pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6737 |
Genomic Coordinates | chr1: 153962351 - 153962420 |
Description | Homo sapiens miR-6737 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6737-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 6| UUGGGGUGGUCGGCCCUGGAG |26 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZBTB7A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | FBI-1, FBI1, LRF, TIP21, ZBTB7, ZNF857A, pokemon | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger and BTB domain containing 7A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_015898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZBTB7A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZBTB7A (miRNA target sites are highlighted) |
>ZBTB7A|NM_015898|3'UTR 1 AAACCAAAAAGAGAAAACAGAAACCCGAGAAAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAAAAAAAATCACCCACCACCCCCCCAAAA 81 ACACAAAAAAAGAAAATCTATCTATATACAGATATCTATATCTATATATATATATACAGATATATATATATGACGCGTCA 161 CAGAATCTAGGGTAGCGCTTTCTCAGATTTCCCTCCTTTCTGACGTTTTTCTCCCTCCGCAGGGGCCCCGGCCCTCCCTG 241 GCTCCCCTTCCCCCCACCACCCCATCGCTGGGTTTCGGGGCTTGGTTTGGGGTTTTTTGTAGGACACAAGGAATCCGAGA 321 CCCCGCACAGCCCCCTGGGCACCCGGCATGGGGCCTGGGGCCCGATCCGAGGCCCTGGGCTGGGGGGAGGGTAGACGTGG 401 GGGCGCTGGGGGGGGACTGGGGTGGGCTTTTAATTTCCTCCCCTCGCTGGTTTCTATGAGTCTTTCAGACAAGACCTTAA 481 ATGATTTCTGTCTGCTCTGAGCGGACGTTAAAATGGGCCCCCGTCCCCCGACCCGCACCCTCCTTCCTCAGGGCACTTAC 561 TAAGGGAGGGGTCTCCCTCTCCATCTCCCCAGTGGCCTCCCCGCCTCCAACCCTGCCTGCGGCCTCCCCCCGTCGCCCAC 641 CCCACGTCTCCTGGCCACTGAGACACAAACCTATTTATTTCTAGGCCTGGAGAAAGGAGATCGGACTGGGGTTCCCGGTG 721 GGGCGCCAGGATGGCTCCTGGGGGTGCTCCTGCCGCCTTCCTTCACGGCACTTACAACCGGCGGGACCCCCAGGGACCAC 801 CCCTCAGGGCGCCCCCCCACCCCCGCCCGGTCCACCTAGACCCCCACGTTTGGAGATTCAAAACTTCTGTCTTCGTCCTC 881 TCCCCCGAGCCCCCTCTCCCAAATTTTTAAAGCACTTTTTAGATTTTTTTTTCTCTTTCCTCCTTAAAAACAAAATTTAT 961 ATATAGATATATATATATATATAAATAATATACTTTTCCTCAGAGGAGCAGGCAACAGTGTGGGATAAACAGAGTCACGA 1041 TCAGAGGAACCCCAGGGTCTGGTGATGGCAGGGATGGGGGGAGAGAGAGAAAATCCACAAATTCCAATGTCACAAAAGCA 1121 ATAAAACAAACTAGAAAAAAAAAAGGTTTTACAAAATGAAAGGAAGGAAAAAAAAAAAGGCAACCAACCACATTAGAAGT 1201 CTTGGCACTTTGTAACGGAACGGGTACTACACTTTATCTTAATTCTTAATTTAAAAACATGTTTACAAGTTACAACCAAC 1281 TTCTATGAAAAGTTGAAAAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAGCGAGCGAGAGAGAGAGCGAGAGAGAGAGCGAGAGCAGAAG 1361 AAATTCCTAAAAGTCGATTTATTTTTGTACAAAATAATAAAAAAAAAAACCCACCACAAACGTAGAATCCACTTCTGTTC 1441 CCCAAAAAGCGAGAAGGGGGGTTCAGGAGGAAGCCATCGCAGGGGACCTGGGAGACGCCCCGAGGTGTTTGTGCTTCACC 1521 CCCAGACGTCAGCCTCGAAGGCAGGACTGTGGGGTGTTCGTGCTGTGTTCCCCCCGCTCCCCCTTTCTGTCCCCTTTTTT 1601 GGTTCTGACGTGAAGAGGTCTTAGCGCCCGCTTCTGTCCACGGGGTCTCTCCTTCCTCCTCCCTAGCTCAGGGATGGGCC 1681 TTCCAGCCGGAGCACCCCGATCCCCATCCGGCACCCCCCAATCCCCCAACACGCCTGTCCCTCCCGCATGGCCACCAAGG 1761 AGCTGGACCTTGGATGCGCCTACCCTGCTGAGGTGGGTGACAGGGGCCCCCCACCTCCAGGGCCTTAGAACCACCGCCCC 1841 TCTCCCCACCCCAGGCACCCCTCTTTTTACTCAAAGGCACTGACTGTAATCCAGGGGGACTGGGACCTGCCTCCCCCCAA 1921 CCTCTGGCTCCCACAAGGCCCGGTGTTGACCGAGCCACAGGCCACGGACAGGGGCCGGGGTTGGGGAGACTATGTCGCCA 2001 GATGCCAGGACGCCCTCACCCCGTTTGCATATGCAATGCTAGCATGGGACCCCGAAAATAGACGCTCTGCTGCACTGAGA 2081 CTTCTTGTCAATGCCCAACCGGCGGGGGGGTGTCTCCCTGCCCCCGACCCCCCCATACCCCCTTCTCTGTGACACACACA 2161 TCTTCTCGTCTCTTTTTCTTTCATTGTTAAAGGGAAGCTTTTTAAGAAGGCAATTTTCATATTGTTTCTACAGGATGGTT 2241 TTGGTTCCCTTCCCTTCCCACCCCCCCTTAAGCCTGTCAGCCCCCTCCAAATGTCTCAGGATCCCCCCTCTCCCCTGGGG 2321 CTGGGTGACAGCACCCCGGCTGCGTTCACACCCCAGTGTCACAGGGCGAGCTGTTCTGGAGAGAAAACCATCTGTCGTGG 2401 CTGAGCGGGGAGCTTGAACACCCAGGCCAGGGACACCCCTCCCCAGCTCCCAGAGAGGCCCCCTGAGGGGTGAGCCCTCT 2481 TTCCACCTTCCCCTATCCATGCACCCCCTCGCAATAAAACCAACTCTAAAATCACAGCTGTCGTCCTAGCCAGTGGGGGC 2561 GACCGGACTTGGGGGGTGGAGCCCTCTGGGACTTCCGTAGGAACAAGGGCTGCGGCCCACCGCGACACTTACACAGACCT 2641 CGGGGATTGCACTAAACCCTCGTTCCTAGCTCCGCACTCAGCTTCGCCTGTCCTGCCCGCCCACTTTGCCTTAACTACCC 2721 GCCCGTCCTGGGGGCCACAGCCTCTGCATGGGCCCAGAGCCGGGACCCCCCCAGCCCAGCCCCGCCCTCCCCAGACTCCG 2801 CGCAATCACATACTGTATATAGACGTGAATCGATTTTATTTTTATTCTTTAAATTAAGGTCGTGATAAAGTGTTGCCAAA 2881 GATACCTGCTGAATTCTCGCGTTTCAGGAAACAAACAAACAAAAAAAAATGATATTTGAGGAGGGTCGTGTTGACTCCAT 2961 ATGAAAGGACACAGCTCAAAGCTTTTTTGTTTGGTTGTTTGGGGTTTTTTGTGTTTTCTTTTTTTGGGGTGTTTTTTTTT 3041 TAACTGCCTGGTACAAAAAAAAAAAGAGAAAAAAAAAAAAGAAAAACAATGCGAAATTGTTATTTCCATTCTCATGGTGA 3121 AGTTGCGTGGACGCGTGTGTGCGTGTGTGCAAGAGAGCGGGAGTGAGGTCCAGGCTGGGGTTGGGGGGCTTCAGGCGGGG 3201 GCGCCCGGGGGCCGGGGAGGTGGCCGGGCCGGAGCCCCCGTCTGCAGTGCCCCCCAGCCTGCCGGGCCCAGGAGAGAGAG 3281 AGAAGCATCTTTGCTACTAGCTGTTGCTGCTACCTGCCTCTGCCCCCCGACGCCCCCCGCCTTTTGAGATTAAGGAAAAA 3361 AAAAAAAAGTCAAAAAAGTTTTTAAAAATGAAAAAAAAAAATTATAAACCAGTGAATGTAAAATGCCGGAGCAGGCCCGG 3441 CCTGGCATGGGTGTGGACCTGCAGCCAGGCAGGCTCGAGCGGGCGATACCAAAGTCTGCCCCCCCACCATTGTGGCCATG 3521 CAGTCCTGTCACTGTCTTTTTGCTTCCTTCCGAGGGGGGTCCCCCAGCCTCTTCCAGGGTCTTCCCCTGGAAGTGGGCGG 3601 CTGCAGGGAAGGTGGGGGACAGGGGTCTTTGCACGATTCAGACCCCGGGGCCGTGGCAGGAGCGGTCACCTCACAGGTGG 3681 TGACACTGAGGCAGGGGCCTCGGGGTGCCCCCTCCCGCCCGGCAACCAGAATGGTTGGAGGCAAGACAGAGAGAATGAAA 3761 GGAAAAACAGAAGAAAAAAAAATATTAAAAACCAACAAAAAAAGCAAAAATCCTATTTTTTGAGAAAGAAAGATATTTAT 3841 ATTTGCAGTTTTATTTTAAAAAGTTATTTAAGTTGAAGCAGCCTTCCTGGAGGTGGGGGGGGGGGGGTGGTGGGTGGCTG 3921 GCGCAGGACGGGTCAGGGGCCTGGAGGCTGGGGGTGCCCCAGGAGCTACAACCTCAGAGTTAAGACTAGCTCGCATTAAA 4001 TACATAGATTTACGGGGGGGGGGGGGGGGGGCCGGGCCCAGGGGGTGGAGGGGGCCAGGGAGACCCCCATCCCTCGCCGG 4081 GGCTGCCTGGAGGCTGTGGACCAGGATCCGATGCCCAGGTCCCGCCCCCCACCCCACCCCAGGCCCAGAATCGAGGTGCC 4161 TTGGACTTTGGAGGGGCCAGGCCTGGTGAATGGGGGGCGGGGCGGCGCCCTCAGGGTACAGAGCACAGACAGATAGACAT 4241 TCCAGAGACTGTATTGAGAGTCTTTATAAAGTGTGGGAGATTTAAAAAAAAAAAAAACTGATAAAAATGCACTTTTTGGG 4321 AGTGGGGAGGGAGAAGCTTTAAAAGTAATAAAAAACAAACAAAAACACAAAAGATGAAAAAACAAAAAAATTCATTTTTC 4401 TTGTACATAAAAAAAAAAAAAGAACCACTAAACGCAGCCTGTTACGAC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545215. RNA binding protein: AGO4. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | C8166 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462572. RNA binding protein: AGO2. Condition:C8166 NL4-3
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HCT116 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in ERX177604. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_V_AGO_CLIP_2_6
PAR-CLIP data was present in ERX177628. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_V_AGO_CLIP_4_6
PAR-CLIP data was present in ERX177630. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_V_AGO_CLIP_4_8
PAR-CLIP data was present in ERX177606. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_V_AGO_CLIP_2_8
... - Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al., 2016, Genome research. |
Article |
- Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al. - Genome research, 2016
DNA damage activates TP53-regulated surveillance mechanisms that are crucial in suppressing tumorigenesis. TP53 orchestrates these responses directly by transcriptionally modulating genes, including microRNAs (miRNAs), and by regulating miRNA biogenesis through interacting with the DROSHA complex. However, whether the association between miRNAs and AGO2 is regulated following DNA damage is not yet known. Here, we show that, following DNA damage, TP53 interacts with AGO2 to induce or reduce AGO2's association of a subset of miRNAs, including multiple let-7 family members. Furthermore, we show that specific mutations in TP53 decrease rather than increase the association of let-7 family miRNAs, reducing their activity without preventing TP53 from interacting with AGO2. This is consistent with the oncogenic properties of these mutants. Using AGO2 RIP-seq and PAR-CLIP-seq, we show that the DNA damage-induced increase in binding of let-7 family members to the RISC complex is functional. We unambiguously determine the global miRNA-mRNA interaction networks involved in the DNA damage response, validating them through the identification of miRNA-target chimeras formed by endogenous ligation reactions. We find that the target complementary region of the let-7 seed tends to have highly fixed positions and more variable ones. Additionally, we observe that miRNAs, whose cellular abundance or differential association with AGO2 is regulated by TP53, are involved in an intricate network of regulatory feedback and feedforward circuits. TP53-mediated regulation of AGO2-miRNA interaction represents a new mechanism of miRNA regulation in carcinogenesis.
LinkOut: [PMID: 26701625]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545215 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO4 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000322357.4 | 3UTR | GCGGCCUCCCCCCGUCGCCCACCCCACGUCUCCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1462572 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | C8166 / C8166 NL4-3 |
Location of target site | ENST00000322357.4 | 3UTR | UGCGGCCUCCCCCCGUCGCCCACCCCACG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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67 hsa-miR-6737-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT066215 | MARCH9 | membrane associated ring-CH-type finger 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT074413 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT125300 | MID1IP1 | MID1 interacting protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT153951 | NCOA3 | nuclear receptor coactivator 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452776 | FAM136A | family with sequence similarity 136 member A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452977 | CABP4 | calcium binding protein 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454128 | FOXRED2 | FAD dependent oxidoreductase domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455242 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | ![]() |
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2 | 10 | ||||||
MIRT459007 | UQCRH | ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT459463 | MUC17 | mucin 17, cell surface associated | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT460871 | UBE2S | ubiquitin conjugating enzyme E2 S | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461264 | COX10 | COX10, heme A:farnesyltransferase cytochrome c oxidase assembly factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464540 | UBTF | upstream binding transcription factor, RNA polymerase I | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465268 | TRIM28 | tripartite motif containing 28 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT465871 | TMEM43 | transmembrane protein 43 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT466228 | TMED10 | transmembrane p24 trafficking protein 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468417 | SETD1B | SET domain containing 1B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT468684 | SEC22C | SEC22 homolog C, vesicle trafficking protein | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT473399 | MDM4 | MDM4, p53 regulator | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT473517 | MAX | MYC associated factor X | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT474511 | KLHDC8A | kelch domain containing 8A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475801 | HDGF | heparin binding growth factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479493 | CDH6 | cadherin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT480770 | BMP2 | bone morphogenetic protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT481418 | ASB6 | ankyrin repeat and SOCS box containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT482966 | CSTF2 | cleavage stimulation factor subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483380 | SPATA6 | spermatogenesis associated 6 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483677 | CYP11A1 | cytochrome P450 family 11 subfamily A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT484328 | EPN1 | epsin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT484963 | UCK1 | uridine-cytidine kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485908 | PGPEP1 | pyroglutamyl-peptidase I | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT488149 | PRRC2B | proline rich coiled-coil 2B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT488943 | CYP2W1 | cytochrome P450 family 2 subfamily W member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT491835 | ZBTB7A | zinc finger and BTB domain containing 7A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT493026 | NAA50 | N(alpha)-acetyltransferase 50, NatE catalytic subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT499374 | PLCG2 | phospholipase C gamma 2 | ![]() |
![]() |
2 | 11 | ||||||
MIRT499723 | USH1G | USH1 protein network component sans | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT500349 | ZNF385A | zinc finger protein 385A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT509574 | HIST2H2AB | histone cluster 2 H2A family member b | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT512794 | GLRX | glutaredoxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT513291 | SETBP1 | SET binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT515697 | ZNF321P | zinc finger protein 321, pseudogene | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT518255 | LEAP2 | liver enriched antimicrobial peptide 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT522026 | PAQR3 | progestin and adipoQ receptor family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT523169 | HIST3H3 | histone cluster 3 H3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524036 | DNAJC8 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533476 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT541488 | ADM | adrenomedullin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553987 | SRPR | SRP receptor alpha subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571445 | YKT6 | YKT6 v-SNARE homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574889 | Plcg2 | phospholipase C, gamma 2 | ![]() |
![]() |
2 | 7 | ||||||
MIRT607544 | GLI2 | GLI family zinc finger 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT607688 | MAPK10 | mitogen-activated protein kinase 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610072 | CRLF1 | cytokine receptor like factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610573 | CACUL1 | CDK2 associated cullin domain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614041 | THBS2 | thrombospondin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626318 | LRTOMT | leucine rich transmembrane and O-methyltransferase domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634005 | RIF1 | replication timing regulatory factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639619 | FGF19 | fibroblast growth factor 19 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT647343 | RPH3AL | rabphilin 3A like (without C2 domains) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689704 | ATXN2 | ataxin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691170 | APOL6 | apolipoprotein L6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT693165 | NPR1 | natriuretic peptide receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711727 | NUPL2 | nucleoporin like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711806 | ELN | elastin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT721546 | FXN | frataxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722979 | GDE1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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