pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-3689d-1 |
Genomic Coordinates | chr9: 134849609 - 134849682 |
Description | Homo sapiens miR-3689d-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
pre-miRNA | hsa-mir-3689d-2 |
Genomic Coordinates | chr9: 134850277 - 134850356 |
Description | Homo sapiens miR-3689d-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-3689d | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 2| GGGAGGUGUGAUCUCACACUCG |23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | ANK1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ANK, SPH1, SPH2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ankyrin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_000037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001142445 , NM_001142446 , NM_020475 , NM_020476 , NM_020477 , NM_020478 , NM_020480 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ANK1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ANK1 (miRNA target sites are highlighted) |
>ANK1|NM_000037|3'UTR 1 CCCCGAGCCGCTCTCCTTGGAGTAGCCTCTCGGGAGGATCACACCTCGACACCCAACCCCTGAACCCCACACACTCTGCC 81 ATGCACACAGGAGGAGAGCTGGACCTGAGGGCCACCGCAGCGGTGCACACATTCCTCTGGGCTGACGGCATGACCTCTGT 161 AAGGGACTCCTGCTAGTCCCCTCTTGGCATGAATGACTGACTGTAGACGCATGACCTCCAGGCTTCAATCCTGCCTCTTG 241 CAATGACAGCTGATCTGTCGGAACCAGGACACAAAAGCAGCAAGAAGCGGGGAGAGAGAGGGATAGAAAACAAGCGCAGG 321 AGAGCCTGCGAACGCAAAAGTGAATGAGGGCTTTTTGTGGCTGGGGATGGGTTTTGGTTTTGGGGTTTTTTTTTTAAATT 401 GTTTTGACTTCGTACAGGGTACTTTTTCCCAACCTCATCTGTCAGAAATCCATGTGGGCTTCCTGGAAAGAAAAAAAAAA 481 AAAAGAAAACTAGGCATGAAATCAGTTTAACACCTTAATCTTAAGCCATGTCCTCATCTGCCCACCCTCCCCAACCCACA 561 TACCTCCATTCCACTTGTGACACCCCCTCGACTCCCTGGTGACGCTCCTCCCAGATCGCTCTACATGACATTCAGGACAC 641 ACACACACACACACACACACCACTCGCCTCCACTGAATCTACACACAGATTTTACTGTGACTTCTGAAGCTGTATAGACT 721 CTGCTGTGGATAAATTGGAATTTTTTATGTTGTCTCTCTCTCTGCCAATTTCAATACGAATCATCTTCCAATGGAAAATC 801 ATTACCTTGAAGAGTGCATTCGGGGTTCCTTGTGTTAGGGACTTAAGAATCTGAGGCGAGGACCCCCAGGCTTACCTGTA 881 GGACTCAAAGGGAGCCAGGACCCCATCTGAAAGGGTCTCCTCTCTCAGTTGGGGGACAGGCCGGTGGCTGACCCAGGATT 961 GCACCAGCATGTCCATAGAGAAGAGGTTTTCTATGTCTTCAAGCACTATATCATAGTCCGTGTTCAAAGTGTAAACTGTA 1041 CAGTAATCAGCCTTGTGTATATGAAAAACAATAAATACTATGCAAACCAATAGAAACATTTAGCAGTACGTACAGAGCCT 1121 GACAGCGCAGCTCCTGAGGACTTCTGCGGCTGCAGGAGAAGGAGCTGTGGCCTGTCTTTCAGTGAAAGAGGAAGGAAAGG 1201 AGTAGGGCTAGTGAATGTATCTGCCAGGTCTTAGAAGTCAGGACCACCCAGGGTCTCCCAGAGTGAACTTGGTGCTCTAA 1281 GTCCAGGCAGCCTGCAGGCTGGGGACCCTGGGTGCAGGTGCCAGGCTCGAGGCTGTTCCCTGTCCTGCCTCAGTGCCTCC 1361 CCTCTGCCCAGCCCCTGTGGCCTCTTGGAGAGGCGAGCCAGGGGGCTCCCCGGACCGCATGGCCGGTGAGAGTAGAGTCG 1441 GAGGCGGAGAGCCTGGACGCCCAGAGGCCGGGGCCAGGCTCTGGGTCAAGGCAGGAAGGAGACAGACAGCTGGCAGTTCC 1521 TCGCCTCGGTGCCATCAGGGAGGAGCCTTAAGTTCCACTAGAGCCTCCGGCCCAGGGAGGCCAGAATCAGCACAATCCCG 1601 GCCCCGCCCTCGCGGCGGGCGCCCCCAGGGCCAGGAGAGAGAGACAGGGCTGGCTCCTCTCGCCCCTGGAGCCGCGGTGT 1681 GGACGGCCCGGCCCCGTCCGCCCCGCCGCTCTGCGGGAGTGTCCTCGGGACACACTTAAACCTTCCAAGTAGCACAGAAG 1761 CCCCCTCCACGTCAGAGGCCCCCTGGCCGCGGGGCCTGTGAGCGGAGAGGGGCCCTGCTTCCCACACAAATCCGCCCCGG 1841 TGCACCCCCGGCCAGGCAGGCCCCGGGGCGGCCTAGGCGCCTTGTCGGCCGGGGGTGGGGCTGCTTTTGCTTCCTTTAGA 1921 GGGGCGGGCAGGGAGAGGAAGCTCTAGCTCCGGGCCTGAGTTTCCCCGAGGCTGCGTCGGAGGAGCTGCAGGGCGAGCCC 2001 GGACGGCTGCCGTCTCCGCCAGAGGCCACCCCGGCCCGGCCTCCAGGGCGCAGAGGCGCCCCCCTCCATCCTCCCCCATC 2081 CCGGGGGCCACGGCAGGGGGGCCGCACAGCGCGGCTGGGACCGATTCGGTGACGGCCCAAGGAAGCTGGGCTCAGGGCTC 2161 GCCTCTCCCGCCTCGATCCTGCACCTTCCTCTCCCAGGTCGCTGCTGCAGCCAACCCAGTAGCCCCCTTAGCGCCCCCGC 2241 GGACCCCGCAGCTCCAGACTCCGCTTTGGCACCTCTGCTCCGGCTGGCATGGCTGCACGCTCCGGCTGCTAGTAGGAGCC 2321 GTTAGGGGAGGAGTTTGGGGTCTCCACACGATGCCTAGAGAATGCTGCAGTCTGCACATTAGACGCTTTTTAGAAGTTTT 2401 GAAATTACCTTGATTTTTTTAATTGTTATGAAAATGGATCTTTTCTTGACTCTCCCACATGCTCTGTTATGGGAGAGAAT 2481 CCCCTACCCTACTCTGATGTATAGACCATTCTCCCTTCACCAGCCGAACCAATGTCAAAATTAATAAAGAAATGGACTAA 2561 TGGCAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462573. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
|
Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|