pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-873 |
Genomic Coordinates | chr9: 28888879 - 28888955 |
Synonyms | MIRN873, hsa-mir-873, MIR873 |
Description | Homo sapiens miR-873 stem-loop |
Comment | This sequence was identified as a miRNA candidate by Berezikov et al. using RAKE and MPSS techniques . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-873-3p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 46| GGAGACUGAUGAGUUCCCGGGA |67 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | ||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TMEM245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C9orf5, CG-2, CG2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | transmembrane protein 245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_032012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TMEM245 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TMEM245 (miRNA target sites are highlighted) |
>TMEM245|NM_032012|3'UTR 1 TGTGGTTTCCTCTGCAGTGATTTTTCTAGGAAGTTCAAATTTGACAGCGAGTTCAGCTCAGCTGTGGCCCTCTGCCCTTC 81 CAGCTGTGCCTAGCAAGCAAAACCCAGGAAAGAAGCAGAAGCCTCCTGGCCTTACATACAGAATGCCTGGACAAGAGAGA 161 ACTTGCTGCGGGCTGCTTTGTATTTTAAAACACAGCTTGAGAGTTCAGAGTTGGTGGTTTGCTCACTTAACTGTTGTTAA 241 GATGGCTTGAAAAGTTTCATTTTATACACTGGTACCCTGGCTTGAAATTTTTCCACTTTGGTTATCTATGTTACTATATT 321 ATATATTTATAAAGTTATTTTAAGAACTCTAAACTACCTGCTGTTAAAAGAATAGATGGTGTAATTTTTTCCTGGTTTAA 401 GAAATGTATTGTTAAACTTTTCTAAGACAGTCACTTTTCAAGGAAGAGGGCTTTCACTTTTGAGTGTGTAGTTGAGTGAG 481 CAGGAAAAATGAATCTTCTACCCTTCTCCCACAATGTATTATACGCTCTTTAAGAAATAATAAATCATAAGTATAAGGGT 561 GGGGTGGCTTATTTGATGTTCAGTTTTATATTATAACCCTGGGAGATACAAAGACTGAAGCTCTTCCTCCTCTTCCTTTT 641 CTCTTCACGCTTCTTTACACTATTGCCAAATTATAAAACTTGGCTGACCACGTTGAAGTGAAATACTTATTAAGCTGCTA 721 TGAATGGTAACAGTATGATAAAATTCATGCTGTTATTAGGTTTTCTCCTTCCAGGTGGTTGAAGTGAAAAATCTCAGGTG 801 TAGCAATACTCTGATTTGTTAAATGTATCCGTTTCATTATTTGGAACTCTGCCAATAAGTTAGTTTTCAGCAGAATTTTG 881 TATTTATGTAGTATTTTCCCATCTCTTAGCACAGTGCCTTGCACATGACTCTAAATGAATGCTTGTTGAATTGAATTGCA 961 ACTTTAAAAATATCTCAGATATCACAATAACCAGCATAGTGCTTTACATTTTACAAAGTCCTTTTGCACATACTATTTCA 1041 CAAGTACATCACATCAGCTTTCATATAGCTTTATATTATTTTACATCAGTTTTACACTGATGGAGAAGCTAAGGTTCAGA 1121 AAAGTGACCAACTCAAAGTCGTAAAGTGTAGTAGGATTTGGCCTCAGATCTTTGACTCCGTTGTGTGCAGATTCTGCTGT 1201 ATTAGTGTTCCTTCTAAATATTGTATGCAGTTTTCCCAGTGTTACGAGATTGGTGTTGCTATCCATTTGTTGTGAATGAA 1281 GACTTGTCCTATAGTACATGACAGGGCTGAGAGTGGACTGTAGTTCTTAGCTGAACCCTTTCTACTGTTTAAAACAATCA 1361 TCAGGCCTATCCTCTGCTCCCAGGGGAATGTGGGAGAGAAAAGGGTTCTTGGCCAGGCTGTAGGTGGTGGCTCACATCTG 1441 TAATCCCAGCACTTTGGAAGGCTGAGGTGGGTGGATTGCTTGAGCCCAGGGATTTGAGATCAGCCTAGGCAACATGGCAA 1521 AACCCCATCTCTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCTGGGCACGGTGGTGTGGCTATAGTCTGAGCTACTCA 1601 GGAGGCTGATGTATGAGGATCACCTGAGTCCAGGAGGTCGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATGGCGCCACTGCACTCCAGCC 1681 TGGGTGAGAGAGTGAGACACTGTCCCAAGGAAAAAAAAAAGTGTTGGGGGGTAGTTCTTAAGCGTTGAAGATTTCCTTTT 1761 TGGAAAGTATTTAAAGGTAGAAATATTAATAATTTTTCCTAAAACATCTCCCTAAGAAGTCACTGATAATTATAATTAGT 1841 TTAAATTTATTCTTACACTACTTAAGAAAAATTTCATTTAGAAAAGGCTACCATGAGATCTTTTGACTATATGGAGTAGA 1921 CTGCATACAGATCTCTTTATTTCTATTATGAATATTTTAGCGATTATAATCAGCTATTCCACTGAGTATTAGATTTGGTC 2001 ACTAAGTAACTCATGTTTTTCTTTAGTCAATCATTCATTCATTCACTAAAACATTTGTTGAGAGTTGGCTAAACTCTAGA 2081 TTCTGTGCCAGGCACTGTACAGGGTGATGGAGATCACTCATAAGAAGGCCTCTTGCTCTTAGCCAGATCATATGTAATAC 2161 TAAATTTAAATTTTTTGCATTAAAAGGCTAAAAAATCATTTGTTTTTGTTAATTATATACTGGTTGATTTATAGATGTAA 2241 TTAGCACATATTCATAAGAGACAAATATATACAATGAGTTACTATACATATACAAAGTGATTTTAGCTGTATAAAGTGAT 2321 ATTGCAAAAAACTACAGCTAATGTTTCTTGCTGGGTAATTATTAGCATAAATATCAGGTTCTTAGAGGTCTTTAAGAGAA 2401 TACTTTAGAGCTACCAAAATTAGCAGCAGTGATGTAATATCACCCTGAAATACCAGGAGCAGAGGTGCCCCAGAGTGCTT 2481 CACAGCTATGATCAGGAAACTTGACCTGCCCCATTGCTACAGCAACGGCATAAGGACTAGGAAGGTCCACTAGCTGGGGA 2561 GGTCTTGGAACCCTCCGAGCCAGAAAGAAGCATTCCAGCATGATTCCTCAGATGCAATGAGGAAGGTTTACAGAATTTTC 2641 ACAGGGCAACAGAGATCAAGTGGTATGAAAAGGTAGGAGTTTTAAGCTCAAGTCTCAAAGATAACCTACCTTTACATTCT 2721 CAGTCAGAATTTGACCCAGAAAGAGGAAGTTTCTTCAGGAACAGACCGTACGTTGATGAAGTAGAAGTCATTTCAGTAAA 2801 AACGGAGTACAGAACTTGGTCATAATATCTTGCATTTTATAGATTTATTAAAGATTAGTTTCAAGTTCACATTCGCTATT 2881 CAGTTGTAAACCGAATGGATGGGAGGGGAGAAAATACAAGCTCTCCACACAGGTATGCTCCTCTCTTTTCTGAGAGAGAA 2961 GGCATGGGATTTTCAGCATAAATTCCATGTTATGTGAGTGCTGTTTGAGTTCTGAAGTTCCTATCAATATCTGTTCCTGC 3041 AAGTGATCTCTGTAAGACCACCTTACATGCTGGTCTTAGTTATTGTTAAAATTGCAAGGTTTCTTCACACCCTCTTTGAT 3121 AAGAAGTGTTTAGCTGGCAGAGCTTTCCCTTGACTTCTGAGTCTAGTGTGGGTTGGCCCATGACAGTGGGAAGAAATCCA 3201 ACATGTTACATGGAGACCTTGTATGTAAACAAACTCTGTAGCCTTTGAAAGTGGAACTGCTTTTTACAGTTAAAGGGCTG 3281 CTAAATGGCTTGCAGATGAGATCTTCTGGCTCACCTTGATCTTCACATGAACCCATTGTGACCTATCTGGATTTCCTAGG 3361 ACCTGTAGTTTCCATTTGGGTTATATTAGTGCCTCAGGAATGTGTCACTACTGGTCAAGCAATACTCAGAAATTCAGGCT 3441 GTGAGGGGTTAGATTAGAGGAAAGTAATTTAGGTGAGCTATCCAGAGCTTTCAACCTCAGGGTTTATAGGAAAAAAAAAC 3521 AAAATACAAAAACCCTTAGGACTTCTCATACTCTAGCCCTGACCTTGCAGTCTCCTCTGAGGGGCCTCCTAAGACCCTTA 3601 AAATAATATTACAATAGGACTTTGAGTGTGCATTTCACAGTGGAAATAGCCTCTGGCTAGCATTACTTCCAAATGCTAGT 3681 TCCAGCTAAAAACAAGTACTTTTTATTAGTTTCTTGTCTTTCAACATTCTGCCATCAAAATATATTCATTTTATTAACTT 3761 ACCGATTATTGGGAACCTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACACATGCTGTCTGCAGCCACTGTTTGGTTATTTTTGA 3841 TAGTTTAAGAGAATTATAAATCAAGTTGTTCTGTCTACTAGAGTCAGAAATTCTGTGCTAGAATGGGACTTCTAAAATTA 3921 GGTGGTCCTGTCACTTTCTAGAGAAAGACCCAAATTCATAGGTTTAAGTGGCTTGTCTGACATACACATACAGCCAGTTA 4001 GTAACAGAATTCAGAATAGAATAGAGTTCTTTTTTTTCTGTCAGTCCGTTGTTCTACTTCTCTTTCCTTTTCTTCATGGT 4081 TGAGCAGCTTTTGGCAAAATGTGTTCCATATAGCAGTAGTTCCAAGAGATGTTAATAGATGTAAGAAAAAAAGTGTGTGT 4161 GTGTTGGGGGTGGGGGATTGCATGGTCAATTAAAATGAAGGAATGCTGAGTTTGTTTCCTTACTGTAGGACTTCTAAGAG 4241 TTTTGAACATGCTATTACACATTGTGAATTTATAAAAGGGGACAAACACTGTTTGACCTTAGACTGCACTCCCCTTCTTT 4321 ATTCCTCAGAGCATCTCAAAGGACTACAGGGTCCTTTGAGAAACATGGCCCTTGATCAAGTTTACAACTCTTTGAGAAGA 4401 CATCCCTAATGGAAATACTGAATGGCAGATCTATTACTGTGGTACCATGTAGTGTGTAATAAATCTTGAAGTCCAGAAAG 4481 CAAGTATATTTGCTGTTTAGAGCTATACTTAAGGTATAGAGATTCTTTTCCACCTGTGGTGTGTAAAATCAGTATTGTGT 4561 TTAATTTTGCAGGTTTTTCAAGGATCAACTAATGTGCAAATACAGTGGTGATATATTGATATTACATTTTAATAATGCTT 4641 TTGTATGGCACTTTATAGTTTTCAGACACCTTTTGTAACAGCCCTGTGAGACAGACAATATTATCCTTATTGTACAGATG 4721 GGGGGGCTCTGGAGGCTCTGAAAAGTTTTTGGTGATATTCCCCTAAGTTTATACCACAAAATGATGGAGCCAGAATTTAG 4801 TTGCAGAACTTCTGACTCCAAGTCCAGAGTTCTTTACTAGACATCTGGTTTCTTACTAGCTTTTTGCTAGCTTTTTATTT 4881 TACAGTGAAAAGTATGGAAGCAAATCCTGATAATTTTGGCTTATTATCAAATATCATTTATTTTTTATTGCAGAGACCCA 4961 GCAGATGTAACTCTCATTGTAGCCATCCCAAAGAAAACCCTTCTTTGCCCTTTGCAGTGCCACTTATTTAGGTAACTGAA 5041 GTGTATTTCCAGTACAATTTGATTTTGAACTAAGATTTGATATAGAGTTGTAATTGCTTACATAACTCTTTGAAAATGTA 5121 TCATCCCTGGGTTCTCAGGTGAAGGAGGCAATTCAAAAGTAAAAAAGAATATTCGAATACAATAAATACCCTCTGTTCTC 5201 ACACAAATGCTGTTTCTTAGCTAACTTGCTTTGACAACCTACTGATGTAACTTCTTTATTAATGTGAAATATTTATATTT 5281 TGAAATAAAATTACTAGTGTTGAATGAATCATGTGGTAAACTTAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | LCL35 | ||||||
Disease | MIMAT0022717 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1020022. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
... - Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al., 2012, PLoS pathogens. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al. - PLoS pathogens, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus linked to a number of B cell cancers and lymphoproliferative disorders. During latent infection, EBV expresses 25 viral pre-microRNAs (miRNAs) and induces the expression of specific host miRNAs, such as miR-155 and miR-21, which potentially play a role in viral oncogenesis. To date, only a limited number of EBV miRNA targets have been identified; thus, the role of EBV miRNAs in viral pathogenesis and/or lymphomagenesis is not well defined. Here, we used photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) combined with deep sequencing and computational analysis to comprehensively examine the viral and cellular miRNA targetome in EBV strain B95-8-infected lymphoblastoid cell lines (LCLs). We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs. 24 PAR-CLIP-identified miRNA:3'UTR interactions were confirmed by reporter assays. Our results reveal that EBV miRNAs predominantly target cellular transcripts during latent infection, thereby manipulating the host environment. Furthermore, targets of EBV miRNAs are involved in multiple cellular processes that are directly relevant to viral infection, including innate immunity, cell survival, and cell proliferation. Finally, we present evidence that myc-regulated host miRNAs from the miR-17/92 cluster can regulate latent viral gene expression. This comprehensive survey of the miRNA targetome in EBV-infected B cells represents a key step towards defining the functions of EBV-encoded miRNAs, and potentially, identifying novel therapeutic targets for EBV-associated malignancies.
LinkOut: [PMID: 22291592]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1020022 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | LCL35 / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000374586.3 | 3UTR | UUAAGCUCAAGUCUCAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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108 hsa-miR-873-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT081178 | MIDN | midnolin | 2 | 4 | ||||||||
MIRT109809 | ZFX | zinc finger protein, X-linked | 2 | 4 | ||||||||
MIRT242383 | TMC5 | transmembrane channel like 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT444003 | METRN | meteorin, glial cell differentiation regulator | 2 | 4 | ||||||||
MIRT444097 | SEPHS1 | selenophosphate synthetase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446158 | RPL12 | ribosomal protein L12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446859 | SAMD9L | sterile alpha motif domain containing 9 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447275 | FZD5 | frizzled class receptor 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447391 | TMPRSS15 | transmembrane protease, serine 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448817 | FKBP1A | FK506 binding protein 1A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT450582 | HIST1H2BG | histone cluster 1 H2B family member g | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451776 | USP36 | ubiquitin specific peptidase 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457961 | ABCC5 | ATP binding cassette subfamily C member 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT458424 | KLHL38 | kelch like family member 38 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT461383 | SLFN12L | schlafen family member 12 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467793 | SLC2A14 | solute carrier family 2 member 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476517 | GABRB1 | gamma-aminobutyric acid type A receptor beta1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480290 | C7orf73 | short transmembrane mitochondrial protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT482745 | HES7 | hes family bHLH transcription factor 7 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT483189 | HIST1H2AH | histone cluster 1 H2A family member h | 2 | 6 | ||||||||
MIRT486545 | DCTN4 | dynactin subunit 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT486581 | ZNF619 | zinc finger protein 619 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492604 | POLR3E | RNA polymerase III subunit E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494130 | DCAF7 | DDB1 and CUL4 associated factor 7 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT496023 | ZBED3 | zinc finger BED-type containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497121 | NBEAL1 | neurobeachin like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497400 | TMEM245 | transmembrane protein 245 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501410 | RANBP10 | RAN binding protein 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT510947 | PPTC7 | PTC7 protein phosphatase homolog | 2 | 6 | ||||||||
MIRT512494 | ARID2 | AT-rich interaction domain 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT512595 | ZNF783 | zinc finger family member 783 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT512612 | CNTN4 | contactin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT517808 | UGDH | UDP-glucose 6-dehydrogenase | 2 | 6 | ||||||||
MIRT520686 | TMED7 | transmembrane p24 trafficking protein 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT526179 | HEPH | hephaestin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532568 | CSTF1 | cleavage stimulation factor subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533979 | TADA2A | transcriptional adaptor 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538622 | CCSER2 | coiled-coil serine rich protein 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT539703 | EIF3H | eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539806 | GAPVD1 | GTPase activating protein and VPS9 domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540422 | FAM83F | family with sequence similarity 83 member F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540506 | CXCL10 | C-X-C motif chemokine ligand 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540619 | F2RL2 | coagulation factor II thrombin receptor like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542423 | ZNF331 | zinc finger protein 331 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542454 | AKR7A2 | aldo-keto reductase family 7 member A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543383 | CC2D2A | coiled-coil and C2 domain containing 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544777 | CSTF2T | cleavage stimulation factor subunit 2 tau variant | 2 | 4 | ||||||||
MIRT544923 | ERCC4 | ERCC excision repair 4, endonuclease catalytic subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT549768 | ZNF611 | zinc finger protein 611 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT551242 | COLEC10 | collectin subfamily member 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560474 | ENSA | endosulfine alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569738 | GPR173 | G protein-coupled receptor 173 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571297 | CHCHD4 | coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572345 | CKAP2L | cytoskeleton associated protein 2 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573112 | ERBB2IP | erbb2 interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607744 | ANGPT4 | angiopoietin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607903 | SPRYD4 | SPRY domain containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611744 | SERPING1 | serpin family G member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT615101 | BNC2 | basonuclin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619124 | CD40LG | CD40 ligand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625572 | ANKRD42 | ankyrin repeat domain 42 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629038 | KLLN | killin, p53-regulated DNA replication inhibitor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT633986 | SLC35E2 | solute carrier family 35 member E2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635675 | COX18 | COX18, cytochrome c oxidase assembly factor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT637471 | DEFB105B | defensin beta 105B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT637503 | DEFB105A | defensin beta 105A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT639735 | MAP2K2 | mitogen-activated protein kinase kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640730 | C9orf64 | chromosome 9 open reading frame 64 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645364 | C9orf47 | chromosome 9 open reading frame 47 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647938 | RNF152 | ring finger protein 152 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649400 | SH2D4A | SH2 domain containing 4A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656860 | KIN | Kin17 DNA and RNA binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663470 | POFUT2 | protein O-fucosyltransferase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663507 | NKAPL | NFKB activating protein like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT667690 | KNSTRN | kinetochore localized astrin/SPAG5 binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT677403 | PCNP | PEST proteolytic signal containing nuclear protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT678682 | SCUBE3 | signal peptide, CUB domain and EGF like domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT678789 | NUPL2 | nucleoporin like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT680649 | KIAA1456 | KIAA1456 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682450 | MTX3 | metaxin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682740 | CA6 | carbonic anhydrase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684421 | TUFT1 | tuftelin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690535 | TRAPPC2 | trafficking protein particle complex 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690595 | C17orf105 | chromosome 17 open reading frame 105 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690771 | PLA2G2C | phospholipase A2 group IIC | 2 | 2 | ||||||||
MIRT692233 | ALDH1B1 | aldehyde dehydrogenase 1 family member B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT693667 | MXRA7 | matrix remodeling associated 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695551 | CLPB | ClpB homolog, mitochondrial AAA ATPase chaperonin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695870 | C19orf52 | translocase of inner mitochondrial membrane 29 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696214 | LYZ | lysozyme | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698368 | TMED4 | transmembrane p24 trafficking protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700795 | PHTF2 | putative homeodomain transcription factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701640 | MYLK3 | myosin light chain kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702989 | HERPUD2 | HERPUD family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703627 | FBXL3 | F-box and leucine rich repeat protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703783 | FAM102B | family with sequence similarity 102 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704293 | DDX19B | DEAD-box helicase 19B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704828 | CDC73 | cell division cycle 73 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705014 | CAMK2N1 | calcium/calmodulin dependent protein kinase II inhibitor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT708480 | OLR1 | oxidized low density lipoprotein receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710770 | PHF7 | PHD finger protein 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718918 | TRIM66 | tripartite motif containing 66 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720390 | ZNF549 | zinc finger protein 549 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720593 | TTC39C | tetratricopeptide repeat domain 39C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723515 | SIGLEC8 | sialic acid binding Ig like lectin 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724458 | PRKX | protein kinase, X-linked | 2 | 2 | ||||||||
MIRT737267 | UMAD1 | UBAP1-MVB12-associated (UMA) domain containing 1 | 3 | 0 | ||||||||
MIRT737356 | ZIC2 | Zic family member 2 | 4 | 0 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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