pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-520a |
Genomic Coordinates | chr19: 53690881 - 53690965 |
Description | Homo sapiens miR-520a stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-520a-5p | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 15| CUCCAGAGGGAAGUACUUUCU |35 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Array-cloned | ||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | GXYLT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | GLT8D3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | glucoside xylosyltransferase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001099650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_173601 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on GXYLT1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of GXYLT1 (miRNA target sites are highlighted) |
>GXYLT1|NM_001099650|3'UTR 1 TTCTTGGTGACTGCTTAATCAAATGGATGAAAACAAAGAATCAGAAGATAAGTGTGAAGGAATCGTCTTGGATGAAGTAT 81 TCAGGAAGGAATTACTCATCTCCAGAATAATTTTTTTTTTCCTAAAGAAGTTAAGTAAGCAGTATTTTCAGGTAATGAAG 161 AATAAGTTAAAATCTTGGGCCTCAACATTGAACATTTTTTATCTCTGATGTTTTGTAATGTTACTTGCTATCATTCCAGT 241 ATTGATGAAAATACTATTGAATGGGTTTAACCTGCAGACTTCTGTTGACTCATACTCTCAAGAGTGGTAGGGGTGTGTAG 321 ATGGAGAAAATGTACCTCAAACAGTGCCAACACTCAAGACTGTGAGTAGAGCAATAATTTTATGTCAGCACTAACCTCAC 401 TTTAAAAGTGTGAGAAAAAAGTTTGTTTACAGGAGCAGAAACAGGTCTGTTGTTTCTGAAGAAATGTGATGTAACTGATG 481 TAACCATTGACAATCTATGTGTGCCTTTATACATTTCATCTCTGTTTTAAAATATTTTTATGACAATCATGTTTAAAATT 561 ATTTTTAGATTACAAGTAAGCTGCATGTTAAAAATTGAGCTGTGTAAGGTAGAGGAAAAATAGTGAAAACTTTGGGATTT 641 TAATCTGTGTGTGCGTGTTTGTGTGTGAGAGAGAGTGAGAAATGTAGTGTTTCATTTTGTATGCATTAAACTGTCTTGCC 721 AAAACTCAGATCTAAGATTGTTAAATAGATATTTGGGGAATTTTTTTTTAATCACTTTAAATGAAAAACGTCAGCTTTAC 801 TGGGCATTCTGGAAGCAAAATATATTATGCTGATGGTAAAGTGAGAACCTTAAGAGTATACTCATGATGGTGGAAAGTGT 881 GATGGACCAAAATGCATAAGCTATATACTTCCTGTGAGTAGTAATTTTAGTTACAATGGAGTAGAAAAATATGGTCCATT 961 TAAACTTGTCTTCTACCTCATAACGGCCTTGCAAGATACTTTTGAAGAAGCAAATGTCTAGAGCCTTACTTTAAGTAAGT 1041 TAAACAACTTAAGTGGATGATTTGGAATAAGATTGTTACATCCAGCTGTAGAAAATGTGGTTTTAATTGGGTTGATGTGC 1121 ATTTTTGAATATCACCTAAGACAGTTAATTTTTTTAAATCTTGAGAAATTACTTCTTTGGCATTCTTGACCTGTTAGCTA 1201 ATATAACTATAGATTCTGAATACTTAGCATATACTATGCTGGGGCACATATCTTATTTTACCAACAATATGATTATCTAT 1281 ATGGTTATCTTCTTTTTCTCCCTGATATTTTAATGCTCAAGTAGAAAATGGAAAATCATGAAGGAAAAATACAACCTGTG 1361 AAAATTGTGGCAGTTAGCTTTGTGAAGACACAGTGACCTCTGTGGAGACATGGAATATGCAGAAAGAGATGGTTAGTACA 1441 GTTGTTCTGTCGTCTGCAGTTCAGTCAGGGACAAATTGAGAGAGGAAAGTTTAAGCAGGGTGCATTAGAAGTTGATAACC 1521 AGTCCAGCATTCTTAGAACAGATGGGTTTAGAGAACACGAGTTGTAGTTCCTTGGCAGAATGCCATGGTGAATATAAGAA 1601 ACTGTGAAATTGAGCTTACTGAGTAGAAAATGAGAATACTAAAAATGTGAAGTTTGGAGGGTATGTATTAGATCATTTCT 1681 AATGGTCCTCAAATAATGATCATTGCCTGCCTGACTATGTAAGATTCTTGTTGGGAGCTTAAGAATAGATTCCTGAGCTA 1761 GGCCTTTGGAGACTCTGGCATGCTGTGTCTAGGAGGGAGTCTGTAAAACAATTTTTAATGAAGAAATTTAAAAATTACAC 1841 AAAACTAGAATAGTGCATTGGTACTCAACATCCAGATCTGACACTTATCACTATCTTACCATGTTTGCTTCATTTGTCAT 1921 TTTTTTGTTTGCTTAAGTATCTTAAAATCCCATACATTGTGTTATTTCACTGCTGTGAACACTTTGGGTAGATACCACGA 2001 TATCACACCTAACAGAGGCAGCAGCAGTCCTTCGGCTTCATCTCATAGCCAGTCCTTAAGCAAATTTCCCTGATTATCTC 2081 AAAAATCATCTTCTAGTTGGTTTGTTAGAATCAACAGAATATAAGTCACATGATGATTTCGTTTTTAACAATCACCTCAG 2161 ATGACTTTGATGTTAGCTACTTTGAGAACCACTGGAAATTATTTTGCCAACTTGAAAGTTCAAGTTAGGATACCACAATT 2241 CTTGGCACGTTTGGTGGATTATAAATGTGATTTTGAAATATTAGAGGAAGCATTTGGGGTTAATGACAGGATATGAATTT 2321 ATATTAGTAAGTTTGATAAGATAAAATTTCCTCAGTGAACGGAGAATCTCAGCCCCATGGGCTCTAATTGATTGGGACTT 2401 GTGTAGAGCGTGGTCACAGTTTAATCCAACTGGACTGTATGCTGTGGTCTCACTCATGTTGTGGCTTATTTACACTGTCA 2481 CACACACTACATTGTGGATCAGTTGGAAGGTTCTTCATCTGGTTTATTTAGACCTGACCTAATTGATCATTTTACCATAA 2561 ATTGAATTATAGTGAAAACTGTCTTTTGGGTACTGTTTCTACCTAAAATTAAAGGTATCACAAAATATGTATAATAATTT 2641 TTAAATGAATTTTCTGAATTTATCTTTAGACAAGGTAATTCTTTTGAATTCTAAAGAAATGCAGTTCTTGGAGTTGATGA 2721 GAGGTTAAATTATAGATGGACAACTTAGAGAACGTATTCCATCTTCATATAAATGGTCTTTCATAAAACATAGTGTATCT 2801 ATGCAGTTTATATAAACTACATGATTTATTATTTGAGTCTATGTATTCTGACCTCAGAACTATCTCTGGGCTACAGTATT 2881 ACCAAAGTGGGATGCCTTTAAAATGCAGTCAAACTTCATTTGTATGAAGTAGAAAAGAACTTGGGAAACCTTTAAAAATA 2961 TATATTGTGATTTATGCTTTAAGAAAATGCATACTTTTTTCTAATGAAGAGTAGTTCATAATATATAAGGGTTTTAAGGC 3041 CCTGAAATAACATTAGTGCTTACTCATTGCTCTCTCATCTTGCCTCCAGTCAGATGTTATTGGTATAGTGAAAAGAAGAC 3121 CAGATTTTGAACTAGATCTGGATTCTCTTTTTAGTAACTCAGGCATGTTATTTACCCTTCTCTGTGCCTTAGGTTTTTAA 3201 GTACAATCAGTGTACCCTTCAAACCTCACAAGATGAAACTCAGAAGAGATAATGGATTTGGAAGCATTTTGCGTGGCTTA 3281 TATTATGCCACGCCAGTGTTACTGTTGAAGTTCTGTTTTGTTCGTTGTTTTCTGTACAGAGCGTTCAGTTTACTCAGGCT 3361 GAATGTTTTCTGACATATATCTCCAGTATGAATTTGTTTATGTAAGGAAGAGTTTTTCAGGAAGAGAAAGTAGAGAAGAA 3441 AAGAATGATGTAACTAAATCAAAAAAGAAGGAAAAGAGAGGAAGTGAGAAAAGGGGTGAGGAAAGAGAAAGGAGTAAGAA 3521 TGGGGATGGCAAAGGGCAGAGTAAGAGAAAAGATGGAATGAGTGTATGGAAAATTGAGAAGTAGAGATGGAGAGAAATGG 3601 TGTGGAAACATTTACTTTTTGAGTTGTAGCCCTCACACTACATCAGTTTGCTTGCCTGGGCTCTCTGGGGTCAGGAAAGG 3681 TGCTGACTTCCATGGAATGGGGCAGCAGGGCCTGCTGTATTTGGTTTGTTAGTACTAGAGTTGTTTCCCAATCACCCTAC 3761 TCACTGATCATTTAGTGCCAATTCAACATTTTATGTCTTTTTTTTTTAGTGGATCCCAGTTTGTGAGCTAGGACCTGTGG 3841 AAATACAAGTATCTTCCTTTTTAACTTTATTGTTTTAGCCATCCCAAGTGTTAGACTGCAAGACTAACTACATATTCCCC 3921 AGTGGAGGTTGGAAGTGGAGGGGACTGCTTCATTAGGTCTGAAGGGGGCCAAGGAATGTGTTGCAGCAGTTTTCGCAGAT 4001 GATACTGACGAGAGGCCAGGTTTGGGAATCACTGCCCTGCCTTGGATGGCAAATTAAGCAATAAATTACACCTATTTATT 4081 CCTCAGTTGGGATACTTTCAGTTGAACCATTCTGAGTAGATTTAAGAGAACAAAAGACAGCAGAAATACCTTAAAAGATA 4161 TTATTGGCTGTCTTATTTTTCAGATATTTGTATTTAATAAATACCTTAGTAGTAGTCAGAACCTCTTTGAGATGTTTTTA 4241 GAAAGACCACTGATTTGTTTTTTAAAATAATTTTTTTGGTTCCTTAGAGTAGAGAAGAAAAGTAGGGGTGCAATATGTCA 4321 GGTGTGGGGCCAGTTATCCATTTATTAAATGCAATTTCAAGTGTCTTAAAAACAATAATTGCCTTATTGCATTTTAATAT 4401 TTAATAAAGTAGATTAAATAAAGATTTGTATTATAACAGTTATTCTTTTATCCATTGCCAAAGCAACCCTTTTTTGCCTA 4481 TTAAAATCTGGCTAAACTGTTCTGATGTTGTTTCTTAATTCATTAAACATGAAACTAGGTTTTACAAACTAAATTATATA 4561 AAGACAGAAGTCTAAAAATGGTACCAGAAAATTTTTTTTTAAAAAATTAATGTGTTATTCAAATATCCAGCAATTAAAGA 4641 CTCATGAGAAAAACAGAATAGCATATTAGATGTAACAGTTTAAAATGGATTGCAAATCAATGTCAGACTTAAATAGAAAA 4721 TATTTATTATCACCTCATTTCTACCAATAATTTCAGATGTTTAATGGGACTTTGAAAAGATAGGAAAAAATAGAAATGAA 4801 AATTTATCTCACCTTTAATACTGTGAATACTATTTGGAGGGTCCCTGGTCAGACATTTAAATATCAAACTTAAGAACTGA 4881 CATGGAGCCTTTGATTAGTTTATATACAGGATCTGAATATTTACACACATAGCACACTATAGCAACCTCTTGTAAAAAAT 4961 CATGAAGATAGAATTCAACAGTGTATATTCTATTAAAAAGTAAATTGGCTGGGTGTGGTGGCTCATGCATGTAATCCCAG 5041 CACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAAGAGTTTGAGACCAGCCTAGGTGACAAAGTGAGACCCCATC 5121 TCTACAAAAAAATTAAAAAATTATCCAGATGTGGTGGTGTTTGCCTGCGGTCCTAGCTACACAGGAAGTTGAGGCAGGAG 5201 GATTGCTTGAGTGCAAGAGTTTGAGGCTGCAGAGAGCCAAGATTGCACCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGA 5281 CCCTGTCTCAAAAAATAAAGGAAATTGGCTTTGACTATGAAAAACAGCCATTTTCAACCTTTTTATAAAACCTCTTCAGG 5361 GAATATTGGAATATTATTTTTGTCAGGCAAAAATAATCCAGGGCTTGAGCATTGCTGTAGAATATGTTATCTGTTCAAAA 5441 CTTAGCAGAGCACGCATGCATCACATGCATTGTCATCAGTATTTGAGAGCTGAACCAATGGTTTTTGATGGTTGCCGTAA 5521 CAGAAGATCTGTGAAGAGGATGGTGGTTTGCACCTGTTCCTGAAGTCAAACTGGAAAAGGTTGCAGGTATTTCAATTTTC 5601 TCAATCATTTTGCATAAATGTATTAATATTTTGAGTAGTAATAGTTCTAAACCTGCAGGAAGGCATCATTGTATACTGTG 5681 GTATGTAGAGAATACTACTCTTACACTGCTCTTTATCTTAAAATGTTTTGGTATACTGTGAATATTTTCCTCTAAGTATT 5761 TGGTGTATTTTGACAGTTATTAAAGGAGAATATAAAATTAAAGATTCTGGTCTAAACTAAGAATAATGGAAAGTTGCTTC 5841 GTCCTGCCTTAGAGGAGTTTTCAGTTCATCCTCTTCTTGAGAAACTATGTGTTGCTGTTACTAAATAAACATTTACTCAA 5921 TAAACGTTTTATTTCCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression |