pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4316 |
Genomic Coordinates | chr17: 77396984 - 77397054 |
Description | Homo sapiens miR-4316 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4316 | |||||||||
Sequence | 11| GGUGAGGCUAGCUGGUG |27 | |||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||
Experiments | SOLiD | |||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ASB1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ASB-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ankyrin repeat and SOCS box containing 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001040445 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ASB1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ASB1 (miRNA target sites are highlighted) |
>ASB1|NM_001040445|3'UTR 1 ACTCCAAGTGCTGCGGTTGATTCCAGTGAGGGAGAAAGTGATCTGCAGGGAGGTGGACACCGAGCCCTGAGTGCTGTGCT 81 GCTGCTGGTCTCCTGATGGCTGTTGCTGCAGAAGATGTCCTCGTAGACTGTCATTGCTCCTCAGGTGCCTGGGCCGCTGA 161 ACAGTCCTTGGGTCATTGTCAGCTGAGAGGCTTATACTAAAGTTATTATTGTTTTTCCCAAGTTCTCTGTTCTGGATTTT 241 CAGTTGCATATTAATGTAACGGGCCATGGGGTATGTACATGTAGGGGCTGAGGTTGGAGGCCTACTAATTTCCCTGTAGG 321 GAAGACTCCCAGCACTTCTGGAACTGTGCTTCTCTTTATTTTTCTACTTCTCAATTTGATGGTTCGATTAAAGCCTTCTA 401 GTATCTCAATGAAAAGGGAGTTTCGTAAGCAAAATAGAGGACAGAAATGCAGTTCATGAACTTGCTGGTTGGTTTTTCCT 481 GCTCCTGGGGTAACACATGCGCTTGTCATACACGCCCCTTCCTTGCCCCTTCAGTATTCTCTCTTTGCGATGGAGGTCTC 561 ATAGTGAGTGTCTTCACTCAAGGGTGGTTTCCTGGCTGCACGGCACCTGTTCCAACACCTACTGTGCCTCTCATCAGGTG 641 TCACGATTTTTCTGCCACTTCACCTTAGGGAGCTTCCAGTGATTGATTTTAGGAGGCCCACACCAAACTCCCCAGGAAAT 721 GACTGCCTTCCTTGGGACCAAGGACCGTTCCAACAGCATTCACTGCCAGTTCTAATAGGCGAGGAAAATGCCCGAGGCGC 801 TGTCTTCTGTCCCCCACACGTACCAGAAAGTGAAAAATGCAGCGAGTCCTCTGGGTGGTTATGAGCCTCCAGGCGCATGC 881 TGTCCAGTGGACAGAACATCTGGCGGTTGGTTGATTGCTCTCTTTTGTCTTGGTCGCTGCTTCTAGAATCTATGCAGGGG 961 ATAGCAGTGAGGTCAGAAGTCTTTCCCGGGAGAGAGATGGCCTGGGTTATCATTGCTGATAGCTTTGGCTGCATGAGTTG 1041 GGCTTCCCCTTACCCAGGGCTGCACAGCCAGGTGTGAGGGTCACCGGCAGGTGGGCTGGTGGCTGCAGCCTCAGAGCCCT 1121 CCCAGGTTGCTGCTGTTTCCAGTGAATCACATTTCGTCATTTGAAGCCCATGAGGACCATTGTGTGGATCCATGGTGATT 1201 CTAGACTTCAGATATATTTAGGAAGGCGCAGATTTCAAATCTGTGTTTGATTTTCTGTAATAAGAGAAATCCAATTTGTA 1281 AAACTTGAACAATGATACCGTTTTATTTACTTAGTAGCATCACTGTGTGTCTTAGCAGGCAGGCAGTGTCTGGCCATTAT 1361 TGCGTTCTACAGCCAGAGGATAGAATTCTATACCCCCAACCCCTTGTGTCACAAATGGGCTCTGTGTGGGTCACCCCAGC 1441 TGACCCGTGTATGTGCAGATGCAGTTCCGAAGGGAAGAACAGTCCTCGGGTGATTCAGAGGGGAAAATGCAATCCGGGAG 1521 GTGTTTCCTCAGCTGAGGTGACACTGTTAGAAGCTGTGATGGTTGTGTAAATGTGGGCTGTGTGCTGTTCCCGAGGGGAG 1601 CTTGGGATTGGGTCCTGCTGAAGCCAGGAGGGTCTTCCCAAGATAGGAGAGGAACCGCAGGTGGTGAGCGGCTGGGGAGG 1681 GCCAGGACAGCCGGGGCTGGGTGCTGCAGGGGCTTCAGCCCGGGAGAGGGGGTGGGCGTGTTCTTTGTGGTACCAAAGTG 1761 GGACTAGGACAAAAATTGGGCTGTGGCTGGGGCAGGAGCTATAGGGAGTTAAGGAATGATGATACGGAAGTTGGAGCCAC 1841 CACCGTGGACTGGGCCTTGTCACTGGAGGTCGTAGGCAGTGGCTCATCACCCTGGTAGGGCTGATAGGGGCTTTCAGGGA 1921 GGCTGGTTAGCTCCCTGCACTCTGGCTCTTTACTGGCTTACTGTTTAGCTCCTCCCACCTCGAGGCTCTTCTTCCTGCCA 2001 CCCTTTGGGCTCAGAGGAGGGTGGCTTTTTTCGAGGTGAGCCATGTTGTAGACACATGATACGCTCTGCGTCTGCTCTAC 2081 TGAGTACTTTCTGCAGGGGCCTGTTAAGGACGAGGCCTCCCCAGCCCTGCCCGGTGCAGGAGGTGGCTCAGTTATTGAAC 2161 CTTTTGGGAAGCAGCACCTGGGAATGCTGCCTCGTGGGAGTCCCATGCGTGAGTGTGGTGGTGTGACCTTCAGGCTGCAC 2241 AGAGGCAAGGACCCAGATGTGGCAGCATGGGCGTCATGCTCCTTTGCACAGCCCAGGGCCTGTTTTGGAGGGACCAGGTC 2321 ACTGCCCCTGGTCTCTCTAGGAGGAGTGGACTGAATGGATCGTTGCAGAGAAGACTCACCCAGACCTGGCCAGGGAATGA 2401 TGTATCTGGGGAGAGAATGAGCTGGAGGAGGGGGCCTCTCATGGCCCTTCCCTGGCCTGTGGCCCAGCCTGGCTGGCCTG 2481 CAGGTGTCTAGGGTCTCAGCTTTTCATTTGCAGAGGACATGTTCAACTTCCTCTCTGTTCAAGCCAGCCTTTGCCAATTT 2561 TTTCAGAATCCAAACAATTTGGAGGTTTGGTATCTTGTTTCATAGCTGCCAAATATGAATCTGAAAACAGGGTGGGTAGC 2641 TAAGGTCATTCCTCCTGGGTTTTAGTGGCATTGCCTTCCTTCACTAAAGCTCCCTTTTTTTTCTGTTGGCAAGGACAGGT 2721 TACAGAATAGGAAGAGTAGCACTTTCCGCCTAAGCACTTTAGGAAATCACCTTTCTAAGCCCTGGGGCGCCCAAGTCCCA 2801 TGGGACAGGGAAACGTGGTCCTCAGTGAGGCTGCTGCCTGGCTGGCCCGGAGTCCTCCCTAGGAGAGGGGCTCGATGGGC 2881 TGGGGGAAGGAGCCTGAAGGTTGCCCCTGGTTGCATCCCAGAAGCATCTGACTGTCACCACTGCCAGTGGCTGTGGAACA 2961 GTCCTGGGCCCTGGGCCTTGGCTGCTGTCAACAGATGGGCTGGGCTGGGCTGTGGTGGGGTGGGGGACAACGTTGGTAAC 3041 TCTGAGAATTCAGCTTTGGAGTCCCGGGTGAGGGGTTTTAGATAAACCCATCAATATCACCCACATTCTGTGACTCTTTG 3121 CATCACTCGTGTTATTTATTTATTTATTTATATTCTGCCTTGTTCCAGAAAAGTGTTTAAGGCAACAATGCTTGTTTTTT 3201 GGTGTTTTCTTTTGACATTTGAAAATTTAGTACATTGTTAAAATGTACTTGTTAAACAGGTAATTTTAAAGAGAAGGAAC 3281 AATTGTTTTTAGTAAGTTTTCTTTTTCCTTTTTCAATGAATTGATTCTTCAAATTAAAAGTTCTTGAGAGAAGGAGAGGA 3361 AGATACAGCAGACATAGGACTGAGCCAAGGAAGAGTCTGCCTGAGAGAGACGCTTGGCCTGTGCTTTGCTGCCATCCGTG 3441 CGGCCTTGGCCACATCCCTATTAACAGAGGCAGCTCCACTTCAGACAGGGACAAGGCTTCCTGCTGTGCCTTTCTGGCAG 3521 GGTTTTGTGGGGTCACATGGGAAGCAATGTGTTACGCAAGCAGTCTCCATGTGTGTGTAAACTGCTGTCCTGGTGACTTG 3601 TCCCTCTTCTTAGTGGAAATGCATTTGAGATGGTGACAGGGCTGGATGAACGTGTGACCCTGGGAGATCCGGGCTGGACT 3681 GTGGACCCCGATGGGCCAGAGTCCTTGTGGCCCACAGCATAGCACTGGGGACAGAGCGCTCTATGCAGGTGAGGCGTATG 3761 AGAACAGCATGGTAAATAATTGATGAAGTCACATTTGTTCAACTTAAAGGATTGTTCTTTATTCTGAAGTTATTTTCTTC 3841 CTTATTTGGATGATAAAATTTCCTTTTATGTAATGAAGGTAAAAGTAGAGGGCAATATTTTTGCTTTTTGAAATGCTCTT 3921 GGTTGCAAAACAAAATGTTGGTTGCTGTTTGTCAGCCCCAGAATTTCTTCTTAAGTTCGCCTGTCTCTGAAATCCCAAAG 4001 TCACGGAACCGCAGTCTAGCTGTGGTGCATGTTTACGTATTGGTGAGAAATTCCTCTTGGGTTCTTGAACAGCCTGTACG 4081 CTGGCAGGCAGCACTGCAGCATTTCTGCTGCTCATGGCCAAGAACGAGTCTGGAGATCGCTGCGTGCGGTTTTAGGAAGT 4161 GCCAACACCCGTGGTGATGGGCCTCTGGCCACCCCTGGATCCATGGGACACACTCACAGGAAGCTGATGTGGCCTTCTCG 4241 GTGAGGACTGCACCTTAACCTGGGCACTGGGAGCCTGTGGCCCCCCTGTATGTTGGTGATGACACTAGTGTGGGTCTTCT 4321 GGCTCTGGGGCTACAGCTTCTGCCTCCTCACCTGGCCGTCGGTACTCGGCAAGCAGGCCTGGCCTCCCGGGGCCTGGATC 4401 CCTACCGGCTGGGATTGGCCTCCTGGAAGTACCTGTTTGGGCCATGTGACCTCCTTTCTCACTTATGCCTCACTCCCCTC 4481 CTCCCGCTCCAAACCCGAACCTCTCAGTGTGGAATGAACGCTCCAAACCCGAACCTCTCAGTGTGGAATGAACGCTCCAA 4561 ACCCGAACCTCTCAGTGTGGAATGAAACAGTTTAGATGTGTACATGATGCACGTGGGTGGGATTCACATCCCAGGAGAAT 4641 TCCACGGAGAGGAATGTGCAGATTTTGAAGTGTACAGTGATGTGTGGAATAAATACTAGAAATTCTCAGCAGACAGTGGG 4721 ATGGAGAAGTGAGTGGGGGCAGGAGGGGGATTTCTGTTGCCTTGACATGTCGTTGCTCAGTGCCTGGATTGCAGGCGAGT 4801 CTCTCTTTTTTATGTTGCTTTGATTTCAAGATCTCTTAGATATACTAGGTAGTGTATGAATGTGCATAAATCCAGTTTGA 4881 GAATGGTGTTTATGAAGAAGCTGTTTCGTGTGTACAGTTGCTGCTGTAATTTAGCCAGCAGTGCCCTGCCCTGCCCTGCA 4961 GTGTCTGCTCAGCTCCCACTGCTTCTCTTTGCTGTTGGGCATGTGAGGCATGACTTGGAGGGGGGCCTGGTGCCTGGGGA 5041 CCTGCTGAAGAGAATGCTCACCACCAGCTCTCTGTTTCCCTTTCTGCTTTGGTAATCAACACGTGTTTGCCTGCAGTGGC 5121 CGGGACCGTGACTGTTTCTGCCCTTGTGCCTAGTTAAGAGCCTTCAAAAGCATAATGAACACTTTTGATATGATATTGTA 5201 ACTTTAGTAAATGCTTTACTTCCCTCTAATTGCCCCCAAATGCCTTAATTTTGTGGACTGTTTATTTCAACAGGTGGAAG 5281 TGTTGGTCGTGCGAAATCTTGGTATTCGCATTTCAAGAAGGGAGTTCTTTTTTCTTTCTTCTTTCTATGGAACGTTTCAA 5361 GTGATTGGATAGAAAGAAGGGCTCTGAAGCAGGAGTTTTCACCTGCTCTGAGGGAACTTGGGGCTCCAGGGACGTACCCC 5441 AAATGTTGCCCAGGTTGAAACTCCCTGACAGCCTGTTCTACGTAGTGGCTCGTGGTTTCCAGTTTGAAGAGAGTTGTGCC 5521 CCTAAAAGTGTTTGAAACCTGTGGCTTTCAAGCAAGGTACCGTTGTCCCCACAGTGTTCCGTGGGGTAGGGGGTGATGGA 5601 GACTGTGGGCAAGCCTGTTGTTTTTGGCCCCCTGTTGTTACATGGGACCTGTTTTGACGGTGGGAGGGTGAGATGTGAAG 5681 ATGTGGGATGAACCTGGAATGAACGAATTAAATAAAGACATGCATCCATCTGTCAGCGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 51665.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in GSM1065668. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | C8166 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462572. RNA binding protein: AGO2. Condition:C8166 NL4-3
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1065668 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_7 |
Location of target site | ENST00000264607.4 | 3UTR | UCACUCCCCUCCUCCCG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1462572 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | C8166 / C8166 NL4-3 |
Location of target site | ENST00000264607.4 | 3UTR | CUCACUCCCCUCCUCCCGCUC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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74 hsa-miR-4316 Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT080624 | PMAIP1 | phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT095088 | SEC24A | SEC24 homolog A, COPII coat complex component | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT123331 | CALU | calumenin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT154964 | RRM2 | ribonucleotide reductase regulatory subunit M2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT370850 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT442955 | SGCD | sarcoglycan delta | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT448240 | ZNF774 | zinc finger protein 774 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT451710 | OLR1 | oxidized low density lipoprotein receptor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452072 | ATP6V0B | ATPase H+ transporting V0 subunit b | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455665 | GLO1 | glyoxalase I | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT460354 | TXNDC16 | thioredoxin domain containing 16 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT461908 | NECAB3 | N-terminal EF-hand calcium binding protein 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT462047 | HOXC13 | homeobox C13 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT462735 | EFNB1 | ephrin B1 | ![]() |
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MIRT463409 | ZC3HAV1L | zinc finger CCCH-type containing, antiviral 1 like | ![]() |
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MIRT464952 | TWIST1 | twist family bHLH transcription factor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT465052 | TSR1 | TSR1, ribosome maturation factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT467549 | SMARCD1 | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT470226 | PRRC2A | proline rich coiled-coil 2A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT474081 | LMBR1L | limb development membrane protein 1 like | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT474481 | KLHDC8B | kelch domain containing 8B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT474704 | KIF3A | kinesin family member 3A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT474897 | KCTD21 | potassium channel tetramerization domain containing 21 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT475203 | IL2RB | interleukin 2 receptor subunit beta | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT477664 | EFHD2 | EF-hand domain family member D2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT477775 | E2F3 | E2F transcription factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477940 | DPM2 | dolichyl-phosphate mannosyltransferase subunit 2, regulatory | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478224 | DDX52 | DExD-box helicase 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479904 | CCDC117 | coiled-coil domain containing 117 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT480639 | BSCL2 | BSCL2, seipin lipid droplet biogenesis associated | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT482435 | ADM | adrenomedullin | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT483908 | GNB1L | G protein subunit beta 1 like | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT484161 | FAM71B | family with sequence similarity 71 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT484405 | SNX19 | sorting nexin 19 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485426 | LASP1 | LIM and SH3 protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT489788 | KRT80 | keratin 80 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT490813 | ASB1 | ankyrin repeat and SOCS box containing 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT491176 | LAMA5 | laminin subunit alpha 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT491573 | HSDL1 | hydroxysteroid dehydrogenase like 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT492633 | PLXNA1 | plexin A1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT492984 | NAV1 | neuron navigator 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT496441 | RAB11FIP4 | RAB11 family interacting protein 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT501829 | NCOA3 | nuclear receptor coactivator 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT502165 | KIAA0195 | transmembrane protein 94 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT508652 | DIABLO | diablo IAP-binding mitochondrial protein | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT509554 | ACTG1 | actin gamma 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT520033 | YOD1 | YOD1 deubiquitinase | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT523969 | DVL3 | dishevelled segment polarity protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526150 | KIAA1456 | KIAA1456 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530330 | ARHGAP1 | Rho GTPase activating protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539985 | SLC24A4 | solute carrier family 24 member 4 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT540851 | NUP155 | nucleoporin 155 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT542326 | LIMD1 | LIM domains containing 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT558908 | CBX5 | chromobox 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT563663 | SMC4 | structural maintenance of chromosomes 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT565433 | SURF4 | surfeit 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT567773 | DGAT2 | diacylglycerol O-acyltransferase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615573 | NCS1 | neuronal calcium sensor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT627336 | TTLL7 | tubulin tyrosine ligase like 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT632965 | EIF2S3 | eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634307 | SNTN | sentan, cilia apical structure protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT641569 | RAX | retina and anterior neural fold homeobox | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT660509 | ARL5A | ADP ribosylation factor like GTPase 5A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT662703 | C10orf111 | chromosome 10 open reading frame 111 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT663214 | ZNF277 | zinc finger protein 277 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT665318 | YIPF4 | Yip1 domain family member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT695264 | CD209 | CD209 molecule | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT696231 | LIN9 | lin-9 DREAM MuvB core complex component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT698867 | SRPR | SRP receptor alpha subunit | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT702700 | IPO9 | importin 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT704236 | DHDDS | dehydrodolichyl diphosphate synthase subunit | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT704935 | CCDC120 | coiled-coil domain containing 120 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT724285 | KCNMB1 | potassium calcium-activated channel subfamily M regulatory beta subunit 1 | ![]() |
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MIRT735579 | VEGFA | vascular endothelial growth factor A | ![]() |
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miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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