pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-584 |
Genomic Coordinates | chr5: 149062313 - 149062409 |
Synonyms | MIRN584, hsa-mir-584, MIR584 |
Description | Homo sapiens miR-584 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-584-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 55| UCAGUUCCAGGCCAACCAGGCU |76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | DRVs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | SLC37A2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | pp11662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | solute carrier family 37 member 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_198277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001145290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SLC37A2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SLC37A2 (miRNA target sites are highlighted) |
>SLC37A2|NM_198277|3'UTR 1 TAGTATTTTCCTCAAGTCCCATGACTTTTGTATAAAGAAATATGAGGCCCCAATTGGAACAGCAGCATGGAGGGTCCCAG 81 TTGGGTCCCCAACGTGCTCCCCATGGGCAAGACAATGGAAACTTCCACAAGCAGGGAAGGCAAACCCTCTTTATTGAACA 161 TTAGCCAGCCCAGCCCAGACCCCAGGGCTGCCTAAGGACACAGAGATTCTCCATGGGAAGGGGACTGCCAAGCATGAGGA 241 AATAGAAGATTCAGGGGCCTGAGCTCTGGAAGCTGCAAGCAAAAGGGATGGGACTAGGGCTGAGTTGTGTCTCCATTTTG 321 ATAAGGAAAGGATATGCTCAGACTCTTGCTTGTTCAGATTCCAAGACAGAAGGCTTCACAAGGCCAACGCCTGGAAAATG 401 GGCATCTCTCCTTCCCATGTTAAGCTTTAACCTCTGTAATCTGCCTGTATCTATAGGTGGGCATCTCACTCCACCAAAGG 481 AGCCCAGCCTCTCTTTGTCCCTCTATCCATGCAACAGTCTTCTCTGTGCATTTCCCCAAGCTGGGCCCTCTTCTACTCTC 561 CATTTAGGCCTGTTGATAACTCCATTACCCGCCCATCACTGCTGTTCCTCCAGGGCCAGCACTCGGGCGAGGCAGGGGAG 641 CTGCCTTCGGTACATAATTTGAAGGGGCACTCCCTCTTGGGCACATGCCGGCCCTGAGTGCCTCCCTTGCCTCACTCTGA 721 TCCTGGCCCCATAATGTCCTCAGTGGAAGGTGATGGGGGCCGGTGCTGTGGGGAGAGTAGAAAGAGGGGTTGGCATGACT 801 AAAAATACCAGTATGTGTATTAAGTATTTTGAGAATGAAATGCCAAGGAGTGCCTACTATATGCCAGCTCTAGGAATGGA 881 GTAGACAGTGGACACAAGAAGGACTTACGCCCTGAGCACAGGTGCCAATGGTGACAAGACTGGCAAGACGTGAGGGCATG 961 AATGGTTCATTCAGGCAGCTGCTGCAGATGTGGTCACCTGGTGCCATCTGCTGCTCCCTTTTCCACTTTTCTATGTCCTC 1041 CTTCCACCCCAAGTCCCGGATCACTCGCTGTTTTCTGGCTAGCTCTTGGCATCTCCATCTGAGCCTAAAGTTGCCCACTG 1121 GCACCAATAGATTCTGTTTGACCTGCTGTGCCCATGCTCATCTTTGTCGGGGCTTGGCTTGGCAGCGAGCGAGGCTGGCA 1201 TGGGGTGCTGAAGTGGGGTCTCAGTGAGGGGTGACAGCGTGCTGGCAGTCCTCACAGCCCTCGCTCGCTCTCGGCGCCTC 1281 CTCTGCCTGGGCTCCCACTTTGGCGGCACTTGAGGAGCCCTTCAGCCCACCGCTGCACTGTGGGGAGCCCCTTTCTGGGC 1361 TGGCCAAGGCCAGAGCAGGCTCCCTCAGCTTGCAGGGAGGTGTGGAGCGAGAGGCGCGAGCGGGAACCGGGGCTGCATGC 1441 AGCGCTTGCGGGCCAGCTGGAGTTCCGGGTGGGCATGGGCTTGGCGGGCCTGCACTCGGAGCAGCCGGCCGGCCCTTCCG 1521 GCCCCGGGCAGTGAGGGACTTGGCACCCGGGCCAGCGGCTGCAGAGGGTGTACTGGGTCCCCCAGCAGTGCCGGCCCACC 1601 TGCGCTGTGCTTGATTTCTCGCTGGGCCTTAGCTGCCTTCCCGCGGGGCAGGGCTCGGGACCTGCAGCCCGCGGTGCCTG 1681 AGCCTCCCACCCGCTCCATGGGCTCCTGTGGGGCCCGAGCCTCCCCGACGAGTACCACCCCCTGCTCCAGGGCGCCCAGT 1761 CCCATCGACCACCCAAGGGCTGAGGAGTGCGAGCGCACGGCGCGGGACTGGCAGGCAGCTCCACCTGCAGCCCCGGTGCG 1841 GGATCCACTAGGTGAAGCCAGCTGGGCTCCTGAGTCTGATGGGGACGTGGAGAGTCCTTATGTCCTGCTCAGGGATTGTA 1921 AACACACCAATCAGCACCCTGTGTTTAGCTCAAGGTTTGTGAGTGCACCAGTCGACACTCTGTATCTAGCTGCTCTGGTG 2001 GGGCCTCGGAGAACCTTTATATCTAGCTCAGGGATTGTAAATACACCCATCGGCACTGTGTATCTAGCTCAAGGTTTATA 2081 AACACACCAATCAACACCCTGTGTCTAGCTCAGGGTTTGTGAGTGCACCAATCAACACTCTGTATCTAGCTGCTCTGGTG 2161 GGGCCTTGGAGAACCTGTGTGTCGAAACTCTGTATCTAACTAATCTGATGGGGACGTGGAGAACCTTTGTATCTAGCTCA 2241 GGGATTGTAAACGCACCAATCAACGACCTGTCAAAACAGGCCACTCGGCTCTACCAATAAGCAGGATGTGGGTGGGGCCA 2321 GATAAGAGAATAAAAGCAGGCTGCCCGAGCCAGCATTGGCAACTCGCTCGGGTCCCCTTCCACGCTGTGGGAGCTTTGTT 2401 CTTTGCAATAAATCTTGCTACTGCTCA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | LCL-BAC-D2 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1133252. RNA binding protein: AGO2. Condition:Untreated
... - Majoros WH; Lekprasert P; Mukherjee N; et al., 2013, Nature methods. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Majoros WH; Lekprasert P; Mukherjee N; et al. - Nature methods, 2013
High-throughput sequencing has opened numerous possibilities for the identification of regulatory RNA-binding events. Cross-linking and immunoprecipitation of Argonaute proteins can pinpoint a microRNA (miRNA) target site within tens of bases but leaves the identity of the miRNA unresolved. A flexible computational framework, microMUMMIE, integrates sequence with cross-linking features and reliably identifies the miRNA family involved in each binding event. It considerably outperforms sequence-only approaches and quantifies the prevalence of noncanonical binding modes.
LinkOut: [PMID: 23708386]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1133252 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL-BAC-D2 / Untreated |
Location of target site | ENST00000298280.5 | 3UTR | uuggccuggaaggug |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23708386 / GSE46611 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
50 hsa-miR-584-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT133702 | SKI | SKI proto-oncogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT162603 | CDC25A | cell division cycle 25A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT253722 | ADRM1 | adhesion regulating molecule 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441657 | DEK | DEK proto-oncogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465289 | TRIB3 | tribbles pseudokinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466755 | SYNGR2 | synaptogyrin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT472075 | NOVA2 | NOVA alternative splicing regulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484818 | ZNFX1 | zinc finger NFX1-type containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492058 | TMEM59 | transmembrane protein 59 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493115 | MKNK2 | MAP kinase interacting serine/threonine kinase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT495251 | SLC37A2 | solute carrier family 37 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502436 | G3BP2 | G3BP stress granule assembly factor 2 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT506333 | NUPL2 | nucleoporin like 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT511453 | HNRNPU | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U | 2 | 6 | ||||||||
MIRT528878 | ATF3 | activating transcription factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529262 | TRIM4 | tripartite motif containing 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT530762 | ZNF582 | zinc finger protein 582 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532460 | PLGRKT | plasminogen receptor with a C-terminal lysine | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532884 | ZNF451 | zinc finger protein 451 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536526 | KCTD10 | potassium channel tetramerization domain containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537512 | FAM105A | family with sequence similarity 105 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537543 | ETS1 | ETS proto-oncogene 1, transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT541177 | MSMO1 | methylsterol monooxygenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553497 | TMEM55B | phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 4-phosphatase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554381 | SETD5 | SET domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568929 | SMCR8 | Smith-Magenis syndrome chromosome region, candidate 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573385 | GPR20 | G protein-coupled receptor 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573567 | RANBP1 | RAN binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576078 | Poteg | POTE ankyrin domain family, member G | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616473 | CAV1 | caveolin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619900 | NPTXR | neuronal pentraxin receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621122 | PCNXL2 | pecanex homolog 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652694 | THSD7A | thrombospondin type 1 domain containing 7A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652901 | SYT2 | synaptotagmin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653356 | SMG7 | SMG7, nonsense mediated mRNA decay factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653843 | SHISA9 | shisa family member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669211 | CBX2 | chromobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684541 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688018 | GSN | gelsolin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698896 | SPTBN2 | spectrin beta, non-erythrocytic 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700786 | PIM1 | Pim-1 proto-oncogene, serine/threonine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT708511 | CHCHD3 | coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713659 | PLCE1 | phospholipase C epsilon 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713768 | METAP2 | methionyl aminopeptidase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717156 | LRRC3C | leucine rich repeat containing 3C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720792 | PRKRIP1 | PRKR interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721095 | CCBE1 | collagen and calcium binding EGF domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721964 | MCM8 | minichromosome maintenance 8 homologous recombination repair factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724716 | CRAMP1L | cramped chromatin regulator homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT736350 | GLI1 | GLI family zinc finger 1 | 3 | 0 |
miRNA-Drug Associations | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|