pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4650-1 |
Genomic Coordinates | chr7: 67114322 - 67114397 |
Description | Homo sapiens miR-4650-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-4650-2 |
Genomic Coordinates | chr7: 72697903 - 72697978 |
Description | Homo sapiens miR-4650-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4650-5p | |||||||||||||||
Sequence | 15| UCAGGCCUCUUUCUACCUU |33 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | IKZF2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ANF1A2, HELIOS, ZNF1A2, ZNFN1A2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | IKAROS family zinc finger 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001079526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_016260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on IKZF2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of IKZF2 (miRNA target sites are highlighted) |
>IKZF2|NM_001079526|3'UTR 1 GCCTTTTCATTCCAAAGGGGACCCCTATGAAGTAAAGAACTGCACATGAAGAAATACTGCACTTACAATCCCACCTTTCC 81 TCAAATGTTGACATACCTTTTATTTTTTTTAATATTATTACTGTTGATAATTCTTATTTTGTGGAGGCAGTGTCATTTGC 161 TCTGCCTAATTACGATAAGGAAGAAACAGAAGAGAGAAGGGGCGGGAATATTGTTTCTTTATCACCTGGCTTGTTTATTT 241 TGTGGGAATTTAAGAGCAGTCCATTTCTACCAAGGCATATCATGCTTTGAAAAATCACTTGATTCATAAAGATTCACCTA 321 AGAGATTCTGATTTGCCACTGATATTCAGAATTATGATGGAAGACAGGAAAGTTCAGAGTTTTCTGGGTAGGACTTTGGT 401 GGTTTAAAAATGGTATAAGTAACTTTATTCTTGAAAGAAGAATGTGTTTCAAACTGTAAACCAATTTTTTGTTCTTCAGA 481 GATCATGGAACACAAACACATTGTTATTTTCAGTGATAACTCCTAAGAGGAGCTGAGTTGTTGTGGGTTCTATGTTTACT 561 TCCCCTATGGAATTTATAATTCAGTATGTTTTACACTGTACCATATAGCAAAACTTTTAAACTACAGGTAGTTAAGGGCC 641 ACCTACAATACATCTGAGGTCCTGTGATCTTATTTTTCTAAACGTAAGCACTGTTTTTCCATAGTTTTGATGACTGGCAT 721 TTTATAGACACCCTGGCAGCCTTACTTTTAACACCTTTAAGGAATAGTATTTTTATGTAGTTTTCAGAATAACATATGGT 801 CTAAGAGTGGATAAAAGGCAGTCAATAATTTCTGGGAGGGACTTCTACTTTCATAAATTTGTTTGAGAGGTTTTCTTTTA 881 AAGTTGTAATGTGATGGCAGCATAGTATATGTATTTGTTTCTAAAAGTATGCTTACGATTGTCACTTTATCAGCATTTAA 961 TCAGTGTTAACCAGTCAGCAGAAAAATATAATTATGCTAACAGTAGGGGGAGAAAACCCACTTAGAAATCCCTTTTCTGG 1041 TATTTCTCTTTTCACTAGTTTTTTTCAAGATGTGACCTCCCGGTGTTCTGTCCATAGTTCATTCATCCTTTACTCTTCGA 1121 GTAGAAGGTCTTAAAAGTCTTCCTGTCGGCTGTTTCTTTCAAAATCTCCTCAGAGCAATTGCTAATTTGGCCTGAATCTG 1201 GTAACTTGAACCCTGTAAGGTTACAGAACTAGGGCTATTTATTTTAGCATTTCTTCAGTAGTATTTACTACTCTTGTTGC 1281 AAAGAAAAGGGAATGGGACTTCTTTGTAACCTGTACCTTGGACAACAGATAAAAGAAACAAAAAAATAAGAAAGTTTACT 1361 TTTACCCTTCTTGGAGTCTAGAATGTGACAGAACCCCCAAAGGAAAGTCCTGCACATTTTTCTGTTTCCAAAACATTTAA 1441 TTGTGTAAGTCCTTGTCAGAAATGAATCTCAATCCCTTAGTATAGAATTCCCCTTACATGGTATAGGTTGCCATATTTCA 1521 TGTGCAGATTTTAATTTCATTTATGTGGGCGCTCTGTTTTTTCTTTGCAGTCCAGCCACATTAGAGGGGAGGAACCGAGT 1601 GATATTGATTCAAGTCATTTTAGGGGGACATACTTGGAAGGCAGAACTTGCTGCTTCTGTTTGGGGAGGACAGACCTGAC 1681 TGTGACTGGATTATCTGATAACCATTTGTGAATACTGAAATTCTGTTAGGCAGTAACTGATAACTGCTCTAAAGGATCAT 1761 TAAATAGGATGCTGAAATTATGTATCTTAATACAGTGTGGTATGAGAATTACCAAGTCAAGAGAATTGTGGACATAAGCA 1841 AGTTTGGCCCCAATACTGCTCTTAACTCATTTTCCAGCTTACTATTTGCTATTTAAATGGTAGGCACCAGCTAAGCACTT 1921 CTAAGCACTAACACAGCTAGAACTAGGCAAAAATGGTTAGAACTCAGCTCTCTTCTACTAGTCCCTGTCATAATTATTTT 2001 TGGGAAAATGTCCAAACTGCCCCCTTTAAATCTAAGGGAATGCACCAAAACAGAGATATATAGAATGTCAACCATTTCAT 2081 TTTTTTTTTTCTGCATGCCTTGGTACATAGTGAACATACAACCTATTTAAAGATAAAGCATGTTTTTGAGACTCGCTCAC 2161 CCCCCCCCACCCAACCACTCCCAAATAATAATTGGGATGCCATTTTTTTTCCTTTTGGATGAGGTAAATAATTTTAAGGT 2241 TCACAATTTTGTCTTTTACTGCAATTTAAGGAAACATTTGGATGTCAGTCAATATGTTCATAATTTTGGCTGTGTGCGAA 2321 TTTCTGCTGGCATTATCTATGAATTTTCTTCCTACTTATTTTTTTTTCAGTATATGAACAATCATGTATCTACCTGCCCC 2401 AGGATGAAACTAAATTTAGGTGGACCCTAAACCTTATGAAGACAGTGCTGAGGCACTTTCCTTTTCTGATTTCATCTTTT 2481 TGGGAATCTGTTTTATTGAAGGTAGTTAGTAGTTGAGAGTGCATTTGCTACAAGCATATACTTGTATCTTCCTAGCTTCA 2561 TGAGGAACAGAAAGAGGTGGATATGGCTCAGGGTGTGGCAGGGACAATTGAGGACAAAGTCAATTCAAATTTGTGGGTCA 2641 GAAAGAATTTTTGTGGACGTAGTGTTTTTGGAGAAACTCTGGATGGTTATATGTGCATGCCTTTTCTTCAAAAGGAAATA 2721 CGCAAGGTTGTAGCATCTAAAAATAAACATAAGAGTCAGACACCAAATAAATCAAGTTTTACATAACAGTTGTATGCCCA 2801 GTTTGTTTAGGTGAGATTTCACATTACAGAAAGTATTTGAGGAGCATGAAAATGGGTTATCTTCTGTATTTTCCAGTTTG 2881 GCAAAAGTTCAGAATTTCATCACATTGCTTTGCCCTAATTTTGCCCAGAATTTTATCTTAGCCTCTCTCTGACAGTGATG 2961 AATCATGCTCAAAAGCCATTCTAATTGGACCTTTTTAAGACAGGGAAAGGGATCAGTAGGCGGATTGGAAGAAATTTCAA 3041 GTCATTGAAATATTCCATTGAGATTTCCTAAAGGGACAAAATTGGGAAAATAAGAAACTACGACTTAGATTTGGCTACGT 3121 AGTAGAAAGTATCTCCCCTACATACATACAGGCAATTGTATGTATGAATCATAGGGTATATGTGTGTGTATACTACACAC 3201 ACATTCTTTTAAAGAGAATTCATGGAAAAAAAAGCAGTTGGAGTGATCAGATGTATTGCAAAAACATACAGAGAATTTAA 3281 ATGACAGTTAATACCAAGAAATTAGTTGGGTTTACTTTATCAGGTCGTAATAGGAATCACTAAAGAAGTTACTAGTGTGT 3361 CTTTAGGACCAGTGGCAACTCTTAAACTAAAACTTTGGGTCCTTATTATCTACTTACAGAACAAAGTGAAACAAACAATG 3441 ATTAAGCTGATTGGATATACATTCAAAGATATTTAATGTAAAGTTTTTTGGAATACGAAGAAAATTCAGAAAATAAATAT 3521 TATCAACAGTTACTTATTGGCAAATAGAGAAAGACAAGAATAGTTTAGTGAGCCCGGTATTTTGTTTTTATAGTTTTTAT 3601 CTCAGTTGTACAACTCACAAAACCATGAAGTCTTTGGTATTTTATAAATGTTTAACAAAATTTACATCAGATTAAGGCAT 3681 TTAGATGAAAATTATTATGTTCTCACTATCTTCCAAATTTTATTTCATCCTATCTCCAAAATGATTTCTTAGGGTACAAA 3761 AAGAGCAGACGGGGCTGTAAAAATACAAGCAAAAAACTGTGTGCCCCTAGTTTCAGGCAGAACTTAAACTGTCAGAGGTA 3841 CTAGCTACATGATTTGTTTTTTAACTTTGGATTGTTCACGTCCAAAAATGGATAAATTACATTTGTGTTTATCATCAGTT 3921 GCATTTTATGTATTATTTTAATAAATACTATCTGAATGAAGACTATTCTAAACCAGAAAATTCCCCAAATCCAAAAGAAA 4001 AAAAAAGTGGGAAGAGGTGAAATTGAAGTTTGTGTATATGAAAGTTATCTTAGACATATTTTTAATTCTCCAGTTTCTGC 4081 AAAATAATTAAAATATACAGTAACTGGTCTCCTAAATCCTGAATTTAATGTATTAAATACTTATGTTCTTTATATTGGTG 4161 CCTTTTTAAAATGCATTGAGAGTGTTGGTTAGCTGTTGCAGCTGTACAACACTTTTAATATGCATTTTTAAAAATCACTT 4241 AAAATTGAGTACTATATAATTCATCTCTGCATTTTTAGTGCAAATCTTTAGAGCAATTTCTAATAGAGAAATTTTCAGCT 4321 CAGCTGTTAAAAGGAAAAGGAAACTTTGAAACTAGACTTTACTACCTTTTTAGTTTCATAGTATTTCTGAATATGATTAC 4401 AAGATTATGCAGGTAAAATATAGAGTGAAACTTTACCTGTGAATTGAATTATAATTTGTGTTTTTGTTTTGTTTTTAAGG 4481 AAGAATAAGTTCTGTATCAAACAAGAATTTATTAGATAATTTTTTGGTCAATAAAATACAGTATTCATTTGGATTTTCAT 4561 CTCCAGACTAGTATTGTTCTAGTCTTGGAATCTGTATTTTCTAATCTGTTAGAAAATAGAGATTGAAAATTGATGGAATA 4641 ATGTGAAAAAGCAGGTAATTAATTCTCCTTGAACAAAGCAAAACTGAACAGTCATATCACATTGCTATTCTCCAAAGCAT 4721 AATCTCAAATGGTTTCATATCATGGTTGTGTATTACTTGCAATGGGTGTGTTAGGATATGACAGCTTTTTAAAAAAATGA 4801 GCTGCTGGTTATACAAAGCAAATGGCATATGACCAAGAAGCTGTGATATGCTAGTGTTTCTTTTTATCATAGTGTATTAC 4881 TAGGCCAAATAATGACACCTTGAATATTTTTACATTTATTGCAGAAACCTTAAACTTTGGAATTTCCATAAGGTTTTTAT 4961 GTAATATTCTATTTCTAGCTTTTTAGTTTTATCTTGCTGTACTGTAAGTTTGAGGATATTTTTCACCTGCACTCTTAGGA 5041 ATAAGTTCATAATTCTGTTTATGGGGCTTTCCTCCCATAACACTGCATTTGTATATTTTCTGTATAAAATATGTGTTGTG 5121 TATTAACCTTTATCCCATACAGAGAGTGGTACATGAATGACTAGTTTTCTAAGATGTCCTTTTTATTGTGAATAAAATAT 5201 AAAAGTTAAAGGCCCTCTGCTAAGTCACATAAAGTACAGCATATAAGTTCATATAGGTACAAATAAATGAGTTTGCAGTG 5281 AATTGGGCCTTCAAATTACCTCAAGTGACAGATAGTAAGAAAAGCTTCTTGAGCAGGTGGAGGTCACTGAATCCCCTACT 5361 ATGCACTTACCAAGATTTTACTTACTTTAATTTACTGGAAATTGATTTTTTAAAAAATGACTACACTGTAACAAGGGAAG 5441 GGATCTGGGTTTTTTTGTTGTTTTATTCTTGTTTTTTTTAAGTAGTTCAAATTCTGAAACTGTGATTTAAAAATTTTTTA 5521 CAGTCAAGCATTCTGATTTTGAACATAACTCCCTTCCCTTTCTGTGTAACAAAGGTCTCTCTGTTATCTCTTAAATTTTG 5601 TTACATCTCCCTCAGCCTCTTTCTTTGTCCGTCTCCCTTCTGTCATTGTCTATGGATGTTTACCTCTCTGTTCTCCTAAA 5681 AGTTTGAAGATTAGGTCAACTCTTATTTCTAGTTCATTGGTAATTTAATCTTAATTTTTTTTTCGTGATTTTTGTTGGTT 5761 GTATAATCTGCTGACGTATTTTTATACTCAAGTGTAGTTTTCTATTAAAAAGAAAAGTGGTTGGATTAAAAATAGTAAGC 5841 TATGTAACCCTCATGTTACTTTCACTTTCAAATATTGGGTACCTAAAACATTACTTCAGAGATTATGTAATCCTATTATA 5921 GTATGTTTGCTTTCCTTTATTGTTGGATTTTACATTCTGATTTGGCTTTCCTCCAAAAAATGTATATCATGAAAGACTAG 6001 ACAGTTATTTGCAAGTGTTTAGAAAGGTGTTAAAAATGTAAAGCAAAGAGTCTTAACTTTCTCCTAATTGGGAGAAAAAT 6081 GCTTTAACATTACTATAATAATATTCCAGGTTTGGAGGGGGTCTCCAGGCCCCATATTTGCTGTTAATAGTTGGACCTTT 6161 TAGACCATGTGTTATTTGCAATCCCAGAATGATTGCTTCTGCTATTAGTTAAAAAGATACTATTCTTTTCTTTCTGTACA 6241 AGTGCAATACTCCCCTTGAAGTCTTAAAAACTATGGTGATTTTTTTTTCTTTTCTGACCTATTCTTCCTTTAGCTAATGA 6321 CAAAAAGAAACTCATAAAAGTCATAGTATGTTAAAGGACACAACAAGCAAAGAGAAAAACACTCCACAATCAAAAGATTA 6401 CAGAATGTGGAAACCACTAGTCTGATCTCATGGTATCTTTATTTAAGCTAAATTTCCATGGAAATTAGTAATCTTTTGCT 6481 TGAAAAATGTGTCCTAAAGTTGAACTTTTTACAGATTGAATCTTCTTAGACCCTCGCCCAATGCTCTAAATTAAGAACCT 6561 AATACTTAATATTTTTATTTTACTTCTCCCCTTTTAGAAATAAACTTTTAAATAAAAGCAAAGCACTTAGCTGAGTTTTA 6641 AACACTTACATATCACCTATTGGAGAAATTTTTTTTAAAAATATTTGGAGCAGTCCTGTTTTCATACAAATTTAAGTAAG 6721 AGGTATTTTTCTTATACATATTTATATGTAGTGTGCTAATTTTCTTTTTTTATACCTGTGTCCCTGTAGTAAAACTGCTG 6801 TAATATAAATACATGTTTTGTTAAAAGATAACATTTCTTTGGCATTTCTTTTAAAGGCAGTTACTGCATTTCTGCATTTG 6881 TACAGTATGTGTCTTGGCCATTTTAGATATTCTTTCTTTAACAATACCAAAGGTAATTAGACTATTTTAAAGACTAATTG 6961 CTTGACAGTTTCTAGGGTATTTTGTGTTTTAGAAGCAAAAAAAGAAAAAAAAATAGGTCAAACCAGTAAACCTCATTTTT 7041 TTTCAAACTAATAATTTGGGGAAATAAAAACTATTGTTTAAAAAAGAAATATATATATATATATATAAATATATATGTAA 7121 AGTTAAAATTCCATACCTTGTATGTCAGGTTTGCTAAGTGTAATGTAGTTTTTTTAAGGCTCAAATACCATACCTCAGAA 7201 AATGAGGTTTACTATGGAAATACTGAAACAGTCTTTGCAGCTGTGTGACAAGTCACTCTACTACATACTGATTTGGAGAC 7281 CTCCGCTAAATAGTTTTATCACTGCAGACTAAAATGTGGGACTTGTATCTTCTTTGTTTTTAATGCACACACATACATGT 7361 TCTGTGCATGTATGTGGTTACTGTGTATATGTGTATGAGTGTTGTATATGCATGTGTGAGTGTGTGTCTGTATGTGTGTA 7441 CAACTAAAGAAGCTGCAGAAACTTTGTAATACTTTGTGAAAAGGATTATATTATAAAGGTTTGTACTGTCTGAGTGCACA 7521 GCTACTGGAATAAATTTAGGGAATCTCAGGAACAAGCATATAATTTGTCCAAGATTTATTTCTTCTCAGAAGTGTAAGTG 7601 CAGTTTTTAATTCTGTATATTATTTAATATTTTACCAATAAAATAAACTTCTGACATAAAAAGTTTGCTATAAAAAAAAA 7681 AAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | LCL-BAC | ||||||
Disease | MIMAT0019713 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1020023. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
... - Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al., 2012, PLoS pathogens. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al. - PLoS pathogens, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus linked to a number of B cell cancers and lymphoproliferative disorders. During latent infection, EBV expresses 25 viral pre-microRNAs (miRNAs) and induces the expression of specific host miRNAs, such as miR-155 and miR-21, which potentially play a role in viral oncogenesis. To date, only a limited number of EBV miRNA targets have been identified; thus, the role of EBV miRNAs in viral pathogenesis and/or lymphomagenesis is not well defined. Here, we used photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) combined with deep sequencing and computational analysis to comprehensively examine the viral and cellular miRNA targetome in EBV strain B95-8-infected lymphoblastoid cell lines (LCLs). We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs. 24 PAR-CLIP-identified miRNA:3'UTR interactions were confirmed by reporter assays. Our results reveal that EBV miRNAs predominantly target cellular transcripts during latent infection, thereby manipulating the host environment. Furthermore, targets of EBV miRNAs are involved in multiple cellular processes that are directly relevant to viral infection, including innate immunity, cell survival, and cell proliferation. Finally, we present evidence that myc-regulated host miRNAs from the miR-17/92 cluster can regulate latent viral gene expression. This comprehensive survey of the miRNA targetome in EBV-infected B cells represents a key step towards defining the functions of EBV-encoded miRNAs, and potentially, identifying novel therapeutic targets for EBV-associated malignancies.
LinkOut: [PMID: 22291592]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1020023 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL-BAC / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000457361.1 | 3UTR | UUGGCCUGAAUCUGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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62 hsa-miR-4650-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT064263 | KIAA1804 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT082508 | CALM3 | calmodulin 3 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT456061 | SLC25A28 | solute carrier family 25 member 28 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463521 | ZBTB7B | zinc finger and BTB domain containing 7B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465449 | TP53 | tumor protein p53 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469517 | RBFOX2 | RNA binding protein, fox-1 homolog 2 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT470967 | PKM | pyruvate kinase, muscle | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471902 | NUAK2 | NUAK family kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479924 | CBX5 | chromobox 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483045 | C15orf52 | chromosome 15 open reading frame 52 | 2 | 13 | ||||||||
MIRT493184 | MKNK2 | MAP kinase interacting serine/threonine kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496615 | IKZF2 | IKAROS family zinc finger 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496980 | DNAJC27 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C27 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522489 | MFSD9 | major facilitator superfamily domain containing 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527859 | SMOC1 | SPARC related modular calcium binding 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528540 | TTC22 | tetratricopeptide repeat domain 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528860 | PKP1 | plakophilin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529389 | NSFL1C | NSFL1 cofactor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533523 | TRIM13 | tripartite motif containing 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538056 | DNAH3 | dynein axonemal heavy chain 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT541480 | ARF3 | ADP ribosylation factor 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT576737 | Wars | tryptophanyl-tRNA synthetase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610462 | SYNPO2L | synaptopodin 2 like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT614189 | GGT7 | gamma-glutamyltransferase 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626341 | PCSK7 | proprotein convertase subtilisin/kexin type 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627547 | SNIP1 | Smad nuclear interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT628605 | TMEM251 | transmembrane protein 251 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630827 | YTHDC1 | YTH domain containing 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT633419 | TMEM120B | transmembrane protein 120B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635354 | CSMD2 | CUB and Sushi multiple domains 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636418 | MTHFD2 | methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 2, methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637031 | SPTLC3 | serine palmitoyltransferase long chain base subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638032 | TMEM109 | transmembrane protein 109 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642847 | ZBTB7C | zinc finger and BTB domain containing 7C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644389 | CD59 | CD59 molecule (CD59 blood group) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645167 | NOL9 | nucleolar protein 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645601 | MRPS15 | mitochondrial ribosomal protein S15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649169 | IQSEC1 | IQ motif and Sec7 domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659166 | DCTN5 | dynactin subunit 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT660814 | AHCY | adenosylhomocysteinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663640 | HM13 | histocompatibility minor 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663848 | TRIM72 | tripartite motif containing 72 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666535 | RNF157 | ring finger protein 157 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667885 | IP6K1 | inositol hexakisphosphate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671613 | C6orf25 | megakaryocyte and platelet inhibitory receptor G6b | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673800 | MALL | mal, T-cell differentiation protein like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT676281 | ZNF260 | zinc finger protein 260 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687008 | RPL35 | ribosomal protein L35 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689090 | ACVR1 | activin A receptor type 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689259 | WDR83OS | WD repeat domain 83 opposite strand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697458 | ZC3H4 | zinc finger CCCH-type containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699223 | SLCO3A1 | solute carrier organic anion transporter family member 3A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710222 | JMJD4 | jumonji domain containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710935 | ING5 | inhibitor of growth family member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715830 | ZNF598 | zinc finger protein 598 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716134 | THOC5 | THO complex 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717518 | HRNR | hornerin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717918 | LRRC15 | leucine rich repeat containing 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718307 | XPOT | exportin for tRNA | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721350 | LIF | LIF, interleukin 6 family cytokine | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724503 | MSMO1 | methylsterol monooxygenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724993 | FSTL3 | follistatin like 3 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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