pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4708 |
Genomic Coordinates | chr14: 65335117 - 65335183 |
Description | Homo sapiens miR-4708 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4708-5p | ||||||||||||
Sequence | 9| AGAGAUGCCGCCUUGCUCCUU |29 | ||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SHISA6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | shisa family member 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001173461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001173462 , NM_207386 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SHISA6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SHISA6 (miRNA target sites are highlighted) |
>SHISA6|NM_001173461|3'UTR 1 CCGGCGGGGCAGGGCCGGGGCTGCTGGGCGTGGCAGAGCAGAGCGGGGGCCGGGAGGGGCCAGGAGCAGAGCTTCTAGCC 81 TTGCCACTCTCCCTTCCCTTGTCCCCTCTGTAGGAAGTGGGGGTGGGCCACCTTTGCCCAAAAAGCCATACCCCCGGGGA 161 CACAGCCCCGATGGCCTGGTCCAATACACTTAGACCCAGGACCAAGAGCAATCGCTCTTGCTCCTCCAGAAGAATCAGTG 241 GGGAGTGAGGAGGGGGCTAGGCCCCATTCTCACCCCCGACCACCTTCACCAACTCCCTTTCCGTCCCGCGCCTCCTTCTC 321 CCCATCCGGGGGACTCAGCTGCAGGTTCTGTCAGCAGAGAGACCCTTGCTTGACTGTGGTCTGAAGCTGCCTGGGTTTGA 401 AGGGGCCAGCGGGTCCAATCAGTGGGCTGACCGGATAGGCTACTCGGTCTCATTCATTCATCTAGAACCGCATCACAGAA 481 ATCTCCTAGTGCCTAAAAACTGCCTGCTCGCTCTCTCAGAGCCAGGGAGCTGCTGTGTCCATAAGCACAATAATGATTCT 561 TTTCTTGCCTGCTGGAACTCTCTGGTCCCCACTGAGTGACCCTTCCTTTGCTGACCCCTGAGGGCCCAACCCTGGCCCTG 641 TGCCCCTCCCCTCAACTCCAGGACCAGGAGGGGTTCCCTTCCTTCAGCTGCCTCCCCATTGGTGGGAACTCCACCCCCTT 721 CCAGCTGACTGCCCGCCCATAAGGACCCTGGGCCTGTCCTTTCAGCGGGCTGTGCTCCTTCCCTGGCCCTGAGGATTTCA 801 CCCTTGAGTTTTCTGGGGTTTTGGCTGTAGCCTTCGCAGAGGGGAGTAGCAATGGGGTGCTGGCCCTCCCAGACACCCGA 881 TCATCTCCGCACTCCCTCCAGGCCTCTAGACCTGACCATGACTGCCACTCAGGCTGCCTTCTCCACCCCTGCTCTGCTCC 961 CAGGAGGCACCTGCGGTGGCCAGAGAGCCAGGGTGGGGAGGGCCACTGTGATGTGCGGGGTCTCGGGCTCAACATTCGCA 1041 TCCTGCAGGGCTCCACCTGTTCCCACATGCACCTCCGGCAGGACCTAGACAGAAGTTTCTAGAGAGCAGCTTTTCAGCCC 1121 CCAGACAAGGAGGATGAGAGGTGGTTGTCCTGCATCCTCTCCGCTCATCCTTCCTTCCCCATCTCTGTCTACCTGCTCAG 1201 TTCAGAGATCACTCCTACTGCCTGTGTCCCCTTCCCCCACATCCTCCCTGCAACTTTATTCCTCCTAGCTGATCCTTCAG 1281 ATCCGTGCCTCCTCTGGATCAAAGGGACAAAGACCTATTAGCAAAAGCAAACAAAGGTCCTCCAGGCGACTGGCCTAGGG 1361 GCTAACTGGGCAGGTCCCCACAGCATCATCCCTTTGTGCAGGCACTGGGGTACCTGGTAGACCATGGTCCTCAGCTCTGT 1441 TGGGGGACCGCCACTGCCCGCCCACCTCAGCCTCTTCCCCGCCTCCAGCCTGGGGGTTGGCATGGTGTGACGGCCTCCTG 1521 GGGAGGTGACAGTGAATTCAGCAGCATCCGCTCCCCCAAGACCAGAGAGCCTGGTGGGGGAAAGAAGGGGTTCCCTCATT 1601 CTCAGGGCCAGGGCACCCGCTGGGTTGGGGCTGGGGGAATCAACTCCAGGCTATTGGGTGAAGGTGTGATCCTAAAAACA 1681 GTCAGATCCAACAGCAGTGCCCTTATAAATGGGGTTTTACCTGCCCTCAGTTCTGCACTCATGGCCCTTTAAAAAGGCGA 1761 GTGTAGAAGGAGAATTTATTGGTGTCAGCCCTGGAGATTTTTAATCTAACCAAGTCCACAAACCACAGAGAAAGCAATGG 1841 ACTGTGTCCTTTCACTGATTTCAAGAGTTCCAAAGCTCTCATCTCCTTCTCCCCTCTGCAGGGTGTGCCTCCCAACAGGA 1921 ACAGGAAACCATCACCCTGGATCTTAGGGGGATGGAGGCTGGGGGTTGTGAAAGCCACTGTCAGACCCCACACTGGGGAT 2001 GCATTCCTGGAGTCGTGCGGCTGGAAGGCCAGGGACTACCCTCTCTGCTTTCCTCCCAACAGACACATAAACCTTCTTAA 2081 GGGCTGGTCCCCAGGGGTTTATAAGAGTTTGTTCCAGAAGGTGAGGCTAAGAGGGTTGGAAAGGAAGAAGTGAGTCTGAA 2161 TAGAGCAGGTGGCTCCCAGCTGGGCCCCTGAGCCCAGCACCTTTGAATCGTCTAATCTGTGGCCATCCCTTGGAAGGCAG 2241 GATGCTGGTGGTGAGGGGAAAGGACCTGAGTGGCTGAGAATGCCCTTCCCAGGTGTCTACATGCAGGTATACACCAAACC 2321 AGAAAGCTGATCCCATCTCCAGTGTCAAAGCTTCTCAGCACCAAGTTCTCCAGCCCCCAGGGTGACACTTTTCCCCAGGG 2401 GTCCTCCCCAAGCCCTGTCTCTGACAGGGTTTCTGTCTCTCTCAGGGGTTGTTGATGAGTTGATTCCAAGACATTTCTCA 2481 TCCCAGCCTTACCACTGTCTGGCTGAAAGGCTCTGATGTCAGTTGGGTTGGAAAATTCTACTGCAATGCTTACTTCTTTT 2561 CAAGGATTTCTTCTGCTTCACCTTTGGGTCTAGAAGCAAGGAATGAAGGGAGGGAGAGAGGGAGGGAGGGAGGGGAGGAG 2641 GGAAGAAAAAAGAAGTAGAGATAGGTCTACAGACTTGCTCCAATTCAGTCCCACATTTCAAAATCCAGAAAACTATGTCA 2721 TAGCTGGGACAGAGAGGTATCCCATTTATTCAGCTGTCCCATCCATCTTCATGGAACAAGCAAAGCCACATCAATAGGCA 2801 AGTTCACGTAGCAGATAAAAGAGGCTTCTGGGGCTGGAACCTAGATGCCATGATTTCTAGCCCAACCAGGCTGGTGGCCT 2881 CTACCATACATAGAAGTACCATCCACCCTTACAGTAAAAGCCTCCCTCCTGCTCACAAAGGAAGCCTAAAGCCCAAGATT 2961 TCCCTCTCCTTGTTTTATTCATTTTTGCACATCTCTGTTGCTCTAACAGAAATGAACTGGAATCTGCACAGGTTCTCTCC 3041 TGCCCTGAAAGTTCTGCCTGGTTTCCTTGGCCTCTGATGGCATTGAAGCTTTCACAATCCCTCCTGCATCTCCACCTTCC 3121 CTGTCTTGCTCCAGGCTCCTGGCTCCATGCCTTCCTGTGTCAAAAAGGCTTTGCCAAGAATTACTTCACCTCCTAACCAG 3201 GCTTCTGCCCTCAGGGCTCCCCCAGTGTCTTGGGAGTGTCTTGGGCCACACGACTGCCTCTTAGAAAGTTCCAACCTTGC 3281 CCCCAATTCAAATTTCTCCTCCCCTCTTTCCACTCTCCCTCCCAGAAACTCCTGATTTCCAGAAAACCTCAGATTTCCAG 3361 GCCAGGTCACTCATTCCTTCCTCTCATCTCCCTCTTCCTCCATCTACCTTCCTCCATTCACCTTCCTCCATTCCTAATTT 3441 CTTTTCCCTGGTCTTGCTATAATCTCCAGCTCTAAAAATCAGAGCTCTCAATGAAAACAATGGAAGAATAAGACATTCTT 3521 TCGGTCTTCTGTTTGCCTCACTGGTGTATCCTTCATCTCCTGCCCCTGTGAGTTGATACCCCAGTGCACGGAGCCAAGGG 3601 CTTTTCCCCTCTGAGCTCTGGGAGGGAAGGGAATGGAGCTCTGGGTTTGAGATGTCATGGCCTGTGATAGTCAGTTTGGT 3681 TCCTGCCACTAGCAAGTCCCCTGAAGCTCCCAACCCAGCCTGATGTTAGCCCAGAAGCTCCTGCTCTGGCCAAAGACTCC 3761 TATCCTTGAGGGCTCTCAGCCACTGCTCCAACACACTTGCCCCCTTCCTGCTTGTGTATGTCACTTATCCTCCTTTGTCC 3841 ACAAAGACTTGAGGGCCTCCTGAGTCTCCAAGCATGGAGGAATATCCATGCCAACATCCCTGCCATCAAACTCAATCCAT 3921 TTTCTTCAGAGATACCTTGTCTGTCACCAGCCTCCAACTTCATATTCCTTCCACAGGCAACTGTGCACTTGACCCAAGGT 4001 AAAATGAAAGGGCTGCCAATCACTCGGACTCCAGAAGGTGCCTGCCCTGAGAAGAGCTGGCATGTTACCTCCCACATACA 4081 TTTCCTGTCATCCTGTCCGAATCTGGGAAATTTTGCTCTGGAGTATTTTCAAGAAAGCGCATTGTGTTTTAATGAAGTAT 4161 TTTTCAGGGTTCCAATGTTATTTTTTATAAATGCAGCATTTTAATGGCAGATTCAATATGAAGGACATGTCTTCCTGGGC 4241 TCTATATTTGATTTTGGAAGGCAGCATACTCTAGGAGAAAAAAAGCATAGGGCTGAGGCTCTGAAGACACAGCTTCCAGC 4321 CCTGGCTTTGTCTCCGAGGGGGAGTCATGTTCCCCACTCAGTGCCTCAGTTTCCCCATCTGTAAAATGAGGGGCTTTGAC 4401 TAGATGAGCTCTGAAGTTTCATCCAGCTCTTACACTGTAGGGCTTTCATTCCCTGCCAGCACCTGCTCTCCCCGTTCCTC 4481 CCCACCTCCACTGAGCTGCACACATCCCACAATGCCTGCCCCACAGCGATGTCCTCAGATGTCCTGGACAGCCACCGCAC 4561 TCCTCACTAGAGCCTGGGGTGGGCCTGATGGGCTCGGCCACCCAGGGATGCCCTCGTACCTGAAGTTTAAGGGCCTAACC 4641 ATTCAATAGGTCACCAACTGTGTGCCATGGAAGCCCTCTTGTAAAGACACACCTAAACCATCCTAAGTGACTGTGGAATT 4721 CTGGGGAATTCTGAGTTTGGAGTTTCCATTTGGATACGGTCCTTATAGCTGGAGGGAGGCGGTTCCAATTTCAGAGAGGG 4801 AGCTGGCTGGAGAGAAAGGTCTGGAGGTTGGCCCATAAGGGCATGAAGTTTGTACTTGAGGGCAGCTGGGAAATTCATTT 4881 CAAGCTGCAGAGGAACGTGTTCACAGGCTGTTGTGTGGCAATGAATGTCATGATAACCCACTCTGGAATATGTGTCCTGA 4961 AGACCAAGTCTGGACACTGAGGCTCCATTCCAACTGGAGGAGGAGGCATCTCCATCTGGGCTGCTAGGAAGGGGCACTCA 5041 TCCCATCCTAGTACCTTTGTAGCCCTTCGTCATGACACTACCGTCCTCCCGGTGAAGGCTTGTGAAGCAAGAATGGAGAG 5121 TCCAAGTTTGTGATATTCAAACCCATCTTGTAAATCAGCAAACACATTAACCTTCCATCAGTCAGAGAAATAATGTTGTG 5201 GCTGTGTGTTTCCTTAATGCTCTCCCTCCTGAGGGAGGAGAAGACCCTGCTCAACTTTGCTGCCCACCCTGCAGTGACCC 5281 CTGAATGCCACACCATGGGAGGACTCATTCATTGGCTTTGTAGTGGCAAATATTCCTCTAGTTCTATAACTCAACTAGAC 5361 ATTTTGTAGTAAAGAATTCTTGAAATTCTCTAATAAAAAGCAATTCTTACTGTAATATTTTTAGTTTGGGGACACAATTT 5441 CCTAAGGGGGGATTAATGAACATTTTTATGCATTAGCCCAATTTATGAATTCCATGTTTATTATATGGTAGTACTGATGA 5521 AAAGTACCTTTCTATCTGTATCTTTGCAGTTTCTTCGTTACTCATATGTAAGCCTCATGGTAAGCAGTGCTCTAGTAACT 5601 GCTTCTCTGTACAAATCTCATCGTTCTACTTACCTGTCAAAGCACATTCTACATGTACTGTAAACAGATACACTTTAGTA 5681 AGATTTAGTCTTAAGGATTTTTCCACTTTTGTCAGTAACAGATATTTATGGATTAAAAAATAAAGCCGTTTCAACATAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462573. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462573 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl BaL |
Location of target site | ENST00000441885.3 | 3UTR | CCUCCUGCAUCUCCACCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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94 hsa-miR-4708-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT095681 | RBM27 | RNA binding motif protein 27 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT104033 | USP42 | ubiquitin specific peptidase 42 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT114773 | CMPK1 | cytidine/uridine monophosphate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT246923 | CCND1 | cyclin D1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT392569 | ORAI2 | ORAI calcium release-activated calcium modulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443949 | LRIT3 | leucine rich repeat, Ig-like and transmembrane domains 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446695 | PAPPA | pappalysin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447383 | VOPP1 | vesicular, overexpressed in cancer, prosurvival protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449321 | FAM120AOS | family with sequence similarity 120A opposite strand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449717 | C1orf61 | chromosome 1 open reading frame 61 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449738 | TAB2 | TGF-beta activated kinase 1/MAP3K7 binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450531 | PGLS | 6-phosphogluconolactonase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455650 | YARS | tyrosyl-tRNA synthetase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458036 | MRPL12 | mitochondrial ribosomal protein L12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463468 | ZC3HAV1L | zinc finger CCCH-type containing, antiviral 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466677 | TAF1D | TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I subunit D | 2 | 4 | ||||||||
MIRT467789 | SLC2A14 | solute carrier family 2 member 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468167 | SGPL1 | sphingosine-1-phosphate lyase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468652 | SECISBP2L | SECIS binding protein 2 like | 2 | 6 | ||||||||
MIRT469380 | RER1 | retention in endoplasmic reticulum sorting receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470346 | PPP2R5E | protein phosphatase 2 regulatory subunit B'epsilon | 2 | 2 | ||||||||
MIRT472418 | NCKAP1 | NCK associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474612 | KLF3 | Kruppel like factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478703 | CSRNP2 | cysteine and serine rich nuclear protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT481008 | BBC3 | BCL2 binding component 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT483098 | TFPI | tissue factor pathway inhibitor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485113 | SHISA6 | shisa family member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497533 | ZNF607 | zinc finger protein 607 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT500644 | TUBB2A | tubulin beta 2A class IIa | 2 | 6 | ||||||||
MIRT500890 | STRN | striatin | 2 | 4 | ||||||||
MIRT501900 | MED13 | mediator complex subunit 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT506646 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT512675 | ENO4 | enolase family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516977 | OR7D2 | olfactory receptor family 7 subfamily D member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528754 | RPS27 | ribosomal protein S27 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT539670 | ZBTB44 | zinc finger and BTB domain containing 44 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544129 | PPIL1 | peptidylprolyl isomerase like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546382 | STOX2 | storkhead box 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT562143 | IGFBP5 | insulin like growth factor binding protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568713 | TMEM30B | transmembrane protein 30B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571029 | CENPP | centromere protein P | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572781 | ZNF277 | zinc finger protein 277 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573162 | SLC30A9 | solute carrier family 30 member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609126 | NUDT3 | nudix hydrolase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609284 | OAS3 | 2'-5'-oligoadenylate synthetase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613430 | GALNT6 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613770 | TTC38 | tetratricopeptide repeat domain 38 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616645 | LRAT | lecithin retinol acyltransferase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT630892 | SLC25A33 | solute carrier family 25 member 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636526 | FAXC | failed axon connections homolog | 2 | 4 | ||||||||
MIRT641394 | NUBPL | nucleotide binding protein like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641412 | SCN2B | sodium voltage-gated channel beta subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642528 | CERS4 | ceramide synthase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643186 | HYPK | huntingtin interacting protein K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647800 | FRMD8 | FERM domain containing 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652150 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652602 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661606 | C2orf15 | chromosome 2 open reading frame 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666339 | SKAP2 | src kinase associated phosphoprotein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670414 | ELP2 | elongator acetyltransferase complex subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671122 | ZNF573 | zinc finger protein 573 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671155 | ANKRD9 | ankyrin repeat domain 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671338 | FAM71F2 | family with sequence similarity 71 member F2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671869 | ZNF429 | zinc finger protein 429 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671974 | IKZF3 | IKAROS family zinc finger 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672064 | KIAA0930 | KIAA0930 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672654 | SLC25A16 | solute carrier family 25 member 16 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT672673 | GTF2H5 | general transcription factor IIH subunit 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672771 | UBE2V2 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672929 | LRRC2 | leucine rich repeat containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673159 | C1orf50 | chromosome 1 open reading frame 50 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673272 | RUNDC1 | RUN domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673332 | THAP1 | THAP domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673351 | SLC35F6 | solute carrier family 35 member F6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673667 | ZNF440 | zinc finger protein 440 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673904 | DCTN6 | dynactin subunit 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674096 | PLEKHA1 | pleckstrin homology domain containing A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674401 | MYCBP | MYC binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674525 | PRR23A | proline rich 23A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674793 | NPR1 | natriuretic peptide receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674833 | ADAMTS4 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675066 | FGD6 | FYVE, RhoGEF and PH domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675080 | CCR6 | C-C motif chemokine receptor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675126 | FSD2 | fibronectin type III and SPRY domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT679401 | IL10RB | interleukin 10 receptor subunit beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689229 | RPS19 | ribosomal protein S19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694008 | PPIL4 | peptidylprolyl isomerase like 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699671 | SFT2D2 | SFT2 domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706213 | ACOT9 | acyl-CoA thioesterase 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706548 | GJD2 | gap junction protein delta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707418 | RRP7A | ribosomal RNA processing 7 homolog A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710648 | GLUL | glutamate-ammonia ligase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719393 | NPCA1 | Nasopharyngeal carcinoma 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720166 | PNPO | pyridoxamine 5'-phosphate oxidase | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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