pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-584 |
Genomic Coordinates | chr5: 149062313 - 149062409 |
Synonyms | MIRN584, hsa-mir-584, MIR584 |
Description | Homo sapiens miR-584 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-584-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 55| UCAGUUCCAGGCCAACCAGGCU |76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TMEM59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C1orf8, DCF1, HSPC001, PRO195, UNQ169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | transmembrane protein 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_004872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TMEM59 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TMEM59 (miRNA target sites are highlighted) |
>TMEM59|NM_004872|3'UTR 1 GCATTTTTCTTTTAAAAGACAAGTGTAATAGACATCTAAAATTCCACTCCTCATAGAGCTTTTAAAATGGTTTCATTGGA 81 TATAGGCCTTAAGAAATCACTATAAAATGCAAATAAAGTTACTCAAATCTGTGAAGACTGTATTTGCTATAACTTTATTG 161 GTATTGTTTTTGTAGTAATTTAAGAGGTGGATGTTTGGGATTGTATTATTATTTTACTAATATCTGTAGCTATTTTGTTT 241 TTTGCTTTGGTTATTGTTTTTTTCCCTTTTCTTAGCTATGAGCTGATCATTGCTCCTTCTCACCTCCTGCCATGATACTG 321 TCAGTTACCTTAGTTAACAAGCTGAATATTTAGTAGAAATGATGCTTCTGCTCAGGAATGGCCCACAAATCTGTAATTTG 401 AAATTTAGCAGGAAATGACCTTTAATGACACTACATTTTCAGGAACTGAAATCATTAAAATTTTATTTGAATAATTATGT 481 GCTGAAATTTGAGTATCTGATTTTTCTAGACCTTCCCTCCTATTCCTGCCCAACCTAGATAAGAATTATGAAATGTTCTG 561 TGTTTATTGCTATTGCTTTATAATGTGATGGTCAGGGACCATTTTGATGCAAAACTGATCTCTCAGCAGTACATTTGATG 641 TTATTTTGCACAGGCTATAGGTTTTTGTTTGATGAGTGTTTCCAAAGAACTATTTTTCTCTGTTAGATAGCATATCAAGT 721 ATAAGGTAAACATATTTTCAGAGAAAACTTCATTTTAACACTAAAAATTAGACTCTTGTGATACAGAATTAAGTATAAAT 801 TTTACTTGGCAAAAACTCGTTTTATTTTTACCTGCAATAATACAGAGCTTAATATTAGAATGATATCAGGTCATAATAAT 881 AATACACCAGAATCTTTTGAGATGGAATTTTGCTCTTGTTGCTGAGGCTGGAGTGCAATGGTATGATCTTGGCTCACTAC 961 AACCTCCACCTCTGAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCACAC 1041 CTGGATAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCAGGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGA 1121 TCCACCCACTTAGGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGTGACTGTGCCCAGCCTACACCAGAATTCTAATATG 1201 ATTCACTGTTATTATGCCATAAAATATTAAAAACTTTGTAAAACAATACTTTCCTCAGTCACAGGGGCATTGCTGACAAC 1281 TGCATCAGTGCTGTTTGACTAAAGAATAAGTTAGTCACTCCTCCTATGGCCTAGTCTTTAGCCTTCCTGAGTCCAAATGA 1361 AAAGCAGTTAACAGCTAATCAAGGAAGACTTTGGTCACAAAGTGTAGGTTTTTATTTTTAGTTTGTCTAGATTTGGATGA 1441 TAGAAAGTTGTGAACACATCCAGATGGGGAAGAAAGGAGGAATTAGCCGTCATTGTCAAGCAGTCATTGTTTCTTTCTTC 1521 TTTTTGTTAGAAAACATGGGATAAAACGTGGGGACTCAGCCAGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGG 1601 AGGCCAAAGCAGGAGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAACCTGGGCAACATAGCAAGACCCTCTCTGTACAAAA 1681 AAATACAAACAAACATGGGGACTATATAAAACATGGGTAGTGGATAGGAGTTACCATTAAAAAAAAATAAAAAGCCCTGT 1761 TGTTTCGTCTCCCATCATTAGTGCATACTTAGTTTCCTTAGTCAGGCACAGGTTTAATTGTAATGCATCCAATGAAGCAA 1841 ACAGAGAAACACAAAATGCTGCTGTCTCACAGGAATCAAAGAGCCCACTGTTAGAAAAGACCCTCCCTTATAAAAACAAA 1921 ACAAAGAATTATCTAGATCACTTGGGGCCAGGAGTTCAACACCATCCTGGGCAATATAATGAGAATCCCATCTTTTTTTT 2001 TTTTTTTAAAGCAACTGTACAGTTGTCCTATATTCTCCACCTTCCCTTGGTTTCATTTCTCTTCGCTTCCTGAATGAGAA 2081 GTGCCTGAGATACCTTCATTTCTCTTGAAAGTATTGATCCAAGTTTAGACAAATATCTCCCCTCTTGTTGAGAGAATTCC 2161 TTATATGTGAAAATACCAAGACATTCTTGATATTTAGCAGGCACTCAAATATTTGTCTCCTCTTTTTTAGCATAATTAAG 2241 CCAGACTGATGTTTGCATTTGAGTATCATCAGCATGAGTAACCATTTTAATCTCTCTTCCCTTAACTACTTGTTCTACAC 2321 TAGAGTCTAGGGTCAGGGTACGTACAGTGATAAAGATTGAGATAATGGGAAATATAGTCTTCTGTTTGGGAAGCTGGATT 2401 GTAGTGTTGATTTTCTGACTCCTTGTGGTAATTAAATTCTGAAGCACAGAATCTACTTTTGAGAAGAAATATTTTACTTT 2481 TGAAAAAAAATCCCCAAAATATATACAGCATAAAAATGTTTCCGATCTTGAAAATCCCAACCAAAGCAACAAAACTGAGC 2561 TTCCAAGCCCCTTCTCCTAAAGTAACAGTTTTGCCCTTCTTGGATGTGCCTAACTTTACTTAGCTCCTTGTTTCCATAAA 2641 ACAGTCATAATCTTATTTCCTACCACACAGAAAGCATCTTGAGAATCTGGTCTTGGTCCTAGGCAAATTCTCAAGACCGT 2721 TGGGTCTCTGGTTCAAACCTCCCAGACTTCTAAGGTCTTTCTTGGCTCAGGTCCCTCATCTAAGAGACATGCTAATTCAG 2801 GCAATTACAAAAGCAGTACTAATCACCATAATGAATGATCTGGGCCTAGGTTCCAAGTTTTCTCACAAAACTTCATGGGC 2881 ACCTTTCATTTGTGATATGTTTTGTAGTAAATCAGAAATTACTAGATGATCTGGTCAATCTTATCTCAGAAATCCCTGTG 2961 GTGCATCATGAGGCAATCTGAGCTGCTGATCAGCAGAAAACCCTGCACTGTCTGAGCTTATCTTCCAGCCAAAGGCAAAC 3041 AATTTACCCTTTGTTATTAGTCTGTCTGGATTTGTCTTAGATAAATGAGCCATTTTTGTTACAAGTTTTTTAAAGATATA 3121 CAGTAGTTCCATTATAATTTTTGTGGACTCAAATATCAAGTCCACATGTAGGGAATCATTGACAGAGATTTCCAGTTACT 3201 GTCACCACCACACCAAGGCAGTAATTTTGCTCAGTTCTGCCTTTATAGATCCACAATTTAACCATTCAACAACCACCTGA 3281 GATCCTGAGTGGCAGGCCCTATGCTAAATGCTAGGACCACAGTAAGACCCAGTGCCTGACCCCAATTGCTGAGACTCTGA 3361 AGGAGACTATTATTAATGTGATAAGTGCTATGACCAAGCACAGAGCACATAGGAGGAGCTGTATGCATTATGGGAGCACA 3441 CAGGAGGACTTCTGGGAGAAAGTGATAGCCAAGCTTAAACCTGGAGAAAAAGGGAACGCCAAACACAATATAGAGAGCAG 3521 TGTACCAGACAGTGGGGACACTGTGCTCAAAGACCTAGAGGCCAGAGGGTGAGGCACTGCAGATTGTTGAGTAGGCCGAG 3601 ATAGAGCATACAAAAGCATAACAAAAGATGGGGCTAGGCAGACCAGGTAATAAACCTGCACTTTAAACCTGCACTTGATC 3681 CTGAGCACAGTAGAGAGCCACTGAAAGATTTTAAGCAAGAGAGTGCCATACAGTGTTGGAATGATTCACTCGGACAGCAA 3761 TGTGGAAGATAGACCAGAAAGGGCAAGTCCAGAGGCCAACAATAATCTTAGCCTCAGAGTTCTTTTTTTAATACCCAAGA 3841 ATACTATTTCATTTTACTTATATTTTTAAACTTTTCTCTATAACGCTCTCTCTGCTCCCCCACATTGTTGTCTGGATGGT 3921 AAACCTAGGACTGGTCTCTGAGTCCTGGTCACAGCCTGGCAACAGAATGTTTGAGCAAACTGGGAAGGCTGCCCCATGGA 4001 TCCCTGGTTTCTTATCACCATCCTCTTAATTCTACGTTTGCCAACCAGTCTCTAGGAAGCCAGCGTGCTCTTGCGCCCCT 4081 CCCACCAGGTTTCCAGTTGCTAAGCGTGTCATGTTTGCATTTGGGTATCATCTGCATGAGTGACCATTTTAATCTCTCTT 4161 TCCTTGACTACTTGTTCTACACTAGAGTCTAGGGTGGGGGTGAGTACAGTGGTAAAGACAGGGATAGCGGGAAATTTAGT 4241 CTTCTGTTTAGGAAGCTGGATGGTAGTGTGGATTTTCTAACTCCTTGTGGTAATTAAATTCTGGAGCACAGTTTTTAGAC 4321 CTTTTCTGAAATCTGTTACTGTTGAAGTCAGCTTCATATATTTCACTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCACACTGTT 4401 ACTCAGGCTGGAGTGCACTGGTACAATCTTGACTCACTGCAACCTCCACAGCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCGTGCCTC 4481 AGCCTCCCAAGTAGCTGGTACTACAGGCGCGTGCCACCATGCTTGGCTAATTTTTGTATTTCTAGTAAAGATGGGGTTTT 4561 GCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGCCTCAGGTAATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGTTTGGATTGCA 4641 GGCATGAGCCACTGCACCCACCCTATTTCACTATTAAGTACTCTCTTCCTGTGATATTAATGACTTATTTGTTTCAAACT 4721 TTTTTGTGCCATTGAGCTTTTTAGTGATCCAGTGAAGCCTGTGGACCCCCTCTCATAGTAATGTTTTCAAAGCATAAAAC 4801 TAAATATAAAGGATCGCAAAGGAAACTGATCATGTTAAAATAAAGTTGATATTTTCAAAGTTTTATGATCCAGTAACATA 4881 CATATTCTGTTAACACAAAATAAGACTGCATGGTGGTTCTAAAATTACTATAATTCAAATTCATATCTTGAAATATCTAA 4961 CAACTGTAATATATCTAAATGTCTCATTTCTATTGGTGACAAAGTCACAGGTACTCTGATCCTACTGTGGACTGTTTCCT 5041 ATATTCGTAATTGAAGGAAATGTTATATTTCAGTTAGAAGTTGGTGAAAAGAAAGATTTAAAATTTTTCCCATCCAAGTT 5121 CACCAGACCCCTGGTTTAGAGGTTGTCTTAATTTTACTTTTGTCATTTTAAGAGTAAATTATTTTGTTTTCTTGTTCAAT 5201 TCTCAATTATTTGGGCTTATTTTACTGCCTCTTGCATGCTTTTTTATGCTTGAATGGTTTTTGCAGTGTTAGAACAGTAA 5281 TAATTGAAGACTTGGGTGGAAAAAAATCAGCACCTGATTGAAAATGAAAGGTTTCAACAAAAGCTCTTGATAATGTTACC 5361 TCCAGGTGTACCATCATGCCACCATTATTGGTGCTACAAATCTGTTAATTTATTTATGCTTAAGTATGTAAACTTTAATA 5441 AAACTTGGATCATCTGCATTAAAAAATAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | C8166 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462572. RNA binding protein: AGO2. Condition:C8166 NL4-3
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462572 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | C8166 / C8166 NL4-3 |
Location of target site | ENST00000371348.1 | 3UTR | UUUAAUGACACUACAUUUUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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50 hsa-miR-584-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT133702 | SKI | SKI proto-oncogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT162603 | CDC25A | cell division cycle 25A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT253722 | ADRM1 | adhesion regulating molecule 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441657 | DEK | DEK proto-oncogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465289 | TRIB3 | tribbles pseudokinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466755 | SYNGR2 | synaptogyrin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT472075 | NOVA2 | NOVA alternative splicing regulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484818 | ZNFX1 | zinc finger NFX1-type containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492058 | TMEM59 | transmembrane protein 59 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493115 | MKNK2 | MAP kinase interacting serine/threonine kinase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT495251 | SLC37A2 | solute carrier family 37 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502436 | G3BP2 | G3BP stress granule assembly factor 2 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT506333 | NUPL2 | nucleoporin like 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT511453 | HNRNPU | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U | 2 | 6 | ||||||||
MIRT528878 | ATF3 | activating transcription factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529262 | TRIM4 | tripartite motif containing 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT530762 | ZNF582 | zinc finger protein 582 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532460 | PLGRKT | plasminogen receptor with a C-terminal lysine | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532884 | ZNF451 | zinc finger protein 451 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536526 | KCTD10 | potassium channel tetramerization domain containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537512 | FAM105A | family with sequence similarity 105 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537543 | ETS1 | ETS proto-oncogene 1, transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT541177 | MSMO1 | methylsterol monooxygenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553497 | TMEM55B | phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 4-phosphatase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554381 | SETD5 | SET domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568929 | SMCR8 | Smith-Magenis syndrome chromosome region, candidate 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573385 | GPR20 | G protein-coupled receptor 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573567 | RANBP1 | RAN binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576078 | Poteg | POTE ankyrin domain family, member G | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616473 | CAV1 | caveolin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619900 | NPTXR | neuronal pentraxin receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621122 | PCNXL2 | pecanex homolog 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652694 | THSD7A | thrombospondin type 1 domain containing 7A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652901 | SYT2 | synaptotagmin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653356 | SMG7 | SMG7, nonsense mediated mRNA decay factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653843 | SHISA9 | shisa family member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669211 | CBX2 | chromobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684541 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688018 | GSN | gelsolin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698896 | SPTBN2 | spectrin beta, non-erythrocytic 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700786 | PIM1 | Pim-1 proto-oncogene, serine/threonine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT708511 | CHCHD3 | coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713659 | PLCE1 | phospholipase C epsilon 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713768 | METAP2 | methionyl aminopeptidase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717156 | LRRC3C | leucine rich repeat containing 3C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720792 | PRKRIP1 | PRKR interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721095 | CCBE1 | collagen and calcium binding EGF domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721964 | MCM8 | minichromosome maintenance 8 homologous recombination repair factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724716 | CRAMP1L | cramped chromatin regulator homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT736350 | GLI1 | GLI family zinc finger 1 | 3 | 0 |
miRNA-Drug Associations | |||||||||||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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