pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-499a |
Genomic Coordinates | chr20: 34990376 - 34990497 |
Description | Homo sapiens miR-499a stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-499a-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 70| AACAUCACAGCAAGUCUGUGCU |91 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | MAF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AYGRP, CCA4, CTRCT21, c-MAF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | MAF bZIP transcription factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001031804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_005360 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on MAF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of MAF (miRNA target sites are highlighted) |
>MAF|NM_001031804|3'UTR 1 GTCTGACACGCGATTCCAGCTAGCCACCCTGATAAGTGCTCCGCGGGGGTCCGGCTCGGGTGTGGGCTTGCTAGTTCTAG 81 AGCCATGCTCGCCACCACCTCACCACCCCCACCCCCACCGAGTTTGGCCCCCTTGGCCCCCTACACACACACAAACCCGC 161 ACGCACACACCACACACACACACACACACACACACACACCCCACACCCTGCTCGAGTTTGTGGTGGTGGTGGCTGTTTTA 241 AACTGGGGAGGGAATGGGTGTCTGGCTCATGGATTGCCAATCTGAAATTCTCCATAACTTGCTAGCTTGTTTTTTTTTTT 321 TTTTTACACCCCCCCGCCCCACCCCCGGACTTGCACAATGTTCAATGATCTCAGCAGAGTTCTTCATGTGAAACGTTGAT 401 CACCTTTGAAGCCTGCATCATTCACATATTTTTTCTTCTTCTTCCCCTTCAGTTCATGAACTGGTGTTCATTTTCTGTGT 481 GTGTGTGTGTTTTATTTTGTTTGGATTTTTTTTTTTAATTTTACTTTTAGAGCTTGCTGTGTTGCCCACCTTTTTTCCAA 561 CCTCCACCCTCACTCCTTCTCAACCCATCTCTTCCGAGATGAAAGAAAAAAAAAAGCAAAGTTTTTTTTTCTTCTCCTGA 641 GTTCTTCATGTGAGATTGAGCTTGCAAAGGAAAAAAAAATGTGAAATGTTATAGACTTGCAGCGTGCCGAGTTCCATCGG 721 GTTTTTTTTTTAGCATTGTTATGCTAAAATAGAGAAAAAAATCCTCATGAACCTTCCACAATCAAGCCTGCATCAACCTT 801 CTGGGTGTGACTTGTGAGTTTTGGCCTTGTGATGCCAAATCTGAGAGTTTAGTCTGCCATTAAAAAAACTCATTCTCATC 881 TCATGCATTATTATGCTTGCTACTTTGTCTTAGCAACAATGAACTATAACTGTTTCAAAGACTTTATGGAAAAGAGACAT 961 TATATTAATAAAAAAAAAAAGCCTGCATGCTGGACATGTATGGTATAATTATTTTTTCCTTTTTTTTTCCTTTTGGCTTG 1041 GAAATGGACGTTCGAAGACTTATAGCATGGCATTCATACTTTTGTTTTATTGCCTCATGACTTTTTTGAGTTTAGAACAA 1121 AACAGTGCAACCGTAGAGCCTTCTTCCCATGAAATTTTGCATCTGCTCCAAAACTGCTTTGAGTTACTCAGAACTTCAAC 1201 CTCCCAATGCACTGAAGGCATTCCTTGTCAAAGATACCAGAATGGGTTACACATTTAACCTGGCAAACATTGAAGAACTC 1281 TTAATGTTTTCTTTTTAATAAGAATGACGCCCCACTTTGGGGACTAAAATTGTGCTATTGCCGAGAAGCAGTCTAAAATT 1361 TATTTTTTAAAAAGAGAAACTGCCCCATTATTTTTGGTTTGTTTTATTTTTATTTTATATTTTTTGGCTTTTGGTCATTG 1441 TCAAATGTGGAATGCTCTGGGTTTCTAGTATATAATTTAATTCTAGTTTTTATAATCTGTTAGCCCAGTTAAAATGTATG 1521 CTACAGATAAAGGAATGTTATAGATAAATTTGAAAGAGTTAGGTCTGTTTAGCTGTAGATTTTTTAAACGATTGATGCAC 1601 TAAATTGTTTACTATTGTGATGTTAAGGGGGGTAGAGTTTGCAAGGGGACTGTTTAAAAAAAGTAGCTTATACAGCATGT 1681 GCTTGCAACTTAAATATAAGTTGGGTATGTGTAGTCTTTGCTATACCACTGACTGTATTGAAAACCAAAGTATTAAGAGG 1761 GGAAACGCCCCTGTTTATATCTGTAGGGGTATTTTACATTCAAAAATGTATGTTTTTTTTTCTTTTCAAAATTAAAGTAT 1841 TTGGGACTGAATTGCACTAAGATATAACCTGCAAGCATATAATACAAAAAAAAATTGCAAAACTGTTTAGAACGCTAATA 1921 AAATTTATGCAGTTATAAAAATGGCATTACTGCACAGTTTTAAGATGATGCAGATTTTTTTACAGTTGTATTGTGGTGCA 2001 GAACTGGATTTTCTGTAACTTAAAAAAAAATCCACAGTTTTAAAGGCAATAATCAGTAAATGTTATTTTCAGGGACTGAC 2081 ATCCTGTCTTTAAAAAGAAATGAAAAGTAAATCTTACCACAATAAATATAAAAAAATCTTGTCAGTTACTTTTCTTTTAC 2161 ATATTTTGCTGTGCAAAATTGTTTTATATCTTGAGTTACTAACTAACCACGCGTGTTGTTCCTATGTGCTTTTCTTTCAT 2241 TTTCAATTCTGGTTATATCAAGAAAAGAATAATCTACAATAATAAACGGCATTTTTTTTTGATTCTGTACTCAGTTTCTT 2321 AGTGTACAGTTTAACTGGGCCCAACAACCTCGTTAAAAGTGTAAAATGCATCCTTTTCTCCAGTGGAAGGATTCCTGGAG 2401 GAATAGGGAGACAGTAATTCAGGGTGAAATTATAGGCTGTTTTTTGAAGTGAGGAGGCTGGCCCCATATACTGATTAGCA 2481 ATATTTAATATAGATGTAAATTATGACCTCATTTTTTTCTCCCCAAAGTTTTCAGTTTTCAAATGAGTTGAGCCATAATT 2561 GCCCTTGGTAGGAAAAACAAAACAAAACAGTGGAACTAGGCTTCCTGAGCATGGCCCTACACTTCTGATCAGGAGCAAAG 2641 CCATCCATAGACAGAGGAGCCGGACAAATATGGCGCATCAGAGGTGGCTTGCGCACATATGCATTGAACGGTAAAGAGAA 2721 ACAGCGCTTGCCTTTTCACTAAAGTTGACTATTTTTCCTTCTTCTCTTACACACCGAGATTTTCTTGTTAGCAAGGCCTG 2801 ACAAGATTTAACATAAACATGACAAATCATAGTTGTTTGTTTTGTTTTGCTTTTCTCTTTAACACTGAAGATCATTTGTC 2881 TTAAATAGGAAAAAGAAAATCCACTCCTTACTTCCATATTTCCAAGTACATATCTGGTTTAAACTATGTTATCAAATCAT 2961 ATTTCACCGTGAATATTCAGTGGAGAACTTCTCTACCTGGATGAGCTAGTAATGATTTCAGATCATGCTATCCCCAGAAA 3041 TAAAAGCAAAAAATAATACCTGTGTGGAATATAGGCTGTGCTTTGATTTACTGGTATTTACCCCAAAATAGGCTGTGTAT 3121 GGGGGCTGACTTAAAGATCCCTTGGAAAGACTCAAAACTACCTTCACTAGTAGGACTCCTAAGCGCTGACCTATTTTTAA 3201 ATGACACAAATTCATGAAACTAATGTTACAAATTCATGCAGTTTGCACTCTTAGTCATCTTCCCCTAGCACACCAATAGA 3281 ATGTTAGACAAAGCCAGCACTGTTTTGAAAATACAGCCAAACACGATGACTTTTGTTTTGTTTTCTGCCGTTCTTAAAAG 3361 AAAAAAAGATAATATTGCAACTCTGACTGAAAGACTTATTTTTAAGAAAACAGGTTGTGTTTGGTGCTGCTAAGTTCTGG 3441 CCAGTTTATCATCTGGCCTTCCTGCCTATTTTTTACAAAACACGAAGACAGTGTGTAACCTCGACATTTTGACCTTCCTT 3521 TATGTGCTAGTTTAGACAGGCTCCTGAATCCACACTTAATTTTGCTTAACAAAAGTCTTAATAGTAAACCTCCCCTCATG 3601 AGCTTGAAGTCAAGTGTTCTTGACTTCAGATATTTCTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTCCTCATCACAACTAAGAGATACAC 3681 AAACTCTGAAGAAGCAGAAATGGAGAGAATGCTTTTAACAAAAAAGCATCTGATGAAAGATTTTAGGCAAACATTCTCAA 3761 AATAAGAGTGATATTCTGGATGTAGTTATTGCAGTTATCTCATGACAAATGAGGCCTGGATTGGAAGGAAAATATAGTTG 3841 TGTAGAATTAAGCATTTTGATAGGAATCTACAAGGTAGTTGAATATAATAAGCAGGTTTGGGCCCCCAAACTTTAGAAAA 3921 TCAAATGCAAAGGTGCTGGCAAAAATGAGGTTTGAGTGGCTGGCTGTAAGAGAAGGTTAACTCCTAGTAAAAGGCATTTT 4001 TAGAAATAACAATTACTGAAAACTTTGAAGTATAGTGGGAGTAGCAAACAAATACATGTTTTTTTTTTCTTACAAAGAAC 4081 TCCTAAATCCTGAGTAAGTGCCATTCATTACAATAAGTCTCTAAATTTAAAAAAAAAAAAATCATATGAGGAAATCTAGC 4161 TTTCCCCTTTACGCTGCGTTTGATCTTTGTCTAAATAGTGTTAAAATTCCTTTCATTCCAATTACAGAACTGAGCCCACT 4241 CGCAAGTTGGAGCCATCAGTGGGATACGCCACATTTTGGAAGCCCCAGCATCGTGTACTTACCAGTGTGTTCACAAAATG 4321 AAATTTGTGTGAGAGCTGTACATTAAAAAAAATCATCATTATTATTATTATTTGCAGTCATGGAGAACCACCTACCCCTG 4401 ACTTCTGTTTAGTCTCCTTTTTAAATAAAAATTACTGTGTTAGAGAAGAAGGCTATTAAATGTAGTAGTTAACTATGCCT 4481 CTTGTCTGGGGGTTTCATAGAGACCGGTAGGAAAGCGCACTCCTGCTTTTCGATTTATGGTGTGTGCAAGTAAACAGGTG 4561 CATTGCTTTCAACCTGCCATACTAGTTTTAAAAATTCACTGAAATTACAAAGATACATATATATGCATATATATAATGGA 4641 AAGTTTCCCGGAATGCAACAATTAGCATTTTAAAATCATATATAGGCATGCACATTCTAAATAGTACTTTTTCATGCTTC 4721 ATTGTTTCTCTGGCAGATAATTTTACTAAGAAGAAAAATAGATATTCGACTCCCCTTCCCTAAACAAATCCACGGGCAGA 4801 GGCTCCAGCGGAGCCGAGCCCCCTGGTTTTCTCGTAGGCCCTAGACGGTGTTGCATTTATCAGTGATGTCAAACGTGCTC 4881 ATTTGTCAGACATAGCTGTAAATGAAAACAATGTGTGGCAAAATACAAAGTTAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | LCL35 | ||||||
Disease | MIMAT0004772 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1020022. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
... - Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al., 2012, PLoS pathogens. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al. - PLoS pathogens, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus linked to a number of B cell cancers and lymphoproliferative disorders. During latent infection, EBV expresses 25 viral pre-microRNAs (miRNAs) and induces the expression of specific host miRNAs, such as miR-155 and miR-21, which potentially play a role in viral oncogenesis. To date, only a limited number of EBV miRNA targets have been identified; thus, the role of EBV miRNAs in viral pathogenesis and/or lymphomagenesis is not well defined. Here, we used photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) combined with deep sequencing and computational analysis to comprehensively examine the viral and cellular miRNA targetome in EBV strain B95-8-infected lymphoblastoid cell lines (LCLs). We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs. 24 PAR-CLIP-identified miRNA:3'UTR interactions were confirmed by reporter assays. Our results reveal that EBV miRNAs predominantly target cellular transcripts during latent infection, thereby manipulating the host environment. Furthermore, targets of EBV miRNAs are involved in multiple cellular processes that are directly relevant to viral infection, including innate immunity, cell survival, and cell proliferation. Finally, we present evidence that myc-regulated host miRNAs from the miR-17/92 cluster can regulate latent viral gene expression. This comprehensive survey of the miRNA targetome in EBV-infected B cells represents a key step towards defining the functions of EBV-encoded miRNAs, and potentially, identifying novel therapeutic targets for EBV-associated malignancies.
LinkOut: [PMID: 22291592]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903826 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / PID21_NS |
Location of target site | NM_005360 | 3UTR | GUUGCAUUUAUCAGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161237 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1020022 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL35 / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000393350.1 | 3UTR | UUAAGGGGGGUAGAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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59 hsa-miR-499a-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT130131 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT133678 | ETNK1 | ethanolamine kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT252103 | NAPG | NSF attachment protein gamma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT260160 | IGFBP4 | insulin like growth factor binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT388009 | DR1 | down-regulator of transcription 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441692 | ABLIM1 | actin binding LIM protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT447799 | EPC2 | enhancer of polycomb homolog 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450657 | STYX | serine/threonine/tyrosine interacting protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT456843 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464134 | VPS35 | VPS35, retromer complex component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465101 | TSC22D3 | TSC22 domain family member 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT470051 | PTGFRN | prostaglandin F2 receptor inhibitor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474146 | LIMA1 | LIM domain and actin binding 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT474153 | LIFR | LIF receptor alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485327 | MYO1D | myosin ID | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496403 | ZSCAN16 | zinc finger and SCAN domain containing 16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497280 | MAF | MAF bZIP transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT500970 | SPTSSA | serine palmitoyltransferase small subunit A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501536 | POM121C | POM121 transmembrane nucleoporin C | 2 | 6 | ||||||||
MIRT505174 | WDR76 | WD repeat domain 76 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT505203 | UQCRB | ubiquinol-cytochrome c reductase binding protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT506745 | LIN54 | lin-54 DREAM MuvB core complex component | 2 | 4 | ||||||||
MIRT506799 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT525718 | DCAF12L2 | DDB1 and CUL4 associated factor 12 like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530014 | SRRM1 | serine and arginine repetitive matrix 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531457 | PROSER2 | proline and serine rich 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532272 | CD93 | CD93 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538715 | CAPRIN2 | caprin family member 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT547356 | NAT8L | N-acetyltransferase 8 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551468 | TRIM59 | tripartite motif containing 59 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555444 | NT5C3A | 5'-nucleotidase, cytosolic IIIA | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555674 | PGAM4 | phosphoglycerate mutase family member 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT557816 | FOXO1 | forkhead box O1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557853 | FIGN | fidgetin, microtubule severing factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557880 | FEM1B | fem-1 homolog B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT562299 | GLO1 | glyoxalase I | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563245 | QRFPR | pyroglutamylated RFamide peptide receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565571 | SLC7A2 | solute carrier family 7 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566214 | PTMA | prothymosin, alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575544 | Map4 | microtubule-associated protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609316 | FXYD6 | FXYD domain containing ion transport regulator 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609362 | ACOT2 | acyl-CoA thioesterase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611163 | BTLA | B and T lymphocyte associated | 2 | 4 | ||||||||
MIRT611749 | CACNA1B | calcium voltage-gated channel subunit alpha1 B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615019 | ELK4 | ELK4, ETS transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623317 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624550 | BMPR1A | bone morphogenetic protein receptor type 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT633934 | DNAH9 | dynein axonemal heavy chain 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635691 | BMP10 | bone morphogenetic protein 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646438 | DNAH8 | dynein axonemal heavy chain 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651940 | UBN1 | ubinuclein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663605 | TBC1D22A | TBC1 domain family member 22A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689759 | PRR13 | proline rich 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT691916 | SRXN1 | sulfiredoxin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698678 | TEF | TEF, PAR bZIP transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700924 | PDS5A | PDS5 cohesin associated factor A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707970 | PDE12 | phosphodiesterase 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715290 | CSTF1 | cleavage stimulation factor subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722414 | RARS2 | arginyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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