pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4752 |
Genomic Coordinates | chr19: 54282109 - 54282180 |
Description | Homo sapiens miR-4752 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4752 | |||||||||||||||
Sequence | 10| UUGUGGAUCUCAAGGAUGUGCU |31 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZNF106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | SH3BP3, ZFP106, ZNF474 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger protein 106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_022473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZNF106 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZNF106 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZNF106|NM_022473|3'UTR 1 AGTTTTTTGCCTCCCACGTTGGGAAGTCATTAGTTGAACTATTTTCACATTGGCCCCCCACACAGGCCACTCTCTTCCCT 81 TTCTTGGTGAAGTAAGGAAGGAGAAAGTGGTTACTAGCCAGGCATACCCCTAGCATAAGTCTGGGCAGCTCTATGGGATG 161 ATAAATTACACTTTTAAGTTCTTGCTGGAGGTTTTAAATAGATTTAGACAAATGTTAAGGAACCATACTTCTCTGGGACA 241 GCATGGCATATAGTGATATATGCTATTTGCGTTCTCCAGATGTTTATTGAAGATACAGATCCTAATTGGTTACCCAGTTT 321 GACCCTAATCATATGTATATTTTATTGATTTCAGTTTGCAATTTTTAATTTATGTTCTTATGATGGTTTAAACCTATAGT 401 CAGGCTTTTAAGTACAAGTTTGTTTAAGTGCCAGACTTTGAGGATCAGTTTTAATTTCTCCATTTGTAATAGCTGGGTAT 481 TTAAACTGGAAGCAAATAGTTTTCTTTCTTAACAATTATGTGCAGTGTGTGTCACTGTTTTCTTGCTTTATAGATAGAGC 561 TGGCTTTAAGTGCTAAAGGACACAGTAGATTTTTGACAAACAGTGGCTGCTCTGCTGACTATCTTTTAGGAATTCAGGAA 641 GCAAATCACATAGTGACAAGTCCTTACAGACACCACTTCTAGTAAATCTCTGTAAATGTGGATAGAAAGCTCAGTGTGAG 721 GCAGTGCGTAGACCTAACGTCTACCTTTACATCTGCTGTTGAACCTGGGCACTACCTGTTACAGATCCTGTCAGGCTGTT 801 GAACTGGAGGTGTACCTTTATCTTCCTTTCTAGTGTCTGACCCTGCAAGCCTAATGTTGGTTTGAACCCTTTTGGTTTGT 881 TCAGTTGCCAGCCTCCATCTCTCCCACTGTATGGCCGTGCCTAGACCGATGGCAGCCATCGAATATTCCTCTGGGCTCAC 961 GGGGTGTTTTCCACCCCCCTGCAGCAACTAAGATGGTGGGGGAGAGGGGGTTAGAATAAAGCATCTGAATACAGTTTTCA 1041 GGACCTCAAGCAGACTTCCTAGAGACTTGTTTCTGAGACAGTTCTTTGCCTTCACTTCCCTGCTAGCTGGGAAAGAAGAG 1121 TGGAGCAGAGACTCTGCCTGGCCACTGAGAACAGCCAAATTCACAAACCCTCAGTGGGGCTTTGTTTTTGGATTTTCTCC 1201 GGACTCATCAGTAAACCTGTAGAAGTGTCGCTTTCCAGCCTTTTGTTTCTGGATCCTCAAAACTCAGAACGTGGCCGGGC 1281 GTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGCTAGGAGTTGCAGACCAG 1361 CCTGGCCAACATGGCAAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGCCGGGCGTGGTGGGCGCCTGTAATCCCAGCTGCT 1441 CAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGATTGCAGTAAGCTGAGATCGTGCCACTGCACTCCAG 1521 CCTGGTGACAGAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAACTCAGCTTCTTCAGAGAGATAAAATTGGGGGAGGAG 1601 CCCAGGGCCACATACCAAGCTTTGGGACATGGTGCCTCATGCTCTCTGGGATTGCAGACCATCCAGGTCTGTCTTCGCCC 1681 CTGTTAGTGCACATATATCCACTCACATGTCTTCCCTCAGGCTATCGGGCAGGGGGACTTCACCAGGGGGTTTATGGATA 1761 GGCTTCAAGAGGGTCTGTGAGCCCCCAGAAATTGTGTGTGAGACTGAGTATGTGTTCTTTTTTCCAGGAAAGGCTCCAGT 1841 GGTTCTTACTTGATCCAAAAAATGTCAAGAATTAATCTAGGAGGCCGGGCCTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCTCT 1921 TTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACTCAAGGTCAGGCATTTGAGACCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCCCGTCTCTA 2001 TTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTATGTGCCTGTAGTCTCAGCTACTCAGGAGGCTGAGACAGGAGAATCA 2081 CTTGAACCCTGGAGGTAGAAGTTGCAGTGAGCCAAGATCATACTACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAAGAGTGAAACTCC 2161 ACCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGAGTTAATCTAGGAGATAATGAATGGCCTAGTACTAGATAATATATGGCCCCACAAGCT 2241 CTTGACTTCTGTCCTTGGGGAAAGCCATTTTGTTAACCACACTAGTGAGATTTACATGATGCTTAATGGAGAACAGAGAA 2321 GATCTTGTTGCAAAAGGTGTATTAAATATTTGTGCTGTTTCTGTATGAGATTGAGAAGCTTTTCCCACCTCTCACCCCTA 2401 TTTCCTATAAGGATATCCAGAGAAGCCAAACTGTTCTGTGGGTTTGGGAATGGTCATTTCCCGGGAAAATGCATCTGGAT 2481 CGATGACTAAACCTGGCCCTTTTCTCTGGGCTGTAGTGAAGCCGCATTTTCACGCTGGCTGGCAGTGTGCTGAGAGCCTC 2561 GAATGCTCTGCGGCGTAGTGCCCTTCTGCCCTGCCTGACGATGTATCGAAAAGATGAGAGTGAAGGAGACTTTGTGCAGC 2641 AGGAAACGGGTAGGTGAGGTGTTGGGCAGTTGTGGGAACTTCTGAGAGTATTACAGAGTGGTAGAATCGGTAAGAACTCT 2721 GATTTGGACTTCGCTTTGGTGGAACTGTGTGCCTATACCTGCCTGTGTGTGTGCAAGTGTGCAGGTTCCTTTGTATGTAT 2801 GTGTACGTGTGGGAACCTGTGTTTGTCATATTTTTCTTCATTTCACAAAGGCTTTTTTTGAAGCAGTGGCAGTATGCCTT 2881 TGTTTCAAGAACACATGAAATTCTTTTAACACCAGATTAGTGTGTTACCCCAAATGAACGGTTCTAGCCCTCTATTAAGA 2961 AATAAAGGGACCATAAGCATTTTGGCTGCTTATGGCTGTGTGTTACTACTTACAAGAGTCTTGAAAATTATACAGAACTT 3041 TGCCTTCTTTTTTTAATGTCTTCCACAATGTTGTGACTGATTATAACCCTGTTTCCCCTCAGAGAAGAGCTATGGCTCAG 3121 GGATCTGTGTTGACTCTGGCATTTAGTGGCTTTGTGAAGGAAAGAAACCATTAAATGACCTGACAAAAACTGACTCATGT 3201 CTTTAAAGTAGTTGAAGCCACTTTTAGAATGTTACTCTCGGTTGCTTTTGTCTAATTCTAATGGCTTAAAGCCAAGAAAA 3281 CCATAGTATAAATCTTTTTGTGTACCTATGCTAGTGTTTAAATGGCAGTTCGTTGTGATAAAGTATCAGTCACTTCAAGT 3361 TTTCTGTGAAAGTTTTTAATTAGGTTAAAAATAATTTTGGCATACGTCTCTACTCAGTTTATAAAGCAGTTCCACACCAT 3441 GCAAACAAAACTCTAACAGCAAAGGTTATCTTGACCTGATGTTACTTGAATCTGAGAGAAAGTCATTACTTACTACTGCA 3521 CTCCTGCTTTTGTGGGAAAAATTTTCTTCTTCCCCAGAAGAGTTAACAGTTGAGTGTTCAGCTCCTGACTTACCTTTAAT 3601 TTAGAGGCAATATTATTACTGTTTAAGTGATTATTTGCTTAACACAGGTTTTATTTTGTCTTTTTGCTGGTAGATTATAC 3681 AAGGGACAACTTTAGTGATGAGGCATGTGGATGATTTGGTGGGAGTAGGTATATACTTAGTGGAATGGTTTATTTTATGG 3761 AAGAGAATTCATTGGAGGTGAGATTGAAGTATATTGTGAAGTGGGATTTGAACAGCACATATGCTCTGGTTTGCTCAAAT 3841 AACTGCAGTTTATGCTTACATCTAAATTTTGTTTCTGTTACCTAAACGGGAGCTTCTAGAATTACGAAGGCCATACCTGC 3921 CACATTTATAAAATAATGGTTTTATCCCTGCCCCCAAATCATCAGGTTCCTCGGGTTTAAGAGAAGTGGTCTAATAGACA 4001 GGAATAGAAGTTGTGGTGGAGGTGATTTGGGATAGACTAGGTTTCCTTATGCAAGTGGATATGAGCTCCTCATAGAAACC 4081 AGACCTACTGTATTAGACAGTAACCTCTAACCTCACCTCCAAGCCCAAGTATATGGCCCTGCTGGGTTACCTGGTGACTA 4161 CATTTCCCAGATTCACTCTAAATTCAAGGTAGTGACCCAAATAAATTGGGAAAGGAGGGGGTCAAGGAGGAAAAGCTGTT 4241 GAAAATCTTTCTCCTATTTAAGAGAAATATATGCCCTAGAGCTGCTCCAGCACCCTTGGTTTCTGATTTTTTTAATATTG 4321 AATATGGATTAGAAGAATGAAATCAGATGACACCTGACTGCAAAAATGTTTATAAGCAAATAGCCTTCTTACATTTTGGT 4401 ATAAAGCTGTGAACTTCGTAACTTTGTAAAGCAAGATATAAAGCAAATACAAGAGGAAAATAAAGTACTTTTACTAATTG 4481 ACGGTTTACTTTCGTTACCTTGTCTGCATATTCACGGCCAGCCCTTTCCACGTTGGCTTAGCGAGGAAGAAGGAAACTGG 4561 GTGGAAAACACAGGATGCCTATAGATATGCCGCAGGCCATGGTCCAGAGAAGTTTAGCAAACAAACAGCTGCGTTCAGGG 4641 TTTTGTCCACGGTCATGCGACAGGTCAGTTAGTGAGCAGAGGAGCTAGGATAGCTCAATCTCCACTCCATTATTCAGGTA 4721 ACCGGCCCCTCCCGTTGTACATGACCCATTTATTCTTGATGTCTTTTACAGCAACAACTATTCCTCTGCCTTCCTTTTAT 4801 GTCTTGGAAAGTATCTGAGCCATTCTTATGCTCAAGAAATAGCAATAGGCATGATTACAAAATTCAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
PAR-CLIP data was present in GSM545217. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-7 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | MCF7 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in SRR1045082. RNA binding protein: AGO2. Condition:Untreated
... - Farazi TA; Ten Hoeve JJ; Brown M; et al., 2014, Genome biology. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Farazi TA; Ten Hoeve JJ; Brown M; et al. - Genome biology, 2014
BACKGROUND: Various microRNAs (miRNAs) are up- or downregulated in tumors. However, the repression of cognate miRNA targets responsible for the phenotypic effects of this dysregulation in patients remains largely unexplored. To define miRNA targets and associated pathways, together with their relationship to outcome in breast cancer, we integrated patient-paired miRNA-mRNA expression data with a set of validated miRNA targets and pathway inference. RESULTS: To generate a biochemically-validated set of miRNA-binding sites, we performed argonaute-2 photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (AGO2-PAR-CLIP) in MCF7 cells. We then defined putative miRNA-target interactions using a computational model, which ranked and selected additional TargetScan-predicted interactions based on features of our AGO2-PAR-CLIP binding-site data. We subselected modeled interactions according to the abundance of their constituent miRNA and mRNA transcripts in tumors, and we took advantage of the variability of miRNA expression within molecular subtypes to detect miRNA repression. Interestingly, our data suggest that miRNA families control subtype-specific pathways; for example, miR-17, miR-19a, miR-25, and miR-200b show high miRNA regulatory activity in the triple-negative, basal-like subtype, whereas miR-22 and miR-24 do so in the HER2 subtype. An independent dataset validated our findings for miR-17 and miR-25, and showed a correlation between the expression levels of miR-182 targets and overall patient survival. Pathway analysis associated miR-17, miR-19a, and miR-200b with leukocyte transendothelial migration. CONCLUSIONS: We combined PAR-CLIP data with patient expression data to predict regulatory miRNAs, revealing potential therapeutic targets and prognostic markers in breast cancer.
LinkOut: [PMID: 24398324]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000263805.4 | 3UTR | CCUUCUUUUUUUAAUGUCUUCCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM545217 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-7 transfection |
Location of target site | ENST00000263805.4 | 3UTR | CCUUCUUUUUUUAAUGUCUUCCACA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset SRR1045082 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | MCF7 / Untreated |
Location of target site | ENST00000263805.4 | 3UTR | CCUUCUUUUUUUAAUGUCUUCCACAAUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 24398324 / SRX388831 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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57 hsa-miR-4752 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT291951 | TPM4 | tropomyosin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT293610 | PVR | poliovirus receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454768 | STOML3 | stomatin like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463215 | ZNF131 | zinc finger protein 131 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464138 | VPS28 | VPS28, ESCRT-I subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469361 | REST | RE1 silencing transcription factor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT470819 | PLXND1 | plexin D1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478874 | CREBRF | CREB3 regulatory factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480240 | C8orf58 | chromosome 8 open reading frame 58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480544 | BZW1 | basic leucine zipper and W2 domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480923 | BCAT1 | branched chain amino acid transaminase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT497342 | RPP25L | ribonuclease P/MRP subunit p25 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498823 | DNTTIP2 | deoxynucleotidyltransferase terminal interacting protein 2 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT498927 | TMEM106B | transmembrane protein 106B | 2 | 8 | ||||||||
MIRT499583 | INTU | inturned planar cell polarity protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT500117 | ZNF106 | zinc finger protein 106 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT500473 | ZC3H11A | zinc finger CCCH-type containing 11A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501907 | MBD4 | methyl-CpG binding domain 4, DNA glycosylase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT519636 | ZNF772 | zinc finger protein 772 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT533402 | TXLNG | taxilin gamma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546181 | TPRG1L | tumor protein p63 regulated 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546486 | SKI | SKI proto-oncogene | 2 | 4 | ||||||||
MIRT549398 | AKAP11 | A-kinase anchoring protein 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT552282 | CBY1 | chibby family member 1, beta catenin antagonist | 2 | 4 | ||||||||
MIRT558980 | CA8 | carbonic anhydrase 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559812 | ZNF83 | zinc finger protein 83 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559923 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560257 | TMEM236 | transmembrane protein 236 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560419 | ANGPTL3 | angiopoietin like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560548 | SIGLEC14 | sialic acid binding Ig like lectin 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560803 | PPIP5K2 | diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560882 | SULT1B1 | sulfotransferase family 1B member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560996 | C8orf37 | chromosome 8 open reading frame 37 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561089 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561192 | LDHD | lactate dehydrogenase D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561834 | NREP | neuronal regeneration related protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561997 | LPP | LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562394 | EIF4E | eukaryotic translation initiation factor 4E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566265 | PTAR1 | protein prenyltransferase alpha subunit repeat containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572724 | NUP188 | nucleoporin 188 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620359 | CD55 | CD55 molecule (Cromer blood group) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623578 | IREB2 | iron responsive element binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627122 | GRN | granulin precursor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640725 | PHF13 | PHD finger protein 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651578 | WDR26 | WD repeat domain 26 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655000 | PLAG1 | PLAG1 zinc finger | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659673 | CD86 | CD86 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667164 | NRXN1 | neurexin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674926 | C1orf116 | chromosome 1 open reading frame 116 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687377 | NT5DC3 | 5'-nucleotidase domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690438 | REPIN1 | replication initiator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695288 | TK1 | thymidine kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699809 | SDHD | succinate dehydrogenase complex subunit D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710100 | HEY2 | hes related family bHLH transcription factor with YRPW motif 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717882 | GBP4 | guanylate binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719957 | SAMD15 | sterile alpha motif domain containing 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725588 | CDH7 | cadherin 7 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||
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