pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6868 |
Genomic Coordinates | chr17: 76098019 - 76098076 |
Description | Homo sapiens miR-6868 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6868-3p | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 38| UUCCUUCUGUUGUCUGUGCAG |58 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | DDX6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | HLR2, P54, RCK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | DEAD-box helicase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_004397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on DDX6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of DDX6 (miRNA target sites are highlighted) |
>DDX6|NM_004397|3'UTR 1 CAAGCATGCTTTGACAAATTACAAAAGGCTCGTTTGGATCTGTGACACATCGTTTTGGGGGGAATGCTCCTCTCTTTGTG 81 GGTTTTTCATCTTTTATTTTGGAACTATGAAGACTTAAAAGAGCTCAGACATTTTCTTTTTTTAACTGGTGAAGAGAAAA 161 AGGCTGAAAAGAAGGAATATACCTTTTTTGTTCCACTTGTTTGCACTGTGTGCTGACTGAACATTAGTTGCACTAACTGC 241 TGGTTTTTAAAAAATGTTTTCTGGGGAAAGGGGACAAGGAAGGAAAAGAAAGAAGAGAAGGGGAGAAACCCTAAAAAGAG 321 AAGAATCTTAATGAACACACAAGCTTGTCAATGATTTCAAAATTCTCCAACAGCTGACTCTCGTGCATTTCAACTTCTCC 401 CTGATTCCTCATCCGTTTTTTAAGCCTGAAGAGCTTATTACTTATTTGTGCGAAGTGCCTTATGCTATGAGACCATTCAG 481 AATATCATCTTTTAGACACAGCCCGAGGAATCAACAATAGTAACTCTTTCTTTCCGTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTAAAA 561 AATGTCTTCTTATTTTGGTTTCAGGTTGAAGTCTCTTCCCTTTCTACCCAGTACTCGAGCCCAGGGCTAGAAGTTGAAAC 641 TCACTAGTAATGTTAAACACCATTTTTTTTTTCTTTTTGGGGAGGAGTTGATATGCAACTGCAGTTCATCCGCACTGTAA 721 ATACATGTATTTAAAAAAACAATCCCAAGTAAAAATTTCTTCTGGGCTGAGTAGATAAAAAACATCATCGCTCCCAAAGG 801 AAAGAGCAGTCTATCATTGCAGGAGCCATATGACAAGCCTTTGTGCTCTATAGCAGACACTAAAGACTGGGTTACATATG 881 CCTCCAGTAGTAGTATGGCACTTGATGTGTAGACATGTCAGAGCCTTGGCCCTCTTTCCTCTGTGGCAAAGCGTGTCCCA 961 TAGAAAATTGGGTGTGTATACTTGTATAACTTTGTAAATAAGTTTTTTTTCTGGGTTCATATATATATATATATATACAT 1041 ATATATATATTTTTTTTTGGATGAAGGTTGCTGGGATTAAGGGGATTAGAGTGATTATGGGAGCAGCTAAAGATGAGAGG 1121 GGCTCAGTTTTACGCAACACTAAATTCTAGAAAGTACTTTGGCCTCGTGCTGTAGAGAGCAGATTTCTATGGTACCCTGT 1201 GTTAGTAAAGGGGCCCAGAAATCTGGGATGTACTGTTTGCTGCCACACTGTCTCATCTAGTACCTTTGGAGTAGGTTTAC 1281 CAGAGAGAGCAAGGAAGCTTCAAAACATTGATAATTCAACATTTATTTTGAGAAGCTCTGATTTTGCTTCTTCCCCCTTT 1361 CTAAAAGTTTGAGGAATATTTCAAGCTCTGCAACAGGGGGCAAAGATTAATCTACCTTGCAGTGTAGGAATTCTATTGAG 1441 TGGCAGTGTCATTGAGCAGTATATATATAAAGCACAGATTTGCATTTCAGAATATTAGCCAGTACCAGCTTTGGTAATGT 1521 TAGCAGTTCTGGAGCTTAATTTTCTGTGGATCATTTCCTGTAGTGTGTAAATGTGTTGCCCTCTGCCCGCTTTGATACAT 1601 AAACTTTTGCAGGAATGGGCAACCTGAGAGCTGTTAACTTTCATGCTACAGAAAGCTGCTTGCCATTCTCTTGCATTGTG 1681 ACAAGAATTGTTACCTGTCATTTTGCACTGTAAATTGCTGGCAGATGCTTTACAGTCAATAGTGTTGCTTTAAATTGTGC 1761 CCCTCCCAACATGCTTGATGTTTGGCCTGATCTCCAGGCAAAAGGAGTGAGATGAATCAAAACCAGTGAACTTTTTTTTT 1841 TAATGTTTTTAATTCCCTTTTAACCCAGTGTACTAGGTCAATCAGGAGGCATCTGGAAAGGGGGGGAAAAAAGCAAAAAA 1921 CAAAATTAAAAAAAATTGATTTCCATATTTTATTTTTCAAAACCCTAAAATATTACAAAATAAGTCCCGCATATACTTTA 2001 ATGTTTTAACTCTTTTGGACAAAGGAATCAATTACTTGAAGTTGCTTTTTTGACTCTGCCTACTTCTGAGCAAACTATTT 2081 GCGACTCACCCACAATTCCTTGGAGATCAAAATCCTACAGATGCCTCCTGATGGGACATAGCCCTAACTCCTTAACAACT 2161 GTAGCAAGAACTGCACGGTACAAACCCAAAAAAGAACAAGCTCATCTATTTGGAACCCAAGCCTCATATTTTCTGTCCAG 2241 TCAATGTTGGTTACTAAATAGAAAACCTAATTAAGGAAGTAACTTTTTTCCAGGGAGGGGTGGGAGAGGGAATTTAAAAG 2321 GTGTCAACTTTTGACCAAAAAAATTGTGCCCTTGTACCGATGCAGCTCTCTTTCTCCCCCACCTCTTGCGAGATAAGAGG 2401 GATCATTCATGTAGAAGAAAAGAGTATAAATGCAATTCTGTATCTCGCTAGAGAACGTGTGGGTGACTAAACAAAAAGTG 2481 CAGTCTCCTTCACCAACTTTAGACTGCGTGGTGCCACATGCCTGTGGGTCCCTCTTAAAGCACAGACTTAAAATGGAAAG 2561 TATTACTGAAGTATAGCCTCTAATGAGGAGTGGCACTTAAACTATCTGGGACACCACTACTGGACACGGTCTTGTAGAGG 2641 CAGCTGTCCAGTTTTGGTGCTTGACTCTTGAATAGGAATTGTTAAATGGAAAGATGCTCTGAGGACTAGGTCAAAGCCTG 2721 GTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTGGGCCCTCATAATAAGCATTGTTACTATTGGAAGTTGTTTTCA 2801 CATTCTTTCCAATATTAAATATGTATTTTTTTAAGTAATGATAATATTTTCCAGTGGCTCATTTGGATGAGAACTACCCT 2881 CTATTTTTAATATTAAAACTACATCCAACTCATCATTTAGCCTTTGGTTGTACAGTTGTGTAATGGGCTATGGACTGTTA 2961 CACACCTTACCACCTCTAGGCCTATGTTTTTTCTTTCCCCATATATTCTGATGGGGATAAATACTGTTTTGCCTCTCCCA 3041 TAGGAATGGAATACATTTATTCTAAAATGATCTTTCACAGAAGTAAGAGAGAGGGAAACCTAAATATACCTCTAAATTGT 3121 TTGAAGTTGGTCCCAGCAGCATAAAATGGGTTGGCCCCAAAGGGTTGGAGGGTGGGCTTGGTTATCAGTATTTGTTTTCA 3201 GAATGAGATGGGAGCATCTTTCCTTTGCCACGTGCTTTGTGCTTGATAACATCATGCTTGGTTCAAACGACAACTCAGCA 3281 CAAAGCCTTGAGTATAAATTGTTGGAATCAAAACATCTCATTCTGATGACGTGGTTTAATTTTTTAATTTTTTTTTTTAA 3361 TAGGGGTGGGAGGGAGGGTACTTTGCCCCAGAAGGGAGGGTGTCTGCACTAAGGATTTAGAAACACTTTGGAAGCTCATA 3441 ACCTCATCAGAAACTGCCTTTAGCCACACTCCTGACCTTCTAGATGAGTAACAAAAAAATGAAATAAGTTCTTGGAAATT 3521 AAGCCATTTATTTTAATTTGCTATTTTTTTCAATGTTCTAGGTATCTTTAAATTTGTTATTGTGGAATCATTTTCCTGCC 3601 AGATACCTTTATCAAAATTATTGGCCTCATGAGAGCTGAAGTAAGTCAGCTTTTTGGTGAACTTTAGTGGACTTCTGTGA 3681 GATTGTAGTTGTACTTTGTATCTCTAAATCTAAAGATAGTTTTTTAAAACTCCCAAAGAAAATCTGCTCTCCTTTCTGAT 3761 CTAAAAACTCATCTTTGGGGTAAAGAGTTAAGTGTCCAAAGGTTGTCACAGTTCATGAGGTCAGAGGGAGCTAGCCTGGC 3841 ACCTGGACTCTGCCCATCCACAGCTGACAGATTCCAACAGAAGTGTATTTAAATTCTCCAGTAGACAATGCTGGGTAAGG 3921 GAGGGGGTAGGGCTGGGTTATTAAGATACAGGCTGCTGTATTTTACATTGGTTGTGTGGGAAGGGGAGCCTGGAGAAAAC 4001 AAAGTCACTATTCCCTTTTTTGAAACAGGAAAAAAAATTATTTTTTGTTCAGTAAAAATGGTAGAGAATTCCAATGTCCC 4081 TAGCCACAAGGGACCAGTTCCACTGAGAAGTGAACAGTGGGAACTCAAAATTTCAGAAACATTGGGGGAAGGGAAAATTG 4161 GCTTTCTCTTAATTGGCAGATGTTCCAGTGGGGGGGGGGGGGGCTCTGTTTTTGTTGGGATGTGTTATGTTGTATGTACG 4241 CATATATGGACCGGAGTCTGCTGAGTTTATAAGGTTCCAAAAATATGGTAAAATCTTGGTTTTTGTTAATTTATCTCAAT 4321 AAAAGCCCACTGGAACTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000264018.4 | 3UTR | AAUAUACCUUUUUUGUUCCACUUGUUUGCACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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178 hsa-miR-6868-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT107800 | SLC1A1 | solute carrier family 1 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT164443 | CPEB2 | cytoplasmic polyadenylation element binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT180168 | NOTCH2 | notch 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT363961 | IMPAD1 | inositol monophosphatase domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445561 | POFUT1 | protein O-fucosyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468817 | RSRC2 | arginine and serine rich coiled-coil 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT475452 | HSPA8 | heat shock protein family A (Hsp70) member 8 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT478206 | DDX6 | DEAD-box helicase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT506235 | PEX13 | peroxisomal biogenesis factor 13 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT507651 | CREBRF | CREB3 regulatory factor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT509448 | CAPRIN1 | cell cycle associated protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT520196 | WASL | Wiskott-Aldrich syndrome like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT521020 | SLC38A1 | solute carrier family 38 member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT526334 | SH3TC2 | SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527175 | LRRTM4 | leucine rich repeat transmembrane neuronal 4 |