pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4463 |
Genomic Coordinates | chr6: 75428407 - 75428473 |
Description | Homo sapiens miR-4463 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4463 | |||||||||||||||
Sequence | 40| GAGACUGGGGUGGGGCC |56 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZNF736 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger protein 736 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001170905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZNF736 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZNF736 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZNF736|NM_001170905|3'UTR 1 AAATGTGGAAAAGCCTTTACCAAGTCCTCATACTGTGTTCAACATCTGAAATTTAATACTGAACAAATGCAGTATAAATG 81 TAATGACAGTGGAAGAACATTTATCATCTTAGAGGGTCTCTAAGAACTTACTTTATAATCTGGTTGCTTATATGTTGGGT 161 ACATATATAGCCCTTTGCTATTATGTAATGCCCTTTTTTTTTAAATCTATGTTAATTTCAAGTCTGTTTTGTCAGAAACT 241 AGGATTGCAACCCCTGCTTCTTTTCCTGTTTTCTATTTGCTTGGTAGGCTTTTCTTTTTCCCTTTATTTTGAGCTTATTT 321 GAGATGGGTGTCTTGATTAAAGCATACCATTAGATCTTGATTCTTTTTTCAGCTTGCCATCTGTGCTTTAATTTGGGTAT 401 TTAGCCCATTTACATTTAAGGTTAGTATTCATATGTGTGGATTGGATTCTGTTATTAGGATCTTAGCTGGCTATTTTGCA 481 CATTTGTTTCTGTGGTTGCTTTATAGTGTCCACAGTTTGTATACTTTAGTGTGCTTTTGTAGTGACTGGTAATAGTCTTT 561 TTCTTATTTAATGCTTTCTTCAGAAGCTCTTTTAAGACAGATCCTGTGGTAACATTTTCTCAGCATTTGCTTGTCTGAAT 641 AGGATCATATATATTTTTTACTTCTGAAGCTTACCTTGGTCAGATATGAAATTCTGTGTTGGAATTCTTTTTTTAAGAAT 721 GTTGAATATTGGCCCCTATAATCTCTTTTGACTTGTAGGATTTCAGCTGAAAGATTTGTTGTTTTCCTGATGAGCTTCTT 801 TTTAGAGGTGACCTGGCCTTTCTCTCTAGCTGCCTTTAACATATTTTTTCTTTCATTTTGACCCTGGAGAATCTCATGAT 881 TATGTGTCTTGAGGATGACCTTCTCCTGGGGTATCTTACTGGGGTTCTCCACATTTCCTGCATTTGAATGTTGGCCTCTC 961 TAGGTTGGGGAAGTTCTCATGGATGTTATCCTGAAATACGTATTTCAAGTTGTTTTCATTCTCCCCATCACTTTCAGGCA 1041 ATCTCTTGCATCATAGATTTGGTTTCTTTACATAATCCCATATTTCTTAGAGGTTTTGTTCATTCCTCTTTATTCTTTTT 1121 TCACTGTTCTTGTCTGTCTGATTTCAGAAAGCCAGTCTTGAGGCCCTGAGATTCTTTCCTCTGCTTGGCCTATTCTGCTG 1201 TTAATATATGTGATTACATTATAAAGGTTTTGTATTGTGTTTTTCAGTTCTATCAGGTTGGCCACATTTTTTCTCCAGAC 1281 TGGCTGTTTTTTCCGTCAGTTCCTGCAATTTTTTTTCCTCCCTTGCATTGGGTTGCAAATTACTTTTGTAACTCAGTGAA 1361 GTTTGTTTCTACCCATATTCTGAATTCTACTTCTGTCATCTTAGGCCTTGCTGGAAATGTAATTTGGTCATTTGGATGAA 1441 AGAAGTCACTCTGGCTTTTTGTGTTTTTATCTTTGCACTGATTGTGTCTTATCTTTGTGGGCATATCTTTGAGGTTGCTG 1521 ACCTTTGGGCTTTTTTTTTTTTAATCCTATTTGATGGTCTTGAGTATTTGATTGTGGTATAAGATGGATGCAGCCAACAG 1601 GCTTTGTTCCTGGGAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTGGTGGTGGTGGTGGGTGGGCAATGCT 1681 CAGCTCACAACTCAGAGGCTGCATACTCTAACTCCGGGGGACTTGTTTTGAGCCCCAACTGTGTTCTCTGGCTCCTTGAG 1761 ATTTGGAGTTTGCGAGTTTGTGGGATGAAGGTGCCATAGCTGGAGCAGAGTGCTAGTGGATATGGGATTTCTGCCTGTCT 1841 TTGGGTACTCACCTCAGTGGCAGGAGCAAAGCAGCTGGGAAGGGAGTGGGGGATACCTGCTGGAGGCTGTGTGCTGTTGC 1921 ACTAAAGGTGGTGTTGGCTTGGGGCAGGATACTGGCCAGTAAAGGTTTTGATGCCTTCTCTGTGCCCCCCAAGAAAGAGT 2001 GATTGTTCAGAGTGTGGGAGGTTACCCTGTTCTCTGCACAGTGTTAGCACAAAGGCAGGGGTGGAGTTTTCTGGCTCTCT 2081 GCCCACCAAAGTTTCATCTACAATGGCAGTTGCTGGGGGTGGCGGGGCATATTGCATTCCCATTTGCTGGTGGGGCAAGC 2161 AAAGCCAAACCTGCCTTTGCAGACATGTGCCAGCAAAGAAATATCAGGAGTTGCCATGGTGTCACGGGAAGCTGCAGTAT 2241 GGGGAAGAAATGTGGGCTGGTGCAGTCATAGGGGCTGCTTTGCTGGAGCTCTTCATGAGTCAGGCATGTCCCTCCAGTGC 2321 AGATGCTCTGGTATGAGCTTCCAGGGTACCTGAGACTGCCCTGTAAGCAGCTGTGGCCAGACTGGGTCCCTGGGAGAGGC 2401 CAGCAGACCAAGGAGTGCTCAGTTGGACCAGCTTCTTCTGATTTGCAAGACCATCCTGCAGAAATTAGGCCCAACAGTTC 2481 CCGTAGGGCTAAAGTCTCTTATGGGAGACAGTTGAGCCTAGAGAAATGGCCATCACTGGCCACACTTTACTACAGATGCT 2561 CTTGCACCAAACCCTCTGGCCACCACATGAGCTGGCTTGCTGCATTATCTCTTTGCTTGTCTTCTGGGGGCTGCATCTCA 2641 GAGAGATGTAGGTCAGCAATTACTCAGTGCAGCCAGCCCAGGATGGAAGATCTTTACTTTTGGCCAAGTTAGGGGTTTAC 2721 TGTCTGCTGAGGAGCAGTGGGTAGTTTGTGGGACCCATGGAGGATGGGCTGGCTTCCTCTCCTTGGGTAAACTGCAGTTT 2801 GAGGTGTGAATAAGGCACTTAGGGTTTGGGATTTTTTATTAGTCTGAGGGTAGCAAGGACAGTTGTACTGCAGAGGCCCC 2881 TGGAGGCTCTGTCCAGGGAGTTGCTAAGCTGCTACTGGCTCAATAGCTCTGGCAATGATTGGCTAGTGGCCCGGGCCTGG 2961 AGAACCTGCCTCGTGAGAATATATGAGAACAGGCACTCACGTAACAGTCCGACCACTTCTGAAGGGCTGCTGCAGTATGC 3041 TGGGTGTCCACTACAGTTTCTAGTCACCTCAGATTTTCCAGTACTGGAAGTTATCACCACTGAATGCTGCAAAACAGCAA 3121 CAATGGCAGCATGCCCTTTTCTCTGGGAGCGCCATCCCAGGGAGGTATAGACCTGTTGCCAGCCCAAAAGCACCTGTAGG 3201 AGGTAGCTGGAAGCCCCTGTTGAAGGTCCTACCCAGTGAGGAAAACATGATTGGGGACCCACTTAAGAAAGCAGTCTAGC 3281 CATATTTTTGCAGGACAGCTCTGCTATTCAGAGGTACCACTTCCACCCCCAGTTTATTTGGATTCTCCAAAGCCAGAAGG 3361 CTGGAACAGCTAACTCACACAAACAGCAAAAATGGCAGCTCACTCCTCCCTCTAGGAACTGTATCCCAAAGAGGTTTCAA 3441 AACTCCATCAACCAAAGAGCGCTGGTGGTGGTAGCTGGAGACCCTCATTGGGAAGTACTTTCCAGTGAGAAGGAATGAAA 3521 CGGGGGACCTGCTTTAACAGGCAGTCTGGCCATGTCTTTTTAGAGCACCTGTACTGTGCTAGGAGATCCTTTCCGCCCCC 3601 CGGTCAGCTTGGGCTCTTCAAAGCCTGAAGGCTGGAATGGCTAAGTTGCTCAAGCAGCAAAGATGGTGGCCCACTCCTCT 3681 TTCTGGTAGCTCCATCCCAGGGAGGTGCAGTGCTGCTACCAATGGTTGGCTGGAATCTAAGCCAGTAGGTCTTACCACGT 3761 GAGGCATTGTTGAAGTGGGTCCTACAGACCATCACTATCAGCCCCCTGGATTCTGCCTCTTTCCTATGGGTATGTTCAGG 3841 GGTGTAACCTGCTTTGCTCGAGTTGCAGCTACTTTTTCTGGGAAGCCTGGAAAGCCAGTATCTAAGGCTCTTGAATCTGC 3921 GCAGGCCTAAGTGGCTTATCTGCTGAGACTCCATGTAGCTCTGTGTGTTAAACTGAAGGCCTTGGTGAAGTGGGTTCATG 4001 AGGGTATCTCCTCACCTGAAGGTTGCAGAGATCTGTGGGAGAATCATGGGTTTCTAGGGTCACACATGCACTCACTGCTT 4081 TACTGGGTGGGGAGGTTCCCTTGGCTCCATGTTGTTCCCAGGTGGCCCATTGTCCTGCCTTGCTTTACTCCATTCTCCAT 4161 AGATTGTTTCTTTGATTATTCCCAATGCAAGTACCTGGATGTTTCAGTTGCAGGTGCTGTATTTATGTATACCTTGCATT 4241 CCTGTCTATGAGAACTGCACAGTCTAGCTGCTTCTAGTCAGCAATCTCGATCACTTTTCTCTAAAGGGAACCTACTTTTT 4321 TATATTAAAAGGATTCAATATTTTTCAAAAGCAAATTTCAATATAATTTAACTCTTACATTTGATGCTGTGTCTTCATTT 4401 CTAGAATTTATGTGAAAGAACATGGTCAGTGGTTGCACCAGAGTTGTGAGAGGTTCTTCTATATTAGATGGACAGATTTA 4481 TATACTTTTCCATGGAGGATTAAGTAAACTGAAACCTAAGACACACGAAGAAATTCTAAGTGGAAAGGCCACTTATTAGT 4561 TTACAGCAGTATCGTAAGTGACAGGATGATAGGAGTGTGGTAAGTGATCAGGATAATAATCTGCTTAGTAAGAGAAACAA 4641 TTTGAATTTTAGAAGGAAATTGCCTTACCATTTGCAAATTAAGGTAATTAAAATACAGTGAATTTCAAAATGCCTTTTTA 4721 ATGACAATGTGTGAACTTAATTTGTTTTAATAAACCAAAATTATTGTTATTGTGTTAAGGCTATTTTACATTGAATGTGT 4801 ATCTTGCCACTGATGTTAACTTATCCCATCTTACCCAAGGTTGTAGGTAACAATATACTATTGGGTGACAGTGGACTAAC 4881 ATCTCTAGTGATCCCTTTGTCAGTGGTCTTTAACTTAAAATAATTTAGAGAATATGGTTTCTACAACTTACATTTTTGTT 4961 TACTTGTAACTACAGATTATTATGATGGTTGTAATGAAGATTATGAGTATAATTGGAGCTATATGTTTCTGAATTCTGAA 5041 CAACTATTTATAAAATTTTATCCTACTTTTTTCTGTTGAACATATGACTTCTCTGGTCTGCTAAACACATACAGACCTTT 5121 AGTTTTGGTTTACATGGATTTAAATATATAGATATATCACTGTAAAATAAACTTCAGGTGTAACAGATTTATAGAGAAAG 5201 TAATCATATTTGTTTATGGTTGTGTACCTACTTTGAGAAGAAAAGAAAAATATTAGAATGAACAGATAATTTTACAAGTG 5281 TTGATCACTTACCAGCAAACCAGAAACTTCAGAGATTTTGAAAGCAAATCTATTTTCTCTGCTGTGTATTAAATTCATTT 5361 ATCTAAAATGTTATTGCTCCTGGCTTAGAATCATCTTGTGCAAATTCTTTTTTTGTTGTTTGTCTGTTTGCCTGTTGCTC 5441 ACCATAGACATAATTTTCTTTTCATAAAACATTCTTTGTATAATCACCTCAGAGATTATGAAAGTGACTTTGATAAAATT 5521 TAATGGTGTTCACAAAATAATTTTCACGTGAGTAATTTCACAGTGCGTGTATTGTATGTTATTTAGTGTATTTTATATTT 5601 TGTTTCAATTAGAGAATGCTATTGAATCCAGTTTTTGTTTAGTTACTGTTCATTTTACTTTATAAAATTGACATAATTGA 5681 GTTTATTAAATTTATTGGGCCAATTTAAGTAAACAGTTGAACGTTTCATAAGTCATGAGGTCTTTTTGGCATATACATGA 5761 AGTAAACAAAGACAATACTAGCTATGTAATAGAAGCTACATAATTAGAAGTAAATATTCTTTTTGAAATTGGCCTGTGGT 5841 CTCAGGTGAAAAATGGAAAATATCTATAGTAAAAAAAATGACATTAATTCTGCATATGAAGAGAGCATAATTGTACCCAT 5921 GCCACACAATTGACTCACAATTGAAACAAGATGAAGAGATGGACATTTTAGCAAAACTAAGTGAAAACCTTGTAAAATTT 6001 TCAGATTATGTTTCTACATTTAAACATCTACTGGGGGAGGCAGAGGCCAATTCTATGCAGTCAAACCTGGAATTGCTGAC 6081 ACAGGTTAAGAGTATGCACCACAGGTATCGAAACCTAAAATGCCCTGAACTCTTTTCATATAGATTAATAAAATATGGTT 6161 TTAGTCTTCCTTCTCTATATTCTGGCTTAGACAGAACTATCAAGCCATTTCAAGTAGATTTAATTCTAGATCTTTTTTTT 6241 TTTTTCTTTTTTTGAGATGGACTCTTGCTCTGTCACCCAAGCTGGTGTGCAGTGGTGTGATCTTGGCTCGCTGCAGCCTC 6321 CACCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCACCCTCCCAAATAGCTGAGACTACAGGCACCTGCCACCAGGCCCAGCT 6401 AATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGATGGGGTTTCACCATGTTAGCTAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCATGATCCACC 6481 CACCTCAGCCTTCCAAAGTGCTGGGAATGCACATGTGAGCCACCGCGCCTGTCCTTGATTTTAGATCTTGACACAGCACA 6561 TCCTCAACTTATTGTCTCCGAGGATAGAAAAGCTGTGTGATGGAAGAACAAAACCAAACATATGTTATAACCCAAGGAGA 6641 TTTTATTTCTGCCCTGCTTTCCTGGGCTCTCAGAAGTGTAGTTCTGACAGACATTACTGGAAGGTAGAGGTGGGAAACAA 6721 GCCTAAATGAAAATTAGGTGTGTGTCAAGATTGTCTTCTTAGGACCTGGCAGGATCAGCCTTCAGTTCTGGGTTGATTTG 6801 GGGGCAATTGGATGATATATAGAGTGGTTATGCTGCATCAGGTCCTAAGAAAACCCACCTTCTGCCAGTAGTAAAATCCA 6881 GTAAGATTGGTATTCTTTTGGACTATGAATTGGGTGATTTTTTAAAGTAATATAAATAATAGGTTTGTTCTGTATATTTT 6961 AATGATCTTTCACAAGAGCTGTTTGGCCTTATTTCTATGCTGAAGCAGATTCTGAACGTCTTAAAATCTGTTCATTATCA 7041 GATGCTGAAAGATAAAGAGCAAGTAAATGAATCTATTTCAGTTTTTGTGGGTAATTTAGCCAGTAAATTTAATCTTATTT 7121 CTTTAATCTTTAAGTTTTACTACTGAAGGCCAGAATAGATTTTTTTCTCTTAAATTTTTGGCAAGTATAAAAGCACATTC 7201 AGAATGTCACTTTCATAGATACTATGAATATCAATTGTCAAGTGTGTTGATTTCTAAGATAAAATATTTGAGAATTAATA 7281 TTACCCAACTTGTCCAATAAAATGTTTTTAAGTTGCCTATTTTTAAAAAAATCTATCAATTTTGAATTGCATACCTAGCT 7361 AAATTTTTTTAAGATTGAGGATAATATGTAAAATAATTTATACAAGTAATATAAACTAAGTTTACTTAAATTATTTACTT 7441 ATTTAAGAAATCTAATTACATTTTAAATAAATTGCTGTTACCTGTTA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | LCL-BACD3 |
Disease | MIMAT0018987 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1020025. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
... - Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al., 2012, PLoS pathogens. |
Article |
- Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al. - PLoS pathogens, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus linked to a number of B cell cancers and lymphoproliferative disorders. During latent infection, EBV expresses 25 viral pre-microRNAs (miRNAs) and induces the expression of specific host miRNAs, such as miR-155 and miR-21, which potentially play a role in viral oncogenesis. To date, only a limited number of EBV miRNA targets have been identified; thus, the role of EBV miRNAs in viral pathogenesis and/or lymphomagenesis is not well defined. Here, we used photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) combined with deep sequencing and computational analysis to comprehensively examine the viral and cellular miRNA targetome in EBV strain B95-8-infected lymphoblastoid cell lines (LCLs). We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs. 24 PAR-CLIP-identified miRNA:3'UTR interactions were confirmed by reporter assays. Our results reveal that EBV miRNAs predominantly target cellular transcripts during latent infection, thereby manipulating the host environment. Furthermore, targets of EBV miRNAs are involved in multiple cellular processes that are directly relevant to viral infection, including innate immunity, cell survival, and cell proliferation. Finally, we present evidence that myc-regulated host miRNAs from the miR-17/92 cluster can regulate latent viral gene expression. This comprehensive survey of the miRNA targetome in EBV-infected B cells represents a key step towards defining the functions of EBV-encoded miRNAs, and potentially, identifying novel therapeutic targets for EBV-associated malignancies.
LinkOut: [PMID: 22291592]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1020025 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL-BACD3 / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000423484.2 | 3UTR | GUCUAUGAGAACUGCAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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66 hsa-miR-4463 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT060168 | UHMK1 | U2AF homology motif kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT096415 | C5ORF22 | chromosome 5 open reading frame 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT366792 | GNL3L | G protein nucleolar 3 like | 2 | 6 | ||||||||
MIRT448501 | RYBP | RING1 and YY1 binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454909 | SEPT8 | septin 8 | 2 | 17 | ||||||||
MIRT459019 | UQCRH | ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT459809 | POTED | POTE ankyrin domain family member D | 2 | 8 | ||||||||
MIRT475351 | IFNLR1 | interferon lambda receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476621 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479292 | CHAC1 | ChaC glutathione specific gamma-glutamylcyclotransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480204 | CAD | carbamoyl-phosphate synthetase 2, aspartate transcarbamylase, and dihydroorotase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480765 | BMP2 | bone morphogenetic protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT481415 | ASXL1 | additional sex combs like 1, transcriptional regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT482754 | HES7 | hes family bHLH transcription factor 7 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT483376 | SPATA6 | spermatogenesis associated 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT487803 | GPR20 | G protein-coupled receptor 20 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT493196 | MID1IP1 | MID1 interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495617 | ZNF736 | zinc finger protein 736 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495977 | TBC1D19 | TBC1 domain family member 19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496914 | RTKN | rhotekin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497320 | SH3BP5 | SH3 domain binding protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498993 | HAT1 | histone acetyltransferase 1 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT500660 | TSKU | tsukushi, small leucine rich proteoglycan | 2 | 2 | ||||||||
MIRT507809 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT508170 | FRK | fyn related Src family tyrosine kinase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT509524 | INTU | inturned planar cell polarity protein | 2 | 8 | ||||||||
MIRT509544 | BTLA | B and T lymphocyte associated | 2 | 8 | ||||||||
MIRT515760 | KRTAP5-6 | keratin associated protein 5-6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516036 | PTAFR | platelet activating factor receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516935 | THAP1 | THAP domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT517672 | TRIM72 | tripartite motif containing 72 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT521149 | SFT2D2 | SFT2 domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526292 | KY | kyphoscoliosis peptidase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526917 | ZNF772 | zinc finger protein 772 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT527796 | KLRD1 | killer cell lectin like receptor D1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529879 | RBM43 | RNA binding motif protein 43 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535894 | MLEC | malectin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536651 | INIP | INTS3 and NABP interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537349 | FKBP15 | FK506 binding protein 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539658 | SERPINH1 | serpin family H member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543388 | CC2D2A | coiled-coil and C2 domain containing 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546878 | PURB | purine rich element binding protein B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547980 | HIF1A | hypoxia inducible factor 1 alpha subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT552836 | WNK3 | WNK lysine deficient protein kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555426 | PPIC | peptidylprolyl isomerase C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559550 | ARGLU1 | arginine and glutamate rich 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT560476 | ENSA | endosulfine alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561483 | TBC1D4 | TBC1 domain family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561571 | SLC6A9 | solute carrier family 6 member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563869 | FAM206A | family with sequence similarity 206 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568210 | CAV1 | caveolin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569740 | GPR173 | G protein-coupled receptor 173 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570623 | MAP1B | microtubule associated protein 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570676 | GFPT1 | glutamine--fructose-6-phosphate transaminase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576586 | Ptbp1 | polypyrimidine tract binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640732 | C9orf64 | chromosome 9 open reading frame 64 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643705 | KIAA0586 | KIAA0586 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644333 | IPP | intracisternal A particle-promoted polypeptide | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670466 | RSBN1L | round spermatid basic protein 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672558 | BRMS1L | breast cancer metastasis-suppressor 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT685442 | SLC10A6 | solute carrier family 10 member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT686803 | SOX12 | SRY-box 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694912 | THAP6 | THAP domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702222 | LONRF3 | LON peptidase N-terminal domain and ring finger 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT735058 | CYP19A1 | cytochrome P450 family 19 subfamily A member 1 | 3 | 0 | ||||||||
MIRT735059 | ESR1 | estrogen receptor 1 | 3 | 0 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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