pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-500b |
Genomic Coordinates | chrX: 50010672 - 50010750 |
Description | Homo sapiens miR-500b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-500b-3p | ||||||
Sequence | 51| GCACCCAGGCAAGGAUUCUG |70 | ||||||
Evidence | Experimental | ||||||
Experiments | Illumina | ||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | CLMN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | calmin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_024734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CLMN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CLMN (miRNA target sites are highlighted) |
>CLMN|NM_024734|3'UTR 1 TACGTGTGTCTGGATAATAAAAAAGACAGGACCCTGACCAGGGGCGGGGTTACTTCATTTTATTTTGGGTTCTGGGTGGG 81 GCACTTCTACAGACAGTTGAGGACCTCCGAGGAAACTTAGACCCCCTTTCTCGCTATTGTGGTTTTTTTTTTTTTTTCAG 161 GTTTCCTTTTTTTTCTGGACAACCTGAGCATGCTTTTTTCTTTGGCTGTGTACTCAAAACTCAGGCATGCAGCTGGATCC 241 GTAGGTGGGGTTTTGTCCTTGTGTGCCTTGCTGGGTTGGATAGGGAGCATTGTTAGTGATCATTAGCCCGCCTGGATCTT 321 AGCACACCCCACATTGCAGGTTCACACGCTGGATGAACTTGAGTTTCTTACCTCTCAGATGAAGGGCTGCTTAATGAGAA 401 AGAGGGTGGGCACCCCAGGCCAAGCCCCAGCTGGGGAGAGAGCTGCCACGTTTTCCTCCAAGCGTGGGTGTTTGAGAGAA 481 GGTGCTGGGGTCCATGCACCTGTCGCAGTCCGGTAACTGGTTGCATTCACTAGGGGAAATCCGAGCAGCCAGCTCTGTGT 561 AAGCACATCCAGGAATGGCAGAATCCAGGGAGGAAGGTGAAAGCTGTGTTGAGAGCCACTGTGTGCTCTTTTTCACCCTG 641 TTTTTTTTGTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTGAGGGGAGATAACACTTGAAATTCAGTTTTCCATTGATTGGATTG 721 AGATAGAACCATGATTTTCAAACCAGATCGCCAGGGCCCAGCAGGGCCATATAAAAGCCATGAGGAGTGGCTGGGCTGGA 801 ATCAGCTCCCAGCAGTGCTGGAGCTGGGTGGTGGGGTAGCTTCCTGCCCACTAAAGCTTTGGTGCACACCTCCCTCAGAA 881 TGCATGTCTTGGAACGGGCATTCTTTGTGGTCACTTGTAATGGGTTTCTTGAAGAGGCTTTCTGGACAGCACTCCGGGAG 961 CAGGCCAGCACAGGAGGTTTGTGAAAGAAGAGAGGCATCTCTAGCACCCCTGCCCCCAGTCTTCCTCAGCCCCAGGCTCC 1041 CTCTGCTCTCTCCTCCCTGCCAAGACTCAGGTCCGTGGTGAGTCTCTGCATTGGTTCCTCCTCCCCTTGCTCTCCCCTTC 1121 AGAAAGCATGTACCAGGCAACCCTTATAAAATCACAAATGAGTCAGGAGGGGACTCAGTGAGCATCTTGTCTAGCTGGAC 1201 CCAGAGAGACAGAGCAGCTTGACCAAGATCATATAGCCGACCAGGGGCAGACTTGCAGTGAGCACACAGGCACCTGATGC 1281 CCTGTCCAGAGCTGTCACCCCTTGTAGGAAACTTCCACTGGGCACACCAATGTCCTGAGAAAAAGATAAAATGACTAGAT 1361 TAAAATGTCCACATTCAAGCAAAACCAAAAAGTTTAGACCAACTATCGACATTTGTTTTGTTCTTGTATTTTTCCCATGA 1441 GGAATTCTTACTCACCTTCAAGCTCATCCCCAATTCCTTCTGAAATACCCTTGACAGCTGCAACAGCTTGTCATTTGACA 1521 TACCAGCGTCGCTCTTACTCCAGGAATCACGTTTCTTTCTTTGCTAGCCAAGGACTTGCTCATTTCAAGCAGTGGGTTTC 1601 AAGTTTACAGAATTCCAGCATGGCCAGAAGAATTTACATAGCACATCTGAGTCGATGACAGCCAAAATCTGGCCTCTAAA 1681 CCAGTCTGATTATAGTCTGTCTCCCCTCCTGAAAGAATTTCAGCCTTCCAACCAGAAAGCTGCTGGGAGCTTGGAGTGAT 1761 TCCATCTGGAAGGCCAAGAGCCCCATGGAAAATGAGCTAATTAATGAGCTCCCTGGCATCAATGAAAGCTCAAAGGTACA 1841 GATAATAAAGATTATGTGATAGTTTATAACTCTGGGCACCATGCAGTCCTTGCCTAAATTAGATGCTCGAAGAGCCTGGG 1921 AAGAGCCAACCCAAATGTGAATCATTTCATTTTATGGGTCTAGACCTTGTTCAGAAAAACCTCTGCAAGATACTTCTCTC 2001 ACCTATTACAACTTGTAATATTGTTTAAAACATCTACTGGCAAGATGCCTGAAAGTCATTTGGTTCAGGTTGGCAGTCAA 2081 CTGATATTTTGCAAAGGAAAAAAAAATCTCATTTGAGTATAGGCTTCTATGGAAGAAGCTGGATATAGAAAATGGATGTG 2161 GAAGTCTGCAGGACAAACCACCCCATTGCTTGTAAATTTTTTTTAAATTAAAAGAAATACAATAAGGCTTTTAACAAGAA 2241 CTAGCAGTCCCCTAAGTCTCGCTGCTTAGAAGTAACCACTTTCAACTCTCTTATGTTTGCATTTCTACATAACGTGCTTA 2321 CACTTTATTTTTTAATTTAGAAACATCTACTGGCTTGCTGTCACAGTAGAGGAGGATTTCACTCTTACCATACCGTGCTT 2401 TGGTTTTCCAGTATAGCTAGATCACATCATTTAGTACATTTCTATTAGGTGTTGACATTACCTGGAGCACTTAAGGATTG 2481 TTGACTCCCAAGCCCAGCAGTGTGTTATGGTTACATGTCCTTTCTCCTCCAAATGTCCCCATTAATTTGCTATTCTCTCT 2561 CTTTACTTTTTTTTTTTTTTTGGTGTGGCACATTCTTTAATAACTTCCTGAGGAAGAGAACATGGGAAGTAAATATGGTT 2641 GTAAATATTTTGAGATTTTTGCATGACTTAAGATGTCTGTATTCTGCCCTTAACAGAAATGTGGCTGAGCATAGAATGAC 2721 AGGTGGAAAATAATACCCTCCCCTAGCCCCTCCCAAGCGTGCTGGTTGAGATTTCTGATGCCATTCTGATTCCCGTACCT 2801 TTATATGTGACTTAGGTTTTTTTATCCACCCTTCCTGGAAACATTTAAGATCTCTTTATTCTTGGTGTTCTGAACTGTCA 2881 TGATGGTGTTGTATCCCGGGTGTTAAACCTTGTGCTGGGCCTTCATGGGAAATTTCTTAAATTTTCTTGTGATTATTTAC 2961 ATTCTTTCTTTCTGGACCACCTATTATTTCAATGTTGGACCCTCCCCTACACCCAGGCTGATGCTCTAATATTTTTTATC 3041 TTTTCTATTTTTCGTCTATGTTTCTGATCTGCTTTCAGGAAGAATTATTCATTTTTATCTTCCCAATCTGAATGTTTTAT 3121 TGAATTTTTATTTTCCAAGTTAATAAAACCTTTGGTTATTATCCTGTCTTTGTTTTACAGTGTCCTGCTCTTGATGCGTG 3201 GATGCAGATTTTGTCTCTCTGTGGACGTTAATGATTGTGGTCTGAGGGGAAGTCTTTTCTGCTCCCTGTGTTGCCCTCAT 3281 TTTCTCTGAGTTCTCTTTATTTTGGTGGTCTCAGTCTCTATCTTTCACGTTGTGAATTTTTCTCAAATATATGGTGATCC 3361 TATGGATCTGTTCATGTTTTAAGAGTGAGGCATCCAAAAGCTGATTGGAAGTTGTGTGTGCCAACTGGTGAGCTTTTCCA 3441 CTAGGGTCACCAGGTGGGCACCTGGACTCATCATTGGAGAACACTGCCTGTCAGTATTTGCACGTGTTTTCTCTGGGGCT 3521 CATTCTGTTTCTTGAGAGATATTCCCACTACTCTCCTTCCTGGGAAACGGGCATACACAGGGCTTTTAGCCTATGCTGAG 3601 TACTCATGTGGTTTCAAAAATGGTGTCCCATCTGGGCAGAAGTCCCCATGAGCACTTGGCTTGACTGGCAAAGGACACCT 3681 TTTGCCCCTTCCTCCAGACATACCCAGCTCTGAGCTTGGACAATGCTCGAGGAACAATGAAAAGGCTAGATTTTAACTCC 3761 TAATTGCCCTCTTTAGCCAAGTGCCTCTGTGCAATGCACAACTGTAGGACCATATCCAGAGACCCTGGTCTATACTCAGT 3841 GTGCCCGAGTCCTGACCGCTGAGCAGGCAGCCTCATCACCCGTGAGTATTTAGACTTTCATTAAGTTGCTTCAACCTTTG 3921 CTGTGCCTGGTGTCCCTGAGTTGGAGCTGCTCTGATTTCTCCATGGAGTAGGAGCACAGTGGTCATCTGGCTGCATGGGA 4001 AGGACAGGGGACCTCAGAGCCAATAAATGCCCTGGTCTTCAGCCCCATGTCTCACCCCATCCCTCCTATTCCAATCCCCA 4081 AGCCTCTCCTGGAGGCCACAGGGCATCTCTGCTGACCACTCTGTGGCCTCCCCTCTGCAGGCATGTGGTTTTAGGATCCC 4161 CCTCCCTGCTCACTTTTCCATCAGTTCCATTCCTGCATAAATAGGTTGCTAGCTCTTGCTTACTGTTCTCTTCTGTATTC 4241 TGTGTTCATGGTTGTATTAATATAACTTTCATTCCTCTGCTCCTATTTTCATGGGGTTTCATGAGGGAAGAAACAGGCTC 4321 ATGTGTTCAGTATACCATCTTGATCCATAAACCCCATTTGAGTTATCTCACAGGTTGCTTAGGGGGCTTGCTGCTCTGAC 4401 TGGTTTGTGAACGTGCCCTGAGTCCAGCTGGGACTGCAGCAACATCCATCCTGTTGAGCTGTGGTCTGCTAAGTGATTTT 4481 GTGTAATGCTGTGCCAAGTGCAGGAGAGGGATACATAGCATGGCTAAGCTCTGCTTGAATGCCATGATTAGTTATTACCT 4561 TCCTTCCTTCCCCCTGGTTTTGCTGCCTATTGTCAGTAAATGATCTTAGATCTCCTGCCTCCCCAAAGATATAGTCTATG 4641 TGGTGGTCTGGGTTCTAGGTTTTCTTTACCACCCTTGCTTCACTTAAGAAACAGAAAACTGGCTAGGCACAGTAGTGGCT 4721 CACACCTATAATCCCAGCCCTTTGGGAGGCCAAGGCAGGAGGATCGCTTGAGGCCAGGAATTCAAGACCAGCCTGCACAA 4801 CATAGCAAGACTCCATCTCTACAAAAAGTTAAATTTAAATTAGTGGTGGCATACACTTATAGTCCCAGCTACTCAGGAGG 4881 ATGAGGCAGGAGAATTGTTTGAGCCCATGACTTTGAGGTTACTGTGAGCTATGATCCTGCTATTTTACTCCACCTGAGTG 4961 ACAGAGCGAGACGCTGTCTCAAAAATAAAGAAACAAGTAGTCCACACAGGTGTTTGCCAGCAAACAAACAGCGCGGATTC 5041 TCTGTTGAACGTGGCCAACATTGCCTCGTCGAAGTTTGTATCTTGCCATAGTTGATGATCAGGTGGTCGGGGCTTCCTGG 5121 TCAGACCTGACCTTTGTGGGGAGATGTTCTCCCACCAAGGCTCAGAAGCAGGACACTCTTGCTGCCCCTCGGGCAGCCAC 5201 CCAGAACATGGGCGTCTCCATTTCTGAGGTTCAGCATAGTTCCCCCCACCCTCTTCCCATGCAGTGCATGCCTGCTCTTT 5281 ATCAGGATGGAACAGAGGGAAGGCAGAGGCACTGGGGGCAGCCTGTGTTGTTGATCTCTGTAAGTCACAGACTGTTCGAA 5361 AACCTCAGGAATTATGTAAGCGTTCAGTGCCTCATTTAAGAGATGAAAAACTGAAGATTAGAAAGAGGAAACGACTAGTC 5441 GCCCTGCTAGTTGATGACCTCCAGATAGCCATCTTCATTCCCAGTTAAGTTTACTACAAAACCACAGCCTCAGCTGCTGA 5521 AGCTAACCTCCCTACCCACCATCGCTAGGGACTCAGAACACCATGGAGCTCATCTCTCCAACAAAAGTCAGAATTAGCAA 5601 GTACAGATGTGTCTTACGAAAATGTCAGAATCCATCATGGCTGCTTTGGTGAGGAGCTGTTCTCCTTCCGTGGTCATGCC 5681 ATTGGAAGGCAGTTGTATGACAAGAATGCTTTCACATGAGCTCCGATTTTCTTAACTCTCCAGAAGGACTTCAGAAGCCT 5761 CTGGAGTTTTGAGACACGGCCTCTCTCTCCCTTCTGCTTGGAGACACCTTCCTGGGGGTCTCCACTGCATTCCCCGCCGG 5841 TATTCCTCTGTGGAGCCTTGCGCCCTCAGGTCCCAGAAATGGGCTGTGTGGGAGCTTCCAGTCAGCCTGGTATCTCGGGA 5921 CCTTCTCAGCCAGGAAATGAGACTGCACAAAGCCCTGTGAGGCCCAGCTGTGTTATTTCTCCTTCCCCGACATTGCATAA 6001 TCACTGCTGACACAGCATTTGGGGAAGATTTAACGTCTTGGGCCAGCAGCTGCCATCTGGAACCATCACCACATAGCAGG 6081 TTGTTCTGTCCCATCCAACTGATGAGGGGGCTGCCCTAATGACAAGGTCCAGGACCTGGGTTGGGTGGTGGAAGGCTGGG 6161 AGCTGGAGTGGGCATTATTGTGCTTCTGTGCTGAAAATTGCTATGGCTCTTTTCCCCTAACAGCCAGCGTGGGAGAACCA 6241 AACATGAGACACAAGCATCCCCTTGAGCTCCACAGATCTTGCGCCTTGCTCTCATCAGGCATTTCCTTGGAAAACAGCAG 6321 TCAGCAGCTCATGGAAGTGAGCCCGGTGCACAGACTTTGCATGGACTTTGCACAGGTTCCATTTCCATCGTGTGCAGACA 6401 CCTGTATCTTTGGGCTCCACGTGAGCACCTGCCCTCTTCACTCTGATTTTTTTTTTAAGAGACAGCATCTTACTCTGTCA 6481 CCGAGGCTGGAGTACAGTGGTGTGATCACAGCTCACTGCAGCCTGAAACTCCTGGGCTCAGGCAATCCTCCTGCCTCAGC 6561 CTCCCAAGTAGCTGGTAGTACAGGTGCATGCCACCACGCCCACCTAATTTTTTTATCTTTTATAGATACAGGTCTCACTG 6641 TTGCTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTGGCCTACCAAAATGCTGGGATTATAGGCATG 6721 AACCACTGTGCCTGGCCTTCACTCTGATTTTTCTTAAGAGTCCTACAGGACCTTCAGGTCTTGTCACTTCTCTACCATTG 6801 TGTGTGAGACAGGGCATGGGGTGAGCTTGGTCAGGTGTGGGTCAAAAGCCTGGAGACTCAGAGCTGCTGGTTCCCCAAGA 6881 GCCCACAAAAGTTATCAGAGTTTCTGAGCTGAGTGTTCTGCAGTTGCCAGACCCCACAATGCTGGGAATACTGGCTTCTT 6961 TGTGTTTAGAACTTGTTCTGAGAACCTTGATGAGAACACATCAAGCAAGCAGTTCCTCCCAGCCAGGGCTGGAGCAACAT 7041 GCCAAAAAACATTCTTGTCTATGGGAAAAAGACAACCAGTATTTTGTACTGTTTGACCAAGTTGTTTTTAAATATACACA 7121 TGCCTCAACAATCCACGGCCTCAATCGCACTGCTAATTTGTTTAAATCCCTGACACTCAGATGTCAAGAATAGCTTCATC 7201 TAGCAGTGTTCTCTTTAAAGGAACCCTTTTTTTTGTTTTCATTTTAATCACTGCCTTCTTCTCTGGGAGGTATTGTGGGC 7281 TAGAGAAAGAAGTCAGGTTTGGGAGTCAGCCAGATTTAGATTGGAGTCCCAGCTCTGTCACCAGATCTCTGGGTGATCTT 7361 GGCAAACTAACTTCTGAGCTTCTGTGCATTATAGGCATTCAGCACATATTTGTTGGATGAAAAATACTTTTCTTGAAAGT 7441 TTATGAAGTTGTAGGATGCCCAGCAGCCCCCTTTTCTCTATTTCCTTCCTCTTGAAGCAAGCGTTGACTATACCTCTTTC 7521 CCTAACCCTTAGTGTACCATAGCTTCTTCCAACCTCTCTCCAATCCATTACTTTTTTCTGAGCTACCCTGTCTCAAATCT 7601 AACTCAGGCCTTTTTGCAAGAGGAAGTTTAAGCCATTGTTTACTCATTAACTCACTTGACCCTTAGAACAATCGTGGGAG 7681 GTGTTTATTTCGGAAAGGAAGCTAAAGCACAGGACAGAAAAATAAGGTCATAGCGTGAACTAGTAAGTAGCAGAACTGGG 7761 AACATAGGACTGTTATTTTCAAACACTCTAAACTTCACTGCAGTTGCAAATTTGCAACCAAAATGGCCGCCTTGAAAGGG 7841 TCTTTTGCAGTAAAATCTCAGTGTCCAACATCAAAGACAGTTCTTCAGGGCCTCCAATTAACTATACATCCTGCCCCCAG 7921 CTGCTCATCTCTGCACCTCTAACACGTACTTCACAGAGTAGGAAATTGGGCTTTCTCCTTCAAAAAGAAAAGTAGAGAAG 8001 GCCTGAGGGCAGTGTAATTAAAATGGAGAAGTAGAGACCACGAATTACTTGGATGAATTCATAACTGGTTGGTCTCTGAG 8081 GCAGGGATTATTATTTTTCCTGTATTTTAAGCTTAAAAGTAGTGATTTTTGCATTGTTACAAAAAACAAAATAGCAAAAT 8161 ATCATTTGATACTTGTATTCTGTTTGCAATAGCTACCACTTCCTTTAGCCCCAGCAAAAATCAATAGGTGTGTATTCTCT 8241 ACAAGCCCATGCTGTGCCAGAATGCCAGTATTGCTAAATGTCATGCAAGGATTTAGACACTTTTTTAAAGGAAACTCTGG 8321 GAGTGCCTGTTGTCTGGAGAGTTGACATTGTCCAAAGCAGGCCAACACTGGTATGGGTATGGAGAACCCACGTCCTAGCT 8401 GTGGCTCACCTGCAGATGCCTTGAATTTACCTCTCTGGGTTGGAAGTGGGAAGACTTCTTTTAAAAGTCCTTTCTAAGTT 8481 TAAAAATCCAAAGGTTACGAAGGTAGTTTTTATTTATCTCAATAAGTGGCCTATTTGCTTAAAGCAAGTGTACCTCTGTA 8561 TATCAGCCCAAAGCTTAGGGCAGTGCTTCTTGGCTTTAGTATCTGAGAAAGGTGCCTTTGGGAAGAGTTTGGTCAGACAG 8641 AAGGTAGTCTGAATCTTAAAGGTTTCAGATGAATGTTTGAAGTAGAACCTGGGAAATCTGCTTCCTAGGGCTGTTAGAAG 8721 GAAATTGGTCTCCTTAAATTACGTCAGCATCTGAGGCAGTTTCCTAAGGGAATTTCTTTTAAATTCAAAAGTTCAACTGC 8801 AGGAATAAATAGCTGTACAGGACTAGATCTTCCCATCCCTCATCTTTTCCCCTTCCCCGAGTAACGACTCAAAAAGGCTT 8881 CTGAAATTCTACTCAGAATCGGAGCCGTTTGCATTCCAACAAGGATCCCTTAAGCCAAATGCTGGTGTGTTTGTGTAGAA 8961 TGTCCCTGGGGTAGGGGCGGTAGCTGTGGGGAGGGAATGTGGTGCAGGGGACACCTGCCCTCTGCCCTTGAAATTGCACC 9041 ATAAGATGCTGCCTATGTCACTCACAGTGGTGCTGATACTATCCGCCAAAGACAAATTGTGAACACGGAAAAATGGTCGT 9121 TCCCTACTGTACATCCTCAGGACAGACTTAACTAAACTTGGAGACAGGAGATTGTTCAGACCATATTGTAGTGGGTGGTG 9201 ATCATTGTTTTATTTTGGGGGAGTCTGGTCTATTGAGCAGATTGAATGTTTCCTTATTGTGCAGGGCTTAATTGACTATG 9281 TCTGAAAGTTTTTACTGAGAGCTCTAAGAAAACTATTGAGGAAAATGAAATGTTATTTTGTAGTACAAGGATTATTTTTG 9361 TCTATTTAGGATATACATAGCTGTAGCTTTGTAAAAAAAAAGATCTTTATAAACAATATATGAATGTGCCGTCTTATTTA 9441 TTGATTACTGTAAATTAAGATATAAATGGCTATTTGAATAATTTATACCTGTGGGAATTAACTGGAGTATTTGTTATTTG 9521 ACTGTTTTCTATTAAGGAATATTAGGCTTGGTGCTATGATGAATGATCTTGTAAAATCATGTGTATTCTTAAGAAAATTT 9601 TTGAATATAAATTTCTTGAACTGAC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | LCL-BAC | ||||||
Disease | MIMAT0027032 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1020023. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
... - Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al., 2012, PLoS pathogens. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al. - PLoS pathogens, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus linked to a number of B cell cancers and lymphoproliferative disorders. During latent infection, EBV expresses 25 viral pre-microRNAs (miRNAs) and induces the expression of specific host miRNAs, such as miR-155 and miR-21, which potentially play a role in viral oncogenesis. To date, only a limited number of EBV miRNA targets have been identified; thus, the role of EBV miRNAs in viral pathogenesis and/or lymphomagenesis is not well defined. Here, we used photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) combined with deep sequencing and computational analysis to comprehensively examine the viral and cellular miRNA targetome in EBV strain B95-8-infected lymphoblastoid cell lines (LCLs). We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs. 24 PAR-CLIP-identified miRNA:3'UTR interactions were confirmed by reporter assays. Our results reveal that EBV miRNAs predominantly target cellular transcripts during latent infection, thereby manipulating the host environment. Furthermore, targets of EBV miRNAs are involved in multiple cellular processes that are directly relevant to viral infection, including innate immunity, cell survival, and cell proliferation. Finally, we present evidence that myc-regulated host miRNAs from the miR-17/92 cluster can regulate latent viral gene expression. This comprehensive survey of the miRNA targetome in EBV-infected B cells represents a key step towards defining the functions of EBV-encoded miRNAs, and potentially, identifying novel therapeutic targets for EBV-associated malignancies.
LinkOut: [PMID: 22291592]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1020023 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL-BAC / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000298912.4 | 3UTR | CUGGGUGAUCUUGGCAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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172 hsa-miR-500b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT059905 | HDGF | heparin binding growth factor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT235394 | KDELR1 | KDEL endoplasmic reticulum protein retention receptor 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442246 | PYGO1 | pygopus family PHD finger 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443591 | ZNF439 | zinc finger protein 439 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT453280 | EFTUD2 | elongation factor Tu GTP binding domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463540 | ZBTB7A | zinc finger and BTB domain containing 7A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465589 | TNRC6B | trinucleotide repeat containing 6B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469462 | REL | REL proto-oncogene, NF-kB subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485449 | KCTD15 | potassium channel tetramerization domain containing 15 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT486682 | WDR81 | WD repeat domain 81 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT489078 | POLM | DNA polymerase mu | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493734 | GREM2 | gremlin 2, DAN family BMP antagonist | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494872 | DYNLL2 | dynein light chain LC8-type 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496130 | RNF103-CHMP3 | RNF103-CHMP3 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496489 | CHMP3 | charged multivesicular body protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496924 | CLMN | calmin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497297 | TMEM119 | transmembrane protein 119 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499103 | AGRN | agrin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT508979 | CXorf38 | chromosome X open reading frame 38 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT509911 | NIPAL1 | NIPA like domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT512820 | ARRDC2 | arrestin domain containing 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT512827 | KBTBD6 | kelch repeat and BTB domain containing 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT515360 | MRPL52 | mitochondrial ribosomal protein L52 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516610 | TRIM58 | tripartite motif containing 58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT517053 | TLDC1 | TBC/LysM-associated domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT517637 | ZNF491 | zinc finger protein 491 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518270 | LEAP2 | liver enriched antimicrobial peptide 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518625 | STAR | steroidogenic acute regulatory protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518887 | N4BP2L2 | NEDD4 binding protein 2 like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT519026 | PAICS | phosphoribosylaminoimidazole carboxylase and phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT520365 | UBE2G2 | ubiquitin conjugating enzyme E2 G2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT521106 | SLC1A5 | solute carrier family 1 member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT521943 | PHC3 | polyhomeotic homolog 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522253 | NPEPPS | aminopeptidase puromycin sensitive | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522853 | KIAA1551 | KIAA1551 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522868 | KIAA1549 | KIAA1549 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT524207 | DDX19B | DEAD-box helicase 19B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526004 | ARHGAP27 | Rho GTPase activating protein 27 | 2 | 2 | ||||||||