pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1199 |
Genomic Coordinates | chr19: 14073361 - 14073479 |
Description | Homo sapiens miR-1199 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1199-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 21| CCUGAGCCCGGGCCGCGCAG |40 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | ||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | KREMEN1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ECTD13, KREMEN, KRM1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | kringle containing transmembrane protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001039570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_032045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on KREMEN1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of KREMEN1 (miRNA target sites are highlighted) |
>KREMEN1|NM_001039570|3'UTR 1 AAACCCCACTGTGCCTAGGACTTGAGGTCCCTCTTTGAGCTCAAGGCTGCCGTGGTCAACCTCTCCTGTGGTTCTTCTCT 81 GACAGACTCTTCCCCTCCTCTCCCTCTGCCTCGGCCTCTTCGGGGAAACCCTCCTCCTACAGACTAGGAAGAGGCACCCT 161 GCTGCCAGGGCAGGCAGAGCCTGGATTCCTCCTGCTTCATCGATTGCACTTAGGAGAGAGACTCAAAGCCCTGGGGCCCG 241 GCCCTCTCTGCATCTCTCTCTGATCTAGCTAGCAGTGGGGGTGTCAGGACAGTGAGGCTGAGATGACAGAGGTGGTCATG 321 GCTGGCACAGGGCTCAGGTACATTCTAGATGGCTGTCAGGTGGTGGGTAGCTTTAGTTACATTGAATTTTTCTTGCTTCT 401 CTATTTTTGTCCACACACAAATCAGTTTCTCCTGATCTTTATGTCTTGGAACAGGGCCAGACAGGGAGAACTCTCAGGTA 481 CTCTTGGGAGTTGGTCCCATACAAGTGCGGACTCCTGGACATTAGCGAGGTGTAAAGAGGGCAGTGTCTGTGCTGCCCCG 561 GCAGCTTTGCTCTCCAGATGCTGGACTAGGGTGGGCCTCCTTCAGCCTGGGAGGGTCTGAGAATAAGATCTAGTGACCCC 641 CATTTATATCAAACCTGATACCTTACACATGGGCTTCTTTCTAGATTCTTCTTTCCATAGCTCATGGAGCTGCAGGGAAA 721 GCTTTAAGAGCTTTGGTCATATAAAACATCCATTCAGCTGGGCGCGATGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTGTGGGAG 801 GCTGAGGCGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA 881 TATAAAAATTAGTCAGGCGTGGTGGCAGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGAAGGCTGAGACAGAAGAACAGCTTGAAC 961 CCAGGAGGCTGAGATTGCAGTGAGCCGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAGAGTGAGACTCTGTCTCAA 1041 AAAAACAAAACACAAATAAACAAAAAAAATCCATTCATTTACTCATGCAATAAATTCTCCTGCAAGCTTTTATGGGCACT 1121 CAGTAAGTACTCAGGATTGGCTTTATCAGCCTTGCCACTGAGCAGCTCATGGTCCTATGGAACCTGAGCCAGGCCTCAGT 1201 CTCTCCATGATTGGCTCAGCTAACTCTCAGTTCAGAGTGGAGAGTATCAATCTTGTGTTTTTGCCCTTAGGCAGCACTAT 1281 ATGAGACATGGGGCCTGTGGTCCTTCCTTCTGGTGTCCCCCGTGTTAAAAGATAAAAAACACCCCAAGGGCCGGGCGCGG 1361 TGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGGTGATCGAAACCATCCTGGC 1441 TAAGATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTGC 1521 TCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCAGAGATCACGCCACTGCACTCCA 1601 GCCTGGGTGACAGTGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAACACTCCAAGGGCCATCCGTGCTCTCTGCCCCTCCTGT 1681 GGGGACCAAGTGGGGTTAGGAATGGCTCAGTGGGGAAGGAGAGCACTCTTGTCCCCAGTCCCTTGCCACCCTGTCCCTTA 1761 GATAGGGAGGTGGGCTGCAGAGATTGGTGCCAGAAGAGGGTGGGTTTGGGAATTGGAGCTCCTCCAAGGAGCTCCTCCTA 1841 AGATTGAGTGCTGCAGCTGTAGTGGCTGCTGGTTGGGAGAGTAAGTGCCATCACTAATTTAAAAGTCCTTGCCATCTGGA 1921 ATCAGGCTTTGTCAACAGCAGCTGAGAAAAGCAGCCTGTGCCTCTGCTGGCCAGGCCTAGGCCCTCGTCAGAGCGTGCCT 2001 CTCCACAAGGCACTTGGGCCTGGGTGATTGTTGCGCCTCTGGCTTTGGCGTTTCCTCTTTGCAGCACTTTGCCTACCTCC 2081 CCCAAGCCCTGAGCCACTGCCTGCTGGGGCTCCTACTGAGGTTCTGGAAACACCTCTGCACCTGCCGCCCCTGGGAGGAA 2161 AGAGGGCCACACAGGAAGTGTCTGCAGGGAGAGGTGGCACTCGGCAGCCTGAGTTCAGGAGAGGTGCTTGGAGCTTCAGG 2241 CAGAGGGGCCTTCAGAGGAGGGAAACGGAGCAATGTGTCACAGGCAGGCAGGGGCAGGACTGCCACCCCAGGCCCCGTGG 2321 GAGGCCTGCTGAGGGCACAGAGCTGCTCGGTGCAGCCTTCATGCTTTGATCTGGAAAGAGCAGCTGTCCGCAGGCCTCTG 2401 TCTCCAAGAGGCCTGTCACACAGGAGGACCGCTGGAAACATACCAACACGTGCAGTCTCCCCTCCAAGCTATTCATGCTG 2481 TTTGTGGAATCTCTCTCAAACATAAGTGTCAGGTGTGTGTCGTCCCAACGGGTCCTGTGCTGTGAATAGATCCATGTGCA 2561 GCACAAAGGGAATGTGGCACGTGGCCCCAGGAAGAGTTCACCCGGCCAGGGGGCAGTTGTTCAGTTGCCTGGGGCTGACA 2641 CTGACCACTGGCCTCTGGGGTGTCCTGCAGCCCAAATGCCCACCTTGCCCTCCTCACATCTCAGTCAGGGGAGGCCATGC 2721 CCAAGCCAATGTGCTGTCACAGCCTGCAGCGGGGGCAGCACTTCCTCGGAGGGCCTGGGAGGTGCTGGGGATGCCCCAGC 2801 GCTTCTCTTCCTGCCTCGCCCTGGCATGGCCCAGCGCCTCTAGGATCAACTTACGATCCGTGGAGCAGCCCCGGGAAACC 2881 CAAATCTGGCTCAGGACAGCGTACGGGCAGGAGGGCTGTAAATCATCCCAGGCTAAGCCTCCGTGGGCACTGGCTCCTGC 2961 CGCAGCCTGGCTATGGACTCAGTTAGAACCAGGTAGAAAGTCAGCGACACCCCACAGAAGGCCACTGCGGCTAGGTAAAC 3041 ACCTGAGAAAGAAACTGCTCCAGAAGAGATGACGTGGGCTTCCAGGAGCATGGAGGAGGTGGCACTTGAACTTTTAGGAA 3121 ACTCCTTAGATGAGATAAAGTGGGGGTTGGAGGTGGCGAAAAGAGGGTAACCCTGGGAAAGTCAGTCAGAACCCATGGCA 3201 GAAGACTGCAGGAGAGGCAGGGGAGGGGCTTCGGGGACCACTGTGGACAGAGCTCTGAAAGCACCCTGGCCAAAGCCCCT 3281 CCTGAGGTGACAGAGCGTGGGAGGAGGCTGCACTGGGCCTGCGTGCCATCCTCACCCCTGTTCCCCGCTGGCGCCAGGCC 3361 CTGCCTTCTTGGTACCTGTGCCAACAGGAGAGCCCTCACCAGCCGATCTTGTCACTCTCCGTGGTGACAGTGTCTTGGCC 3441 AGCTGTGGCCCCTAGTTTCTAGCAGCGTTTCTCAGTGTCCTTGGCCCTTCTGAGAAGGCAGGCGGGAGGCACACGGTGCC 3521 CTGTTCTTCCCCGTTTGTCCAGTTGCTTGCAAAGCAGAGAATGAGTAGGAGTGAACCCGAGTGACTTCACCCGCCCTGTC 3601 CCCCACGTCAGGACAGGCTTGAGGCCTCTCTGGGCGTGAGCGAGGAAACCAGGCTGCTCTAACTTCTGAAGAGTGGGCTC 3681 TGGCTCAAGACTCCAATCGGCCAGAAGCCCACAGAGATCAAAGCACTAGCAAGTTCAGCTGTCCTGGCCCTCGGGTAGAA 3761 CCCACGGGCGTGCCTGGGTGCGGCTCCACCCACATGCCCCACTGTCAGCCCAGGCAGGAGCCTTCCTGGCCGGGCTCAGG 3841 ATCTGCCTGCAGCCCAGCCAGGCCATCACCCAGCCCCGATGCATCCTGGCACTGCACGCTTACTCTTCACAAGCACTTAT 3921 ACGCGGATGGCCTCCGAGACCCTGCCTCCCTGGTCTGCTGAGGTCAGGCCAGGTCTCCCACGGAGCCGGGCAGCTCCACA 4001 CCCCACCACCTGGCACCGTTAGGTTTCAGATCTCCCGTGTGGTGTTTGATGTCGGCTTTTGTTCCTACCTTGGGAGTTTG 4081 GATTGTTTCCTCTGGTGTCTTTGTTTACCTTCCTCACTGTTCTACCTCCTGGCCAGGTCTCAGCTTAGCTTCCCTGGTGT 4161 GGGGTGTTTTTCAAGCCTTCCAGCCACAGCTGTCTCCCCTCAGGCTGGACGGCTCCGGGGTGACAGGGCTTCACCCTCTG 4241 CCTGCAGACCCCTGGTGGGCACATCTCACAGGCTTCCGTCTTGCTGAGTTGGGTACGGAGGCAGAAGTGGGGTGTGGAGG 4321 AAAGTCAGAGGGAAATCTGCTTCAGAAAGGAAGGGTCTTTAGACACAAAGACTGGAGGCCCTTCCCCGCCCGCACGGGAG 4401 CTGCCATCGTGGGTCTCATGCACGTCAAGACCTTCCCACATCCAAACTCAGCTTCCAGCAGGGATTTTGACTTTGGATGA 4481 CAAGGCTTTATTTGTAAATATGCTCTTAATATGCAACTTTGAGAATAAAATAGAAACATCATGTATTTTAAAATATAAGA 4561 TGAAGTGTGACGCACTGTATACAATTTAATATATATTTTTAGGGTTTTGTTATTTAAGAAAATGGAATGTAATGGTACTT 4641 TTACAAAAGAGAAAAAATGTTATTTTTACTTTCTGGAAAAAATAAATATTCTCATTGTTGTAGAAAGAAAAAAAAAAAAA 4721 AA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | EF3D-AGO2 , LCL-BAC | ||||||
Disease | MIMAT0031119 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in GSM1020021. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
"PAR-CLIP data was present in GSM1020023. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
... - Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al., 2012, PLoS pathogens. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al. - PLoS pathogens, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus linked to a number of B cell cancers and lymphoproliferative disorders. During latent infection, EBV expresses 25 viral pre-microRNAs (miRNAs) and induces the expression of specific host miRNAs, such as miR-155 and miR-21, which potentially play a role in viral oncogenesis. To date, only a limited number of EBV miRNA targets have been identified; thus, the role of EBV miRNAs in viral pathogenesis and/or lymphomagenesis is not well defined. Here, we used photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) combined with deep sequencing and computational analysis to comprehensively examine the viral and cellular miRNA targetome in EBV strain B95-8-infected lymphoblastoid cell lines (LCLs). We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs. 24 PAR-CLIP-identified miRNA:3'UTR interactions were confirmed by reporter assays. Our results reveal that EBV miRNAs predominantly target cellular transcripts during latent infection, thereby manipulating the host environment. Furthermore, targets of EBV miRNAs are involved in multiple cellular processes that are directly relevant to viral infection, including innate immunity, cell survival, and cell proliferation. Finally, we present evidence that myc-regulated host miRNAs from the miR-17/92 cluster can regulate latent viral gene expression. This comprehensive survey of the miRNA targetome in EBV-infected B cells represents a key step towards defining the functions of EBV-encoded miRNAs, and potentially, identifying novel therapeutic targets for EBV-associated malignancies.
LinkOut: [PMID: 22291592]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1020021 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | EF3D-AGO2 / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000400335.4 | 3UTR | UUGGCUCAGCUAACU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1020023 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL-BAC / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000400335.4 | 3UTR | UUGGCUCAGCUAACU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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75 hsa-miR-1199-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT130735 | GATAD2B | GATA zinc finger domain containing 2B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT134908 | CCND2 | cyclin D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT273033 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT276644 | KPNA3 | karyopherin subunit alpha 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT446532 | OAS2 | 2'-5'-oligoadenylate synthetase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT456270 | TDRKH | tudor and KH domain containing | 2 | 12 | ||||||||
MIRT494455 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494966 | USP46 | ubiquitin specific peptidase 46 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496690 | KREMEN1 | kringle containing transmembrane protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496698 | RGS11 | regulator of G protein signaling 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504377 | IRF4 | interferon regulatory factor 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT510981 | PFN2 | profilin 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT512549 | MFN2 | mitofusin 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513640 | TP53INP2 | tumor protein p53 inducible nuclear protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT514017 | CAMSAP1 | calmodulin regulated spectrin associated protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT514075 | MTRNR2L6 | MT-RNR2-like 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT515302 | C15orf38-AP3S2 | C15orf38-AP3S2 readthrough | 2 | 4 | ||||||||
MIRT517286 | AP3S2 | adaptor related protein complex 3 sigma 2 subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT519076 | KCNK6 | potassium two pore domain channel subfamily K member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT520780 | TCF23 | transcription factor 23 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522487 | MFSD9 | major facilitator superfamily domain containing 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528857 | PKP1 | plakophilin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529080 | PATE2 | prostate and testis expressed 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531210 | PLA2G4D | phospholipase A2 group IVD | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533989 | TAB3 | TGF-beta activated kinase 1 and MAP3K7 binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537025 | GRIN2B | glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537499 | FAM168B | family with sequence similarity 168 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553127 | UBE2Z | ubiquitin conjugating enzyme E2 Z | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555592 | PIP5K1C | phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type 1 gamma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556371 | LUZP1 | leucine zipper protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569746 | C2orf71 | chromosome 2 open reading frame 71 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570150 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571244 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573066 | TRIB1 | tribbles pseudokinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575534 | Map4 | microtubule-associated protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575778 | Tnfrsf10b | tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10b | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616559 | ZNF512B | zinc finger protein 512B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630079 | GRWD1 | glutamate rich WD repeat containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631480 | KLHL21 | kelch like family member 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632174 | CCL22 | C-C motif chemokine ligand 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638398 | QSOX2 | quiescin sulfhydryl oxidase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT641193 | ISG20L2 | interferon stimulated exonuclease gene 20 like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642563 | TEX9 | testis expressed 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642938 | KRTAP5-9 | keratin associated protein 5-9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649704 | ZNF175 | zinc finger protein 175 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652114 | TRUB2 | TruB pseudouridine synthase family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652274 | TOMM20 | translocase of outer mitochondrial membrane 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655216 | PFKM | phosphofructokinase, muscle | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682779 | ZNF852 | zinc finger protein 852 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683002 | MUC20 | mucin 20, cell surface associated | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684321 | GTF3C4 | general transcription factor IIIC subunit 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689436 | CYB561 | cytochrome b561 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT693848 | ZNF107 | zinc finger protein 107 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696716 | TAX1BP3 | Tax1 binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698598 | TEX261 | testis expressed 261 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699974 | RREB1 | ras responsive element binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703311 | GFPT1 | glutamine--fructose-6-phosphate transaminase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706797 | RAI1 | retinoic acid induced 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709005 | CD109 | CD109 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709182 | TBC1D10B | TBC1 domain family member 10B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709836 | PAQR7 | progestin and adipoQ receptor family member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711628 | CORO1C | coronin 1C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712635 | RNF103-CHMP3 | RNF103-CHMP3 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713695 | CYB5R4 | cytochrome b5 reductase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713753 | SLC9A8 | solute carrier family 9 member A8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714909 | CHMP3 | charged multivesicular body protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716372 | CBLL1 | Cbl proto-oncogene like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718304 | XPOT | exportin for tRNA | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718714 | ANKRD18A | ankyrin repeat domain 18A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718741 | ATP9A | ATPase phospholipid transporting 9A (putative) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719442 | NPTX2 | neuronal pentraxin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720897 | OTUD4 | OTU deubiquitinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722450 | RXFP4 | relaxin/insulin like family peptide receptor 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723883 | VKORC1 | vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724587 | SYNJ2BP | synaptojanin 2 binding protein | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||
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