pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4486 |
Genomic Coordinates | chr11: 19575310 - 19575372 |
Description | Homo sapiens miR-4486 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4486 | ||||||||||||
Sequence | 5| GCUGGGCGAGGCUGGCA |21 | ||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | BCL11B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ATL1, ATL1-alpha, ATL1-beta, ATL1-delta, ATL1-gamma, CTIP-2, CTIP2, IMD49, RIT1, ZNF856B, hRIT1-alpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | B-cell CLL/lymphoma 11B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_022898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_138576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on BCL11B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of BCL11B (miRNA target sites are highlighted) |
>BCL11B|NM_022898|3'UTR 1 GCGCGCGGGCCCCGGCGCCCCGCACCTGTACAGTGGAACCGTTGCCAACCGAGAGAATGCTGACCTGACTTGCCTCCGTG 81 TCACCGCCACCCCGCACCCCGCGTGTCCCCGGGGCCCAGGGGAGGCGGCACTCCAACCTAACCTGTGTCTGCGAAGTCCT 161 ATGGAAACCCGAGGGTTGATTAAGGCAGTACAAATTGTGGAGCCTTTTAACTGTGCAATAATTTCTGTATTTATTGGGTT 241 TTGTAATTTTTTTGGCATGTGCAGGTACTTTTTATTATTATTTTTTCTGTTTGAATTCCTTTAAGAGATTTTGTTGGGTA 321 TCCATCCCTTCTTTGTTTTTTTTTTAACCCGGTAGTAGCCTGAGCAATGACTCGCAAGCAATGTTAGAGGGGAAGCATAT 401 CTTTTAAATTATAATTTGGGGGGAGGGGTGGTGCTGCTTTTTTGAAATTTAAGCTAAGCATGTGTAATTTCTTGTGAAGA 481 AGCCAACACTCAAATGACTTTTAAAGTTGTTTACTTTTTCATTCCTTCCTTTTTTTTGTCCTGAAATAAAAAGTGGCATG 561 CAGTTTTTTTTTTAATTATTTTTTAATTTTTTTTTTGGTTTTTGTTTTTGGGGTGGGGGGTGTGGATGTACAGCGGATAA 641 CAATCTTTCAAGTCGTAGCACTTTGTTTCAGAACTGGAATGGAGATGTAGCACTCATGTCGTCCCGAGTCAAGCGGCCTT 721 TTCTGTGTTGATTTCGGCTTTCATATTACATAAGGGAAACCTTGAGTGGTGGTGCTGGGGGAGGCACCCCACAGACTCAG 801 CGCCGCCAGAGATAGGGTTTTTGGAGGGCTCCTCTGGGAAATGGCCCGACAGCATTCTGAGGTTGTGCATGACCAGCAGA 881 TACTATCCTGTTGGTGTGCCCTGGGGTGCCATGGCTGCTATTCGCTGTAGATTAGGCTACATAAAATGGGCTGAGGGTAC 961 CTTTTTGGGGAGATGGGGTGGCCTGCAGTGACACAGAAAGGAAGAAACTAGCGGTGTTCTTTTAGGCGTTTTCTGGCTTG 1041 ACGGCTTCTCTCTTTTTTTAAATCACCCCCACCACATAAATCTCAAATCCTATGTTGCTACAAGGGGTCATCCATCATTT 1121 CCCAAGCAGACGAATGCCCTAATTAATTGAAGTTAGTGTTCTCTCATTTAATGCACACTGATGATATTGTAGGGATGGGT 1201 GGGGTGGGGATCTTGCAAATTTCTATTCTCTTTTACTGAAAAAGCAGGGGATGAGTTCCATCAGAAGGTGCCCAGCGCTA 1281 CTTCCCAGGTTTTTATTTTTTTTTTCCTATCTCATTAGGTTGGAAGGTACTAAATATTGAACTGTTAAGATTAGACATTT 1361 GAATTCTGTTGACCCGCACTTTAAAGCTTTTGTTTGCATTTAAATTAAATGGCTTCTAAACAAGAAATTGCAGCATATTC 1441 TTCTCTTTGGCCCAGAGGTGGGTTAAACTGTAAGGGACAGCTGAGATTGAGTGTCAGTATTGCTAAGCGTGGCATTCACA 1521 ATACTGGCACTATAAAGAACAAAATAAAATAATAATTTATAGGACAGTTTTTCTACTGCCATTCAATTTGATGTGAGTGC 1601 CTTGAAAACTGATCTTCCTATTTGAGTCTCTTGAGACAAATGCAAAACTTTTTTTTTGAAATGAAAAGACTTTTTAAAAA 1681 AGTAAAACAAGAAAAGTACATTCTTTAGAAACTAACAAAGCCACATTTACTTTAAGTAAAAAAAAAAAAAATTCTGGTTG 1761 AAGATAGAGGATATGAAATGCCATAAGACCCAATCAAATGAAGAAATAAACCCAGCACAACCTTGGACATCCATTAGCTG 1841 AATTATCCTCAGCCCCTTTTGTTTTTGGGACAACGCTGCTTAGATATGGAGTGGAGGTGATTTACTGCTGAATTAAAACT 1921 CAAGTGACACAAGTTACAAGTTGATATCGTTGAATGAAAAGCAAAACAAAAACAATTCAGGAACAACGGCTAATTTTTTC 2001 TAAAGTTAAATTTAGTGCACTCTGTCTTAAAAATACGTTTACAGTATTGGGTACATACAAGGGTAAAAAAAAAATTGTGT 2081 GTATGTGTGTTGGAGCGATCTTTTTTTTTCAAAGTTTGCTTAATAGGTTATACAAAAATGCCACAGTGGCCGCGTGTATA 2161 TTGTTTTCTTTTGGTGACGGGGTTTTAGTATATATTATATATATTAAAATTTCTTGATTACTGTAAAAGTGGACCAGTAT 2241 TTGTAATAATCGAGAATGCCTGGGCATTTTACAAAACAAGAAAAAAAATACCCTTTTCTTTTCCTTGAAAATGTTGCAGT 2321 AAAATTTAAATGGTGGGTCTATAAATTTGTTCTTGTTACAGTAACTGTAAAGTCGGAGTTTTAGTAAATTTTTTTCTGCC 2401 TTGGGTGTTGAATTTTTATTTCAAAAAAAATGTATAGAAACTTGTATTTGGGGATTCAAAGGGGATTGCTACACCATGTA 2481 GAAAAAGTATGTAGAAAAAAAGTGCTTAATATTGTTATTGCTTTGCAGAAAAAAAAAAAATCACATTTCTGACCTGTACT 2561 TATTTTTCTCTTCCCGCCTCCCTCTGGAATGGATATATTGGTTGGTTCATATGATGTAGGCACTTGCTGTATTTTTACTG 2641 GAGCTCGTAATTTTTTAACTGTAAGCTTGTCCTTTTAAAGGGATTTAATGTACCTTTTTGTTAGTGAATTTGGAAATAAA 2721 AAGAAAAAAAAAACAAAAACAAACAGGCTGCCATAATATATTTTTTTAATTTGGCAGGATAAAATATTGCAAAAAAAACA 2801 CATTTGTATGTTAAGTCCTATTGTACAGGAGAAAAAGGGTTGTTTGACAACCTTTGAGAAAAAGAAACAAAAGGAAGTAG 2881 TTAAATGCTTTGGTTCACAAATCATTTAGTTGTATATATTTTTTGTCGGAATTGGCCTACACAGAGAACCGTTCGTGTTG 2961 GGCTTCTCTCTGAACGCCCCGAACCTTGCATCAAGGCTCCTTGGTGTGGCCACAGCAGACCAGATGGGAAATTATTTGTG 3041 TTGAGTGGAAAAAAATCAGTTTTTGTAAAGATGTCAGTAACATTCCACATCGTCCTCCCTTTCTCTAAGAGGCCATCTCT 3121 AAGATGTCAGATGTAGAGGAGAGAGAGCGAGAGAACATCTTCCTTCTCTACCATCACTCCTGTGGCGGTCACCACCACCA 3201 CCTCTCCCGCCCTTACCAGCAGAAAGCAATGCAAACTGAGCTGCTTTAGTCCTTGAGAAATTGTGAAACAAACACAAATA 3281 TCATAAAAGGAGCTGGTGATTCAGCTGGGTCCAGGTGAAGTGACCTGCTGTTGAGACCGGTACAAATTGGATTTCAGGAA 3361 GGAGACTCCATCACAGCCAGGACCTTTCGTGCCATGGAGAGTGTTGGCCTCTTGTCTTTCTTCCCTGCTTTGCTGCTTTG 3441 CTCTCTGAAACCTACATTCCGTCAGTTTCCGAATGCGAGGGCCTGGGATGAATTTGGTGCCTTTCCATATCTCGTTCTCT 3521 CTCCTTCCCCTGCGTTTCCTCTCCATCCTTCATCCTCCATTGGTCCTTTTTTTTTCTTTCATTTTTTATTTAATTTCTTT 3601 TCTTCCTGTCTGTTCCTCCCCTAATCCTCTATTTTATTTTTATTTTTTGTAAAGCCAAGTAGCTTTAAGATAAAGTGGTG 3681 GTCTTTTGGATGAGGGAATAATGCATTTTTAAATAAAATACCAATATCAGGAAGCCATTTTTTATTTCAGGAAATGTAAG 3761 AAACCATTATTTCAGGTTATGAAAGTATAACCAAGCATCCTTTTGGGCAATTCCTTACCAAATGCAGAAGCTTTTCTGTT 3841 CGATGCACTCTTTCCTCCTTGCCACTTACCTTTGCAAAGTTAAAAAAAAGGGGGGAGGGAATGGGAGAGAAAGCTGAGAT 3921 TTCAGTTTCCTACTGCAGTTTCCTACCTGCAGATCCAGGGGCTGCTGTTGCCTTTGGATGCCCCACTGAGGTCCTAGAGT 4001 GCCTCCAGGGTGGTCTTCCTGTAGTCATAACAGCTAGCCAGTGCTCACCAGCTTACCAGATTGCCAGGACTAAGCCATCC 4081 CAAAGCACAAGCATTGTGTGTCTCTGTGACTGCAGAGAAGAGAGAATTTTGCTTCTGTTTTGTGTTTAAAAAACCAACAC 4161 GGAAGCAGATGATCCCGAGAGAGAGGCCTCTAGCATGGGTGACCCAGCCGACCTCAGGCCGGTTTCCGCACTGCCACAAC 4241 TTTGTTCAAAGTTGCCCCCAATTGGAACCTGCCACTTGGCATTAGAGGGTCTTTCATGGGGAGAGAAGGAGACTGAATTA 4321 CTCTAAGCAAAATGTGAAAAGTAAGGAAATCAGCCTTTCATCCCGGTCCTAAGTAACCGTCAGCCGAAGGTCTCGTGGAA 4401 CACAGGCAAACCCGTGATTTTGGTGCTCCTTGTAACTCAGCCCTGCAAAGCAAAGTCCCATTGATTTAAGTTGTTTGCAT 4481 TTGTACTGGCAAGGCAAAATATTTTTATTACCTTTTCTATTACTTATTGTATGAGCTTTTGTTGTTTACTTGGAGGTTTT 4561 GTCTTTTACTACAAGTTTGGAACTATTTATTATTGCTTGGTATTTGTGCTCTGTTTAAGAAACAGGCACTTTTTTTTATT 4641 ATGGATAAAATGTTGAGATGACAGGAGGTCATTTCAATATGGCTTAGTAAAATATTTATTGTTCCTTTATTCTCTGTACA 4721 AGATTTTGGGCCTCTTTTTTTCCTTAATGTCACAATGTTGAGTTCAGCATGTGTCTGCCATTTCATTTGTACGCTTGTTC 4801 AAAACCAAGTTTGTTCTGGTTTCAAGTTATAAAAATAAATTGGACATTTAACTTGATCTCCAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | EF3D-AGO2 | ||||||
Disease | MIMAT0019020 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1020021. RNA binding protein: AGO2. Condition:EBV B95-8-infected
... - Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al., 2012, PLoS pathogens. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Skalsky RL; Corcoran DL; Gottwein E; Frank et al. - PLoS pathogens, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus linked to a number of B cell cancers and lymphoproliferative disorders. During latent infection, EBV expresses 25 viral pre-microRNAs (miRNAs) and induces the expression of specific host miRNAs, such as miR-155 and miR-21, which potentially play a role in viral oncogenesis. To date, only a limited number of EBV miRNA targets have been identified; thus, the role of EBV miRNAs in viral pathogenesis and/or lymphomagenesis is not well defined. Here, we used photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) combined with deep sequencing and computational analysis to comprehensively examine the viral and cellular miRNA targetome in EBV strain B95-8-infected lymphoblastoid cell lines (LCLs). We identified 7,827 miRNA-interaction sites in 3,492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs. 24 PAR-CLIP-identified miRNA:3'UTR interactions were confirmed by reporter assays. Our results reveal that EBV miRNAs predominantly target cellular transcripts during latent infection, thereby manipulating the host environment. Furthermore, targets of EBV miRNAs are involved in multiple cellular processes that are directly relevant to viral infection, including innate immunity, cell survival, and cell proliferation. Finally, we present evidence that myc-regulated host miRNAs from the miR-17/92 cluster can regulate latent viral gene expression. This comprehensive survey of the miRNA targetome in EBV-infected B cells represents a key step towards defining the functions of EBV-encoded miRNAs, and potentially, identifying novel therapeutic targets for EBV-associated malignancies.
LinkOut: [PMID: 22291592]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1020021 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | EF3D-AGO2 / EBV B95-8-infected, 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000357195.3 | 3UTR | UUGGCCCAGAGGUGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22291592 / GSE41437 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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108 hsa-miR-4486 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT254654 | NF2 | neurofibromin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458684 | MRI1 | methylthioribose-1-phosphate isomerase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470845 | PLXND1 | plexin D1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493011 | NANOS1 | nanos C2HC-type zinc finger 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497264 | GRK6 | G protein-coupled receptor kinase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497675 | SYNGR1 | synaptogyrin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498219 | TLN2 | talin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498310 | BCL11B | B-cell CLL/lymphoma 11B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504048 | TOMM5 | translocase of outer mitochondrial membrane 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT519959 | ZCCHC8 | zinc finger CCHC-type containing 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531521 | NOM1 | nucleolar protein with MIF4G domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533144 | WNT10A | Wnt family member 10A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533541 | TPR | translocated promoter region, nuclear basket protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533681 | TMEM86A | transmembrane protein 86A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540321 | PIGR | polymeric immunoglobulin receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540719 | GUF1 | GUF1 homolog, GTPase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT541566 | ZNF43 | zinc finger protein 43 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT541787 | TBCCD1 | TBCC domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT541925 | ORC1 | origin recognition complex subunit 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT542232 | FUT9 | fucosyltransferase 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542285 | POLR3K | RNA polymerase III subunit K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542299 | QTRTD1 | queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT542368 | PAICS | phosphoribosylaminoimidazole carboxylase and phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542441 | C3 | complement C3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT542475 | APOC3 | apolipoprotein C3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542535 | MRPS10 | mitochondrial ribosomal protein S10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542640 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542788 | PLEKHA3 | pleckstrin homology domain containing A3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT552104 | PPP1R1A | protein phosphatase 1 regulatory inhibitor subunit 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564913 | YTHDF1 | YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568606 | ACVR2A | activin A receptor type 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607389 | LANCL3 | LanC like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607451 | ZNF543 | zinc finger protein 543 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610058 | MYBPC1 | myosin binding protein C, slow type | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610793 | KLK2 | kallikrein related peptidase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617176 | GOSR2 | golgi SNAP receptor complex member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620579 | WBSCR27 | methyltransferase like 27 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT622085 | SRPX2 | sushi repeat containing protein, X-linked 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622542 | PXMP4 | peroxisomal membrane protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630009 | PDE6B | phosphodiesterase 6B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631813 | PTDSS2 | phosphatidylserine synthase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632721 | MSANTD4 | Myb/SANT DNA binding domain containing 4 with coiled-coils | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632757 | MED28 | mediator complex subunit 28 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT634821 | ASB6 | ankyrin repeat and SOCS box containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635255 | FBXL20 | F-box and leucine rich repeat protein 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637082 | SELPLG | selectin P ligand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637357 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637472 | DEFB105B | defensin beta 105B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT637504 | DEFB105A | defensin beta 105A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT639022 | AAK1 | AP2 associated kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641012 | ANKFY1 | ankyrin repeat and FYVE domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642170 | HEBP2 | heme binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648977 | ACAD8 | acyl-CoA dehydrogenase family member 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650515 | UFM1 | ubiquitin fold modifier 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650949 | INMT | indolethylamine N-methyltransferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658354 | FAM65B | RHO family interacting cell polarization regulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660736 | ALG14 | ALG14, UDP-N-acetylglucosaminyltransferase subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662191 | MEI1 | meiotic double-stranded break formation protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663045 | SLC16A4 | solute carrier family 16 member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664811 | IRAK3 | interleukin 1 receptor associated kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665161 | SF3A1 | splicing factor 3a subunit 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT665346 | YES1 | YES proto-oncogene 1, Src family tyrosine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666493 | SBNO1 | strawberry notch homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666545 | RNF115 | ring finger protein 115 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669351 | BMP3 | bone morphogenetic protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669904 | KIAA0754 | KIAA0754 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT670323 | CEP57L1 | centrosomal protein 57 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670430 | ELP2 | elongator acetyltransferase complex subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670672 | KIAA1551 | KIAA1551 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670746 | HOOK3 | hook microtubule tethering protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670998 | PTGIS | prostaglandin I2 synthase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671290 | RPL37A | ribosomal protein L37a | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671469 | AGPAT6 | glycerol-3-phosphate acyltransferase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671833 | STIL | STIL, centriolar assembly protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673006 | TAF1 | TATA-box binding protein associated factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675881 | CSTF1 | cleavage stimulation factor subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT678625 | OLFML2A | olfactomedin like 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT678790 | NUPL2 | nucleoporin like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT679560 | LIN9 | lin-9 DREAM MuvB core complex component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT681032 | AAED1 | AhpC/TSA antioxidant enzyme domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682480 | LIX1L | limb and CNS expressed 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682758 | MDM2 | MDM2 proto-oncogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682810 | TMCO1 | transmembrane and coiled-coil domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682867 | C9orf156 | tRNA methyltransferase O | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689233 | RPS19 | ribosomal protein S19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689305 | C5AR2 | complement component 5a receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689363 | ZNF101 | zinc finger protein 101 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689629 | NAA30 | N(alpha)-acetyltransferase 30, NatC catalytic subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689654 | RBM23 | RNA binding motif protein 23 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690148 | PPIL6 | peptidylprolyl isomerase like 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT691407 | DNA2 | DNA replication helicase/nuclease 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT691847 | OSCAR | osteoclast associated, immunoglobulin-like receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT692234 | ALDH1B1 | aldehyde dehydrogenase 1 family member B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694320 | NLRP9 | NLR family pyrin domain containing 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694365 | CHST6 | carbohydrate sulfotransferase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696215 | LYZ | lysozyme | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697230 | ZYG11A | zyg-11 family member A, cell cycle regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700487 | PTPRF | protein tyrosine phosphatase, receptor type F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700612 | PRKCA | protein kinase C alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702456 | KIAA1467 | family with sequence similarity 234 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702990 | HERPUD2 | HERPUD family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703998 | EIF5A2 | eukaryotic translation initiation factor 5A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704701 | CHRFAM7A | CHRNA7 (exons 5-10) and FAM7A (exons A-E) fusion | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712481 | FSTL3 | follistatin like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712781 | ZNF154 | zinc finger protein 154 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714369 | HP1BP3 | heterochromatin protein 1 binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722570 | C1orf95 | stum, mechanosensory transduction mediator homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722839 | C17orf102 | chromosome 17 open reading frame 102 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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