pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6132 |
Genomic Coordinates | chr7: 117020211 - 117020319 |
Description | Homo sapiens miR-6132 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6132 | |||||||||||||||
Sequence | 21| AGCAGGGCUGGGGAUUGCA |39 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PDPR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PDP3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_017990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PDPR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PDPR (miRNA target sites are highlighted) |
>PDPR|NM_017990|3'UTR 1 TGCCACCAGGGCAGCCTCACCTCCTCCCCATCATCTTGTCCTAGAGTGGGCGTCACCTTGGAGCTTCTCTTCCTTCCGCC 81 TCTGTTCCTCTTCTGGAGCCTTTGCCTCCCATCTCTTATCTCCTTGATATAATTTTGAACTTGACCTACTTTAAACTTTT 161 TTGCTCTGCAGCCTTCCTTGCCCTTCCACCTCCTCCTCCTAATATTCACTCTGGGCTCTTCTTCCCTTCCCACCCCTCAC 241 TCAGCTTCTCGTGGTGGCAGGAGGTATGTCTGACAGGACAGAAGCAAGCTCCACTGTGGACATGAGTGATGGTGACAGCT 321 GCTTTCAAATTCTGCATCTCAAGGCAGGGCAAGCCGGGGTGGTGCAGGTCTCAGGGCACGAGTCCCTCTCCCTTGGGTTC 401 CATTTTCTTGGAGCAGCCTATTAGTTCTGGTGGGGTTGCCGTGTGTCGGATGCAGCCCTGAGGGGCAGCTCGTGCCTGCA 481 GCCCGGCAGCTCGTTCTCCTGTTCTGCTGTGCTGTGGGCTGGCACTCGATACCTCTGGCAAGAGGATGATTATCTACCTC 561 ACTGATAAGAGGCATCGCATGGACGTTCTCTGGTCTGTAGTGGAGACAAGCAGTTAACCTAGCACCATCCTCATCCTCCC 641 TGCAGAAGCCATTAGCAGACCTTTGGGCCAGGGCAGCCTCCCTATAATTTTCTTCATCTCTTGCTAATCTCTATAATAAG 721 GTTGCTTTTTCTTTCTTAGTTGAGTAAACAAGTAAGCCACAGTGTTTGAAAGGGAAAAACCATATTGCCTTGTGTGTTGC 801 TTTTCCCAGTCAAAAGGGTCTGACCTTAGAAAGTCCCCACCAGTGATGCTGAGTGTTCTGCTATGGAAACAATGCTGCTT 881 TTCTCTCAGCTGTCCAAAGTTCAGCCGTTCCTCCTTCCCCTTCTCCCAGTGCGTTTGACTTTGTCAGGTCAGCCTCACTT 961 GTCCCTTTCACAGTTGGCCCATAAAGTCATGTTTCTCTCCCTTTAGAATAGGGAGGGGAAGGGATCAGGTGTGTTGTCCT 1041 GGGCCTTTCAACCTTGCGGGCTGTGCTGAGTTCCAGAGAGCTGCCGGAATTCCAGGTTTGACTCTCCAGCACAGAGCAGA 1121 GCTACACAGAGGTGACCCACGTTAGTCCACTGAGAGTTCTGAGTCCAAAGGGTGTACGTTGCATAAGGCTAGAGACCGCT 1201 TTTCCTCCTTTCCCCCCAGGCTCTTTGTTTCCCTCCACCCACCCTTCCATATCCTCTGGAGCAGGAGACAATGTGGGTGC 1281 CCAGAAGTGCCCTGCGCTTTCAGGCAGTGTCTCTGTTTTCCCAAGGTGAAACTTAGATATCATGGACTGTTGTCCAGCCT 1361 CAATGCTTCATTTTCCCCTTGCATATCAACTGCCCTAATCTGACTTTTTTTAAGTGCAAATAAACTGCTATAAGACATTT 1441 TGGTTAGTAAAACTCTAGCCTTTGGCGTGTTGGTATCTTGGAAGCATTAGCTCTGATAGGTCTATAAGTGTATTAAGGGA 1521 CATCCTTCCATTTCATTAGAGCAGCTTAAAATGCTCAGGTGTCTGCCTTCTCTGGTGTTTCTTTGGGATCTCTGTTTACC 1601 CACTTACGCTGGCTCCTTCTAGACATTTCTTGCCACTTCCCCAACTAGACCACTCCTAGTGATTACTGACTTTAGTGCCT 1681 AAACCTTTTTGGAAGGTTCTGGTTGGCTTGTTAGAGGAGCATATGATTAGAATTCTGTTTGGGGGTCTAGTTGTCTTGGA 1761 GCAAGTATGTACTTAACTAGCCGAGAGATGCTGCCTCTAGGCAGAGAGGAGGAGAGGTGTTGCCGGCTGGAGGGCCAACC 1841 AGTGAACACCAGCTGTGAAGGCCTTGGGAGAGGAGGAACAGGCCCTTGGGCAGATGCAGGCATTACCAGCAGGGAGCAGA 1921 CTTACCTCCGAAGATGGAGACAGGTGACTGAGAGCTGCAGGCCTCCTCTGCTCTTCCAAACACGTAGCATTTGCACCCCT 2001 CCAAAGCCATCTTTGTAAAGGAAAACGTATTTGTAATTGAATCCAGAAGAATTTAGTTACACATAGACATAACTCTTCAA 2081 CCTTAACTATGGCAATACATTTGTGCTTTAACTGTTACATAGCAGTATCACCACTTACCAGGATCCAAATCGAAATAATA 2161 AAAGCTGTCTCCATAGTTTAAAATCGAATAGTGCCATCATCACAGTATATTAGTCAAATAGAAGCTTCATCAGAAATGTA 2241 TCCCACATAGAGTTTTAAGACTTGGATTCTCTTCTGCCCTTGTTAATCTCCAACTAATTACTACAGATTGACACGTTTTT 2321 AATTAGCTGTCCTTTGTAAGAAGTCAGGAAATCTGATGCTGTGTCCAAAATTATGCACTGTTTGTTGAAGTAGAACCAGA 2401 AATCCTGACCTCCTGTTAAATGACATCAGTTTCCCCCTCTGAGCAACAGACTGCTTGTCTTGCTAGGAGAGGAGGATGGG 2481 GGGCTGAGCACTCAGGCTGTCCATTGAAACCCCTTGTCCATGAATAGGGTCATACTCCTAAGACTGATGGGGTGTTGATC 2561 TTCTAGGACATCACTTGTTTATTCAGTGCCCCAAACACAGATTTCTCTTCTAGCACTTTAGAGTTGATCCTTGAAGTCTC 2641 TCCTGGTTCATTCAAATACAAGCTGTGTGAGTCTGGTGGTTTTCTGTGATTGGTCTAATGTGAGCTCTTTGAACAGACAG 2721 ATCTGACAGTGAATGACTCTCCCCTGCTTCTGGCATAACTGCTTTGCCTCTGTCTAGTGTCCAAGCATCTTAGCTGTTCA 2801 AGAGGAGAGGGCAGCATAACTTCCTGACCACCGGTGTCAGATATCAGAGCATTCTGGACTCCTGAGAGGCAGTGGCCTCT 2881 TGAGTGAACAGGGGAGGCCAGTAGATGCCCCAGATCCAGAGCCGTGGCTGCAAATCCAGCAGGAATAAGGAGGGACAACC 2961 ACAGCCTCCTCATCCATGTGTCATTTCCAAGGGTTTGCCTTGTGTCTCAGCTCATTCTGGGCAGCACGTTTGTCTTCTGT 3041 CCCTAGAGATTTGAAGGATTTTGGACTCTTGTGAATGGGTGACTGGACTTGGCTTTACAGAGTTGGGTGCTTTTTTCTCT 3121 CTGCAATTACCTGTCATAGCATTTTGTGCTCACCACGAAGGATGGTCTCTGCCTTCTCTTGTCGGTGTATGCCATCTGAA 3201 CCTAGGAACACAAAGTATATTGGCCTCAAACGGAGACCCAGGGTTGCCAGTTTTCCGTGGGCCTTCCCCTCCCTTGAAAT 3281 GTCTTTAATTACCTCCCCTTCATCGTCAGGCCACGTGTGACTTCTGTTCTTAGCACTGCCAGGGTCATTGACTTCCATCT 3361 AAGCTTGCATCAGGAAGATGTTCCTTCTGTGATCATTGGTACTGAAGCCAGAAAAGCTCTCATTCAGGAACTCTGAAGAG 3441 CAAAAAGGGACAAACACTAACTGCTGAGCTGGGCCATTTGATCTCCTTTCACCTTGCATTGCTGTCACAGCACCTTGTAT 3521 GATGGCAGGACAGGCTCCAGCAGAGAGAACTGCACAGTGACCACTGTATTTTTCACGCTCTTCCAGGGATCCCTGTCCCC 3601 CGACATTGAAGAGATCTCATTCAGGCCAGAGACACAGAGACCACATAGCCCAGTGATTAAACCCCGGTTTCACTCTGGCC 3681 CCAGGAGTGGAGCCTGGCCACTCCTGTTTGGTTCTCACTGGGAGGCCCACTGGCCTTGGATCATCTCCTCATGCACACCC 3761 GGAGTTTTACCTGCTTGCTTGCTTTCCTGGACTGCTGTTTGCAAGAAAGTAACTAAAACATGAAAAGTAAACCTCCAGCT 3841 TCCACAGTATATTACCTGCCGTTGCATGCATTTGAAAGTTAGCCTCCTCCCTTGCCACCGTCTTGGTGGCAGTAGCGATG 3921 CAAGAATGATGGGAGCTTTCCGAGAGCGTTCAGTGTTTCACTGAAGACAGGACCCATAGCCTTCATTTCTGGCTCTGTGT 4001 CTCCTCTGGCATATGGACACATTTCCTGGCATTTGCCTGAGTCTACACCACTTTTTGAGAACCTGAAATAGAAGGGAATC 4081 TTCTGTGGCCCACAGTCTCCATATTGGCACTAGAAGACTGGCCTGGCGGAGGAATTTGCGTTGGCTTGCTTTCAGGGGTT 4161 AGCTACAAGATTCAGCTTTATATCTCTGTTGCTTCTTGGCCAGTGTAGTCAATAAGGGTCTTCTTTAACATCTAAGATAG 4241 AGGTTTGGTTGGCCGGGCGTGGTCGCTTACTCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCCAGTGAGGTGGGAGAATTGCTT 4321 GAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTAACAGAGTGAGACTCTTGTC 4401 TCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCTAAGATAGAGGTTTGGTCAACAGTGCTTAATAATAAATAAGAACCTCCTGCCATTCT 4481 AATTTTCCTGCTGCACCCCATCCCCCACACACCCCTCACGAACATTGATATAAGCAGTATTAACACAGTATAAAGAATGT 4561 TCACCTTGCATATGTCATTTCAGGCACATGGATTCAGGAGAAGCACAGTTGAGTGGAAGAAATGGTAGACTTGTGAGGCT 4641 TGCCCCAGGCCTTGTGTACACGCAATAAGTGGTGAGCCATGGGTCTCTCCGTCAGCGCCTCCCTCCCCGCCACCACTTCA 4721 GGCCAACAATTTAAGGTGCTGAGTTGTAAGGCTCCTCCATTGTCAGTACAGGGCTCGCCTTTGTAGCCCTGATCACTACC 4801 AGTACACTTTTCAAGACAACTGAGTATTTTTGTATGCCTTTGCCTTCCCTTTGTCCATGAAACATGAAGAGTTGTTTATG 4881 GTTCTTGACTTCTCTGAGCAGAGTGTCTGCATCTCTTGGAGAGTTACACATTTCTTCATGAGCCATTTTTCTCATTCTTA 4961 GATGCACCTGTTTTTATCCTTTGCAGACCATCTTCTGCCTTCTTATTTTCCTGTCTGTCAAAGACAGAAATTACAGGAGA 5041 TAGGGAGGGTTTTTTAGCATCTCTTTCAAAAGATGTATGTCAGAATTTCCTTTGCACACCAAGAACTGGAGCTTAGAGCC 5121 CCACTATTCTCTAAGCCAGGTTCTAGTGCCTTACACTCCAGAATGTCAGATGGTGGGTGCAGATTGGAAGAAAGAGAAAA 5201 GTTCATCTCGGTGTGTGGGTTCCCATCCGCCCCACATAGCCTCTCCTTCTTCGGAACAATGGGCGTGGGGTAGAAAGCTC 5281 TTTCAGTGAAGGGTGTTCTAGCAGCTCAGTTAACACTTTACTCTCCAGTCAACACTTGGGACATATAAAAATGCCATTGT 5361 AACTACTGTAGAGTCCTGTGACTCATCGTTTGTGTTTGTCAATTTGCAGTTCAGCTTAGCCCTTCCCTGTTCCTGTGTAG 5441 TTACAATCTGGCCCTGAAGACATCCGAGGCACTTCAGTAAGTGGGATCTTTTCTAGAGATCCTGGGTGACTTTGGGTGCA 5521 CAGGGTGACCGAGCATTTCTGCCCCTGTGAATGTGGCACTAACACTGTGCACTGTCTCCACCAAGCAAGGTTTCCACTGA 5601 GTTTCTTCTCATGTTACTGGGTTTGTAAATGAATAAACACATTTTAACTACTCTTGCA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000568530.1 | 3UTR | CACCAUCCUCAUCCUCCCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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82 hsa-miR-6132 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT067294 | NECAP1 | NECAP endocytosis associated 1 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT100110 | ABT1 | activator of basal transcription 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT358583 | CANX | calnexin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445247 | SEMA5A | semaphorin 5A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445764 | CCND3 | cyclin D3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452388 | LY6E | lymphocyte antigen 6 family member E | 2 | 4 | ||||||||
MIRT452829 | FAM131B | family with sequence similarity 131 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453450 | GLG1 | golgi glycoprotein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455435 | ID3 | inhibitor of DNA binding 3, HLH protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT460629 | IGFBP4 | insulin like growth factor binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461607 | DPH2 | DPH2 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461989 | PACSIN1 | protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464258 | VCL | vinculin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465713 | TNFAIP1 | TNF alpha induced protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466475 | TECPR2 | tectonin beta-propeller repeat containing 2 | 2 | 7 | ||||||||
MIRT467119 | SRGAP1 | SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT468299 | SFT2D2 | SFT2 domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469696 | RAB5B | RAB5B, member RAS oncogene family | 2 | 8 | ||||||||
MIRT469904 | PTRF | caveolae associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470015 | PTPLB | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT471385 | PDPR | pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471409 | PDP2 | pyruvate dehyrogenase phosphatase catalytic subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471719 | OTUB1 | OTU deubiquitinase, ubiquitin aldehyde binding 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473608 | MARK2 | microtubule affinity regulating kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476328 | GLTSCR1L | BRD4 interacting chromatin remodeling complex associated protein like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479448 | CDK6 | cyclin dependent kinase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT482032 | AMER1 | APC membrane recruitment protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT482360 | AGO2 | argonaute 2, RISC catalytic component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484661 | HOXD3 | homeobox D3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT486828 | NDOR1 | NADPH dependent diflavin oxidoreductase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT487069 | CLASP1 | cytoplasmic linker associated protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT487196 | NFASC | neurofascin | 2 | 4 | ||||||||
MIRT487448 | TFAP2B | transcription factor AP-2 beta | 2 | 4 | ||||||||
MIRT487517 | GXYLT2 | glucoside xylosyltransferase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT487640 | BRSK2 | BR serine/threonine kinase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT487755 | SKI | SKI proto-oncogene | 2 | 4 | ||||||||
MIRT489944 | CPLX1 | complexin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT491101 | MSI1 | musashi RNA binding protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT491181 | LAMA5 | laminin subunit alpha 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492355 | SEMA7A | semaphorin 7A (John Milton Hagen blood group) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493918 | FAM127B | retrotransposon Gag like 8A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT493932 | FAM127A | retrotransposon Gag like 8C | 2 | 4 | ||||||||
MIRT494679 | ARID3A | AT-rich interaction domain 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494814 | AKAP11 | A-kinase anchoring protein 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494835 | ADCY9 | adenylate cyclase 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495455 | PNMAL2 | paraneoplastic Ma antigen family member 8B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496962 | MAP1LC3B | microtubule associated protein 1 light chain 3 beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526228 | MTRNR2L5 | MT-RNR2-like 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531028 | TDGF1P3 | teratocarcinoma-derived growth factor 1 pseudogene 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557110 | HOXA3 | homeobox A3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560514 | POGK | pogo transposable element derived with KRAB domain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567753 | DLC1 | DLC1 Rho GTPase activating protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569608 | TRIM29 | tripartite motif containing 29 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570242 | CPNE5 | copine 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572327 | HSPB6 | heat shock protein family B (small) member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572373 | ATOX1 | antioxidant 1 copper chaperone | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575024 | Tecpr2 | tectonin beta-propeller repeat containing 2 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT576146 | Hmox1 | heme oxygenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612443 | SMOC2 | SPARC related modular calcium binding 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615404 | VDAC2 | voltage dependent anion channel 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629114 | CYCS | cytochrome c, somatic | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631362 | FOXI2 | forkhead box I2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639322 | THBD | thrombomodulin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643797 | ABCC12 | ATP binding cassette subfamily C member 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669687 | ABLIM1 | actin binding LIM protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670595 | LLGL1 | LLGL1, scribble cell polarity complex component | 2 | 4 | ||||||||
MIRT691190 | NIF3L1 | NGG1 interacting factor 3 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT691688 | FLOT2 | flotillin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697127 | OTUD5 | OTU deubiquitinase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700814 | PHLDA2 | pleckstrin homology like domain family A member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701248 | NUP35 | nucleoporin 35 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702362 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703325 | GDPD5 | glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706060 | PKD1 | polycystin 1, transient receptor potential channel interacting | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710475 | CDH5 | cadherin 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713018 | SLC4A2 | solute carrier family 4 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716427 | RAB15 | RAB15, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718093 | ABHD12 | abhydrolase domain containing 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718542 | PIGQ | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class Q | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719122 | CACFD1 | calcium channel flower domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721393 | LDLRAD4 | low density lipoprotein receptor class A domain containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT736283 | CDC42 | cell division cycle 42 | 2 | 0 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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