pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6751 |
Genomic Coordinates | chr11: 65129916 - 65129978 |
Description | Homo sapiens miR-6751 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6751-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 43| ACUGAGCCUCUCUCUCUCCAG |63 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | USP46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ubiquitin specific peptidase 46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001134223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_022832 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on USP46 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of USP46 (miRNA target sites are highlighted) |
>USP46|NM_001134223|3'UTR 1 CTGAAAGACCTGCGGGACTGATTCACGTGGGGAGAATGTTCACAGCACTGTCACCCGGCTTCTCCGCAGGCTTTCCTCTT 81 CCCCAGTGGCCCACTAATGGTATCACTCCGAGTCTCAATGGTCTGGCTGTGTTAGACTCTCTCCTTTTGTGTTTTTACAT 161 GCAGCACTACTCTTGGTTTTATTTCAGTCTGACATAGAGTTAACTGCAATCAGATTGTAGTCTGATTTATATGAATAACG 241 GTTGCTAATTTTAGGACTGGGTGAAAGCTATGCCATTCATTATGTCTGGCTGTATTAGAATGACATTTCCTATGAATGTC 321 TACGGTCTGTTTTAGGTGTTTGCTAAACTTCTATGGCTTCCAGGGTCTTCTTACAATGCATTCCTTTAACTTGTCCCTGG 401 AAGCATTGCTACCCATTTTCAGCTTCTCTGCCTCTCTTCTGATACAAGGACAGAAGAATTGGGTAGATATTCACCTTTTA 481 GGGGTGCAAGTATAGCTTTAAGTTTGTGCAAGTGAAAATGTTGAAAAGTGAGTAACCTCGATATTAAAATCATCCTTGAC 561 ATGAAACAGGGTGAAGAGAAGCTGTCCGTGGCGGCTGGTGTTGGCTGGCATTGGCACTGGGCTGTGCTGACCTAGCCATT 641 ACAATTCCAGGGGCTAAGAAGGCTCAGGGCAGACAAAGTCAAGAGGAGGAAGTTTTTGTGGACAATGAAAAGTTATTTTC 721 GTACCTTTCTACCAAAACCAAGTTTCAGGAAAATAACTCTATGTTGTTTATTTTCAGTGACACTTATGTAAGGCCCTGTG 801 AGTTGTATTTATCCTGTATCCGGCACTGCTAAGCTTTTCAAGGTATCTTTCCAATCCTGCTGATGTGGCAGTCAATGGCT 881 GCAGGGCTGGCAAACCTCCCCTTAGCCAGTCAGCACGGCATTGTTCCTTATCAGGAATAACAAAGGTACTACATCTTTCC 961 AGCCATCAGCACGTTGTACAACTTAACTTTTTAACATAGTCCGTCTGTTTACTGAGGCACTGGCGAGTCCCAGGGCTGAT 1041 ACAGAACCTTCCCTAGAGGGAATACCAGAGTTAGCTGGGTATAGAGGTGGCTCAAAGGAAGTGTCCGTGGGCAGGGGGAG 1121 GAATGAACAAAATGGCGCTGTTTCTTTGGCTCAGACTCCTAGAATGCTTGACAAGACAGAATTTTTTTGGAAGAACCTCA 1201 TCTCACTATAGTTACTTTTTTCACTTTTGTTATATATGTATTTATTAGAGCATTTGAATATTGGTACCTTTAAAAGGGTC 1281 ATTTGGTGTTTTGCTGTTGAGCTGGTTTTTGAGTCATAGATCTTGGCTTCCTTTAGAAGCCACTTAACTTCCATACACTA 1361 TAATAAACTGTGAACATATTTTTGTTACCTAATGCATCCACTGATGAACATGCAAACTTTGGGCATAATGTGAACTAAAA 1441 TTGAAATGGAAAATGTTAGTGGCCATTTTGCAACAATGAAGAGGATAGCACTTTATCTAGATGAAAACTGGATTTCTTAT 1521 CTTTGAAATATCTTGAACTGTTTATTGCTCAGAACTTAAGTAAGCATGCCAACATTTCGTTTGTTTATGCTTGAAGTGAA 1601 ATGTTTTACTTTTCACTGGAGAAGACAAAACAGGGTGATCTTCATGTTATTGTTTTATACAAGTGATGGAAATGTACCTT 1681 GCCTTGTTTAGAGGCAATTTCACATTTATAAATATTTTTTTTTCCTCCATGAAACTTACGCAGTAATCACTACCTGGAAG 1761 GTGAGTTTTGATCTCTTTTTAAGGAGAGGCACTTTCCAACTGAAGGTGATTGATGTAGGGAAATGTTTGTACTATATAGA 1841 ATCCATATATTTGACTGCAAGTTACAAAGTTTTAAGAACATGATGGTTGGTCTCTAATATATTTGGAACTGATTCATAAG 1921 AAAAGTTATTAAAATTATCTTTGAAACACCTCTTGAAGCTAATTTATTAGAAAAAATATTTCAGTTGGAAGGCTGTAGAA 2001 GTAATGTTTAAATGCTAAGTCATAAGTTCAGGATATTTCTTTTCTATTTGGTTGTGCAAAATGTTTTTCCCAGTTATTTA 2081 ATCGAAGTAATTCCTTTTAATAGAAAGAGTCAGTTAAAATTCAGCATTCATGGATAGATTTTTGGAACGAAAAAGGGTAA 2161 GTATAAGAAAATATTGCAAACACATTAAAACAGTTGTATGGTGCAGGAAAAGAAGATTGGAAAAAGACCAAAACACACTT 2241 CTCCAGCAACACTCCATCAGCTTTTTAAAATTTAGAGCTATCTGCTAATTTTTTCCCTCTTCCTTCTCAATAAATGAAAC 2321 AAACACTGGGCAGCTGCAGGTTTCTCCCAATCATGTCTCTTTATGTAAAGACAGTAACATGCAAACACTTTTAGTTTACA 2401 TCCCTCATTCACAGTGTAAAGCAGGAAATGGTGTGGGAGATGTGAGACCATTCTGAGGTCAGCGATAGCCCAAAGGCTCT 2481 GCAGTATTCCCTCCAATGGCCAAGGATTCCGTGTGTCATCTGCAGGAGTGAGTAGGCCTGCTGTATTTCTTGTAACTGCT 2561 GGGTGTTACAAAATAAGTTACAATGTTTTACACTTTAAAAAAAAAACAGAAGGAACATTTGCTTTATTGGTTACTTACTA 2641 GTTTAGCCTCTAGGTTATGGCACAGCATGCTAAAAAATCATGTGTTTAAAAGTAAATGTTGGTAAAATGCTGGCATCTGG 2721 TCCTATTGTGTTGATGCATTTTCACTTCTGTGGTCATAGGAAATGGACTGGTCTAAAGAGAGTGAGGCACAACACAAGCA 2801 GGGCATTAGTTTGAATAGGAAGTCAATCATATTTGGTTTTATGGCCTGGTGTATTTTGGGTTTAAGATAAAATAGGGAAA 2881 AATGTCAGAAATGATCCCTATGCATTTATTTTCATGGATACCCTTAATTTCATGGGCATGCCTAATAATGATCTATGTTC 2961 TAACTGGAGCTTAGGGCTTATTTTAGATATTGGAGTGTAGCTTTATTACAGATGGATTTTATCTTTCAACATTGCATTTT 3041 GATCAACTTTGTATATTCACGTGTATTAAAATATTGTGCACTAAATGTTTTGCCCTTGTTTGCTATTATATGGTCAAGGC 3121 ATTTATCAGCACTATTGTAATGAACTCATGTAAGTGGCATGGGTCAGGGAAAATTATTTCCTACTTTTCTGCCTAATTAA 3201 ATTTCTGTTTTCCAGTATTACATTAATTTATTTTTGGCTTCCATTTCTGTATAACCAAAATAGTTACTGTATTTGTGTGG 3281 CATTCCTATTATTTTGTTGCTAAAAATATTGTAGTTTTTATTTAAAATAATCTGTACCTTAATTTTTTAAAATGTAACCA 3361 ATTCAAGCACTTTAAGCAATAATGTCAATCTTGTGAAATTTTAATCAGTTTAACACCCTGCCTCTAAAATTGTTTGCAAA 3441 AAATAAATAAATGAATAAAATGGGAATTCTCTTTCTAGAGAATTATATCCGGGTAATGCTACACACATGGACTTAAAATC 3521 CTTTTTATAAAGTGTGAGTCAGTGGCAGGTCTTATGTCCAAGTAATTATTACAAACAATTTTGAAGCAGTGGAAATGTAC 3601 AGAACATTCTGATCATTATAATATATAAAGGCAGTATTACTCTCAAGGTTGATAAAAATCAATGTTCTGGAGATAACTCA 3681 TCACTTTTTTTGAGTGAAAAAGATCAACAGAATTTAATTCAGGAAATGGTATCTGGAGAATAGCAAATTGAGAATATCAG 3761 TGAAAAGAATTTAGGGATAGTTAACTAGGCATCACAGTGAATTTATTTTTGGGGACTTTGCATATAAAATCCTTTTAACC 3841 AGTTATGAAATGAAAGATCCATTCCCCAAATAAGAAGGCAGCTTCCAGTATCTGGTTTCTAGGAAGGAGTAGGACTGTGA 3921 TTGGTCCCTGGTGCCCTGACTTCTGGGCCTGTTTCTGAGCCATGGGGGACCCCCCAGCTTCAGAAATACTCACGTGGGTT 4001 CACACCACTCCCTGCCCCAGAAGGAGGGCAGGCACAGGTCCATGCCATGTGGCCTCAGTGAAGCCTACAGTAACTATGGG 4081 TAGGGCTGCTTTTCCCTGTCAATCACCCAGGGCACCTGTGGGTGGACAGAAGATTGTCATCGGAATACATGCTTGGGCCC 4161 AATTATGGGAATAAAACCTCATAGACCAAGAGCAGGGAATGTGCCAGTAAGTGTTGAGTCTCCCAGCTGCTGTCCATCTT 4241 CTCGGGGCAGTGCAGTTGAACCTGACTGAGCTGGAACAGAGACTGTTGGGAAGGTCACTTCTGTCTGCCACGAAGGCCAA 4321 AGGCAGAGAAGACCTTCTTGGGACTGTGTTTTTCTTTCCTAGGCCTCACTTTGTCCTGGGATTTATAGGACAGGCCTGTC 4401 ACTACCAAGGTGACACAAATTCTAGAGAATGTATTTTCCCATTTCTTCAAATTTCCTTTCCTCTCTTTTTATTGATACTT 4481 AAAATACCTTTACTAAAAAAATGAAGCCTTCCATTTCCATTCCCTTATATTTACATGAAGATAAAAATACTTACTAAGTC 4561 GTTGTATTTGTCCATTCTGGCAGTGCTATAAAGACATACCTGAGCGTGGGTCATTTCTGAAGAAAAGAGGTTTAATTGGC 4641 TCATGGTTTTATGGGCTGTACAGGCTTCTGTTCTGGGGGAGGCCTCAGGAAACTTACAATCAGCAGAAGGCAAAGGGAAA 4721 GCAAGCCCATCTTACATGGCAGGAGCAAGAGGAAGAGAGCAAAGGGGGAGGGGTTACACACTTTTCTTTCCTTTTTTTTT 4801 TTTAAGATGGAGTCTCACTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGATGAGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGAGT 4881 TCAAGCGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCATGTGCCACTATACCCGGGTAATTTTTGTATT 4961 TTCAGTAGATACAAAGTTTTCTCATATTGGCCAAGCTGGTCTGGAACTCCTGACTTCAGGTGCCTCAGCCTCCCAAAGTG 5041 CTGGGATTACAGGCAAGAGCCACCTTGCTCGGCTGGGGTTACACACTTTTAAACAACCAGATCTCGTGAGAACTCAGTCA 5121 TGAGGCAGTACTAGGGGGATGGTGCTTAACCACCTATGATGCAATCACCTCCCACCAGGCCCCACCTCCAACACTGGGGA 5201 TTACAATTCAACATGGGATTTGGGTGGAGACACAGAGCCAAACCGTATCAGTCATTTTTCTTTTACTGAAGGAAAATTTT 5281 GGTTGTGGGGTTAGTACTAAAGATAGCCCATGTAGACTTTTTCTGAAGATACCCCAAGTGGAGAGATTTTTAATTAGGCA 5361 TTTATTTGGCACCTATTGCATTCTAGGCATTGTGATAGGAGCTGGGGGATAAAAAGGTGACACAGATTGGGTCCCTCTTA 5441 TGGACTCGTTTTTTGTCTCAGAAGACAAGTCTGGGTGAGAAAGAAATTTAAAATTTAAGTTGTGGAAATAACACGTGTGG 5521 GGGAAACTCCTTGCAATTCAGCACAGTTTGGTATTCAGCCCCAGCCTCAACATGCAGATGGCACTGTTGGATGAAGCCAC 5601 ACCATCTTTTTTCCTGGGAGCCCCACACTCTTCCCAGCCTGCCTTCTAGCTCAGGGACAACACATTTTGAAAAACAAAGT 5681 ATAAATCGATTATGTTGCAACAATGAACTTCACGTTTTGCCTCTTCTCATGTTAAAAGAGCCAGTATCATGAAAGCCTCA 5761 ACAGTGAGCTTTATGAATCAAATATCTGTTATTTCTAAACAATCTGTTTACATTATGACCAAATAATTAGAGCCTATCTA 5841 GACTTACCAAAATAAGATAGGGCATAAGCGATTTATTGGTGCATCAGCCTTTGTTTGCTTTTTAAGGTTCCTTTATGTTT 5921 TAAAGGGATTTGAACAAAAGACATCAGGAGCTTACAAAGGAAAAATAGCTTCATTTTGGTTATGAGATACCAGAGTCAGA 6001 AATGACATTAGATTGTATAGAAAAGACTTCTAATTGTGTGCTTACTTCCCACATGATTATAATAAACTATATATTAACAA 6081 CCTTGGGATCGTACTCAGGTTGTCAATTACACGGATGCATCTTTCACTTTTTTCTTTCCCAAGAGTGAGAGAAAGAGTGA 6161 GGTTGTGCTTAAGGCAGTGTGGAATTCTACAGAAGCTCTTCTTGGAAAAGGAGTTCAGGCACTTGTGTTGTAGACTGCAG 6241 TCTGATTCTGTTCTTACTTCCTCTCAGCATAAGGGAGCTTTGAAAAGAAAACTCAGACTTGTATCCGACTTGACCAGAAG 6321 CAAAATAACTTGATCATTGAAGCCACTATTTCTGTGTATTTGATCAAGTCCTCCTCTGGAATCCAATGCAGCCATATTCA 6401 TATTTCGGTCTCTCTTAATGGACCTTGCTGGAAAGAACATTCTGTGCTAAGAAAATGGAAAATAAACGTGAGAAAACTTT 6481 AAGAATGAGCCTTCACACCTCCTGCAGCAGGTGATAGCTCTGTACTTCAGAGCTTGTCTCCAGGTTGAGAATTACCTGTT 6561 TTCCACTCTGAGGGGATTAGAAAGATACTGTTTTAATGGGTTATAAAACTTGTGTGAAGAAGATTGGCCTTCTCCACCTC 6641 TCCTGTGAAATAAATTGTTTGAAAACTCTTTGAAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | LCL-BAC-D2 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1133252. RNA binding protein: AGO2. Condition:Untreated
... - Majoros WH; Lekprasert P; Mukherjee N; et al., 2013, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Majoros WH; Lekprasert P; Mukherjee N; et al. - Nature methods, 2013
High-throughput sequencing has opened numerous possibilities for the identification of regulatory RNA-binding events. Cross-linking and immunoprecipitation of Argonaute proteins can pinpoint a microRNA (miRNA) target site within tens of bases but leaves the identity of the miRNA unresolved. A flexible computational framework, microMUMMIE, integrates sequence with cross-linking features and reliably identifies the miRNA family involved in each binding event. It considerably outperforms sequence-only approaches and quantifies the prevalence of noncanonical binding modes.
LinkOut: [PMID: 23708386]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1133252 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL-BAC-D2 / Untreated |
Location of target site | ENST00000441222.3 | 3UTR | UUGGCUCAGACUCCUAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23708386 / GSE46611 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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77 hsa-miR-6751-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT130738 | GATAD2B | GATA zinc finger domain containing 2B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT134924 | CCND2 | cyclin D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT273034 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT276645 | KPNA3 | karyopherin subunit alpha 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT446531 | OAS2 | 2'-5'-oligoadenylate synthetase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT456268 | TDRKH | tudor and KH domain containing | 2 | 12 | ||||||||
MIRT494454 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494965 | USP46 | ubiquitin specific peptidase 46 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496689 | KREMEN1 | kringle containing transmembrane protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496697 | RGS11 | regulator of G protein signaling 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504376 | IRF4 | interferon regulatory factor 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT510980 | PFN2 | profilin 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT512548 | MFN2 | mitofusin 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513639 | TP53INP2 | tumor protein p53 inducible nuclear protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT514016 | CAMSAP1 | calmodulin regulated spectrin associated protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT514074 | MTRNR2L6 | MT-RNR2-like 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT515300 | C15orf38-AP3S2 | C15orf38-AP3S2 readthrough | 2 | 4 | ||||||||
MIRT517285 | AP3S2 | adaptor related protein complex 3 sigma 2 subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT519075 | KCNK6 | potassium two pore domain channel subfamily K member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT520779 | TCF23 | transcription factor 23 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522485 | MFSD9 | major facilitator superfamily domain containing 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528856 | PKP1 | plakophilin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529081 | PATE2 | prostate and testis expressed 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531209 | PLA2G4D | phospholipase A2 group IVD | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533988 | TAB3 | TGF-beta activated kinase 1 and MAP3K7 binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537024 | GRIN2B | glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537498 | FAM168B | family with sequence similarity 168 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553125 | UBE2Z | ubiquitin conjugating enzyme E2 Z | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555591 | PIP5K1C | phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type 1 gamma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556370 | LUZP1 | leucine zipper protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569745 | C2orf71 | chromosome 2 open reading frame 71 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570149 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571243 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573065 | TRIB1 | tribbles pseudokinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575533 | Map4 | microtubule-associated protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575777 | Tnfrsf10b | tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10b | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616558 | ZNF512B | zinc finger protein 512B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624851 | ABI2 | abl interactor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630078 | GRWD1 | glutamate rich WD repeat containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631479 | KLHL21 | kelch like family member 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632173 | CCL22 | C-C motif chemokine ligand 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638397 | QSOX2 | quiescin sulfhydryl oxidase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT641192 | ISG20L2 | interferon stimulated exonuclease gene 20 like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642562 | TEX9 | testis expressed 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642935 | KRTAP5-9 | keratin associated protein 5-9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649703 | ZNF175 | zinc finger protein 175 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650437 | CPXM2 | carboxypeptidase X, M14 family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652113 | TRUB2 | TruB pseudouridine synthase family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652273 | TOMM20 | translocase of outer mitochondrial membrane 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655215 | PFKM | phosphofructokinase, muscle | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682778 | ZNF852 | zinc finger protein 852 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683001 | MUC20 | mucin 20, cell surface associated | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684320 | GTF3C4 | general transcription factor IIIC subunit 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689435 | CYB561 | cytochrome b561 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT693847 | ZNF107 | zinc finger protein 107 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696715 | TAX1BP3 | Tax1 binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698597 | TEX261 | testis expressed 261 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699973 | RREB1 | ras responsive element binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703310 | GFPT1 | glutamine--fructose-6-phosphate transaminase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706796 | RAI1 | retinoic acid induced 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709004 | CD109 | CD109 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709181 | TBC1D10B | TBC1 domain family member 10B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709835 | PAQR7 | progestin and adipoQ receptor family member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711627 | CORO1C | coronin 1C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712634 | RNF103-CHMP3 | RNF103-CHMP3 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713694 | CYB5R4 | cytochrome b5 reductase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713752 | SLC9A8 | solute carrier family 9 member A8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714908 | CHMP3 | charged multivesicular body protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716371 | CBLL1 | Cbl proto-oncogene like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718303 | XPOT | exportin for tRNA | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718713 | ANKRD18A | ankyrin repeat domain 18A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718740 | ATP9A | ATPase phospholipid transporting 9A (putative) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719441 | NPTX2 | neuronal pentraxin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720896 | OTUD4 | OTU deubiquitinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722448 | RXFP4 | relaxin/insulin like family peptide receptor 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723882 | VKORC1 | vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724586 | SYNJ2BP | synaptojanin 2 binding protein | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||
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