pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4662b |
Genomic Coordinates | chr8: 124821978 - 124822058 |
Description | Homo sapiens miR-4662b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4662b | |||||||||||||||||||||
Sequence | 50| AAAGAUGGACAAUUGGCUAAAU |71 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | RAB14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | FBP, RAB-14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | RAB14, member RAS oncogene family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_016322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RAB14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RAB14 (miRNA target sites are highlighted) |
>RAB14|NM_016322|3'UTR 1 TGACCTCTTTGCTGTGGCCCCTCATTTGACCTTTCACCTCTGTCTGTTGGAAGCAGTACTTTTTACTGCCTCATTGTCTT 81 CTGTACATCTTACTGGGTTTAATTAAAAAAAAAGAAAAAACTCTGTTGTAAAAACAGTTTAACACAATACTAAACTGCTA 161 AACAACTAGATGTAATCAGGTTATCAAAGGCAAGTAGAGTAATAAATCTCTCCTGCATGGTAAATCTAGACTTTTTTTCC 241 CCCTTGTCCTCGTGATAAGTATGTCACCAATATATGATTTAAACCGAGCACTGATGCTGGACTTCATGATTTTTACCCTC 321 CCTTTGGCAAGGCTTTGTCTCACTGTACGGTTTAATTTGGTGATATCTTAAGCCTTTCTTCCCATCCTTAACTGTTCAAG 401 TATGTCTGTTGTAACCAATAAGTTTATTGCTGTGAAATTACTTCTGATGGTAGAGAAGGGGTTCTATAACTGCTTTTGTT 481 TTGTTTTGGATAAATTTCCTGTTGTGTGGGTGGCATTTTTCTTAACGAGATTTGCTTCTGTCTTAGCCTCACACAGGGAA 561 AATATCCATTTATCTTCTCTCTCGTGCTTAATTAATAGCTTTATCTTTTTTTATACCATTTTATCCTTTTCTCTTTAACA 641 GAAAGTAAATATGTATAAAATTTGAAGGAATCGAACTAACAATACATTCTGTGTATATTATTTTAATGAAGAAAATAAAT 721 TGATTACTGGCATTGGAACAGTATAAAATACCAGTTTGTACAGTATGACCTATATGTGACCATGTTACTCCCTTCCATTT 801 CACACAAAGAAATAGACACAACTGCAGTTCACAAGTAGTACTGGCTCCACCCCTTGGTGCTGGCAGTGTTTGGGGACATT 881 ATGCTGGAAAGAGCTCCTAGCATCAGAGGATTAACACTAGCAGATTCTGTTCCATCTTTGCACTGTTGCTTACCTGCTGA 961 TTTTCTTAACTGTTCTTGTGCAATCGACAATGTGCTAACCTGCTTTTCTCTTTTTGTAAACGTTTTTGCATTACAGGCTG 1041 CATTCTTGCCTTACTGTATAGAAAAAGAAAAAAGGCTGGGTTTACTATTGCACATTTTAAGCTTTTATACCTTTATCTTC 1121 TTGGAATGGTCAGATTCTGAACTGGACAGTCAGAACCACAGGTCTGCTGTTAAGGGATTTTAAATTGTGCATTTTTAACC 1201 CTACAGTGAAATAACTTAAGATATCCCTGTGTTCACAGTGTGAGGGGCTGTTTTATGTCATGTTGGCATAAATTGTTTTG 1281 TAAAAGGGAAAGTGTTTCTAAAGGTGTTTCAGCGCTTGTGCTGATACAAAGTAAGTTATTACTTTGCACCAGGTGGTTTG 1361 GCCACTGAATTAATACTGTATAGCAAGAGAAACAATCTTATTTTTTTGGACAACATGTTTTATTAAGTTCTTCATTTCTG 1441 TTGATTTTTTTTATTGCATTTATGATTCAGTGGCTGGGAATTGAGAATTTATTTGAAATAGAATAGGTAACACCTCAGCG 1521 TACTATAGAAAATGCACTCAGCTCAACTGCTGTGTTTAAAATACACATTTTAAATCCCTCTTTACAGACACTAACATAAA 1601 AGTACATCTTTCTGGGTTGTAAACATGTGGTAGTACCAGAGTATTGTATAGTCAATGTTAAATAAAAGCCAAAACTGGAA 1681 TGTGCAGAAAGTAGGCTTTGGTTAATTTGTGGATTCATTTTTATTTTTGTCTTTGTTTAACTTTTTAAAAAATAAGATTT 1761 CTGGAGTAGATTGGTATATTCTGTTAAAGACTTACAGTGATCCATTTTGCTTACACTGTTGCATCACAAGGGACTCACCC 1841 AGGGACCATGACCTGCTGGTGTGTGTGTATATTTACAAAAACAAAACAAACAAACCACCCATTGGGATATAAGGTAGCAA 1921 TCACAAACTAAAGACTGCGGCTTGTTGAGGTGCAATACCCTGACTCCCAAAGTTAGTTACAGTGGGTTTTATTGTTTTTG 2001 TGACTGAAGGATTTATTCAGACTGCTGTACTCTTCATTTGATGTAACAAAATGCTATTAATCTAAATATTTGTAAATAAA 2081 GTACCTGTATCTAGATTAAATTAAAATTGGTTGCATTATTTTCTGAACTATAATAGGGTTTTTCTTCAGGTGAACAATTT 2161 GACGTGTCATCAGTTTTTATTGCAGCACTGTCCATATTCATTGTATAAAGAGAGGTCTACGTATGTAGCATATAAAACCA 2241 CATCACTAAGTAATAGACCCACAGCTTTATTCTTGTGTTTACATTACCCTTGAAATGTTTTCAGTCAACCCTTTTCAGTG 2321 TAAGATCAGCACATTTGGTGGCTGATGCTGTTCTCCTTTGACTGTACCGGGAGCCAGATTCTATCATATGCATGTGTAAT 2401 CCCCTGTAATACACTCAGGTGCTCACAAATAGAGCAGATTGTCATATTGTAACATGCGTGTGCCAGACACCGGGCAGTAC 2481 ACTTTGGAAAGAATGTGAAATCCTTTTAATTTTTAATCCATAGCTTACTGCTTGTGCAGTCACCTGCCTCTTGAGGTTGC 2561 TCATTGCCCTTGGACCTGTGAGGAGGCCTTCAGATTAGTAATTGGTGCTTAGTACTATTTATGCTTAAATAGATCTTCCA 2641 GTACAATGTTGAAGTCTTTTTTATGGATAATAACGTGTTTGATGGAGTAACTTATTATTTTTTTTTGGTTGGTGGTTTAC 2721 ACGTTAATAGAGGTAGTACAATTTCTTTGGAAAGGTGTCTTTTGAAGCCAGCTGTTAAGCTTCATACATTACCTCCCTTC 2801 TCAAATTCGGTAAGACAGTAGTTTTGGGGAACTTTTTTGCCCATGTGTCTTTTAAGTGTGATTTTAAAAAAATGAGTGGT 2881 TCAGTTCATTCCCCTAAACAGAAGAAAAGACCAAATAATTACCTTCCATTCCTCTTCATGTGGGAATATAGAGAGGGTTC 2961 ATGTGGCATTTTAGAGAAAAGATAATTTATCCTCATTCAACACAGGCCCAGAAAATTGTGTCCCAGAAGGATGTCAGTAA 3041 TTGTGACTAGGCCAGGCCTTTTAGCATTTTGCTAAGACTTGAAACAAAAAATGTAAATACAAAAGAAATCAAGTTTTGTT 3121 TTGAAAGATGCCTTCTAGAACTTACTGTGTATTAATAAATTGTCACTTTCATTGTCTTTATTGTAACTCCATTGATCCCG 3201 TATCTTAACGGTTCACGTCTAGCCAAATAACTGTTTTGGAATAAAAACCTTGGTGGTGAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000373840.4 | 3UTR | UUCCAUCUUUGCACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
74 hsa-miR-4662b Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT055639 | TRUB1 | TruB pseudouridine synthase family member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT056782 | ARID5B | AT-rich interaction domain 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT060844 | CEP350 | centrosomal protein 350 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT069982 | GEMIN2 | gem nuclear organelle associated protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT071727 | CCNK | cyclin K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT105115 | MYC | MYC proto-oncogene, bHLH transcription factor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT122207 | TNPO1 | transportin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT125595 | SCD | stearoyl-CoA desaturase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT164186 | SCOC | short coiled-coil protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT175513 | ZBTB33 | zinc finger and BTB domain containing 33 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT305086 | SRPRB | SRP receptor beta subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT305178 | SLC25A36 | solute carrier family 25 member 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441913 | KRT78 | keratin 78 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442485 | TBC1D19 | TBC1 domain family member 19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445024 | PPARA | peroxisome proliferator activated receptor alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447763 | TTLL7 | tubulin tyrosine ligase like 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447927 | SCRN1 | secernin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450058 | IL17RA | interleukin 17 receptor A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452799 | FAM136A | family with sequence similarity 136 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453410 | RHD | Rh blood group D antigen | 2 | 4 | ||||||||
MIRT453687 | CEBPD | CCAAT/enhancer binding protein delta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455278 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | 2 | 10 | ||||||||
MIRT457140 | ASPH | aspartate beta-hydroxylase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462837 | BCL3 | B-cell CLL/lymphoma 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469805 | RAB14 | RAB14, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471481 | PDE7B | phosphodiesterase 7B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473885 | M6PR | mannose-6-phosphate receptor, cation dependent | 2 | 6 | ||||||||
MIRT474190 | LETMD1 | LETM1 domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT475892 | H3F3C | H3 histone family member 3C | 2 | 8 | ||||||||
MIRT477569 | EIF1AX | eukaryotic translation initiation factor 1A, X-linked | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478765 | CS | citrate synthase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480210 | CAD | carbamoyl-phosphate synthetase 2, aspartate transcarbamylase, and dihydroorotase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490709 | FSTL4 | follistatin like 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT491431 | PDZD11 | PDZ domain containing 11 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT493383 | KIAA1614 | KIAA1614 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT493699 | H3F3B | H3 histone family member 3B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT500563 | XBP1P1 | X-box binding protein 1 pseudogene 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT502297 | GNG12 | G protein subunit gamma 12 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT503321 | FICD | FIC domain containing | 2 | 4 | ||||||||
MIRT504119 | C9orf170 | chromosome 9 open reading frame 170 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT506389 | NUCKS1 | nuclear casein kinase and cyclin dependent kinase substrate 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT515598 | FBXL13 | F-box and leucine rich repeat protein 13 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT517664 | TRIM72 | tripartite motif containing 72 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT526185 | FBXO32 | F-box protein 32 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527110 | ARHGAP15 | Rho GTPase activating protein 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527952 | GDI2 | GDP dissociation inhibitor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532979 | ZNF12 | zinc finger protein 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533169 | WEE1 | WEE1 G2 checkpoint kinase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT533999 | SUZ12 | SUZ12 polycomb repressive complex 2 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536186 | MAOB | monoamine oxidase B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536652 | INIP | INTS3 and NABP interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539222 | ANP32E | acidic nuclear phosphoprotein 32 family member E | 2 | 6 | ||||||||
MIRT540562 | PPIC | peptidylprolyl isomerase C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543311 | ZNF585B | zinc finger protein 585B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546632 | RTN4 | reticulon 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554550 | RRN3 | RRN3 homolog, RNA polymerase I transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558356 | DNAJA2 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561115 | CLEC2D | C-type lectin domain family 2 member D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565475 | SPRY1 | sprouty RTK signaling antagonist 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565551 | SMG1 | SMG1, nonsense mediated mRNA decay associated PI3K related kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566499 | PBX2P1 | PBX homeobox 2 pseudogene 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570932 | ZNF284 | zinc finger protein 284 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573947 | ZNF708 | zinc finger protein 708 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611173 | ZNF347 | zinc finger protein 347 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643364 | TRIM10 | tripartite motif containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647543 | NLRP12 | NLR family pyrin domain containing 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656664 | LPP | LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661960 | FAHD1 | fumarylacetoacetate hydrolase domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669283 | C19orf44 | chromosome 19 open reading frame 44 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670210 | SLC24A4 | solute carrier family 24 member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675813 | MED28 | mediator complex subunit 28 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT676226 | TMEM91 | transmembrane protein 91 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694354 | CHST6 | carbohydrate sulfotransferase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696276 | TACO1 | translational activator of cytochrome c oxidase I | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|