pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3942 |
Genomic Coordinates | chr15: 35372256 - 35372364 |
Description | Homo sapiens miR-3942 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3942-3p | ||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 65| UUUCAGAUAACAGUAUUACAU |85 | ||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | CNOT6L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CCR4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | CCR4-NOT transcription complex subunit 6 like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_144571 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CNOT6L | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CNOT6L (miRNA target sites are highlighted) |
>CNOT6L|NM_144571|3'UTR 1 TGGAGTACTGCCCCGCCAAGACGGGGATCTGTTGCTATGGACCTGTACAGTTGTAAATCAAAGTATGTAGGAGTGAAGTA 81 TGGCCATCCTTAAGCTGCTTCTTCAGGTTTCTTTCATTATGTGTTTGCTGTAAGACTTTGTACATTTTTGTGCATATTGG 161 TATCATTTGGCAGTAGGGCTGGAACCAAAGTATTACTCTCTTTACAAAATTTTAATTTAACATGTTTTTAAATTGGACCT 241 TCTTTATATTGTATTAACAGCCAGCATTCAAAATTGATAAATTACCAATTTGAGGCCCAATAACAGTGTATTTGTTTTTC 321 CAAAACAAATACTTTCTTTTGAATGGTTTCAGTGAGCCAACCATTTTATAAAAGGCAATTTTTAAAAACTATAAATACAG 401 TATTTTAAACTGAATGATGATATGCCTTCCAGGGAAAACCTTGAATTTTTCCTTTATAACTGACTTTTGGATTCCAAAGT 481 CATTTGCACATTAACAGAGTACTTAAATTTACTTGTTCAGTCCATAAACTATGATATAGCCTCTATACATGGTAAGAAAA 561 TTTGAAAAATTAAAGATGGTTGCACAGTATACTTTTATAATCCAGCATGTAACACCACATGACAATTTGTTGGCCAAATG 641 CTGGTTTGGAGTTTTTTTGAGGAATCACTTTGGTTTTTTTGTCCTTTATATATAACCTTATTGGAAGTATTAATTCTAAG 721 CCTGTCTCTCAAGTTTATTTATAGAGAAAAAGTAAGTAATCTGTATTGCCACATACCTTGAAAATAGAATGTGGTATGTT 801 TAGGATGCCCACGGAATGAATTTTTCCTTATTCCAATTCAACCTTCTGTCTGGTTGTGCCAGGAAAACAGATGTTATATG 881 ACCTATGTCATTTTTGCCATTATAGTCAAATGTTAAAAGAAGAAAAAAGTCTGCTGAATAAAAAGGCCTTGATCAAAGTT 961 TCAGATGGGGAAAATCATACAGATATTTTATGTGTTTCCAACATAGATTATGTGGCTGTTGGTTTCTTGAGATGACAGTG 1041 CAAAGGATTTGGGAGAGAGAACAAATTTGGGGCAGTAGTTGAAAACGTTGGGTCATTTTCCTGACTCTAGCTGCCAAATG 1121 GCCATCATATGCTTTTAATCTTTGTTTCAGTTGTCTGTCAGGGTTGAATTAAGAAGCTACTGGTTTATTCCCAATTGTTG 1201 ATGCCTTTAGGTATGTTGGAATCTTTTTTTTGCCTAGGAGGGGCCAGTTGAAAATCTGTGACTCAAGAGGCAGTGAACAG 1281 AATACTGTTTTCTGGGGAAAAATTGGTTGGCTACTTGATGTTAATTATGGCACAGTAACAGGAAAAGGTTGTGTCTGTGT 1361 TTTTAAGTTTTTCTTTATTCTGCTTTTTTGCTGCTATAAGAGTTTTCTGAAATTTATATTTTAAACTTTTCATGCACTTT 1441 ACTGTTTCTAGTCTCAAAATGTGATATTTTTAATAAACAAGAAATTTTCCATTATGTGAATGAAATTTTAAAAGACAATA 1521 GCCTATATTTGTGTCTCACTAATATATAAAGTATAGGTCAAATTTAAATTATTTAATTAGTTTTAAATATACACAATTTG 1601 TCTCCTCTTTCAAACCTGACATCTTCGGCTGTTTTATTAGTCTTAAATGATGCATTTACTTTGGTCATTTTATGCTAATT 1681 TCTTCCATAGTAAATTAATCAGGCTATATAAGGTAATATTTCCCCAGAGGGTAATTTTAGTGGGACGAGGGTGGTGGGAT 1761 GATGTCATATCATACATGGGATTGCATCAGAAGGGTTCTGTAAAGCCTGAACTCCCTTTTAAAAGTGCCTAGTGATAGAG 1841 GCGTTGTTTGTCATCTATTATAATTGGAATGTCATTGTAGTTCAGTGAATTTTGATGTAAATAAAATATCTTTTAAAAAT 1921 GTTAAAGTACCAGGATAAACAAACAAAAAGAAACAACCCTTAAGATGACAGATTTTCCTCAACATGCAGGTTTCCCTTCT 2001 TATATACCTCAAGTATCCAACATCTAGCCATGCAAATTGATTACCTGAAGCATAGTACTGGAAAGTAGAATAGCATGAAA 2081 AACTTAATTTTGTGGACATTACCTTTTTTTGTAATCAGCTACTGTATGTTTTATTTTAGATCTTTTGTTTTGGGTGGGTT 2161 TTCTGCTCTGGAGGTATATGCACTAACAAAACATTTTCCTCCTTTCATATACGCATGTTAATTAGCAATGTGAGCAATAT 2241 TTCCTACCATACTTCACTCCCAATATTTTTTGAGATGTTTGTATAAAATGGAATTTAAAGTTCACTTATGATTGTATATG 2321 AACCACAGAGGAGCCCATTTATTAATAAAAAACTTTTTTAATAGTTAAATGTAGAGGGAAAAAATAAAAAAAAATGGGAA 2401 ACATTGTAAACAGCTTAAGTTTATTTTGTGTATGATCGAGGCACTCTGTTGCAGGAAGGTGTGTAATTGGGTTCTCTCTG 2481 CTTCAAATGCGCTCTTTCAAACCATTCATTATCCTGTGTATTTTTAATGTGGTTTTAGTAAATGTTGGTAGTAGCTCTGT 2561 TGAAGTAGGTAATTGTGTTATGTTTTGGGTGGTACACACTTGGGGCATGGTAACCCAAATTTCATGTGCACGGTTTCCCT 2641 TTAGCCCACTGCCCAAATTTCACATACCCTTCACCCTTTGTTCCCTTTGTAAAAGGAGTGGTATCTGTTTTGAGCTGCCA 2721 ATTCAGATGATCAGAAATGCTGCTTTCCTCAGCATTGTCTTGTTAAACCGCATGCCATTTGGAACTTTGGCAGTGAGAAG 2801 CCAAAAGGAAGAGGTGAATGACATATATATATATATATTCAATGAAAGTAAAATATATATGCTCATATACTTTCTAGTTA 2881 TCAGAATGAGTTAAGCTTTATGCCATTGGGCTGCTGCATATTTTAATCAGAAGATAAAAGAAAATCTGGGCATTTTTAGA 2961 ATGTGATACATGTTTTTTTAAAACTGTTAAATATTATTTCGATATTTGTCTAAGAACCGGAATGTTCTTAAAATTTACTA 3041 AAACAGTATTGTTTGAGGAAGAGAAAACTGTACTGTTTGCCATTATTACAGTCATACAAGTGCATGTCAAGTCACCCACT 3121 CTCTCAGGCATCAGTATCCACCTCATAGCTTTACACATTTTGATGGGGAATATTGCAGCATCCTCAGGCCTGACATCTGG 3201 GAAAGGCTCAGATCCACCTACTGCTCCTTGCTCGTTGATTTTGTTTTAAAATATTGTGCCTGGTGTCAACTTTTAAGCAA 3281 CAGCACTGCCTAAAAGCAAGCAGAGAACAGAATCCCAGCACCATTCTATAGGCAACTTTTTAGAATTCAGATATAGTAAA 3361 TCTGTTCCAGATTTATGATGTTTTATGTAAAAAAAATTTTGTATAATAACATAGCTGAATATTTTTGTTTCATTTCTTTG 3441 ATGTAAGGCGTGTGAACATTCGTTTGAATATCACATGTTGAAGTCAGGTATGGCACAATGGGTTCTGAGACCAGCTTTTC 3521 CTCCCCTCCCATTTGCCTTGTTCCAAGCTCTTTCTTTTCAAATTACTTTTCTGATATTCATAGGCAGGTATTTAATTTTA 3601 CTAATTAGCATCCTGTGTGAATGTATTAAAGAAGCCACTGTGTTTTAGTGTAGTTGGCAAAAATATAAAAGCTGTTTCTT 3681 ATTTGCCCCTATTTTTTTGGTGTCTTAAAGTTATATATTAAATCACAGAGAAGCAAGGGAGAAAGTTGAAAGATATCTAA 3761 GGCTCATATCACTTGATTCTATGGTAGATTATATTAGAATTGAGGATGTGGCACATTAAAACTGGAACATGGGCAAATAT 3841 AGTGTTCCATTTTAAAATTCTAAGTTTATATTGTTAAATGGGTGAAAATTTAAGTTTATATTTGCATTTCCAAGCGTTTC 3921 TAAAAATCACTAATGCCATCTATACTTTTAGTATGAAACAGCAGACTATAGAAAGCACAGGGAAGAATAGGCTAAATACA 4001 TTCTTTGAAGAACCAGAGGCATATAACCACATCATTATGTCATTCCTAATACATGGCTAGATTTTCTAATGATAAAATTG 4081 ACTGTGTCCCAATGCTTATTTGATTCTAAGCTTTTTTATTCTGTTTCTGAGATATTTTAATAGCTTTGCAAAATATGCTG 4161 ACCAGTTTTTGGAAAATAATGGTTTTTATAGCAAGCAAAGACTTTATGGCACATTTTCAAAATAGCACTCATACATACTT 4241 ACATTTTGACAGAAATGTGAATTCTCACATTGATGAGATATTCTTTTTCCCACCTGCCCTACCCTTTAAAAAAGGTCACT 4321 TTTCTAATGTGTAGTAGATTCATTTACGCCTTTCCCTTTGAGTCATACCATGTTTGGAGAACTGTGTGAATTGTAGGTAG 4401 AGAAATTAACTAGGGAAGCCAGAAGCTTGAACTAAAGTTTTAAATTTGTAGGCAGATGAGAACTTTTATACTATGGTTGC 4481 TTTGGGCGATTCTAATTTTGTAATAGCATCATGATCACCAAAATTAATTCAAACATTTTAGTACATCTTTAATCTGTCTT 4561 ATTTACCAAAGTTCTAATCTGTTTAAGAACAGGATGCCAAGAGCATCTTTCATTTTATAGAATGATATGCTCACCTTTAT 4641 AAGTGTCACCTAAAAGCTTGAGGGTAAAAAAGAAGCAGCCCATATATCTAAACTACAGGATGTCTTGAACAAGATTCACA 4721 GAAAGAAAGAAAAAAAAGCAGTTCTTTCCAGGAAGGTGGTAAGGAAGAGCATGCATATTTCTTGTTTTAACCAAATACCT 4801 TTTTTATGTAAATGTCTCTATTAAACCCCAGGTCCTACACCAGGAAATAGGGTGATAACCAGGAAAATACCAAGCTTTAA 4881 CCCAGTTGGCAGTTCCTTGTGGCATACATTTGGTTAGACTTGGGTTTTTCCTGGAACCAAAGGAAAATAAGCATGTTGAG 4961 TTCTTCGTTCAACAGACATGACATTGAAGTAATAGAATATTTTTTAAGTAAAATAGTTTTCACTTTCAAAGCCTATGACA 5041 TAAGGACATTTGTGCTTATTAATTGTTAATTTTTTTTTATGGTACATTGTATAAACTGAGTAGCATTGAACTGCATTTTA 5121 GAAGTATGTCATCAGAAACAAATCACATTATGGAAAGGATATACAAATGCCAAGTGATATGACTCTTTTGGCATGGTGGT 5201 AGCATGGTCCATTCAGCTTTCAGAATCTTTCGGAGGCTCTAGTTTGGTGCCTAGTACTAGTTATTTTTGTTAGAACAATC 5281 TCTCAAAATTTAGATAATTTTCCAGTTGTATGTCTGTCACTTTTAACTCTAAAGCGTAAGAATCATGGTAACCCTCTCAG 5361 AAGTGGTCCTTTCTTGCTCATTTCAGTTTCGTATTAACTTCAAATCACTGATGTATTGTCTTTCAAGCTATCAATTGTTA 5441 TATGTACCAATTTAATTTAGTTTGTAGTTATCTGAAGTCACAAAATTGGTTCAGCATTGATGTCAAACAATGGCTTTGCT 5521 TCTTACCAAACAGACTTAGTATCCTGCTGCTTGTTTCAATCTTGATGCAGTAAGTGATGCAGTATCTGGGTCTGTATTTA 5601 CTTAGAAACTGTACTGTCCTTTCTCTGTGCTTAACTTGCTAAAAATATATTCCCTTACCTGTGAAATTCCTGAGCGGTGC 5681 TCTGCCAACTTTTCAAGGGGAGGGATTTGGATGGCTGTGTTACTGCACACTGGATCTGGAATTGTTCAGGGTTATGAGTG 5761 ACAAATTTCTTAAACACCAGCAGCACTGAGATGTGCACTATGGGCATTCGTACAGTTGTTGTCCAAATGCAAACAACTTT 5841 TTCATCTTGGAGAAGCTGAGATACAGAGTTCAATAGAACTACTTGGAATATTTTGAGAAGGTTGAATGTTTCATCTTTGG 5921 CTTTGTTGTCTCTGGAGTGGGGAAGTATGGAGGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGAGAG 6001 TGTGTATGTACTTTTTCTCTCTATAAGGGCCAGGGTGTTGGTCAAATTCACCATCGATTAATTTATATCTTCTGTTGTGA 6081 TTTTTTTCAACTATATAACAAGTGCCAACTAATTGTCCATGGGACAATCTACTTTTCCACTCAATTTATCGTTTTGAGTA 6161 GGGAAAGGTTCATTTATTTTCATTACCTGGCATTAAGTTAAAGAATTCATTATTTTGCATACATTTGAGTCATTCTGTGA 6241 CCTATAAAGTGTTTTTGTAACTATCTAATTCTAATGGTTGCAAAGCAAAGCACATGACTGTAAAACCAAGCAAGGTGTTT 6321 TAGTAACTTTTTCCCTGAATACTTGGTAGTTTCCATTGATACTATTCCAAAACAAATTCTGCTGTTTTAGGTTGTATATT 6401 TACTTTGCTTTTGTTCTAAGAAAAAGCCAAGGACTAAATCAACTTGTTTTTGTGTTTCAGTAATCAGTTTAAAATCTAAG 6481 ATTTTTTTTTAAATTAGACTATTTAATGAAGTGCCATGTAATTGTAGCTTGCTAGTGTTTAATGTTTAATAGACTGGTTC 6561 TGTAGGTGTTTTAACCATTTAACACTCTCTGCCATCCCTGGAGAAAGTGGTTCTACTCTTACTGAACACATTCTCTCTGA 6641 CAAAATCACCAGCTGCTTTATTTTTCTATTTATTACAGTTAAACAGTTGATGAGGTCTGAATCTTGACCAAAACTGCTCA 6721 GCTGAGATGTTTTTCACAATAGACACTGTACAAAGTGTGCGTGCAAAAGGACACGGTTGGTAGTATTTTTTCATTAATGT 6801 GAACATTGACTAAAAAAAAGCAGTCCTGCCTTTTAAATCTTGTGGCAGCTCAGAAGGGAGGTGCTTAAGAACCTTAACTA 6881 CTATGTCAGATAACAAAATATTTTTTTCCATTTTGGAGATTGGTTACTGCTCACACATGATGTATAGGGCTAAATATATG 6961 CTTGTTTCCTTGCACCTGTGTACTTCCCCTCTCTCCCTCCCTTTCCTTCCCCTGTAGGCAATAAATGGCCATTTTGCAAC 7041 TGCA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
PAR-CLIP data was present in GSM545217. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-7 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 246175.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 246175.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065667. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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Experimental Support 4 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000504123.1 | 3UTR | AAAUUUAUAUUUUAAACUUUUCAUGCACUUUACU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM545217 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-7 transfection |
Location of target site | ENST00000504123.1 | 3UTR | AUUUAUAUUUUAAACUUUUCAUGCACUUUACU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000504123.1 | 3UTR | AAAUUUAUAUUUUAAACUUUUCAUGCACUUUACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM714645 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000504123.1 | 3UTR | AUUUAUAUUUUAAACUUUUCAUGCACUUUACUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM1065667 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_6 |
Location of target site | ENST00000504123.1 | 3UTR | AAAUUUAUAUUUUAAACUUUUCAUGCACUUUACUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM1462574 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000504123.1 | 3UTR | AAAUUUAUAUUUUAAACUUUUCAUGCACUUUACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
116 hsa-miR-3942-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT093395 | TMA16 | translation machinery associated 16 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT134018 | SDE2 | SDE2 telomere maintenance homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT194942 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT265807 | NOTCH2 | notch 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT287615 | NPEPPS | aminopeptidase puromycin sensitive | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444196 | SESN3 | sestrin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444480 | UBN2 | ubinuclein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446589 | FBXO40 | F-box protein 40 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450501 | ALPK3 | alpha kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455182 | AGTRAP | angiotensin II receptor associated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455446 | EPB41L4B | erythrocyte membrane protein band 4.1 like 4B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT456385 | KLHL12 | kelch like family member 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT460303 | FLCN | folliculin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461247 | COX10 | COX10, heme A:farnesyltransferase cytochrome c oxidase assembly factor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT467948 | SLC16A1 | solute carrier family 16 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468007 | SIX4 | SIX homeobox 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468211 | SGK1 | serum/glucocorticoid regulated kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470635 | POM121C | POM121 transmembrane nucleoporin C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471785 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473557 | MATR3 | matrin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT475415 | ICK | intestinal cell kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476265 | GNAL | G protein subunit alpha L | 2 | 6 | ||||||||
MIRT477135 | FAM107B | family with sequence similarity 107 member B | 2 | 6 | ||||||||
MIRT478433 | DAZAP2 | DAZ associated protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479050 | CNOT6L | CCR4-NOT transcription complex subunit 6 like | 2 | 8 | ||||||||
MIRT480872 | BDNF-AS | BDNF antisense RNA | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484229 | CLDN1 | claudin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485055 | SUCO | SUN domain containing ossification factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT489871 | MPLKIP | M-phase specific PLK1 interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492411 | SCARB2 | scavenger receptor class B member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499682 | KCTD2 | potassium channel tetramerization domain containing 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT505969 | RAB11FIP1 | RAB11 family interacting protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT507708 | CNIH | cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT511878 | GID4 | GID complex subunit 4 homolog | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513411 | RTP4 | receptor transporter protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT519873 | ZFP30 | ZFP30 zinc finger protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT520703 | TMCO1 | transmembrane and coiled-coil domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522890 | KCNN3 | potassium calcium-activated channel subfamily N member 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT523781 | FAM63B | MINDY lysine 48 deubiquitinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT523950 | DYNLT1 | dynein light chain Tctex-type 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT526894 | ATP6V0E2 | ATPase H+ transporting V0 subunit e2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529167 | CCDC25 | coiled-coil domain containing 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529703 | ZBTB49 | zinc finger and BTB domain containing 49 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530359 | PCSK1 | proprotein convertase subtilisin/kexin type 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530595 | C7orf33 | chromosome 7 open reading frame 33 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT531528 | CCT6A | chaperonin containing TCP1 subunit 6A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531992 | BARD1 | BRCA1 associated RING domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539547 | AAK1 | AP2 associated kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547757 | KATNAL1 | katanin catalytic subunit A1 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT549059 | CAMSAP1 | calmodulin regulated spectrin associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT549836 | ECHDC1 | ethylmalonyl-CoA decarboxylase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT552698 | YWHAH | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein eta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554318 | SH3GLB1 | SH3 domain containing GRB2 like, endophilin B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556358 | MAF | MAF bZIP transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557772 | FRS2 | fibroblast growth factor receptor substrate 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558795 | CHEK2 | checkpoint kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561367 | UBXN2B | UBX domain protein 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561673 | RAPGEF2 | Rap guanine nucleotide exchange factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567898 | CSNK1A1 | casein kinase 1 alpha 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568456 | ARPP19 | cAMP regulated phosphoprotein 19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568838 | NBPF12 | NBPF member 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568846 | VPS53 | VPS53, GARP complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568856 | NBPF1 | NBPF member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568888 | NBPF15 | NBPF member 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569331 | CDC5L | cell division cycle 5 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569388 | NBPF11 | NBPF member 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569398 | NBPF14 | NBPF member 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569644 | NBPF10 | NBPF member 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571582 | TROVE2 | TROVE domain family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573027 | NBPF3 | NBPF member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573293 | UFM1 | ubiquitin fold modifier 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608814 | SEPT6 | septin 6 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT609046 | BACH2 | BTB domain and CNC homolog 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT609517 | RAB3IP | RAB3A interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611861 | SRRM4 | serine/arginine repetitive matrix 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612174 | EMC3 | ER membrane protein complex subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612714 | NR2F6 | nuclear receptor subfamily 2 group F member 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT613305 | ARL6IP6 | ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT616357 | SH3TC2 | SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632424 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636005 | SAMD15 | sterile alpha motif domain containing 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636534 | FAM126B | family with sequence similarity 126 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637275 | FGFR1OP | FGFR1 oncogene partner | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639131 | ZNF726 | zinc finger protein 726 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641257 | C8orf46 | chromosome 8 open reading frame 46 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642930 | KRTAP5-9 | keratin associated protein 5-9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644018 | NUCB1 | nucleobindin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645021 | MAGEB4 | MAGE family member B4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646790 | EVC2 | EvC ciliary complex subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647338 | RPH3AL | rabphilin 3A like (without C2 domains) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647975 | PDE12 | phosphodiesterase 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650610 | NEK4 | NIMA related kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651052 | ZNF579 | zinc finger protein 579 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651593 | WDFY2 | WD repeat and FYVE domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652785 | TCEANC2 | transcription elongation factor A N-terminal and central domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656450 | MAPK6 | mitogen-activated protein kinase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660086 | BTD | biotinidase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661398 | OLR1 | oxidized low density lipoprotein receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661759 | MICA | MHC class I polypeptide-related sequence A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666402 | SH3D19 | SH3 domain containing 19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668362 | FGD4 | FYVE, RhoGEF and PH domain containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668895 | CREG2 | cellular repressor of E1A stimulated genes 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669329 | BSND | barttin CLCNK type accessory beta subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672369 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT686261 | YTHDF1 | YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695571 | ASB16 | ankyrin repeat and SOCS box containing 16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701959 | MINK1 | misshapen like kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702322 | KMT2A | lysine methyltransferase 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705209 | BRWD1 | bromodomain and WD repeat domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713949 | KCTD6 | potassium channel tetramerization domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717082 | EBF4 | early B-cell factor 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717896 | COPS8 | COP9 signalosome subunit 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721043 | TRIM67 | tripartite motif containing 67 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722194 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722782 | ACADSB | acyl-CoA dehydrogenase, short/branched chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725412 | HNRNPU | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U | 2 | 2 |