pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4752 |
Genomic Coordinates | chr19: 54282109 - 54282180 |
Description | Homo sapiens miR-4752 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4752 | |||||||||||||||
Sequence | 10| UUGUGGAUCUCAAGGAUGUGCU |31 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | CREBRF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C5orf41, LRF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | CREB3 regulatory factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_153607 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001168394 , NM_001168393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CREBRF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CREBRF (miRNA target sites are highlighted) |
>CREBRF|NM_153607|3'UTR 1 TCAGCCTCATTGGACCACTGGTCAGAAATGTCTGCGTTTTGTCACGTTATCCATTGTAAATTTTCATTCTGTTTTGCATG 81 TCAGTTAGCATTATGTAAACATTTACAATTAGGTTACATTGTTTTAAGAACTAAGTAGCATAAGTGAAGCATGATCCAAA 161 ATACTTGATTATTGCATTTTCAGAGCATAAACCATGATTAAAACTGCTACTGGCATCAGAATTGAAAATCATATGTTTAA 241 GTAAATGTTAGGTACAGATTACAAAAATCTGTTAAAGCAAAACATTTTGGAGGAGTGAAATAGTAAAATGCCAAGTATTG 321 TGGCAGATTTATGCTCTGAACCACACAAAAAAATTGAGGAAGCATTTTTTTAAACAGTCGGTTTAAATTGTTTTTAGAAT 401 TATTGCTTTTTGTTCTAATTTTCCACAACCATTAATCTCACTTGTATATGGCACACCCAGCACTTGTGCCTGTGGGCCAT 481 ATTAGATGTTCATTGTCAGAGCTCAAGATGATATATATAAATATATATATATATATATATATATACACACACACACACAA 561 ATGTCTGTGCAAGTAAGAAAAAAAAAGCATATTCTTTGTGCCTTGTATTTTGGGGAAACTCTAAAACTGGTAATATTTTG 641 TATGATGAAAACCCTAATGAGAAAAAACAAGATATATAGATGGAAAAATTATGGGGTTTAAATGTTTTTTTGTTCCAACT 721 CTTTTTCAGATTTTTTGAATGTATATAGGACTATGTTGAAATGTAGATATATGCCACAGAGTCTGTGTATTGTATAAAAA 801 ACAAAACAAAAAACAACAAAAAAAAGATGGCTCTAGAAAACTCATATTTCGGTACTTGACCGGAAGAAGACAAATACTTG 881 CACATTATTGCGATTGTTTTATTTTTTGTACCAAAGACAAATGCAACTGATATGGCAAACTGCCAGTCTAAGTAAAGTTT 961 TGCACAGCTTACATGATACTGTATGAATGTATGAAAAAAAAGGAGAAAAAAAAGAAAAAAAAAGGTCAGGGTTAGGGATC 1041 TTACTGAACTGTGAATTTTATTTCTGTTTGGGTCCAATTATCTACAGAAGGAGCATCCATACATACAAATATTATTTTGC 1121 TGTTCCTCTAGTTCGCTTCCATAGTAGATAAGTTGGTGGCCATTTAGATGTCTTTTATTTCTGCACTTATTGTAGGAAAT 1201 TTTAATATATTTCATTTTAGTAAGCTATTGATAAAATAGTTTTTGACTTTGAAAATTAAAATGTTTATTTAGCTTATTGT 1281 AGTATACTTCCACCAGACAACAAAATAGATTATTTTTATTGTATTATGTATATATATATATGTAAAGAAAGAAAAAAGCT 1361 AAAAATATCTAATTCTTTAGTTGCCACTTTTCCGATTGATGTATTATTGTGCATGTAATATTTTCAAAGATCAACACAGG 1441 CTAAAACAAAAACAATTTATAGATTTTTATATTTTTGTACAGGTATTTTCAAACTAGCTTCTTCAAACTTAACATGTGAC 1521 TTATTCTTCTATAGTTTCTAGAATTGAGAAACATTAACACATTTAGTTTTTAGGTGCTCTTTTTTGCTCATATAAAACAG 1601 CTTCATTAGTCAGTGTTTTAACTGTGTTCAAGCTTTACCTCTTGATGAGAAATTTCTTATGTCAAGGCAGCATTATAAAC 1681 CTTCCCCCACAGATTTTTCCATCCTGTCTCTCTTACTGTTTTATTCTCAAATCTTGTGCTTTGAACTCTGAAAACTGGTG 1761 GCTTAAAAACTAAAAAAAGAAAAAAAGCATATTTAGCAAGGAAAAAAATACCAAAAATTTCAGGCATAGCTGCTGGAAAA 1841 ATTATCTATTTCTCCATTACCCACTGTAGGATTTCTTTTTTAATTATACTTTGACTATAAAGTGTCAAAGTATAATTTGT 1921 TCTTTTCTTTTACTTTGTTACCCCATTTGTAAGCTATAGCATATGAAGCTATATATATAGCTTGTGAAGGTTTGATCTAG 2001 AACACCCAGTAACAAATGAACAATGTTGCTTACCTGCTTCTTTGACATCTTAAAAAAGAAATCCAAGGAGGATTGTAAGG 2081 ATTGTCTTACCACCTTAGCTGAACTGTGATGCACAAGATTTTTCTATGTGTTTGGTGGAAATGTACCTGGTTTGTACATT 2161 CACGCTAAACAGATGATAAGCTCAAGTCTGATGGTTTAATAGAATGTAAGTTCATCGTTTAAAGCTTTTCCTTTTTAGGT 2241 TGGAGAAGGCAAAACACAGGCTTGCAAGTTGGAAGTATATGAAGTCTTGACAGAGTGTGTCTGGTAAATTGAAAAGTGTT 2321 TCAAACTATGGCAGTTTTGCAATCAGGTGAAAATCACCTCATGATATTCAGCTGATAAGGTTTATAAAATTGCCCCTTTC 2401 TAGCTGCTCTGTTAGGAATTCTGGTTTTTGATACTTTTTTCCTGTCTGCAAACCAGAATTTGATTTTTTGGTCTTGCATT 2481 TCAAAAAAAAAAAGACTTTGAATCTGTTTAGTAGATTCCATATCTTTGAGTTTCAGTGTTTTATATGTACTACTTAAGTT 2561 AAATAGTTAAAAGCTTTTAAATAGTTGAGCTTTTTAATGTTGACACTTTATTTTGTACCTATTTATATATGTATGTATAT 2641 CTTAGAAAAGCACTTTGTTAAAAAAAAATTGCATTTTATATGATTCCTGCCATTTGCTGCTAAATCTGGGCTGGTCAGAA 2721 TGCTGCAGCGATACTTGATCTATATAAAAACCTGGCAGTAAAATGTAGAGTGAAAGTTAAATCCTCTTGCTGTTTTAACT 2801 TTATCATAAAGATGACATAGGCAAGCTGTGCAGCTTTACATTTTAACCAGGGGACTCTGTGGCATTTAAAACCGTCTAGA 2881 AATGGTTGTACTTTAATGCCAGTAATAATCTGCTTCCTCTATTGTCATTAAAATATATACGTTTAGTGTATCACACAAAC 2961 CAATCTTATAAGGGTAATGTAAAAACCCCAACAATTGTACATGTTCTGTTTTTGAAAATTGTGGCATGTATTTTTGGGTG 3041 AAGATCATTAGAGAAGAGTTCTCTAAAGGTTTTCTGTGTTCATACATGGTATACAGATAGCTCATAATGAAGTCCAGAAT 3121 CTTACTTTTAAGTGAAGGCATTGTGAATTCACCTCAAGTAAACCCATTGTTCCAAAGCAATTATAAACTTTGACTCTAGT 3201 ACTACTATGATTTAAAAAAAAAAAAAACCAACAAAAACCTTTTTTCCTAGTTTCAGATACACTGGATTCTTTATAGAGTT 3281 TGTCTCCATATGAAAGCATGCTGTCCAGTCGCTCTTGTTAAGATCTTGTCTGAGTTTTGAATTGGGTGCCACACTTTTCC 3361 AGTCAATATAATTGCTTGTTCTACTGTACCATGTATGATTCTTGTCCTTTCCTATATCCTTCATGACAGATTATGATGTG 3441 GCTTTATATTGTGCCTTACTTGTACATTTAAAACTAAACGTCTTCATTCCCTTCCACTTCCTACATCTTTAACTTTGACC 3521 TTTTTGGTAAGAGAATCAGAACTATTACAAAAGCATCATGAAGGATTTCAGATGGGTATGGTTTCAAATTCCCTCTCTTT 3601 ATAGTTATTTTATATTTGTATGAAAGACCAGTTTTGGATGGTCTTTGAATATAGGGGGGAAAGATTAGCAGTAATTTCAC 3681 TACATCCCTTTTCTCTGACTTTCATGCATTTCTCATACATCTTCTTTCTGATGCTTGACTTTATTTGCTTCCTAGCAATA 3761 GTCTGCATTTAAAGAAAGGTGTGTTCAATTCATCAGCTTGAAATTGACTATTTCATTTTTCCAGGATTTTTTAGGAGAAG 3841 AGTACCCATTTTGTTTTATAAAAACAGATGACAAGTCTCTTTAAAAGAAACAGAAGTACAGTACTTTTGAAATACAATGC 3921 TGTTAGTTTGGATTTCTTTTTATATATATATATAATATTCATACAATGATCTGATGTTTGCCTTCATTAATAAAGCTGTT 4001 AGTTTATTCACCAAAATGTCAAGAATGGATGTGCTTTTCTTTATTCCACACATTTAAAAAAATTTAGCTGCTAAGATTTA 4081 ATGTTATAAGAAATGAATTCAAGTTGCCTTCAGCAAGAATTAACAAAAACTTATGTTCCCTTTCTTTATATAGTTTCCTA 4161 AAATTCTGTTCAAGTATTTTCTAGTTAATTATGTAACAGAATGTTAGCATCTCTCCATATCTTGAAACTTGAATTTTGAG 4241 AATGCATTGAATTATGCTTTCAGTGTTAAAGTAAAAGGTTTCAATTATCCTTCTAGTGAAGTCTGTTGTGGAATACCATT 4321 TCCCATGGAACTGAGGCCATTTCCACAACTTTGCACAGAACTGCAGTCTTGTTCTTCCCTTGGATCATGACAAATAAGTC 4401 TCACACAGTGCCGTAATACTTGTGGATTCTTTTGTAATCTTTGTAATCTTAATAAGGGCATTATGAGAAGACGACTCCAT 4481 GTTTTTTTAATACTTCAAACACATTGGGATGTAACAATGAATGTCAACTGTAGGAATGGTGGTTTCGTTTTAAGGAATAA 4561 GCATGTTGGGGAAAGATGATGAAAATGTACTACTGAAAGTTATACACTTCCATAGGCAAATGGGATTATGTGTTGAAGCA 4641 TAGTCCTCATGCTTAATAAACTGACTGAAATCGTAGAAATTACACCTAGGAACTGAGCTAGGCCAAATTGCCATTTTTGT 4721 TTAGAGAGTTTTGGAGGTAGTAGTGAGGGGACAGAGCCTTAAAACTACTTCCAAACAGTATTTTGGAATTGAAGACTTGG 4801 TAACTAGTGAAGAACATCAAAGTTGGGTATTTCAATGTGCCAAGTTTGGGTGAACTAGGTTCGGTTTGCCTCTTTCATAA 4881 CAATGTAAACACAATGGTGTAGTTAATTAAATTCTGGGTGGATAGGAGCAGGACTGATTACTATGTCTTGCCCTTCGCCC 4961 TTTGTTTTTTTCAGAACCAAATAACAGAAATGTGTATGTGTGTACTGTATCTGCCTTTCCACCACATTTTTATGACACTG 5041 TATTCCACTGCCTGCTTTTTTACCTTCTTTCCCTAGGATTTGTCCTACAGCTTAGTATTGTGGTTGACAGCGATACTAGG 5121 GCTGACAGCACAGAAGTCACAAGAGAAGAGTGGAAGGGCAAGAATTCAAAGCATTTGTTCATACAATGTGGCAACCTCTT 5201 TTGCATAGTTGCGTAGGATCCTGTTTGTAATGCTATCATAAATATTCTGTAGTTTTTTTTTTTTCTCTCCCAACTGGAGC 5281 TATGACACTTTTTATTGGATTCAGTCTTGTCTCTTGTCTAGAAAGAACTTTATCTTGTTGACGCATGAGCTGTTTAAAAA 5361 TTATCCTATTAAATGTTGGTTAATAGTTGTGCAGTTTTTCATTTCAGATGGAAAGGCAATGCAAATTTTGCCTTTGTTTT 5441 CTGTCACCTTCCAACCCCTGAGCACTTCTAGTCAGATACAGATTCATCAGTGTATGCAACATCCTTTGTAATTTAAAATA 5521 AAAAAAGATGAAAAGAAAACGTT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000540014.1 | 3UTR | UUCUAAUUUUCCACAACCAUUAAUCUCACUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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57 hsa-miR-4752 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT291951 | TPM4 | tropomyosin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT293610 | PVR | poliovirus receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454768 | STOML3 | stomatin like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463215 | ZNF131 | zinc finger protein 131 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464138 | VPS28 | VPS28, ESCRT-I subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469361 | REST | RE1 silencing transcription factor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT470819 | PLXND1 | plexin D1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478874 | CREBRF | CREB3 regulatory factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480240 | C8orf58 | chromosome 8 open reading frame 58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480544 | BZW1 | basic leucine zipper and W2 domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480923 | BCAT1 | branched chain amino acid transaminase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT497342 | RPP25L | ribonuclease P/MRP subunit p25 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498823 | DNTTIP2 | deoxynucleotidyltransferase terminal interacting protein 2 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT498927 | TMEM106B | transmembrane protein 106B | 2 | 8 | ||||||||
MIRT499583 | INTU | inturned planar cell polarity protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT500117 | ZNF106 | zinc finger protein 106 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT500473 | ZC3H11A | zinc finger CCCH-type containing 11A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501907 | MBD4 | methyl-CpG binding domain 4, DNA glycosylase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT519636 | ZNF772 | zinc finger protein 772 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT533402 | TXLNG | taxilin gamma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546181 | TPRG1L | tumor protein p63 regulated 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546486 | SKI | SKI proto-oncogene | 2 | 4 | ||||||||
MIRT549398 | AKAP11 | A-kinase anchoring protein 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT552282 | CBY1 | chibby family member 1, beta catenin antagonist | 2 | 4 | ||||||||
MIRT558980 | CA8 | carbonic anhydrase 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559812 | ZNF83 | zinc finger protein 83 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559923 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560257 | TMEM236 | transmembrane protein 236 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560419 | ANGPTL3 | angiopoietin like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560548 | SIGLEC14 | sialic acid binding Ig like lectin 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560803 | PPIP5K2 | diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560882 | SULT1B1 | sulfotransferase family 1B member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560996 | C8orf37 | chromosome 8 open reading frame 37 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561089 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561192 | LDHD | lactate dehydrogenase D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561834 | NREP | neuronal regeneration related protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561997 | LPP | LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562394 | EIF4E | eukaryotic translation initiation factor 4E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566265 | PTAR1 | protein prenyltransferase alpha subunit repeat containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572724 | NUP188 | nucleoporin 188 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620359 | CD55 | CD55 molecule (Cromer blood group) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623578 | IREB2 | iron responsive element binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627122 | GRN | granulin precursor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640725 | PHF13 | PHD finger protein 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651578 | WDR26 | WD repeat domain 26 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655000 | PLAG1 | PLAG1 zinc finger | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659673 | CD86 | CD86 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667164 | NRXN1 | neurexin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674926 | C1orf116 | chromosome 1 open reading frame 116 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687377 | NT5DC3 | 5'-nucleotidase domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690438 | REPIN1 | replication initiator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695288 | TK1 | thymidine kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699809 | SDHD | succinate dehydrogenase complex subunit D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710100 | HEY2 | hes related family bHLH transcription factor with YRPW motif 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717882 | GBP4 | guanylate binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719957 | SAMD15 | sterile alpha motif domain containing 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725588 | CDH7 | cadherin 7 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||
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