCATTTGA 5521 AAGTATAGATTATTATTATTTCTTGTAGTATTTGGTTGTTTTCCATCTCATTCATGAACAACTCAACCTGATAGTAGTAT 5601 CCAATAAATGCCTTTCAGGGCTCAGGAATGAATTGACATCCTAGTTAAGAAATGAGACTTAATAATGGAGACTGAATGAG 5681 GCGGTTTGTATTAAATTATATGCCATGAAGTGTTCATTTTAGCTTTAACCTAATTATGACTGTACCACCATGAAGTACAG 5761 AATGAAAAATTATATATATGGGGGGGAAACAGAATGAATATCTGATTCTTTTGAATGCTTGTGGAAATCTTTGAGATCGT 5841 GCAGGGCATACCACAAAATAGCCTTTAGAACAGATACCCAATTTTACAGTTCATAGGACAACATCAAACATTAGTAAGTC 5921 TAAATAAGATGAATAGAATTTTTGTTATGTAAATTTTGCTAGAACAGTCTATTTTCTTGCACCCCTCAAGTTAACCTCTT 6001 AAAAAAATGAATGTATAATTTCTACCGAAAGAATATCAGAGAGAATCTCTCTGGCCTATAGTGTTAAAATATTGTTCACA 6081 AATCCTGATTAGTTAAGTGCATACATTATGAAACTTACAGAATAAAACTTATTATACATCTCTTTCTTAAATTAATATCT 6161 TTACACATTTTCAACTGGCTCCCCAAGTCTGATAAGGAAGGATTAAAAGAAAAAAGAAATGTATTAGTTGGGTGGCCAAG 6241 GAGTTTCCTTTGTAATGTTGAGAGACTTCCGCTTTCTGAATTTCGCTGGTTCTCTAAGGTAAAAGAGTTAAATAGTACCC 6321 TTGTTCACCAAGGAAAGTGATCCAAACTATATATCTAGTGCAGATATTTCCTTTGCATTATTTAGTCTTCTCTGGAGAGA 6401 AAATACAGTTTCCCCTTCCTCTTTCTCTTCACATTTACTCTTTTCAACCCAAAATAAGAGACATAGAAAGCAAACCACAG 6481 CCAGTTTGGCATCTTCTCAGTGCTACTAGTATAGGCACATACACATACACAGTCTCAGCAAGGTTATAAAGAACCCTGTC 6561 AGGTCCACTTGCAACATGGCCTTGCTACTTGGATTAGCTCCTTTAAGCCTGAAAATAACTTTCCTGGTCATGGAAGAACT 6641 GGACGCATCTTTTAACTTATGAAATAGAAGTTGAACTTGAAAACTCTTTTTAAAAAATCCTGGTTTTGCAGGACAGCTAC 6721 ATAATGAATGTATATATTAAGACTGTAGCTGAATTGCACATGAAATCAGATTGCCAACTTCTTGACTTTCAATGTTAGAC 6801 ATTTATCCTTAAGTTGTGAGCGATATATGTAGCATGCTGTGAAATGTCTGTTATAGCTCTTTAATTCATCAGTATTAATA 6881 CAGAATTATCATTTGCGTTTCTTGGTACTTTTTATTCAATGTAATCAGAAGCTGTGATGTTTTGCCTTTGTAGTCCTGTG 6961 CTTTGTTACTGTAATTTTTTTTTTTTTTTTACGAAGCACGTGACTGGACTAATGTAAGGCAGATGACGTGATCTTTAAGA 7041 CTGCTATATATATCAGTCTCTTACTCTATAAGGTTTTAAATTAGAATAAGCTTTTATCAAATAGATAATTGATGCAATTT 7121 AGGATTCACGCAAGTTTCAGTGTCAAATGGCGGTCTTATAGTTTCAATTCTGAAAATAGCAAACTTAATAAACAGCCACT 7201 TTAAACTTGTTCTGGCAAACCAGACCCTGCTGTAGATATAGTCTAAGGTAGTTAACCATATAAGCCTTTTCAACTCTTAA 7281 TGCCCTCCACATGAATCAGCAGTTAAGAAGGTTCTAGAACCCATGAAAGCTTTTGTATGTATTACTAGGTTTTGTTTTTC 7361 TTATGTTTGCTGATTTTACAGTTCTGACTAAAGCTGACCTAAATGGATCAGTTTATGTGTAATATTCTAGTGCTTTAATG 7441 ACTCTTTTTTTCTTTGGAGGGAGGGTAACATTATTTGGACAGATGCAGAAGGAACTGTTAGTGAGTCAAGACAAACACAT 7521 CTGAAATAAAGGAACTGTGTATTAACATGTTAACAATTCATAACTGCACTTTTTATGACATTTTGAAAATCTATTTATAG 7601 GTACAGAACAATGGGTTTTGTTAAACTGTATCACATTTATACTTGCAGAAATTTATTTCATTGTTATTAGTAGGAATTTT 7681 ATTGGTTCAATAAAATTGGCAAAACTGAACACCAATCATTTGCCTACTTTGTTTATACTGGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000536441.1 | 3UTR | AAUUAUAACACAAUCCUAUCACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||
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60 hsa-miR-3152-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT068760 | RB1 | RB transcriptional corepressor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT142268 | DCTN5 | dynactin subunit 5 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT179443 | TBRG1 | transforming growth factor beta regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT221382 | DNAJB6 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B6 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT332510 | CD81 | CD81 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442419 | KCNN3 | potassium calcium-activated channel subfamily N member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445519 | PLXDC2 | plexin domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464185 | VMA21 | VMA21, vacuolar ATPase assembly factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467933 | SLC16A6 | solute carrier family 16 member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468378 | SETD5 | SET domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468486 | SESN3 | sestrin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468928 | RPS24 | ribosomal protein S24 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478171 | DENND5B | DENN domain containing 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490447 | GLUD1 | glutamate dehydrogenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494675 | ARL5B | ADP ribosylation factor like GTPase 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502287 | GNG5 | G protein subunit gamma 5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT506078 | PPP2CA | protein phosphatase 2 catalytic subunit alpha | 2 | 6 | ||||||||
MIRT508008 | BCAT1 | branched chain amino acid transaminase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT508760 | IPP | intracisternal A particle-promoted polypeptide | 2 | 2 | ||||||||
MIRT509091 | SYNPO2L | synaptopodin 2 like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT511968 | EIF1AX | eukaryotic translation initiation factor 1A, X-linked | 2 | 4 | ||||||||
MIRT515210 | CRCP | CGRP receptor component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516377 | TRAF3IP2 | TRAF3 interacting protein 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT517047 | ZNF678 | zinc finger protein 678 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT521125 | SHROOM4 | shroom family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT521277 | RTF1 | RTF1 homolog, Paf1/RNA polymerase II complex component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522772 | LAMP2 | lysosomal associated membrane protein 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT524419 | CNKSR3 | CNKSR family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529398 | ICK | intestinal cell kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529965 | PHF7 | PHD finger protein 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530189 | TIGD2 | tigger transposable element derived 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533716 | TMEM30A | transmembrane protein 30A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543170 | FICD | FIC domain containing | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548496 | E2F8 | E2F transcription factor 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555020 | RAB23 | RAB23, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560728 | ZNF529 | zinc finger protein 529 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT564890 | YTHDF3 | YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567327 | HMGB1 | high mobility group box 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568035 | CLIP4 | CAP-Gly domain containing linker protein family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574763 | FLVCR1 | feline leukemia virus subgroup C cellular receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620811 | SLC26A2 | solute carrier family 26 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622456 | RNF19B | ring finger protein 19B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636240 | SIM1 | single-minded family bHLH transcription factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643231 | MUC15 | mucin 15, cell surface associated | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646319 | CAPZA2 | capping actin protein of muscle Z-line alpha subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646674 | CCDC69 | coiled-coil domain containing 69 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650043 | VHL | von Hippel-Lindau tumor suppressor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652533 | TM9SF3 | transmembrane 9 superfamily member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663022 | CD40LG | CD40 ligand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667465 | MAPK10 | mitogen-activated protein kinase 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668620 | EEA1 | early endosome antigen 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675678 | SLC35F5 | solute carrier family 35 member F5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT681814 | N4BP2L2 | NEDD4 binding protein 2 like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682674 | CPM | carboxypeptidase M | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701447 | NFIC | nuclear factor I C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706222 | C20orf144 | chromosome 20 open reading frame 144 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707510 | PPP1R16B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 16B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710466 | ASTN2 | astrotactin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712957 | SGCD | sarcoglycan delta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723030 | MYLIP | myosin regulatory light chain interacting protein | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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