pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1273h |
Genomic Coordinates | chr16: 24203116 - 24203231 |
Description | Homo sapiens miR-1273h stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1273h-5p | |||||||||
Sequence | 33| CUGGGAGGUCAAGGCUGCAGU |53 | |||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SSBP2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | HSPC116, SOSS-B2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | single stranded DNA binding protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_012446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SSBP2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SSBP2 (miRNA target sites are highlighted) |
>SSBP2|NM_012446|3'UTR 1 TCCATTACCAAGTCTCCTCATGAAAACCACAGTGAGTCAGCCCTTCACAGAACTACTACGGAAGAAAATTATTCATCACA 81 GTGTACAGTTAAACAAAGGAATCTCAGTCACACCAAACCAACCTTTTTATTTCCTGCTCTCTCCCCTCTTTTGTGAAGAA 161 AGCGGGTCCAAATGTGATTCAAACAACTGTACGGAGTGGCATATTAGAATTGCCCTAAACTGAACTGCAAATAATTATGT 241 GTGTATGTATATGTGTGGGAAAGAGAATGTACTGTATATGTGTATGTTATACAGACATATACACATACATACATTGACCC 321 ACAGGACATTGTAAAATATTATCACATGACATCTTAAGTAGAAATAAGTAGGGACTTTTATTCCATCCTTTTTTTCACGT 401 TTACATTTTAATTATTACAAGTTGCTCCTGCCCCCTCCCTGAACTATTTTGTGCTGTGTATATCACTGCTTTATATAAGT 481 TATTTTTTAAGGTGAACTCAGATGTTATGGTTTTGTAAATGTCTGCAATCATGGATAGGAATAAAATCGCTTATTTGAGA 561 GCTTTCATTAAATTGCGTCTGATGCAAGTTATCCTGTGAATCACAAAGTGTACTGTCTCAAAAAATAGAAGAAAATGTGT 641 CTTCGTCTTTATGTTGAATCAAACAATTTCTCAGTTACCTTCAGTGAAAAGTATTTTTTTAATTTTTATTTGAGAAAAAC 721 ACTTCAAATCAGTAAAAGCTTAACTGGGGCCTCACACAGTATATTTCTGCAATAACTGCTTTAAACGGAGTTCTTGATTT 801 GTTTGTCTTAGATGATACAGAAATCATTAAATAGCCCAAATCATTTAGACCATAGCAATAAAGTGACCGGGGTTGTCATA 881 TATTTAGCAACATCTTTTCTCTTTAACATGATGAAGCCCAAAAGTGATAACAAAAGCATTTGCTTGAATTTGTCACTTCT 961 CACCAGGAGTACTAGAGGTAAATTTTTAATAACATACTAATGTGAAATGGTATCTGGTTTTTATTCAGACTTTTTGTGAG 1041 CATATTCTTATAGACACTAGAAATAAATACATAGAAGGAGACTTTGAGCACAAGGGAGAAGAGAGTTATTAGCACTCCTG 1121 AGGCCTCTGGAATGCTGCTTTTCTATCCAGGTATCTTGCTTGCTACCAGCAGAATTGACTGGTATTGGTTCTCACTGGCC 1201 AGGGAGCCTCTGCTCTGTTCCTGGAATATAAGGCTTTTATTCAGGAGCAAATCATTGATAGTAACTTTGCTTTATCTAGC 1281 CATTGACTTCAGCAGGCTAAAACTACATTGTGTAACTGACTGTTCAAAAAAGAATAAGTAAATTTTTTTTAATCTAATTC 1361 CCTTATGGAAAGCACCTTGCTCTATGGCACTTTCCAGATCTTTTGGGATTTTGTGCTTAATTATACATACATACACCAAA 1441 ATCACAATAGAAAGATATGAAGACTTTAATTTTAGACTCTGAAAGATAACTGGGTGATCCTTTGTGTTAAAATTGTGATA 1521 CAAACAACCATTGATAAATACCAACTATGAATCCAAACTCTAGAGACTTTGAAAAGCATTGTTTAATTGCAGGTAAGAGG 1601 AATCTTCTCTTTCCTTTAGGCTTATAGTCTCTAAAGTGAAAATTTGGCAGGATATAGTCATGCAGCTCATAATGACATTC 1681 CAATCAACCACAGACTGCATATACAGCAGTGGTCCTATAAGATTATAATACCATATTTTTAGCATATCTTTTCTATGCTT 1761 AGATACACAAATACCATTGTATTACAGTTGCCTTTGGTATTCAGTACAGTAACATGCTGTACAGGTTTGTAGCCTAGGAG 1841 CAATAGTTTATATTATATAGCCTAGGTGTGTAGGAGCCTATACCATCTAGGTTTGTGTAAGTACACTCTATGATGTTCAG 1921 ACAAGGACAATATTGCCTGACAATGCATTTCTCAGAATGTATACTTATCATTAAGTAACATATGACTGTATGTACTAGTT 2001 CCTGATGACTTACTTCTCTCAAATTCATAATGATTTAGTCCTTGTAAAAATAAAGATTTTGCCTGTGCCTAAACAGGGAT 2081 ACTAGGCAGAACTGTTGAGAAAAAAAAGCTGAATTAAATTTATGTTGCAGATTTAAACTATCATAAAATGAGCCTCAGTT 2161 AATCACACACAGTATTCAGGTGCCTAGGAGTGCACACCGGAGAACAGCCTCATGCTGTCAAGCTGCAGAAACCTTTCATG 2241 CAAATTCAGATGAAAAGGTCTTTACCTCAAGCCAGGGTAACCTGAATGAAGGTGATAGTTTGTCCAGACACCTGACTTTA 2321 CCAAGAAGAATTTTGACTTTCATATTTTATGACAATCATATAAAAATTGACAGTCCTTTGATTATTAAGCTTAATCTTAT 2401 AATGCTAGAATTTTCAAATATTTTGTTGACTCTTCTCCATTGTTACCGATCTTGAAATTCTTTTCTTCGCCTTCTGAGAA 2481 GGTATTATTTCTTATCACAAAGAATGATGAATATGATTTTATCTACCCTTATTTTGGGGGTAATACGAGAATATGAATTG 2561 CATCATGATCCCCATTATTTCTAACCTAAAAGTAAAATTCGTTTTTTTTTTCAAGGCAGAGCAGTCAATTGATTATAAGT 2641 ATTTATTTCTTTTTTCTTCTTGGAGCCCAGATTAAAAAGAGTTATTTTAGATTTAAAAATTTCCTGAAATAGTTGAAAAA 2721 TTATTTTTGAGGAGAAAATTGTATCCAAGAAACCCAGAATGTAAGGATACTTGATTTTTATATCCAGATAATTCTTTCAT 2801 GCACTGAATGGAAGACAGTATATCTGTATATTAATTTTTGTTTAGATTTTGAATCATTTAACCCTTATCCTTTTTTCTTG 2881 TAATAAGACTATTTAATGTTTTTCTCTTGTGTTTTCCATCTTTATCAATGCATTCGTGTTGGTCTTGATGTATACTACCT 2961 GTTCCTAGTGTTATTTTTACACGTCATCTCACAGTAATAATATCAGCAATTCTTGCTGCATTGAACATATTAAATACACA 3041 TGTAAAATGAAAAAGTAAGCAGTAGGTAAAATCTTGTTACTCTGCTTTGCATTCTGCCTAACTCACTGCATTTGAAAATA 3121 CATGTCAAATTCTTTCTGAGGGTATGTATGATTCTTAACTACGTGTCTTACAGCAAAGTTGCCCATGGGAACAAAGGCTG 3201 TAGGGTGTCATTGATCTTGTAATACAACACATATTTGATGGGTGAATCTTATTAGCACTCCTTTGAAAATGTTCCAGTAT 3281 GGAGTCAGTTGCTGATAAAGAGGAAGTTCACAGCTAGGAATCCGAAGTTAAGATTTCTCAATTGCCGCCTGGGCACTCAT 3361 GCCTGTAATCCCAGCACTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTCGGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACCTG 3441 GTGAAACCCCCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGTGGCTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAAG 3521 AGGCTGAGGCGGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTG 3601 GGTGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAATAGAAAAGATTTCTCAATTGCCAAAAAGATTAACAAGTAAATCAATTCTGC 3681 TCCCCCAGCCATGAAAAGTGCCCAAAACAGCCCTTTCCCTCCAGAATAAAATAAAACTTCCATTTCTATTTTTATGATTC 3761 TCTAAGATATCTGAACTCCATTGCATTTCATAGGGTTATTCAGTTAGCACTTCTGTGGTTTAAAAGACAACAAATGAAAA 3841 TAAGTAAGTTCAGTTTGGGGCATGAAGAAGTCCCACATCTGTCTATATCTTTTCTTCATCATATTGTCCCTAGGAATGTA 3921 TAGCAAAGCATTCAGAACTGCTCCTTTGGCTGGGGAAGTTTTCCACCGTCCTTAATACTATGAAGTCTTGATTACTTCTT 4001 CCGTGGCTTTATCCTTGCCTCCCTCCCAATCCCTGCATCTTCCAGGAGAAATAAAATACCAACTGAACACTGTTACCTTC 4081 TCAGCCCTTACCATTTTCATCTGCATATAGTGTATAGTACTAAGAGTAGTTTTCCCAGGAGAAATAATTGCAATTTTCAT 4161 TTCTTGATTATCACTGCTAATTCGAAGGAGTGCCACAAATCATAGCCACTTGATTTTGATTTTGGAATGCATTTTAGTGT 4241 TTTGACACTGGTTTTCCTTTTTTTTAAATTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGG 4321 AGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCCGTCTCCGCCTCCCAGGTTCCAGAGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCAGAGTA 4401 GCTGGATTACAGGCATGCGTCACAGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGCAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGT 4481 CTGGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTATGCTTG 4561 ATCAGGTTTTCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTCAGAATCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGTGAT 4641 CTCGGCTCACTGCAACCTTCACCTCCCGGGTTCATGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTGGCTGGGACTACAGGTG 4721 CTCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACCGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCT 4801 CCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTACCTGGCCCAGGTTT 4881 TCCTTTTTTTTTATGTCTTCTGTACAATAGAGTTGGCCCTCCATATCCACAGGTTCCACATCCCTGATTCAATCAACTCC 4961 TGATAAAAAATATTGGAAAAAATTTTTATAACAATAAAAACCAATAATACAACAATAATTACAAATAATACATTGTAACA 5041 ATGATTTCCATGGCATTTATAATACATTGTATTAGGTATTATAAGTAAACGAGATGATTTGAAGTATATTGGAGGATGTG 5121 CATAGGTTATACTATGCCGTTTTATATAAAGGACTTAAGCGTCTGTGGATTTTGGTATCTGCAGAGGTCCTGGAACCGGT 5201 CTCCCTTGGATACGGAGGGACAACTGTAGTTCTCTGTCTTTGAAAACATTAATCGATACAAGTGGCCAGTGAATGTATAG 5281 TATGGGAGGGAGTAATCCAGTATGGGGGACAAGGTTGCCATATATTTGCCAAAAGTAGTTGAATCTTCTTTCTGTTTTTC 5361 CCTCCTGGTGGAATAAGTTTATTGTTTGCTATGAGGAGCCAGAGGCTGTGTTTGTTTAAAGCAATGGTACCCAATCTTAA 5441 GCATGTGTAAAGGTCTCCCTGGGTCTGTGAACCATACCTTGAGAAATAACTAGAAAAGTAAAAGAATGGTGAACCACTAT 5521 TAATAATACTTCCATTTTGCATACTAAATATGTTGCGTGTACCTGTGTGTGTGTGTTGGGAATAGTAATATGAAGTTTGC 5601 TCACAAAACACTCCCACTGTGATTCACATTATTTTATAGCACAACCAATAATGATTAAACATAATTATTTCCTTTGACTA 5681 CTTTTCATTTCAGTGGTAAAACAGCTGATGAAAGTTATTTGGGATGGAAAGAGTAATACAAGACATACGCAGATGGAGTC 5761 TCCTGTGCGTAGGTTTAGCACACCCATGTTAGCTTGTCCACATTAGGCCTTCTTTTGAAGGTACTGTATCTAAAGATAAG 5841 GGCATAAGTGATCATTTAATTCTCAGCCACTTCACTGATACTACAAGGTGTTACACAGTAATTATAGTGGTTTGATACAG 5921 ACATTTGTTTACAAGAAACTGAATTGGCATTATTAACTTATTTCACACAAAAAAAGTTAGCTTTACCCATGAACTGTAAT 6001 TCAGATTGATAAGGTGACCTACCCATGAAAAAGACACCTGAGACCTGTTTACTTTTTTAAACTATGAAGTGAAATCCTCA 6081 GTTCAATAAGTGTCCCAAGGAGAATTTCCTCTGTTAAATTTTCCCTGTTAACTTAGTATAATTGGTTTTCTTGAATAGAA 6161 GAATAATGATTTCTGTAAGATATTTTAATGTGAATATTTTTGCTGTCTTCATCTTTAAAAATTAAATACAGTACTATATA 6241 TAGATATTAAAATTTTAAAGTGGGACTAGGTGTTTTTATGTATACAATTACAGTTTGTCTCCTCTCTTTGCAAATTTACT 6321 GGCTATTATCAGAATAAAGGTTGGACTCATTTTGCTTATCCCAGTCATTAAAATGTTGTGATCTGTTTCTAACATATTTA 6401 GCATTTCATTTTTAAAATGAGATGTGCCATTATCATAACAAAGGCAACTATTAATGTTCCTAGAAAAAATGATGTAAAGG 6481 ACTTACTCCTAGTCAATATTAACACTTAATCCCACTTTCTTTTTTCCACCAAATGGCCTCAGTACATTGCCAAGAGAGTG 6561 AAATTTGGATTCCTCACAGTACTCAGAACACAATATGATATTTGTCAGCTAACTTTCCATCATGTCTTGGTAAAATTGCT 6641 CAGTTAAATATAATTGGCCATCTACTTATTAAAAAACAATTCAAATAATCTGTACAGTTACCATAATTTGACAACAAATT 6721 ACTTTAAATTTAGCACCATCTTAGAAATCTTCTTAATATAAACTACTGATTGAAATGTGTTTATACTTTCTATCATATTT 6801 CAAACTGTTTTACTTTCCTTGCATTAAGACAATTAAAACACAAACTACATGTTAGAATGAATAATTTAAAGGACATGCTG 6881 CTGTTTCAGCATAAAAAATGGTAAAGTCTTTATAAATAGAATACTTATGATAGCCATTAACGTATTGAATTGTTTAATTA 6961 ACCTAGTTGTGATTTTCCGAATTTAAGACGTTTTCTTACTACATGTGTTAAATTGTTACCTATAATATCTTCCTGGAAAA 7041 ATAGAAGTATTTGTAAGGTTTTTATAAATGCACAATTTATGTATAAATATAATTGGAATCTGGGATGACTCTTAGTAATC 7121 TACTATTCTTAATTCAACGATGGCCACCAGCTACCTGACACATTTTGTAAATTTAGCATCTGTGTATGTGTGTTCGTGTA 7201 TGTGTGTGTGCGTGCATGTGCACATTACTGCATTTATTCTCAAATGGATTTATAATTTAGTGTTTTTGTACAAGTACTTG 7281 AGCTATTCATGTAATGGGATAAGTTGCCATAAAGATGTACATAAATGACCCTTAATTTGGCACGTTTTCACATTTAATTT 7361 TTTAAAATACAGCTTTTCATATACAGTTCCTACCCTTTCATTTCTAGCCTGTACTTCATTACTTGTTGAAAAAGTCAAGT 7441 TTGTATGAAGCCAGCATAAACATCAAAATATAACTAATGTGGACATCTGTGTATATAATTGAATTAGACATTATGCCTTA 7521 TATAAAATTCAGGAGGTTCTAATATCAAAGGATCTATATGCATGGAAGAAGAGGCTACAATGCATATATCAATGGCTGGC 7601 TCTATGTGGTCAGATAACTAAACATGGAATGCCAAAAAAAAACTAATGTTATTAGCAAATAGATATGTTAATGAATTAAA 7681 CTTTGGTATTTTACTGC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | C8166 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462572. RNA binding protein: AGO2. Condition:C8166 NL4-3
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462572 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | C8166 / C8166 NL4-3 |
Location of target site | ENST00000320672.4 | 3UTR | CUGCCGUCUCCGCCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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494 hsa-miR-1273h-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT074355 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT100721 | TJAP1 | tight junction associated protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT115545 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT124982 | XIAP | X-linked inhibitor of apoptosis | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT139911 | BTF3L4 | basic transcription factor 3 like 4 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT177183 | ARL5B | ADP ribosylation factor like GTPase 5B | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT187994 | MBD6 | methyl-CpG binding domain protein 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT207410 | MAT2A | methionine adenosyltransferase 2A | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT241928 | DYRK2 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT260110 | KLHL21 | kelch like family member 21 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT260358 | XRCC6 | X-ray repair cross complementing 6 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT266428 | RPRD2 | regulation of nuclear pre-mRNA domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT294663 | ZNF548 | zinc finger protein 548 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT351039 | PLEKHB2 | pleckstrin homology domain containing B2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT379943 | PRRG4 | proline rich and Gla domain 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT398983 | KAT7 | lysine acetyltransferase 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT441465 | BEST3 | bestrophin 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT446750 | ZNF491 | zinc finger protein 491 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT449224 | RAD51B | RAD51 paralog B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT450623 | AQR | aquarius intron-binding spliceosomal factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT451090 | ZNF584 | zinc finger protein 584 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT451558 | CIAPIN1 | cytokine induced apoptosis inhibitor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451736 | CES3 | carboxylesterase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452411 | QDPR | quinoid dihydropteridine reductase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452559 | ZFP69B | ZFP69 zinc finger protein B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452851 | LAX1 | lymphocyte transmembrane adaptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452922 | DISC1 | disrupted in schizophrenia 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453043 | TANGO2 | transport and golgi organization 2 homolog | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT453097 | HOXC4 | homeobox C4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453297 | ZNF394 | zinc finger protein 394 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453593 | ZNF557 | zinc finger protein 557 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453787 | KBTBD12 | kelch repeat and BTB domain containing 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453987 | CECR1 | adenosine deaminase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454083 | TMEM209 | transmembrane protein 209 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454652 | FBXL18 | F-box and leucine rich repeat protein 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454753 | PFKFB3 | 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT455311 | TTLL9 | tubulin tyrosine ligase like 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT456468 | SERAC1 | serine active site containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT456554 | TOMM20 | translocase of outer mitochondrial membrane 20 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT456716 | TMEM239 | transmembrane protein 239 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT456796 | SIGLEC14 | sialic acid binding Ig like lectin 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT457487 | SLC35F6 | solute carrier family 35 member F6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT457999 | MRPL12 | mitochondrial ribosomal protein L12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458130 | TLCD2 | TLC domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459027 | ZNF490 | zinc finger protein 490 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT459119 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459315 | HAVCR2 | hepatitis A virus cellular receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459385 | MPLKIP | M-phase specific PLK1 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459412 | FAM83B | family with sequence similarity 83 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459974 | RFT1 | RFT1 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460480 | FAM105A | family with sequence similarity 105 member A | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT460586 | FEM1A | fem-1 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460920 | NOA1 | nitric oxide associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT461072 | OPA3 | OPA3, outer mitochondrial membrane lipid metabolism regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461590 | DPH2 | DPH2 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461854 | ZNF317 | zinc finger protein 317 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462176 | ACADL | acyl-CoA dehydrogenase, long chain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462446 | GCDH | glutaryl-CoA dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT463854 | WNT7B | Wnt family member 7B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464310 | UST | uronyl 2-sulfotransferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464815 | UBE2B | ubiquitin conjugating enzyme E2 B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465453 | TOR2A | torsin family 2 member A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466073 | TMEM184C | transmembrane protein 184C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466514 | TBXA2R | thromboxane A2 receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT467072 | SRRD | SRR1 domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469551 | RARA | retinoic acid receptor alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469741 | RAB2B | RAB2B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470759 | PNPLA6 | patatin like phospholipase domain containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470875 | PLXND1 | plexin D1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470976 | PITPNA | phosphatidylinositol transfer protein alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471048 | PIM3 | Pim-3 proto-oncogene, serine/threonine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471215 | PHAX | phosphorylated adaptor for RNA export | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471246 | PGM2L1 | phosphoglucomutase 2 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471286 | PGAM4 | phosphoglycerate mutase family member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471467 | PDE7B | phosphodiesterase 7B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473069 | MORN4 | MORN repeat containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT473989 | LRRC20 | leucine rich repeat containing 20 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474518 | KLHDC8A | kelch domain containing 8A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474990 | KANSL1 | KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475547 | HNRNPUL1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT476350 | GIGYF1 | GRB10 interacting GYF protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477298 | EPHB2 | EPH receptor B2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477933 | DPM2 | dolichyl-phosphate mannosyltransferase subunit 2, regulatory | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478282 | DDX19A | DEAD-box helicase 19A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT478472 | CYP20A1 | cytochrome P450 family 20 subfamily A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478559 | CTNND1 | catenin delta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478618 | CTDNEP1 | CTD nuclear envelope phosphatase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478834 | CRISPLD2 | cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479007 | COL5A1 | collagen type V alpha 1 chain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479166 | CLSPN | claspin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT482454 | ADAR | adenosine deaminase, RNA specific | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483019 | KHSRP | KH-type splicing regulatory protein | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483798 | CYP2W1 | cytochrome P450 family 2 subfamily W member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT486087 | SLC7A5 | solute carrier family 7 member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT486304 | SIPA1 | signal-induced proliferation-associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486490 | MYH11 | myosin heavy chain 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486881 | TSPYL4 | TSPY like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT487125 | NCOR2 | nuclear receptor corepressor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT487542 | TM6SF2 | transmembrane 6 superfamily member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT487676 | B3GALT5 | beta-1,3-galactosyltransferase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT489251 | TTLL1 | tubulin tyrosine ligase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT489276 | RBM8A | RNA binding motif protein 8A | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT489496 | CRLF3 | cytokine receptor like factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT489571 | SSBP2 | single stranded DNA binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489694 | SCAMP4 | secretory carrier membrane protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT490166 | TMEM63C | transmembrane protein 63C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491199 | MLLT1 | MLLT1, super elongation complex subunit | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT491260 | DHX40 | DEAH-box helicase 40 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491385 | HAUS3 | HAUS augmin like complex subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491548 | YAE1D1 | Yae1 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492722 | PHF12 | PHD finger protein 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493866 | FAM73B | mitoguardin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT494549 | BAK1 | BCL2 antagonist/killer 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT498586 | KRT8 | keratin 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT498722 | SNTN | sentan, cilia apical structure protein | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT499982 | HIST1H2BD | histone cluster 1 H2B family member d | ![]() |