pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6737 |
Genomic Coordinates | chr1: 153962351 - 153962420 |
Description | Homo sapiens miR-6737 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6737-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 6| UUGGGGUGGUCGGCCCUGGAG |26 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | NAA50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | MAK3, NAT13, NAT13P, NAT5, NAT5P, SAN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | N(alpha)-acetyltransferase 50, NatE catalytic subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_025146 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on NAA50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of NAA50 (miRNA target sites are highlighted) |
>NAA50|NM_025146|3'UTR 1 ACAAATTACAAATGAACTTTCTTGCACTTGCTTGTCGCCAAATAAAAGAGAGGCCCATTGATTCCTCCCCCACCCCAACA 81 CTTTTCTTTTAAAGCTTTTCTCCCTCCTTGTTCTTGTTTTTCTTTCTTCCTTTCCTTTTCTCTGAGAGTTTTAATACTTT 161 CAAGGACTTTAAAAAAATAATCATGTTTGAATTGTTTTCTCTTATTTTTGTGAGGTGGTTTGAAGGAAGGACAAGGTAGA 241 TCTGTTTAGTTTTGCAGTTGAAGTTAGATGGTCCTAAACATTTAATTGTCAAATAATTTCAAATTTAATGTCCTGCTTTC 321 ACATTGAAGGGCAGAGCCTACAAAACATTGTATATTTCAAAAGACAAAAAGAAGCAGCAGCAGTATCTTGTTCTCTAATT 401 CATAGACAAGTTGAGTGTGTTTGTGGTACTTTGGGTTTTTAAACACTTTGGGATACTAATCCCTAGACATTGCCTTCACT 481 CCACCTTTAGTCCTTCTGAGCACTCTCTCGGGAGTTGGAACATTGTTATCCTTGTAAGAAATACTAAGCTTATGTTGATT 561 TTTAAGTAATTATATCTTCTCTTCTTGCTGGTGGGTGGGGCAGTTTGGTTTAGTGTTATACTTTGGTCTAAGTATTTGAG 641 TTAAACTGCTTTTTTGCTAATGAGTGGGCTGGTTGTTAGCAGGTTTGTTTTTCCTGCTGTTGATTGTTACTAGTGGCATT 721 AACTTTTAGAATTTGGGCTGGTGAGATTAATTTTTTTTAATATCCCAGCTAGAGATATGGCCTTTAACTGACCTAAAGAG 801 GTGTGTTGTGATTTAATTTTTTCCCGTTCCTTTTTCTTCAGTAAACCCAACAATAGTCTAACCTTAAAAATTGAGTTGAT 881 GTCCTTATAGGTCACTACCCCTAAATAAACCTGAAGCAGGTGTTTTCTCTTGGACATACTAAAAAATACCTAAAAGGAAG 961 CTTAGATGGGCTGTGACACAAAAAATTCAATTACTGTCATCTAATGCCAGCTGTTAAAAGTGTGGCCACTGAGCATTTGA 1041 TTTTATAGGAAAAAATAGTATTTTTGAGAATAACATAGCTGTGCTATTGCACATCTGTTGGAGGACATCCCAGATTTGCT 1121 TATACTCAGTGCCTGTGATATTGAGTTTAAGGATTTGAGGCAGGGGTAATTATTAAACATATTGCTTCTATTCTTGGAAA 1201 AATAGAAGTGTAAAATGTTAATAATACAAATGTCACTGTGACCTCCTCCACTGAGAGGACTGGTTTATGCCAGATCATTT 1281 TCCGGCACACACGGAGTGGCTTTGACAGATTGATAACTTTGTAAGATGGGAGACATCTGAAATATTCATGTTTTCCTTTT 1361 GTAGTCCCATCTCCACTATTTAGAAATGTTCTCAGACTTTAAAATAATGCACAGGGCTTGAGCTTTCTGTCATTTGACTT 1441 TAAAAGGAAGTTTCATTCATATTTATCCTCTTATGTAAAATTGCGGTATAAAGTCTCATTTCCAAATATGTTAAATGACA 1521 AAATTATTTTATAAAATGTTTATGCACACTTTATAACCTTAAGTTTTTATTTGAGAATGTGAAAGTACAAAGTGCAGTAG 1601 ACTTCAACAATCTTGAGTGCCAAGAATAATACAGAAAAAGAAGACAGTTGATGAATGAGTTTATAGGGTTCTAATCTTAA 1681 GATGGTAAAAATGTAGAAAGACCTTGCTGGTTTTTTGGGGGTATTCGTTTCTTAAACAATCCAAATCTAAGCTTAGAAGA 1761 AAAGTTTAGCGTTAAGCACCTTTATCTTCATGAATAAGCTTCAGCTTGCTCTTGGCAAGAGAAGAGTGCTTGAGTTACAG 1841 AAGGCATAAGTAGTTTGAAGAATGCAGCAGCCTTTTTGTAAACTTCCCAGATATCAAAATAGACTTTGATATATAAATGG 1921 TTTTCTGAGATGACACTGCCTCTATTTCTATAACCATTTCACCTGGACTATCTAATCAGTCCTATGAATGTATCCCTAAA 2001 TGTGGTTATTGAAAACCTAATAGCTGCCTCATGACAAGTACATGTTATTTAAGGAGGAAAAAATATTAAATTTTGAATTG 2081 AGTGTGTAGGCTCCCTATCATTATATATAGAGTTTCTTTTTCCACGGTAGTCAGTGACTTAACCTGAATTGTAAATGTTT 2161 GTAAAGGGTTAATTGTCCTACATCAAACTTAGTTAAATAATTCCATCCACTTATGGAGGAGGAGGAGAATGTGGAAGAGG 2241 TAAAAAGCTGGGCACAAGTTCATATGCCTATGAGTCAGTAAAGACTGAAGTAATGTCCTATGTTGAGCTGGTTATTTTGA 2321 TATATGATAATAATTATCTTTGAAGTAGAACAATTCTGTTAACTGGAAAATCACAGGATATATCCATCATATTTTTCAGG 2401 ACAGATAGTTTTTACTGTGGGGCAAATAGGTTAAAATTACACTATGTTAGTTGCATTTAGGTTTTAAAGCAAAGAATCTG 2481 TAGAGAAATCTATGCAATATATAGTTTGTCCAGATTAGCTTTCATTTGGGGAATGAAGTTCTGAAATATCTAAAGCAGTT 2561 TACTCATCAATTGAAAAGTCCTCCAAAAAGAGAACTATTGGGAAACCATGGTGTGGTGGTGGAAAAGAAAAGCTCCCTCA 2641 GTTTTTTGGAGGGAATAACTTAAAAAAATACTTAAATGGCTAAGTTTACTTGGTGCAGTTAAGAATTAAACTTGTCAATT 2721 TTAACATTGCTGTTACATCTGAAATAAACTTATGTGATGTTCTGGTAGTGATCTGTGATATCTGTAAATGTCAAAACTGT 2801 ATTGTTGAATTCTGCAGCCAGCAACCGTACATACTCATTGTGTAGTGTTTCCCTTACTGCTTTTATTTACTTTCACATTT 2881 AAGATCTAATTTTAAAATCATTAAAATAGGCCAAGTGTAATTAAGGCATCCTAATTCAGATCTTCTGTGACTTGCTAGGT 2961 ACAGTGCCCAATATCTACAATTCAGTTCCAATGAGAGGGAAAAAGTAAGATCCAAGGAACTGTCTTGCTGCTGTATTTTT 3041 AATGTAATTATTAGAAATACTTGACACTTTAGGCTGCAATCTAGTTAGTAATGTTTATTGGCTACAGACAACATATTCAG 3121 GTGTTTTGTTTTTCTTCCTTGTAAGGAAGGAGTACGGTAGTTCAATGAGTTGGGAATTGGCTTTTAAGCTTTTTATCAAA 3201 CATGAATTTAAGATTTTTTCTTTAACAGAATTCAGTATTTAATATTTCTAGTCAAAATTGTTATAATTAGATTTTTGCTT 3281 TTTTCATTTAAGAAGCAATGAGTGATCCTTGTCTAGTGTGTCTCAGTTATTACTGTAGTTTAAAACAACAAACAAGTATT 3361 ACCTTCCACAGTTCTGGATCAGGAATCTAGGAGCTGCTTAACTGGGTGGTTCTGTCTTGAGATCTCAGAAGGTTGCAGTC 3441 AAGCTGTTAGCCAGGACTGTACCATCTTGAAGCTTGACAAGGCTAGAGGAGCCATTTCCAAGATGTCTTGCTTACGTGGC 3521 TCTTGGGCTTCTGTTCCTCACTGTGTGGGTATCACACACAGTGCCTGATGCTCACGTGGCTCTTGGGCTTCAGTTCCTTG 3601 GGCACCAGTTGCCTGGTGGACAACTGGTATGTGGCTTCCCCTAGAGCAGGTGATATAAGAAAGTGAGCAGAAACCATACT 3681 TTTTTATGACGTAGCCTCAGGTGACATTATTTCTGCCATATTCCATGAGTCACACAGACCAACCATTGAATCAGCTTGGT 3761 ATAGTGTGGGAGGGGACTGCACAAGGATGTGAATACTGGGAGGTGGATATCATTGGGCCCTCTAGGAGACTGGCTATCAC 3841 TGCTCAGAGAAGATGCTGGGCTTCGTTGACTCCCAAGGTCAGGGTAGTTTTGGTTAGGTTGTGTTTTATTAGTCTCTAAA 3921 AGGAGTAGTTTTCTAAATGAGGGTTATAAAGCACTGCACTTTACAGTTATTCGGGATATAAAAGAAATAGTGGGTCTAAA 4001 GGCTGTGCTCTTGTGGTTGGGTTTTCAGTGGGGAGGGGAGACTAGTCTGTCTCAGACTGATGCTGTTCTCACTGATTTGA 4081 ATATTTCTGGGAAATTGGATACTACAGTCACAAATAGGAACAGTAAGCCTATAGAAGTTTTTCAGGGAGTAAATATTTTC 4161 TATGGCAGTGTCCTGAATTGGTTCTCCCTTGCAAGACTGAACTGTAGGAACTTAGTCCTAGTTTATGATACAGCCAAGTA 4241 ACATAGTCACATGGGAAAAAGAGCTTGAGTCAGATTTCTTAATGTGTGTTGTTAACTTGGTAGAACATTGAGAATTATTT 4321 AAGTCAGAGAACGATCTGTTACTGGGGCAGAAATTCTCAACCTTTTCAGTTCTCCAAAATTTAAGATACTTGATTTCTTA 4401 GGTAAAATGTTTTTGTTTTTGTTTTGGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTTGGC 4481 TCACTGCAAACTCCGCCTCCCAGATTCAAGCAATTCTGCCTGAGCCTCCCAAGTAGCTGCGACTAGAAAGCGCATGCCAC 4561 CACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTAGTAGAGATGGGGGTTTCACCGTGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGAGCT 4641 TAGGCAATCCTCCTGGGGCAGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGAGCCATGGCGCCTGGCCAGTAAAATGTTTTCT 4721 ATCTAGAATGAATCAAGGTATTTTCCTTGCTCAGTAGCTTCTAGAATAAGAAAAAAATAGCAGCAAGATCTGATTCAGAA 4801 ATAGTTGGGAGCAGAAAGTTAATATGAAGGAGTTGCTACTTGTTAACAGCCTAGAGTTGAGATCTAGAAGAATTATTACC 4881 TTTTTAAATTTGTGATGAAAGCTTAAATCCAGCATTTGGGAAGTTACTCTATTGGCTGAACTATTTTGGAGTTTGTAAGC 4961 TTTGTATTAGATATTCCTGATTTAACTGAAACTAATTTGCCACATAGCTTTAATTTCATCCCAGTTTTACTTGTTTTACT 5041 GTCCTCAAAAACTCAAGACATCTGAACTCAAAGGATCTAAGCAGTATAAATTAAAGCACATGTTGAATCACTGTAGCTTT 5121 CGTAGGACATCTGATTATAATGCTTTTCTTTGTTTCTTTGTCCATACTGAACTTGTCTAGTTTATCTTTGAGAAACATTT 5201 GCTAGTATCAAAAATCTTCTGTAAAGATTTGAACAATCTTGAATTCTCCTTGTCACTAGCCATCTCTTCCCCTAAAGTAT 5281 AATAAAACTGTCAGGTACTAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | C8166 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462572. RNA binding protein: AGO2. Condition:C8166 NL4-3
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462572 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | C8166 / C8166 NL4-3 |
Location of target site | ENST00000240922.3 | 3UTR | UUCCUCCCCCACCCCAAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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67 hsa-miR-6737-5p Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT066215 | MARCH9 | membrane associated ring-CH-type finger 9 | ![]() |
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MIRT074413 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT125300 | MID1IP1 | MID1 interacting protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT153951 | NCOA3 | nuclear receptor coactivator 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452776 | FAM136A | family with sequence similarity 136 member A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452977 | CABP4 | calcium binding protein 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454128 | FOXRED2 | FAD dependent oxidoreductase domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455242 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | ![]() |
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2 | 10 | ||||||
MIRT459007 | UQCRH | ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT459463 | MUC17 | mucin 17, cell surface associated | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT460871 | UBE2S | ubiquitin conjugating enzyme E2 S | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT461264 | COX10 | COX10, heme A:farnesyltransferase cytochrome c oxidase assembly factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT464540 | UBTF | upstream binding transcription factor, RNA polymerase I | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT465268 | TRIM28 | tripartite motif containing 28 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT465871 | TMEM43 | transmembrane protein 43 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT466228 | TMED10 | transmembrane p24 trafficking protein 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT468417 | SETD1B | SET domain containing 1B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT468684 | SEC22C | SEC22 homolog C, vesicle trafficking protein | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT473399 | MDM4 | MDM4, p53 regulator | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT473517 | MAX | MYC associated factor X | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT474511 | KLHDC8A | kelch domain containing 8A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT475801 | HDGF | heparin binding growth factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT479493 | CDH6 | cadherin 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT480770 | BMP2 | bone morphogenetic protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT481418 | ASB6 | ankyrin repeat and SOCS box containing 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT482966 | CSTF2 | cleavage stimulation factor subunit 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT483380 | SPATA6 | spermatogenesis associated 6 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT483677 | CYP11A1 | cytochrome P450 family 11 subfamily A member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT484328 | EPN1 | epsin 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT484963 | UCK1 | uridine-cytidine kinase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT485908 | PGPEP1 | pyroglutamyl-peptidase I | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT488149 | PRRC2B | proline rich coiled-coil 2B | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT488943 | CYP2W1 | cytochrome P450 family 2 subfamily W member 1 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT491835 | ZBTB7A | zinc finger and BTB domain containing 7A | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT493026 | NAA50 | N(alpha)-acetyltransferase 50, NatE catalytic subunit | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT499374 | PLCG2 | phospholipase C gamma 2 | ![]() |
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2 | 11 | ||||||
MIRT499723 | USH1G | USH1 protein network component sans | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT500349 | ZNF385A | zinc finger protein 385A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT509574 | HIST2H2AB | histone cluster 2 H2A family member b | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT512794 | GLRX | glutaredoxin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT513291 | SETBP1 | SET binding protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT515697 | ZNF321P | zinc finger protein 321, pseudogene | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT518255 | LEAP2 | liver enriched antimicrobial peptide 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT522026 | PAQR3 | progestin and adipoQ receptor family member 3 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT523169 | HIST3H3 | histone cluster 3 H3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT524036 | DNAJC8 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C8 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT533476 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT541488 | ADM | adrenomedullin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553987 | SRPR | SRP receptor alpha subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571445 | YKT6 | YKT6 v-SNARE homolog | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT574889 | Plcg2 | phospholipase C, gamma 2 | ![]() |
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2 | 7 | ||||||
MIRT607544 | GLI2 | GLI family zinc finger 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT607688 | MAPK10 | mitogen-activated protein kinase 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT610072 | CRLF1 | cytokine receptor like factor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT610573 | CACUL1 | CDK2 associated cullin domain 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT614041 | THBS2 | thrombospondin 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT626318 | LRTOMT | leucine rich transmembrane and O-methyltransferase domain containing | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT634005 | RIF1 | replication timing regulatory factor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT639619 | FGF19 | fibroblast growth factor 19 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT647343 | RPH3AL | rabphilin 3A like (without C2 domains) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689704 | ATXN2 | ataxin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691170 | APOL6 | apolipoprotein L6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT693165 | NPR1 | natriuretic peptide receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711727 | NUPL2 | nucleoporin like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711806 | ELN | elastin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT721546 | FXN | frataxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722979 | GDE1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | ![]() |
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2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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