pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4436b-1 |
Genomic Coordinates | chr2: 110086433 - 110086523 |
Description | Homo sapiens miR-4436b-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
pre-miRNA | hsa-mir-4436b-2 |
Genomic Coordinates | chr2: 110284853 - 110284943 |
Description | Homo sapiens miR-4436b-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4436b-3p | ||||||
Sequence | 60| CAGGGCAGGAAGAAGUGGACAA |81 | ||||||
Evidence | Experimental | ||||||
Experiments | Illumina | ||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | KCNH1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | EAG, EAG1, Kv10.1, TMBTS, ZLS1, h-eag, hEAG1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | potassium voltage-gated channel subfamily H member 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_002238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_172362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on KCNH1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of KCNH1 (miRNA target sites are highlighted) |
>KCNH1|NM_002238|3'UTR 1 GAGGTCTATTTAAAAAAAAAGTCAGAGACAGATACCTCCAACCCTGCCGTCACCACCACCCCTACCACATATGTCCACAT 81 GACCAACAATTTTCAAGTAGGCTTTTCCTAACAGAAAAAGTGGGGCCAGTGGCTTAGACGTGCTCTTTCTCTATCTGGAA 161 AAAGATATGGGAAGGGTAGCGTGCCCCTACCCTGCAAGGTGGCAGCTGCATCTGAACCGTCTTTGCACAATTTTGGAAGA 241 AGGGACATGCTGTCTAAAGGGTATTTTCCTTCATTTTTAATTTTTTACTACCATGATATTTGTAAAAGATTAAAACTACC 321 AGAACAGAGCAGCAGCCATCTGGGGACTGGTGGGAAAGTGCCGAGAACCTCTCATGTATATACTATGCTGGGCTCCTTTG 401 CCAAGACCCCCCATGGACTGCAGTGGGCCAAGGACTTCCCGGCATCCCCGTCCTTGTACAGCCCGTGTCTGACGTCACCA 481 TGTTTTCCTGTAGTTGTCATTTATAACTAGCTCGGGACAAGCAGAGCTTGAGGGACAGGAGGGTAGAGCTCAGAAACTTT 561 CTGTCTCATGGTTAAGGCCAGAAAAGCAGCTGCAGGTGTGGTGCATGCCTCCCATAGACACTTGAAGCTGGGAATCCTCA 641 GGTCTCCTTCCCCAAAGGAGGTGAGGCAAGGGTAAGAGCTGGAGAGGGGCCCTTAAGATCCAGGGGTTCTCTGCGGTGCA 721 ACCCATAGCCTGCTCCTCTGGGACAGTTGACAGGGAGGGCTCTGGAGTGCCTGGCTGAGCCTCTGGCCCTGCTCCATGCT 801 GCTGGCCTCACACACAGGCTCCCTTGCTTCTGTTCCTTCTTGGCCTCTTCCCAAGTGTCCCCATGGCATTCCTCAGGGTA 881 TGGAGCATCGGCAGGAAGGGTCATGAGCCCAGAGTTGCTTTATTAACAAAGCAGACACACAGACACACACAACCTCAGAA 961 CTGTAGCAAGTGCTATGTTTATACTTTGATTCTCATTGGGATTGCCCTGCAGACCTTTGTATTTTGTTCACCGCACGGGG 1041 TCATTATAGGCACTTGGGAGCCATGCTGGGCCTTATTTTAAAGCCAGTCTCTCTATTTCCTATTAAAGTCAGTAGGATTT 1121 CAAGAGAAAATGGAAAAAGACTGCAGGATCATGATTGTACTCTCTTCAGGAGCTGGAAAGAGAATGAAGCAGTGAGTTTC 1201 CAGCTCTCTGTAAGGTGATGGAGAGAAGTGGCCTTGGAGCTGTGGCTCCCAGTGATGGTCACAGAACTGCGTATGGGCCA 1281 TCCAAGCCCCTATGCCACGATGCTCGGGGACACTTCACTGCCTCATGGTCACCTAAGTCAGGTTATTCATGTGCTTGGGC 1361 TTCTCTCAATGGCATCTGAGAAAGGAAAGGAGTGAAGTCTCTTCCAGGCACAGTGGAGCTGGCCGGGGCATATGCCCTAG 1441 AGAGAGGTGTCAGGACCCCAAATACTGACACGCAAGGTTAGAAGTTCAGCTCTGAAAAGTCAACTTGGAGGGAATGGAAT 1521 TAGGAGTACAGGTGACAGCATGGACTTATCCAGGGAGCTTACCTTTGCCTGTGTTAGACGGTGACCCCATTCCTGGTACC 1601 TCTGCCCTACCAAAGATATTCAGTGTTTCTGAGAGCCTCCGGTCTGAGACTGCCCACCACCCCACCCCACCCCACCTCCT 1681 TAGTCCTGCCCAGTGCTCACGGCGAGTCCCAGGGCTGGGCCCTCGGTTGTCTGTGCAAGGCAGGGCTGACCTCTCCTGGT 1761 TCGCAGGGTTGGCACAGATGGCCCTGGGAAGACAAGGCCTGCGAGCTCAAGGGAGAGTCCTGCTCCATGAGCCCTAACCT 1841 CATATGTAGCTTCTCACATCAGGCTTACAGGGGCTGCCCCTGGCTTCTCCAGGTTGCGACATAATTAGATTTAGCCTCAG 1921 ATGGCGGCATACAAGTAAGAGGAAGTCTAATTTCCTAAGGCCGAGTCACAACTATCTGTGACTTTGAATAAAGCTGTGAG 2001 GCCTTCAGCCTCTTTCACTTGAGAAGCTGCCAACCAGTCCTTGGGTAAGAGGCCGTAAAATATCTGGAATCCCATCTGTT 2081 GGCTGCCCCCTAACATTCTAGTCTGCCATTTCTTAAACATGCTCCTCAACCTGCTTCTGAAGTTTAGGACCCACCACTTT 2161 TAAGGCAGGGCAGGCCTCTAATCACCCCCAAAACCCAGCCTCAGAAGAACCTGCCACTGGAGACACTTTTTTGCCTCTCA 2241 GCTCTCCAGGGACTTGATGACAGGCTTCTTGTCTGGCACCCAACGGTCAATGTCAAGAGGCCCTGCCATTTCCCTCCAGC 2321 TCTGCCTGAGGGAGACGGATGTCCGTGAAATTTCTCAGACCTCTGGGTATGAGGGGCAAAGATGGTATAAGGCTTTGAAG 2401 TCCAGACATGTTCTTGGGGGGAATGTAGCTTTAGGAATGCACTCGTGAATCAGCGCAAACTGGGCTCATGACTGGAAGCC 2481 AGCTCCTGCGGCAGGAATCTGTTCATCTTGGGTCACAGGTGCACGTGTGGGTGCATGGGCTTTATTCTCCTGTAATCCTC 2561 CCTAGGATTTGAGGGATTTTTTGCTGTAATTGTTTTCTTTGAAAAAACATTGTGTAAATGAGCCAAACCTTTCTCCCTTC 2641 CTTTTCGCACCATGAACTTGACCGCAGGCTGCTTTGTGCTGACTGCCTTCCCATGCCAGGATGCCACTCTGGGTTCCCGA 2721 GCCAGGACCATGTGCCTCAGATACCAGTGACCTGAGCCTTCCAGTATAAACCATTATCTGGTGGCTGGAGAGAGATTAGG 2801 GAAACAAAAAGTTACTAGGTATGGGACAGAACATTTAGACTTCAGAAAAAGTATGCCAAGAGAGAACAGATTTGCCCAGG 2881 ATGTATGTTTTTCCTCTTTGAGGAGTCGGGGCATGATATGTGGCACCATTATCTAGTAAGTGCTGGTTATTTGATTTCTA 2961 CTAAATTCTTTACTTTGAATGTCATTCATATTGAAGCTCCATTTCCCAGAGAATATCCTGACAGGCTGCTTTGAAGAGGG 3041 TAGGTCCTGTCCCTGTCACTTGGCTGCTGGTTGAACGTGCTCCTCCCGGCTGATGGAGGGGTGGGTTTAAGGTTAACTCT 3121 AAGAACTAAGATGGTCAATGAGGTGGTGTTTGTTCTTGGTGGGGGGGCATTGACTCCAGCAATGGGCGCTGCCATCCCAT 3201 ATACTTACAAAGGGCTCCTCCACTGGACATGACAAGATAGCCAAAGGACGGAAACAGAGACGACCATTTGGTTGAGAAAC 3281 CAAATTGTCTAGTGTACAATTAATGCAACTCATTGCATTCATGAATGCAACTCATTGCATTAATGCAATGCTACATTATG 3361 CTAATAAGGTTACAACATTAATGCTACAGGATAGCCCAAGTATTTAAAAAGCTGAGCCCATTTAGCAGCCTTCCAGCAAA 3441 CTTTTGGAAATGCATTTCTTACTTGATTTCTTCTTGTTATCCAATCCCTGGGGACTGTTTTACCCACAACCTCTTCGATC 3521 CAGTGTGCTGCTGTTGGCCAAACATCAGCCCCTTTCCTGGAATCCTCCTCTTTCAAAAGTGGGGAGGGCTGGGCAGGGGT 3601 AAAAATGTACTATACCACCCCATCCCATTCAGCAAGCTTCCTCTCCAAATCCTTAAATGGAAGGTAGAAGTATTATGCCA 3681 ACTGTCAAGCTCTTTGTCCAGGCCCTTGTGGGGACTAAATGAACTCTTTAGGAATACTAGGTATAGGAAGACTAGGTATA 3761 GGAAGATTCTCATTTCCCCTTGTTGCACTGACCACTATGTCTCCCATGCATACTCTGGGAAATTTTAGGAGCCCTGGTGG 3841 AGATACACGTTGCTGATGTGCATTTGATTAATAGGTTTTACTATGTCTTGCAATAAAGACGTTTAGCCTTAAGACCCTTG 3921 AATGGAACTCCAGCTGTGATAGAGCTGCCAATGCCCCTTCCTCTCTCCTCCCTTATCACCTAGTGTTGCTTAAAGAGGAG 4001 GCCATTGAGGGCACACTTGATGCCCCAGACAGCCTCCCTCTGTTGCTAAATCATTGTTATTGCTCTATATACTGCCTTCT 4081 CACTCGCTTCAATTAAAAATTACCTTCACCAGCTCCTGTGCCCTCCACCTGGGGGAGACTTCATGATCCTCTCAGCACTG 4161 ACTGCAAACATCAGAGAAAAAAACATTTTCTCACCAAAGGTGTTCATGTTGAGAAGTTTTAATTTCTACCCCCTACAGCT 4241 CAAAAGAATCAATGTGAATTTATCTGCAGCTTAAATTCAAGTGAAACTTCATTCTCATGCAAGCATATCAGACTTATTCT 4321 GGAACCTCTAGAACTGGACTTGAATTCCCTGCAGGTGCCAGACTGGTGGGTGCCCTCCCTGCCTGCCATTAAACTTTTCT 4401 TACAGCCACTGTCCCTTTATCTGTGACTTCTGAGTCATCCGACGGATCCATTAGTTGTTCAATGAGAAGTTCACAGATCT 4481 TGTATCAGGATATAAACTGATCTTATGTTGAAGGATGCACCCTCCCCTAATGAATGTATTCTCTTAATATTCCGATGCTG 4561 TATTTGTGCATCAGTTGGAGACTGTCCACATCCGACATTTCACCGACACCTCAAGGACACTTCTACTTATGAGCAGTTCA 4641 TCATTCTGGGGCTTCTCCTTATATTAATACTCTTTCCATTGAGTCCTGCCAAATCCTTTATTGGGTTTTCTTTTTCCTTT 4721 GCATCTGTCACTTTGTCCAAATGAGCATGAATAAACAAAAGTGTAAATGAGCTGATACTATTTTTGTGGTCAGCTGAGGA 4801 TGCTGCCAAGAACACCACTGTATATCTGTGGCTTGGGAATGTTAAGAGGAACGTGCAGGCCCTTCCATTGATGATATTCC 4881 CTTCTCAACATTTTTAAACAAGCACAAATGATATTTGTAAAAAAAAAAAGTTTTATTTATTATGGTAATAAACTATTTTA 4961 TACATG Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545214. RNA binding protein: AGO3. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462573. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545214 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO3 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000271751.4 | 3UTR | ACCCCAUUCCUGGUACCUC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1462573 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl BaL |
Location of target site | ENST00000271751.4 | 3UTR | ACCCCAUUCCUGGUACCUC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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87 hsa-miR-4436b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT066957 | ATXN7L3B | ataxin 7 like 3B | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT119284 | NABP1 | nucleic acid binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT128915 | KMT2A | lysine methyltransferase 2A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT150116 | MIDN | midnolin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT173040 | YTHDF3 | YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT253117 | BCL2L12 | BCL2 like 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT256997 | RGMB | repulsive guidance molecule family member b | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT259746 | SNX12 | sorting nexin 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT267278 | TMEM109 | transmembrane protein 109 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441934 | C1orf109 | chromosome 1 open reading frame 109 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443625 | CPSF2 | cleavage and polyadenylation specific factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445757 | AGO1 | argonaute 1, RISC catalytic component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447835 | CTIF | cap binding complex dependent translation initiation factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451230 | ZNF444 | zinc finger protein 444 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451966 | TMPRSS5 | transmembrane protease, serine 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453127 | HOXC4 | homeobox C4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454604 | RPL13A | ribosomal protein L13a | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455176 | SUV39H1 | suppressor of variegation 3-9 homolog 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455547 | GJB1 | gap junction protein beta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458197 | ATP6V0A2 | ATPase H+ transporting V0 subunit a2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458356 | NOC2L | NOC2 like nucleolar associated transcriptional repressor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458923 | DNM2 | dynamin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461013 | SYT7 | synaptotagmin 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461643 | ZSWIM4 | zinc finger SWIM-type containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461997 | PACSIN1 | protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462367 | BCL7B | BCL tumor suppressor 7B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464915 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466311 | TIMM22 | translocase of inner mitochondrial membrane 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466591 | TBC1D2B | TBC1 domain family member 2B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT467045 | SRSF1 | serine and arginine rich splicing factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468750 | SDC2 | syndecan 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468943 | RPS24 | ribosomal protein S24 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469474 | REEP5 | receptor accessory protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469913 | PTRF | caveolae associated protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473325 | MEX3A | mex-3 RNA binding family member A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473643 | MARK2 | microtubule affinity regulating kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474064 | LMNB2 | lamin B2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474357 | KMT2D | lysine methyltransferase 2D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475394 | ICMT | isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT476335 | GLTSCR1L | BRD4 interacting chromatin remodeling complex associated protein like | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT478651 | CTDNEP1 | CTD nuclear envelope phosphatase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT479585 | CDC42SE1 | CDC42 small effector 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT479943 | CBX5 | chromobox 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT482001 | AMOTL2 | angiomotin like 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT482043 | AMER1 | APC membrane recruitment protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT483070 | EXT2 | exostosin glycosyltransferase 2 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT484323 | KCNH1 | potassium voltage-gated channel subfamily H member 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT487528 | GXYLT2 | glucoside xylosyltransferase 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT489636 | ALS2CL | ALS2 C-terminal like | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT490693 | SSTR1 | somatostatin receptor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT490871 | UPK2 | uroplakin 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT492582 | PPM1L | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1L | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT492945 | NEUROD2 | neuronal differentiation 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT498675 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT499349 | RAB25 | RAB25, member RAS oncogene family | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT502338 | GIGYF1 | GRB10 interacting GYF protein 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT502976 | CCNL1 | cyclin L1 | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT503706 | NUP62 | nucleoporin 62 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT505567 | SMUG1 | single-strand-selective monofunctional uracil-DNA glycosylase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT507808 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT513242 | FBXO41 | F-box protein 41 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT513586 | EVX1 | even-skipped homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT525036 | FRK | fyn related Src family tyrosine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531035 | TDGF1P3 | teratocarcinoma-derived growth factor 1 pseudogene 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT531939 | RBMS2 | RNA binding motif single stranded interacting protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534912 | PUM2 | pumilio RNA binding family member 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT535717 | N4BP1 | NEDD4 binding protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT540498 | ZMAT4 | zinc finger matrin-type 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT541465 | AURKA | aurora kinase A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT554328 | SH3GLB1 | SH3 domain containing GRB2 like, endophilin B1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT561572 | SLC6A9 | solute carrier family 6 member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564715 | ZNF322P1 | zinc finger protein 322 pseudogene 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT576176 | Hmox1 | heme oxygenase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT629712 | XKR4 | XK related 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT636182 | THBD | thrombomodulin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT646315 | MPHOSPH8 | M-phase phosphoprotein 8 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT649174 | IQSEC1 | IQ motif and Sec7 domain 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT666945 | PMEPA1 | prostate transmembrane protein, androgen induced 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT684057 | FOLR1 | folate receptor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT687585 | MAU2 | MAU2 sister chromatid cohesion factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT689953 | ZNF185 | zinc finger protein 185 with LIM domain | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT704071 | SRCAP | Snf2 related CREBBP activator protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT704327 | DCUN1D5 | defective in cullin neddylation 1 domain containing 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT705406 | ATP1B3 | ATPase Na+/K+ transporting subunit beta 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT710488 | CDH5 | cadherin 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT718241 | LCE1A | late cornified envelope 1A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT723182 | CDCA4 | cell division cycle associated 4 | ![]() |
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