pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6737 |
Genomic Coordinates | chr1: 153962351 - 153962420 |
Description | Homo sapiens miR-6737 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6737-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 6| UUGGGGUGGUCGGCCCUGGAG |26 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PRRC2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BAT2L, BAT2L1, KIAA0515, LQFBS-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | proline rich coiled-coil 2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_013318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PRRC2B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PRRC2B (miRNA target sites are highlighted) |
>PRRC2B|NM_013318|3'UTR 1 CAGTGCCTGGCTGCCACCTCGCCTCTCCCTACTGAGGACGGTGCCGCCATGCGGCCTCGACACAGCCGACACTCGGGAGC 81 CTCACCAGATCCACCGTCCAAATGCGTGGCCCAGACTGAGAGACCTCCCTCCTCTCCACTCCCGAAAGCTCCGTTGTCAA 161 CCAGCTTGCACCCGTGGATATATGGCATTGACCCGCTTGCTTTGATACGAAACAAAAAAGCAGACGACTCCTTCATCCCA 241 TCTGCTCCTACCGTGACTGTGGAGTGACGCCTCCTGTGCAGTGCAGATTTGCCCTCCCTGCCTCCTCCCTGTCCTGCCGC 321 GCAGCCAGGGCGCCTTCTCAGCAGTGCTTCCGGCCCAGCCGCCCATCCCTAGGCACAGTGATTTGGCAGCAGGGTCATTT 401 TACTTTGAGGCTTTTTGTTTTAAAATGTAGCCAAGGTTTTTACAAAGGGGAAAGGAAAAGAAAACAAAAACGCAAGCTCC 481 ATGTGTATAGCTGAACTTTTATATGTTTCTTGCCAGCCCCTCCGCTCCCTTCCATCTCTAGCCTCTGTCCTGTTTAGTTT 561 GATACGTCACTGCAGTACCTTAAGAGGTGACTCTTAAGAATGCATCCCCTCCTGATTCCTCAGCTGGTTCACCCTTGAGG 641 TTATTTGCAAAAAGAAAAGGAGGTTCTTGAGGGCACCGATTGCGAGCATTCTGGTGCCTGGCTCCCCGCCTGGGAAGCGA 721 TGGGGTGCTCAGAGCAGCAGGCAGGTTGGGGGAGGGGGGGGGTCATAGTTGGGTTCCAGCTCCTGGCTTGATGAGCCCAG 801 GGCGCTTACAGGCAGCCCATGAAGTTGATGACAGTTTTAGCATGAGAATCACACAGGGTCCCTGTCCTGGGCTCCTCTAA 881 AGCCAGTGGATGTGCTGGGCACCAGAGACAAATCATGGAGATGGCTGCTGGTGGCTCCCAGGTTGGCCCAGATGGGGTGA 961 GCTGACATACCACAGGCCCATCCCAGGCCCCGTGGGCTCTGCTTCTGGGGCTCCATACCCTGCCCTGCAGGGGTGCTGTG 1041 TTTTTCACACATTTCTTTCCCTGAAGCCTTCTGTAACCTGTCATTTTCCTTCCTTCCTCTTCCGGAGCCTGCTGCTTTCT 1121 CTGGACCTGTCTCCACCTCCCACACAGCTCATCGTGAACACCACTTGGTGATGGAGGGAGTGGACCCGTGTGTGGTCCCC 1201 AAGTGAGGCCACTGGGAGTTTGTCCTTTTCCTCCTTTGCTTCACTCCCAGCAGCAGACCCAGGTTGTCAGGACAGGAGGG 1281 CCTGAGCTAAGCAGTAGGCATCAGTCTCGTTTGTCTTCAGACGGCGGGGGCAGGTCCAGGGTGAGGCTGGGTGGAGGGCT 1361 GACCAAGGTCCAAAGGGCCTGCGCAGCCTCCGGGAGGGCAGCTTCTCCAGCCAGAGGCTTGTGTGAGCCATCGTGTGCTG 1441 GGCTTGTTTTTAAGTAAGAAACAAGGAAATCACTCCAGATTCTGTCATTCCAAGGAAAGGGAAGGGGACAGTTCAGGTTT 1521 CTCAGCTGTTCTTAGGGGTCACTGAGCGTCTACCTCCTCCTCCAGAGGAGGCTGGCTCAGAACACCTAGAGGAGGGGGCC 1601 GGGGATGCACCCCCCACCAGAGGCTGCCTTCAGCGTCTCACGGGTGCAGGACAGCGCTCAGGCTTGGGCTCTAAGCTCTG 1681 TGTCTAGTGTAGAACATGGGGAAGGAGCATCTTAGGAACTGCTGAAGTAACTTCTTACTGCTCTCACAATTCTAAGGAAG 1761 CGGGAGAACGGCCTCCTACCAACAGCGCCCACCCCAGAGCTGCCTGGGAAAGGGCAGTTTTACTGAAAGGTGCTTTACTG 1841 TTCACCTGCATCTTTCAGCAGCTCCCCTCCTGCCCTCACCTGGTCTTTTCCCTCTTTATCCCAAGCCTTTATGCTTGAGT 1921 CCCTTCCCCAGGGGCTGCCCACCCGACAGTTCCAGGCATTCCCTACCTGAGCTTCTTGTCTGCTTTTCCTTCTCCCACTG 2001 CAAGCGGCTGCTTGTGGGGCCTGGGATGAGCCCTCTCTGTCCCCACCGGCCCTCCTTGCCAAGCCATTCCTGGGTGAGTT 2081 CAGGCCTGCGGGAGCCACACATTCATCTCCACCTGGACACTTGAGCCGCATGGCCAGACCCCTCCCACCTGATGCGGTGG 2161 TGCGTGTGATTTGTCAAAAGAAAGCCTTCTGGATGCTGTTAAGATGTACCCTTCAGGTGAACCTGGTATCAGACCCACAG 2241 TACTTGCTGTTTGAGAAAAAATAAAAACAAAAAGGTCACCTGTTCTCCAGCCCTTTTCTCTTACCTGGTATTTCCTTCCT 2321 TTCTCCTCCCCCACCCCAAATAAAAAAACAAAAAACACTAGAATTTATTTATATGTATTGATGTTGTAGGTCTAGGTGAA 2401 AAAAAAAGAAGTAAATGTTTCACTGCTCTATTTATATATAATGTCTGAATTAATTCTGTGCAGGAAAGGCCAGGAAATTG 2481 CATGTGAAGTTCGGTGCAGTCACCACCTGTGTGTGACCTGAGCTGCAGTCTCTTCGCTGAGATGCAGGTTTTAAATGAGA 2561 CTTGGGGGGCTGAGGGCAGGCCTCAGGCCTCCCAGCGCCCCAACCCCTCCTTGGTCTAATGAAATGCAGTTCTTAGTGCA 2641 GAGATGTTTTAAGGTGCAATATATCTCTTCCTTTCCCGTGGTTTTAGAGCCAAGCTCAAGGTAGTAGGACGTAGGGTCTT 2721 ATTTTGTTTTCAAACCCCCATCCTCAGAGCGCAGATACATGCAGAGGCTTCTGCCAGGATACCACGGGGCCTTAGTGGGA 2801 ACAGGTGGAGACCAGCACTTCCCTTTCCTGCTGCTGAGGTAGGGATTGGGGGGTCAGAACCCACTCACTTTTGCCTGTTA 2881 AAGTTGCCCTCCTGACGCTGGCAGCTCTGCCTTGGTCACTGGGGATGCGGCTCGTTGCTCAGCCACCAGTGGCCTTGCGG 2961 TATTGTCCACCATCCACTAGAGTGGGATGAAGTCCAGAGTGTGGGTATACATCTCAGATGCCCATCTACCCACTGGGGAC 3041 TTCAATGCCAGCTGCATTTGGTTTGGTTTTCTTAACTGTTGGCTTCTCCCCACAGCGTTTTTTGTTTTTTTTTAAACATT 3121 CATATTGTTTTCAAACTTGGAATTCATAGACACTCTGGCTCTAGGTTCCTTAAGGGGGAAAACAAAAGATGACTTTATTT 3201 CACATTCAAGAAAATCAGTTCAGTTCCAAAGCTGTGGTCCTTCCAGCCACTTCTAGGGACACTGGGGAACCTTGTTAAAC 3281 GTTGACATCAGTGCTCTCCAGCCGTGCTGTCACCCTCCTATCTTCTGGATCTGCCTTCGCGATGGTCAGTGACAGCTTCT 3361 GGAAGCTGAGCACACACAGGTGCACAGCCATGCTGTGGTCTGGCCTGCTACGGCAGCATGGCAGCTCTGGTGGAGCCTTC 3441 TCCCTTGCCATTTGGTTCCCCTGTGCCAAGTAGCTGCAGGCTGCCCCTCAAATCTTCATTTGTCCCTTTTCACTTCCTGC 3521 AGAACAAGCCTGGGTTAGAGGGTCTGCTGGAAATGGCCTTTGAAGACCAAGGATACCAGGATGTGTGCACTCTGTCGTGT 3601 TCTGTGATGAATGGGAAACGTAGGCTTCCAGAAAGCCAGCTCTCTTCTGAAATGTGACGGACCTAAGCAGGAAGTCATCC 3681 AGGACAGGAGTGGCTCAGTGTTGGGGATGGACGCTGTCGCCCAGCCATGCTCCACCAGGGCCACCAATGTGTAGTTGGCT 3761 GGTGGTCTTCGGGCATGTGAGACCTGCTCTTCACTGTTTCCACCCCACTTGGTGGCCTCCAGGATGGTAGTGGCACCCTC 3841 AGAGCCCCATCTTCAGCATGTTCTGAAGCCTCAGAGTGGAAATTCCTGCTAAGGCTCTGTGTGGACGCCTTTCTCCCGTG 3921 ATCTAAAGGGGACACTGTACTCAAGCTTTTGACCTCATGCCTTGTGTAGTAAAAAAGGATTTGGGGGTTTTGTTTGGTTC 4001 CTGAGAGGGTTGTGTTTTGTTTTTGTTTCCTTTTGTTTATGTTTTGGCCTTTCCTCTTTGTCTTTCCATGTAGACCAGAT 4081 ATTTGAAAGGGCAGACGATGGCTAGAGGTGTAATGTGCAGCTTGTTTATACGGTATTTTGGGAAACTTACCTTGGATGGG 4161 AAATCGAATCGTGGATTCACCAGGCCGGTGCTGGCACACTCACCCTCGCCCTTTCCCTCCGGTTCAGTACCTATTGTTTC 4241 TCCTTTCAAATATGTGATTGTACTAGCTCTTTCCATATGAAAGAATTCTCCTTATTTAAATAAAAAAAGTTTAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545212. RNA binding protein: AGO1. Condition:Control
PAR-CLIP data was present in GSM545215. RNA binding protein: AGO4. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | C8166 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462572. RNA binding protein: AGO2. Condition:C8166 NL4-3
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545212 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000372249.1 | 3UTR | CCUUUCUCCUCCCCCACCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM545215 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO4 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000372249.1 | 3UTR | CCUUUCUCCUCCCCCACCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1462572 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | C8166 / C8166 NL4-3 |
Location of target site | ENST00000372249.1 | 3UTR | UCCUUUCUCCUCCCCCACCCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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67 hsa-miR-6737-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT066215 | MARCH9 | membrane associated ring-CH-type finger 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT074413 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT125300 | MID1IP1 | MID1 interacting protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT153951 | NCOA3 | nuclear receptor coactivator 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452776 | FAM136A | family with sequence similarity 136 member A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452977 | CABP4 | calcium binding protein 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454128 | FOXRED2 | FAD dependent oxidoreductase domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455242 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT459007 | UQCRH | ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459463 | MUC17 | mucin 17, cell surface associated | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT460871 | UBE2S | ubiquitin conjugating enzyme E2 S | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT461264 | COX10 | COX10, heme A:farnesyltransferase cytochrome c oxidase assembly factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT464540 | UBTF | upstream binding transcription factor, RNA polymerase I | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT465268 | TRIM28 | tripartite motif containing 28 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT465871 | TMEM43 | transmembrane protein 43 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT466228 | TMED10 | transmembrane p24 trafficking protein 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468417 | SETD1B | SET domain containing 1B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT468684 | SEC22C | SEC22 homolog C, vesicle trafficking protein | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT473399 | MDM4 | MDM4, p53 regulator | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT473517 | MAX | MYC associated factor X | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474511 | KLHDC8A | kelch domain containing 8A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475801 | HDGF | heparin binding growth factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479493 | CDH6 | cadherin 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT480770 | BMP2 | bone morphogenetic protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT481418 | ASB6 | ankyrin repeat and SOCS box containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT482966 | CSTF2 | cleavage stimulation factor subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483380 | SPATA6 | spermatogenesis associated 6 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483677 | CYP11A1 | cytochrome P450 family 11 subfamily A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT484328 | EPN1 | epsin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT484963 | UCK1 | uridine-cytidine kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485908 | PGPEP1 | pyroglutamyl-peptidase I | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT488149 | PRRC2B | proline rich coiled-coil 2B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT488943 | CYP2W1 | cytochrome P450 family 2 subfamily W member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT491835 | ZBTB7A | zinc finger and BTB domain containing 7A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT493026 | NAA50 | N(alpha)-acetyltransferase 50, NatE catalytic subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT499374 | PLCG2 | phospholipase C gamma 2 | ![]() |
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2 | 11 | ||||||
MIRT499723 | USH1G | USH1 protein network component sans | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT500349 | ZNF385A | zinc finger protein 385A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT509574 | HIST2H2AB | histone cluster 2 H2A family member b | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT512794 | GLRX | glutaredoxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT513291 | SETBP1 | SET binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT515697 | ZNF321P | zinc finger protein 321, pseudogene | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT518255 | LEAP2 | liver enriched antimicrobial peptide 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT522026 | PAQR3 | progestin and adipoQ receptor family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT523169 | HIST3H3 | histone cluster 3 H3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524036 | DNAJC8 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533476 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT541488 | ADM | adrenomedullin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT553987 | SRPR | SRP receptor alpha subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571445 | YKT6 | YKT6 v-SNARE homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574889 | Plcg2 | phospholipase C, gamma 2 | ![]() |
![]() |
2 | 7 | ||||||
MIRT607544 | GLI2 | GLI family zinc finger 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT607688 | MAPK10 | mitogen-activated protein kinase 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT610072 | CRLF1 | cytokine receptor like factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610573 | CACUL1 | CDK2 associated cullin domain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614041 | THBS2 | thrombospondin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626318 | LRTOMT | leucine rich transmembrane and O-methyltransferase domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634005 | RIF1 | replication timing regulatory factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639619 | FGF19 | fibroblast growth factor 19 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT647343 | RPH3AL | rabphilin 3A like (without C2 domains) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689704 | ATXN2 | ataxin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691170 | APOL6 | apolipoprotein L6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT693165 | NPR1 | natriuretic peptide receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711727 | NUPL2 | nucleoporin like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711806 | ELN | elastin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT721546 | FXN | frataxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722979 | GDE1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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