pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3670-1 |
Genomic Coordinates | chr16: 14907717 - 14907781 |
Description | Homo sapiens miR-3670-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-3670-2 |
Genomic Coordinates | chr16: 16306370 - 16306434 |
Description | Homo sapiens miR-3670-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-3670-3 |
Genomic Coordinates | chr16: 18405698 - 18405762 |
Description | Homo sapiens miR-3670-3 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-3670-4 |
Genomic Coordinates | chr16: 18488301 - 18488365 |
Description | Homo sapiens miR-3670-4 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |
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Mature miRNA | hsa-miR-3670 |
Sequence | 40| AGAGCUCACAGCUGUCCUUCUCUA |63 |
Evidence | Experimental |
Experiments | Illumina |
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZBTB40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ZNF923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger and BTB domain containing 40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001083621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_014870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZBTB40 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZBTB40 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZBTB40|NM_001083621|3'UTR 1 GCAGCCTTTCATCCGGCAGAGCCTTCCTGCGTTTGCAGCAGAGAGGAGGCCCCACAGCTTGCCCTTTGCCCTCCATCCCT 81 GGCTGTCCTGAGTGGTGAGCATCTTAGCTTAGCACCAACCAACACAGTCTCACCTAGAAAACAGATGGAAGCTTCGTTGT 161 TCTCATAGAACCAACAGCATCTGAGCCCTCAACACCAACAGCACCATCCTCTGTAGCAGACAGGCCTCCCTCCCCACAGG 241 CCCGCTGCTGCGGCCTCTATGACACTGTCCATCCCCAAGTGACATGTGGCTTCAGAAGTAGAGTCTGAAAGAGCAGTGGG 321 ATGGGAGCTGGTGACCAGGGTACCCCAGGAGGCATGATGTGCCGACAGCGCTCAGTGGGCAGAATGGCAGTTAGATATGG 401 GACTTGGCCCACAGTGGGGGCTGCAAATGCTGCCACTGCCTCTGGCCATTTAAAGTGAGAGGGGCACCAACAGACAATTC 481 GGGGACCTTAGGCCCCTTCCTGAGGCACACTTGGCCCCTTCCTCGGTCCTATCATCCTACCCTCTGCTGGGGTTCCCCCT 561 CCACCCAGTGGCCACGCCCAGCACCCTATTGATGGCTATAGGACAGGTAGCCCTCATTTCCATGCCTGATAACCCCTTGT 641 CAGTTGTCAGCTCTTCCCAAAACAAAGCTCTGGAGTTTCTGCTGGAAGTGTTTAATGTGAGGCATCAGCTGCTAGACAGT 721 GTCTGCCTTTCCAGGACATTCTTCTTGGTATTCCTTACCTGAAGCCTGGTTCCCACAGCTCTTCCGTGTCATCTTCATCC 801 CCTTCCTTTAATCAAAGGCTGAAATCTCTGCCTGACCTGGCAGCCTGGCTCCCTCTGGGTCATATGGTGCAGACTGTGAC 881 CAGCACCAGGCAGGCAGTCCTGTCTGCGTGTGGAGGAGCAGCCGTGACTGCCCGTGGCTCTGCTGCCGCCCACTCCCTGC 961 CTTGTGAGTGGCCTGCTGCCTCACCTCCCGCAGGCCGCCACACTTATTGCAGGTCAGTGATCCTTTGGAGTTTGAATTTC 1041 ACAAAGCTTTTTTTATCTTCAGTTCCTAAAATATAATCTGATAATTAATGGTTTGTGGAATCCATTATGAAGTGCAATTA 1121 GATAGATGTAGGTTCCTGCCGTTTGGAGAGAATGACTAGCATTTATCTTCTTTTCCTTCCATGCCAAAGGTTGGAGTCTG 1201 CTGGTGCGGTGTTTACACACCAGGCAGGGCTGTCTGCCACCTTGTGTGGCTTGACCCCCTGTGGAGGGGAGTGCCTGGTT 1281 GGATCCCACACTGGCAGAGATGGGGCCACCCCTTCCTTCCAGGCACATCTCACATTGCCATGTACAGAGGCAGGAGTCAC 1361 GTTTGGTCACCATGGAAGCTTTTATTGCTCCCACATGGTCAGGTCTCACCCTGCTTGAAGCGCAGAAGGCACAGCCTTAC 1441 TGACCAGCACGCCCACTGACTGGCATCTGCCGGCTTTGTGCAGGCAGCCCCGACGGTTTCCACAGCGAGCGCCAGCTCCG 1521 GCCAGCCTGGGACAGCTCATCCCAGCCGACTACACCTGCTTCTGGTCCTGTCCACATTTTGATACGCAGATCACTTGAGC 1601 TTGTCAATTAGGGTTCTGCCATTCTGAAATAAATGAAGTTTCTAAAGCAGAGTCGGCCTCAGAAGCCAAAAACTGACCAG 1681 AAGATGGTGCTCAAACCTTTAAGACTTCATCTCCATGTGAAGGGCTCACTGTTTCTACCAAGGCTGTGCCTGTATTAAGG 1761 CTTTTCCGTCCTGGGAACTGTCAGTCTGGGAGAGCTCTTGATCTGCAGGTGGCAAAATGGCACTGAATATCCCCTTGGCA 1841 GCAGAGAAAACCCACTGAAAGATCGTAGAGTGGCACATGCTTACAGGGCATTGGTGCCAAGTCCAGTGGATGAGAATCCA 1921 GCCCCTCACAAGCTGTGGGATGGGGCTTGGGAGTTGCAGTGAATGTCATTAAAATTTCTTCCAAAACAAAACTAGAAATA 2001 ATTGCTGAGGGCTTATAGGGAAGTGATTTAAAAAGAAAAAACAAACAACAACAAAAAAAACTCTTCGGAATAAAGAGGGC 2081 TGTAAATTTTGAATTCCAGTGTCAGATCCTTTCAAGCACTGAGAAATTCTTTCTCAGGTTTCTTTTTTTGGGGGAGACAG 2161 GGTCTTGCTCTGTCACCCAGACTGGAACACAGTGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCGGGCTCACGCAATCCTC 2241 CTGCCACAGCTTCCCAAGTAGCTGGGACCACAGGCGTGAGCCACCACTGCTGGCCAGTTTTTGTATTTTTTTTTTTTTTT 2321 GTAGAGACAGGGTCTCGCCATGTTGCCCAGGCTGGTTTAAAACTCCTGAGCTCAAGCAGTTCTCCCACCTGGGCCTCCCA 2401 AAGTGCTAGGATTACAGACATGAGCCACTACGCCTGGCCAGGTTTCTGTTGGAGACCCAGATTGTGACAAGACATTTGTT 2481 TTCTTCGGAATCACCAGATTTGCAGCTTACTGTGCCGAGAGTGGACTGGCTGCCGGGGCCCATCAGATGCCCTCTGGCCC 2561 ATGGCACACTCAGCAGAAGGCACAAACCCAGTGCTGGTTCTCATCAAGAAAGAGGGGAAGGCCCTTCCCGAGTTTACTGT 2641 CTGCTCTGAGTGGGCTCCGCACTGGCTGACTGATTTTATAGTCTTGCTCTCTAGAGAAGCCCAGGCATGGATCTTATAGG 2721 AAAACTTTCTGACTCTGCTTGGCCATTTTATCCTTTTCTCCTACTTCTGCCCAAGAGACCTGAATTGCTGCCATAGAGGA 2801 CAGTGTTTGTGTGGTCTCCTGAGTCCACATCGCTCGCTTCCATGGGGTCCCGGTGTTGTTTTTGCCTCGTTCCCCATAGG 2881 CTGCTGCCCTTATGGCCTCTGGACTGAACTCTGGGGCCTTTGGGGTGGTGTGAAGGAGTCTGTGGGCTTCTTGGAACACA 2961 TGGATCTGTTCGGTGGGTCCCCAGACCTCTGCTCCCAGAGCTCATGGCCCAGGTGGTGAGGAGGGAAAGGCAGTCAGATT 3041 CCAGGCTGGAGTGTGATTCTGTGGGAATACTGGGGTCAGTTATGGAACAGGACTTGCCCATCATAGGTAAGTGAGACAGC 3121 AAATAGATGATTCAAGAGCAAGGATTACTGCGGGAAGGTGAGACTCCTACTGTCCACGCGCATGAGCAGAACCTGGAACC 3201 AGAGGGGCAGGGACCAGGGGTCTTTACTCATTTATTTTATGGGTAAAGAGACATGAAGAGACAGCCTCTCTCTTCTGTCT 3281 CAGAAGCTCTGTGTTTGGGAAACTTTGAGCCCAGTGAGTAGCAGGGTCTGCAGTGTGAGTACCAGGTTTCCCTGGCAATC 3361 CAGGTCTCCTCTGAGGAAGCATTCTGACTTCCCACTGACCACGGAAGGCATGTCAGCTTCATGCCTCGGGCTAGAGTTCT 3441 GATAATCGGGGCTGAGGGGTGAAAAGAAATCCAGTCAGACAGACAGTGGGGAGACAGGTCCCTGCCCTTTATTTGCGGGA 3521 TCAATCAGGGACTCCCAGAAAGGAAGGAGAATGGTGAGAAGGGCCCTAAGAGTTCGTCTCTCACCTGGGGGCTGGTGACG 3601 TGGTCACCACAAGCTGAAGACAGGCTAATGGGGTGGCGGGTGTGTGTTTAAACCTCACGTGCCTGGAAGCTGCACATTGA 3681 CCAAAGGAGGGAGGGAAGTGCTAACCATGTATAGAGTGGGCAGGCGGTTCCAGGGAGACAAGCAGCATGTTATTAAATTG 3761 GGCCTAGGCAGTTGGACGATAATGGAGAAAAAGCAGGGATGCTATAATGAGTCCTCCCCAAGGGTGAGTTCAGCACCCCA 3841 GCCCTGTTCTGCTTGTATCCCAGTGATACTTGGGAGGTAGGAAGAAAATGGGAGTAAGAGAACAATTTGGGGCTGAAGGG 3921 AGTGTCAGAGGCACGTTGATCCTTGTTTTGTTGTCATGGAAACTTCGGGGCTGGTGGGACTTAGGCCAAAAGCTCAGAGG 4001 CACAGCCAAAATTTAGAAGCTTGCTACTCCTACGACTCGGCCTATAAGGAAGAGAGAAGCTGTCTGTACTTTGGGGACTA 4081 CATTGCTGAAGGAAAAAAATCACTCCCTGGCTAATTAAGATTGCTTCCAAATTGGGGGAATGTGTGTCATTTCCTTTACC 4161 AAGGCCAGTCATCCCTGCTTCCACCCATGGTCAGGACAGTCAGCCACTACGTGATGCTGTATAAATTGGATTACAAACCA 4241 TATTCTTGTTCAGCTTGCACTAATCTATATAAATAAAATATGTACTTTGAAAAAAATTAGGCTACATGAGTTTCAAATGG 4321 ACTGTGATGTTATAGACCTGCTTTCTCTTTGGTTCTGGGCCAGTGTCAGACGGGGACAGGGGTGATAGGCCTGGTGTCCT 4401 AGGGGCCATTTGTGTACCTTGAGGCCGTGTTAACATGGCCTGGGGGAAAGAAAGCTCTCCTGTCACTTGGAGTCTCATTC 4481 CTAAACCCTCCTTCCCAGGGAGCAAGTGTGGGGCAGGGTTTCAGAGCACAGGCTTTGGTGTCCAGCCTGGGTACATCCAG 4561 CTGTCCCGCTGTCTAACTGACATTGTGTGAGATGCTTACTCTCTCTGAGCTCCCTCCTCCTGGCTCCCAACTTTATTATA 4641 AAATGGGGAAAATGATTGTGCTTGCCCTACAGAATTGTAGTATGAATTAAAAGTCTGGATTTAATGTATTTAATATAGAA 4721 AATTTTAGCTTTTATTAATAAAAGTTTTTGGCATACAAGTC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | LCL35 |
Disease | MIMAT0018093 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1020022. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
... - Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al., 2012, PLoS pathogens. |
Article |
- Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al. - PLoS pathogens, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus linked to a number of B cell cancers and lymphoproliferative disorders. During latent infection, EBV expresses 25 viral pre-microRNAs (miRNAs) and induces the expression of specific host miRNAs, such as miR-155 and miR-21, which potentially play a role in viral oncogenesis. To date, only a limited number of EBV miRNA targets have been identified; thus, the role of EBV miRNAs in viral pathogenesis and/or lymphomagenesis is not well defined. Here, we used photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) combined with deep sequencing and computational analysis to comprehensively examine the viral and cellular miRNA targetome in EBV strain B95-8-infected lymphoblastoid cell lines (LCLs). We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs. 24 PAR-CLIP-identified miRNA:3'UTR interactions were confirmed by reporter assays. Our results reveal that EBV miRNAs predominantly target cellular transcripts during latent infection, thereby manipulating the host environment. Furthermore, targets of EBV miRNAs are involved in multiple cellular processes that are directly relevant to viral infection, including innate immunity, cell survival, and cell proliferation. Finally, we present evidence that myc-regulated host miRNAs from the miR-17/92 cluster can regulate latent viral gene expression. This comprehensive survey of the miRNA targetome in EBV-infected B cells represents a key step towards defining the functions of EBV-encoded miRNAs, and potentially, identifying novel therapeutic targets for EBV-associated malignancies.
LinkOut: [PMID: 22291592]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_001083621 | 3UTR | UGGAACACAUGGAUCUGUUCGGUGGGUCCCCAGACCUCUGCUCCCAGAGCUCAUGGCCCAGGUGGUGAGGAGGGAAAGGCAGUCAGAUUCCAGGCUGGAGUGUGAUUCUGUGGGAAUACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_001083621 | 3UTR | CAGACCUCUGCUCCCAGAGCUCAUGGCCCAGGUGGUGAGGAGGGAAAGGCAGUCAGAUUCCAGGCUGGAGUGUGAUUCUGUGGGAAUACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_001083621 | 3UTR | CCCAGAGCUCAUGGCCCAGGUGGUGAGGAGGGAAAGGCAGUCAGAUUCCAGGCUGGAGUGUGAUUCUGUGGGAAUACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_001083621 | 3UTR | GCUCCCAGAGCUCAUGGCCCAGGUGGUGAGGAGGGAAAGGCAGUCAGAUUCCAGGCUGGAGUGUGAUUCUGUGGGAAUACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903837 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_b |
Location of target site | NM_001083621 | 3UTR | CUGUUCGGUGGGUCCCCAGACCUCUGCUCCCAGAGCUCAUGGCCCAGGUGGUGAGGAGGGAAAGGCAGUCAGAUUCCAGGCUGGAGUGUGAUUCUGUGGGAAUACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM1020022 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL35 / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000404138.1 | 3UTR | UCAUGGCCCAGGUGGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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40 hsa-miR-3670 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT094967 | SEPT8 | septin 8 | 2 | 17 | ||||||||
MIRT115520 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT164547 | MSMO1 | methylsterol monooxygenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT246182 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT255139 | SMYD1 | SET and MYND domain containing 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT441534 | TMEM185B | transmembrane protein 185B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT444547 | UBE2D3 | ubiquitin conjugating enzyme E2 D3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449681 | CDR1 | cerebellar degeneration related protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450035 | LEPROTL1 | leptin receptor overlapping transcript like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466801 | SUPT16H | SPT16 homolog, facilitates chromatin remodeling subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468269 | SFXN1 | sideroflexin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470394 | PPP1R16B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 16B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480056 | CAND1 | cullin associated and neddylation dissociated 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480581 | BUB3 | BUB3, mitotic checkpoint protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT489189 | KIF21B | kinesin family member 21B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497178 | ZBTB40 | zinc finger and BTB domain containing 40 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527654 | CD300E | CD300e molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529853 | TMEM105 | transmembrane protein 105 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530037 | SMC1A | structural maintenance of chromosomes 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533264 | VAV3 | vav guanine nucleotide exchange factor 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT534022 | STXBP4 | syntaxin binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537345 | FKBP15 | FK506 binding protein 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556604 | LDOC1L | retrotransposon Gag like 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT559945 | TRMT112 | tRNA methyltransferase subunit 11-2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569744 | C2orf71 | chromosome 2 open reading frame 71 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570637 | KLF13 | Kruppel like factor 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573064 | TRIB1 | tribbles pseudokinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622727 | PITPNM3 | PITPNM family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626726 | TRIM65 | tripartite motif containing 65 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631824 | TMEM154 | transmembrane protein 154 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638040 | SHPK | sedoheptulokinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644096 | SIAH3 | siah E3 ubiquitin protein ligase family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652233 | TRAPPC3L | trafficking protein particle complex 3 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665387 | WIZ | widely interspaced zinc finger motifs | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703560 | FGFR1OP | FGFR1 oncogene partner | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713310 | SNRNP25 | small nuclear ribonucleoprotein U11/U12 subunit 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717645 | HLX | H2.0 like homeobox | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722259 | POLQ | DNA polymerase theta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723863 | CD209 | CD209 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724656 | PXDN | peroxidasin | 2 | 2 |