pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3192 |
Genomic Coordinates | chr20: 18470615 - 18470691 |
Description | Homo sapiens miR-3192 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3192-5p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 10| UCUGGGAGGUUGUAGCAGUGGAA |32 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SSBP2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | HSPC116, SOSS-B2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | single stranded DNA binding protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_012446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SSBP2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SSBP2 (miRNA target sites are highlighted) |
>SSBP2|NM_012446|3'UTR 1 TCCATTACCAAGTCTCCTCATGAAAACCACAGTGAGTCAGCCCTTCACAGAACTACTACGGAAGAAAATTATTCATCACA 81 GTGTACAGTTAAACAAAGGAATCTCAGTCACACCAAACCAACCTTTTTATTTCCTGCTCTCTCCCCTCTTTTGTGAAGAA 161 AGCGGGTCCAAATGTGATTCAAACAACTGTACGGAGTGGCATATTAGAATTGCCCTAAACTGAACTGCAAATAATTATGT 241 GTGTATGTATATGTGTGGGAAAGAGAATGTACTGTATATGTGTATGTTATACAGACATATACACATACATACATTGACCC 321 ACAGGACATTGTAAAATATTATCACATGACATCTTAAGTAGAAATAAGTAGGGACTTTTATTCCATCCTTTTTTTCACGT 401 TTACATTTTAATTATTACAAGTTGCTCCTGCCCCCTCCCTGAACTATTTTGTGCTGTGTATATCACTGCTTTATATAAGT 481 TATTTTTTAAGGTGAACTCAGATGTTATGGTTTTGTAAATGTCTGCAATCATGGATAGGAATAAAATCGCTTATTTGAGA 561 GCTTTCATTAAATTGCGTCTGATGCAAGTTATCCTGTGAATCACAAAGTGTACTGTCTCAAAAAATAGAAGAAAATGTGT 641 CTTCGTCTTTATGTTGAATCAAACAATTTCTCAGTTACCTTCAGTGAAAAGTATTTTTTTAATTTTTATTTGAGAAAAAC 721 ACTTCAAATCAGTAAAAGCTTAACTGGGGCCTCACACAGTATATTTCTGCAATAACTGCTTTAAACGGAGTTCTTGATTT 801 GTTTGTCTTAGATGATACAGAAATCATTAAATAGCCCAAATCATTTAGACCATAGCAATAAAGTGACCGGGGTTGTCATA 881 TATTTAGCAACATCTTTTCTCTTTAACATGATGAAGCCCAAAAGTGATAACAAAAGCATTTGCTTGAATTTGTCACTTCT 961 CACCAGGAGTACTAGAGGTAAATTTTTAATAACATACTAATGTGAAATGGTATCTGGTTTTTATTCAGACTTTTTGTGAG 1041 CATATTCTTATAGACACTAGAAATAAATACATAGAAGGAGACTTTGAGCACAAGGGAGAAGAGAGTTATTAGCACTCCTG 1121 AGGCCTCTGGAATGCTGCTTTTCTATCCAGGTATCTTGCTTGCTACCAGCAGAATTGACTGGTATTGGTTCTCACTGGCC 1201 AGGGAGCCTCTGCTCTGTTCCTGGAATATAAGGCTTTTATTCAGGAGCAAATCATTGATAGTAACTTTGCTTTATCTAGC 1281 CATTGACTTCAGCAGGCTAAAACTACATTGTGTAACTGACTGTTCAAAAAAGAATAAGTAAATTTTTTTTAATCTAATTC 1361 CCTTATGGAAAGCACCTTGCTCTATGGCACTTTCCAGATCTTTTGGGATTTTGTGCTTAATTATACATACATACACCAAA 1441 ATCACAATAGAAAGATATGAAGACTTTAATTTTAGACTCTGAAAGATAACTGGGTGATCCTTTGTGTTAAAATTGTGATA 1521 CAAACAACCATTGATAAATACCAACTATGAATCCAAACTCTAGAGACTTTGAAAAGCATTGTTTAATTGCAGGTAAGAGG 1601 AATCTTCTCTTTCCTTTAGGCTTATAGTCTCTAAAGTGAAAATTTGGCAGGATATAGTCATGCAGCTCATAATGACATTC 1681 CAATCAACCACAGACTGCATATACAGCAGTGGTCCTATAAGATTATAATACCATATTTTTAGCATATCTTTTCTATGCTT 1761 AGATACACAAATACCATTGTATTACAGTTGCCTTTGGTATTCAGTACAGTAACATGCTGTACAGGTTTGTAGCCTAGGAG 1841 CAATAGTTTATATTATATAGCCTAGGTGTGTAGGAGCCTATACCATCTAGGTTTGTGTAAGTACACTCTATGATGTTCAG 1921 ACAAGGACAATATTGCCTGACAATGCATTTCTCAGAATGTATACTTATCATTAAGTAACATATGACTGTATGTACTAGTT 2001 CCTGATGACTTACTTCTCTCAAATTCATAATGATTTAGTCCTTGTAAAAATAAAGATTTTGCCTGTGCCTAAACAGGGAT 2081 ACTAGGCAGAACTGTTGAGAAAAAAAAGCTGAATTAAATTTATGTTGCAGATTTAAACTATCATAAAATGAGCCTCAGTT 2161 AATCACACACAGTATTCAGGTGCCTAGGAGTGCACACCGGAGAACAGCCTCATGCTGTCAAGCTGCAGAAACCTTTCATG 2241 CAAATTCAGATGAAAAGGTCTTTACCTCAAGCCAGGGTAACCTGAATGAAGGTGATAGTTTGTCCAGACACCTGACTTTA 2321 CCAAGAAGAATTTTGACTTTCATATTTTATGACAATCATATAAAAATTGACAGTCCTTTGATTATTAAGCTTAATCTTAT 2401 AATGCTAGAATTTTCAAATATTTTGTTGACTCTTCTCCATTGTTACCGATCTTGAAATTCTTTTCTTCGCCTTCTGAGAA 2481 GGTATTATTTCTTATCACAAAGAATGATGAATATGATTTTATCTACCCTTATTTTGGGGGTAATACGAGAATATGAATTG 2561 CATCATGATCCCCATTATTTCTAACCTAAAAGTAAAATTCGTTTTTTTTTTCAAGGCAGAGCAGTCAATTGATTATAAGT 2641 ATTTATTTCTTTTTTCTTCTTGGAGCCCAGATTAAAAAGAGTTATTTTAGATTTAAAAATTTCCTGAAATAGTTGAAAAA 2721 TTATTTTTGAGGAGAAAATTGTATCCAAGAAACCCAGAATGTAAGGATACTTGATTTTTATATCCAGATAATTCTTTCAT 2801 GCACTGAATGGAAGACAGTATATCTGTATATTAATTTTTGTTTAGATTTTGAATCATTTAACCCTTATCCTTTTTTCTTG 2881 TAATAAGACTATTTAATGTTTTTCTCTTGTGTTTTCCATCTTTATCAATGCATTCGTGTTGGTCTTGATGTATACTACCT 2961 GTTCCTAGTGTTATTTTTACACGTCATCTCACAGTAATAATATCAGCAATTCTTGCTGCATTGAACATATTAAATACACA 3041 TGTAAAATGAAAAAGTAAGCAGTAGGTAAAATCTTGTTACTCTGCTTTGCATTCTGCCTAACTCACTGCATTTGAAAATA 3121 CATGTCAAATTCTTTCTGAGGGTATGTATGATTCTTAACTACGTGTCTTACAGCAAAGTTGCCCATGGGAACAAAGGCTG 3201 TAGGGTGTCATTGATCTTGTAATACAACACATATTTGATGGGTGAATCTTATTAGCACTCCTTTGAAAATGTTCCAGTAT 3281 GGAGTCAGTTGCTGATAAAGAGGAAGTTCACAGCTAGGAATCCGAAGTTAAGATTTCTCAATTGCCGCCTGGGCACTCAT 3361 GCCTGTAATCCCAGCACTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTCGGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACCTG 3441 GTGAAACCCCCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGTGGCTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAAG 3521 AGGCTGAGGCGGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTG 3601 GGTGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAATAGAAAAGATTTCTCAATTGCCAAAAAGATTAACAAGTAAATCAATTCTGC 3681 TCCCCCAGCCATGAAAAGTGCCCAAAACAGCCCTTTCCCTCCAGAATAAAATAAAACTTCCATTTCTATTTTTATGATTC 3761 TCTAAGATATCTGAACTCCATTGCATTTCATAGGGTTATTCAGTTAGCACTTCTGTGGTTTAAAAGACAACAAATGAAAA 3841 TAAGTAAGTTCAGTTTGGGGCATGAAGAAGTCCCACATCTGTCTATATCTTTTCTTCATCATATTGTCCCTAGGAATGTA 3921 TAGCAAAGCATTCAGAACTGCTCCTTTGGCTGGGGAAGTTTTCCACCGTCCTTAATACTATGAAGTCTTGATTACTTCTT 4001 CCGTGGCTTTATCCTTGCCTCCCTCCCAATCCCTGCATCTTCCAGGAGAAATAAAATACCAACTGAACACTGTTACCTTC 4081 TCAGCCCTTACCATTTTCATCTGCATATAGTGTATAGTACTAAGAGTAGTTTTCCCAGGAGAAATAATTGCAATTTTCAT 4161 TTCTTGATTATCACTGCTAATTCGAAGGAGTGCCACAAATCATAGCCACTTGATTTTGATTTTGGAATGCATTTTAGTGT 4241 TTTGACACTGGTTTTCCTTTTTTTTAAATTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGG 4321 AGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCCGTCTCCGCCTCCCAGGTTCCAGAGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCAGAGTA 4401 GCTGGATTACAGGCATGCGTCACAGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGCAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGT 4481 CTGGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTATGCTTG 4561 ATCAGGTTTTCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTCAGAATCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGTGAT 4641 CTCGGCTCACTGCAACCTTCACCTCCCGGGTTCATGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTGGCTGGGACTACAGGTG 4721 CTCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACCGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCT 4801 CCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTACCTGGCCCAGGTTT 4881 TCCTTTTTTTTTATGTCTTCTGTACAATAGAGTTGGCCCTCCATATCCACAGGTTCCACATCCCTGATTCAATCAACTCC 4961 TGATAAAAAATATTGGAAAAAATTTTTATAACAATAAAAACCAATAATACAACAATAATTACAAATAATACATTGTAACA 5041 ATGATTTCCATGGCATTTATAATACATTGTATTAGGTATTATAAGTAAACGAGATGATTTGAAGTATATTGGAGGATGTG 5121 CATAGGTTATACTATGCCGTTTTATATAAAGGACTTAAGCGTCTGTGGATTTTGGTATCTGCAGAGGTCCTGGAACCGGT 5201 CTCCCTTGGATACGGAGGGACAACTGTAGTTCTCTGTCTTTGAAAACATTAATCGATACAAGTGGCCAGTGAATGTATAG 5281 TATGGGAGGGAGTAATCCAGTATGGGGGACAAGGTTGCCATATATTTGCCAAAAGTAGTTGAATCTTCTTTCTGTTTTTC 5361 CCTCCTGGTGGAATAAGTTTATTGTTTGCTATGAGGAGCCAGAGGCTGTGTTTGTTTAAAGCAATGGTACCCAATCTTAA 5441 GCATGTGTAAAGGTCTCCCTGGGTCTGTGAACCATACCTTGAGAAATAACTAGAAAAGTAAAAGAATGGTGAACCACTAT 5521 TAATAATACTTCCATTTTGCATACTAAATATGTTGCGTGTACCTGTGTGTGTGTGTTGGGAATAGTAATATGAAGTTTGC 5601 TCACAAAACACTCCCACTGTGATTCACATTATTTTATAGCACAACCAATAATGATTAAACATAATTATTTCCTTTGACTA 5681 CTTTTCATTTCAGTGGTAAAACAGCTGATGAAAGTTATTTGGGATGGAAAGAGTAATACAAGACATACGCAGATGGAGTC 5761 TCCTGTGCGTAGGTTTAGCACACCCATGTTAGCTTGTCCACATTAGGCCTTCTTTTGAAGGTACTGTATCTAAAGATAAG 5841 GGCATAAGTGATCATTTAATTCTCAGCCACTTCACTGATACTACAAGGTGTTACACAGTAATTATAGTGGTTTGATACAG 5921 ACATTTGTTTACAAGAAACTGAATTGGCATTATTAACTTATTTCACACAAAAAAAGTTAGCTTTACCCATGAACTGTAAT 6001 TCAGATTGATAAGGTGACCTACCCATGAAAAAGACACCTGAGACCTGTTTACTTTTTTAAACTATGAAGTGAAATCCTCA 6081 GTTCAATAAGTGTCCCAAGGAGAATTTCCTCTGTTAAATTTTCCCTGTTAACTTAGTATAATTGGTTTTCTTGAATAGAA 6161 GAATAATGATTTCTGTAAGATATTTTAATGTGAATATTTTTGCTGTCTTCATCTTTAAAAATTAAATACAGTACTATATA 6241 TAGATATTAAAATTTTAAAGTGGGACTAGGTGTTTTTATGTATACAATTACAGTTTGTCTCCTCTCTTTGCAAATTTACT 6321 GGCTATTATCAGAATAAAGGTTGGACTCATTTTGCTTATCCCAGTCATTAAAATGTTGTGATCTGTTTCTAACATATTTA 6401 GCATTTCATTTTTAAAATGAGATGTGCCATTATCATAACAAAGGCAACTATTAATGTTCCTAGAAAAAATGATGTAAAGG 6481 ACTTACTCCTAGTCAATATTAACACTTAATCCCACTTTCTTTTTTCCACCAAATGGCCTCAGTACATTGCCAAGAGAGTG 6561 AAATTTGGATTCCTCACAGTACTCAGAACACAATATGATATTTGTCAGCTAACTTTCCATCATGTCTTGGTAAAATTGCT 6641 CAGTTAAATATAATTGGCCATCTACTTATTAAAAAACAATTCAAATAATCTGTACAGTTACCATAATTTGACAACAAATT 6721 ACTTTAAATTTAGCACCATCTTAGAAATCTTCTTAATATAAACTACTGATTGAAATGTGTTTATACTTTCTATCATATTT 6801 CAAACTGTTTTACTTTCCTTGCATTAAGACAATTAAAACACAAACTACATGTTAGAATGAATAATTTAAAGGACATGCTG 6881 CTGTTTCAGCATAAAAAATGGTAAAGTCTTTATAAATAGAATACTTATGATAGCCATTAACGTATTGAATTGTTTAATTA 6961 ACCTAGTTGTGATTTTCCGAATTTAAGACGTTTTCTTACTACATGTGTTAAATTGTTACCTATAATATCTTCCTGGAAAA 7041 ATAGAAGTATTTGTAAGGTTTTTATAAATGCACAATTTATGTATAAATATAATTGGAATCTGGGATGACTCTTAGTAATC 7121 TACTATTCTTAATTCAACGATGGCCACCAGCTACCTGACACATTTTGTAAATTTAGCATCTGTGTATGTGTGTTCGTGTA 7201 TGTGTGTGTGCGTGCATGTGCACATTACTGCATTTATTCTCAAATGGATTTATAATTTAGTGTTTTTGTACAAGTACTTG 7281 AGCTATTCATGTAATGGGATAAGTTGCCATAAAGATGTACATAAATGACCCTTAATTTGGCACGTTTTCACATTTAATTT 7361 TTTAAAATACAGCTTTTCATATACAGTTCCTACCCTTTCATTTCTAGCCTGTACTTCATTACTTGTTGAAAAAGTCAAGT 7441 TTGTATGAAGCCAGCATAAACATCAAAATATAACTAATGTGGACATCTGTGTATATAATTGAATTAGACATTATGCCTTA 7521 TATAAAATTCAGGAGGTTCTAATATCAAAGGATCTATATGCATGGAAGAAGAGGCTACAATGCATATATCAATGGCTGGC 7601 TCTATGTGGTCAGATAACTAAACATGGAATGCCAAAAAAAAACTAATGTTATTAGCAAATAGATATGTTAATGAATTAAA 7681 CTTTGGTATTTTACTGC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | C8166 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462572. RNA binding protein: AGO2. Condition:C8166 NL4-3
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462572 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | C8166 / C8166 NL4-3 |
Location of target site | ENST00000320672.4 | 3UTR | CUGCCGUCUCCGCCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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167 hsa-miR-3192-5p Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT058548 | CTTNBP2NL | CTTNBP2 N-terminal like | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT139892 | BTF3L4 | basic transcription factor 3 like 4 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT207395 | MAT2A | methionine adenosyltransferase 2A | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT294640 | ZNF548 | zinc finger protein 548 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT324251 | GAPVD1 | GTPase activating protein and VPS9 domains 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT441475 | BEST3 | bestrophin 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT445233 | SRGAP2 | SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT446763 | ZNF491 | zinc finger protein 491 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT451003 | EPS15L1 | epidermal growth factor receptor pathway substrate 15 like 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452436 | QDPR | quinoid dihydropteridine reductase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452582 | ZFP69B | ZFP69 zinc finger protein B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452950 | DISC1 | disrupted in schizophrenia 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453309 | ZNF394 | zinc finger protein 394 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453810 | KBTBD12 | kelch repeat and BTB domain containing 12 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454101 | TMEM209 | transmembrane protein 209 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT456228 | LIX1L | limb and CNS expressed 1 like | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT456738 | TMEM239 | transmembrane protein 239 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT456806 | SIGLEC14 | sialic acid binding Ig like lectin 14 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT457499 | SLC35F6 | solute carrier family 35 member F6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458037 | MRPL12 | mitochondrial ribosomal protein L12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459041 | ZNF490 | zinc finger protein 490 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459135 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460126 | CXCL16 | C-X-C motif chemokine ligand 16 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT460506 | FAM105A | family with sequence similarity 105 member A | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT460944 | NOA1 | nitric oxide associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT461101 | OPA3 | OPA3, outer mitochondrial membrane lipid metabolism regulator | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT462641 | PHF5A | PHD finger protein 5A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT463584 | ZBTB38 | zinc finger and BTB domain containing 38 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466567 | TBL1XR1 | transducin beta like 1 X-linked receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT467090 | SRRD | SRR1 domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471093 | PIK3C2B | phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase catalytic subunit type 2 beta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472596 | NACC1 | nucleus accumbens associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473084 | MORN4 | MORN repeat containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475977 | GTPBP2 | GTP binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477054 | FAM210A | family with sequence similarity 210 member A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478303 | DDX19A | DEAD-box helicase 19A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT478489 | CYP20A1 | cytochrome P450 family 20 subfamily A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478500 | CYP1B1 | cytochrome P450 family 1 subfamily B member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478858 | CRISPLD2 | cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479096 | CNNM4 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479180 | CLSPN | claspin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479215 | CLCC1 | chloride channel CLIC like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT481176 | AVL9 | AVL9 cell migration associated | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT483032 | KHSRP | KH-type splicing regulatory protein | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT485150 | RASL10B | RAS like family 10 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486104 | SLC7A5 | solute carrier family 7 member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT486319 | SIPA1 | signal-induced proliferation-associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489443 | IFNLR1 | interferon lambda receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489585 | SSBP2 | single stranded DNA binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489702 | SCAMP4 | secretory carrier membrane protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT490184 | TMEM63C | transmembrane protein 63C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491211 | MLLT1 | MLLT1, super elongation complex subunit | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT491276 | DHX40 | DEAH-box helicase 40 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495162 | CNGA2 | cyclic nucleotide gated channel alpha 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT495222 | DSCR3 | DSCR3 arrestin fold containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496820 | CHRNB2 | cholinergic receptor nicotinic beta 2 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT498602 | KRT8 | keratin 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500003 | HIST1H2BD | histone cluster 1 H2B family member d | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT502065 | KRAS | KRAS proto-oncogene, GTPase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT508197 | SLC35E1 | solute carrier family 35 member E1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT508477 | FAM71F2 | family with sequence similarity 71 member F2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT509635 | RRP7A | ribosomal RNA processing 7 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT511039 | NRF1 | nuclear respiratory factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT516684 | ZNF860 | zinc finger protein 860 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT518394 | ZNF250 | zinc finger protein 250 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT518907 | CDC14B | cell division cycle 14B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT520502 | TRAM2 | translocation associated membrane protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT521459 | RAD51 | RAD51 recombinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT522354 | NCKIPSD | NCK interacting protein with SH3 domain | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT522594 | MAPK1IP1L | mitogen-activated protein kinase 1 interacting protein 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT523267 | HIST1H2AE | histone cluster 1 H2A family member e | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT523532 | GLUL | glutamate-ammonia ligase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524186 | DFFA | DNA fragmentation factor subunit alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526842 | PHC1 | polyhomeotic homolog 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT528729 | FAM26E | calcium homeostasis modulator family member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540695 | BMP3 | bone morphogenetic protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT544483 | TRIM4 | tripartite motif containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT551566 | LETM1 | leucine zipper and EF-hand containing transmembrane protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563619 | ZNF277 | zinc finger protein 277 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564467 | SLC35E2 | solute carrier family 35 member E2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565031 | VAV2 | vav guanine nucleotide exchange factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570294 | ARPC3 | actin related protein 2/3 complex subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572932 | VDAC2 | voltage dependent anion channel 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573501 | IQSEC3 | IQ motif and Sec7 domain 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573675 | HES6 | hes family bHLH transcription factor 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT609619 | TRPC4AP | transient receptor potential cation channel subfamily C member 4 associated protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT611966 | PKD1 | polycystin 1, transient receptor potential channel interacting | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT613930 | HIVEP3 | human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617733 | ATCAY | ATCAY, caytaxin | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT618878 | MBL2 | mannose binding lectin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627590 | SHROOM3 | shroom family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628516 | ZNF878 | zinc finger protein 878 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT633964 | GRWD1 | glutamate rich WD repeat containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634530 | NEGR1 | neuronal growth regulator 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635455 | APOLD1 | apolipoprotein L domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636412 | MTHFD2 | methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 2, methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639672 | PPEF2 | protein phosphatase with EF-hand domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT642667 | RGS6 | regulator of G protein signaling 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644080 | A4GALT | alpha 1,4-galactosyltransferase (P blood group) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT647318 | RPH3AL | rabphilin 3A like (without C2 domains) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT647942 | RNF152 | ring finger protein 152 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT648687 | AP1M1 | adaptor related protein complex 1 mu 1 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT648817 | ZNF689 | zinc finger protein 689 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT650347 | TREM1 | triggering receptor expressed on myeloid cells 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT650374 | MOCS3 | molybdenum cofactor synthesis 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT655935 | NDUFA4P1 | NDUFA4, mitochondrial complex associated pseudogene 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT663778 | PEX26 | peroxisomal biogenesis factor 26 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT664297 | HINT1 | histidine triad nucleotide binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT665842 | TIAL1 | TIA1 cytotoxic granule associated RNA binding protein like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT668929 | COL9A2 | collagen type IX alpha 2 chain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT669673 | ACAP2 | ArfGAP with coiled-coil, ankyrin repeat and PH domains 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT669907 | KIAA0754 | KIAA0754 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT670248 | TRIM13 | tripartite motif containing 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670368 | ULBP3 | UL16 binding protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT670642 | BVES | blood vessel epicardial substance |