pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-516b-1 |
Genomic Coordinates | chr19: 53736845 - 53736934 |
Synonyms | MIRN516-4, MIRN516B-1, MIRN516B1, MIR516B1 |
Description | Homo sapiens miR-516b-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases | |
pre-miRNA | hsa-mir-516b-2 |
Genomic Coordinates | chr19: 53725442 - 53725526 |
Synonyms | MIRN516-3, MIRN516B-2, MIRN516B2, MIR516B2 |
Description | Homo sapiens miR-516b-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-516b-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 56| UGCUUCCUUUCAGAGGGU |73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Array-cloned | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | GXYLT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | GLT8D3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | glucoside xylosyltransferase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001099650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_173601 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on GXYLT1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of GXYLT1 (miRNA target sites are highlighted) |
>GXYLT1|NM_001099650|3'UTR 1 TTCTTGGTGACTGCTTAATCAAATGGATGAAAACAAAGAATCAGAAGATAAGTGTGAAGGAATCGTCTTGGATGAAGTAT 81 TCAGGAAGGAATTACTCATCTCCAGAATAATTTTTTTTTTCCTAAAGAAGTTAAGTAAGCAGTATTTTCAGGTAATGAAG 161 AATAAGTTAAAATCTTGGGCCTCAACATTGAACATTTTTTATCTCTGATGTTTTGTAATGTTACTTGCTATCATTCCAGT 241 ATTGATGAAAATACTATTGAATGGGTTTAACCTGCAGACTTCTGTTGACTCATACTCTCAAGAGTGGTAGGGGTGTGTAG 321 ATGGAGAAAATGTACCTCAAACAGTGCCAACACTCAAGACTGTGAGTAGAGCAATAATTTTATGTCAGCACTAACCTCAC 401 TTTAAAAGTGTGAGAAAAAAGTTTGTTTACAGGAGCAGAAACAGGTCTGTTGTTTCTGAAGAAATGTGATGTAACTGATG 481 TAACCATTGACAATCTATGTGTGCCTTTATACATTTCATCTCTGTTTTAAAATATTTTTATGACAATCATGTTTAAAATT 561 ATTTTTAGATTACAAGTAAGCTGCATGTTAAAAATTGAGCTGTGTAAGGTAGAGGAAAAATAGTGAAAACTTTGGGATTT 641 TAATCTGTGTGTGCGTGTTTGTGTGTGAGAGAGAGTGAGAAATGTAGTGTTTCATTTTGTATGCATTAAACTGTCTTGCC 721 AAAACTCAGATCTAAGATTGTTAAATAGATATTTGGGGAATTTTTTTTTAATCACTTTAAATGAAAAACGTCAGCTTTAC 801 TGGGCATTCTGGAAGCAAAATATATTATGCTGATGGTAAAGTGAGAACCTTAAGAGTATACTCATGATGGTGGAAAGTGT 881 GATGGACCAAAATGCATAAGCTATATACTTCCTGTGAGTAGTAATTTTAGTTACAATGGAGTAGAAAAATATGGTCCATT 961 TAAACTTGTCTTCTACCTCATAACGGCCTTGCAAGATACTTTTGAAGAAGCAAATGTCTAGAGCCTTACTTTAAGTAAGT 1041 TAAACAACTTAAGTGGATGATTTGGAATAAGATTGTTACATCCAGCTGTAGAAAATGTGGTTTTAATTGGGTTGATGTGC 1121 ATTTTTGAATATCACCTAAGACAGTTAATTTTTTTAAATCTTGAGAAATTACTTCTTTGGCATTCTTGACCTGTTAGCTA 1201 ATATAACTATAGATTCTGAATACTTAGCATATACTATGCTGGGGCACATATCTTATTTTACCAACAATATGATTATCTAT 1281 ATGGTTATCTTCTTTTTCTCCCTGATATTTTAATGCTCAAGTAGAAAATGGAAAATCATGAAGGAAAAATACAACCTGTG 1361 AAAATTGTGGCAGTTAGCTTTGTGAAGACACAGTGACCTCTGTGGAGACATGGAATATGCAGAAAGAGATGGTTAGTACA 1441 GTTGTTCTGTCGTCTGCAGTTCAGTCAGGGACAAATTGAGAGAGGAAAGTTTAAGCAGGGTGCATTAGAAGTTGATAACC 1521 AGTCCAGCATTCTTAGAACAGATGGGTTTAGAGAACACGAGTTGTAGTTCCTTGGCAGAATGCCATGGTGAATATAAGAA 1601 ACTGTGAAATTGAGCTTACTGAGTAGAAAATGAGAATACTAAAAATGTGAAGTTTGGAGGGTATGTATTAGATCATTTCT 1681 AATGGTCCTCAAATAATGATCATTGCCTGCCTGACTATGTAAGATTCTTGTTGGGAGCTTAAGAATAGATTCCTGAGCTA 1761 GGCCTTTGGAGACTCTGGCATGCTGTGTCTAGGAGGGAGTCTGTAAAACAATTTTTAATGAAGAAATTTAAAAATTACAC 1841 AAAACTAGAATAGTGCATTGGTACTCAACATCCAGATCTGACACTTATCACTATCTTACCATGTTTGCTTCATTTGTCAT 1921 TTTTTTGTTTGCTTAAGTATCTTAAAATCCCATACATTGTGTTATTTCACTGCTGTGAACACTTTGGGTAGATACCACGA 2001 TATCACACCTAACAGAGGCAGCAGCAGTCCTTCGGCTTCATCTCATAGCCAGTCCTTAAGCAAATTTCCCTGATTATCTC 2081 AAAAATCATCTTCTAGTTGGTTTGTTAGAATCAACAGAATATAAGTCACATGATGATTTCGTTTTTAACAATCACCTCAG 2161 ATGACTTTGATGTTAGCTACTTTGAGAACCACTGGAAATTATTTTGCCAACTTGAAAGTTCAAGTTAGGATACCACAATT 2241 CTTGGCACGTTTGGTGGATTATAAATGTGATTTTGAAATATTAGAGGAAGCATTTGGGGTTAATGACAGGATATGAATTT 2321 ATATTAGTAAGTTTGATAAGATAAAATTTCCTCAGTGAACGGAGAATCTCAGCCCCATGGGCTCTAATTGATTGGGACTT 2401 GTGTAGAGCGTGGTCACAGTTTAATCCAACTGGACTGTATGCTGTGGTCTCACTCATGTTGTGGCTTATTTACACTGTCA 2481 CACACACTACATTGTGGATCAGTTGGAAGGTTCTTCATCTGGTTTATTTAGACCTGACCTAATTGATCATTTTACCATAA 2561 ATTGAATTATAGTGAAAACTGTCTTTTGGGTACTGTTTCTACCTAAAATTAAAGGTATCACAAAATATGTATAATAATTT 2641 TTAAATGAATTTTCTGAATTTATCTTTAGACAAGGTAATTCTTTTGAATTCTAAAGAAATGCAGTTCTTGGAGTTGATGA 2721 GAGGTTAAATTATAGATGGACAACTTAGAGAACGTATTCCATCTTCATATAAATGGTCTTTCATAAAACATAGTGTATCT 2801 ATGCAGTTTATATAAACTACATGATTTATTATTTGAGTCTATGTATTCTGACCTCAGAACTATCTCTGGGCTACAGTATT 2881 ACCAAAGTGGGATGCCTTTAAAATGCAGTCAAACTTCATTTGTATGAAGTAGAAAAGAACTTGGGAAACCTTTAAAAATA 2961 TATATTGTGATTTATGCTTTAAGAAAATGCATACTTTTTTCTAATGAAGAGTAGTTCATAATATATAAGGGTTTTAAGGC 3041 CCTGAAATAACATTAGTGCTTACTCATTGCTCTCTCATCTTGCCTCCAGTCAGATGTTATTGGTATAGTGAAAAGAAGAC 3121 CAGATTTTGAACTAGATCTGGATTCTCTTTTTAGTAACTCAGGCATGTTATTTACCCTTCTCTGTGCCTTAGGTTTTTAA 3201 GTACAATCAGTGTACCCTTCAAACCTCACAAGATGAAACTCAGAAGAGATAATGGATTTGGAAGCATTTTGCGTGGCTTA 3281 TATTATGCCACGCCAGTGTTACTGTTGAAGTTCTGTTTTGTTCGTTGTTTTCTGTACAGAGCGTTCAGTTTACTCAGGCT 3361 GAATGTTTTCTGACATATATCTCCAGTATGAATTTGTTTATGTAAGGAAGAGTTTTTCAGGAAGAGAAAGTAGAGAAGAA 3441 AAGAATGATGTAACTAAATCAAAAAAGAAGGAAAAGAGAGGAAGTGAGAAAAGGGGTGAGGAAAGAGAAAGGAGTAAGAA 3521 TGGGGATGGCAAAGGGCAGAGTAAGAGAAAAGATGGAATGAGTGTATGGAAAATTGAGAAGTAGAGATGGAGAGAAATGG 3601 TGTGGAAACATTTACTTTTTGAGTTGTAGCCCTCACACTACATCAGTTTGCTTGCCTGGGCTCTCTGGGGTCAGGAAAGG 3681 TGCTGACTTCCATGGAATGGGGCAGCAGGGCCTGCTGTATTTGGTTTGTTAGTACTAGAGTTGTTTCCCAATCACCCTAC 3761 TCACTGATCATTTAGTGCCAATTCAACATTTTATGTCTTTTTTTTTTAGTGGATCCCAGTTTGTGAGCTAGGACCTGTGG 3841 AAATACAAGTATCTTCCTTTTTAACTTTATTGTTTTAGCCATCCCAAGTGTTAGACTGCAAGACTAACTACATATTCCCC 3921 AGTGGAGGTTGGAAGTGGAGGGGACTGCTTCATTAGGTCTGAAGGGGGCCAAGGAATGTGTTGCAGCAGTTTTCGCAGAT 4001 GATACTGACGAGAGGCCAGGTTTGGGAATCACTGCCCTGCCTTGGATGGCAAATTAAGCAATAAATTACACCTATTTATT 4081 CCTCAGTTGGGATACTTTCAGTTGAACCATTCTGAGTAGATTTAAGAGAACAAAAGACAGCAGAAATACCTTAAAAGATA 4161 TTATTGGCTGTCTTATTTTTCAGATATTTGTATTTAATAAATACCTTAGTAGTAGTCAGAACCTCTTTGAGATGTTTTTA 4241 GAAAGACCACTGATTTGTTTTTTAAAATAATTTTTTTGGTTCCTTAGAGTAGAGAAGAAAAGTAGGGGTGCAATATGTCA 4321 GGTGTGGGGCCAGTTATCCATTTATTAAATGCAATTTCAAGTGTCTTAAAAACAATAATTGCCTTATTGCATTTTAATAT 4401 TTAATAAAGTAGATTAAATAAAGATTTGTATTATAACAGTTATTCTTTTATCCATTGCCAAAGCAACCCTTTTTTGCCTA 4481 TTAAAATCTGGCTAAACTGTTCTGATGTTGTTTCTTAATTCATTAAACATGAAACTAGGTTTTACAAACTAAATTATATA 4561 AAGACAGAAGTCTAAAAATGGTACCAGAAAATTTTTTTTTAAAAAATTAATGTGTTATTCAAATATCCAGCAATTAAAGA 4641 CTCATGAGAAAAACAGAATAGCATATTAGATGTAACAGTTTAAAATGGATTGCAAATCAATGTCAGACTTAAATAGAAAA 4721 TATTTATTATCACCTCATTTCTACCAATAATTTCAGATGTTTAATGGGACTTTGAAAAGATAGGAAAAAATAGAAATGAA 4801 AATTTATCTCACCTTTAATACTGTGAATACTATTTGGAGGGTCCCTGGTCAGACATTTAAATATCAAACTTAAGAACTGA 4881 CATGGAGCCTTTGATTAGTTTATATACAGGATCTGAATATTTACACACATAGCACACTATAGCAACCTCTTGTAAAAAAT 4961 CATGAAGATAGAATTCAACAGTGTATATTCTATTAAAAAGTAAATTGGCTGGGTGTGGTGGCTCATGCATGTAATCCCAG 5041 CACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAAGAGTTTGAGACCAGCCTAGGTGACAAAGTGAGACCCCATC 5121 TCTACAAAAAAATTAAAAAATTATCCAGATGTGGTGGTGTTTGCCTGCGGTCCTAGCTACACAGGAAGTTGAGGCAGGAG 5201 GATTGCTTGAGTGCAAGAGTTTGAGGCTGCAGAGAGCCAAGATTGCACCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGA 5281 CCCTGTCTCAAAAAATAAAGGAAATTGGCTTTGACTATGAAAAACAGCCATTTTCAACCTTTTTATAAAACCTCTTCAGG 5361 GAATATTGGAATATTATTTTTGTCAGGCAAAAATAATCCAGGGCTTGAGCATTGCTGTAGAATATGTTATCTGTTCAAAA 5441 CTTAGCAGAGCACGCATGCATCACATGCATTGTCATCAGTATTTGAGAGCTGAACCAATGGTTTTTGATGGTTGCCGTAA 5521 CAGAAGATCTGTGAAGAGGATGGTGGTTTGCACCTGTTCCTGAAGTCAAACTGGAAAAGGTTGCAGGTATTTCAATTTTC 5601 TCAATCATTTTGCATAAATGTATTAATATTTTGAGTAGTAATAGTTCTAAACCTGCAGGAAGGCATCATTGTATACTGTG 5681 GTATGTAGAGAATACTACTCTTACACTGCTCTTTATCTTAAAATGTTTTGGTATACTGTGAATATTTTCCTCTAAGTATT 5761 TGGTGTATTTTGACAGTTATTAAAGGAGAATATAAAATTAAAGATTCTGGTCTAAACTAAGAATAATGGAAAGTTGCTTC 5841 GTCCTGCCTTAGAGGAGTTTTCAGTTCATCCTCTTCTTGAGAAACTATGTGTTGCTGTTACTAAATAAACATTTACTCAA 5921 TAAACGTTTTATTTCCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084069. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_SigmaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084064 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000398675.3 | 3UTR | AAGAGAUAAUGGAUUUGGAAGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084069 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000398675.3 | 3UTR | AAUGGAUUUGGAAGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000398675.3 | 3UTR | AAAAACGUCAGCUUUACUGGGCAUUCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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85 hsa-miR-516b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT077049 | SMARCE1 | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily e, member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT155261 | IFNAR2 | interferon alpha and beta receptor subunit 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT446119 | ASTN1 | astrotactin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447355 | STOM | stomatin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469329 | RGP1 | RGP1 homolog, RAB6A GEF complex partner 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470201 | PSAT1 | phosphoserine aminotransferase 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT475944 | GXYLT1 | glucoside xylosyltransferase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT498268 | KIAA1644 | KIAA1644 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501725 | OVOL1 | ovo like transcriptional repressor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522860 | KIAA1551 | KIAA1551 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527900 | B3GALT5 | beta-1,3-galactosyltransferase 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT528557 | DNAAF3 | dynein axonemal assembly factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531250 | peptide deformylase, mitochondrial | 2 | 2 | |||||||||
MIRT534410 | SENP1 | SUMO1/sentrin specific peptidase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544656 | MED19 | mediator complex subunit 19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT550681 | YARS | tyrosyl-tRNA synthetase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557208 | HNRNPF | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F | 2 | 4 | ||||||||
MIRT611532 | DDB1 | damage specific DNA binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612087 | TIMM10 | translocase of inner mitochondrial membrane 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616535 | PARD6B | par-6 family cell polarity regulator beta | 2 | 4 | ||||||||
MIRT616738 | DCTN5 | dynactin subunit 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616754 | SVOP | SV2 related protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT617380 | FAM227A | family with sequence similarity 227 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617624 | RAB3IP | RAB3A interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620778 | MT1A | metallothionein 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623172 | NAA50 | N(alpha)-acetyltransferase 50, NatE catalytic subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626034 | AREL1 | apoptosis resistant E3 ubiquitin protein ligase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627376 | PRICKLE4 | prickle planar cell polarity protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630533 | AGO3 | argonaute 3, RISC catalytic component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631686 | NQO2 | N-ribosyldihydronicotinamide:quinone reductase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT633896 | FGF10 | fibroblast growth factor 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635933 | PLA2G12A | phospholipase A2 group XIIA | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636275 | RFFL | ring finger and FYVE like domain containing E3 ubiquitin protein ligase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636285 | RAD51L3-RFFL | RAD51L3-RFFL readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636502 | GDAP1L1 | ganglioside induced differentiation associated protein 1 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638037 | SHPK | sedoheptulokinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639162 | LAMTOR3 | late endosomal/lysosomal adaptor, MAPK and MTOR activator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639571 | GORASP1 | golgi reassembly stacking protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641248 | CENPN | centromere protein N | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643650 | MYOCD | myocardin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645490 | TRIM63 | tripartite motif containing 63 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648016 | SLCO4C1 | solute carrier organic anion transporter family member 4C1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648102 | LRRFIP1 | LRR binding FLII interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648729 | HIST1H2BD | histone cluster 1 H2B family member d | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650177 | LILRA2 | leukocyte immunoglobulin like receptor A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652787 | TCEANC2 | transcription elongation factor A N-terminal and central domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653248 | SORD | sorbitol dehydrogenase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654859 | PPM1F | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655533 | PAG1 | phosphoprotein membrane anchor with glycosphingolipid microdomains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656390 | MCU | mitochondrial calcium uniporter | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656881 | KIF1C | kinesin family member 1C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657083 | JMY | junction mediating and regulatory protein, p53 cofactor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657629 | GPX8 | glutathione peroxidase 8 (putative) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658295 | FAM83F | family with sequence similarity 83 member F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659432 | COL1A1 | collagen type I alpha 1 chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659791 | CBLB | Cbl proto-oncogene B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660153 | BRCC3 | BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660490 | ARRDC3 | arrestin domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||