pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-605 |
Genomic Coordinates | chr10: 51299573 - 51299655 |
Synonyms | MIRN605, hsa-mir-605, MIR605 |
Description | Homo sapiens miR-605 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-605-3p | ||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 51| AGAAGGCACUAUGAGAUUUAGA |72 | ||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | BTRC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BETA-TRCP, FBW1A, FBXW1, FBXW1A, FWD1, bTrCP, bTrCP1, betaTrCP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | beta-transducin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_003939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_033637 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on BTRC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of BTRC (miRNA target sites are highlighted) |
>BTRC|NM_003939|3'UTR 1 ATAACCATACACTGACCTCATACTTGCCCAGGACCCATTAAAGTTGCGGTATTTAACGTATCTGCCAATACCAGGATGAG 81 CAACAACAGTAACAATCAAACTACTGCCCAGTTTCCCTGGACTAGCCGAGGAGCAGGGCTTTGAGACTCCTGTTGGGACA 161 CAGTTGGTCTGCAGTCGGCCCAGGACGGTCTACTCAGCACAACTGACTGCTTCAGTGCTGCTATCAGAAGATGTCTTCTA 241 TCTTTTGTGAATGATTGGAACTTTTAAACCTCCCCTCCTCTCCTCCTTTCACCTCTGCACCTAGTTTTTTCCCATTGGTT 321 CCAGACAAAGGTGACTTATAAATATATTTAGTGTTTTGCCAGAATCTCTCTTGCTTTGCCATTAAGCAGAAGAACTAGTT 401 TCCCTGTATAGCCTGCTGGGAGAGACCCACTTCTAGGGTATGGGGGATGCAGCTTCAAGCCCAGTGCCCAGTGTCTCCCT 481 GTTAACTGCAGGAATGCCAAGCACCTGGCCAGAGCAGCCCAGCCCCAATATGCTTAGGAGGAGACAGAGTTCCCTCTGTA 561 TAGCCTCTGGGACAAGAAAAAGAAAACACAAGAATGTATACACTGGAAGATTTGGGCCTCCTGCCTGCCTTCTCTTTGTT 641 TCTGTTCCTCTTCCCATCTACTCCCCTACGCCCCTTCAACCTTTTTTCTCTGTCTGCTTCACCTGAGAAGAAAGTGTACG 721 AAGAGAGTGTCCTCCTCTCACATGAGCCAGATCAGCCAGAAAATGCAACACTTGGAAGAGTTAAATGCTGTTCAGTGAAG 801 ATTTCAGCCCCAGGCCTTTGCTGCAAGTGACCCTGTGGCAACAGTGGATTCTCAGACATGATACTCTCATCATATTTGCA 881 ACTCTTCTCTCTCTTTCTTCCCCACACCCAAGAGGAGGATTGGTGGTAGGGGGCAGGCAGAGGGGGTGGGGAGAAGTTTC 961 CTGGGCTCCATCAATGGCTGCATCTTTTCTGGACTCAGCAGTCTCCTTGATTCCATGTAGAGTGTGGAAAGGAGTTGCTG 1041 ATTGCATTTCCTCTCATTAACAATTGGGTGTGTAATAAAAAGCATTGTACTTCATCTTAAATCACTGGTAAGGCTCAGCC 1121 TACAGAAAGATTTGAAATGGCCAGAGCCAATCGCTTGGTGCATTCTGCGTAATGGTTTCCATCTCCGATTTCCTCATCAG 1201 GGCCTGTGAATACCCAGGTGCCTGTATCTTTGCCAAGACCGTGATCAAGGTAGCTTAAGAGAGATGGTCAGGAGAAAACA 1281 CTGTTTTTGTTTTTTTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGGCCAGTTAAATATCATCTCTCAAATATTGATCTCACCGTGTCAA 1361 CCTTGCACTGCACAACCTTCCTTCTGCTTCTCCCACACCCAGTATTTGCAGAAGGGCAAAGCTGCTTAAGAGAGAGGATC 1441 AGGGTGAAGTTTGGCACACAGGGTTTATTAATGGGGCAAAAACTGCCTTTTCTTCCTCCTCCTGACCTTATTTTGCTCTT 1521 CACTCTCCCCAGCCAATAAAGCGTCTGTGGCGATTGGTGAACAGCATAAACAGCTGGACCTCAGCAAGGGTCAGGCAAAC 1601 CCAGTCACTCGGAAGGCAGCTGTGTGAGCTGCCAAGCTAGTGGGCTTCAGGTGCAAGGGTACCTGTGCCACACCAACCTG 1681 GGAGCACACAGAATACTATTAATGTGCACCCAGCTGGTCTCCCCAGGCAAGAAGGTATCCTCTTCCCAAGGTGTACCCAC 1761 TGAATGTTGTTACTACATATTGAGAGTCATTTTATGCATATGCATTCTACCTTTCCTGCTTTATGAGTATTTTTAAGCTT 1841 TTAGTTCAAGGTTATATTCAGAAAATATTTCCCAGTATAATGATACATCGTAGCCTAAGAAATATTTTCTCAATGTAATT 1921 CCCTTCCCAGCTACCCAAATGCTACAGAGAAATGTTTTCTACTTGGCCACTATCAGGGTTCGTCATCTATTGTGTTGACT 2001 ATTAATGGCTTTTTGATTGGGTAAGGATTTTGCTATAGATGAAGGTAGAGGGCTGTCAGCCCTGAAAAACACACAGGTCA 2081 GACATTTAAAAGGCATGGGTTTCGAGCTGTCTCAAAATATTGCCCAATAGCCATAATTTTACCAGCCTTTCTGTCATATG 2161 CTGCTATTACAAAGTGGAAGCTGTTGAATGTTTATTGGTGCCCAGGGTTTTGCTCTCCAATCTAGGTTCAGTTGAAGGAA 2241 TATTGTTTCTAAGACTGTTTTGAGACATGTCCAGTACATCACAAAGGAGATCGGGGCGACCCCTGCAGATGTGGAGCCAT 2321 TAGCCCAGTTGAGGATATTCTCCAAGTTGTCCTCTCTCCTGCTGATGGAAATGGGAATGAAGTTAAGTGGTCTGAAAAAC 2401 TTGAATCGTTCACATTTCTCAGCTCTGGGGGTCATTTACCAGTTTGTTGTAGAAGAAATAATCAGGTAAGTTAAAAGTTC 2481 ATTTCCAGAGAAGGTAAACCCCACTTACCATCTCTGCATGATTTCAGTGGGAATTGATTATCACTAATCCCCAACTGGGC 2561 TAGAATAAATGTAAAGTTTGACCTTTTTAAAACGAAAAGAGAGACAAAGTCTCAGCACATTCCAAGGAGTGGTAGAAACA 2641 GAGCTGAAGGTGTCCCCATTGTAGATTAGTCTCTTCTCACTAAAATTTACTTTCCAACGTAGGGCCTAAAGGAAACCTTT 2721 CTTAAAGACAGGCTGAAACCCCTTCAAAGGCAGATGAGGAGGTACAGACACGTGACCTTTTGGTGCACACTGGAGCTACT 2801 TGGACAAGACCAGCATGCCTTGCTGCACGTGTGTGTATTTCACTGCTGAGAACATCCTTTAACTTGGTGTGCAATTTGAA 2881 AGGATGTGAATCATGGATGGAAGGCCATTTGTACATGTCCCTTGGCAAAATTCTTTCTGGTGTCTCCTAACTTCAGAGAC 2961 AGGGACTCTTTTTGGATCTCTATTGACAAGTAATAAAAGTCTGGCCCTCATAACTTGTTTCCGAACTAGAAAAGTCTGTG 3041 AGACCCCTACATCATTCTGGTTTTTTTGCTTGAGTAAGAACAATCCTTTTTTATTTTTCTTCTGTACAGTCTAAAGCTAC 3121 AGAGAAAAAAAAATGCACTCTTCCCTTGCCGGCTCCTGGTACCATTGGTCTGAACAGCTGTAGTTGGTCTACTCCTTACT 3201 TAGCACTTGATTGTGTGGGGAAACAAAGGTGGGAGGGGTGGGGAATACTGGAAATAATCAGGGCAATTTTTTTCTTTCCC 3281 ATAATTGGACTAGATACCTTGGTACTGTTGACCTTCTCAGCATCTCCCTTTTGCCTTAGATGGCAACACCCTCCAGTCTG 3361 TAGCAGAGCAGTCCAACCCAGATTAGTGCAGCCCGGAGGCTTAGGGTGCAGCCTCCCTGGTCTTCCTCCACACAGTTGTT 3441 CACCAACAGACCAGACCTCCTTTAACCACAGTGTCAACATAGTATCGGAAAGAGAGCCATTTCTTAGGGGAATAAAACAG 3521 TTTCGCTTCTTTAGCTCATCTGTGGTGTCAGAATCCTTGGAGCTGAAGAGAGAAATCAAAAGAGCATGATGATGGCTGCC 3601 TGGTTTCAGGTGGAACTTAATGCATTGATCTTTAGAAGCTCCTTCTGTTGGAAGTTGAGTACCTGTGATCTAAAATGTCC 3681 TGGAGGCAGATGACATCTAAAATATGTGCTTTCCAACCAGCACAGCTGGCGCTCTTAGCTCCTGATTGGTTGTGTGTTTT 3761 ATTAAGGATCAGTGCAGTTAAGTCGTATTTTAAAGTGTTACCTCCCCTCCTAACCCTTCCCCTTCTTGGACACTGAAGGA 3841 AAAGGCCAACTAGGGTGTTAGCCCTCTGGGCACCAAGGAAACTAACAGCTTTCTCAAAGCGGTGACCACTCAGGCCAGCC 3921 CAGACAAATCTGAGGGATGGCCAGTGCACTCCAATGATGGGACAGGCCTAACAACACATGTAAGCTTCCCCGAGAGCTTT 4001 CAGCTGGTTCACCTCTTTGTTCTCTAGACTCTTAAGTACTGACTGCTTTGACTTTTGTGATTATGTTATGGTGATGTGTA 4081 GTCAGTGTACCAATATGTTCACAACCTAGGATCATGATAATGGAGTGTGTTTTGGGTTTTTTTTAACTGTTCAGAAAAAA 4161 AGTAAATTACAAATATAAGATTAAAGTGAATTTTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | LCL-BAC | ||||||
Disease | MIMAT0026621 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1020023. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
... - Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al., 2012, PLoS pathogens. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al. - PLoS pathogens, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus linked to a number of B cell cancers and lymphoproliferative disorders. During latent infection, EBV expresses 25 viral pre-microRNAs (miRNAs) and induces the expression of specific host miRNAs, such as miR-155 and miR-21, which potentially play a role in viral oncogenesis. To date, only a limited number of EBV miRNA targets have been identified; thus, the role of EBV miRNAs in viral pathogenesis and/or lymphomagenesis is not well defined. Here, we used photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) combined with deep sequencing and computational analysis to comprehensively examine the viral and cellular miRNA targetome in EBV strain B95-8-infected lymphoblastoid cell lines (LCLs). We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs. 24 PAR-CLIP-identified miRNA:3'UTR interactions were confirmed by reporter assays. Our results reveal that EBV miRNAs predominantly target cellular transcripts during latent infection, thereby manipulating the host environment. Furthermore, targets of EBV miRNAs are involved in multiple cellular processes that are directly relevant to viral infection, including innate immunity, cell survival, and cell proliferation. Finally, we present evidence that myc-regulated host miRNAs from the miR-17/92 cluster can regulate latent viral gene expression. This comprehensive survey of the miRNA targetome in EBV-infected B cells represents a key step towards defining the functions of EBV-encoded miRNAs, and potentially, identifying novel therapeutic targets for EBV-associated malignancies.
LinkOut: [PMID: 22291592]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1020023 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL-BAC / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000370187.3 | 3UTR | UUGGGCCUCCUGCCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
100 hsa-miR-605-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT061339 | WEE1 | WEE1 G2 checkpoint kinase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT061584 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT076140 | WDR81 | WD repeat domain 81 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT079361 | CCDC137 | coiled-coil domain containing 137 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT079547 | VAMP3 | vesicle associated membrane protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT096242 | CANX | calnexin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT243877 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT249186 | AKIRIN1 | akirin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT273604 | SP1 | Sp1 transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT316766 | FOXC1 | forkhead box C1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT322410 | PPP2R2A | protein phosphatase 2 regulatory subunit Balpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT370117 | TRIB3 | tribbles pseudokinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT392725 | UBN2 | ubinuclein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT406910 | PTBP1 | polypyrimidine tract binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT407440 | CTDSP1 | CTD small phosphatase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441887 | RD3 | retinal degeneration 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT444979 | C15orf52 | chromosome 15 open reading frame 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445241 | FOXD4 | forkhead box D4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445500 | FOXD4L5 | forkhead box D4 like 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445503 | FOXD4L4 | forkhead box D4 like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447025 | FOXD4L1 | forkhead box D4 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447743 | TMCC3 | transmembrane and coiled-coil domain family 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT448761 | HDX | highly divergent homeobox | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450003 | HAX1 | HCLS1 associated protein X-1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452830 | FAM131B | family with sequence similarity 131 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452872 | LAX1 | lymphocyte transmembrane adaptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453506 | ARRB1 | arrestin beta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454169 | HIST1H2BK | histone cluster 1 H2B family member k | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458742 | CES2 | carboxylesterase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459166 | HSPA6 | heat shock protein family A (Hsp70) member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 21 | ||||||
MIRT460246 | IL17RB | interleukin 17 receptor B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT460514 | SDE2 | SDE2 telomere maintenance homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460698 | RNF157 | ring finger protein 157 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461481 | METTL1 | methyltransferase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462617 | C20orf27 | chromosome 20 open reading frame 27 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT463233 | ZNF131 | zinc finger protein 131 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465699 | TNPO2 | transportin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT466304 | TIMM22 | translocase of inner mitochondrial membrane 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468957 | RPS14 | ribosomal protein S14 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT469571 | RARA | retinoic acid receptor alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469685 | RAB5B | RAB5B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470800 | PMP22 | peripheral myelin protein 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471649 | PANK2 | pantothenate kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT471722 | OTUB1 | OTU deubiquitinase, ubiquitin aldehyde binding 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472281 | NFIB | nuclear factor I B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT473680 | MAPKBP1 | mitogen-activated protein kinase binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475859 | H6PD | hexose-6-phosphate dehydrogenase/glucose 1-dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477326 | EPHA2 | EPH receptor A2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477831 | DYRK3 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478572 | CTNND1 | catenin delta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT479634 | CD81 | CD81 molecule | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT481950 | ANKRD11 | ankyrin repeat domain 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483696 | ZNF74 | zinc finger protein 74 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT488798 | MALT1 | MALT1 paracaspase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489066 | STARD3 | StAR related lipid transfer domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492533 | PSMD11 | proteasome 26S subunit, non-ATPase 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492857 | NRARP | NOTCH regulated ankyrin repeat protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496793 | BTRC | beta-transducin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500122 | ZNF106 | zinc finger protein 106 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT505359 | TMEM167A | transmembrane protein 167A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT506786 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT510692 | SRM | spermidine synthase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT515841 | CEP104 | centrosomal protein 104 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT516448 | ADAMTS4 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT528855 | PKP1 | plakophilin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533848 | TET3 | tet methylcytosine dioxygenase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT539025 | ATXN7L1 | ataxin 7 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT542872 | NR6A1 | nuclear receptor subfamily 6 group A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546543 | SATB2 | SATB homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT554114 | SMARCE1 | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily e, member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560569 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560796 | EPM2AIP1 | EPM2A interacting protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT562836 | GCFC2 | GC-rich sequence DNA-binding factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563109 | IFRD2 | interferon related developmental regulator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564177 | MRPL49 | mitochondrial ribosomal protein L49 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564283 | ASB1 | ankyrin repeat and SOCS box containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564350 | USP22 | ubiquitin specific peptidase 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565279 | TNFRSF21 | TNF receptor superfamily member 21 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565338 | TMEM104 | transmembrane protein 104 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565905 | SCAMP2 | secretory carrier membrane protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567108 | ITGB1 | integrin subunit beta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567601 | FANCF | Fanconi anemia complementation group F | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567779 | DGAT2 | diacylglycerol O-acyltransferase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568075 | CENPQ | centromere protein Q | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624304 | COL12A1 | collagen type XII alpha 1 chain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644395 | CDKL1 | cyclin dependent kinase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT661547 | ZNF674 | zinc finger protein 674 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT670949 | IRAK3 | interleukin 1 receptor associated kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672951 | AKAP5 | A-kinase anchoring protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT697426 | ZFP36 | ZFP36 ring finger protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700793 | PIAS2 | protein inhibitor of activated STAT 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702657 | ITGA3 | integrin subunit alpha 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT708945 | FZR1 | fizzy and cell division cycle 20 related 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT713657 | PLCE1 | phospholipase C epsilon 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT719239 | CYSLTR2 | cysteinyl leukotriene receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT719951 | BLOC1S6 | biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722048 | HLA-E | major histocompatibility complex, class I, E | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722201 | URM1 | ubiquitin related modifier 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT724790 | C1D | C1D nuclear receptor corepressor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT734347 | CYP2B6 | cytochrome P450 family 2 subfamily B member 6 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 0 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|