pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6511b-1 |
Genomic Coordinates | chr16: 2106669 - 2106753 |
Description | Homo sapiens miR-6511b-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-6511b-2 |
Genomic Coordinates | chr16: 15134075 - 15134145 |
Description | Homo sapiens miR-6511b-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6511b-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 53| CCUCACCACCCCUUCUGCCUGCA |75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZBTB40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ZNF923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger and BTB domain containing 40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001083621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_014870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZBTB40 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZBTB40 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZBTB40|NM_001083621|3'UTR 1 GCAGCCTTTCATCCGGCAGAGCCTTCCTGCGTTTGCAGCAGAGAGGAGGCCCCACAGCTTGCCCTTTGCCCTCCATCCCT 81 GGCTGTCCTGAGTGGTGAGCATCTTAGCTTAGCACCAACCAACACAGTCTCACCTAGAAAACAGATGGAAGCTTCGTTGT 161 TCTCATAGAACCAACAGCATCTGAGCCCTCAACACCAACAGCACCATCCTCTGTAGCAGACAGGCCTCCCTCCCCACAGG 241 CCCGCTGCTGCGGCCTCTATGACACTGTCCATCCCCAAGTGACATGTGGCTTCAGAAGTAGAGTCTGAAAGAGCAGTGGG 321 ATGGGAGCTGGTGACCAGGGTACCCCAGGAGGCATGATGTGCCGACAGCGCTCAGTGGGCAGAATGGCAGTTAGATATGG 401 GACTTGGCCCACAGTGGGGGCTGCAAATGCTGCCACTGCCTCTGGCCATTTAAAGTGAGAGGGGCACCAACAGACAATTC 481 GGGGACCTTAGGCCCCTTCCTGAGGCACACTTGGCCCCTTCCTCGGTCCTATCATCCTACCCTCTGCTGGGGTTCCCCCT 561 CCACCCAGTGGCCACGCCCAGCACCCTATTGATGGCTATAGGACAGGTAGCCCTCATTTCCATGCCTGATAACCCCTTGT 641 CAGTTGTCAGCTCTTCCCAAAACAAAGCTCTGGAGTTTCTGCTGGAAGTGTTTAATGTGAGGCATCAGCTGCTAGACAGT 721 GTCTGCCTTTCCAGGACATTCTTCTTGGTATTCCTTACCTGAAGCCTGGTTCCCACAGCTCTTCCGTGTCATCTTCATCC 801 CCTTCCTTTAATCAAAGGCTGAAATCTCTGCCTGACCTGGCAGCCTGGCTCCCTCTGGGTCATATGGTGCAGACTGTGAC 881 CAGCACCAGGCAGGCAGTCCTGTCTGCGTGTGGAGGAGCAGCCGTGACTGCCCGTGGCTCTGCTGCCGCCCACTCCCTGC 961 CTTGTGAGTGGCCTGCTGCCTCACCTCCCGCAGGCCGCCACACTTATTGCAGGTCAGTGATCCTTTGGAGTTTGAATTTC 1041 ACAAAGCTTTTTTTATCTTCAGTTCCTAAAATATAATCTGATAATTAATGGTTTGTGGAATCCATTATGAAGTGCAATTA 1121 GATAGATGTAGGTTCCTGCCGTTTGGAGAGAATGACTAGCATTTATCTTCTTTTCCTTCCATGCCAAAGGTTGGAGTCTG 1201 CTGGTGCGGTGTTTACACACCAGGCAGGGCTGTCTGCCACCTTGTGTGGCTTGACCCCCTGTGGAGGGGAGTGCCTGGTT 1281 GGATCCCACACTGGCAGAGATGGGGCCACCCCTTCCTTCCAGGCACATCTCACATTGCCATGTACAGAGGCAGGAGTCAC 1361 GTTTGGTCACCATGGAAGCTTTTATTGCTCCCACATGGTCAGGTCTCACCCTGCTTGAAGCGCAGAAGGCACAGCCTTAC 1441 TGACCAGCACGCCCACTGACTGGCATCTGCCGGCTTTGTGCAGGCAGCCCCGACGGTTTCCACAGCGAGCGCCAGCTCCG 1521 GCCAGCCTGGGACAGCTCATCCCAGCCGACTACACCTGCTTCTGGTCCTGTCCACATTTTGATACGCAGATCACTTGAGC 1601 TTGTCAATTAGGGTTCTGCCATTCTGAAATAAATGAAGTTTCTAAAGCAGAGTCGGCCTCAGAAGCCAAAAACTGACCAG 1681 AAGATGGTGCTCAAACCTTTAAGACTTCATCTCCATGTGAAGGGCTCACTGTTTCTACCAAGGCTGTGCCTGTATTAAGG 1761 CTTTTCCGTCCTGGGAACTGTCAGTCTGGGAGAGCTCTTGATCTGCAGGTGGCAAAATGGCACTGAATATCCCCTTGGCA 1841 GCAGAGAAAACCCACTGAAAGATCGTAGAGTGGCACATGCTTACAGGGCATTGGTGCCAAGTCCAGTGGATGAGAATCCA 1921 GCCCCTCACAAGCTGTGGGATGGGGCTTGGGAGTTGCAGTGAATGTCATTAAAATTTCTTCCAAAACAAAACTAGAAATA 2001 ATTGCTGAGGGCTTATAGGGAAGTGATTTAAAAAGAAAAAACAAACAACAACAAAAAAAACTCTTCGGAATAAAGAGGGC 2081 TGTAAATTTTGAATTCCAGTGTCAGATCCTTTCAAGCACTGAGAAATTCTTTCTCAGGTTTCTTTTTTTGGGGGAGACAG 2161 GGTCTTGCTCTGTCACCCAGACTGGAACACAGTGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCGGGCTCACGCAATCCTC 2241 CTGCCACAGCTTCCCAAGTAGCTGGGACCACAGGCGTGAGCCACCACTGCTGGCCAGTTTTTGTATTTTTTTTTTTTTTT 2321 GTAGAGACAGGGTCTCGCCATGTTGCCCAGGCTGGTTTAAAACTCCTGAGCTCAAGCAGTTCTCCCACCTGGGCCTCCCA 2401 AAGTGCTAGGATTACAGACATGAGCCACTACGCCTGGCCAGGTTTCTGTTGGAGACCCAGATTGTGACAAGACATTTGTT 2481 TTCTTCGGAATCACCAGATTTGCAGCTTACTGTGCCGAGAGTGGACTGGCTGCCGGGGCCCATCAGATGCCCTCTGGCCC 2561 ATGGCACACTCAGCAGAAGGCACAAACCCAGTGCTGGTTCTCATCAAGAAAGAGGGGAAGGCCCTTCCCGAGTTTACTGT 2641 CTGCTCTGAGTGGGCTCCGCACTGGCTGACTGATTTTATAGTCTTGCTCTCTAGAGAAGCCCAGGCATGGATCTTATAGG 2721 AAAACTTTCTGACTCTGCTTGGCCATTTTATCCTTTTCTCCTACTTCTGCCCAAGAGACCTGAATTGCTGCCATAGAGGA 2801 CAGTGTTTGTGTGGTCTCCTGAGTCCACATCGCTCGCTTCCATGGGGTCCCGGTGTTGTTTTTGCCTCGTTCCCCATAGG 2881 CTGCTGCCCTTATGGCCTCTGGACTGAACTCTGGGGCCTTTGGGGTGGTGTGAAGGAGTCTGTGGGCTTCTTGGAACACA 2961 TGGATCTGTTCGGTGGGTCCCCAGACCTCTGCTCCCAGAGCTCATGGCCCAGGTGGTGAGGAGGGAAAGGCAGTCAGATT 3041 CCAGGCTGGAGTGTGATTCTGTGGGAATACTGGGGTCAGTTATGGAACAGGACTTGCCCATCATAGGTAAGTGAGACAGC 3121 AAATAGATGATTCAAGAGCAAGGATTACTGCGGGAAGGTGAGACTCCTACTGTCCACGCGCATGAGCAGAACCTGGAACC 3201 AGAGGGGCAGGGACCAGGGGTCTTTACTCATTTATTTTATGGGTAAAGAGACATGAAGAGACAGCCTCTCTCTTCTGTCT 3281 CAGAAGCTCTGTGTTTGGGAAACTTTGAGCCCAGTGAGTAGCAGGGTCTGCAGTGTGAGTACCAGGTTTCCCTGGCAATC 3361 CAGGTCTCCTCTGAGGAAGCATTCTGACTTCCCACTGACCACGGAAGGCATGTCAGCTTCATGCCTCGGGCTAGAGTTCT 3441 GATAATCGGGGCTGAGGGGTGAAAAGAAATCCAGTCAGACAGACAGTGGGGAGACAGGTCCCTGCCCTTTATTTGCGGGA 3521 TCAATCAGGGACTCCCAGAAAGGAAGGAGAATGGTGAGAAGGGCCCTAAGAGTTCGTCTCTCACCTGGGGGCTGGTGACG 3601 TGGTCACCACAAGCTGAAGACAGGCTAATGGGGTGGCGGGTGTGTGTTTAAACCTCACGTGCCTGGAAGCTGCACATTGA 3681 CCAAAGGAGGGAGGGAAGTGCTAACCATGTATAGAGTGGGCAGGCGGTTCCAGGGAGACAAGCAGCATGTTATTAAATTG 3761 GGCCTAGGCAGTTGGACGATAATGGAGAAAAAGCAGGGATGCTATAATGAGTCCTCCCCAAGGGTGAGTTCAGCACCCCA 3841 GCCCTGTTCTGCTTGTATCCCAGTGATACTTGGGAGGTAGGAAGAAAATGGGAGTAAGAGAACAATTTGGGGCTGAAGGG 3921 AGTGTCAGAGGCACGTTGATCCTTGTTTTGTTGTCATGGAAACTTCGGGGCTGGTGGGACTTAGGCCAAAAGCTCAGAGG 4001 CACAGCCAAAATTTAGAAGCTTGCTACTCCTACGACTCGGCCTATAAGGAAGAGAGAAGCTGTCTGTACTTTGGGGACTA 4081 CATTGCTGAAGGAAAAAAATCACTCCCTGGCTAATTAAGATTGCTTCCAAATTGGGGGAATGTGTGTCATTTCCTTTACC 4161 AAGGCCAGTCATCCCTGCTTCCACCCATGGTCAGGACAGTCAGCCACTACGTGATGCTGTATAAATTGGATTACAAACCA 4241 TATTCTTGTTCAGCTTGCACTAATCTATATAAATAAAATATGTACTTTGAAAAAAATTAGGCTACATGAGTTTCAAATGG 4321 ACTGTGATGTTATAGACCTGCTTTCTCTTTGGTTCTGGGCCAGTGTCAGACGGGGACAGGGGTGATAGGCCTGGTGTCCT 4401 AGGGGCCATTTGTGTACCTTGAGGCCGTGTTAACATGGCCTGGGGGAAAGAAAGCTCTCCTGTCACTTGGAGTCTCATTC 4481 CTAAACCCTCCTTCCCAGGGAGCAAGTGTGGGGCAGGGTTTCAGAGCACAGGCTTTGGTGTCCAGCCTGGGTACATCCAG 4561 CTGTCCCGCTGTCTAACTGACATTGTGTGAGATGCTTACTCTCTCTGAGCTCCCTCCTCCTGGCTCCCAACTTTATTATA 4641 AAATGGGGAAAATGATTGTGCTTGCCCTACAGAATTGTAGTATGAATTAAAAGTCTGGATTTAATGTATTTAATATAGAA 4721 AATTTTAGCTTTTATTAATAAAAGTTTTTGGCATACAAGTC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | LCL35 | ||||||
Disease | MIMAT0025848 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1020022. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
... - Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al., 2012, PLoS pathogens. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al. - PLoS pathogens, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus linked to a number of B cell cancers and lymphoproliferative disorders. During latent infection, EBV expresses 25 viral pre-microRNAs (miRNAs) and induces the expression of specific host miRNAs, such as miR-155 and miR-21, which potentially play a role in viral oncogenesis. To date, only a limited number of EBV miRNA targets have been identified; thus, the role of EBV miRNAs in viral pathogenesis and/or lymphomagenesis is not well defined. Here, we used photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) combined with deep sequencing and computational analysis to comprehensively examine the viral and cellular miRNA targetome in EBV strain B95-8-infected lymphoblastoid cell lines (LCLs). We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs. 24 PAR-CLIP-identified miRNA:3'UTR interactions were confirmed by reporter assays. Our results reveal that EBV miRNAs predominantly target cellular transcripts during latent infection, thereby manipulating the host environment. Furthermore, targets of EBV miRNAs are involved in multiple cellular processes that are directly relevant to viral infection, including innate immunity, cell survival, and cell proliferation. Finally, we present evidence that myc-regulated host miRNAs from the miR-17/92 cluster can regulate latent viral gene expression. This comprehensive survey of the miRNA targetome in EBV-infected B cells represents a key step towards defining the functions of EBV-encoded miRNAs, and potentially, identifying novel therapeutic targets for EBV-associated malignancies.
LinkOut: [PMID: 22291592]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1020022 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL35 / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000404138.1 | 3UTR | UCAUGGCCCAGGUGGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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69 hsa-miR-6511b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT059269 | CELF1 | CUGBP Elav-like family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT061287 | IPO7 | importin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT115533 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT345986 | BIRC5 | baculoviral IAP repeat containing 5 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT379536 | HNRNPK | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442491 | RBBP5 | RB binding protein 5, histone lysine methyltransferase complex subunit | 2 | 8 | ||||||||
MIRT443701 | HUNK | hormonally up-regulated Neu-associated kinase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT459167 | HSPA6 | heat shock protein family A (Hsp70) member 6 | 2 | 21 | ||||||||
MIRT497179 | ZBTB40 | zinc finger and BTB domain containing 40 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497846 | GATA6 | GATA binding protein 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT519625 | ZNF781 | zinc finger protein 781 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT519838 | ZFP69B | ZFP69 zinc finger protein B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT528560 | DNAAF3 | dynein axonemal assembly factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530718 | ORMDL3 | ORMDL sphingolipid biosynthesis regulator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530810 | GPR182 | G protein-coupled receptor 182 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533265 | VAV3 | vav guanine nucleotide exchange factor 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT533726 | TMEM246 | transmembrane protein 246 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535547 | P2RY2 | purinergic receptor P2Y2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536019 | MCUR1 | mitochondrial calcium uniporter regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539494 | ACTN4 | actinin alpha 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT541793 | MGAT5 | mannosyl (alpha-1,6-)-glycoprotein beta-1,6-N-acetyl-glucosaminyltransferase | 2 | 8 | ||||||||
MIRT554509 | RUNX1T1 | RUNX1 translocation partner 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558784 | CEP55 | centrosomal protein 55 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560013 | ZNF525 | zinc finger protein 525 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560078 | ZNF195 | zinc finger protein 195 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570135 | IL1RL2 | interleukin 1 receptor like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570890 | ZNF780A | zinc finger protein 780A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607972 | SNX22 | sorting nexin 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608104 | CRISPLD2 | cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610471 | ADAMTS13 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 13 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT611134 | GGT7 | gamma-glutamyltransferase 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611448 | NRIP3 | nuclear receptor interacting protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613019 | GABPB1 | GA binding protein transcription factor beta subunit 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT615753 | C6 | complement C6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620464 | CERS6 | ceramide synthase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632248 | VPS41 | VPS41, HOPS complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636099 | ZDHHC22 | zinc finger DHHC-type containing 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637452 | ZNF324B | zinc finger protein 324B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638927 | CALCOCO2 | calcium binding and coiled-coil domain 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646768 | WDR3 | WD repeat domain 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652610 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652868 | TAB1 | TGF-beta activated kinase 1 (MAP3K7) binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653655 | SLC27A4 | solute carrier family 27 member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657089 | JMY | junction mediating and regulatory protein, p53 cofactor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657884 | GFPT1 | glutamine--fructose-6-phosphate transaminase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662919 | MED18 | mediator complex subunit 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT685622 | C12orf49 | chromosome 12 open reading frame 49 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687427 | NRIP1 | nuclear receptor interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT692304 | CNNM3 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695127 | PRY2 | PTPN13-like, Y-linked 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695144 | PRY | PTPN13-like, Y-linked | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696286 | IER3IP1 | immediate early response 3 interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699350 | SLC35E1 | solute carrier family 35 member E1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709901 | AGO1 | argonaute 1, RISC catalytic component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710877 | SLC25A42 | solute carrier family 25 member 42 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711365 | MED7 | mediator complex subunit 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711444 | FRMPD3 | FERM and PDZ domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713221 | RCAN2 | regulator of calcineurin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713281 | LAIR1 | leukocyte associated immunoglobulin like receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714195 | TRAF7 | TNF receptor associated factor 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715152 | IL12B | interleukin 12B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719197 | CASP10 | caspase 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719469 | SRF | serum response factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720197 | MPP6 | membrane palmitoylated protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720449 | SLC16A5 | solute carrier family 16 member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720461 | RAB31 | RAB31, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721646 | ZNF207 | zinc finger protein 207 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722001 | CLLU1OS | chronic lymphocytic leukemia up-regulated 1 opposite strand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725521 | FAM229B | family with sequence similarity 229 member B | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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