pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3622a |
Genomic Coordinates | chr8: 27701677 - 27701759 |
Description | Homo sapiens miR-3622a stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3622a-5p | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 14| CAGGCACGGGAGCUCAGGUGAG |35 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | CLOCK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | KAT13D, bHLHe8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | clock circadian regulator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_004898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CLOCK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CLOCK (miRNA target sites are highlighted) |
>CLOCK|NM_004898|3'UTR 1 CACACGTGCTTCCTCTCTTGACATCAAGGGAGGAAGGGGATGGCCCATTAAGAGTTACTCAGATGACCTGAGGAAAGGAG 81 GGAAAGTTCCAGCAGTTTCATGAGATGCAGTATTGAGTGTTCTAGTTCCTGGAATTAGTTGGCAGAGAAAATGCTGCCTA 161 GTGCTACAGATGTACATTAAATACCAGCCAGCAGGAGGTGATCATAGGGGCATAGCCAGTTCTGACAGTGTTTTAGGTGC 241 CTGGATATTTTTTGATGGAAAAAGAATATATTGCCAAATATTAAGAAGCTCAGCTATGAAATGACCTCCAGGGAATCAGA 321 AAGGCACTAATGATGTTAGTAACTTTTAGTGGTTCTGTGCCTCTTATCAAGTGTTACAGAGGACATACCACTGCCATGTC 401 AGGGGTTTGCTTACAGTGATGCCATGAAGACAGTCCAGTAGACTTGGTAGCGACCCCCTCCCCCAACCCCTCTCCCTTTT 481 CAGATAATGATGGAACAGTAATTACTTTCAGAATGTTGTGTGGGTTCAAATTCTCTATGTACAGATGATGTAAAAATATG 561 TATATGTCTAGATAAAAGGAGAGAAAGCAAAACATTTTGTATGCTGCATGAAAGCGTTATCTCTTCCTTACAGGTGTGAG 641 CACCTTTCCTGAAATTCTGACACCATGTGCAAACTGATCCATCCTGTTTTTCCTTTTGTTTACAACACAGTAGTGTTCTG 721 TTCACTTTTCCGGGGCACAAGTTTTTTTGTTCATACTTTGGCTGTGATGTCACAGTTTGTTCAGTGAGGTATGATGTGCT 801 GCTGGGAATGGATTTTTTTTTTCAGGTTAAATTATTGATACAACAGGATTTTCAAGTTATTCAGAAATATCCCTCATTTC 881 ATTATTTTTCAATTATGTTTGAAAATAGGATTTGCACTGCTTTATTTTAGGTGGCTGGGAGTTTTGATTGCATATTTTGT 961 TATAGTTCATAGTTGGAAATATTTGCGTAAATGGTTTTCAACAAGCCTGAAAGTAATTTCAAGAATGTTTCAGTTATAGA 1041 GGTAAAATTTGCACACAAAACATCTTAGGCACTTTTTAACATTCTCAATCATGGGAATTTTAACTTTTGGGATTTGTTGA 1121 AATCTTTTTTATTATCCTTCACAATTTCAATGCTTCTTTTAGTCAGAAATGATTCAGGGTTATTTGAGGGGAAAAAACCC 1201 CATAGTGCCTTGATTTTAATTCAGGTGATAACTCACCATCTTGAAGTCATTGTCCGGTTTCCGTAGCAGTTTTGAAACCT 1281 TAGTACCTTTTTAACAGCATGTGGGTGTCAGTGTCATTATTAGTCTCCTAATAAGTTCCTCTGAAGACTGCTATCAGTCT 1361 CTTGGACTGGAGGTACAAATAATTTAGAAATAAAAGATGATAACCTAACACTATCATAGTTATTAATGTGATCCTAAAAT 1441 TGTTTCCTAAATCAGCATTTTTCTTTAGTCATTTAAGAATTTACCAGAAATATTTGCTCAATATGATCTTGATATTCCTA 1521 CAAAGAAAAAAGAAGGGGTAGGGATTTGGCTATGCCTTCACTACAACATTAGAATATTGTAACTCACATGCCTTCTAAAC 1601 GTGAACTAAGATTTCCTTTGGCAATATCATATTCTAAAAGTAATAAATTCCAATACAAGTTACATACATTTAAAAAACAT 1681 TTTACAGATTTTATGGTACTAATGAAATTTACAGTGATAGAACAAAAGAGGATTAGTAGAAAATACATTATTAGAATATA 1761 AAAAATGTTATTACTGAGGAAAGGGAGGAGAGGACAAGTGTAATAAATCAAAATTGACCTCAAAAGAAAATGTGTAACAG 1841 AGTTGAGGTTGTTAAAACAGAAAAGGTTCTGAATAATGAAGATTAACCTAATGCAGAATTGCTAGGTAAAGAGGTCAGGG 1921 GAATGCTAAGCCAGTTCTTAAGACTTCTCTGTCCTCTGCTTTGCTGTTATCCTTAAGGCATATACTTTGTCTTTCTGCAG 2001 AAAATTCTACCTGGCTACAATTACTTTGAACATTAATGTTGAAAAAGAAAACAACCAAAGAAAATTGGTACTTACCCTTC 2081 TACAAAAGAAGTGTGACTAGATATCAATCAGTAATTAACATATCAAGGAGCTCTTCTAGCTAAATGACCATCCAGTAGAG 2161 ATTTCCCACATTCCCATGAATATCAAGAATAGTTGTCAGAATATGTATGTACCTGAGCATATGTACACAGACAAGGGGGA 2241 TGTTGTGGAATATGGCAATAGCATTGTTCTTCTCCCCTTTCAAATTGCCTTTCTTGACCTTATGCCATTCCATATATATC 2321 TGAGTTGTGCCTCATTTATTTATTGGCAATACCTAGTGATACGGATTTAGCTAACAAAAGATATGAAGAACTATTATATT 2401 GAGGCCTGTCCTCTACATACCACACTTAAAAGATGGTGAACTGTGAGTACTACTTAGGTTGACAGCAACAAAGCATAAGA 2481 CAAGCCCCAGGTAAACGTCTAAACTGTTTACTCACATTGTCCTACTCCAGCCCCTTCAATTATTTCCCATCTCCACAAAT 2561 AGTCGGGGGAAAAAATTAAAATTTTCCTTTATGATTCTTACTGTTCTTCGCAGCTCATCTTTTCCTGCTTAGAATTAACC 2641 ATTGCTAATTTAAAGGAGCAGCTAGCTGCTTTTCTGTCAGTCTGAAGCGTAGTAGTGGAAGAGGTAGTAAGCACCAGCTG 2721 CCTCTTTGCTGCTTTGTTTTCCTCCTGATTCTCTTAAATTTGGGTTGCAAAGCTATCCCGCCCCCCACCCTGCCCCATGA 2801 AACTTGAGCATTCAAATGAAGATTCAGCAGTGTCTGTTCTTCATTTCTATAGCCAAAGCTGTTAGTTAAAATCCCAAATC 2881 TATAGCATTTAAAGATACCAAATAGAAACACCTTCCAGCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTTCCCTCTGCTTTATTC 2961 TCACTTTCTTAAAAACACTTATTCTGGGTGGTACTTTTTAGGTAAGAAACTACTGAGTTTCAGGAAAAATGCTAGCTACT 3041 CTGCAGTTACCGTGCTTTGGACTTGCAGTTATCATAGTTTTGGGAGAGTCAGTATTGTTTAACAAATGCAAGTGAGAACT 3121 AGAAGGGTTAATAAAGTTGCTCCTTAGAGTGGTGTCAAACCAGAACCGAGACACTTAAAAAGTACTTCATTTTTTGAATG 3201 GAAAATATTGGAGAAAAGTATGGGAGATGCAGGTAGCATGTGAGTAAATACTACGGTCTAGCCTTCGAGCATCCCAAATT 3281 CCGGGGGTAACTTGACAGTGCTGTGCTCTCCTTTGTCATTTATATCTGGCTTAGGAATGGAATAGTAATAACAAGATGCC 3361 AGTGATTTGGAATAGTTTGTTATAGAACATTCAGTGCAAAATAGTGAAAATGTTTGGTCTTCAGAAGTGCTGTAGTTGTT 3441 GGTCATTGCCTTAAAGCAGTCTGCTTGACGCTAGGAGCACTGAAGCAGTCCAGCTCCATCAAGAGCACTGTTGAAGGGAG 3521 AAGAACCCTTGTTCAGGAAGCCTTAGAAAGGGATCCTTAAAATAGTACTCTACGCAGACAAGTGAAAATTCTTTTAAACT 3601 GGATATTACTCAACATGTTTTCAGATGTTTCCACTACATTGAGGCAAACTTTTTAAAAGTGGAATGCAAATAGCATTTTA 3681 CTTTAGTATTTCTGCTTTTTTCTTTCTGTTTCTTTGGTAATTGAAAGTTTGTTGATGAATATTTGTGTAAAACGCATTCA 3761 AGTCTATAACCTTTCCAATTACCTGTGGCCCTTAGTCCCACAGGAGTCCCTGTTGGAAGGGGGTAAACACTGGATATTAA 3841 TGTTGCTGAGTGAGTCTTTCTAGCCAGGACAAGCTGATTGGAATTTTTGAATGGTAGAGAAGAAACAGCACAAAGGCACT 3921 TGCCATTTTAAGTGTTTGGAGAAAGAGAACCTTTTAAGTTTGGATTGGGTGAGCTTTCTTCTAAAAGGAGCTTCTGAAGT 4001 AATTGCAAAGGAATAGAATCGACTATTTTTATAGTATATTTAATATATTTGTATATAACTATAATAGGAACCCTCTACAT 4081 GCCTCCCACTTTTCTAATTTACTTCCCCTTTTGCCATAGCACTAGTATAGCCTCATCCGCATGGGTAATGTGCCTATTGT 4161 CAGCCTACCAAAAGATAGTGCTGCTGCTTTATGAGACAGGTGAGAAGACCCAACTCTCATGCCTGGGGATCCTTTACGGA 4241 AGGAATAGCACACACTTTTAAAACAACATACCACAGTCTAAAAGCATCATTTTGAAATGTAACAAGCACTTTATTGCAAT 4321 TACTCATTTTGATAAAGTTTATTCTTAGGCGTTAACCATTTCTAAAGGATCCCCAAATCATCACTTACTTAGGTGAAATT 4401 ATATAAAATGACACATTTCTGAGAAATGTTTAGGTCCAGTGAACCGTAGTTGGTTTATGGGAGTGATTTCAAGATAGCCA 4481 AATGAACTTTGATTTTTGTTTTGAATGTGGTGGAGTCAAGAGATTGTAGATGCCTAGTTTGATTTAAACACTATTGTAAA 4561 CCTATCTTGCCTATTGTGTGGACACCAAAAGAGACCAATGAGCCTGTTTATTTTTCAGAGGTCTAGGAAAATTGCATCCG 4641 TGTGAGTAGATGTACAGAACTAATCTAAAAGTGATTGCTAGTAACATTTTAGAATATAATAATTTCAAGAATTATTCTGA 4721 GTGTTTTAAATGTGCCCTGAAATGTTGGCATGTCATTTCAGCATTTCCATTTGAATTGCTCTTGTAATATTTTTGCACAA 4801 AAAGGACTGAGAAAAAGAATACTTTGGTTAAAGGAAAAAAATAGTATAATTTGGTCTTTAATTTTAATGTCTCCTGTGGA 4881 AACACTGGGGATGAATTTTGTTGGCACAGTTATTCAGGATATTTAAAACAGTGTTGAACAGTTCACAAGAAATTAAGCAA 4961 ACTTGGATTTTAAAAATTAAAATACTTTCTTTCCATGTGACTGTTTTGCATAGTTTTTTCCCCCTATGTCATAACACTAC 5041 ATTCCTTGTTTTTCTTAAATAAAATACTCTGCAGGTTTTGTTGTGAGTGTTTATAACAGTATTTTGTAAGCTGCCTGGGT 5121 TTCCTCAGGGAAACATTATTTAGTGGAATAGGATATAGTTTATGGAGAGACAACTAAGTGAAATTCCATCACCACCACCA 5201 GCAAACACTGAGGTGCTGCATTAAGTGACAATCAAACTAGTAAGTATTTATGAAAGAATTTAGAAAGGGGTTCAAAGAAG 5281 CAATTGCTTTTAAAGCAGTTCTCTGGGGTTCTTGAATAAAAATGGCTAAATGTATTTATTTATATTTTAAAATACCTGTG 5361 TGTTCTGTTTTCTCATCAAAGTGATTTCGGTGTCATGTATTTAATGTGTGGTTTGTTTTGTTTTGCACCATATTCTTCTT 5441 AGGGAACTGGCTCTGATTTGGGGTGCAGTCACCAACTCTCATGATAATCTTTACGGACAGTCTGAATCTACTTTACTTCA 5521 GGACGGCAGTGGAGGGGCCAACTCCAGATGCCCCTGCACTTCCCTCCTCAAGTCATCTAAGAAAGAATTTTAGAAATAAC 5601 TCCTTTCAAATCTGATTCATACAGTTCCAACCTTTTTCTAGTTTCACTTGCTGCCTTCTTTGTTTTATGGGCACTTTTTG 5681 TGTGATTACTTCCCCAACACAGTCAAAGGCCAGTATGACAGAACCAATGGCACATGATGCCTCTATTTTGCCCATTTGGG 5761 GAAATGTTAGTAAAAGAAATAGCATCTTTTAATGGCTGTCATTATCATATCCATATTAAAATCCATTTAAAGTTCTTAAA 5841 TTTGGCGGAATAATGTATACAGGCTGTAAACTTCTACAAAAAATGTTTGCTGTCTTTAATATGGTGTCAAGTTACTTGGT 5921 CCTTTGAAAACAAAACAAAACTTCCATACACAGCACTGCCCAGTAAAGCAGTGTTGGAATATTGGAAACCTAGACATTTG 6001 AGGATCCTTCTTGCTCACAAGCATTGGAACAGAATCCTCCACTTTAGGACTCAGAGAAGCTATGGAGTCCCACAGGCTAG 6081 GTATAGCACACAACTTAGAGAACGGTAGTTAAAGCACGTCAACCACAATTGAATTTAATGATCTAAAAAATATTTCTTAA 6161 CTCTGAGGGTTAAACTGAAGATACGTTTTCAAATAAAAGCTTTTAAATTTCTTAGGAAACAAACTGTGACATCGCTTTTA 6241 AAAATGACATTCAAATGTTTATAATGTGTGTTTTTGAGTTGGCTTGGACTAGTGCAAGTTCACTGCTGGCAATGGTTATG 6321 CCAGTAGTTAAGTTAAAATAAGTTGTTACCTTCAGATTGATGTCTTGTATAACCAGACAATCATCTTCAAGCAAAAAAAT 6401 TGGCCAGGAAATGTCTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATGTGTCAGCCAGAACAGTTACCATTCAGACCATACTG 6481 GAATGATTTTGAAATCTTTACTATGGTTTAAGTTGGGGAAGGCCTCAGTATGGCATTTTCATATTCACTCTATGTAAAGA 6561 TTGAAGCCCAAAGATGAGTTAAATTCAGTGCTGTATTGAAACCAGTCAGTGCAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTACCTTTGT 6641 AAATTTTTCATTGTTAACATCAGTTGGTAGTTGTTAAAACATGCACCAAATTCTTTATAATGTTCTGTGTGGTTCTCAAT 6721 GTGATATTCTTGACATTGCTGTCCTTACTGCTTGGTTCTTGGTTTTAAATTAAAAAGTAGATGTAGCTCATCATTTTTAC 6801 TTCCAAAACGGTGGAGCTAAAAACGGCTAATTGATCTTGAGATAAGAATACCCTTTACTAAGGCAAAGATTTAATTGAAA 6881 TCCAAAATGATTTATAGAAACGAAAGGCATTTTCCATTTGTTGTCTTCTGCCGAAATTCTGAATTGCATACACACATGAA 6961 GGATAATGAATGGTTTCAACGGTGCTATATTAGGTTCTCTGATTTTCATGACCTATGTATGTTTGGAAATACAATATTGT 7041 ATAAAATGTGGATCGTTTTGTTACCGATTTAATATTGCCATTTTAATTTGGTGTAACAATTGGTTACACTTGTTTTTCAA 7121 AGCTATCCTTTGAGGAGAAAGTCAAAATGTGTTGTTAGCCTACCTCCACTCAGGCCTCTTGCTGTGTAATCATTATTCCA 7201 GGTTATGATGTGCATAGCTTTTAAAACTGCGTGTACTATTATTCTGCTCTTTCCCATACTCTTGTCATGTATTCAGAACC 7281 TAAACTTATAGCAAAAGAGCCAAGCAGTAGCAGTTTTTGTAAATGTAAAAATAATTAGATCCAGACTTTGTTTCCTTCAA 7361 TTTTAAAAATAAAAAATACCTCAGTGCTATGTTTTTCAGTTATCACCTGCATTTCTCAAAAAATAACACCTGCTTCATGT 7441 GGCACATAACTTGTAAGAATCACATTTTGGATTTTAAAGAAAGACTATTAAATATTTTAAGATCACTATCAATG Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | LCL-BACD3 | ||||||
Disease | MIMAT0018003 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1020025. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
... - Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al., 2012, PLoS pathogens. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al. - PLoS pathogens, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus linked to a number of B cell cancers and lymphoproliferative disorders. During latent infection, EBV expresses 25 viral pre-microRNAs (miRNAs) and induces the expression of specific host miRNAs, such as miR-155 and miR-21, which potentially play a role in viral oncogenesis. To date, only a limited number of EBV miRNA targets have been identified; thus, the role of EBV miRNAs in viral pathogenesis and/or lymphomagenesis is not well defined. Here, we used photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) combined with deep sequencing and computational analysis to comprehensively examine the viral and cellular miRNA targetome in EBV strain B95-8-infected lymphoblastoid cell lines (LCLs). We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs. 24 PAR-CLIP-identified miRNA:3'UTR interactions were confirmed by reporter assays. Our results reveal that EBV miRNAs predominantly target cellular transcripts during latent infection, thereby manipulating the host environment. Furthermore, targets of EBV miRNAs are involved in multiple cellular processes that are directly relevant to viral infection, including innate immunity, cell survival, and cell proliferation. Finally, we present evidence that myc-regulated host miRNAs from the miR-17/92 cluster can regulate latent viral gene expression. This comprehensive survey of the miRNA targetome in EBV-infected B cells represents a key step towards defining the functions of EBV-encoded miRNAs, and potentially, identifying novel therapeutic targets for EBV-associated malignancies.
LinkOut: [PMID: 22291592]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1020025 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL-BACD3 / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000309964.4 | 3UTR | GCCUAUUGUCAGCCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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61 hsa-miR-3622a-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT166678 | ZSWIM6 | zinc finger SWIM-type containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452081 | ATP6V0B | ATPase H+ transporting V0 subunit b | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457039 | S1PR3 | sphingosine-1-phosphate receptor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471975 | NR3C1 | nuclear receptor subfamily 3 group C member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474065 | LMNB2 | lamin B2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT475862 | H6PD | hexose-6-phosphate dehydrogenase/glucose 1-dehydrogenase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476191 | GOLGA8A | golgin A8 family member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476521 | GABRB1 | gamma-aminobutyric acid type A receptor beta1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483046 | C15orf52 | chromosome 15 open reading frame 52 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT495541 | EIF3H | eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495892 | CLOCK | clock circadian regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495992 | LTBP2 | latent transforming growth factor beta binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496001 | EMP1 | epithelial membrane protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496208 | PLEKHG2 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496427 | ACTRT3 | actin related protein T3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496438 | ZNF704 | zinc finger protein 704 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496473 | SDE2 | SDE2 telomere maintenance homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496555 | TBX15 | T-box 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497202 | CECR1 | adenosine deaminase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT507632 | CREBZF | CREB/ATF bZIP transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513377 | MGAT4A | mannosyl (alpha-1,3-)-glycoprotein beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase, isozyme A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT523460 | GOLGA8J | golgin A8 family member J | 2 | 2 | ||||||||
MIRT523465 | GOLGA8I | golgin A8 family member I, pseudogene | 1 | 1 | ||||||||
MIRT526049 | GMDS | GDP-mannose 4,6-dehydratase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533122 | YIPF4 | Yip1 domain family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534183 | SLC8A1 | solute carrier family 8 member A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556618 | LCOR | ligand dependent nuclear receptor corepressor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563361 | WHSC1 | nuclear receptor binding SET domain protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563868 | FAM206A | family with sequence similarity 206 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564360 | PPWD1 | peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564661 | ZNF449 | zinc finger protein 449 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564805 | ZBTB33 | zinc finger and BTB domain containing 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564867 | ZBED3 | zinc finger BED-type containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565340 | TMEM104 | transmembrane protein 104 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566439 | PHF16 | jade family PHD finger 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567587 | FCHSD2 | FCH and double SH3 domains 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569597 | C3orf62 | chromosome 3 open reading frame 62 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569700 | FMNL3 | formin like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575957 | Nanos1 | nanos homolog 1 (Drosophila) | 2 | 3 | ||||||||
MIRT576516 | Slc35e2 | solute carrier family 35, member E2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608480 | RRP36 | ribosomal RNA processing 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614335 | NANOS1 | nanos C2HC-type zinc finger 1 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT630816 | ATAT1 | alpha tubulin acetyltransferase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT631708 | C1QTNF6 | C1q and TNF related 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632369 | SRRD | SRR1 domain containing | 2 | 2 | ||||||||
MIRT633471 | DSN1 | DSN1 homolog, MIS12 kinetochore complex component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT634478 | PAFAH1B2 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667336 | MTHFD1L | methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667654 | LFNG | LFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671046 | SS18 | SS18, nBAF chromatin remodeling complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672823 | VEZT | vezatin, adherens junctions transmembrane protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673049 | SGPL1 | sphingosine-1-phosphate lyase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673435 | APAF1 | apoptotic peptidase activating factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT676096 | DPP9 | dipeptidyl peptidase 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT678059 | RPL7L1 | ribosomal protein L7 like 1 | 2 | 2 | ||||||||