pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3689d-1 |
Genomic Coordinates | chr9: 134849609 - 134849682 |
Description | Homo sapiens miR-3689d-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
pre-miRNA | hsa-mir-3689d-2 |
Genomic Coordinates | chr9: 134850277 - 134850356 |
Description | Homo sapiens miR-3689d-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3689d | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 2| GGGAGGUGUGAUCUCACACUCG |23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | DNAL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C14orf168, CILD16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | dynein axonemal light chain 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_031427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on DNAL1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of DNAL1 (miRNA target sites are highlighted) |
>DNAL1|NM_031427|3'UTR 1 TGCCACGCTTTCCACTGTGTGTTAACTTATTTAAATGTCATAAGAACAATAGATAAATTTTATATAATTGTCTATTTTAA 81 AGATTCTGTATGGGACAAAAGTTTCTTAAGATAAAACAGATCACTCATTCTCATCTTTTTTTTTCCTTTAACTTATTCAG 161 TGTTTCTCCCCAAAACTGGTAATGCCAACCTTATATATCCTATTTCTCTTTTTAGAAACCACAAATTTTCGATTTTTGTC 241 TTCAGTCTCAGTTACGTACTGTGTAGCCCCATCTACTAAAACAAAACCTTTGTAGACCAGTCATTTTTAATAACAAAGGA 321 ACAAATGTTTTTTTCAGTTTGTTCATTTTTTTTAGGTTAGACATTTTAAAAGATGTACATTTGAAAATTCAGAACATTTT 401 TCCTGAAGGTCTGTCTCTGTACAATTCAGAAGCACATGCCTTTAGCTCAGAAGGCAGCATGGTGATGGGAAGAGTTCCTC 481 TTAGAAATACAGCAGGTCCGGAACCAAGACTCCAAAGTTCCATTGGAAAAGATATGGTGAAAAAAGGAAAAAGTAGTATC 561 TCAGAGACCTTCTAGTCTATATTATACTTATTTGTTTTTCCAAAAATGTGCACATTGTCAACTGGAATTTAGGTTGTTTT 641 TATATGCATGGCCACTTGAGTCATTGTGTACAGTCATTCTGTGATCTCAGTTAGTGGTTAAAATGACTGTCATGATCATT 721 TCTTTGACTGATAATGTGGCAATGTTACTCATGTGGACCTCGCCTTAAGCACACATTTTGGTTTTATAGTTCCTTATGTG 801 TTTAAAGCATTAGTTATATTTGAATTCCTAGACTAAATGCTGGCCATTGATGTATGTCAAAATTTACCCTAATTATTTGG 881 TCTGGTGACCCTCATTGTTGGGAAAAGTGACTACCATGGTTATAAGTAAGGGTATAATGAAACTTAGTATTTCAAAATAT 961 ATTTTTTGAGAAGTTCTAAGTTAAACAGCTCTTAAAATGTATTATGTACGTGGTTGTGGAGGGAAGGGAGATGTTTCATT 1041 ATGAGATCCCAGGCAAATGGCAATATGTTTGAGGATTGTCTCCTACATAAAGCAGTGTAGGTGATTTAACCTCAAAATTG 1121 CAAAGCAATAGTTAGATGCAGAGGTTAGAATTTATCATGTAAACAAAAAATCCTTCAGGAAAATGTAAGACATTGTAGTC 1201 AGTAAGCAGATGAGGTCATAGGAGGCCATGGCTGGATCACTATTAGATTGCAGAAAAGAAGTCAGGGGCCCTCTGCCAAA 1281 TTGTGCCTAAAGTCCCTCAGAGACTGTTGATTCTGGTTTCCCCATCTACTTGTGTGATTTTACTTGCATAAAATCACAGT 1361 GAAAGAGGGAAGAATCATCTTTAAAAAGTGATTGCATAAGTAGTCCTGGGTTTCAGAAGATTTCAGCTATCATTTACATA 1441 GGAATTACTTGATTTTTCTAAGTTACTCTGATCAAAAGGGACCACTGCTTTGACAATCAACTCTAAATACAAACAAGAGG 1521 CCAGGCGTGGTGGCTCATGCCTGTCATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCATCTGAGATCAGGAGTTCAA 1601 GACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGTCCTGGTGGTGGGCGCCTGTA 1681 GTCCCAACTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCATTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCC 1761 ATTGCACTCCAGCCTGGGCAATAGAGCGAGACTCCATATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGGAAAACTTGGTCTA 1841 ACACCCTTTTAGTTTTCTTTTCTCTCTTCTTTTCAATCTGATAGGAAGAAACCTTATTCTACTCTAGCTGGTTTATGCAT 1921 TCAAAGCCTTTGGACATTTCTTTTATGAACCATAGGCAATGAGCCTTCATTCTCCTTGGTGATGTTTTAAGTTCCATAAA 2001 CTGAGAGGGAAGATGATCTTCTTAAAGTTTGCACTTCCTTCAGTAGGCAAGCTTGAAGCCATGTTGATATGGATATGTTT 2081 TCTAAAAGTAACCCTGGAAGTGAATATAATAGGAAGTAAGTGATTTCATATTGAATTTATTTGTAAAATGGCTTAGAGTT 2161 TTGGTGTTTGTTTTTTCTGAATTCTGTAATATAGAAACTGGTTCTCTTTCTCCTTGTTTCTCAATGACTTTTAATTACAG 2241 GTAGTTCTCAGACAAATGTAAGATACTTTTCTCTGTCCATTTCATGCAAAATTCATATTCAGTATCATTCAACAAATCTT 2321 TGAATGACTTCTATGCATCCCTGTTCATGGAACCCATGCCATTAGAAAATGGCAGTTGGGATGTATGAAGAAATGTAGGA 2401 TATTCTCTCAAATCATTCCCTAAATTATCCTTTACTGCTGCAAATTTAGCTGATAAAACTGCCTTTGGTTTATGCCTCTT 2481 GGATCAGATATTTGACCTATGTGGAATAGATTATCTCTGTGCTTCCGGTTTAAGACATTACGCCATTTTAGTGGATCATT 2561 TAAATTTTTTCTATTCTGTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAAACAGAGTCTCACTCCCGAGTAGCTGGGACC 2641 ACAGGCACGTGCCATCATGCCTGGCCTATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTTGTCT 2721 TGAACTCCTAACTTCAGATGACCTGCCCACATCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGC 2801 CAAATTTCTTCTATTCTTGTAAGTGATGGTAAAACTCTGGAATCAGTCCAGTATTTTAGTTTTTCACAGCAAATTTGATT 2881 TTAGTCTACCAAGGAGTTTAACTTTTCTATGTTCCCTAACTCTAAGATTAGGGCTGTATTACCTAGACAGGCCTTAAAAG 2961 GTTTTTGTGTTGTTCTCTGTTAATAAGAATTTGTTCCTTTAAACCAGAGGATCAACCTTGGAACTATTAACATTTTGGGA 3041 TTGATAATTCATTGTTGTTGGGGGCTGTCCTGTGTGCTTAGGATGTTCAGCTGCAGCCCTGGCCTCTACCCACTAGATTC 3121 CAGTAGACCCCCTCCTCAGCCATGACAACAAAGATATCTCCAGACATTGCCATCTGTCCCTTGGGTAGGAGGGTGGGAAC 3201 AAATTCTCCCTTAGTTGTACTTTTTATACCAACATCACTTGTGTCCAGGGTCCATTTATTTTCAGTCTGTAGCCATGTGC 3281 CACTTGAATTGTTATATGAGAGAAGGTGATGTATTCAGTAATCATGGATGGAAAGAAATGGTCACTGGTATTTTTTGTAA 3361 TGCTCATTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTACCTAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCAGCTCACT 3441 GCAACCTCCGTCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTTCTGCCTCCGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACGCGCCACCAT 3521 GCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGACGGCGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCGTG 3601 ATCCGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACGTGAGCCACTGCGACTGGCTTAATGCTCATTTTCATAAT 3681 TTTCATGTAATATTAGAAACTCAGGGCTGGAAGGTTCAACTTCTCTTTTTTGAAGCAGGGTCTCAACTTTTATTTCTAAG 3761 CATTCTTGCTTATCTTAGGACAGTGATTATTAACCTACCTCTCTGTTTCTATCAACAGAAGCCAACTTTATGATAGATTT 3841 TGCTTTGTCTCTAAAGTTTAATATTTTGAGTGTACTTTAGAAAATAGGTCATCATTCTTTAAGCGTCATTCATTGTCTAA 3921 TCACATAATTTTGCAGACCATGGCAGTCATTAAATACAGAAAAATACTGTGTAAAATTTGATAATCTTGTAGGAAAGTTA 4001 GCTGATGTAGACATCAATTTTGGATGTGATCAGAAGAATGTCTGCTTAAGATAACTGGTCAATAACTTGGTATGGCTACT 4081 GGATTCATTCCACATATGGTAGTATAAGGCACTTAAATGTGTTTCCTGATTGGGCACTGTGGCTCATGCCTGTAATCCCA 4161 GCACTTTGGGAGGCCGTGGTGGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGGCCAGCCTGGCCAACGTGGTGAAACCCCAT 4241 GTCTACCAAAAATATAAAAAGATAGCCGGGCGTGGTGGCGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGA 4321 GAATTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGCTTCAGTGAGCCGAAATAGTGTGACTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTAAG 4401 TCTCCGTCTCAAAAAGAAAAAAAAAAATGTGGTTCTTTTGTGGAAAGAGGAATTTGAACTTGAATAAACACTTCTTTTGA 4481 CACCTTTTACCAGTGGTCTGAAGCAGAATAAGGAAGAATAAGAAATGAATCTTGACTGTTGACTTATTCTGAGAATTGGT 4561 GATGTGTAAAGAGAGTTGGAATCTTCTACCTGGGTTTTTCTCAGGGCTAAATGGAAAAGCACAGGGCCCAGAAAGGTTGG 4641 AGTTAATCATTCACTTAAAAGCATTAGGAGGAAGTGTCAAAGCATCAGTCATGAATAGATTATGTCTCTCTGACTACAGT 4721 CAGACCATCAATTCACTAAGACCTTATACTCTGTAAGTGTTGGTAAAGGAAGAAAACTGCTAAATTGCATGTTACCCTTT 4801 ACTAGAAATTCATTCCTTTGGCACAGATTTTATTTATTTGGGGCTGTTTAATGTGTCTGTAAATCATGAAATATAAAAGC 4881 AAGATTCAGTGTAGCAGAGTTGGTGCTTCTTCTGACAAGCTAACTTGACCATATTTCTTTATCTGTGCTCTAACATGTGT 4961 CATATTGTTTTCTTTTTGTAAACCATAAAATGGGTGAACTTCCAAAAATCAAGGGTCATGTTTTAAAATCATGGAACTTT 5041 TAGAAATACCATATCTGTATCTCTATTCCTGCATTTTATAAATCTGTAAAGGAAGAAAACTGAAAGGAAGAACTAGACTG 5121 AGTCTTACCTTTCTCTGACCTAAGATAAACTGATAAAACTTTTTACTTGATATTTGGAGAAGTCATTAACTGGATTCTAG 5201 TTAATTTCCCATATTGGGCAGTTTAGAGGAGACCCAGCCAACCAAATTATGATCTAGCAAATTTAACATAGGGGAAGAGG 5281 GATAGTAAACTATTTTTCAGTAGATTTGCACTTTAAACTTAGGAACTGGATGTTGGTGGAAAGGACTTCCATAGGGCAGA 5361 TGGGTAAATATCTAGCCTGCACTTGGATGTTAGAGAATCAAACCTCACCCTTGCTCGTTCTAAACCCACATGAGTAGTTA 5441 ACTGTCTTTTGACATAATCAGAGTCAGGATTTCCCTTTTTCCCTACTTGAGTCGTCTTCCATGTCTGTTACATCCAAGAT 5521 CATCCCTCTGGGGGATGTGTCAAGTAGTTCTCCTACTCAGAATAGAAGCTTTGCGAATTATCATTCCCACCTCTAGATTT 5601 TAAATGAATGTAGAGTTGTCTAACATTATATGGGTGGGAGGCTCTTTGCCTCTGTGATCAGTAGGGTACCTGCCTCTGAG 5681 GTGCTACTGCCTGGAGGGATCACTCCCATCAAAAGACTGGTGAGTTGGAAGCTAAGAGCACATGCGCATAGCCAGCTCCT 5761 CTCCCAGGCTGGCAGTCATGATTACGAGCATCATTCCAGAATCTTTGGCTTCTAGAACCAACTCCATTCTGAAGAACATT 5841 TTAACATCTATGAATACCTTGGTAATAATCTTTTATACACAGGAGTTTTGTAGCATGACTTTATGACTAAACTTATTGTG 5921 AATTAAGTTATTTAGAAATGTTGAGTTTCTGAATGTTATTTTGTGATTTGTTTCAAAATGGTAATAAATTGTGTTATTTT 6001 GTAAAAAAAAAAAAAAGTATATTTTTGGTACATGATTATTAGTTTTAGCTAATATAGAGCAATTATATAAACTTCTAGTG 6081 ATATTCAGTCCAAAGAAATTCAGCCTTTGGATAACATGTACCATGCAGTTTGTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 6161 GTGCACGTGCATGAGAGAGAGTGAAAGAGAGAGGTGTTTTTTGTTTTGTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTTGCC 6241 CAGGCTGGAGTGCACTGGCACAATCTCGGCTTACTGCAACCTCCACCTCCCGTGTTCAAGCGAGTCTCCTGCCTCAGCCT 6321 CCCGAGTACTGGGACTACAGGCGCACACCACCATGCTTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGAAGTTTCACCATG 6401 CTGGCCAGGTTGGTCTCGAACTCTTGACCTCGTGATCTGCCCGCCACAGCCTCCCAAAGAGCTAGGATTACAGGCACGAG 6481 CCACCGCGCACGGCCAGAGGCATTCATTTCTTTAGCTAAGTTTTTTTTTCTTAGTAGGTTTTTTTCTCCCAGGCTTGTAA 6561 CTCTTCCCCAGTTCTTTGGGCACTATTTCAAATTATTAGGCTTCTGGAAAGAGTGCTTCCAGGGACAGCAAGTTACTACT 6641 GCACTTGACCATTCCTAGTCCTCACCTGATTACCAGAAGGTACGCAAGGTAAAAGTTAGCTGATAGGCCCTGAATTGAGA 6721 AAAAGGAATCACCAAGCAATATCCGTAACATTACACATTTTGCCAGCACATTTTCTATGCTATCAGCTAAAACGTAATTT 6801 TGGTCACAAAATAGGGCTGTAGTGTAGTTTCTACTTCTTATTCCAGTTGTTTGATTATGAGGATACATTTCTTGCTGCTG 6881 TCCTCCACTAAACAGCAGACAAATTGCCAGGTGTGCTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGTGCTTTGGGAGGCCAAGGCAGG 6961 AGTTTGAGACCAGCCTAGGCAACATCGTGAGACCCCATCTCTACAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAATTAGTTGGGCAT 7041 GGCAATGCCGCCTGTGGTCCTAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGATTGCTTGAACCCAGAAGTTTGAGGTTACAGTGAG 7121 CTATGATCATGTCACTGCAAGACCCTGTCCCTAAAAAAAGGAAAAACAAATAGAAGACAAATTTCAATTTCTGAGTTTAT 7201 ACAAAGAAAGCCTTAATTCAGATCATAAATATCCCATTGTTATTTTTAGTTCATTGTTTCCTAGAACAAAGGATGGACAT 7281 TTAGGATCCTCACATTGATTTATGTCATATATATGTATTGCATTGAATATATATATACGCATGTAGATACATACAATTGT 7361 TATATATAATTAAAAGTCAGAATCTTAGGTGATAACTGTCAGACCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCGCATCCCCTGTGA 7441 CTTGCACGTATACATCCAGATGGCCTGAAGTAACTGAAGATCCACAAAAGAAGTAAAAATAGCCTTAACTGATGACATTC 7521 CACCATTGTGATTTGTTCCTGCCCCACCCTAACTGATCAATGTACTTTGTAATCTCCCCCACCCTTAAGAAGGTTCTTTT 7601 TAATTCTCCCCACCCTTGAGAATGTACTTTGTGAGCTCCACCCACTGTCTGCAAAACATTGCTCTTAACTTCAGCGCCTA 7681 TCCCAAAACCTATAAGAACTGATGATAATCCACCACCCTTTGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGG 7761 TGAAATAAACAGCCATGTTACTCACAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | Prostate Tissue |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in SRX1760631. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-22RV1_B
PAR-CLIP data was present in SRX1760638. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-PC3-miR148
... - Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al., 2016, Neoplasia (New York, N.Y.). |
Article |
- Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al. - Neoplasia (New York, N.Y.), 2016
MicroRNA (miRNA) deregulation in prostate cancer (PCa) contributes to PCa initiation and metastatic progression. To comprehensively define the cancer-associated changes in miRNA targeting and function in commonly studied models of PCa, we performed photoactivatable ribonucleoside-enhanced cross-linking immunoprecipitation of the Argonaute protein in a panel of PCa cell lines modeling different stages of PCa progression. Using this comprehensive catalogue of miRNA targets, we analyzed miRNA targeting on known drivers of PCa and examined tissue-specific and stage-specific pathway targeting by miRNAs. We found that androgen receptor is the most frequently targeted PCa oncogene and that miR-148a targets the largest number of known PCa drivers. Globally, tissue-specific and stage-specific changes in miRNA targeting are driven by homeostatic response to active oncogenic pathways. Our findings indicate that, even in advanced PCa, the miRNA pool adapts to regulate continuing alterations in the cancer genome to balance oncogenic molecular changes. These findings are important because they are the first to globally characterize miRNA changes in PCa and demonstrate how the miRNA target spectrum responds to staged tumorigenesis.
LinkOut: [PMID: 27292025]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000553645.2 | 3UTR | CAAUCUCGGCUUACUGCAACC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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231 hsa-miR-3689d Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT059166 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT080699 | KIAA1468 | KIAA1468 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT218770 | CDKN1A | cyclin dependent kinase inhibitor 1A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT278059 | KHNYN | KH and NYN domain containing | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT345933 | EIF4A1 | eukaryotic translation initiation factor 4A1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT366238 | VMA21 | VMA21, vacuolar ATPase assembly factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT449689 | CNNM2 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT451149 | C19orf53 | chromosome 19 open reading frame 53 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451266 | NDUFA11 | NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451375 | C19orf43 | telomerase RNA component interacting RNase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451570 | CIAPIN1 | cytokine induced apoptosis inhibitor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451585 | HIRIP3 | HIRA interacting protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451614 | MEIS3P1 | Meis homeobox 3 pseudogene 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT451763 | ZNF611 | zinc finger protein 611 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT452383 | LY6E | lymphocyte antigen 6 family member E | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT452573 | ZFP69B | ZFP69 zinc finger protein B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452735 | PTGES3L | prostaglandin E synthase 3 like | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT452867 | LAX1 | lymphocyte transmembrane adaptor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452975 | CABP4 | calcium binding protein 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453215 | CERS1 | ceramide synthase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453259 | PARP11 | poly(ADP-ribose) polymerase family member 11 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453449 | GLG1 | golgi glycoprotein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453479 | PITPNM3 | PITPNM family member 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453663 | CD207 | CD207 molecule | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT453724 | RAP1GDS1 | Rap1 GTPase-GDP dissociation stimulator 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453760 | RANGAP1 | Ran GTPase activating protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454181 | AP1S3 | adaptor related protein complex 1 sigma 3 subunit | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT454330 | PPARA | peroxisome proliferator activated receptor alpha | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454338 | CDKL1 | cyclin dependent kinase like 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454427 | GTF2F1 | general transcription factor IIF subunit 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454665 | FBXL18 | F-box and leucine rich repeat protein 18 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454825 | POLR2J3 | RNA polymerase II subunit J3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455130 | TBC1D25 | TBC1 domain family member 25 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455166 | SUV39H1 | suppressor of variegation 3-9 homolog 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455416 | RXRB | retinoid X receptor beta |