pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6737 |
Genomic Coordinates | chr1: 153962351 - 153962420 |
Description | Homo sapiens miR-6737 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6737-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 6| UUGGGGUGGUCGGCCCUGGAG |26 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PGPEP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PAP-I, PGI, PGP, PGP-I, PGPI, Pcp | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | pyroglutamyl-peptidase I | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_017712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PGPEP1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PGPEP1 (miRNA target sites are highlighted) |
>PGPEP1|NM_017712|3'UTR 1 GGGACGCTCAGGTCTCCTAAGACCTCATCCTGCTGGGGACCCCACGAGGGGACATCCACCCTCTGGGGTGTGGCCAGGAA 81 AAGACAAGCTCTTCAGCTTGGGGATCCGATCTGGAAGAGAGATTCTGATCTGCCCACCTCCTCTTCCTCCTTCTCTACAA 161 AAGCTCCGGTTGATTCGAGGGAAGTGGTGAAAATTTTTTTTTCTCCCATTTTCCTCCCTGCATCTGGGGACACAGCTGCC 241 GTGACCAGGGAGGCCAGCCTGGGAGGTCCAGATGCCCAGGGAGAATCTTGGTCTGGTGAATCCATGAGCTGCGATACCAC 321 GGCTGGGGCCATATGTTCACCTGCTTTCCTGTCCGTTGGTGAAGGAATTTCAGAATTCATTTTATATCCAAGACTGGCTT 401 TTACCAAATTTAAAAGCCTCTCAATGCGTCCTCGACCTTGAACTGTGCTCAACAGCCTGGCCCTTTCTGGGGCCACCCTG 481 GGATATGGCTGGCTGGCTGGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTGCTTTCTTTCTTTCTTGCTTTCTTTCTTC 561 TCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTAAATAGTGCTAGTTTGGGCACAGAGTAATTTATATTCCCTTTGGTTAAAATGCAG 641 GCTTTTTAGCCAACAACAAAAGTGTTTTCCCCCCACCCCCACTCGCCCACCAGGGTGATGCCACTTTTGCCTCCTGCCCT 721 GAAAATTGGACTTAAGATGCCATGTCTTGGCCAGGCGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGAAGGCCAGGG 801 TGGGCGGATCACCTGAGATCAGGAGTTCAAGATCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGCCTCTACTAAAAATACAAAA 881 ATTAGCCGGGCATGGTGATGAGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCTGGAGAATCGCTTGAACTTGGGAG 961 GCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACAGCTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAACAATTG 1041 GACTTAAGATGGCATGTCTTTGTTTTAGGGCCAAAAATGAGGCCCCCTTGCTTAAGGCATGGGGTCCGTGGCCAGGCAAC 1121 GGGGTGGGACTGCTGCCCCAGATGTGGCCATGGGGGTCGTGGTCCTTTCAACACCAAGCTATGAGCTGTCGCCATGGAGA 1201 CCAGGGCCACCTGTGGAAAGGCGGATTTTGTCTGCTTTTGACTTTTCTTTTTTAATATGTAAAACTCCACATCAGCGGAA 1281 ACCCCCCCCTACTTCTGGCCTGGAGCTTCAGGGTTTTGGTGCTGGGACGAGTTTGTTGTTCTCCTTAGCGGGGTGGCGCG 1361 GGGGGCTCAAAACGGGGGCGCGGGGGCTGGAGTTGGCAGAGCTCTGCATGTCCCGGCATGTCTGAGCAGGAGGAATTCCG 1441 GGCGGCCAAAGGGTTTTATGTAGATTGCTTTTGGACACTCGCCCAGGAGTCAGGAGTTGATTTTTATCTCACTTCCTGGT 1521 AACCTTGAACTTACCAGGCAGGGATGAGATGACGTAAACTTCCTCAGATGATGTAAGTTCAGCCACATCTTGCTGCCCAT 1601 TAGGGAGAGAGGACGACCCCCACAGTGAAAGTAATTGAGTGAAATGCACGTTCTGGAAATCAGTTTCTATTTTGGCCTGG 1681 AGGAATGTGGCTATACTGCTTCCCTGAGTGTGACACAGTTGGAATCTAATCTTGTTGGTTTCCCAACATCTAGGTTTTTG 1761 TTTGTTTGTTTGTTTTTATGATAGGGTCTTGTTCTGTTGACCAGGCTGGAGTACAGTAGTGTGATCATGGATCACTGCAG 1841 CCTCTACCTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCATCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCATGCACCACCACACCT 1921 GGCTAATTTTTAAATTTTTTATACAGACAGGGTTTCACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGACTCAAACTGA 2001 TCCTCCTTTCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCCAGTTCTTTCTTAAAACAGC 2081 TGAGAGTTTTGTTTTCTTCAGCGTTCACCTTCCTTGTCTCCAGTTCCGATGCTGGCAGTGGTTCCTACCTCTGTTGGGTT 2161 TCTAGATAGTTTGGGAACGGGGTTGATGGGTTTCTGTGAAACACATTTTCCAAGTCTTGGGCTTTCTCTGGAGGGGAAGG 2241 TGGATGCTGGCGGGTGACTTGCAGTGGGCGCCTGGCAGTGGGTGTGGACTGTAACTGACAGGTGGAAATGAGTAGGGACA 2321 CTATTGTTCCCTCCATGCCAGCTTTTTTTTTTGCTGGAAATGCCCCCTCCACACCCCTGGTAGCTCTGTGTCCTGAGAAA 2401 TCCAGAGTGTGGGAGACATCACTGCATCTGTCCCCCCAGCTTCTGTGAAGGGAAGCTGTGGCCTCTTTTGAATGTGGGGA 2481 ACAACTGAAGACTCAGGGGTCACCCAGAGGTCTGGTGGAAAGCAACTTCAGGTTTCATCTTGCTCTATTCCTCAAAGGTC 2561 TGGTCTGTGGGCCTCTGAGGAGAAAACAGGTCTAGCCAAGACAGGGACAAAATGGGGAAGGGGATGTGCCAGGCCTGAAC 2641 TGAGCTAAGCACCTGCCCCGGGCTCCACACTTCCATCTTTCTTTTGTCTTCATTTCACCTCTGTGTTTAAAGCACTGTGT 2721 GACATAGCTCCTTAGAGATATAACCTATTGTCTGCTCATTGTCACGTGTGTGTGTGTCATCTTTGTATTCTTGCAGTGGT 2801 TTCACATTTCCTTACCCAGTCAAGCCAGTATCCCATCCTTCCTCATAATGCACAACATTTGGCTCATTTTATTTTTCTCA 2881 TTGTTATTTTTTATTTTTATTTTTTGAGATGGATTCTCACACTGTTACTCGGGCTAGAGTGCAATGGCGTGATCTCGGCT 2961 CACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTTACACAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCCGTCA 3041 CCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGCAGCTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAAATCCTGACCT 3121 CAGGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGCGCCTGGCCAAGTTTTTTACAA 3201 ATATTTTTCTTTTGGTGGAACTCATCTGTGCACTCTCTGGTGTGTTTTTCCACCTTTGTTGGGTCTTGGCTTAAAATATC 3281 CTCATGTGGGCTAGGTGTGGTTACTCACACCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAGCCA 3361 GGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATAGCAAGAGATCCCATATCTACCAAAACATACAAGAATTAGCCAGATGTGGTGG 3441 TGCATGCCTGTGGTCCCAGATACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACCTATGCCTGGGAGGTTGAAGCCCCAGTGAGC 3521 CATGATCACACCACTGTAGTCCAGCCCGGGTGACACAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCTCATG 3601 CAAGAAGGGAAGGACCAAGTCCCATTCCCTCTTGCCTCATTTTCAGAGCCTGGGGTAGGGGCTACAGGTGGCATAGGAAG 3681 GGTCTGCAAGGTGGGTGGGACTTGGCAGGTGTTGGGAAGAGGAATAGGGGTGGCAAGTGTCAATGGTGAAAAGACAGGCT 3761 GAGGGGTGTGGTGGGAAGGCTGGGGGAGAAAGGTGAGAAGTGATTGGGGGGGCTTCCCTGATGAGTCCTCATGGAGGGTG 3841 CTGAGGCAGGGAACAGGGGTGCAGGGACAGTGATCAGGGCACCTGGTACCCTGACCAACTTGATGATGGCATCTCTTTTA 3921 AGATGCCCAAGTCTGCGCACTTTTATTCCTTTATTCGGCCCCTAGCACCCCCTCCCCACCCCAAAGAAGGTCAGTTGCAT 4001 GCGTGTGGGGATGTAGCTCAAAAAAGAAATAAGATGGAGTGGAAAGGAAAGAAAGGAAGAAGCAGGAATTCAAGGTGGGT 4081 GGGCTGAGCTTGGGGCCACCTAGCCCACCTGCTCCAATCAAGGGCTGGAACAAACCTGAGGCCACTTGGAGAGGCAGGGC 4161 TGGGCAGGGACAGGGGGTGGGGGCCGAAATCACAGCTTCCCCATCAGAGCCAGATGTGTGAAGGAAATGTCCCAGATGGC 4241 AGTAGTTTCTCGGCAAGGAGGGGAATCCTGGAGATGGTTCATGTCTGTGATCCCAGTGCTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAG 4321 GATTGCTTGAGCCCGGGAGTTCGAGACCAGCCCTGGGCAACATGGCGAGACCCCATCTCTACAGAAATTAAAAAAAAAAA 4401 TTAGCCAGTTGTGGTGTCAAGCACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGTTGGGAGGCTTATCTGAGCCCAGGAGG 4481 TGAAGGCTGCAATGAGCCATGATTACACTACTGTACCCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACCCTGCCTCAAAATTAAGAA 4561 AAAAAAAAGGGGGGCCAGGCGCAGTGGCTTATGCCTGTTATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGACTGATCGCTTGA 4641 GGCCAGGAGTTTGCGACCAGCCTGGCCAACATAGCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGTCAAGAGTGGA 4721 TGGTGCGTGCCTGTAATCCCAGCTACCTGGGAGGCTGAGACAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTG 4801 GTGTGAGATCACGCCACTGCATTCCAGACTGGGCAACATAGCAAGACTCTGTCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTCC 4881 CTGCTCTGCTTTTCTGCTCGTTGCTGGCATAGAAACATCTAGAACAGAAAGTATCCACTCTGGGGCAGATGGGAGAGCTG 4961 GAAAAGTAGATTCAAGATGCCTTTTAGTCTTGGAAGTTTCTTCCAGGAAGCAAGACCAGCTGGTATGTTTACACCTGCAC 5041 TCCAGTGCCCTGGGGAGGTGACCAGGTGGAGGGGGATGGCTCATGGAAATCTGTCCCGCACAGCTGGCCCCCTTTTGGCT 5121 GCCACTGTCTAGACTGTTGGCCTTTGACCTCTCTGCCTCTTGTGGCGTCTGAACCTAGACGTCCCTTTTGGAGACAGCTG 5201 GACAAAGCCCTATTCTCCGCAGCCCCAGCCTCTATCCTGAGGCCTCTGGGAGCTGCGTGACGGCCAGCATGGGGTGCTGA 5281 TCATGGTCAAGGAGGCAGGTCTTTGCCAGGTTGCCCCATGCAGCCACCCATCCTCAGCATCCTAACTTGAGGGGGCAGGA 5361 GAGGGCTTTGTTTTTATAATCCGGATTAAATTTCCCTTCCCTGGGCACAAGTGCCTCATGAGGGCCCGGGGCTGCTGGTT 5441 GGGAGGGAAAGCATCCCCGTTTTTGCAGTGAGGAGGCCGGCCGAGGGCTGGGGTTCCACTTAGACCCTTGGCAGAATGGC 5521 TGTTGAGGGGCAGGCGCTGCCCAGTGCCCACGTCTGGAAAGCTAATTCCCGGGTGGACGCTGAACATACCTGCTGAGAGA 5601 CTCTGTCCCCTGGTTTCCAGGACAGTTGTCACAAGCTGAGTGGGGGGGGACTCCCAGGACTTGAGGGACCCAGTCCCACC 5681 CCAAACTGCTCCCCCTCCCCCAAATTCCCTTTCTCCTCCTGCTCTTTCTCCCCGCTGTGCCTCCCCCAGTTACCCACAGA 5761 AGTGCCTGCCTCTCCAGCGCTCACAGAACACACAAAAAGGGACAGGAATTGGTCACTGGGTAGTGGCCGTGGCTCCTGAC 5841 GATCCAGACCAGCGTCTGGCCCAAGCCATTCAGAGGTGGGGTCTGGGGCCTGGGGGTTTTGTGTCGTGACACTTTGTCTC 5921 AAGGAGATTCCACATAGGGATTTGAATTAGGCTTTCTGCTTGCCAAGGCCTGTGGCATCTGAGCCTGGCTGAGGGCCGGG 6001 CAAGCCTCCCCTGAGCCTTTGGAAGCCGAGTTCACTCTCTGCCTGCCCAGGGGAGCACCGGCTTGGTTCTGGGGGCTCCT 6081 CTAACATCTCAGGTTTTTATCTTGTCTTAAATTTCTTTCTAGGAAAAAACCCTTCCCTGCCAAAGGTGACTGTGTTTTCT 6161 GCCGCCGAAGGAGGGCCCGGTCCCTCCAGGCTCAGTGTGGCTTCTCCCTGACCCCCGCCCTAGAACTTTTGCCAGTGCCT 6241 TTTCTGAAACTCCTGTGTCCCGGGCCCCCCAGGCGGAGAAGGATATGCCGGATTCTGCCTGGGGCTGGGCTCTAGGAGAC 6321 CCCAAATTTGACACCACAGAAAGCAAATAAAACACTTGAAATACGCATAC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545212. RNA binding protein: AGO1. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | C8166 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462572. RNA binding protein: AGO2. Condition:C8166 NL4-3
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545212 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000597431.2 | 3UTR | AACUGCUCCCCCUCCCCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1462572 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | C8166 / C8166 NL4-3 |
Location of target site | ENST00000597431.2 | 3UTR | AACUGCUCCCCCUCCCCCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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67 hsa-miR-6737-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT066215 | MARCH9 | membrane associated ring-CH-type finger 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT074413 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT125300 | MID1IP1 | MID1 interacting protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT153951 | NCOA3 | nuclear receptor coactivator 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452776 | FAM136A | family with sequence similarity 136 member A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452977 | CABP4 | calcium binding protein 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454128 | FOXRED2 | FAD dependent oxidoreductase domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455242 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT459007 | UQCRH | ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT459463 | MUC17 | mucin 17, cell surface associated | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT460871 | UBE2S | ubiquitin conjugating enzyme E2 S | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461264 | COX10 | COX10, heme A:farnesyltransferase cytochrome c oxidase assembly factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464540 | UBTF | upstream binding transcription factor, RNA polymerase I | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT465268 | TRIM28 | tripartite motif containing 28 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT465871 | TMEM43 | transmembrane protein 43 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT466228 | TMED10 | transmembrane p24 trafficking protein 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468417 | SETD1B | SET domain containing 1B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468684 | SEC22C | SEC22 homolog C, vesicle trafficking protein | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT473399 | MDM4 | MDM4, p53 regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473517 | MAX | MYC associated factor X | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474511 | KLHDC8A | kelch domain containing 8A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475801 | HDGF | heparin binding growth factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479493 | CDH6 | cadherin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT480770 | BMP2 | bone morphogenetic protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT481418 | ASB6 | ankyrin repeat and SOCS box containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT482966 | CSTF2 | cleavage stimulation factor subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483380 | SPATA6 | spermatogenesis associated 6 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483677 | CYP11A1 | cytochrome P450 family 11 subfamily A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT484328 | EPN1 | epsin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT484963 | UCK1 | uridine-cytidine kinase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT485908 | PGPEP1 | pyroglutamyl-peptidase I | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT488149 | PRRC2B | proline rich coiled-coil 2B | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT488943 | CYP2W1 | cytochrome P450 family 2 subfamily W member 1 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT491835 | ZBTB7A | zinc finger and BTB domain containing 7A | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT493026 | NAA50 | N(alpha)-acetyltransferase 50, NatE catalytic subunit | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT499374 | PLCG2 | phospholipase C gamma 2 | ![]() |
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2 | 11 | ||||||
MIRT499723 | USH1G | USH1 protein network component sans | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT500349 | ZNF385A | zinc finger protein 385A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT509574 | HIST2H2AB | histone cluster 2 H2A family member b | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT512794 | GLRX | glutaredoxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT513291 | SETBP1 | SET binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT515697 | ZNF321P | zinc finger protein 321, pseudogene | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT518255 | LEAP2 | liver enriched antimicrobial peptide 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT522026 | PAQR3 | progestin and adipoQ receptor family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT523169 | HIST3H3 | histone cluster 3 H3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524036 | DNAJC8 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533476 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT541488 | ADM | adrenomedullin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553987 | SRPR | SRP receptor alpha subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571445 | YKT6 | YKT6 v-SNARE homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574889 | Plcg2 | phospholipase C, gamma 2 | ![]() |
![]() |
2 | 7 | ||||||
MIRT607544 | GLI2 | GLI family zinc finger 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT607688 | MAPK10 | mitogen-activated protein kinase 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610072 | CRLF1 | cytokine receptor like factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610573 | CACUL1 | CDK2 associated cullin domain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614041 | THBS2 | thrombospondin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626318 | LRTOMT | leucine rich transmembrane and O-methyltransferase domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634005 | RIF1 | replication timing regulatory factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639619 | FGF19 | fibroblast growth factor 19 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT647343 | RPH3AL | rabphilin 3A like (without C2 domains) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689704 | ATXN2 | ataxin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691170 | APOL6 | apolipoprotein L6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT693165 | NPR1 | natriuretic peptide receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711727 | NUPL2 | nucleoporin like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711806 | ELN | elastin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT721546 | FXN | frataxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722979 | GDE1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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